4H2L | Genus

Total Genus 56

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	56
sequence length	141
structure length	141
Chain Sequence	VLSADDKANIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFCSFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKAHGGKVADALATAAGHLDDLPAALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPSDFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__118351344583913__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__118351344583913__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4H2L/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__118351344583913__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"118351344583913","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4H2L/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__118351344583913__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Peromyscus maniculatus
publication title	Deer mouse hemoglobin exhibits a lowered oxygen affinity owing to mobility of the E helix. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alpha-globin
total genus	56
structure length	141
sequence length	141
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	4h2lA00

1RPSB 1Y7CA 3GQGA 1OR6A 2MGCA 1JF3A 3QQRA 2D2ND 1YE2A 2HHBA 3WCWA 2VLYA 1YOGA 1J40A 2VHBA 1S5YB 3MKBB 2R80A 2M6ZA 1ABYA 1MLHA 3V2ZA 4IT8A 4F6GA 3DUTA 1KD2A 5KDQA 2ZFOD 2MGKA 1HGCB 3AT6A 3UH6A 2ZT4A 2QFKA 3ZJHA 4NK2A 4H07A 1DXVA 4MQIB 1RVWA 3IC0A 1LFZB 4H0BA 2ZS0A 1HV4A 1NPGA 1YEUB 5HY8B 3D4XA 3WCUC 1DXTB 1FAWB 1YHUA 1LJWB 3BCQB 2MGFA 1SPGB 3ZJIA 3UHXA 4L2MA 3OK5A 2BWHA 2GLNA 3WCWD 4F6DA 1LH7A 1NIHA 2D6CA 3WCPB 2WY4A 3MOUA 1XZ5A 1O1NB 3OGBA 4DC8A 4NK1A 1EBCA 1SHRA 2B7HB 2GNWA 2GRFA 3TM3A 1JP8A 1Y83B 1JL6A 1C7CA 3BOMA 1YE0B 3QJDA 4ODCB 1JZLA 4XS0A 2ZLUB 1XQ5B 2FRFA 1OJ6A 1LUEA 1HDSB 1LFLB 3S1JA 3WFWA 3PT8A 1NGKA 4FH7A 2LHBA 1MYJA 4U8UA 