5C6E | Genus

Total Genus 57

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	57
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	VQLSGEEKAAVLALWDKVNEEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKVKAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGKDFTPELQASYQKVVAGVANALAHKYH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5376897888716856__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5376897888716856__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5C6E/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5376897888716856__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5376897888716856","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5C6E/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5376897888716856__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
publication title	Visualizing the Bohr effect in hemoglobin: neutron structure of equine cyanomethemoglobin in the R state and comparison with human deoxyhemoglobin in the T state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hemoglobin subunit alpha
total genus	57
structure length	146
sequence length	146
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	5c6eB00

1AJ9B 1MLNA 1XZUA 1HBHA 3ODQB 1GJNA 2MYBA 1NPFA 3WCWD 1MYJA 1RVWA 3HF4A 3G46A 2AV3A 3OZWA 3BJ3B 1BZ1A 5D1VA 1XZ5A 1SHRB 1HGCA 1Y22B 1KD2B 1DWRA 1DWSA 3MYMA 2BLIA 1XZVB 2AUOA 1FLPA 1S0HB 1G0BB 2VLZA 1IRDA 2MB5A 1HCOB 2D2MA 1JP9A 2LH1A 1HHOB 5HU6A 3K8BA 1HDAB 3ZJPA 1YOIA 1LFVA 1THBA 3G4QA 3HC9A 1NQPA 1V4WA 1A6MA 1GDKA 3ZOLA 2EKTA 1YHEB 1OFJA 2SPOA 5IKSA 1JY7B 1HGAB 1YHUC 1N9HA 2ZLUA 1Y46A 3UBCA 1Y4VB 3M39A 1U7RA 4GZGA 2SPNA 5JGGB 1J7YB 1S69A 1JL6A 5JDOD 1EBCA 111MA 5MBAA 1NXFA 3G52A 3K9ZA 3WFWA 1J40B 3A0GA 2XKHA 3V2ZA 3KUOA 1MZ0A 3VRFA 3MVCA 1CO8A 2QSPB 1C7BB 2H8DB 3PI2A 1YHRA 1Y31B 5E83B 5CN4A 1RQ3A 3DUTB 1YVTA 1FAWB 1Y8IA 2SPMA 