The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNIKASWEKIGSHGGEYGAEALERTFLCFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKAHGKKVADALTNAVGHLDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPAEFTPAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Mongoose (Helogale parvula) hemoglobin at pH 7.0
rcsb |
| molecule keywords |
hemoglobin
|
| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
57
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WJG A; 1Y8W B; 2H8D A; 2ZSR A; 3HXN A; 1Y4R A; 2W6Y A; 1DWS A; 1JWN A; 1YDZ B; 3MJU A; 5IKS A; 2V1E A; 2VLX A; 2HHE B; 4KMW A; 4BJA A; 1A00 B; 3GK9 A; 2GDM A; 1Y4G A; 1FSX A; 1YIE A; 1XCH A; 3ECL A; 4N7P B; 4F6F A; 4ODC A; 3G52 A; 1A9W E; 1MYJ A; 3W4U B; 1XXT B; 2MGG A; 3A2G A; 5EET A; 1VXD A; 3OO5 B; 1BZ1 B; 4U8U B; 5SW7 B; 1DXT A; 2ZSX A; 1V4X B; 3H58 A; 4UZV A; 2NSS A; 1Y83 A; 3KUN A; 3NL7 B; 2MGE A; 2ZWJ A; 1G09 B; 3RJ6 A; 3MBA A; 2BNL A; 1FHJ A; 1Y0D B; 1RPS B; 1I3E A; 1MLN A; 4U8U C; 1MYM A; 1RQ4 B; 3ZJR A; 3EOK A; 5EOH A; 4HSW A; 4ZVB A; 1O1J B; 3QJC B; 3DHT A; 3UBV A; 1Y4R B; 3UBC A; 2WTH A; 1G08 B; 3E4N A; 3AT6 B; 5ILM A; 1SHR A; 1J7S B; 5C6Y A; 3BCQ A; 4DWU A; 1FSX B; 1LFT A; 1GDK A; 1NZ5 A; 1F63 A; 1A9W A; 2MGK A; 1ITH A; 4ODC B; 1GCW B; 2OH9 A; 3KMF A; 4F6G A; 1SDK B; 2HBF A; 1BZR A; 1DWT A; 2ZS1 A; 1AZI A; 3ARJ A; 1UVY A; 1YFF B; 1O1N A; 1DXT B; 2Z8A A; 3QJD A; 1O1K B; 1MWD A; 2ZLT A; 1YOI A; 3NML A; 1K0Y A; 3ARK A; 1ABS A; 1YHE B; 4FWY A; 1Y8I A; 3PIA B; 5HY8 A; 1G0B A; 1LFV A; 1XY0 A; 1FHJ B; 1MBD A; 2M6Z B; 4ESA A; 4N7O A; 5CNE A; 3QM6 A; 2MHB B; 5AZR A; 3S66 A; 3UHI A; 4NI0 A; 2ZST A; 3QM7 A; 1R1Y A; 3TLD A; 2AUQ A; 4FH6 A; 1A0Z B; 2EB8 A; 1UVX A; 1OR4 A; 2QSP A; 4NZI A; 1O1O B; 3ZHW A; 1LHT A; 2HHD A; 3ASE A; 5JDO D; 1NXF A; 3WFU A; 1MBC A; 2DC3 A; 2MBW A; 1YOG A; 1Y7C A; 2QSS B; 1B86 A; 1MLS A; 1HBI A; 3D1K B; 1PBX A; 1QSH A; 3TM3 A; 1EW6 A; 2HBF B; 4MBA A; 2G11 A; 1M9P B; 1LH5 A; 1GVH A; 1JDO A; 1Y22 A; 2D5X B; 2MB5 A; 4DWT A; 1MCY A; 104M A; 3G4R A; 3GDJ B; 6HBI A; 2PEG A; 3WTG A; 1Y8I B; 4MQK B; 1Y5J B; 1MLJ A; 1QPW B; 1MBI A; 3ORD A; 1Y7Z B; 1V75 A; 1O1L B; 4GZG A; 1J40 A; 3D17 B; 3NG6 A; 3PI9 B; 1X9F B; 1VWT