4TWV | Genus

Total Genus 59

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDEFKHLKTEAEMKASEDLKEHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATEHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6443342183966494__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6443342183966494__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4TWV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6443342183966494__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6443342183966494","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4TWV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6443342183966494__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Equus caballus
publication title	Horse heart myoglobin mutant (K45E/K63E/K96E) with Zn-deuteroporphyrin IX rcsb
molecule keywords	Myoglobin
total genus	59
structure length	153
sequence length	153
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-07-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	4twvA00

3HRWA 1MNKA 3WCTB 4DC8A 1TESA 1KD2A 1JZMA 4TWUA 3ZJJA 4O4ZA 5CN9A 1YHUA 3BCQB 1YDZB 5E29B 1BBBB 1FCSA 1NZ3A 112MA 5MBNA 1GDLA 1Q1FA 1ECOA 1YHRB 3PELA 3V2VA 1Y22B 2G0XA 3UHDA 4MQKB 2ZT2A 3MKBA 3D1AA 1JEBB 1HBGA 5B84A 1VREA 3ZJIA 1Y7ZA 3SZKB 1R1XA 5EE4D 1MODA 3HEPA 2ZT0A 1THBA 2MGIA 3IC2A 3UHSA 1C7CA 2R1HA 1O1LB 1YGFB 5CN4A 3CIUB 2D2NB 2IN4A 3HF4A 1K1KA 3G4QA 1S0HB 1BINA 1J41A 1G08B 1NPGA 1MLFA 1KR7A 1MWBA 1DO1A 3QM8A 3HHBB 1OUUA 2ZT3A 1MLMA 2VHBA 3ED9A 1MOBA 3B75B 4HRRA 1DXTA 2H35B 3BJ1B 1OJ6A 1J3FA 4C44A 3ECLA 2ZS1B 1YENA 1GCVA 1Y45B 1O1IB 1GVHA 1UIWB 2ZS0B 3NG6A 2G12A 1MZ0A 5HU6A 2HBFB 5KKKA 5CNEA 4N7OB 2PEGA 4PQ6A 3A59A 3OVUC 1FLPA 1Y5KB 3EOKB 1A0ZB 2G10A 2H8DB 3UBVA 1FAWA 3OO5A 1O1JB 1CMYB 2MB5A 1CO8A 3WCVB 1V75A 4MQCB 3ZJNA 4ILZA 3MJPB 1VWTA 2XKIA 2SPOA 1A3OB 1YIEB 4XDIA 1S5XB 3WCPA 1JF4A 1JP6A 1SDLB 5CHQA 2ZSTA 4ROLA 3WCUA 5ILMA 1DWRA 1NGKA 3U3EA 2D5XA 1DXDA 1HLMA 1PBXB 1NZ5A 3MBAA 4F6FA 1Y46B 109MA 1GLIB 2NX0A 3GKVA 1DO3A 2M6ZA 2EF2A 4ROMA 1MNHA 2EB9A 1J7YA 1VXEA 5HAVA 2DXMB 2ZFBB 1Z8UB 2DN3A 2VRYA 1DTIA 4MQHA 2AA1B 3LQDA 1V4WB 