4PQC | Genus

Total Genus 63

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKHDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__67554786152925__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__67554786152925__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4PQC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__67554786152925__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"67554786152925","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4PQC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__67554786152925__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Physeter catodon
publication title	Regulating the coordination state of a heme protein by a designed distal hydrogen-bonding network. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Myoglobin
total genus	63
structure length	153
sequence length	153
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-03-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	4pqcA00

3M38A 1HCOB 1HV4A 3WCUA 3S66B 3MJUA 4FWYA 3PI1A 4F6GA 3S1JA 4FC3A 4XDIA 4IROA 1XZ4A 5EYSA 3D4XB 1VHBA 3S48C 3LR7A 1LFQB 1CH3A 1MYTA 1S6AA 1LHTA 1V4WB 1Y0AB 1U7SA 1OJ6A 2DN1B 5JDOD 3QJCA 2D2MD 1CG5A 3ZOLA 1MLMA 2ZSXA 3PIAA 4MXKA 3V2ZA 1YHUB 1DKEA 1MBDA 1FLPA 1NGKA 1BUWA 1JL7A 3VREB 1HBAB 3GKTA 1S0HB 3S1IA 3WFXA 4H07A 2DXMA 3K9ZA 1NEJA 2HHEA 1YVQA 1B86A 2V1FA 1Y0TB 3UGYA 1J40B 1A6MA 1ABWA 3DHRB 3LB2A 3WCTB 2MGLA 1MTIA 1UC3A 4ODCB 2G0XA 3S66A 3FS4B 1A3OA 112MA 1XYEB 1BZ1B 3WTGA 4WJG1 1HGAA 3WCWB 3D4XA 1Y4BB 1YHRB 1AJHA 4FWXA 1EBTA 1GCWB 104MA 1HHOB 1GBVB 3MJPB 2W72B 1V4WA 2AV0A 2YRSB 3RJNB 1Y7CB 2DN1A 3A59A 3SDNA 2D60B 3WR1B 1MYZA 3UHRA 2FAMA 1JP9A 1S5XA 1NPFA 3QJBB 1Y46A 2H8DB 1YDZB 2O5LX 1BIJB 1CP0A 1MNOA 3VREA 3OGBA 4WCHD 5KDQB 4X0LA 1IWHA 1Y01B 1LH3A 2B7HB 3IA3B 2QSPB 2AA1B 2ZT2A 3QQRA 