The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
150
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structure length |
150
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Chain Sequence |
FKRMKDEWTGLVEQADPPIRAKAAEIAVAHAHYLSIEFYRIVRIDPHAEEFLSNEQVERQLKSAMERWIINVLSAQVDDVERLIQIQHTVAEVHARIGIPVEIVEMGFRVLKKILYPVIFSSDYSAAEKLQVYHFSINSIDIAMEVMTRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural analysis of an oxygen-regulated diguanylate cyclase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Diguanylate cyclase DosC
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| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Escherichia coli (strain k12)
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| total genus |
57
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| structure length |
150
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| sequence length |
150
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.65: Diguanylate cyclase. |
| pdb deposition date | 2015-05-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IWH A; 1VWT A; 3UHH A; 3ZJO A; 1MLL A; 4OOD A; 1XZ2 A; 2LHB A; 3A5G A; 1MNO A; 3UGY A; 5EUI B; 1S56 A; 1RQ4 B; 2MGJ A; 1Y0W A; 4L7Y B; 1Y8K B; 1LH7 A; 5SW7 B; 3PI1 A; 4NK1 A; 6HBI A; 2MYB A; 5JGG B; 2G12 A; 3R5I B; 5E29 A; 5ILR A; 3B75 B; 3HYU A; 2ZSZ A; 1Y0T A; 1LFT A; 4GZG A; 1MZ0 A; 3S66 B; 2GTL A; 5HU6 B; 1Y45 A; 4H2L A; 3LHB A; 1EMY A; 4YU3 A; 2V1I A; 1HCO A; 1LFL A; 5JOM A; 3NFE A; 1SPE A; 1GDL A; 3BA2 A; 1C7B A; 1IT3 A; 3UHD A; 2R4X A; 4F4O B; 1M6C A; 1BZR A; 2FAL A; 1UMO A; 5EUI A; 1RQ4 A; 3UI0 A; 1UX9 A; 4L7Y A; 1Y8K A; 1BZ1 B; 3WCW D; 5SW7 A; 3EOK B; 1LH6 A; 5CNE A; 5JGG A; 3QQQ A; 1A6K A; 5E6E B; 2MGH A; 2O5M X; 1MYH A; 1CH2 A; 3R5I A; 4M4A B; 1ASH A; 4MQK B; 3ZJP A; 1B0B A; 3B75 A; 1LJW B; 2D6C A; 2AV3 A; 1MOC A; 4ZVA A; 1MDN A; 4IT8 A; 5MBN A; 2LH2 A; 3S66 A; 5HU6 A; 1LHS A; 2VEE A; 1KR7 A; 5F2A A; 3ZHW A; 1MTJ A; 2GNV A; 1AJG A; 2VYW A; 2VHB A; 1YHU C; 2W72 B; 1JP9 A; 3UH7 A; 3TM9 A; 1CQX A; 4F4O A; 1BZ0 B; 1HBS B; 2ZS1 D; 2QSS B; 1AJH A; 1JL7 A; 1N9I A; 1MLR A; 2DN3 B; 1BZ1 A; 1MLG A; 3EOK A; 2WTH A; 3WCU D; 1YOI A; 5E6E A; 1O1J B; 1Y4B B; 3RJ6 A; 1Y01 B; 4M4A A; 4MQK A; 2VM0 A; 1LJW A; 2ZFO D; 4MU5 A; 5EE4 D; 1MLH A; 5MBA A; 3EU1 B; 1HSY A; 3MJU B; 5EYJ A; 2MBW A; 1YGD B; 