The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
DKANVKAAWGKVGGHAGEYGAEALDRMFLSFPTTKTYFPHFDMSHGSAQVKAHGKKVADALTQAVDHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLAHCLLVTLANHHPNEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
structure of predicted pika ancestral hemoglobin at 1.45 Angstroms resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
HBA protein
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Ochotona princeps
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| total genus |
51
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3D1A B; 2AA1 B; 1MOC A; 1J7Y A; 2QFK A; 3G4U A; 5KER B; 1WMU A; 1MBN A; 3B75 B; 2DN3 B; 3HC9 A; 2OH8 A; 3QJD A; 3ARJ A; 2MGG A; 1MLL A; 3IC0 A; 1C7B B; 1FAW A; 3UHU A; 3UHS A; 2ZS1 A; 2ZST A; 1DXT A; 1OUU B; 1DXC A; 4FH6 A; 4U8U A; 1UIW B; 1YGD B; 1FDH A; 2RAO B; 1YEU B; 3IA3 B; 1SHR B; 1HGB B; 3WCT C; 4YU4 B; 1YMC A; 1IDR A; 3QJB A; 2SPL A; 2NSS A; 2MYD A; 1O1O A; 2O58 X; 1Y5J A; 3CIU B; 2V1F A; 3QJC A; 5JDO C; 1VXB A; 1ITH A; 3S1J A; 2GKM A; 1QI8 A; 1MOB A; 3ZJN A; 3UHX A; 1S0H B; 3MYM A; 1XZV A; 2G0X A; 3CY5 B; 1J7W A; 5C6E B; 3WCP A; 4ROL A; 1FSX A; 4PQC A; 1SPG A; 1CH5 A; 1MWC A; 1HV4 B; 4F69 A; 2ZS1 B; 3BJ3 A; 1ABS A; 4M4B B; 1YE2 A; 1Y31 B; 2D2N B; 1MKO B; 5KKK A; 2MGE A; 3UHI A; 5MBN A; 3WCV B; 2D5Z A; 2OLP A; 2MB5 A; 1HBG A; 1A6N A; 2BW9 M; 3TM3 A; 3WFT A; 3ECL A; 4HHB A; 5AZQ A; 1G09 A; 3PI4 A; 4N8T A; 2W6X A; 4ILZ A; 2Z6N A; 3GK9 A; 3GQP A; 3MYN A; 2BWH A; 1A3O B; 2ZLU B; 2ZSO A; 2GTL C; 1NGK A; 5B84 A; 1VXD A; 1G08 A; 3BJ2 B; 3FS4 B; 1K1K A; 2MGM A; 1MYH A; 2DN1 A; 4XS0 A; 1BUW B; 1GZX B; 1QXD B; 1Y35 A; 1V4W A; 5HAV A; 5CND A; 4QAU A; 1MTK A; 1XXT A; 1Y4B A; 2VEB A; 3OZV A; 1B86 B; 1XZ7 B; 2VYZ A; 4HSW A; 1I3D A; 1RQA A; 3WCU B; 2D5Z B; 1YHU C; 1A6G A; 2EB9 A; 1O1I A; 1G0B A; 3D1K A; 1LFY A; 3UHR A; 3G4V A; 1G09 B; 1G9V B; 3BJ1 A; 3HRW B; 1UC3 A; 3EOK B; 1J7S B; 5JDO E; 5C6Y A; 3UI0 A; 3M3A A; 1XQ5 B; 1XZ5 B; 2HBC B; 1YCA A; 3UHK A; 1S6A A; 2BKM A; 1U7S A; 1LJW A; 1F5O A; 1SDL B; 1S61 A; 3VRF A; 1XZU B; 1CP5 A; 1HDA A; 1MNJ A; 1BZZ B; 2GNV A; 2ZFO C; 3D17 B; 1LH5 A; 4BJA A; 4F6F A; 1AJG A; 5EET A; 2MGK A; 1XY0 A; 1A9W A; 1MLU A; 5ILE A; 