The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
DKANVKAAWGKVGGHAGEYGAEALDRMFLSFPTTKTYFPHFDMSHGSAQVKAHGKKVADALTQAVDHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLAHCLLVTLANHHPNEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
structure of predicted pika ancestral hemoglobin at 1.45 Angstroms resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
HBA protein
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Ochotona princeps
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| total genus |
51
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3W4U B; 1F5O A; 3FH9 A; 1NS6 B; 3VRG B; 2MHB A; 112M A; 3GOU A; 3OO4 B; 3DHT B; 3RJ6 A; 4YU3 B; 3CY5 A; 3GYS A; 3BJ3 A; 2GKM A; 5EUI B; 1QSI A; 2ZFB A; 3QJE A; 1LFL A; 1Y4V B; 2HBS B; 3OZU A; 1YZI B; 1Y2Z A; 1BJE A; 2DC3 A; 2ZFO C; 3EOK B; 3NL7 A; 4MQK B; 4MQJ B; 1SDL A; 1O1J A; 4F68 A; 1Y0C B; 1S61 A; 3QM9 A; 3KMF C; 1J7Y B; 3WCW D; 1Y83 A; 1DKE B; 1MBC A; 3HYU A; 1BZ1 A; 1C7B A; 2O5M X; 2D5X A; 1Y7Z B; 3MJP A; 1S56 A; 2G0Z A; 1Y4F B; 6HBI A; 1BBB B; 3G46 A; 2Z6T A; 3UHH A; 1M9P A; 1I3E A; 1C40 B; 2MGC A; 3AT5 B; 1CP0 A; 4B4Y A; 1GDL A; 3UBV A; 1YMC A; 3TLD A; 1HCO B; 4MQG A; 1LFQ A; 3WCU C; 2D6C A; 3UHD A; 1BIJ B; 3A0G B; 4MQI B; 4IRO B; 2V1E A; 3WTG A; 2EB9 A; 2AA1 B; 2ZLW B; 1YG5 B; 1A00 A; 4XDI A; 3P5Q B; 1HAB B; 1NWI A; 1BZR A; 2GNV A; 1MLU A; 2ZSY A; 1LA6 B; 2OHA A; 2R4Z A; 3HRW B; 3WI8 A; 1XZU B; 1VXC A; 3D17 B; 3FS4 A; 2VLZ A; 4TWV A; 2GTL A; 5E83 A; 3LQD A; 1IT3 A; 1LFZ A; 2RAO B; 3BA2 A; 3PEL B; 1XZ7 B; 2EVK A; 3VHB A; 1X46 A; 3BJ2 A; 1SI4 B; 1Y7C A; 1A4F A; 2ZFO D; 2QSP B; 1R1X A; 5E6E B; 3UHR A; 3A5A A; 1MLJ A; 2VYY A; 4AVE A; 1CG5 B; 4F6B A; 3WCP B; 1S0H B; 2G0V A; 3H57 A; 4PQC A; 3PIA B; 1J3Z B; 1RTX A; 4X0L A; 2MGE A; 1HBI A; 1V4W B; 3HEO A; 1YMA A; 5AB8 A; 3ODQ B; 2MYE A; 3UHS A; 1MDN A; 2D60 A; 1Y8H B; 1J40 B; 3UHW A; 1Y7D A; 1YIH B; 1MZ0 A; 3PT8 B; 1BZZ B; 4F4O A; 3D1A B; 3GQP B; 4WJG 1; 2Z85 A; 1OR4 A; 4MAX A; 1J7S A; 2R80 B; 2ZS0 A; 1DXT A; 1CPW A; 1J7W A; 1MYF A; 1XYE A; 2G12 A; 1OBM A; 1O1N B; 4FC3 A; 5SW7 B; 4KMV A; 1QXD B; 2HZ2 A; 2NX0 A; 1QI8 A; 3S1J A; 1QSH A; 3E5I A; 3GK9 A; 4NI0 A; 1MLS A; 