4H2L | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	VHLTDAEKALVTGLWGKVKPEEIGGEALGRLLAVYPWTQRFFDSFGDLSSASAIMGNAKVKAHGKKVIDSFSEGLKHLDNLKGTFASLSELHCDKLHVDPENFKLLGNMIVIVMAHHLGKDFTPAAQSAYQKVVSGVATALAHKYH

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__579288000363019__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__579288000363019__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4H2L/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__579288000363019__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"579288000363019","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4H2L/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__579288000363019__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Peromyscus maniculatus
publication title	Deer mouse hemoglobin exhibits a lowered oxygen affinity owing to mobility of the E helix. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alpha-globin
total genus	59
structure length	146
sequence length	146
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-09-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	4h2lB00

2FRIX 1Y4VB 3UI0A 4G51B 1SPGB 1FAWB 1JP9A 1Y4QA 1GBUB 2D2MA 3NL7B 5KERB 3WFXA 1HBAB 4JYQA 3VAUA 3M38A 4VHBA 3ECZA 1PBXB 4ZVAA 2ZLTA 2ZLWB 2MYDA 3ONZA 3IC0A 1MLSA 4HRRA 1MCYA 1NPFA 2QLSA 4XDIA 2PEGA 2BNLA 1LUEA 3R0GA 2ZS0B 4FC3A 4MBAA 1YFFA 1OUUB 1Y31A 1YH9A 3WCVD 1MYJA 2D2NA 1HDBA 3AQ9A 3WR1B 1CH7A 4TWVA 3QM8A 1HABB 1YOHA 1HCOB 1NGKA 1IRDB 5E6EB 1Y7GB 1JL7A 1URYA 3MJUB 1FSXA 1BZPA 1LH1A 1J7WB 1FHJB 3DUTB 1Y8KB 1Y35B 3SZKA 1LTWA 1YZIB 4UURA 1YGDA 5CN6A 1MLMA 5HU6A 1C7BB 2DN3B 1DTMA 1O1OA 3GQGB 1J7SA 3UHIA 1V75B 2G0SA 2O5MX 1FN3A 1HBBB 2JHOA 3PIAB 1CH9A 3LB3A 3MKBA 2O5SX 5HLUA 1G0AB 3AT6B 3AQ8A 2HHDA 1O1LA 3UHQA 2SPLA 2MBWA 3WCVB 1CG5A 106MA 1C7DA 2VEEA 3W4UA 2AV0A 1MWBA 1LHTA 4QAUA 3G4QA 2ZT1A 3WCTC 1XQ5B 1CIKA 1QSHB 1R1XA 3GKVA 1MLJA 1UT0A 1LFLA 2ZSQA 