2LH2A 1BZ1B 2AURA 2ZS0D 3QMAA 1Y85A 1GDJA 1YVTB 2NX0A 1QI8B 3MJPA 3PIAB 1RPSA 5HU6B 1DXUB 4ILZA 3G4YA 3ZJSA 5C6EB 3R5IB 1YOIA 1MNIA 2YRSB 1WVPA 2W6WA 1F63A 1Y35B 2HBDB 5EE4C 1MNOA 1KFRA 1S5YA 3MKBA 2RI4B 1SDKB 4JYQA 1LFYB 1Y2ZB 1BINA 1Y45B 1BZ6A 1HGCA 1JF4A 2V1FA 2O5BX 3PT7B 109MA 1EMYA 4MU5A 1BVCA 4MQIA 5AZRA 1CO8A 1LFZA 4MBNA 2LH3A 2MGJA 1H97A 1HHOB 4U8UD 5CN8A 1HBAB 3DHTB 1HLMA 1YMAA 1X9FD 1YEUA 3OO4B 5HY8A 5ILRA 1DXTA 1FAWA 2MYCA 3PI2A 3DR9A 1LJWA 3BCQA 1SPGA 3SZKB 5HLXA 2ZLTB 2Z6NB 5M3SA 1O1LB 3ARKA 2HBFB 3WCPA 1FSLA 1YG5B 1HABB 1O1NA 4YU4B 2Z85A 1EWAA 4F69A 3UHZA 2B7HA 1UMOA 3HENA 3UHIA 1FSXB 1Y83A 1YE0A 4ODCA 2ZLUA 5KERB 1XQ5A 2ZT2A 3LHBA 1HDSA 4KMVA 3D1KB 2G0RA 1LFLA 1JP6A 2D5ZB 1QSIB 3PI9B 2GKNA 1BZ1A 1O1JB 1YVTA 1QI8A 3PIAA 5HU6A 1DXUA 1CPWA 4WJGA 5C6EA 1IRCA 3R5IA 2MB5A 2H35B 2YRSA 1NAZA 1HBIA 1VXEA 1HDAB 1YENB 1Y35A 2HBDA 1NEJB 2R1HB 1A3NB 5AB8A 2RI4A 1XZVB 2G0XA 3G4QA 1SDKA 2DHBB 1IRDB 1Y2ZA 1Y45A 1MOBA 1YMBA 4TWVA 1XZ4B 2GRZA 1MYIA 3E4NA 2D2MC 3PT7A 4IROB 3UHVA 1YEOB 3UHYA 1CH9A 3VRFB 1CBMA 3AQ9A 3A0GB 2HCOB 1HJTA 5CNGA 3ECZA 1HHOA 1HBAA 3DHTA 3OO4A 3CY5B 5CNDA 4O4ZA 3HHBB 4FWXA 1Y31B 1A4FB 2O5OX 1MLGA 3SZKA 2ZLTA 1G0BB 1W92A 2Z6NA 1O1LA 1G0AB 1NXFA 2HBFA 4KMWA 1VXDA 1S61A 4QAUA 4HSWA 1WMUB 1HCOB 3MJUB 2DN2B 1LHTA 2R4XA 1AJGA 1J52A 1MTJA 2D2NB 1YG5A 1HABA 3ZHWA 5C6YA 4SDHA 4YU4A 3CIUB 2FRIX 2MGHA 1IBEB 4VHBA 4MXKA 2GTLD 2G10A 1FSXA 3K3UA 3HRWB 1FLPA 3PI3A 2OH9A 3FS4B 3LR9A 1MGNA 5KERA 3UBVA 3GQRB 3D1KA 3QJEB 1VXFA 1YHRB 2D5ZA 1SI4B 1QSIA 3PI9A 1A6GA 1B86B 1O1JA 1JZMA 3LB1A 1A6NA 2H35A 2ZLWB 2MHBB 1YENA 1HDAA 1IT2A 1O16A 1NEJA 3UHQA 2R1HA 1A3NA 1IT3A 2MYBA 1Z8UB 1QPWB 1XZVA 1S56A 1IWHB 1IRDA 1BIJB 1DLYA 2GRHA 1K1KB 4GZGA 3H57A 2ZS1D 1XZ4A 4IROA 1YEOA 3OZVA 3IC2B 3G53A 4JACA 3VRFA 3S48C 2G11A 3A0GA 2HCOA 2DN1B 3ASEA 1MLFA 5D1VA 2ZSSA 1YGFB 2MGEA 3WFTA 3CY5A 2Z6TA 3D17B 3HHBA 4FC3B 3OZWA 