1WMUA 4XDIA 3B75A 4F6JA 2ZFOD 1DTMA 1MWCA 1DXVB 2HBCA 1DXUA 2MGGA 1XCHA 1UFPA 3HENA 1TESA 1OUUA 3PT7A 1O1PB 5EE4D 1Y0AB 1GCWB 4MXKA 2EF2A 1A3NB 1HBBA 1NWIA 2EVKA 1EWAA 1MYGA 2HBFA 4VHBA 3WCTB 2MGLA 1MLOA 1CG8A 1CPWA 3M38A 4ROMB 2AA1B 5C6YA 1FSXA 2QU0A 1JEBB 1J3YA 3DHTB 1RPSA 3DR9A 2Z6NA 4FWXA 5HLUA 1MTKA 1Y5JA 1LH2A 2AUPA 5JDOF 1NZ5A 1GVHA 1MLQA 2VHBA 2GRFA 1V5HA 1QPWA 2QFNA 3UH7A 1A0UA 2HHEA 2FAMA 4UZVA 3NG6B 3UBVA 4YU4A 1BABA 2R1HA 1Y7ZA 1Y85B 106MA 2D2MD 1SDLA 1BUWB 2BW9M 1MBSA 1HBRB 1MWBA 1IWHB 1C40A 2HZ1A 2FRIX 1MBDA 2O5QX 1MCYA 3S1IA 1A0ZB 1C7DA 1Y5KA 1VRFA 2G12A 2R80B 1B86B 5C6EA 3PT8B 1T1NA 1YZIB 1XYEB 1Y8KB 3R0GA 2LH5A 1LJWA 3GQGA 4G1VA 3UHDA 2O5MX 1YDZA 4L7YA 1HBAA 4JYQA 1BZZA 2DHBA 1G09A 2ZSXA 1RTXA 3QJCB 1A6NA 3BCQA 3IC2A 1YG5A 1OR4A 3ZJJA 1A3OB 1YOGA 3UHTA 1Y45A 1Y4GA 1JZLA 4OF9A 1ABYB 1K1KB 2GNVA 4H07A 4DWUA 3MJPA 1O1MB 1GDLA 1THBB 2O5LX 1Y4RA 1V4WB 2C0KA 2R50A 2HHDA 1Y35B 1YHUA 3WCPB 2MGJA 1QSHB 1XQ5A 3WCUB 1A4FA 4MQKB 2ZLUB 1F65A 1ABWB 3ARJA 5HLXA 1BINA 3S65A 4HRRA 1AJ9A 5F0BA 3H58A 3ODQA 2ZT1A 1MBCA 1WLAA 1Z8UB 4FC3B 3BJ3A 1MBAA 1Y22A 3A0GB 4NK2A 2LH2A 1KD2A 1NAZA 5CN5A 1DO3A 1XZVA 3E5IA 1S0HA 1G0BA 1CH4A 1LHSA 1RQ3B 1YVTB 4PQCA 4G1BA 1MYFA 1CP5A 1HCOA 4MQHB 2QLSA 1I3DA 3LR9A 5E29B 1DXUB 1HHOA 4H2LB 3AQ5A 1HLMA 1Y0TB 1HDAA 5B84A 107MA 3UHQA 1AJGA 1MLKA 1MBNA 1DKEB 1YHEA 1JY7A 1LH7A 3WCUC 3PIAB 2MGIA 1Y4VA 1O1NB 1B0BA 2EKUA 1MLLA 3SZKB 5JGGA 1UMOA 2IG3A 3E5OA 2G14A 2MGCA 1OR6A 1J40A 1BJEA 1F63A 1BZ6A 2MHBB 2QSPA 1Y5JB 1SPGB 1L2KA 3EU1B 1LA6B 1LH3A 1NIHB 1XXTB 1Y31A 5E83A 3DUTA 3M3AA 2ZS1B 1FAWA 3WR1B 2XYKA 2ZSZA 1V4UB 4M4AB 4YU4B 3ECZA 1DXVA 5CNCA 3NFEB 3MOUA 3MYNA 2ZLTB 3QZZA 3GKVB 2W6WA 1CQ2A 1YIHB 3G4YA 3PI3A 1DTIA 3A5GA 2NX0A 1O1PA 4XS0B 1BZ0B 1Y0AA 4KN3A 1GCWA 1JW8A 1VXGA 2D2ND 1A3NA 1JL7A 3ECLA 1C40B 1Y7CB 3A9MA 1MLFA 2OHBA 3O89A 3D4XA 2VYWA 4MQIB 1YGFB 4F68A 4ROMA 2AA1A 3D17B 