5D5RA 2D5ZB 1C7DA 3WCVC 3DHRA 1SWMA 3G4YA 2MB5A 2O5SX 5CNBA 4YU4A 1Y83B 3ZHWA 1CQ2A 2O5TX 4NK2A 1YIEB 1NS6A 1COHB 1HABA 3D7OB 1YHRA 1ASHA 1HHOA 1HBRA 5HU6A 1Y7CA 3VRFB 2PEGB 4TWUA 1WMUB 3IC2A 1XZVA 2D60A 3HHBB 1G09A 1VXFA 1A4FA 3NL7A 1S61A 1MODA 1BABA 1YDZA 1ECAA 3R5IA 5ILEA 1Y4RA 5E29B 3ODQB 3GOUB 4PQBA 3LR9A 1IT2A 3ZJJA 2G0VA 4MAXA 4F6IA 1LA6A 1FN3A 2AA1A 2MBWA 1CIKA 1Y45B 3RGKA 1YG5A 2ZSQA 2WTHA 5B84A 3S65B 1Y7DA 3AG0A 2SPNA 1DXTB 1YVTA 1CMYB 1Y83A 3KMFC 5CN5A 4C0NA 3MVCA 107MA 4FH6A 5CN7A 2ZS0A 3LB1A 3ECLA 3LB4A 3QM5A 3EU1B 1GDKA 3U3EA 3QM8A 1JW8A 1JZLA 1BINA 1MNHA 3UHSA 4F6BA 3HEOA 1YMCA 5EUIA 4SDHA 1H1XA 4U8UC 3G4VA 3VRFA 1T1NB 2O58X 4DC8A 1RQAB 2ZSYA 1ABYB 1BZRA 3IC0B 2RAOB 3VAUA 1JZMA 1HBHA 1EBCA 1Y4QA 4M4AA 2WTGA 1M6CA 2VLYA 3NG6B 4MQCB 3ASEA 1YEOB 3ONZA 3GQPA 3OZWA 1Y8HB 1HLBA 1YOIA 3W4UB 3ZJLA 2HBFA 2VEEA 3OK5A 1NWNA 2HBEB 3ARJA 4F6FA 105MA 1YGDA 3EOKA 4MQJB 5CN9A 1NWIA 4YU3A 5EE4C 1M9PB 2O5OX 2ZLWA 1Y45A 3UHBA 2D2ND 4MQIB 3UH7A 4N7NB 2BK9A 3ZJOA 1GCVB 1XY0B 1CMYA 1YCBA 2ZS1C 1Y35A 5SW7B 1MDNA 3ZJPA 2W6XA 1V75B 1QSIA 3MYMA 2R4XA 3GYSA 1CH5A 2G14A 1JEBA 1CG8B 1NS9A 1O1MA 1Q1FA 2VLZA 1GVHA 1DXVB 1OFKA 2NRLA 3M3BA 3R0GA 1Y4PB 2GDMA 4KN3A 1T1NA 1DUOA 3ECXA 2RAOA 1SDLB 3K8BA 4XS0B 2C0KA 1Y0DA 2XKHA 1Y85B 4F4OA 3HYUA 2DN3A 1FAWB 1MLJA 1YEOA 1Y8HA 2DN2B 3HXNB 4NI0B 1BVDA 2FALA 2G11A 5E6EA 1TU9A 1YHEB 2ZFOD 5JGGA 3MYNA 1BZZB 1YGFB 2HBEA 3UHHA 4H2LA 1Y4FA 4O2GA 1VWTA 1AZIA 4ROLB 1LH2A 4MQIA 1RQ3B 1AJ9A 1XCHA 3PT8B 1J3YB 1QXEB 1MLNA 3QQQA 1YEQB 1CO8A 1GCVA 1J41A 1XY0A 1Y4VB 5F2AA 1XXTB 1Y31A 4O35A 1J7WA 1MYGA 3UHDA 4HSWA 4G1VA 2HHDB 1FCSA 4UIQA 1CG8A 1Y8KA 1O16A 1WLAA 5AZQA 1LJWB 4NXCA 1OR6A 3CY5A 1X9FC 2QU0A 2QMBA 2VM0A 3HRWB 3VRGA 5HLXA 4MQGB 3NMMA 1VXBA 1LFLB 1IDRA 1DO1A 5KERB 1DWTA 1X3KA 1OFJA 5CHQA 1UX8A 4DWTA 4HRRB 2O5QX 2DN2A 2OH9A 3HXNA 1PBXA 