A; 1R1Y B; 2ZS0 B; 3LR7 A; 1YHR A; 2ZT2 A; 1DXC A; 1OUT A; 1Y8H A; 3CY5 A; 4MXL A; 4M4A B; 2ZFB A; 1LHS A; 2JHO A; 1LTW A; 3S1I A; 1JL6 A; 1N9X A; 1Y35 B; 4H2L A; 1Q1F A; 3VRF A; 6HBW B; 1LUE A; 1Y7C B; 2H35 B; 1X9F C; 1CH2 A; 2ZS0 C; 1JZM A; 4AVE A; 3WCP A; 3HHB B; 2KSC A; 1GDJ A; 1CG5 B; 1MWB A; 1UC3 A; 5HLU A; 3LQD B; 3ZJH A; 1GZX B; 2DN2 A; 1O1M B; 3UHG A; 1YE0 A; 2NSR A; 1CH9 A; 1YGF A; 2RAO A; 1CG8 A; 4MQC A; 1YHU D; 3AQ5 A; 5F0B A; 1JPB A; 2HZ2 A; 3PT8 A; 3GQP A; 1RQ3 B; 2G0Z A; 1HBH A; 3WCV D; 1J40 B; 1HV4 A; 108M A; 3DUT B; 1VWT B; 3LB1 A; 1MWC A; 2Z6N B; 1J3Z B; 3GYS B; 2ZFB B; 3G4Q A; 3ZJL A; 1GDL A; 3GKV A; 1YGD A; 5AB8 A; 4PQ6 A; 1S69 A; 4NK1 A; 2MGF A; 3AQ9 A; 3WCU D; 1K1K A; 2ZFO B; 1HAC A; 2D6C A; 2D60 A; 1J7W A; 2VEE A; 1ABW A; 2RI4 A; 1YEU A; 1HHO A; 3MYM A; 2XYK A; 1NGK A; 4HSX A; 3R5I A; 2MGB A; 2ZFO C; 1V4W A; 1TU9 A; 1BIN A; 1OR6 A; 1HBB B; 1VXA A; 3MYN A; 3MVC A; 3O89 A; 1XZ5 B; 2G0R A; 3UH6 A; 1XZ4 A; 3PT8 B; 1Y45 A; 3S1J A; 1HBH B; 3ODQ A; 2LH3 A; 3E5I A; 3UHV A; 1TES A; 2R1H B; 1M6C A; 4G1V A; 3QM5 A; 1A01 A; 1HBS A; 4HRT B; 4ZVA A; 1J41 B; 4XDI A; 2CMM A; 1GBU A; 3EU1 B; 3QZX A; 5CHR A; 3TM9 A; 2ZLV A; 1ABY A; 2HBD A; 5CMV A; 1K1K B; 1G9V A; 1Y85 A; 1R1X A; 1DO7 A; 1ECN A; 1NIH B; 1V4U B; 2FRJ X; 1YZI A; 1NZ3 A; 1J52 A; 3PEL B; 1QI8 B; 3PI2 A; 1YEU B; 1VHB A; 1BIJ B; 3OZU A; 1MBA A; 2EKT A; 1COH A; 2W6W A; 1CBL A; 1Y4F B; 3QM9 A; 3QJB A; 4KMV A; 5CNB A; 1A4F B; 2B7H B; 3UHK A; 1XZ4 B; 2ZSZ A; 1Y46 A; 2D2M D; 1Y2Z B; 2BLI A; 3OK5 A; 4MQJ B; 1DXV A; 3WR1 B; 5HU6 A; 3ODQ B; 1Y4V A; 3SZK B; 1S0H A; 1Y0C B; 1A01 B; 1UT0 A; 4MBN A; 4DC7 A; 1OUU B; 3UHQ A; 1N9H A; 1SDL A; 4YU4 B; 3DR9 A; 4MPM A; 3D7O A; 4MQH A; 1WLA A; 1AJH A; 2GKM A; 3V2Z A; 2HZ1 A; 3K9Z A; 1Y85 B; 1UX9 A; 4HRR B; 1YDZ A; 3MKB B; 2MYC A; 2HHE A; 1A00 A; 1Y7D B; 1MBO A; 1QXE B; 1S6A A; 1FDH G; 3VRG A; 4N7P A; 4NXA A; 1IOP A; 1JF4 A; 3W4U A; 1MLG A; 3ZJJ A; 1XXT A; 3AQ8 A; 1JEB B; 1NQP B; 1Y46 B; 3OO5 A; 1GCV B; 5EQM A; 1BZ1 A; 4U8U A; 1ECD A; 3AQ6 A; 2DN3 B; 5SW7 A; 1UX8 A; 1V4X A; 102M A; 3A0G B; 2FRF A; 1YEN B; 3NL7 A; 1Y4V B; 2GRZ A; 1V9Q A; 1G09 A; 2OHB A; 3UH5 A; 1Y0D A; 2AUO A; 1RPS A; 1CMY B; 3AT5 