The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
DKANVKAAWGKVGGHAGEYGAEALDRMFLSFPTTKTYFPHFDMSHGSAQVKAHGKKVADALTQAVDHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLAHCLLVTLANHHPNEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
structure of predicted pika ancestral hemoglobin at 1.45 Angstroms resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
HBA protein
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Ochotona princeps
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| total genus |
51
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZWJ A; 2NSR A; 2ZT2 A; 1DXT A; 3PIA A; 5JDO D; 1Y0T A; 1Y5F B; 1YMB A; 3LR7 A; 1MYI A; 1JZM A; 1GDK A; 4MBA A; 3HEO A; 2MGF A; 1URV A; 3SDN A; 1OJ6 A; 5JGG A; 1MLK A; 1Y4Q B; 3AT5 B; 103M A; 3DUT A; 1CG8 B; 1A00 B; 1CO9 A; 3NFE B; 1YMC A; 2W6X A; 1CLS B; 111M A; 4JYQ A; 4SDH A; 2EVK A; 4MQJ B; 3WCU D; 4N7P A; 3LQD A; 108M A; 1XZU A; 4PQ6 A; 1Y4G B; 5EV5 A; 3LB3 A; 2D2M B; 3GYS A; 4WCH D; 5CN7 A; 4FWZ A; 1HDS A; 1V75 B; 2W6W A; 3HF4 B; 3UHI A; 3NG6 A; 1T1N A; 1HGC B; 1NS9 B; 5JDO F; 1MTI A; 3IC2 A; 1HCO B; 3KMF A; 1LH5 A; 1YIE B; 2BWH A; 1Y4V A; 3AG0 A; 1XCH A; 1Y4R B; 1Y8H B; 3QJD B; 2V1F A; 1BZ1 A; 1BZ0 B; 3OGB A; 1BIJ B; 5CNB A; 3CY5 B; 3PT8 A; 1XYE B; 2ZS0 D; 1GLI B; 1VXG A; 4L2M A; 2MYE A; 1G0A B; 2HBD B; 1N9F A; 3ZJN A; 4MQG B; 3U3E A; 3WR1 B; 1Y7C A; 1YGF B; 2NRL A; 2DN1 B; 1UX9 A; 2G0Z A; 2D6C A; 3VRF B; 1GCV B; 2MBW A; 1X3K A; 2GNW A; 6HBI A; 1MKO B; 4MQI A; 1ABY B; 1VXC A; 3S66 B; 3K8B B; 2PEG B; 1DXU B; 1GZX A; 1KR7 A; 1CG5 B; 2O5B X; 1DWS A; 1KFR A; 3WCW C; 1ASH A; 3PT7 B; 5CN5 A; 1Y4F A; 2PGH A; 1QSI A; 1J41 B; 1FCS A; 2QSS A; 4X0L A; 4B4Y A; 4ESA B; 3A5G A; 3BJ2 A; 3KUO A; 2DXM A; 5CNG A; 3OZW A; 1BUW B; 1CMY B; 2OH8 A; 1Y46 A; 1Q1F A; 2VRY A; 2BKM A; 1JEB A; 1A4F B; 4B3W A; 2W6V B; 3WCU B; 3OO5 A; 4NZI A; 3AT5 A; 2G0X A; 1MBN A; 4N7N A; 1MLF A; 1MWC A; 2XKH A; 4NI0 A; 1A0U B; 3NFE A; 3NML A; 4FC3 A; 1CLS A; 2ZFO A; 2VLX A; 1CBM A; 1YGD B; 2HBC B; 4MQJ A; 3S48 C; 1FDH G; 2ZLT B; 3MJP B; 1Y4G A; 1G9V B; 4ROL A; 2D2N C; 2V1J A; 1RVW B; 1BZZ B; 4NK1 A; 2MHB B; 2HBE B; 3D1A B; 1J7S B; 4U8U A; 1F63 A; 1S5X B; 3ECL A; 1IOP A; 2ZS0 B; 1MTJ A; 3HF4 