3QZX A; 2FRK X; 3WCV C; 1XY0 B; 4KMW A; 1YOH A; 2MGK A; 3AT5 B; 2RI4 B; 1DXT B; 1MOB A; 1AJ9 B; 1UFJ A; 4FH7 A; 1BVD A; 2W72 A; 1YVT B; 1BZ0 A; 1HBS A; 2G11 A; 2QSS A; 1FLP A; 1MWB A; 4MQJ B; 3S1I A; 2R80 B; 3CY5 B; 2DN3 A; 1JF3 A; 5HY8 B; 3GQR B; 3M39 A; 1Y4B A; 3KUO A; 1J52 A; 3ZJJ A; 4OF9 A; 2ZS0 C; 1RTE A; 3MJP B; 3EU1 A; 3MJU A; 1HV4 B; 1YGD A; 1YCA A; 1MLU A; 4F6F A; 2E2Y A; 1QXE B; 1Y7Z B; 1XY0 A; 2O58 X; 3OVU C; 3AT5 A; 2VLX A; 2RI4 A; 5JDO C; 2HBF B; 1DXT A; 3IC2 B; 2HHE B; 1AJ9 A; 4TWV A; 2G10 A; 1JPB A; 3SDH A; 1RQA A; 3ZOM A; 1U7R A; 3VHB A; 4MXK A; 5KKK A; 1Y7G B; 3A0G B; 4O35 A; 3ARK A; 1N9X A; 1YVT A; 3D1K B; 4B4Y A; 1MYZ A; 1LH2 A; 2M6Z B; 4MQJ A; 2R80 A; 2XYK A; 3CY5 A; 102M A; 1Y83 B; 5CNB A; 1Y4V B; 4L2M A; 1A0Z B; 2O5L X; 1YMA A; 3WCT C; 1NGK A; 5HY8 A; 3GQR A; 5CN8 A; 5C6Y A; 4NS2 A; 1Q1F A; 4F68 A; 3MJP A; 2H8D B; 1HV4 A; 2FRJ X; 4O4T A; 1Y5J B; 1QXE A; 1Y7Z A; 2AUR A; 2B7H B; 4MPM A; 2D2N D; 3H58 A; 1CPW A; 5CNF A; 4IRO B; 3OGB A; 1CP5 A; 3FS4 B; 3UHI A; 2HBF A; 2OHB A; 1G0A B; 1HGA B; 2HHE A; 2MB5 A; 3ZOL A; 3WCW C; 3PT7 B; 3V2V A; 1GDI A; 4PNJ A; 1Y7G A; 3A0G A; 2EVP A; 2C0K A; 3D1K A; 1QI8 B; 2M6Z A; 2NRM A; 1JZM A; 1BJE A; 2GRF A; 1ABW B; 1EWA A; 1Y4V A; 1CH1 A; 1A0Z A; 3BJ3 B; 1IBE A; 1HBB B; 3LQD B; 1VXG A; 5F0B A; 1Y46 B; 1MYJ A; 5C6E B; 3G46 A; 2H8D A; 2MGF A; 1HDA B; 3IA3 B; 1Y5J A; 2B7H A; 1MBA A; 4VHB A; 1FAW B; 111M A; 4IRO A; 1B86 B; 1A6M A; 2ZS1 C; 3FS4 A; 1G0A A; 1HGA A; 1NZ3 A; 3AG0 A; 1O16 A; 2R50 A; 3PT7 A; 1DXU B; 1HJT A; 2XKG A; 2HBE B; 3UHR A; 1UVY A; 1NXF A; 3OZW A; 1QI8 A; 5B84 A; 1ABW A; 1SI4 B; 1ITH A; 4G1B A; 2O5T X; 3LB1 A; 3BJ3 A; 4MBN A; 2ZSQ A; 1SHR B; 1HBB A; 1J40 B; 2MGG A; 3LQD A; 4HHB B; 3QJD B; 1Y46 A; 5C6E A; 3PI3 A; 3UHK A; 1JWN A; 1HDA A; 3HEP A; 1JW8 A; 2H35 B; 5CNG A; 2W6W A; 4M4B B; 1FAW A; 1S5X B; 1B86 A; 1GLI B; 1A9W A; 1J3Z B; 1CH4 A; 2MGD A; 2GTL C; 1BAB B; 3KMF C; 2XKH A; 1DXU A; 5D5R A; 2MHB B; 4AVD A; 3OK5 A; 3IC0 B; 2HBE A; 2ZSS A; 3A5B A; 2ZSN A; 4DWU A; 1XCH A; 2MGB A; 2R4Y A; 1MNK A; 1Y8W B; 5EOH A; 4MXL A; 1SI4 A; 1YGF B; 3OJ1 A; 1CH9 A; 1DWS A; 1MYM A; 1XZ5 A; 1HLM A; 4FWZ A; 2QSP B; 1SHR A; 1J40 A; 1X9F C; 3D4X B; 4HHB A; 3UHT A; 4U8U B; 1Y8H B; 3QJD A; 2EKU A; 3WCU B; 2R4W A; 5E83 B; 1IDR A; 3SDN A; 4DC7 A; 1MBD A; 2H35 A; 2O5B X; 1NPG A; 2HBD B; 1S69 A; 2ZFO B; 