The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPVEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of carbonmonoxy sickle hemoglobin in R-state conformation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
57
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MYC A; 1A00 B; 1BBB B; 2BKM A; 1BAB A; 5AZQ A; 2G0X A; 3BA2 A; 4F6J A; 1TU9 A; 3WCT C; 5EYJ A; 1MOH A; 3UHW A; 3UHE A; 3MJU B; 2R80 A; 1MYM A; 2BNL A; 1CO8 A; 1DO1 A; 1J7S B; 1V75 B; 1DXC A; 2RI4 A; 1Y0C B; 1HRM A; 4ODC B; 1BZ1 B; 3MOU A; 1CMY A; 2MGG A; 3K8B A; 3ZJN A; 1DO3 A; 3HHB A; 6HBW B; 3R5I A; 1G0B B; 1A6N A; 2GLN A; 3D4X B; 1XZV B; 1NZ2 A; 4FH6 A; 3PIA A; 3GKV B; 1GCW B; 3PI2 A; 1G9V B; 2DXM A; 2QU0 B; 1XQ5 B; 4O35 A; 1S5X B; 3SDN A; 5CNF A; 3WCT A; 1MLN A; 3UHH A; 4KJT A; 4XS0 B; 1XXT A; 4MQH A; 5E83 B; 1HCO A; 2ZLX A; 2MGI A; 1SDL B; 1HDB B; 2E2Y A; 2WY4 A; 2D2M C; 2ZT1 A; 1HGB B; 2V1G A; 1Y85 A; 2W72 C; 4FH7 A; 3QJD B; 1C7B A; 1Y7Z B; 1COH A; 2PEG B; 1Y5J B; 4IRO A; 5EOH A; 2FRK X; 3B75 B; 2HBS B; 1NQP B; 1BZZ A; 3PT7 A; 101M A; 1YG5 A; 2R4Z A; 1A6M A; 1Y7D B; 3A59 B; 102M A; 1K0Y B; 2EKT A; 1B86 B; 1LH3 A; 2ZS0 D; 1QXD A; 4NI1 A; 1Y7G A; 3WCP A; 4O4T A; 1JY7 B; 1XCH A; 3UH3 A; 4G51 A; 1HSY A; 1BZ0 A; 2O5B X; 1MLM A; 2HBE A; 3W4U A; 5B84 A; 4MQG B; 2HHB B; 2HHD A; 2W72 A; 3VAU A; 2ZS0 C; 3WI8 A; 1OUU B; 1GZX A; 1N9I A; 3D1A A; 1EMY A; 2HCO B; 3ASE A; 3E5I A; 1Y45 A; 1XZU A; 3RGK A; 1GBU A; 1HAB A; 1Y83 B; 3HYU A; 3ZJJ A; 2B7H B; 2ZSQ A; 1Y4B B; 2G3H A; 2AA1 A; 4MPM A; 3NFE B; 1XZ2 A; 1IRD B; 2G12 A; 1Y8W B; 3A0G A; 2GKN A; 4ESA B; 1J3Y A; 2HZ1 A; 1XY0 A; 3V2Z A; 3UH7 A; 3DHR B; 1RQ3 B; 3ONZ A; 3QJB A; 5ILP A; 5KDQ B; 3A5B A; 1CH3 A; 1QSI B; 2ZS0 A; 4PQB A; 3QJC A; 1MYH A; 2MGB A; 3OO5 A; 1Y0D B; 4GZG A; 1MNH A; 1Y8K A; 1C7D A; 2QMB B; 2DHB B; 2SPO A; 1FAW B; 1CQ2 A; 5EU2 A; 2OH8 A; 1JEB A; 3UH6 A; 3M39 A; 1BZP A; 3BCQ A; 1MLF A; 5ILE A; 1Y4R A; 1YE2 A; 4H2L A; 1EWA A; 3WHM A; 1G0A B; 2BK9 A; 1RPS B; 3ZOL A; 2ZFO D; 1BUW A; 3CY5 A; 4F6I A; 2VEB A; 1WMU A; 3GQR B; 5E29 B; 5SW7 B; 3IC0 A; 1LHT A; 1YHR A; 5CMV A; 1HLB A; 3HRW B; 4KMW A; 2Z8A A; 3M3A A; 1FN3 A; 1MBI