A; 3HRW B; 4MXK A; 3LB2 A; 1VXD A; 1UIW A; 1XY0 B; 1HCO A; 4F68 A; 1MLJ A; 2WTG A; 1Y4R A; 1A01 A; 3QJD A; 2GRZ A; 3ODQ B; 1FSL A; 3CY5 A; 1XYE A; 4MAX A; 1SDK A; 5C6Y A; 1GLI A; 3QQQ A; 2Z6N A; 1G0A A; 3A9M A; 1HGA A; 2HBD A; 1TU9 A; 1G08 B; 1FAW B; 4HHB B; 4MQK B; 1LH1 A; 4MQG A; 1PBX B; 2MYC A; 1GBV B; 3WR1 A; 5HY8 B; 2DN1 A; 2O5O X; 1O1K A; 1QSH B; 4G51 A; 1I3D A; 3WHM B; 2HZ2 A; 2R4X A; 2EVP A; 3MN0 A; 1MKO A; 2MGH A; 2MGK A; 2ZT1 A; 2IN4 A; 2PEG A; 1JZL A; 1MLL A; 1HBG A; 1Y8W A; 3QJB B; 1Y45 B; 2GL3 A; 3WCT A; 4N7O B; 1J41 A; 1NPF A; 2GDM A; 5E29 B; 3G4Q A; 4ESA A; 2D5X B; 3VRE B; 3ECZ A; 1B86 B; 1FN3 A; 1BUW A; 1S61 A; 1CMY A; 5MBA A; 3S65 A; 1U7R A; 1Y31 B; 1MYM A; 1X9F C; 1A4F A; 5JDO C; 1GBU A; 2QFN A; 1A9W E; 2R1H B; 2QFK A; 1UVY A; 4HSX A; 4UIQ A; 3UHT A; 2VLZ A; 4F6G A; 3QZX A; 4HSW A; 1BAB A; 1A0U A; 1JW8 A; 2BMM A; 2G14 A; 1NGK A; 2HZ1 A; 1YGD A; 1LHT A; 2AV0 A; 4YU3 A; 4IT8 A; 1MLN A; 1YFF B; 1MYJ A; 3ZJJ A; 1G9V A; 2W72 C; 1QXE A; 1DO3 A; 1RVW A; 1BZZ A; 3M39 A; 2MHB A; 2HBE A; 3D1A A; 1V9Q A; 2FAM A; 3WCP B; 5HBI A; 3HRW A; 1BVC A; 2R4Z A; 4WJG 1; 107M A; 1QXD B; 1O1L A; 3UHE A; 4MU5 A; 1XY0 A; 4G1B A; 5CN4 A; 1S5Y A; 3RJN B; 2ZSX A; 1MLO A; 5B84 A; 5D5R A; 3A59 A; 4C0N A; 3H57 A; 2OLP A; 1DXD A; 3D7O A; 3WCV A; 3UHX A; 3EDB A; 1JP6 A; 3DHT B; 1G08 A; 4UZV A; 1CH7 A; 1W92 A; 3G52 A; 1FAW A; 4HHB A; 4MQK A; 4GZG A; 2R4W A; 3MBA A; 1GBV A; 1O16 A; 1MDN A; 2FRK X; 1Y22 B; 1FSX B; 1QSH A; 3GKV A; 3IXF A; 1EBC A; 1IDR A; 1LH6 A; 1CH5 A; 5E83 A; 1Y35 B; 2MGC A; 3DR9 A; 1Y2Z B; 4AVE A; 5D1V A; 3HHB A; 5ILP A; 2ZS1 A; 3BJ3 B; 1J52 A; 3WTG A; 1ABS A; 1NZ5 A; 2SPM A; 1Y7Z B; 1NEJ B; 1O1N B; 5CHQ A; 5HU6 A; 1C40 B; 3QJB A; 1IBE B; 1Y45 A; 2VEE A; 2V1I A; 2V1E A; 5E29 A; 1IWH B; 2D5X A; 3VRE A; 1B86 A; 3B75 B; 1YZI B; 3G4W A; 3FH9 A; 1LFT B; 1A3N A; 2G12 A; 2SPO A; 2YRS B; 1LFZ B; 1Y0C B; 1Y31 A; 3QM5 A; 4L7Y A; 1MBO A; 3E5O A; 4M4A B; 2GKN A; 1NZ3 A; 1GDI A; 3NMM A; 4O35 A; 3V2Z A; 1QI8 B; 5M3S A; 1DXC A; 5HLX A; 3UHG A; 2H35 B; 1YEU A; 1LTW A; 1C7D B; 1VHB A; 1A3O A; 2MGJ A; 1NQP A; 3MJU A; 4HRT B; 3WFX A; 1SI4 B; 1BBB B; 2ZFO D; 3A2G A; 2BLH A; 3MYN A; 1YH9 B; 3EOK B; 3MKB B; 3M38 A; 1XZ7 B; 1NWN A; 1M6C A; 