4IT8A 3QJEB 1HBSA 4N8TB 3BJ2A 1C40B 2Z6SA 3ECXA 5KDQA 1MOCA 1FDHA 2VM0A 1VXEA 3WCPA 2AUPA 1LFYB 1EWAA 1MNKA 4L7YB 2ZS1C 4ESAB 1XZ7B 2AURA 1O1PA 3D17B 5EQMA 4NK1A 5M3SA 3WCUC 2MGKA 1YHRB 4F4OA 4WCHD 1A3OA 1S69A 3FS4B 1YGFA 2HBGA 1MYIA 3WCPB 2ZFBB 1MNHA 1J3ZA 1Y5FA 4PQCA 1K0YB 1CIOA 1SDLA 1Y4FB 2MYEA 1WLAA 2DN2B 2PGHB 4NK2A 3HRWA 3KUNA 3G4YA 1YHUC 3D1KB 2GRZA 3MN0A 1GLIA 1GDKA 1YEVB 4N7PB 1JDOA 1Y85A 3A59B 3HF4B 3MJPA 1RVWA 3GLNA 5ILPA 1OBMA 1UFJA 3BJ3A 2VYYA 3K3UA 3GOUB 1YEQB 1CH1A 3M3BA 2R80B 1YEUB 1DXCA 1MWDA 2HHEB 1G9VB 1IWHA 2ZT4A 2C0KA 2QFKA 4F6JA 4MBNA 1Y4PA 3UHXA 3A2GA 1XZVB 3PI9B 1UC3A 1XYEB 3MYMA 4ILZA 1Y0AA 3CIUA 1GDIA 1CH3A 1BZ6A 1DWRA 1Y8WB 1F5OA 2FRFA 2BLJM 4FH6A 4HBIA 4MQIA 3A0GB 3EU1B 2W6YA 1B86B 3GKTA 3DHTA 4O2GA 2G10A 3B75B 5HAVA 2ZT2A 1S5XA 1HGBA 2HZ2A 4DC8A 3LQDA 3NMMB 1JY7A 1G09B 3G46A 1CLSA 3LB4A 3VREB 1I3DA 1J52A 1EBTA 4MQIB 1A3NB 1MTKA 2ZS0C 4MXKA 1O16A 1G08B 3QJDA 1RQ4B 1HBRB 1X9FD 3GQRA 3QM9A 2HCOB 1XZUB 1RQ3A 1ECAA 2V1HA 4N7OB 2HBDA 4AVDA 3S1JA 2B7HB 1LH3A 3QM5A 1BIJB 3HHBA 1V4UB 1Y0CA 1Y2ZA 2NRLA 1O1IA 2GTLA 4ROLB 4HRTB 1YVTA 3QJBA 1YIHA 1Y7ZB 3QZXA 3WCWD 1SDKB 1NQPA 2W6VA 3O89A 1WMUB 3TM3A 1GZXB 1MNIA 1N9HA 1F65A 1MBAA 1BBBA 4MQGA 1TESA 2LH2A 2VHBA 3UBVA 3ZH0A 1DXTB 3PELB 1BJEA 1MLLA 3S65A 3WFWA 2RI4A 4NI0B 1OUTA 2OIFA 3ASEA 3ODQA 102MA 1XCHA 1DKEA 1GDJA 4MQCB 1T1NA 1YE2A 1GCWB 3IXFA 3V2VA 3UGZA 5JDOF 1C7CB 1CG8B 2HZ1A 2DC3A 2RI4B 2SPMA 1X9FB 1G0BA 3ZJOA 3WCVC 1QSIA 2BLIA 1MYZA 2MHBA 1BZZB 1EMYA 3AT5B 1YE2B 1HGAA 2G11A 1CMYB 1HACA 1WVPA 1BABA 4KMWA 3G4VA 5HBIA 1HGCB 3ZJMA 3UHGA 1S6AA 2R4ZA 4YU3B 3WCWB 2H35A 3UHRA 4B3WA 1BZ1A 2VEBA 1HSYA 4G1BA 2AV3A 4ROMA 1QPWA 3S66A 2WTGA 2ZLXB 3BOMB 2ZS1A 4UIQA 1S5YB 5HLQA 2R4YA 5CNBA 1Y7DA 5C6EB 4UZVA 1NIHB 2ZFOD 2EB9A 1KD2A 3QM7A 1O1JB 3OGBA 1GJNA 1HHOA 5EUIA 1THBB 1GCVA 4C44A 1KR7A 1OR6A 2EVPA 2ZSTA 2O5OX 1MKOA 1LJWA 1NZ3A 1MYFA 1GBVB 1U7SA 5CN8A 2MGMA 1BVDA 1M9PA 1Y83B 1JP8A 