A; 1R1Y A; 2FAL A; 2Z85 A; 3K9Z A; 7HBI A; 1MBS A; 1UC3 A; 1HHO A; 3QM9 A; 5HY8 A; 1O1N B; 5JDO E; 2R50 A; 1LFV B; 1MKO A; 2HBF B; 1YHE B; 4N8T B; 1DO7 A; 1ECN A; 3SZK B; 4VHB A; 1NPG A; 1EW6 A; 1ABY A; 5EV5 A; 4ILZ A; 3OZV A; 1DXV B; 1MLG A; 2VLX A; 1X9F B; 3PI9 A; 4DC8 A; 3PI3 A; 3BJ1 B; 1MYJ A; 4NK2 A; 3A9M A; 4YU3 B; 1IWH B; 1IBE B; 1HBA A; 3AT6 A; 1O1M B; 3EOK A; 4NI0 A; 1C40 B; 2ZSR A; 4NK1 A; 2ZFO A; 2V1K A; 1JP6 A; 3QM6 A; 5C6E A; 5HLU A; 3MJP A; 2G14 A; 1J52 A; 3LQD A; 111M A; 3GYS A; 4N7O A; 1HAC B; 3UHY A; 3TM3 A; 1CG8 A; 3CIU A; 1MYG A; 4MQK A; 1KFR A; 3ZJI A; 3WCV D; 3WCW B; 3LR9 A; 4HBI A; 1GDI A; 1CQX A; 1SDK B; 4M4B A; 2VLY A; 2D60 B; 2BLJ M; 2RAO A; 3AQ8 A; 3WCV C; 3AT5 B; 1DLW A; 4MQJ B; 1MLS A; 1O1L A; 2Z6N A; 3UHB A; 1MTJ A; 1J7Y A; 1V4U A; 3NG6 A; 2ZLV B; 2ZSS A; 1VXF A; 4ROM A; 3ZH0 A; 1Y4P A; 1DXT A; 3ODQ A; 4NXC A; 5CN5 A; 1RQ4 A; 1HDA A; 107M A; 3RJ6 A; 1R1X A; 3ZJR A; 1DM1 A; 3DHT A; 1O1P A; 2V1J A; 1Y7C B; 3EU1 A; 1MLO A; 1LFZ B; 1J7W B; 3FH9 A; 4JYQ A; 2VRY A; 1Y4V A; 2FAM A; 2ZLT B; 5CN7 A; 3UHN A; 4F6F A; 4HSX A; 1SWM A; 5JDO F; 3NL7 B; 4C0N A; 3NMM B; 1A0Z B; 5JGG A; 2V1H A; 3WCV A; 1NWI A; 4YU4 A; 1Y2Z B; 1RQA B; 3P5Q A; 4HRR A; 2ZLU A; 2H35 B; 4F6G A; 1S5Y A; 5E6E A; 1OBM A; 1ITH A; 2VM0 A; 3K8B B; 5AB8 A; 1FHJ B; 2SPL A; 4G1B A; 2ZFB B; 1YHU D; 4UIQ A; 1YOH A; 1QI8 B; 2GL3 A; 3GK9 A; 1DKE A; 1O1J B; 1NS9 B; 4SDH A; 2HHE A; 6HBI A; 1Y09 B; 3D17 A; 2LH1 A; 2GNV A; 3GKT A; 1MBC A; 2GDM A; 3WCT B; 3MYN A; 4X0L A; 1Y01 B; 1YHU C; 1XXT B; 1SHR B; 2M6Z B; 1LFL B; 3PI8 B; 1O1K B; 3U3E A; 1QPW A; 1YCB A; 4L7Y B; 1C7B B; 2NSR A; 2O5O X; 2MB5 A; 1AZI A; 3QZZ A; 3A5G A; 5KKK A; 1MLU A; 2OLP A; 1FSX B; 2W6Y A; 3TM9 A; 1HV4 B; 1Y4Q A; 1BVC A; 1N9X A; 1XZ7 A; 1F63 A; 1Y5F A; 1YFF B; 1YIH A; 2DN3 B; 3DR9 A; 3QM7 A; 2V1E A; 3GDJ A; 1HBH B; 3FS4 A; 1KD2 A; 1LFQ B; 1YEO A; 2MYA A; 4NI1 B; 3ZJL A; 1YEV B; 5HLX A; 1UIW B; 2SPM A; 3UI0 A; 3ARJ A; 1YHU A; 4TWV A; 4FWX A; 3A2G A; 1Y5K B; 2D2M B; 2QSS A; 1OUT B; 3WR1 A; 3BJ3 A; 3OJ1 A; 3H58 A; 1MNO A; 109M A; 1GBU B; 3DUT A; 2GRH A; 1HBS A; 1ECA A; 1CIK A; 1MNJ A; 1RTX A; 1HJT A; 1Y8H