3ZJMA 2VYWA 2ZSZA 1RQ3B 1B86A 2BLHA 1EMYA 3PI3A 4B3WA 1DO7A 2QLSB 1Y4GA 3A9MA 3M3AA 3VRGA 3D7OB 1YHUD 2HHBB 1S6AA 1FSXB 4OF9A 103MA 1OUTA 1COHB 5EUIA 4X0LA 1S69A 3BOMA 1GBVA 3GQPA 2DN1A 1VXGA 1NPFA 2ZSQA 2W72A 3AT6B 1WVPA 4HHBB 2OHBA 2QSSB 1URVA 1UC3A 2ZLTA 1Y7GA 2QSPB 1NEJB 3ASEA 1XZ5A 3ZOLA 2MHBB 5KERB 2W31A 4U8UB 1HDAB 2RI4B 1SDKA 1J3ZA 1Y0DA 2VLZA 3G4WA 2R4ZA 2ZLXB 3WCWA 4DWUA 1MTJA 1IT2A 7HBIA 1CBMA 1H1XA 1BUWB 3OGBA 1C7BB 1I3EA 2EKUA 4HSWA 5E6EB 3PIAB 1DKEA 3MOUA 1A3NA 1YE2B 1MLOA 1X9FA 1YOIA 3PT8A 1YE0B 3UH6A 3A0GB 5JDOE 2VYZA 2ZFOA 1GZXA 1YFFB 4N7NA 1V4UB 3UHGA 3D4XB 2V1IA 1YCAA 1CP5A 1HBRA 5KDQA 1O1NB 1Y8HA 4M4BA 2ZLWA 1OFJA 1LH2A 2RAOA 3QM5A 1AJHA 1MNIA 4MBAA 5EE4C 5EV5A 1Y2ZA 1XZUA 1GDKA 4XS0B 3ZJSA 1CG8A 1HGAB 2FRIX 1RVWA 2GRFA 2MGBA 4YU4A 1CH4A 2AUOA 2NRLA 1YEUB 1OR4A 1LA6A 4MQIB 1S5YA 2B7HB 1Y7CA 2OLPA 5AZRA 1LFTA 3SDNA 2V1FA 1A00A 2ZLUA 1A9WA 3GOUA 4F6BA 2YRSB 1A6MA 3E5OA 1LJWA 1Y4PA 1O1MA 1CH5A 1BZRA 1CLSA 3K9ZA 4IROA 3WCTA 1IOPA 3WCUD 1DLWA 1Y4BB 1YDZA 2D5ZB 1EW6A 5E29A 1BBBA 2EVPA 3ZJQA 4NI1B 3OZVA 1YHRA 3UHYA 2GTLD 3UHZA 1Y22A 1Y5FB 2MGMA 4MQKA 2HZ1A 2NSSA 1JEBA 3CY5B 1DUKA 1XXTB 1SWMA 3KUNA 2VLXA 3SZKA 1RPSB 3WFWA 2BWHA 4G1BA 4C0NA 2XYKA 1CH7A 1VXBA 3GQGB 1O1LA 1YGFA 1XZ5B 2E2YA 3CIUA 2D2NA 1DXCA 2AUQA 1JZLA 1LH1A 1VXDA 1S0HA 3UGYA 2W6WA 4KMWA 1G08A 4VHBA 1Y4VB 1MTKA 5JGGB 3HHBA 1XZ4B 1MYZA 4NXCA 5CMVA 3UH7A 1GDJA 3B75A 3G4UA 2H35A 2ZSRA 3BJ1A 1MDNA 1AZIA 4AVDA 1NZ2A 1MYIA 1MBAA 2ZS1A 1Y45A 5MBAA 3MJUB 1O1IA 3AQ9A 3S1JA 2MGCA 1UIWA 2ZS0A 1YIHB 4NK1A 2HBFA 1YHUC 4N7OA 1LH5A 1HDSB 4O4TA 1MYTA 1Y5KA 3EOKA 5EETA 1A0ZA 2H8DA 1X9FD 4GZGA 1O1JA 2EB8A 1NZ4A 5HLXA 1YEVB 3DHTB 3WCVA 4MQCA 3D1KB 1MKOB 3MJPA 4MU5A 4IT8A 1MBIA 1CPWA 3D17B 2ZLVB 1A3OA 1YIEA 3KMFC 1Y31B 1Y83B 1QPWB 3ZJRA 1TU9A 1A01A 1S5XA 3G4RA 3BA2A 3HC9A 1SDLA 1Y7CB 2HBSB 1HRMA 3UH5A 1GBUB 1HSYA 5EYSA 2DHBB 1DLYA 1PBXA 1Y46A 1GLIA 3HYUB 1Y0WB 2VM0A 3AT5B 2HZ2A 4G1VA 3PI8B 1JZKA 1QXDB 2DN2B 1Y8KB 1YOHA 2DXMA 5ILPA 2G0ZA 2NRMA 3FS4B 2ZFBA 1LH7A 3GLNA 2BLIA 4N8TB 3LHBA 3UHVA 2D2MC 2AA1A 1V4WA 1QI8B 4NS2A 1RQ3A 3WCTD 2QLSA 3D7OA 2HHBA 1FSXA 