The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
RPESELIRQSWRVVSRSPLEHGTVLFARLFALEPSLLPLFQYNGRQFSSPEDSLSSPEFLDHIRKVMLVIDAAVTNVEDLSSLEEYLTSLGRKHRAVGVRLSSFSTVGESLLYMLEKSLGPDFTPATRTAWSRLYGAWVQAMSRGW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Engineering the internal cavity of neuroglobin demonstrates the role of the haem-sliding mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Neuroglobin
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
54
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XCH A; 1Y4G A; 3PEL A; 1YCA A; 2MGF A; 2PGH B; 2NSR A; 2ZFB A; 2MBW A; 3FH9 A; 3OO5 B; 3BCQ B; 5SW7 B; 1GLI A; 2OLP A; 1G08 A; 3AT5 A; 4U8U B; 4N8T B; 1HV4 A; 4PNJ A; 1JDO A; 1ASH A; 1Y4P A; 2LH2 A; 1LH3 A; 1JEB A; 1A0U A; 1NQP A; 1Y7D A; 3G4Y A; 2H8F A; 1YHR B; 4DWU A; 1DO1 A; 1DTM A; 3UHD A; 1X3K A; 4O1T A; 1Y45 B; 3WCV C; 1QSI B; 2HZ1 A; 5E6E B; 3GLN A; 4N7N A; 1HGB A; 1VWT B; 3LHB A; 1MNJ A; 5EU2 A; 4AVE A; 1G9V B; 3GDJ B; 3BOM B; 3EU1 A; 1HCO A; 2W6Y A; 1QI8 B; 4BJA A; 1B0B A; 3ZJP A; 2XKH A; 1Y4R B; 3B75 B; 1NAZ A; 3WFT A; 1XXT B; 2KSC A; 2BNL A; 1Y22 B; 1O1K A; 1WMU A; 1HGA B; 1MOA A; 2HZ3 A; 2ZLT A; 2D60 B; 1R1X B; 1Y8W A; 109M A; 5B84 A; 1DWT A; 2ZT4 A; 3PT8 A; 1FSX A; 1SPG B; 3UHH A; 5KER A; 1F5P A; 1EW6 A; 2FRI X; 3WCT A; 1CH9 A; 2D5X A; 4HBI A; 1YEN A; 1CQ2 A; 1GBU A; 1PBX A; 2ZS0 B; 3PI9 B; 1Y85 B; 1YZI A; 2MGA A; 5EOH A; 1A00 B; 4FC3 A; 3SDN A; 5E29 B; 1CP5 A; 1CO8 A; 1XZ2 B; 1R1Y B; 3PI1 A; 4ZVA A; 1J7Y A; 1O1I A; 1GCW A; 1D8U A; 5KDQ B; 1YIH B; 112M A; 1O1N B; 2WY4 A; 1FAW A; 1HBG A; 1CBM A; 2O5L X; 3UHX A; 1FHJ A; 2ZT2 A; 3GQR B; 1TU9 A; 1ECN A; 1J7W A; 3EDA A; 3D1A A; 1A3N B; 3EOK B; 2ZS1 A; 4QAU A; 2SPO A; 3OZU A; 3UHK A; 1Y0A B; 1Y31 A; 2D2M D; 3HYU A; 2D2N D; 3S66 B; 1C7B B; 2H35 B; 3GQG B; 1CG5 A; 4F4O B; 1CH5 A; 2QRW A; 4HSW A; 3UBV A; 1JP9 A; 2V1K A; 3PI2 A; 3WFW A; 1UMO A; 3UH6 A; 3QZZ A; 1Q1F A; 3OK5 A; 2Z8A A; 3UHG A; 1MYJ A; 4L7Y A; 1OUU B; 1YG5 B; 4AVD A; 1YHE A; 3SDH A; 1Y8K B; 4PQ6 A; 1O1P B; 3AQ6 A; 2ZFO C; 4O4T A; 4G51 A; 1T1N A; 1Y7C A; 1C7D A; 1MOC A; 1MNK A; 2R4Z A; 3QM7 A; 4IT8 A; 1GBV B; 1SDL B; 2V1I A; 1BZP A; 3WCV B; 4N7O A; 1HAC A; 3NL7 B; 3ZJR A; 1OJ6 