A; 4MQC A; 2H8D A; 4C44 A; 1T1N B; 2GTL B; 1Y0A A; 1YEQ A; 3OK5 A; 1DXD A; 1YIE B; 2MYD A; 1Y35 A; 3G52 A; 3VRE B; 1Y0W B; 2D5X B; 1G08 A; 3E5O A; 1HBR A; 1NIH A; 1A01 A; 1YCA A; 1YGF A; 1JF4 A; 1Y4G A; 1AJ9 B; 1M9P A; 1V4X A; 3LB1 A; 1GCV B; 3QJC B; 2ZT2 A; 1V4W A; 2D5Z A; 3S1I A; 1MLK A; 1C7D B; 3HXN B; 2MGK A; 3WTG A; 3ECZ A; 2VEE A; 3QZX A; 4HSW A; 1NEJ A; 2ZSY A; 1J3Z B; 3A5A A; 1DXU B; 2ZS1 D; 1C7C A; 1SI4 B; 5D5R A; 1S0H A; 3S65 B; 3SDH A; 3UH5 A; 4U8U D; 1MGN A; 2XKH A; 1ABW B; 1HDS A; 1FN3 B; 1O1I A; 5EET A; 2MGC A; 3OVU C; 1VXC A; 1B0B A; 4FWZ A; 2PGH B; 4U8U C; 110M A; 1LA6 A; 1NS6 B; 2VYW A; 1YE0 B; 2GKM A; 1K1K A; 1YVQ B; 1SPE A; 4ROL A; 1Y8I A; 4WJG A; 1THB B; 3GQP B; 3PT8 B; 5D1V A; 3PI1 A; 2W6V A; 5C6Y A; 3GOU A; 3TLD A; 4HHB A; 2D6C A; 1BZR A; 1QXE B; 3RJN B; 2HBD A; 1GDK A; 1J41 A; 3G53 A; 108M A; 3G4W A; 2QSP B; 1CLS A; 2D2N D; 3ZHW A; 2MGF A; 1QSH B; 3QJE A; 3WCU B; 2ZS1 A; 3S66 A; 1A3N B; 1YEN A; 2HZ2 A; 4KMV A; 1HGA B; 4U8U A; 2BLI A; 3G4Q A; 1I3D A; 3M38 A; 1HBB A; 1YDZ A; 3ZJO A; 1UT0 A; 1A3O B; 1DLY A; 3O89 A; 3UHC A; 1LFY B; 1JZM A; 2OIF A; 1LH6 A; 5EQM A; 4N7P A; 3WFW A; 3D7O A; 1MOA A; 2LH2 A; 1YMC A; 4HRT A; 1GLI B; 1BZ6 A; 1MTK A; 2O5S X; 5EUI A; 4NXA A; 5ILM A; 4G1V A; 1J40 B; 2ZLW A; 1WLA A; 1YOI A; 2G0S A; 2ZT0 A; 1HDA B; 3OO4 A; 2MHB A; 1YZI A; 1Y46 A; 1V5H A; 2D2N A; 5HU6 B; 1UVY A; 2O5L X; 3PEL A; 1Y31 A; 1FLP A; 1A0U A; 4F4O A; 1NZ3 A; 4MQI B; 2ZSX A; 1BJE A; 1LJW A; 1VWT A; 1CG5 A; 5JGG B; 5MBN A; 3IC2 A; 2ZLU B; 2Z6S A; 1DWT A; 3VRG A; 1VXD A; 3MKB B; 1YH9 B; 1PBX B; 1YOG A; 5CNE A; 1IT3 A; 2MGA A; 1AJH A; 1A00 A; 1S61 A; 3D1K B; 1CH1 A; 4XDI A; 1YMA A; 2XKG A; 1RVW B; 2OHB A; 3MJU A; 106M A; 1VXE A; 1G09 A; 1J7S A; 2ZFO C; 1XZ5 B; 1LH2 A; 1BIJ B; 5ILR A; 4MXL A; 3HEO A; 4ODC A; 1BZ1 A; 1GDL A; 1HGC B; 1UMO A; 6HBW A; 2YRS B; 3BOM B; 3BJ2 B; 1G0B A; 1Y0T B; 1O1O B; 2DN2 B; 3G4V A; 3D4X A; 1DWS A; 1XZV A; 3GKV A; 1GCW A; 5EYS A; 3UHQ A; 1G9V A; 1MLR A; 1S5X A; 5HBI A; 1OJ6 A; 2DC3 A; 4O4Z A; 4M4A B; 3KMF C; 1YVT B; 4XS0 A; 5E83 A; 1V07 A; 1SDL A; 1HDB A; 1HGB A; 1YEU B; 2ZSN A; 3QJD A; 4JAC A; 1Y7Z A; 2H8F A; 