2MGFA 5CN7A 2HHDB 1COHA 3QJDB 3PI1A 1CH9A 1HCOB 3A5BA 4UIQA 3QQRA 3AT6A 4HHBA 3IA3B 1CQ2A 3UBCA 2QSSA 2GNVA 1YEQB 3QMAA 3RJ6A 2XKGA 1J7SB 1DUOA 2QSPA 3ZHWA 1NEJA 2OIFA 3PI4A 2MHBA 5KERA 2G3HA 1S61A 2MYCA 4M4AB 4U8UA 1HDAA 2RI4A 2FALA 4ZVAA 4MQJB 4B4YA 4NZIA 4O2GA 1GCWB 2Z8AA 1ABSA 2ZLXA 4DWTA 2LH6A 3WCUC 5HBIA 1BUWA 1BZ0B 1C7BA 5E6EA 3PIAA 4PNJA 1YEOB 1YE2A 3G46A 3OZUA 2GTLC 1YE0A 3M38A 5CNCA 3A0GA 3ARJA 2MYDA 1YFFA 1YHEB 3OO4B 1V4UA 3D4XA 3PI9B 1O1NA 5E83B 2EVKA 1FDHG 3PT7B 2PGHB 2ZS1D 1HBAB 4TWVA 1YVTB 2ZSPA 1VXFA 1HLBA 4N7PB 3O89A 4XS0A 1ITHA 1HGAA 1KFRA 1HBIA 1JL7A 3UI0A 3QQQA 1OR6A 2DC3A 2ZSOA 1Y0TB 1YVQB 1M6CA 1MNJA 5ILEA 1YEUA 2BLJM 4FWXA 2O5BX 2W72C 1Y8WB 2SPMA 4DC7A 2AV3A 2HBGA 4MQIA 2B7HA 1U7RA 5D5RA 1G09B 1XZVB 1MYFA 1O1PB 3DUTB 3GQRB 5CHRA 1MOHA 4H0BA 111MA 2YRSA 3QM6A 4F6JA 5C6YA 3UHRA 1IWHB 1JWNA 3QM9A 1RSEA 5EYJA 1LTWA 3VREB 3R5IB 2GL3A 3BJ2B 1VHBA 1Y4BA 2D5ZA 2LH5A 4FH7A 4MXLA 2WY4A 4NI1A 3UGZA 1HV4B 1A6GA 2FRJX 1X9FC 2HZ3A 1J7WB 1SI4B 1WMUB 1GJNA 3GDJB 1QSIB 2Z6NB 1Y5FA 1Y01B 1LFLB 3CY5A 2V1JA 1YGDB 1XXTA 3EDBA 2V1GA 2O5OX 1CG5B 1RPSA 2W6XA 5CNDA 3NFEB 3GQGA 3GK9A 1NWNA 1MBOA 3LB2A 1UT0A 2GLNA 2Z85A 1Y4VA 5JGGA 1Y4QB 1XZ4A 1O16A 1R1YB 3W4UB 4HSXA 1ASHA 2BMMA 3MYMA 1RQ4B 1A0UB 4HRTB 3ARKA 2V1KA 2MGDA 1LFYB 3VAUA 1MBCA 2Z6TA 5M3SA 4FC3B 1Y35A 2D60A 3MJUA 1HHOB 2NSRA 4TYXA 4UZVA 3WCTC 3S65B 1YIHA 2W6YA 3TLDA 1I3DA 1M9PB 1J52A 1MTIA 1HBBB 2D2MB 2JHOA 1DXVB 1MLJA 1HDSA 3ONZB 2VEEA 3UHCA 1Y85B 4MBNA 1ABYB 1A6KA 1CIKA 101MA 3EDAA 1YEVA 3UHHA 1DXUB 3DHTA 1SHRB 5CN6A 3D1KA 1MKOA 4ODCB 1VXAA 1RTEA 2VEBA 3G52A 3D17A 1UFJA 2ZLVA 1N9HA 1MLKA 1LFZA 1VXHA 1Y31A 1YG5B 1MYGA 1Y83A 1QPWA 3M3BA 1NXFA 2QU0B 3ARLA 3G4YA 3GKTA 2G0RA 3NL7B 3WFXA 1SPGB 2HBSA 3WTGB 108MA 1XCHA 1GBUA 2DHBA 2O5QX 1DWSA 1J3YB 3V2ZA 1BVDA 3HYUA 1Y0WA 3UHXA 3AT5A 3PI8A 3AQ8A 1IDRA 1QXDA 1HABA 2DN2A 2G11A 3HXNB 4OODA 2LHBA 1Y8KA 5ILRA 1G9VB 1DWTA 3IXFA 3FS4A 1BZZB 4F6GA 2ZT4A 3DHRB 2GTLB 4NK2A 4N8TA 2G14A 1UX9A 2ZS1C 1Y5JB 2AV0A 1Y09B 2HCOB 1QI8A 3ZOMA 1YMCA 1ABWB 3O7NA 1HBHB 1DM1A 2WTHA 4NI0B 3NMMB 3K8BB 2MGKA 3MVCA 1CH3A 1XZ7B 1HDBB 1H97A 2HHDA 