4M4B A; 1S5X A; 3UH6 A; 2YRS B; 1GLI A; 1J3Z A; 1BAB A; 2D2M B; 2FAM A; 2MHB A; 3IC0 A; 3RJN B; 5ILM A; 3ECL A; 1BUW B; 1V75 B; 1HLB A; 2ZLX B; 3PI9 B; 2BLH A; 2NX0 A; 1Y8W A; 2ZS0 D; 3GDJ B; 1BIN A; 1Y7D B; 1GJN A; 3QM5 A; 1YGF A; 1TU9 A; 1RPS B; 3NMM B; 1K0Y B; 1O1P B; 2QSP A; 3D4X A; 2D2N C; 5JDO D; 2LH5 A; 1Y22 B; 4U8U A; 1Y8H A; 2EF2 A; 1JP6 A; 3WCU A; 5E83 A; 2V1F A; 3SZK B; 1MWD A; 1Y4Q B; 3UHW A; 2HBD A; 3LR9 A; 103M A; 2ZFO A; 1BZZ B; 2GDM A; 1NPF A; 2YRS A; 3LB4 A; 1CO8 A; 5CHR A; 1D8U A; 2D2M A; 3WCT D; 4KN3 A; 1O1M B; 1BUW A; 1V75 A; 2ZLX A; 2EB9 A; 3PI9 A; 3GDJ A; 1Y7D A; 2V1E A; 2V1K A; 4FWY A; 1RPS A; 3NMM A; 1LUE A; 2BWH A; 1K0Y A; 5JDO F; 1O1P A; 3O89 A; 1CH7 A; 1FHJ B; 3NML A; 3OO5 B; 3QM8 A; 1DXV B; 1FDH A; 1DO3 A; 1Y22 A; 1XZ4 B; 1RSE A; 4MQG B; 3ONZ B; 3V2Z A; 3SZK A; 3CIU B; 1TES A; 1Y4Q A; 7HBI A; 3UH5 A; 2MGA A; 1BZZ A; 3HF4 B; 4SDH A; 1MOA A; 4ZVB A; 2QRW A; 1R1X B; 1N9F A; 2MYA A; 5M3S A; 3ZJQ A; 1Y5F B; 3M38 A; 1O1M A; 1I3E A; 1CH5 A; 1GBV B; 1GVH A; 1VXD A; 4X0L B; 1F65 A; 3A9M A; 3UHV A; 3UHZ A; 4QAU A; 1CIK A; 3AQ6 A; 5EYS A; 1FHJ A; 1CH3 A; 2ZWJ A; 3OO5 A; 1YE0 B; 1DXV A; 1MNJ A; 3QQR A; 1FSX B; 1EBT A; 2D5X B; 1XZ4 A; 1MBC A; 1GBU B; 4MQG A; 3ONZ A; 1PMB A; 1LHT A; 4O4Z A; 2QFK A; 3CIU A; 3ZH0 A; 4F6G A; 3GLN A; 1DWT A; 3ODQ B; 4NXA A; 3HF4 A; 2IG3 A; 3GOU B; 1X3K A; 2EB8 A; 4HSW A; 1R1X A; 3A2G A; 1C7D B; 3NL7 B; 3G4R A; 3LB2 A; 1Y5F A; 2BK9 A; 1O1L B; 3S48 C; 1BVC A; 2KSC A; 2SPM A; 1HAC B; 1GBV A; 1MBS A; 4X0L A; 1IT2 A; 2AA1 B; 3AQ7 A; 4TYX A; 3A5A A; 1G9V B; 1RVW B; 1O1N B; 1YE0 A; 2MGE A; 1FSX A; 2D5X A; 1GBU A; 2GTL D; 1Y5K B; 1H97 A; 3E5I A; 1O1J A; 3QM9 A; 1DKE B; 3ODQ A; 3GOU A; 1OJ6 A; 1YHU B; 2DN2 B; 1MCY A; 1F5P A; 1C7D A; 3NL7 A; 1Z8U B; 1J7S B; 3H57 A; 1O1L A; 1HAC A; 1X9F D; 4H0B A; 1S61 A; 5AZQ A; 2AA1 A; 3OZV A; 3K3U A; 1LA6 B; 1G9V A; 3MOU A; 1H1X A; 1CG5 B; 1RVW A; 5HLX A; 1IRC A; 3LR7 A; 1O1N A; 1NWI A; 3WCP B; 2W6X A; 3E5O A; 1KFR A; 1MNH A; 1UIW B; 4JAC A; 1MTI A; 3A59 B; 3WCV B; 3VAU A; 3G4V A; 1Y5K A; 1OBM A; 1JZL A; 2QLS B; 3WR1 B; 3WFU A; 1WVP A; 2W6V B; 1DKE A; 4PQB A; 1NZ5 A; 1CMY B; 2ZT4 A; 1V9Q A; 1CO9 A; 1A00 B; 1YHU A; 2DN2 A; 1MLM A; 4O2G A; 1Y4R B; 1J7S A; 4NZI A; 2ZST A; 2ZSY A; 3IC2 A; 1LA6 A; 6HBW B; 104M A; 3UHE A; 5EET A; 1NS9 B; 1CG5 A; 3S65 B; 3UHQ A; 3ZJI A; 1BBB B; 