1Y09A 3H57A 1NEJA 2QU0B 1IBEA 3PI4A 2MGAA 1ABYA 1J7YB 1X46A 2H8FB 3NG6B 4MQJA 4M4BA 3D4XB 2ZLUA 1CP0A 3G4WA 2HBSB 4FWXA 1QXDB 2LH7A 1VHBA 2DXMA 1BINA 1NS9B 3BJ1A 3ZJHA 2D2MD 2Z6NB 1VXBA 1A4FA 3GDJA 1Y0WA 2GL3A 2MGHA 1Y4BA 2XKGA 3UHNA 1SI4B 1LH2A 1XY0B 4YU4A 3E4NA 1JEBB 3P5QB 5EOHA 1TU9A 5IKSA 2MGJA 3OO4B 1Y7CA 1NWIA 3VRGB 1BZ0B 2D5ZA 4KMVA 3GDJB 1Y45B 1YHEA 1CO8A 1UVXA 1YENB 2VLYA 1Y0DB 5CN5A 2HBFA 1HJTA 1COHB 3LR7A 2VLXA 4IROA 5EE4D 1QI8A 2M6ZB 1Y0TB 2MYBA 4MQHB 1DWSA 3PI2A 1B0BA 1XZ2A 3LB1A 1QXEB 3EDBA 3UH5A 2HBEB 3GYSA 3O7NA 2MGIA 2QMBB 3CY5B 1JPBA 1R1YB 2D60B 4IROB 4HSXA 1YEOB 1RPSA 1O1MA 1LA6A 3M3AA 1Y4QB 1V5HA 2D2MB 3HXNA 1Y22A 2SPNA 1HLMA 1K1KA 1DO4A 2ZLTB 1HBIA 3ONZB 3IC0B 104MA 4HRRB 1MYTA 4HHBA 3UH7A 2VRYA 1MZ0A 5SW7A 2QLSB 2PEGB 4FC3B 3KMFC 3GK9A 3U3EA 2MGFA 2V1IA 1YFFB 1BZRA 1NZ2A 5CMVA 1RQAA 1Y31B 1YH9B 1MOHA 3OZVA 2D2NB 1HDBB 2ZWJA 3ORDA 2EKTA 1VREA 4O4ZA 1MLNA 2HZ3A 1Y8IA 3PT7A 1Y8HA 4PNJA 2WY4A 3TM9A 3S1IA 1J3FA 1FSXB 5B85A 1DXVA 1CH4A 4F6IA 6HBIA 2MGGA 3SDHA 2EVKA 2GLNA 1I3EA 3SZKB 4L2MA 2DN1A 2GKNA 5CHRA 1Y46A 1KFRA 1YGDB 1CO9A 1MBDA 3BCQA 3UHSA 1LFZA 5HU6B 1BVCA 5F2AA 1Y4RA 1X3KA 1X9FC 1O1OB 1AJ9A 1J7SB 3GQPA 4MQKA 1FN3B 3UHWA 3OK5A 4PQ6A 3MKBB 2GNWA 4TYXA 2W72A 2NRMA 2O58X 1HBHA 3WI8A 2HHDB 2OLPA 3PI8A 1O1LB 4OF9A 3WCWC 1CG5B 1UVYA 1C7DB 4U8UC 3W4UB 3QQRA 2GDMA 3UHEA 3UHKA 5E29A 1V4XA 3ZJLA 1YG5A 1R1XB 3GKVB 1ABSA 3ZOLA 1LFLB 3ARJA 1GVHA 2G0RA 1HBSB 2FRKX 3BJ2B 3HEOA 6HBWA 1IT2A 5KDQB 1DO1A 3OZWA 1DTIA 2XKIA 2G0VA 3NFEA 101MA 5CHQA 2QSPA 3UHZA 2VYWA 5EYJA 1LFVA 1YOGA 1O1PB 2AUQA 1Y4GA 1J40A 4F4OB 1A3OB 1YGFB 1W92A 2OHAA 1J3ZB 1Y5FB 3HENA 3G52A 2BK9A 2H8DA 3K9ZA 1ABWA 3LB2A 2RAOA 1SDLB 2GRHA 4ODCA 3OO5A 1IT3A 3D7OA 1DLWA 1FDHG 3HRWB 4MU5A 1A0UA 1VWTA 2ZFOC 2SPOA 2W6XA 1GLIB 1ECOA 1O1NA 1Y85B 2BLHA 2MGDA 3MJPB 1RVWB 1MLRA 1Q1FA 3BJ3B 5KKKA 2MGLA 1YE0A 3HYUA 1A0ZA 1Y5KA 1IWHB 1J3YA 1Y5JA 1HV4A 2GTLD 1Y4PB 3WHMA 3H58A 2QSSA 1ITHA 