3OZU A; 3QQR A; 3E55 A; 1YE0 A; 2O5M X; 5CN8 A; 4G1B A; 1NXF A; 5ILR A; 2HCO A; 4TWU A; 1UVX A; 3LR7 A; 1NWN A; 5D5R A; 2B7H B; 3BOM A; 2D5X B; 2D2N C; 5F0B A; 1YFF B; 4NI0 A; 1UX9 A; 4IT8 A; 1QXE A; 4M4A A; 3ECX A; 1BZR A; 1NS9 B; 3FH9 B; 3A2G A; 5HLU A; 1YGF B; 1CP0 A; 1HGC A; 4O4Z A; 2ZLT B; 4YU3 A; 3ZJR A; 1NEJ B; 1X9F B; 1HDS A; 1CG8 A; 1O16 A; 1O1L A; 4MQG A; 3NL7 A; 4L7Y A; 4HRT A; 4U8U D; 1HAB A; 3HXN B; 4KN3 A; 2D6C A; 3ASE A; 2W6Y A; 1V75 A; 2QSP B; 5JGG A; 2HBF B; 2ZT1 A; 3UHQ A; 2ZSR A; 3PI2 A; 1DLW A; 2XKH A; 3W4U A; 1YH9 B; 1LFZ A; 1DUK A; 3DR9 A; 1YIH A; 3HEP A; 1MLH A; 1GDL A; 1RQ3 B; 2Z6S A; 1OJ6 A; 5EU2 A; 1HLM A; 5EE4 C; 1S5Y B; 3MJU B; 2R1H B; 1DXD A; 2DXM A; 1YEO A; 2V1H A; 1Y4G A; 1YMB A; 1Y8K B; 3UHC A; 3ZJQ A; 2PEG A; 1YVT B; 1DKE B; 1LFL A; 1CLS B; 1F63 A; 5JGG B; 2V1J A; 1N9I A; 3HF4 B; 4WCH D; 1J41 A; 2VLY A; 1Y0A A; 1IRC A; 2WTG A; 2VHB A; 1YIH B; 2H35 B; 1O1M B; 3AG0 A; 1CBM A; 1VXC A; 1A4F B; 1GCW A; 2E2Y A; 1Y7D A; 2HHD B; 1W92 A; 2FRI X; 3A0G B; 3AT5 A; 3VRG B; 1Y85 A; 1BZ6 A; 4TWV A; 1YMA A; 1A0Z A; 3H58 A; 4HBI A; 1RPS A; 1MTJ A; 2QLS A; 2ZT2 A; 1C7D A; 2ZSN A; 4NZI A; 2RI4 A; 1NZ2 A; 1LFT B; 3QJE A; 2FRJ X; 3GQG B; 3LB2 A; 1YDZ A; 1YEV A; 3G4W A; 2BK9 A; 2Z8A A; 2D2M C; 3V2V A; 3ZJI A; 111M A; 2G14 A; 1LH3 A; 3WCW C; 1GDK A; 1DXU B; 1NWI A; 1Y7G B; 1Y8H A; 3PT7 A; 2R80 A; 1RVW B; 3AT5 B; 1XZ4 A; 1Y8I B; 106M A; 1CG5 B; 1K0Y B; 1WLA A; 4FWZ A; 4ZVB A; 1DUO A; 1Y0C A; 4C44 A; 2QLS B; 1FN3 A; 3R5I A; 3ARL A; 1Y8W A; 4O2G A; 3WHM A; 1IRD B; 1SWM A; 1MBS A; 1YHE A; 1N9H A; 1YZI A; 2IG3 A; 2VRY A; 1MLG A; 3QMA A; 1U7R A; 2ZLX A; 3MJP B; 2D2M D; 1LH6 A; 1HAC B; 1MBA A; 3WCW D; 1DXV B; 3UH7 A; 3MVC A; 5HBI A; 2W6V B; 3DUT B; 6HBI A; 1NS6 A; 1Y4Q A; 1LUE A; 1CBL A; 2D60 A; 1Y7Z A; 3IC2 A; 105M A; 2SPO A; 1O1J A; 1HGA B; 1GDJ A; 1ABW B; 3EU1 A; 1YHU A; 2GRF A; 1NIH B; 2HBE B; 2OIF A; 3AQ6 A; 2ZLW B; 2YRS A; 2W72 C; 3WHM B; 3K8B B; 5E6E A; 3WFU A; 3BCQ B; 5HLX A; 3K3U A; 1NZ5 A; 4MQK B; 5AB8 A; 1THB A; 3E5O A; 2MGD A; 2ZLV B; 3QZZ A; 5EUI B; 1Y09 A; 3OO5 A; 3M38 A; 1CO8 A; 2G3H A; 1SI4 A; 2GLN A; 2AV3 A; 1BZ0 B; 1O1P B; 2ZFB B; 3SDN A; 1IBE A; 3DHR A; 1HBR B; 1YHR A; 4UUR A; 1HBH B; 5EYS A; 2QSS B; 