1MBAA 1KD2A 1O1PA 3QZXA 1HDSA 1Y09B 2AUOA 4PQ6A 5CHRA 1JL6A 1BZZA 1SHRB 5C6YA 1MWBA 3LQDA 1CLSA 2W6VB 2GRHA 4ROLA 2G0ZA 1R1YA 5JDOC 3G53A 2D2MC 1HACB 1ECOA 3WFUA 1XZ2B 3VHBA 2DHBB 2GTLA 1NZ2A 3PELA 1Y2ZB 1Y4VA 3HF4B 4B4YA 1UVYA 1GDIA 5CN4A 4NI1B 2RI4B 1MLFA 3MBAA 4N7OB 3BOMB 3P5QB 3UHQA 4DC7A 3GK9A 1DM1A 4WJGA 3AQ7A 1O1KB 3HRWA 1G08B 2D5XA 3A0GA 1LHSA 2EF2A 108MA 2V1JA 3E5IA 1LFTB 2JHOA 3KUNA 5KERA 2GL3A 1O1NA 1D8UA 2Z85A 1BBBA 3ZJQA 1O1IB 3SZKB 3WCVB 3OO4A 2SPLA 3UHUA 2HBCA 4ZVBA 3GDJB 2G12A 7HBIA 1A0ZA 3PI9A 1YMAA 2QLSB 3FH9B 2W6VA 4MPMA 2ZFBB 4UZVA 2HBDB 1C7CA 1LFYB 1C7BA 2Z6SA 2D6CA 1Y5JB 2W6YA 1Y2ZA 3PI8B 1GLIB 1RVWB 4N7PB 2MYEA 2W6WA 4NI1A 1XQ5B 1ITHA 5CNDA 1Y0CB 5HAVA 1MNIA 2Z6TA 2ZLTA 1J7YB 1MWCA 4JACA 1UIWA 3QM6A 1YZIA 1OR4A 2HBSB 1AJGA 1BJEA 4MU5A 1HCOA 1YMBA 3WHMB 1VXAA 2OH8A 1NPGA 3ZJHA 3E55A 3PI4A 1RQ4B 1IRCA 2VLXA 1OBMA 5EQMA 1Y5KB 1UX9A 1N9HA 4TYXA 1IT3A 1BZ6A 2V1GA 1LFQA 4G51B 2QRWA 1Y0AA 3M3AA 2GTLD 3BCQB 3BA2A 1PMBA 3GDJA 1F63A 2HCOB 3NMLA 5HY8B 3ZJNA 4MQHB 1RTXA 1OUUB 2R4ZA 2QLSA 3A5BA 2D2NB 4KMVA 3BJ1B 1JPBA 1HGCB 2NX0A 1YHUA 2Z6NB 2R80B 1A3NB 3ZJRA 3WCUD 2HBGA 1HBAA 2BLJM 2ZT1A 3ARLA 1S0HA 4U8UB 3PI8A 1GLIA 1MBOA 4L7YB 2ZT3A 3D17B 1XQ5A 1Y0TA 2G3HA 1HDBB 2MHBB 1J40A 5AZRA 2H8FB 4LPIA 1SPGB 4F69A 1LFVB 5EOHA 3B75B 3WCTA 1YIHB 1URYA 4ODCA 3UBVA 2VYZA 3A2GA 3WHMA 3FS4A 1C40B 1XYEA 1BZ1A 2GNVA 4MBNA 2MGJA 4MQKB 3WCWA 1Y4BA 1Y5KA 4N8TB 1GCWA 1I3EA 1GBVA 3MJPA 1A00B 2W72A 1FSXB 5JDOE 2YRSA 3WFTA 1Y7GB 1K0YB 1N9XA 3BCQA 1MLUA 4MXLA 2ZS1B 1CH1A 3HEPA 3WR1A 3D1AB 4OF9A 1YEVB 1MLKA 2SPOA 2VRYA 3QJBA 3M39A 2Z6NA 2R80A 2H8DA 1GZXB 1MYJA 1BIJA 1UVXA 3O7NA 3G4QA 1MBNA 1Y4GB 5KDQA 4U8UA 1DWSA 4L7YA 3SDHA 2LH6A 2B7HA 2AURA 2QSPA 2LH3A 2D5ZA 3NFEB 3ZOMA 1YOGA 2H8FA 1SPGA 4HHBB 5EYJA 2ZSTA 1HJTA 3AT5B 4PQCA 6HBIA 1I3DA 3AQ6A 6HBWB 4ZVAA 1C40A 