3QJDA 1SPEA 2LH7A 1HCOA 1F65A 1O1KB 1YEQA 1J7SA 3AG0A 1QSHB 1XZ2B 2GRHA 2HBCB 4YU3B 2BKMA 4H2LB 4M4AA 1NS9B 1A4FB 3RGKA 2MGAA 4MQJA 3WI8A 4HBIA 1FHJB 1IRDB 1GCWA 3GYSB 1CIOA 1MCYA 1FN3B 1NQPB 2KSCA 1BZ0A 1YCBA 5CNBA 2R80B 3UHTA 1O1OB 1YEOA 1Y35B 3WR1B 1MLNA 2D60B 3WCWD 3QJCB 1WLAA 1YHEA 3OO4A 2HBEA 2LH1A 5D1VA 5SW7A 110MA 1XYEB 2SPNA 3PI9A 3FH9B 2OH8A 5E83A 2R4XA 3PT7A 2PGHA 1HBAA 1YVTA 2ZFOD 1D8UA 5CNGA 4N7PA 3KUOA 106MA 1BJEA 2O5LX 1MOCA 1HGCB 2ZSXA 2LH3A 5JDOF 1NS6B 1MWDA 5AB8A 1RQAB 6HBWB 1MGNA 1LFZB 3UHQA 1Y0TA 1YVQA 1LHTA 3A5GA 3AQ5A 1Y8WA 2D6CA 1MLQA 1G09A 1HACB 1XZVA 1O1PA 3DUTA 3GQRA 3UH3A 5HY8B 2W6VB 2MGGA 3IC0B 5C6EA 3ZJLA 1J40B 4H07A 2V1HA 3A2GA 3S66B 3LB3A 1Y0AB 3QZZA 2O58X 1HABB 2O5SX 1F5OA 2GNWA 1IWHA 1HBSB 1N9XA 3LR7A 1G0BB 1K0YB 1DTMA 3R5IA 3VREA 3BJ2A 1MWCA 1UFPA 2Z6SA 1BZ1B 3NMLA 1V4XB 3EU1B 2R4YA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HRW A;  1MNK A;  3WCT B;  4DC8 A;  1TES A;  1KD2 A;  1JZM A;  4TWU A;  3ZJJ A;  4O4Z A;  5CN9 A;  1YHU A;  3BCQ B;  1YDZ B;  5E29 B;  1BBB B;  1FCS A;  1NZ3 A;  112M A;  5MBN A;  1GDL A;  1Q1F A;  1ECO A;  1YHR B;  3PEL A;  3V2V A;  1Y22 B;  2G0X A;  3UHD A;  4MQK B;  2ZT2 A;  3MKB A;  3D1A A;  1JEB B;  1HBG A;  5B84 A;  1VRE A;  3ZJI A;  1Y7Z A;  3SZK B;  1R1X A;  5EE4 D;  1MOD A;  3HEP A;  2ZT0 A;  1THB A;  2MGI A;  3IC2 A;  3UHS A;  1C7C A;  2R1H A;  1O1L B;  1YGF B;  5CN4 A;  3CIU B;  2D2N B;  2IN4 A;  3HF4 A;  1K1K A;  3G4Q A;  1S0H B;  1BIN A;  1J41 A;  1G08 B;  1NPG A;  1MLF A;  1KR7 A;  1MWB A;  1DO1 A;  3QM8 A;  3HHB B;  1OUU A;  2ZT3 A;  1MLM A;  2VHB A;  3ED9 A;  1MOB A;  3B75 B;  4HRR A;  1DXT A;  2H35 B;  3BJ1 B;  1OJ6 A;  1J3F A;  4C44 A;  3ECL A;  2ZS1 B;  1YEN A;  1GCV A;  1Y45 B;  1O1I B;  1GVH A;  1UIW B;  2ZS0 B;  3NG6 A;  2G12 A;  1MZ0 A;  5HU6 A;  2HBF B;  5KKK A;  5CNE A;  4N7O B;  2PEG A;  4PQ6 A;  3A59 A;  3OVU C;  1FLP A;  1Y5K B;  3EOK B;  1A0Z B;  2G10 A;  2H8D B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4TWVA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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