B; 4MQG B; 1NS6 A; 3RJN B; 1RQ4 A; 1SPE A; 4MQH B; 4O2G A; 2ZSY A; 3PI8 A; 3EDA A; 3ZOM A; 1CQ2 A; 2V1G A; 1O1J A; 3ZH0 A; 3QJC A; 1RSE A; 2OIF A; 1VXC A; 1Y4B B; 2ZLX B; 2GTL D; 1G08 A; 5KKK A; 2QFK A; 111M A; 3AT6 A; 2D2N D; 4YU3 B; 2OHA A; 3S65 B; 1YVQ B; 1J7S A; 1A3O B; 3VRG B; 1NEJ B; 2O5L X; 1YMA A; 1DO3 A; 4G51 B; 1GCW A; 1MKO B; 1RTE A; 2BWH A; 1SDK A; 4SDH A; 4F4O B; 2G3H A; 2LH6 A; 1S56 A; 2LHB A; 4XS0 B; 4AVD A; 1SWM A; 1YFF A; 2IG3 A; 1O1K A; 2MGL A; 1H97 A; 1MNO A; 1YHE A; 1CO9 A; 3K8B A; 1YE2 B; 1X46 A; 3UGY A; 1Y0T B; 3PIA A; 1MLU A; 1HLB A; 1VXG A; 2M6Z A; 1YMC A; 1NS6 B; 2MHB A; 1LJW B; 3G53 A; 3GQG B; 1BJE A; 1JY7 B; 1LH3 A; 1MOH A; 2GKN A; 1Y5F B; 1NWN A; 3PI8 B; 3GLN A; 5CNF A; 3ZJP A; 5JDO C; 1A0Z A; 2MGD A; 3BA2 A; 1IRD A; 1O1O A; 1HDA B; 3H57 A; 3WFX A; 2GNW A; 3FS4 B; 2QSS A; 2W31 A; 5KDQ B; 2BW9 M; 4TWU A; 3EDB A; 3D1K A; 4DC8 A; 1AJ9 B; 1HJT A; 1M9P A; 3HRW B; 4NXC A; 4O4Z A; 2D5X A; 3QJE B; 1KFR A; 5EYJ A; 1CP5 A; 4MAX A; 3GDJ A; 2R80 B; 2C0K A; 2G10 A; 3OJ1 A; 3K8B B; 1HDB B; 1VXH A; 4MQK A; 3QQR A; 1Y5J A; 4FWZ A; 2NRL A; 1QPW A; 3LB3 A; 5MBN A; 3AG0 A; 1Y7Z A; 1O1L A; 1FSL A; 1V5H A; 3D17 A; 1C7D B; 1MYG A; 1X9F A; 3PI9 A; 2ZS0 A; 2AUP A; 2MGA A; 3E5O A; 2SPL A; 2Z6S A; 3G4W A; 1IRD B; 1RVW A; 1KD2 B; 4M4A A; 1RQA A; 2PGH B; 1PMB A; 1Y35 A; 6HBW A; 2MYB A; 2DN1 B; 4O1T A; 2H35 A; 4OF9 A; 1DO1 A; 3IC2 B; 1YHU B; 5MBA A; 1LFL B; 5EE4 D; 1GBV B; 3HHB A; 3UHR A; 3ED9 A; 3P5Q B; 1OJ6 A; 3WCV B; 1CG5 A; 2R4Z A; 1THB B; 3LQD A; 1QSI B; 5E6E A; 1YEV B; 1GZX A; 1O1M A; 4KN3 A; 3OO4 B; 1HGC B; 1S5X B; 1YHU C; 1BZ0 B; 3BOM B; 1MYH A; 4HHB A; 4M4B B; 1A6N A; 1U7R A; 1HDS B; 1XZU B; 1Y7G A; 2XKH A; 1WVP A; 3WCV C; 3D1A B; 2O58 X; 1RQ3 A; 2O5S X; 5EUI A; 3WCW A; 3DUT A; 1V07 A; 3OZW A; 1C7B A; 2GNV A; 2G14 A; 3QMA A; 1A0U B; 2Z6N A; 1J3Z A; 3GYS A; 2HCO B; 1RVW B; 5HLQ A; 1RQA B; 3B75 B; 1VXE A; 1IRC A; 1CIK A; 5M3S A; 3UH7 A; 2MYA A; 5JGG B; 2ZFO A; 3E55 A; 1MBS A; 3UHD A; 1URV A; 2OLP A; 3MJP B; 2Z6T A; 1DLY A; 5CN7 A; 1UIW B; 4N7N B; 3SDN A; 3UHC A; 5E6E B; 1HGB B; 2MYD A; 1NPG A; 4PQB A; 1F5P A; 2BKM A; 3G4U A; 2AUR A; 2G12 A; 4HHB B; 1HBB A; 2ZSQ A; 1Y7G B; 1ECO A; 1XZ5 A; 