2FRIX 2D2NC 1MZ0A 3WFWA 1YIEA 3ECZA 2MGEA 1COHA 3D7OA 1O1OB 3UHEA 1YHUD 4N8TA 5ILPA 4JYQA 1MLGA 1Y7GA 2G0RA 1VREA 3OO5B 1K0YA 1NZ4A 1YE0B 2PEGA 110MA 2MGBA 2ZLXB 3AQ9A 1VXEA 1MCYA 2LHBA 5AB8A 3RJ6A 1F5PA 1WMUA 5EV5A 1Y0WB 2G10A 4G1BA 3UHIA 1ECDA 1S5YB 2AUQA 3HHBA 1MLLA 1G0AB 1MLQA 3D1AA 3WCTD 2R4WA 1YEVA 3UHXA 1A6GA 1JY7B 1YENB 5ILRA 3AQ5A 3ORDA 5E29A 3ODQA 1Y4GA 1X9FB 3GOUA 1MOBA 1YFFB 1V4UB 3WCWD 1DTMA 3G4RA 2ZFOC 3QJEB 3AT6B 3G46A 3S65A 1K1KB 1YH9B 1DXTA 6HBWA 1URVA 3LHBA 1MOHA 3EU1A 3BJ2B 1J3ZB 3ZJMA 1MBSA 3GLNA 1O1OA 1LFZB 1W92A 1JP6A 1V9QA 1NAZA 2OLPA 3QZZA 1N9FA 2D2MB 5CN8A 1YE0A 2MYAA 1THBB 1IBEB 4O1TA 3PT7B 1RQAA 3MOUA 2BNLA 3OZUA 1ABYA 3IC0A 2OIFA 1DXUB 1NZ5A 4FWZA 3ZJSA 3NG6A 4MQCA 1IRDB 1QSHB 1GJNA 1YENA 3W4UA 3GQRB 1IOPA 2ZS0D 2MGMA 1X9FA 1V4UA 1MKOB 5IKSA 4MQJA 1BZ0B 1Y8WB 1CIOA 2LH2A 1HBBB 3CIUB 2MYDA 4UURA 1M9PA 3OZVA 1MOAA 1SPEA 4N7NA 3D1KB 3UHNA 5JDOF 1K1KA 2BKMA 1YH9A 3UHGA 4ILZA 1MYMA 1QPWB 5SW7A 1Y7ZB 2AV3A 1SI4B 2OHAA 5MBAA 1V75A 1JP8A 2W31A 1J3ZA 2IG3A 2QSSB 3AQ8A 5CNCA 1LFZA 1UFPA 1DXVA 1MYIA 2Z8AA 1CPWA 4MBAA 1A9WE 3HENA 1UT0A 3K3UA 1MWDA 2ZLVB 1Y4PA 2MGGA 5E83B 1XZ7B 2XYKA 4AVDA 1THBA 2EB9A 111MA 3PT7A 2FRFA 3TM3A 1SDLA 2MGDA 4XS0A 5HBIA 1WVPA 1Y85A 2O5BX 1JDOA 1CBMA 1XZ5B 1FAWA 1HV4B 2ZT4A 3WCUB 4NI0A 3MN0A 5CNFA 4FC3B 3UHCA 1YHEA 4IROB 2MGAA 1CBLA 1YGFA 5CNEA 1A01B 4M4BB 1S69A 2MGHA 3UHTA 4AVEA 1HRMA 2GNWA 3DUTB 1RQ3A 3PT8A 1MLSA 1J3YA 1QXEA 1JWNA 1VXHA 1YEQA 2GKNA 1MBIA 2SPMA 1QXDB 1Y7ZA 1SI4A 1XXTA 3ZH0A 1V4XB 1DUKA 3DR9A 2R4YA 4ROMB 2E2YA 1B0BA 1J7SB 2HHDA 1A6KA 1LJWA 2BLIA 1LH5A 1ABSA 2DXMB 1NEJB 1QI8B 2HHEB 1DO4A 1YVQB 1B86B 2EKTA 3WI8A 4MQGA 1XZ7A 102MA 4VHBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PQCA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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