1LFY B; 1XZ4 A; 1ABW B; 2MGD A; 3WCW B; 1QXD A; 1FHJ A; 1A9W A; 3QJE B; 4U8U D; 1O1I B; 1CP5 A; 3EU1 A; 2MGL A; 1YG5 B; 2XYK A; 1Y0A B; 106M A; 1LJW B; 4FH6 A; 1VXH A; 2MYD A; 2NSS A; 4FH7 A; 1Y22 A; 4NI1 B; 1NWI A; 2ZSY A; 4ROM B; 1XQ5 B; 2ZLX B; 4C44 A; 1HLB A; 1Y35 A; 1LFQ B; 2HBF B; 5F0B A; 1SHR A; 1X9F D; 1Y2Z A; 1DO7 A; 3NL7 B; 1J7Y B; 2GRH A; 3BJ1 A; 5AZR A; 1D8U A; 5F2A A; 3HC9 A; 4M4B B; 1O1O A; 2D2N B; 1HHO B; 1O1N A; 1V4W B; 1C40 A; 1IBE A; 1Y4B A; 1MLR A; 2ZLU B; 3WFW A; 3UGY A; 1HBR B; 2LH5 A; 4PNJ A; 2AV3 A; 1YZI A; 1A0Z B; 1OFJ A; 1LFT A; 2YRS A; 1RSE A; 3ED9 A; 1CH9 A; 3D1K A; 1F5P A; 2D60 B; 2Z85 A; 3ZJS A; 2SPL A; 2RAO B; 1Y83 B; 2HHB A; 1ECD A; 1Y7G B; 2GTL A; 1XZ5 B; 3GQG A; 1X46 A; 5EOH A; 2OH9 A; 1LA6 A; 1MYG A; 1YHU A; 4N8T B; 3OZU A; 1PMB A; 2GNV A; 2MGI A; 1JPB A; 5CNC A; 4HRT A; 1Y0D A; 5EE4 C; 1THB B; 5CND A; 5KER B; 1BBB A; 3ARJ A; 4KMW A; 1MWD A; 5EUI B; 2QRW A; 3OK5 A; 3FS4 B; 5ILE A; 3ARK A; 1NS6 B; 1XZ7 A; 4O4T A; 2QMB B; 1SPG B; 3AQ5 A; 3ZJQ A; 1YEV B; 2MGB A; 3GOU A; 1MCY A; 4IRO B; 3UHK A; 2VLY A; 1SPE A; 1VXA A; 4HRR B; 1S0H B; 1MYF A; 1MYZ A; 3BA2 A; 4F6I A; 1Z8U B; 4DWT A; 2D5Z B; 4OOD A; 6HBW A; 1N9I A; 1Y0A A; 2IG3 A; 3KMF C; 1LJW A; 1HRM A; 1I3E A; 1MNJ A; 2DN2 B; 1MLU A; 4F4O B; 2O5M X; 1Y8I B; 3WI8 A; 1YCB A; 3WCV D; 4NI1 A; 4OF9 A; 2ZLX A; 3D4X B; 2Z8A A; 1RQA B; 1HBA B; 4H0B A; 1RQ4 B; 3NL7 A; 1J7Y A; 1LUE A; 1Y5F A; 2MYA A; 2ZT4 A; 3G4U A; 3UHB A; 2W72 B; 1BJE A; 1RQ3 B; 1OUT B; 1Y4Q A; 1MGN A; 1XZ2 B; 2ZLU A; 2ZS1 D; 1M9P B; 1DWR A; 1CG8 A; 3BOM B; 1HBR A; 1A00 A; 1BZP A; 3A5B A; 4KN3 A; 4XDI A; 1J3Y B; 1MBS A; 2O5S X; 1A0Z A; 1YOI A; 1CPW A; 4F6D A; 2G10 A; 1MOA A; 1OUU B; 1EWA A; 2QLS B; 3LR9 A; 1GCW B; 3HEN A; 2D2M A; 2WTH A; 1LH2 A; 3PEL B; 3OJ1 A; 1A6G A; 2RAO A; 2WY4 A; 1HBB B; 1OR4 A; 3QQR A; 1TES A; 1HDB B; 3ORD A; 1Y83 A; 1V75 A; 1Y5J B; 1Y7G A; 1HGC A; 2ZSP A; 1XZ5 A; 1YEQ B; 1FDH A; 3VAU A; 1O1P B; 1NS9 A; 4TWV A; 1YIE A; 3OO4 B; 2ZSO A; 2HCO B; 1DLW A; 3AT6 B; 1THB A; 1V4U B; 1Y8H A; 1BZ0 A; 3QMA A; 1BIJ A; 1WLA A; 1XZV B; 1BZR A; 2ZFO C; 1JL6 A; 1J3F A; 2QMB A; 1HDA B; 1SPG A; 1YGF A; 1YEV A; 1VXE A; 2DC3 A; 3E55 A; 3AQ8 A; 3G4Y A; 3ZH0 A; 1O1J B; 1DO1 A; 1S0H