4UURA 5JDOE 1Y31A 1A4FA 1YCAA 1YIEB 1DO3A 3EDAA 1G0BA 1G0AA 2ZSZA 3UHCA 1WMUA 1HCOA 3MJUA 2DN2A 2BKMA 2W31A 4F6IA 2D2NA 2DN3B 4MQJB 1JP9A 3CIUA 2ZSTA 1FDHA 1IBEA 1MYHA 3G4RA 1DO4A 5CNCA 2LH5A 3HRWA 5CHQA 3UI0A 2VYYA 2EB9A 3FS4A 3GQRA 3ECXA 1NZ3A 1DTMA 3QJEA 1YHRA 1CIOA 1SI4A 3MYNA 1MBDA 4NXAA 3QJBB 1YHEB 3GLNA 3B75B 1MBNA 3VHBA 4TWUA 1B86A 1NZ4A 3GKTA 1YOHA 1MWCA 1X9FB 2ZLWA 4ROLB 2MHBA 1OUUB 1CH1A 4ZVAA 1RQAB 3UHEA 1JW8A 4N7NB 1NZ5A 1A9WA 3P5QB 2NRMA 7HBIA 1Y0WB 3S65B 3QM7A 1QPWA 1JEBB 2QSPB 1MWDA 1VWTB 1TESA 5ILEA 1IWHA 5MBNA 3WCUD 1BIJA 3O89A 2GL3A 1K1KA 1CH2A 1Y46B 1LA6B 1LFTB 1ECAA 3HC9A 3WI8A 1Y4VB 4KJTA 3IC2A 4N7OB 2EF2A 3UHSA 2VLXA 1S69A 4FH6A 1YFFB 2DN1A 4HBIA 2MGAA 3NFEB 1V07A 1MLKA 3ORDA 3OVUC 1YGFA 2OIFA 1LH2A 1R1XB 1HRMA 3D17A 3IXFA 4FC3A 3M3BA 1YIEA 1K0YB 1DO1A 1VXGA 1VXHA 4O1TA 1C7BB 2SPMA 4PNJA 2DN3A 2H8DB 4G51B 4N7PB 4MQJA 2QMBB 2AV3A 4O35A 1RTEA 1EW6A 1NWNA 1GDIA 3G4VA 3QM6A 1MBOA 1BJEA 2QLSB 4NI1B 5EE4D 3ZH0A 1A9WE 3PELB 1XZUB 1YEQB 1XYEB 3QJBA 1YHEA 1XZ2B 3B75A 1X46A 3WCTC 2DXMB 2VLZA 1X9FA 1A6KA 4ROLA 3WFXA 1OUUA 2ZLXB 2G0VA 4F6FA 1RQAA 5CN5A 3A59B 3BJ3B 4N7NA 3P5QA 1VXCA 1Y0WA 3S65A 1MLJA 2GNVA 2FAMA 3HEOA 1JEBA 2QSPA 1VWTA 1LFVB 5AZQA 2HBSB 1MCYA 1THBB 5B85A 108MA 2IN4A 1Y46A 1LA6A 1MLOA 1LFTA 5E29B 2GTLB 1MLRA 1AZIA 1Y4VA 4N7OA 3IA3B 1HBSB 1YFFA 3NFEA 2VEBA 1CP0A 1C40B 1DWSA 4C44A 1R1XA 2BNLA 3E5OA 2HHDB 3LR7A 1HBBB 1K0YA 1DM1A 4AVDA 1HBHB 1C7BA 3VREB 1BVDA 1Y8WB 1CG5B 1IDRA 2D5XB 2H8DA 4G51A 4N7PA 1OR4A 1JWNA 1YHUC 2QMBA 3ECLA 1Y4FB 1LH1A 2O5LX 2ZSQA 3AQ5A 5F0BA 1Y0TB 1OUTB 3ZJOA 4NZIA 2SPLA 3UH5A 2HBCB 2QLSA 4NI1A 5E83B 2ZS1B 3K8BB 1GBVB 3PELA 1PMBA 3ODQB 1XZUA 1YEQA 5HBIA 4UIQA 111MA 1XYEA 1XZ2A 1GDKA 2DXMA 1VREA 4PQBA 4NXCA 3GQPB 2D2MD 2ZLXA 3PI4A 1Q1FA 1NS6B 1MTIA 2ZFBB 3A59A 3BJ3A 3E5IA 1Y5JB 3K9ZA 3GK9A 101MA 1O1MB 1LFVA 1YGDB 3HEPA 1Y7DB 2HBSA 1DTIA 2BLIA 1THBA 1MLMA 5JGGB 