2LH7 A; 2ZLV B; 3WCP A; 1FSL A; 4BJA A; 4F6J A; 2BLI A; 5CND A; 1SWM A; 3WHM B; 1Y83 A; 1UIW A; 3A59 A; 3WCV A; 2LH1 A; 2QFN A; 3UH3 A; 1CQ2 A; 2QLS A; 2Z6T A; 3WR1 A; 3UHY A; 1XZV B; 2W6V A; 3RGK A; 1CMY A; 2ZLW B; 3UHU A; 1A00 A; 1HHO B; 1V5H A; 1Y4R A; 2G0Z A; 2O5Q X; 2HZ3 A; 3HEN A; 1YE2 B; 1OFK A; 2D60 B; 3WCT B; 6HBW A; 4MQC B; 2W6Y A; 1ABS A; 1NS9 A; 3S65 A; 1BBB A; 3G4Y A; 4NXC A; 3UHG A; 2ZLV A; 1U7S A; 1YEU B; 4C44 A; 1CLS B; 3WHM A; 1A0U B; 2O5S X; 4N7N B; 4HRR B; 1MLK A; 4U8U C; 108M A; 1XZV A; 2MGL A; 1O1O B; 3D1A B; 1S0H B; 3O7N A; 5HBI A; 2ZLW A; 1HGC B; 3WCW B; 1HHO A; 2HHD B; 2GNW A; 3GQG B; 4LPI A; 1JL6 A; 3ORD A; 1S6A A; 1OR6 A; 4ROM B; 1BIJ B; 5D1V A; 3K8B B; 3QJE B; 1DLW A; 1BZP A; 2ZT1 A; 2D2M C; 1YE2 A; 1A6G A; 1Y4F B; 2D60 A; 3WCT A; 1UVX A; 1GDK A; 1MOD A; 4MQC A; 1CBM A; 1JZK A; 2G0V A; 1A6N A; 1YEQ B; 1XZ7 B; 5JDO E; 5CNC A; 1MNI A; 2O5O X; 1SPG B; 1Y0A B; 3OO4 B; 1YEU A; 2OH9 A; 1CLS A; 1A0U A; 1THB B; 4N7N A; 1KD2 B; 2NSS A; 4HRR A; 1Y8I B; 3DR9 A; 1CIO A; 2ZS1 B; 3ED9 A; 1O1O A; 3D1A A; 3OZU A; 1S0H A; 1VXF A; 1HGC A; 3WCW A; 1Y2Z B; 3G4Q A; 1XQ5 B; 2HHD A; 1DUO A; 3HXN B; 3GQG A; 1NAZ A; 4ROM A; 1BIJ A; 3K8B A; 1YFF B; 1FCS A; 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1M9P B; 1NQP B; 1LH3 A; 3QJC A; 1J3F A; 1Y0D A; 5CN7 A; 5EU2 A; 2VYY A; 4WJG 1; 1RQ3 B; 3ZJL A; 2G14 A; 1V4X A; 3MKB B; 1A01 A; 1HAB B; 5KER A; 3DHR B; 3GQP B; 2MYE A; 2QMB B; 2ZLT A; 1CG8 B; 1MBI A; 2VLY A; 1OFJ A; 1JEB A; 1S5Y B; 1Y7C A; 1X9F A; 1YIE B; 2D2N B; 1MYI A; 1OUT A; 2HBS A; 2ZSR A; 3G52 A; 3PIA B; 109M A; 3PT8 A; 3QJB A; 1FN3 A; 2FRI X; 3MVC A; 1URY A; 3GKV B; 1XYE A; 1DO4 A; 4G51 B; 2WTG A; 3ARL A; 3WFW A; 1UFP A; 1NEJ A; 1QSI A; 1V4U B; 1LFZ B; 1XXT A; 1IOP A; 2PEG B; 1MGN A; 1WLA A; 1DM1 A; 1HBG A; 1DTM A; 3ECX A; 1GCW B; 1DXC A; 1WMU B; 1V4W A; 1Y35 A; 5ILP A; 3W4U A; 1HDB A; 3BJ1 A; 1M9P A; 1NQP A; 4F6B A; 2DN1 B; 3M3B A; 1LH1 A; 1RQ3 A; 3HHB B; 2ZT0 A; 105M A; 3MKB A; 1HAB A; 1DUK A; 3DHR A; 3GQP A; 5B85 A; 1LH5 A; 2QMB A; 2PGH B; 1Y4P B; 1CG8 A; 4UUR A; 1HBH B; 1URV A; 1VXB A; 3UHB A; 5CN4 A; 3ZJH A; 1S5Y A; 1YIE A; 4TWU A; 4U8U D; 2D2N A; 3PIA A; 3UHS A; 4C0N A; 2QU0 B; 3GKV A; 1VXA A; 1SDL B; 4DWT A; 4G51 A; 1MKO B; 1ECO A; 2MYC A; 2R4Z A; 2R1H B; 3BJ2 B; 2V1J A; 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