A; 4U8U C; 3VRF A; 1GCV A; 5E6E B; 2ZLW B; 2DN3 B; 2JHO A; 3IC0 B; 1HSY A; 1IRC A; 1ABY A; 3S66 A; 3K8B A; 3BCQ B; 1DXU A; 1COH B; 1CG5 A; 2W6Y A; 2DN2 A; 3PT7 A; 4ODC B; 4ZVA A; 3D4X A; 1RPS B; 1CH1 A; 1HBA A; 1J40 B; 2R50 A; 1O1M B; 1UVX A; 5SW7 B; 1ECO A; 3UH6 A; 2RI4 B; 3ZJI A; 2G0R A; 1WVP A; 2W6V A; 3P5Q B; 3WCU A; 1DKE B; 1VRF A; 3ZOL A; 1MNI A; 1OUT A; 1XZ2 A; 5EU2 A; 3DHR B; 1M9P A; 2H8D B; 2H8F B; 3BOM A; 4H2L B; 5EET A; 2R80 B; 1AJH A; 1J3Y A; 1AJG A; 1C7B B; 1AZI A; 4LPI A; 5EE4 D; 1AJ9 B; 2HBC A; 3UHQ A; 1RTX A; 1OUU A; 1V4X B; 2ZSS A; 2QLS A; 2ZLT A; 3MJP A; 3ZHW A; 3ZOM A; 1GCW A; 3WCT C; 1JWN A; 1YOH A; 2AUR A; 5HLU A; 4F69 A; 3PEL A; 3D17 B; 1J7S A; 1YE0 B; 1HBB A; 4HBI A; 1S5X A; 3QJC B; 2ZS0 A; 5CHR A; 1Y5J A; 1O1P A; 3UHU A; 1CIK A; 1JY7 B; 1S56 A; 3CIU B; 1GDJ A; 3A0G B; 1L2K A; 1EBT A; 3GDJ B; 3ODQ A; 1S69 A; 5B85 A; 109M A; 2MB5 A; 2ZSQ A; 2M6Z B; 4O4Z A; 1HV4 B; 2EB8 A; 1NZ2 A; 1PBX A; 3PI1 A; 3UHV A; 3W4U B; 5HY8 A; 1YDZ B; 2HHE B; 1F5O A; 1UX8 A; 2LHB A; 1OR6 A; 4MQC B; 1YIH B; 3WHM A; 3SDH A; 2ZLW A; 1MBA A; 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1QSI B; 3UHC A; 2QSS B; 4XS0 A; 1Y7Z A; 2BNL A; 1NEJ A; 1CO8 A; 3BJ2 B; 2LH7 A; 1K1K A; 2ZSZ A; 1HAC A; 2MYB A; 1DO4 A; 1Y46 B; 2G0V A; 1IWH A; 1JEB B; 1Y5K A; 1HAB B; 3B75 A; 1UMO A; 3OO5 B; 1KD2 B; 3WCT D; 1LFZ A; 1Y0C A; 1MZ0 A; 2MGE A; 1N9H A; 1NZ4 A; 1MOD A; 1MTK A; 4N7N B; 3ECX A; 1UC3 A; 4ILZ A; 4M4A A; 4NI0 B; 2ZFB A; 1IRD B; 1YEO A; 4FC3 B; 2ZFO B; 2V1G A; 1QI8 A; 4F6B A; 2Z6S A; 3E4N A; 2H35 A; 4MQH A; 5KDQ B; 1Y0W A; 1GJN A; 1C7D A; 1LFL A; 4ROL B; 5JDO E; 1R1X B; 2QSP A; 4JAC A; 3ASE A; 2GLN A; 3VRG A; 4U8U B; 1SI4 A; 2EKU A; 2B7H A; 4DWU A; 1BIN A; 1J7W B; 1LH3 A; 5CN9 A; 1UIW B; 1JDO A; 3RGK A; 1YH9 A; 3EOK A; 3MKB A; 1ITH A; 1MLS A; 2FAL A; 1URY A; 1LFY A; 2LH2 A; 1ABW A; 4F6J A; 3WCW A; 3QJE A; 1A01 B; 1U7S A; 2CMM A; 3HXN B; 1O1I A; 1K0Y B; 5ILR A; 3G53 A; 4FWX A; 1C7C B; 1SDK B; 3R0G A; 2Z6N B; 5CNF A; 1HGA B; 1YG5 A; 4MBN A; 2GTL C; 3ZJH A; 2MGA A; 2W31 A; 4NK2 A; 1O1K B; 1X9F B; 1YHU C; 2ZLV B; 1HGB B; 4G51 B; 4NS2 A; 5CNE A; 3UHD A; 1H97 A; 5ILM A; 5AB8 A; 1JF3 A; 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