2HHEB 1Y5FB 2W6VB 3UHHA 3UGZA 4OODA 3ZJPA 1QSHB 4TYXA 5E29A 4B4YA 4NI0B 2GTLA 2PEGB 1A0UB 1UIWB 1HBSA 3ZJRA 3UBCA 3OO5B 1Y09B 1C40A 1Y4GA 2HHDA 1BZPA 3VRGB 2W72C 1R1YB 3LB4A 3OZUA 1HBBA 4BJAA 2FRKX 1HBHA 3QZZA 2MYEA 1GDLA 3VREA 1Y8WA 1Y8HB 1CG5A 2D5XA 3WCVC 1DUOA 2ZT0A 1MOHA 2HZ3A 1JPBA 3AG0A 4MQCB 1CQ2A 4HRTB 1DO7A 1O1PB 1Y4FA 2V1GA 4B3WA 3D7OB 1DWRA 3BJ1B 2FALA 3MN0A 3EU1B 4N8TB 2D60B 3WCUB 3HYUB 1Y0TA 1OUTA 1A6MA 2HBCA 1D8UA 1CQXA 3ONZB 5E83A 2G3HA 2ZS1A 3K8BA 1GBVA 1FCSA 3ODQA 3QM9A 1Y5KB 2G12A 2XYKA 4MBAA 2O5MX 1CG8B 1MZ0A 1UVXA 2E2YA 2BK9A 4F4OB 2PGHB 1FHJB 3GQPA 1NS6A 2ZFBA 1T1NB 3A5BA 2WTGA 3M39A 3NL7B 4OF9A 3GOUB 4L7YB 1BABB 1Y01B 1Y5JA 3GKVB 2EKUA 2OH8A 3WCTB 1O1MA 5EOHA 1YGDA 1CBLA 1Y7DA 3QJCB 110MA 1RSEA 2QSSB 5CNEA 2R4WA 5JGGA 2HHEA 1Y5FA 2W6VA 3KUOA 5HAVA 2ZLVB 1N9XA 3WTGB 1QSHA 1GJNA 3R0GA 1MYMA 4NI0A 4H2LB 2PEGA 3M3AA 3QM8A 3G46A 1A0UA 2XKIA 1UIWA 5E6EB 1Y8IB 2V1KA 3OO5A 1Y09A 1MLUA 3ED9A 1B0BA 1TU9A 6HBIA 1C7DB 1QXEB 1MYFA 3VRGA 1R1YA 1YIHB 5EYJA 3EDBA 1UX9A 3BJ2B 3U3EA 3ZJLA 1YH9B 4MQHB 1YEVB 4YU3B 1Y8HA 1ECDA 5CNBA 3UHDA 4LPIA 4MQCA 4O4TA 4HRTA 3D1AB 4F68A 5CN9A 4DWTA 1O1PA 1Y4QB 1MTKA 3MBAA 2MGMA 1Y0CB 1G08B 3D7OA 3BJ1A 3EU1A 4N8TA 1V9QA 2D60A 5IKSA 3WCUA 3HYUA 3SDNA 1OFKA 1KR7A 1YZIB 3UHGA 1A00B 3ONZA 4X0LB 1HBRB 1ECOA 105MA 1L2KA 1N9IA 2MBWA 5JDOC 1Y5KA 1WLAA 2ZSRA 3KMFC 1EBTA 1O1KB 1CG8A 1M6MA 4F4OA 2PGHA 1FHJA 1V5HA 2MGLA 5KKKA 1T1NA 3NL7A 3GOUA 4L7YA 1BABA 6HBWB 3GKVA 4HHBB 1X3KA 3WCTA 1RQ4B 3LB3A 1U7RA 1MLQA 2CMMA 3QJCA 2ZSYA 1CP5A 1DKEB 2QSSA 2AUQA 1CH5A 2ZLVA 1YCBA 4G1VA 3WTGA 2ZSOA 3AQ7A 3RJ6A 4H2LA 4KN3A 1Y0AB 1MLNA 2V1JA 2R4ZA 1Y0DB 5E6EA 1Y8IA 3ZOMA 5B84A 3LQDB 1HLBA 1NPFA 3A2GA 3MVCA 3UHKA 1GZXB 1GCWB 2RAOB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4H2LA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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