2QU0 B; 4MQI B; 106M A; 1MTI A; 5EUI B; 2R4Y A; 3WCW B; 1C7C B; 2R1H A; 3BJ2 B; 1MTK A; 1XYE B; 1C7B B; 4HRT A; 1BVC A; 4JAC A; 5E29 B; 1CO8 A; 1J41 A; 1FAW B; 2W72 B; 1YEQ B; 3UH3 A; 4NI1 A; 3EU1 A; 1SI4 B; 1KR7 A; 1Y09 B; 3WCW C; 2QMB B; 4B3W A; 3G4V A; 2ZS1 D; 1LH6 A; 1NWI A; 4FH7 A; 2D2M B; 1NIH A; 4X0L A; 1V4U A; 2W72 C; 1BUW B; 1HCO B; 3S48 C; 3PEL A; 1QI8 A; 1Y5K A; 2ZLW B; 5KER B; 2SPM A; 2HBE B; 1BIJ A; 3ECX A; 1Y01 B; 4L7Y A; 1Y4Q B; 1Y4F A; 1LA6 B; 2FRK X; 2LH2 A; 1NPF A; 2FAM A; 3WCT A; 1MOC A; 3HEN A; 3A9M A; 2D2M C; 1J3Y A; 1DTI A; 1A4F A; 3LB2 A; 1A6M A; 2B7H A; 1NS9 B; 3A59 A; 2EVK A; 1U7S A; 1DXU B; 4JYQ A; 4O35 A; 1Y2Z A; 4MQJ A; 3WR1 A; 2AV3 A; 2VYW A; 1XZ7 B; 1O16 A; 1IBE B; 3SZK A; 1FCS A; 1Y0C A; 1YVT B; 1NAZ A; 3M3A A; 3PI1 A; 4ROL B; 1O1I B; 1B0B A; 2VYZ A; 3BJ1 B; 4NI1 B; 1OUU A; 3ZJS A; 5HAV A; 1BZZ B; 4N8T B; 4YU4 A; 3GKT A; 3UHS A; 4IT8 A; 2EF2 A; 4HRR A; 2MGH A; 4X0L B; 1J7Y B; 3A5A A; 3MKB A; 2AA1 A; 2EVP A; 2VRY A; 1Y5K B; 1Y7D A; 1HAB B; 1QXE A; 4L7Y B; 1MLR A; 4ROM B; 1DWR A; 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2V1I A; 3FS4 A; 3OVU C; 5KDQ A; 1HBR B; 3ZJM A; 1Y4P A; 1AJ9 A; 3G46 A; 4O4T A; 1Y0W B; 1BAB B; 4VHB A; 3HRW A; 1HRM A; 1MTJ A; 2HBC A; 3QJE A; 1WMU B; 3GQR A; 1YEO B; 3UHB A; 2R80 A; 5CHQ A; 1C40 B; 1EWA A; 1HDB A; 1FN3 B; 2BLJ M; 4B4Y A; 1MYI A; 1OFK A; 2FAL A; 5ILE A; 1C7D A; 1NZ4 A; 1L2K A; 1YH9 B; 110M A; 1HGA A; 2ZSN A; 2ZT0 A; 7HBI A; 2YRS B; 1KD2 A; 1N9I A; 3UHW A; 1ECA A; 4NS2 A; 1XZ2 B; 1JP9 A; 2PGH A; 4PQC A; 3NMM B; 1MLF A; 3KUO A; 112M A; 4H0B A; 5EE4 C; 3MOU A; 1LFZ B; 2DN1 A; 5CNC A; 2QFN A; 4QAU A; 1F5O A; 2H8D B; 3IC2 A; 1YHU A; 3HXN B; 1LFL A; 1ASH A; 2GLN A; 1GBV A; 2LH1 A; 1Y4P B; 2VLZ A; 3O7N A; 3P5Q A; 3MJU B; 4H07 A; 3WCV A; 2O5T X; 1Y4G B; 1THB A; 1GJN A; 4F69 A; 1QSI A; 3UHH A; 2HBC B; 1YIE B; 1YEV A; 3VHB A; 2HZ3 A; 3GQR B; 1LFQ A; 3OO4 A; 1HGC A; 1S5X A; 1BZ6 A; 2QRW A; 1BZ0 A; 3BOM A; 3WFW A; 4M4B A; 3LR9 A; 1HDS A; 1MOA A; 1XZU A; 2LH5 A; 4FWX A; 1BVD A; 3UHY A; 1W92 A; 1YG5 A; 3WCU A; 1AJG A; 3D1A A; 109M A; 1MNJ A; 1DXD A; 1RTX A; 1CIO A; 4WCH D; 3ZJQ A; 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