2G12A 4NXAA 5C6YA 1Z8UB 1Y0AB 3CIUB 3PI1A 2HHBA 2G14A 5JGGA 3VRFA 4XS0A 3DHRA 1A6MA 1S0HA 1YMBA 2D2MC 3UHUA 3DHTB 1LH7A 3IC2A 1XZ5A 1S5XB 1XXTA 1HGBB 3LQDB 1JY7B 1CLSB 2V1KA 3HC9A 3QJDB 1N9FA 1OR4A 2D5XA 3GQRB 3UHVA 4M4AA 1RQ3B 2MGCA 5EE4C 1CBLA 2HBDB 1HLBA 1MBIA 1S56A 1DXDA 1YIEA 3HHBB 2V1FA 1Y0CB 1Y2ZB 1O1IB 2GTLB 108MA 1YVTB 1DLYA 3QJBB 4N7NA 4O1TA 4H2LA 1YIHB 3QJCA 1A9WE 1NQPB 1IRCA 2W6VB 4B4YA 1LH6A 1A01A 3UHDA 1BBBB 4MQGB 1UIWA 2MGEA 1YMCA 3S65B 2ZSZA 1OJ6A 5E83A 1OUTB 2AA1A 2YRSA 3ODQB 1MYHA 3TLDA 1DKEB 2NSSA 4FH7A 3WCTA 1T1NB 1YVQA 3E55A 1YDZA 2DHBA 4TWUA 4H07A 1VXAA 5MBNA 1LH5A 1MGNA 3MYNA 4PQBA 3BA2A 2ZLVA 1DXUA 1G0BB 4U8UA 1Y01B 1QSIB 2MHBB 1FLPA 4GZGA 1J41A 3WTGA 1HGAB 1VXHA 1HACB 1VRFA 1BABB 5HY8A 2R1HA 2BKMA 1MLOA 2H35B 3WCUA 1SHRA 3FH9A 1BZ1B 1V9QA 3ZJPA 4ROMB 1QPWB 3S66B 2R4WA 5AZRA 2ZS1B 2AUOA 3R5IA 1JWNA 3QZZA 4X0LA 1MTJA 1Y7DB 1U7RA 1JP6A 110MA 3IA3B 3UGYA 1CP5A 2E2YA 4NI1A 1KD2B 3ZHWA 3D1AA 1HHOB 5EUIB 2MYCA 1GCVB 1N9IA 1HDSA 1HDAA 1YOIA 2LH1A 103MA 4DWUA 3E5IA 1EBCA 3HEPA 4HSWA 1MKOB 1YHUA 1LJWB 1CQXA 1HRMA 5F0BA 1BUWA 4G1VA 1LFQA 1M9PB 1NS6A 1Y09B 1JZMA 1NEJB 1IBEB 5EU2A 1VXFA 1ABYB 3V2ZA 1A00A 2BWHA 1MBSA 1LFTA 4MAXA 4MQJB 4M4BB 3UH3A 2ZFOA 2ZLUB 1L2KA 2DXMB 1CH2A 3K8BA 1CPWA 3BJ1B 5B84A 1A4FB 1Y0WB 2HBCA 1Y4BB 4O4TA 2FRJX 5CNEA 5ILMA 4YU4B 1MBOA 2D2ND 3ZJSA 1DM1A 1A6NA 1Y4VA 4G51A 1SPGA 1FAWA 1GBUA 1Y7CB 4WJG1 1MOBA 3NL7A 2IN4A 5KERA 1RTEA 2D5ZB 1HBAA 1PBXA 1YHEB 2ZLWA 4C0NA 1VXCA 2HBFB 1QI8B 1PMBA 2ZS0A 1YCAA 1OUUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AUO A;  3R5I A;  1JWN A;  3QZZ A;  4X0L A;  1MTJ A;  1Y7D B;  1U7R A;  1JP6 A;  110M A;  3IA3 B;  3UGY A;  1CP5 A;  2E2Y A;  4AE0 A;  4NI1 A;  1KD2 B;  3ZHW A;  3D1A A;  3O2C B;  1HHO B;  5EUI B;  2MYC A;  3KVS A;  1GCV B;  1N9I A;  1HDS A;  1HDA A;  1YOI A;  2LH1 A;  103M A;  4DWU A;  3E5I A;  1EBC A;  4Z8K A;  4A8F A;  3HEP A;  4HSW A;  1MKO B;  1YHU