A; 3UHR A; 1Y5J B; 1Y46 A; 1HBH A; 4YU4 A; 3QJD B; 2MGK A; 2O5M X; 3IXF A; 2OH8 A; 2YRS A; 1Y4Q A; 4MQI A; 5JOM A; 3A2G A; 4NI0 A; 3A9M A; 1MCY A; 1Y7G A; 2AUP A; 3BJ1 A; 1VXB A; 5AZR A; 1HHO A; 1XY0 A; 2D2M C; 4HRT A; 2G3H A; 1VXC A; 3MJU B; 1YDZ B; 2G0V A; 1NIH B; 3ASE A; 2R4Y A; 2W6W A; 2DN3 B; 2DN1 B; 1BZZ B; 1DO3 A; 2ZSZ A; 2MGE A; 2VLZ A; 1K1K B; 3VRE A; 1YIE A; 5ILM A; 2RAO B; 103M A; 1XQ5 A; 1IT2 A; 1RQ3 B; 2DN2 B; 4ODC B; 2ZT3 A; 4MQK A; 1DXU B; 3QJC A; 4IRO B; 3LR9 A; 3LB3 A; 1JZL A; 1FN3 B; 5HLU A; 2LH6 A; 1Y83 B; 1UT0 A; 1RTX A; 4M4B B; 3WCP A; 2R50 A; 3WCU D; 1LA6 B; 3MYN A; 2ZSQ A; 3KMF A; 2XYK A; 1XZ7 A; 1QPW B; 2HHE A; 3UGY A; 5E83 B; 1DXT B; 4TYX A; 2ZSP A; 1V5H A; 3WCW C; 1A0Z A; 2QSS A; 1CG8 B; 3W4U B; 1LH2 A; 1HBA A; 2MYA A; 3LR7 A; 3UGZ A; 1MOB A; 3LQD B; 1CH4 A; 1LTW A; 3MJP B; 1AZI A; 1RQA B; 3GKV B; 4WCH D; 3HXN A; 3IC2 A; 110M A; 1B86 A; 1MBC A; 2HBE B; 5JDO C; 1YHU C; 4KJT A; 5HU6 A; 2ZFO B; 3K3U A; 3WFX A; 1V4U A; 1XZ4 B; 5EYS A; 1AJH A; 2R4W A; 5MBN A; 1MYG A; 1HDB A; 3HHB B; 4ROM B; 1MLL A; 2V1J A; 2D2M A; 2D2N A; 2VEE A; 3WCU C; 4FH6 A; 1XYE A; 1OUT A; 1YCB A; 1SDK B; 3V2V A; 1F65 A; 3UHV A; 111M A; 3LB1 A; 4H07 A; 2H8D A; 3WHM A; 1J3Y B; 1Y0T A; 2GKN A; 4MPM A; 2GTL C; 1V4X A; 1HDS B; 1RQ4 A; 1HDA B; 1YGD B; 1TES A; 2QU0 B; 3K8B A; 2V1E A; 2MGJ A; 1AJ9 B; 3MBA A; 5CHR A; 1Y35 A; 3OJ1 A; 1X9F C; 3D4X B; 1RPS B; 1C7C A; 4TWV A; 1BBB B; 4XS0 A; 1MOH A; 1XZ5 A; 2MYE A; 4NXC A; 2PEG A; 3U3E A; 1MLN A; 5CHQ A; 2GDM A; 4F6G A; 3P5Q A; 3NML A; 2LH1 A; 1WLA A; 1K0Y B; 1Y0W B; 2QMB B; 3G4R A; 4WJG A; 4UIQ A; 2G0X A; 106M A; 4MQC A; 1IT3 A; 1J7S A; 3DHT A; 3ZOM A; 2BW9 M; 1Y5F B; 3AQ8 A; 1MYT A; 3ZJQ A; 1M6C A; 1O1J A; 4NI1 A; 1NWI A; 1YVT A; 4JYQ A; 2AUR A; 2HHD A; 4MQH A; 2EKU A; 2QLS A; 1BUW B; 1LFZ B; 1YFF B; 1CQX A; 5HY8 B; 4MXL A; 1IBE A; 102M A; 1EWA A; 3KUN A; 1LFY B; 1YEQ B; 3D17 A; 5CN8 A; 1HBR A; 4FWY A; 3WCW B; 1BVC A; 3ZJL A; 1MLG A; 1IWH B; 4UZV A; 1YEV B; 1SHR A; 4GZG A; 2VM0 A; 1DKE B; 2ZLW B; 2ZS1 D; 1JP6 A; 1YOI A; 3UHE A; 1GDJ A; 2ZLX A; 1Y4F A; 1FDH A; 1RVW B; 2G12 A; 3ZOL A; 4H2L A; 1YMC A; 1BZ1 A; 3MYM A; 1DXC A; 1CIK A; 1QXE A; 2Z6S A; 1Y2Z A; 2W6V A; 5KKK A; 5CN6 