3NL7B 3ED9A 1YMBA 4N7OA 1NS6B 1JEBA 2D5ZA 3DHTA 3OK5A 3WCVD 1LFTB 1J7SB 3UHIA 2R4WA 4ESAB 1YEQB 2E2YA 2W6YA 2ZLWB 2NRLA 3D1KB 1BVCA 3AQ7A 3UHEA 3NG6A 3UHNA 3IC2B 1M6CA 2FRKX 2ZS1C 2AURA 1UX9A 1VXDA 2DN3B 1Y0DA 1Y4GB 2D60B 1Y85A 1X9FB 1HLBA 1BIJB 4WCHD 1LUEA 2GTLB 3D7OB 1MNHA 1BZPA 101MA 2MGMA 1DXTB 4B4YA 1YHUB 3VHBA 3FS4B 1BUWA 1HBRA 2Z6TA 1MOHA 2QFKA 1AJHA 1MYTA 1MLSA 1PMBA 1S6AA 1A0ZA 2DN2B 1XY0B 1B86A 3PT8A 2D5XA 1YZIA 1XYEA 1S5XA 3QJEB 1H1XA 1Y8KA 2ZSYA 3A5BA 3IXFA 5KERB 4IROB 1VXEA 4N8TB 3AQ9A 3QJCA 1V75B 1MNKA 1Y01B 2Z85A 1GZXB 5ILPA 3LB4A 1A3OA 3BA2A 2QLSB 1Y5FB 1M9PB 1MYMA 1CH7A 1ABYA 1K1KA 2ZS0B 5B85A 5AZRA 1NZ2A 1O1MA 1YE2B 3ZJIA 1YVQB 1C7CB 2WY4A 3PI4A 1V9QA 1Y35A 3WCPA 1HBSA 1X9FC 1QSHA 3WCUA 3EDAA 2GTLC 6HBIA 1DXCA 4TWVA 2BWHA 2ZT0A 4MQKA 1A01B 2ZT3A 1ABWA 1ABSA 1VXFA 1MNIA 1MLJA 2DXMB 4MU5A 1J41A 1LFYB 109MA 1URVA 2MGHA 2V1FA 2DN1B 3WCTD 1MGNA 5CNEA 4FC3A 4TWUA 4NK1A 1JP8A 1RQAB 1QI8A 1Y7GB 1MBOA 1UC3A 5EV5A 3HYUB 3KUNA 1MTIA 4MQHA 1VXCA 3HXNB 5E29A 2MYEA 2M6ZA 4H2LA 3ZHWA 1Y0TA 4KMVA 4U8UD 3LQDB 1HDSB 2ZS0C 1Y4FB 4MQJB 1DKEA 1J52A 2O5TX 1MWDA 1DUOA 4MBNA 2RAOB 3PIAA 1CLSB 2MGAA 1O1NA 3SZKA 1EMYA 1MOAA 1V07A 3D4XB 3GQPB 4N7OB 1HRMA 1Y4BA 2D5ZB 2MHBA 2HBGA 1SPGA 3EU1A 2OIFA 1NEJB 2XKGA 1LA6A 5CNBA 2HBSB 1ITHA 1NIHA 2MGEA 3PI8B 1XXTA 1IBEB 1I3EA 2ZSTA 3WCWC 1MBIA 1MLHA 2ZS1A 1Y7DA 3WR1A 1HBIA 1V4UA 1UT0A 1IT3A 1XZ7A 3QM9A 4M4AA 3ZJQA 1Y0DB 3NFEA 2NSRA 3UH6A 2BKMA 2ZLTA 4ODCB 1R1XA 2ZFOB 3GKVA 1SI4B 4JACA 1YIHA 4NI0B 2ZT4A 4XS0A 3GK9A 1BZ0A 3WTGB 5MBNA 1YENB 2EB8A 3UHVA 1Y4QA 1O1OB 1HV4B 1Y7CA 2ZLVB 2H35B 1A9WE 1VXBA 1FDHA 1YOHA 3UHUA 4MQIA 1J3ZB 1DLYA 1YGFA 3GOUA 1MYIA 2D5XB 3D17A 3NL7A 4MBAA 1S5XB 1YEUB 3QQRA 1YFFB 3AT6B 1VXAA 4O2GA 1NS6A 1ECOA 3BJ1B 2MGFA 6HBWB 2IN4A 1LFTA 1J7SA 2VEBA 4ESAA 1YEQA 5CN9A 4NZIA 1KFRA 2ZLWA 3D1AB 3FH9B 2SPLA 3D1KA 1CQXA 1UIWB 3S66B 2ZSQA 2ZSPA 4NXAA 1HACA 2DN3A 