A;  1LJW B;  1CQX A;  1HRM A;  5F0B A;  1BUW A;  4G1V A;  1LFQ A;  1I7Y A;  1M9P B;  1NS6 A;  1Y09 B;  1XDT T;  1JZM A;  1NEJ B;  1IBE B;  5EU2 A;  1VXF A;  1ABY B;  3V2Z A;  1A00 A;  2BWH A;  1MBS A;  1LFT A;  4MAX A;  4MQJ B;  4M4B B;  3UH3 A;  2ZFO A;  2ZLU B;  1L2K A;  2DXM B;  1CH2 A;  3K8B A;  5FVB A;  1ON7 B;  3L0F B;  1CPW A;  3BJ1 B;  5B84 A;  1A4F B;  1Y0W B;  4ESU A;  2HBC A;  1Y4B B;  4O4T A;  2FRJ X;  5CNE A;  5ILM A;  4YU4 B;  1MBO A;  2D2N D;  1XG0 C;  4A8M P;  3ZJS A;  1DM1 A;  1A6N A;  1Y4V A;  4ERV A;  4G51 A;  1SPG A;  1FAW A;  1GBU A;  1Y7C B;  1ALL A;  4WJG 1;  1MOB A;  3NL7 A;  2IN4 A;  5KER A;  1RTE A;  2D5Z B;  1HBA A; 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 2FAM A;  1DUO A;  1MLU A;  2RAO B;  1NZ5 A;  1LHS A;  1ECD A;  4ODC B;  1UX8 A;  1XZV A;  2LHB A;  3PI3 A;  3OO5 B;  3PI9 A;  3D7O B;  1XYE A;  1JZK A;  1DO7 A;  3OVU C;  5B13 A;  1URV A;  1A0U B;  2MGB A;  1VWT B;  1Y8W A;  2ZSS A;  4AVE A;  1JF4 A;  1H1X A;  3A0G A;  1O1N B;  3EU1 A;  1B86 A;  4F68 A;  1JW8 A;  2O5T X;  5CN9 A;  3B75 A;  2G0Z A;  1V4W A;  1UMO A;  4DWT A;  2LH3 A;  3M39 A;  1MNJ A;  2OH8 A;  3NMM A;  1G09 A;  3VRE A;  3EDA A;  1YE0 B;  3HYU B;  1A0Z B;  1Y5K B;  5CND A;  4F6G A;  2ZSR A;  1J3Y B;  1A3N A;  1Y5J B;  2ZSP A;  1N9X A;  4LPI A;  1HV4 B;  4YJJ A;  1G08 A;  3WHM B;  1RQ4 A;  1CH5 A;  2QSS B;  1HBR A;  1V4W B;  2HCO A;  1XZU A;  2LH5 A;  2MYA A;  2V8A A;  1CQ2 A;  4N7O A;  4TMA B;  2B7H A;  1BIJ A;  3RGK A;  2HHB B;  1V4U A;  1NPG A;  5JGG B;  3VRF B;  4XS0 B;  3KMF A;  3A5G A;  3DHR B;  4ROL A;  1S0H B;  4HRT A;  2VJT A;  2EF2 A;  3IC2 B;  1Y7Z A;  109M A;  1NWN A;  1SDK A;  1XZ5 B;  3UHY A;  1WMU A;  2D2N C;  1XXT B;  1JF3 A;  1GZX A;  5B13 G;  3WCT D;  2CMM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4H2LB

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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