A; 4KN3 A; 3UHY A; 3WI8 A; 2ZLU B; 2NRM A; 3E4N A; 2Z85 A; 1G09 A; 2R4X A; 1YEU B; 3WCT C; 2ZSR A; 3G53 A; 3OO4 B; 2DHB B; 1NS6 A; 1URV A; 1HAB A; 5CN9 A; 1C40 B; 5C6Y A; 4UUR A; 1SI4 A; 3OGB A; 4N7P A; 3MKB B; 2GTL B; 2MGH A; 3FS4 A; 2HBC A; 5CNC A; 1GDL A; 1Z8U B; 1A3O A; 1DLW A; 2ZS1 C; 1SPE A; 1VXH A; 3QM6 A; 3UHC A; 1DUO A; 2GRZ A; 1BZ0 A; 3M39 A; 1XZU B; 3ZJH A; 1Y7Z A; 3UHI A; 1I3D A; 2AA1 A; 2ZST A; 3HF4 A; 3OO5 A; 1A6M A; 1Y4G B; 1O1O A; 3QM5 A; 5SW7 A; 5CNF A; 1LFT A; 3S48 C; 4JAC A; 3M38 A; 3PIA B; 1GLI B; 1A4F A; 4YU3 A; 1G08 B; 3AT5 B; 2AUO A; 1A6G A; 4ILZ A; 4ROL B; 2HBF B; 1HV4 B; 3RJ6 A; 1Y4P B; 1HBS A; 5EE4 C; 1NQP B; 1Y7D B; 1DUK A; 2BKM A; 1MTI A; 4HSX A; 3S1J A; 4WJG 1; 2FAM A; 2FRJ X; 1Y45 A; 1XZV A; 1QSI A; 3SZK A; 1NZ3 A; 4C0N A; 1W92 A; 1LFV B; 3GQP A; 4C44 A; 1HGB B; 4F6F A; 3QZX A; 2IG3 A; 1NEJ A; 5F0B A; 1QI8 A; 3QJB A; 5EUI A; 1ABY A; 1EBC A; 1HLB A; 3UH5 A; 3LB2 A; 3EU1 B; 1HCO B; 1IDR A; 1XXT A; 4H0B A; 1Y22 A; 5ILE A; 1DXV A; 2RI4 A; 3ED9 A; 2D60 A; 1O1K B; 2MHB A; 3WR1 A; 3G4U A; 1CLS A; 2NRL A; 3NMM B; 1MBD A; 1SPG A; 4O35 A; 1IRD B; 3AG0 A; 1Y8W B; 3UHS A; 3PT8 B; 1V4W B; 1FSX B; 2GLN A; 2O58 X; 5KER B; 3D7O B; 1FLP A; 3WCT B; 1Y4V A; 2D5X B; 1A00 A; 1YEN B; 3QMA A; 1R1Y A; 3GYS A; 1GBU B; 1YZI B; 1M9P A; 5KDQ A; 3BJ3 A; 1YIH A; 2G11 A; 3R5I A; 1J7Y B; 1O1I B; 1GCW B; 1DWS A; 104M A; 3DHR B; 2WTH A; 1FAW B; 1FHJ B; 3KMF C; 1J7W B; 3BJ2 A; 3ODQ A; 1OR4 A; 3S66 A; 3D1A B; 3NG6 B; 2ZLV A; 1LJW B; 1GZX B; 2EB8 A; 1EMY A; 1Y31 B; 3HYU B; 1LHT A; 1LFQ A; 1CG5 B; 2C0K A; 2ZSS A; 1ABW B; 1M6M A; 1A6N A; 2W72 A; 4L7Y B; 1JP8 A; 2AV3 A; 4FWX A; 2EB9 A; 3G52 A; 2DXM B; 3NFE A; 1YOH A; 4ESA A; 1UX8 A; 1Y8K A; 1MBS A; 3AQ9 A; 3ECX A; 2R80 A; 3ORD A; 3MVC A; 1YHE B; 5CN5 A; 2HHB B; 2HBD A; 4G51 B; 1T1N B; 1Y7C B; 1MBO A; 1C7D B; 1S0H A; 1S6A A; 4M4A A; 4N7O B; 1HAC B; 2MYB A; 2Z6N A; 3ZJM A; 5ILP A; 1UVY A; 2Z6T A; 4LPI A; 2M6Z A; 1Y5K A; 1QSH A; 1HBH B; 4YU4 B; 1V75 A; 2D2N C; 5AB8 A; 1MNO A; 3CY5 B; 3S1I A; 2YRS B; 1Y4Q B; 1YMB A; 4NI0 B; 3MJU A; 5M3S A; 1Y7G B; 2MGM A; 3BJ1 B; 1NXF A; 4MU5 A; 1HHO B; 1XY0 B; 2MGL A; 4HRT B; 2HCO B; 1DO4 A; 2MB5 A; 2DN3 A; 1VHB A; 2VLX A; 3HRW B; 3QM8 