1LH6A 3GDJB 4YU3A 4G51B 2EB9A 1LFLB 2D60A 1X9FA 1RTEA 1BIJA 1X46A 5ILMA 2GTLA 3D7OA 5SW7B 3VREB 4HBIA 1DXTA 4MQCB 2ZFOC 1HBSB 2OLPA 3HEOA 1CH2A 1S5YB 1FN3B 3FS4A 2AUQA 3MKBB 3UH5A 2MYAA 1O1IA 2DN2A 3CIUB 1XY0A 1J41B 3DHRB 1S61A 1MLGA 3QJEA 5M3SA 5EE4C 4HSWA 5KERA 4FWZA 1G9VB 4C44A 3OO4B 2B7HB 4WJGA 3GQRA 3R5IB 4SDHA 4IROA 4N8TA 104MA 2HZ2A 1QI8B 4KJTA 1V75A 1ECAA 3MN0A 1MOCA 2HBEB 1GZXA 3EDBA 1QSIB 5KDQB 1O1LA 5JOMA 4NS2A 1Y0CB 1MOBA 4N7PB 1H97A 2ZS1D 1N9IA 1Y5FA 1M9PA 2ZS0A 4PQBA 2GKNA 2M6ZB 1JF4A 3ASEA 4PQ6A 5CNDA 1YE2A 1VWTB 1YVQA 1DM1A 1C7CA 1NWNA 1D8UA 1SPEA 2V1EA 5CNFA 3UH3A 2V1KA 1CBLA 1A01A 2AV0A 2G11A 4O1TA 1YE0B 1GBUB 1YEVB 2DXMA 1LFYA 4AVEA 1A6KA 4FH7A 2FRFA 2BK9A 5E6EB 2DN1A 2GL3A 5EOHA 1JZKA 1Y4BB 3WFTA 4O4TA 4KMWA 1OUTB 1CMYB 102MA 1RQAA 3WCWA 2D6CA 2EVPA 1Y7GA 3TM3A 2QRWA 1NS9B 5CN7A 1J3FA 3IC0A 3HYUA 3UI0A 1Y7DB 2VYZA 4IT8A 1A9WA 2RI4A 2HBDB 4MPMA 1XZ7B 1Y8WB 3HXNA 1WVPA 1HSYA 1HGBA 1Y09A 3MJUB 3QMAA 105MA 5HLQA 2JHOA 1G08B 1R1XB 3LQDA 1HDSA 1LFZB 3ONZB 1Y4FA 4MQJA 1GCVA 2ZLXB 1HBGA 1YEOA 4DC8A 4NI1B 1X9FD 1CH1A 3SDNA 2GTLD 2RAOA 1ECDA 2ZFBB 1XZ2B 3UHGA 1YHUD 1CLSA 1Y4QB 3BJ2B 3ZJNA 2W72B 2LH3A 2HCOA 2MGKA 1DO7A 3GQPA 3GOUB 4NXCA 2ZSOA 4HHBB 1Y0WB 2V1HA 1Y83B 3QJBB 4B3WA 5KKKA 2GRHA 3RJ6A 1NEJA 3QM7A 1GLIB 2HBSA 1GBVB 3PI8A 1F5OA 2WTHA 1IBEA 1RSEA 1XZ4B 3G4WA 5ILEA 3UHZA 2MYDA 3UHCA 2H8FB 1HACB 1W92A 3H57A 1HABB 3BOMB 4ROLA 4L2MA 1F5PA 4YU3B 3SDHA 2YRSB 4ODCA 3QJDB 2ZFOA 1SI4A 4H0BA 108MA 1K0YA 4NI0A 2ZS0D 2LH6A 3WTGA 3WFUA 4N7NB 1SDKB 1YENA 1R1YB 1O1OA 1HV4A 3A59B 1G0AA 1MNOA 2ZLVA 2H35A 3AQ6A 3LHBA 1O1IB 2MBWA 1OFKA 1DUKA 1J3ZA 2W72C 2MGBA 1SWMA 2GNWA 4MAXA 1YEUA 2Z6SA 1YFFA 3AT6A 1Y4PA 3BJ1A 6HBWA 2Z8AA 3KMFC 1PBXA 2FALA 1CP0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5C6EB

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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