3M3B A; 1Y5J A; 1LFT A; 1MBD A; 3OZW A; 2VYY A; 2ZSP A; 3WFX A; 4LPI A; 1VHB A; 3B75 A; 2HBS A; 4F6D A; 1NQP A; 3V2V A; 3MBA A; 1RTE A; 2MGJ A; 4PQC A; 1Y7D A; 3A59 A; 4MQC B; 3ZJP A; 1K0Y A; 1GBV B; 1MYT A; 4O1T A; 1B86 A; 1YEQ B; 2ZT4 A; 4FC3 B; 1Y22 B; 1CH5 A; 1JY7 A; 1MBN A; 1WVP A; 3VRF A; 3OGB A; 1S56 A; 5MBA A; 3KMF A; 1XZ4 B; 2QLS B; 1MNK A; 1YGD B; 1A4F B; 2DN1 B; 2HHB A; 3GQG B; 4MQG A; 5CND A; 3AG0 A; 1Y4F B; 1OUU A; 1YGF B; 1F5O A; 2O58 X; 2HCO A; 5F0B A; 1UX9 A; 1F5P A; 2BMM A; 3OZU A; 2XKI A; 3MN0 A; 2R1H B; 1SPG B; 3HF4 B; 4BJA A; 3EDA A; 2IN4 A; 2B7H A; 1Y4B A; 3UHT A; 3QM8 A; 4WJG 1; 2EB8 A; 1LHS A; 2NRM A; 3NFE A; 1BAB B; 1IRD A; 1MBA A; 1Y8W A; 1A6G A; 2R80 B; 4ESA A; 5HAV A; 1VRE A; 2RI4 B; 3WFT A; 1VXA A; 4QAU A; 3K3U A; 2R4W A; 2G0R A; 1RQ3 A; 3ZJH A; 1S0H B; 1NGK A; 5KDQ A; 1QSI A; 2EVP A; 2ZSO A; 1IT2 A; 1CMY B; 1HDS B; 1Y0D A; 1MYF A; 1S69 A; 3HHB B; 4MXK A; 2QMB A; 2OH9 A; 2FRI X; 1UVX A; 3R5I B; 3QMA A; 2W31 A; 1FAW A; 1LUE A; 1X9F D; 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3OO5 B; 1MNI A; 1MOB A; 3UGY A; 4MQJ A; 1Y8K B; 1U7R A; 3ARK A; 2ZWJ A; 2ZLV A; 1JEB B; 2G10 A; 3MVC A; 5IKS A; 3BCQ B; 3WCT D; 4AVE A; 1Y4R B; 1YE2 B; 4H2L B; 5CHQ A; 3WHM B; 1F65 A; 1Y7C A; 4UUR A; 1BUW B; 3CY5 B; 1LFZ A; 1J7W A; 1DWR A; 1DO4 A; 4ZVA A; 2JHO A; 1UFJ A; 3UHD A; 2OHA A; 1WMU B; 4L2M A; 2ZLT A; 4UZV A; 3IC0 B; 4TYX A; 1X3K A; 2V1I A; 1YHR B; 1G09 B; 3NL7 A; 1R1Y B; 3NMM A; 1A0Z A; 2ZS1 C; 5CNC A; 2GRF A; 1Y2Z A; 1RQA A; 1HHO B; 2H35 A; 5F2A A; 5CN9 A; 5HY8 B; 4F68 A; 2MGH A; 1MKO B; 1FHJ A; 3HEP A; 3AQ7 A; 2ZFB A; 3S1J A; 3QQQ A; 3LHB A; 2O5T X; 3E4N A; 1CBL A; 1JP8 A; 1ABY B; 1QI8 A; 2AUR A; 1O1J A; 1NS9 A; 1FCS A; 1Y09 A; 2D2M D; 1UX8 A; 4B3W A; 3PI9 B; 2CMM A; 1HBA B; 3AT6 B; 1CP0 A; 3EOK B; 1SHR A; 2M6Z A; 2QRW A; 4NI0 B; 1LFL A; 3PI8 A; 1O1K A; 2ZFO B; 2GTL D; 1MWB A; 4L7Y A; 1CBM A; 1NZ4 A; 3AQ9 A; 5C6E B; 5CN6 A; 2H8F B; 1UFP A; 1JW8 A; 1LFT B; 1XYE A; 3MJP B; 4TWU A; 3QM5 A; 3IXF A; 3LQD B; 3GYS B; 1L2K A; 4N7O B; 1FSX A; 4MBA A; 1HV4 A; 2D2N C; 1CG8 B; 3CIU B; 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