A; 1K1K A; 4KMV A; 1Y8H A; 5CN4 A; 1U7S A; 2LH7 A; 3PI8 A; 2AV0 A; 3VRE B; 1YIE B; 3OZV A; 1YEO A; 1KR7 A; 1DXU A; 2R1H A; 1Y09 A; 1S69 A; 2EVP A; 4MQK B; 1BZ6 A; 3ZJJ A; 2GNV A; 1MDN A; 2O5T X; 3IC0 B; 1KD2 A; 3PT7 B; 2VYW A; 1JF4 A; 1QPW A; 4F6I A; 4NZI A; 3GOU B; 3WCP B; 5E83 A; 4HHB B; 2GRF A; 3PI4 A; 3WTG A; 1DXD A; 3A5A A; 1YGF B; 3DUT A; 2VLY A; 3CIU A; 2HHE B; 3S65 A; 3KUO A; 3AT6 A; 1A0Z B; 4FWZ A; 1COH A; 1HBA B; 1UIW A; 1G0A A; 1RQA A; 1G0B A; 107M A; 4O2G A; 2QSP A; 3UBC A; 1LH7 A; 5F2A A; 2BWH A; 3K9Z A; 1MLO A; 1NZ4 A; 3MN0 A; 3HXN B; 3IC2 B; 1B86 B; 1Y8I A; 1MWB A; 1O1M A; 1XZ4 A; 4MQG A; 1Y0D B; 3O89 A; 3VRF A; 1YVQ A; 7HBI A; 5HU6 B; 4U8U D; 1S5X A; 1YE0 A; 3HHB A; 3D1K A; 1MLH A; 2OHB A; 3VRG A; 1J40 A; 1HDB B; 1THB B; 3QJE A; 2GL3 A; 3ZH0 A; 3E5I A; 1SDK A; 2D2M B; 3UH3 A; 1MLS A; 2D2N B; 1EBT A; 1XYE B; 1OUT B; 2G0R A; 2D5Z A; 2H8D B; 3WHM B; 1QXD A; 1YGD A; 5ILR A; 1Y0T B; 3ECZ A; 1AJ9 A; 4NK2 A; 1BJE A; 1RQ4 B; 3UHZ A; 4F6D A; 1MTJ A; 3K8B B; 3IA3 B; 1Y35 B; 4FH7 A; 4ZVB A; 1Y0C B; 1C7C B; 3G4Q A; 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4F6B A; 3HEN A; 3FS4 B; 3H57 A; 2HBC B; 3WFU A; 2G10 A; 1A3O B; 3HEP A; 1LUE A; 2PGH A; 1XZU A; 1O16 A; 3RJN B; 3BCQ A; 3ZJS A; 3PEL B; 2HZ2 A; 2GNW A; 2MGC A; 2ZFB B; 4U8U A; 3FH9 B; 4N8T A; 1MYI A; 1Y7Z B; 3GK9 A; 2QFK A; 2AA1 B; 3HF4 B; 1CH2 A; 1NWN A; 1O1O B; 3HC9 A; 3PIA A; 1GJN A; 2O5O X; 1HRM A; 1LFT B; 2W72 C; 1YHR A; 2CMM A; 1JZK A; 2V1G A; 4ROL A; 1JEB B; 2HBF A; 1A0U B; 3UH7 A; 1A4F B; 4YU3 B; 2H8F B; 2VYZ A; 4MBN A; 1HJT A; 2BK9 A; 2VHB A; 6HBI A; 5E6E A; 1VWT A; 1HBS B; 2MYD A; 1GDI A; 3A5G A; 1G9V A; 3GDJ A; 4N7N B; 3BOM A; 1H1X A; 3G46 A; 1N9X A; 1XZV B; 5EET A; 3SZK B; 1LFV A; 1CIO A; 1Y4R A; 4NK1 A; 5HAV A; 2NSS A; 1JL6 A; 3B75 A; 1FDH G; 3GQP B; 1JPB A; 1NEJ B; 1HGA A; 3QJB B; 5EUI B; 1MLU A; 1ABY B; 1J52 A; 1VXD A; 3AQ7 A; 3MOU A; 2SPM A; 1R1X A; 1WMU B; 1GDK A; 2ZLT B; 2ZT1 A; 1RTE A; 1DXV B; 2RI4 B; 3NMM A; 1MBA A; 1IRD A; 2MHB B; 3WR1 B; 1CBL A; 1CLS B; 4OOD A; 2ZS0 A; 3PI9 A; 1Y85 A; 1V4W A; 3LB4 A; 5E29 A; 1LHS A; 5IKS A; 2MGI A; 3D7O A; 1XZ2 A; 5CND A; 4B4Y A; 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