1DWR A; 4FWX A; 4ROM A; 5SW7 A; 1Y5K B; 2ZFO A; 3PEL B; 2HHE A; 2MGI A; 1GBU A; 3IC2 B; 1HHO B; 4F6B A; 2HHB B; 1O1J B; 1CQ2 A; 1VXF A; 3GKV A; 4HRR A; 2Z85 A; 2DHB B; 1MWD A; 4ESA B; 3DHT B; 1BIN A; 2ZS0 C; 1Y4V A; 1LH7 A; 3S66 A; 1SDK A; 1XYE A; 4NI1 B; 1MDN A; 1Y09 B; 1MLS A; 3GYS A; 2EB8 A; 1R1X A; 2DC3 A; 3GQR B; 1X46 A; 1LA6 A; 1J7Y B; 1GBV A; 1AZI A; 1WMU B; 2PGH A; 2VEE A; 2MGF A; 3QJD B; 4ROM B; 4NK2 A; 1XZ2 A; 3ZJP A; 3IC0 B; 1AJ9 A; 1V9Q A; 1FAW B; 3ZJL A; 1EMY A; 2GNW A; 3KMF C; 2QMB A; 1DXT B; 5ILP A; 1RQ4 A; 1YIE A; 4U8U B; 1JPB A; 3PI9 A; 3WCT D; 1BZ1 A; 2NSR A; 1AJH A; 3TLD A; 1C40 A; 4UZV A; 3S66 B; 2EVP A; 1Y0D A; 3QJB B; 1A01 A; 3A5B A; 1O1O B; 1Y22 A; 3HHB A; 5CNE A; 5JDO D; 2HZ1 A; 1Y5J B; 1ASH A; 1LA6 B; 3OGB A; 1C7C A; 2LH7 A; 1A00 A; 1G0A A; 3QJC B; 3LB4 A; 1QI8 B; 4LPI A; 1EWA A; 3EDB A; 4N7N A; 1GDI A; 3AT6 A; 1MYG A; 1XZV B; 1MYT A; 1J7W B; 3UH6 A; 1AJ9 B; 3WCP B; 4ROL B; 4MXL A; 1FSX B; 1SPG B; 4NK1 A; 4G51 A; 1YVQ A; 3BJ3 B; 1H97 A; 4MQI A; 1YE2 B; 3GOU A; 2R4Y A; 1OUT A; 1CQX A; 3QZX A; 3RJ6 A; 3WR1 A; 2GRZ A; 1MNO A; 5EQM A; 3KUO A; 4HHB B; 1BBB A; 1EBT A; 2GTL D; 3OZW A; 4N8T B; 3GQP B; 2Z6N B; 1GLI A; 1V07 A; 1IT2 A; 1Y0W A; 1Y7C A; 1G08 B; 1UVY A; 1K1K B; 1VRF A; 1HBS A; 2DN1 B; 4XS0 B; 3PIA A; 2BNL A; 1ECO A; 3VAU A; 1Y35 B; 2BLH A; 1V4W B; 3UH3 A; 3D7O A; 1A0U A; 1XXT B; 4JAC A; 1Y4B B; 1DO3 A; 3NMM A; 1UT0 A; 1YHU D; 5CNG A; 3U3E A; 5KDQ A; 2LH1 A; 3IXF A; 1IT3 A; 1RQA B; 3WR1 B; 3OJ1 A; 1O1I B; 1Y4R A; 1G0B B; 1HCO A; 3D1K B; 1LFY B; 3PI3 A; 1MNI A; 1S5X A; 3OO4 A; 1BBB B; 3P5Q A; 1QPW A; 1JEB A; 1OR6 A; 2D2M A; 5CN6 A; 1VWT A; 3BJ1 B; 1Z8U B; 2ZS1 C; 3WCW A; 3QM9 A; 1JP6 A; 1DTM A; 1JL6 A; 3MN0 A; 4C0N A; 1MOA A; 4VHB A; 2FAL A; 4X0L A; 3PIA B; 3WCV C; 3HYU A; 1LJW B; 112M A; 2ZFO D; 3D7O B; 3GDJ A; 3VRF B; 3O89 A; 2W31 A; 3PT8 A; 1HDA B; 1HLB A; 1JF3 A; 1Y83 A; 3S1I A; 1T1N A; 1NPG A; 1XY0 B; 5CN9 A; 3UHE A; 3ONZ A; 2HBS A; 4MQH A; 5ILM A; 1UFJ A; 1Y4R B; 4B4Y A; 3UGZ A; 4F4O A; 1ECA A; 2DN2 A; 1J3Z A; 2ZSZ A; 2IN4 A; 5CNB A; 3UHG A; 1YE0 B; 3UHB A; 1QPW B; 107M A; 2V1G A; 2D2N D; 1BAB A; 2R4Z A; 2HCO B; 2MYB A; 2MGB A; 1Q1F A; 1JY7 A; 1Y4F A; 3BOM B; 3LQD A; 5HU6 A; 4NI0 B; 1QXE