1QPW A; 1G0A B; 1UMO A; 2MBW A; 2GKN A; 1IRD A; 1GBV B; 1YEV A; 2H8F B; 3QM6 A; 1J3F A; 1DLY A; 1IWH A; 1NEJ A; 3AQ9 A; 3HEP A; 1L2K A; 3SZK B; 4HSW A; 2ZS1 C; 1WMU B; 2G0S A; 107M A; 1N9X A; 1YHR A; 2VEE A; 3VAU A; 3KUN A; 1DWR A; 5HAV A; 3QMA A; 3QZX A; 1HV4 B; 2FRJ X; 1J3Y B; 1BIN A; 1LJW A; 1ABW A; 1COH A; 4F6J A; 1MOC A; 4C44 A; 1LH1 A; 3ZJM A; 1UFP A; 1O1L A; 3S48 C; 1HBR B; 3QJB B; 2R4Y A; 2DN3 A; 1VXG A; 1NIH A; 3OGB A; 1XZ4 B; 1YEO B; 2WY4 A; 1Y0A A; 5C6E B; 5EUI A; 4O4Z A; 1MLH A; 4NZI A; 1O1K A; 3UBC A; 1JZL A; 4MQC A; 1Y4Q B; 3PI3 A; 3S66 A; 3HC9 A; 3GOU B; 4NXA A; 1LH7 A; 3CY5 B; 1JP6 A; 3GYS B; 3BJ3 B; 5HLX A; 3WHM A; 3ZJN A; 1QSI B; 3QJE B; 6HBW B; 1LFL B; 2FAM A; 3ZH0 A; 1Y2Z B; 4HRR A; 3MVC A; 3UHC A; 1K1K A; 1Y4R A; 2ZS1 D; 3NL7 B; 4ODC A; 2DHB A; 4C0N A; 1SDL B; 3WFX A; 1O1J B; 1Y83 B; 2NRL A; 3OK5 A; 2MYB A; 5CNF A; 3HYU B; 1DO4 A; 104M A; 1DUO A; 4B3W A; 2MGD A; 1BZ1 B; 2D5X B; 3BCQ A; 1DXC A; 3MJP B; 4M4B B; 1Y5K A; 2IN4 A; 1YGF A; 2AUP A; 2HHD B; 4IRO A; 1LTW A; 2EVP A; 2H8D A; 2ZLX A; 1VXA A; 2ZLW A; 1Y5F A; 3WFW A; 5IKS A; 1ECO A; 1H1X A; 3EDA A; 1HHO A; 2EB8 A; 2KSC A; 3ZJQ A; 2SPL A; 1LFQ B; 1Y45 A; 1GVH A; 3HF4 A; 2VEB A; 2G3H A; 2RI4 A; 1VXH A; 4HBI A; 2G0R A; 3WTG B; 1PMB A; 2HBF A; 1A9W E; 1CH5 A; 1MNJ A; 2QFN A; 1O1O A; 1MYG A; 3LB1 A; 1YIE A; 1CMY A; 1Y5J B; 4N7P A; 1O1I A; 2D2M A; 3FS4 B; 3QJC A; 3UHX A; 2GTL B; 5E83 B; 3LQD B; 2W72 A; 1LFZ B; 3BJ2 B; 1Y7C B; 1HBA A; 1A4F B; 1WLA A; 1J3Z A; 2Z6N A; 2ZLT B; 1R1X B; 4UUR A; 2Z6S A; 1ITH A; 5JDO E; 1JPB A; 1NZ5 A; 1J52 A; 1Y8H A; 1YEN A; 1MBO A; 1Y0W A; 3PT8 A; 3D1K A; 1YDZ A; 5E29 A; 5ILR A; 2BK9 A; 4NS2 A; 1HSY A; 4X0L B; 3G4Y A; 1YHE A; 3A5G A; 3S65 A; 1IBE A; 4L7Y A; 2OIF A; 1Y7G A; 2V1J A; 5JGG A; 1RPS A; 2VYZ A; 2D60 B; 1IRC A; 2D5Z B; 1LFV A; 1NS9 A; 4KN3 A; 2VHB A; 1Y7D B; 1MYT A; 5AZQ A; 1YH9 A; 2V1F A; 2W31 A; 4F4O B; 3EU1 A; 5HBI A; 3QZZ A; 1CH1 A; 1MCY A; 1J7S B; 2O5T X; 1DXT B; 2ZS0 B; 1J7W B; 3G52 A; 1XYE B; 1MTK A; 2HBE A; 2QSS A; 5CN9 A; 1HRM A; 4FC3 B; 1QI8 B; 5ILM A; 1ECN A; 3PI9 A; 1QSH B; 1LH2 A; 3VRF A; 4MXK A; 4NI0 B; 1QPW B; 1JF3 A; 3ORD A; 1IRD B; 1EBT A; 1YVQ A; 4GZG A; 1JZM A; 