B; 4M4A B; 1CIK A; 3NG6 A; 3WCU C; 2MGH A; 5CN5 A; 4DC8 A; 1Y0T A; 1HGC B; 1O1N A; 4UIQ A; 3ORD A; 2M6Z A; 108M A; 4YU3 B; 1MOD A; 1J3Y A; 3MKB A; 1HDS B; 3ED9 A; 1CG8 B; 1Y2Z A; 1TES A; 1O1L B; 2VM0 A; 4MQG B; 5HY8 A; 2AUQ A; 1TU9 A; 3NL7 B; 2W72 A; 4L7Y B; 4HRT B; 1ABY A; 2OH9 A; 1HAB B; 3LB3 A; 2NRL A; 1DTI A; 4KMW A; 3S48 C; 1LHT A; 2DN2 B; 1HBI A; 1V75 B; 1O1K A; 1A6K A; 1YOI A; 2MHB A; 1VXH A; 4MU5 A; 1BAB B; 1BVD A; 1HBB A; 2HBD A; 3W4U B; 3BA2 A; 3VRE A; 1LFZ B; 1JY7 B; 2FRK X; 1FHJ A; 3WFW A; 4B3W A; 1BIJ A; 2MGL A; 5EE4 D; 1HBA A; 3NFE A; 3NG6 B; 5B85 A; 1NZ4 A; 1GJN A; 1V4X A; 1V4U A; 1QSH A; 2OHA A; 3E4N A; 1O1N B; 3PI8 A; 1MYZ A; 3WI8 A; 1GCV A; 4MQC A; 4FH7 A; 4IRO A; 3GKT A; 5CN7 A; 5HY8 B; 5CN4 A; 1PBX A; 2DXM B; 1YEO B; 3ZHW A; 3WCT A; 1Y4G B; 2ZS0 A; 2H8F A; 2PEG B; 1LFV A; 1LFL B; 3ZOM A; 1IWH A; 3SZK A; 1X3K A; 1DO7 A; 1X9F C; 5E83 A; 4DWT A; 1J41 B; 3D4X A; 1Y0A B; 4FC3 A; 1R1Y A; 2G0Z A; 4PQB A; 1BIJ B; 1LHS A; 1LH1 A; 2EKU A; 1YEN A; 2OHB A; 4MBN A; 3UHZ A; 1GCW B; 3WTG A; 1Y7D B; 1M9P A; 2FRF A; 4NXC A; 1Y85 B; 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1THB B; 1HV4 A; 2ZT0 A; 3OO5 B; 1DM1 A; 4M4B A; 1Y31 A; 1CH2 A; 2D2N A; 1MKO A; 1SI4 B; 1YOH A; 1PMB A; 3TM9 A; 3M3B A; 3WCV A; 1IBE B; 2MGA A; 3DHR B; 2XYK A; 3ZH0 A; 4KMV A; 1YHR B; 2ZSX A; 4PNJ A; 1CH3 A; 110M A; 3EDA A; 1MLJ A; 4TYX A; 3ZJJ A; 5SW7 B; 2ZFO B; 1A3O A; 2ZLU A; 2XKG A; 2HHE B; 4WJG 1; 1GBU B; 2HZ3 A; 4DC7 A; 1IOP A; 3BJ2 A; 3FS4 A; 1CH7 A; 3M39 A; 3GKV B; 4HRR B; 4HSX A; 3O7N A; 1BUW A; 3UHT A; 2VLZ A; 3QM5 A; 1GZX A; 1QXD A; 2ZS0 D; 2G0S A; 2O5Q X; 1BJE A; 1LTW A; 3OVU C; 3UHW A; 2KSC A; 1YEQ A; 2LH6 A; 1Y4V B; 1SDK B; 1XYE B; 4F6I A; 5CHQ A; 5EV5 A; 1MBD A; 3GYS B; 1B86 A; 4L2M A; 3A5A A; 3UH5 A; 1R1X B; 1XZ7 A; 3AQ9 A; 3MBA A; 1A6M A; 3A5G A; 4N7O A; 1GBV B; 3WCU A; 1JP8 A; 1MYJ A; 2PGH B; 2LH5 A; 4ODC A; 1MBI A; 3ZJH A; 5JDO F; 3PI1 A; 4XDI A; 1CMY A; 3ZJS A; 1G9V A; 1XZ2 B; 1HRM A; 1ECD A; 3HRW A; 3EOK A; 2VYY A; 2GL3 A; 1DLY A; 1J3F A; 3G52 A; 1J7S A; 2QMB B; 3ZJO A; 1RQ4 B; 1XQ5 A; 1XZ5 A; 1YIE B; 4WJG A; 2BLJ M; 3PI9 B; 2HBC A; 4N7P A; 1BZ1 B; 4MQJ A; 1V5H A; 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