1YEV B; 4N7O A; 1A6G A; 1IWH B; 1NEJ B; 2FRK X; 4N7N A; 2XYK A; 3HEN A; 1YOH A; 1YHR B; 1MWB A; 4FWY A; 1LHS A; 5EE4 C; 3UH6 A; 1NGK A; 2HZ1 A; 2EKU A; 2MGF A; 5C6E A; 2D2N B; 1V75 A; 3WCT C; 2LH1 A; 3S1I A; 1G08 A; 3UHQ A; 2SPM A; 1LJW B; 1ABW B; 1COH B; 1RVW A; 2MGB A; 1Y4Q A; 3UHG A; 1O1L B; 2DN3 B; 4NI1 A; 4DWT A; 1NIH B; 2GTL C; 3OVU C; 4NK1 A; 1MNK A; 1IOP A; 1VHB A; 1DWS A; 1Y0A B; 1Y22 A; 5JDO F; 5EV5 A; 2ZT0 A; 2LH7 A; 3K9Z A; 1O1K B; 1GCV A; 6HBW A; 1G9V A; 4MQC B; 2BMM A; 1UT0 A; 2ZSZ A; 3S66 B; 2ZLV B; 1CQ2 A; 1A6M A; 1CH4 A; 5B85 A; 3PI8 A; 4MBN A; 3WHM B; 2LH2 A; 1YHU D; 3IC0 A; 1W92 A; 1Y01 B; 1Q1F A; 1CH3 A; 1DLW A; 4HRR B; 1O16 A; 4M4B A; 3HXN A; 1K1K B; 2MGI A; 1Y4R B; 108M A; 1NXF A; 3G4W A; 2HHD A; 4ODC B; 4F6F A; 2DHB B; 1GDI A; 5EE4 D; 2MYD A; 2DN1 A; 1YEQ A; 3ASE A; 2ZS0 C; 4IT8 A; 1AJG A; 1VRE A; 3WCT D; 2O58 X; 2W6V A; 2AV3 A; 4KMW A; 3BCQ B; 1XQ5 A; 1Y5K B; 1YE0 A; 3BOM A; 1YGF B; 1FLP A; 4NXC A; 2H8D B; 1OR6 A; 2ZLX B; 105M A; 1Y5F B; 5EYJ A; 1U7R A; 1SPE A; 1HHO B; 1HJT A; 1Y5J A; 1A9W A; 3O89 A; 4U8U B; 3HF4 B; 1Y45 B; 2LHB A; 1BAB B; 1MLM A; 2RI4 B; 4JAC A; 3VRE A; 3CIU A; 2V1K A; 2HBF B; 1O1O B; 1YIE B; 2ZLT A; 1CMY B; 1OUU A; 3LR7 A; 2HBC A; 4N7P B; 1O1I B; 2VM0 A; 2D2M B; 2G14 A; 3QJC B; 1Z8U B; 1UX9 A; 2EKT A; 2W72 B; 1BZ0 A; 1AJH A; 1V9Q A; 1HBA B; 3G4R A; 2Z6N B; 4NK2 A; 1MOB A; 2MGA A; 3MOU A; 3QM5 A; 1Y35 A; 2ZFO A; 2D5Z A; 1YEN B; 2QMB A; 1O1M A; 2ZS0 D; 1Y0W B; 1MLN A; 2GLN A; 3D1K B; 1YDZ B; 5E29 B; 3KMF A; 2ZSS A; 3WCU D; 4MPM A; 1YHE B; 1Y85 A; 3S65 B; 1IBE B; 4L7Y B; 1Y46 A; 1HDS A; 1Y7G B; 5JGG B; 1RPS B; 2Z8A A; 1FHJ A; 1CIO A; 1LFV B; 1NS9 B; 1FN3 A; 1YH9 B; 5AZR A; 2AUR A; 2GNW A; 3EU1 B; 4UIQ A; 4SDH A; 1CH7 A; 1CH9 A; 2OH8 A; 4WJG A; 1DXV A; 3WR1 B; 2AUQ A; 1N9F A; 1CQX A; 1MTJ A; 2HBE B; 2QSS B; 1YOI A; 1HBG A; 1R1Y A; 2BLH A; 3PI9 B; 2IG3 A; 3VRF B; 2YRS A; 3NMM A; 3G4V A; 1GCW A; 3RGK A; 2XKI A; 1YVQ B; 1CBM A; 4N7O B; 2D2N A; 2FRI X; 1HGB A; 4N7N B; 4O2G A; 4ILZ A; 5CN4 A; 5EYS A; 1THB A; 111M A; 1GDK A; 1GBU A; 2DN2 A; 4WCH D; 1LH5 A; 3DUT A; 7HBI A; 1A3N A; 3QM7 A; 1V75 B; 1X9F A; 3UGY A; 1G08 B; 2AUO A; 1RVW B; 2MB5 A; 2WTH A; 2B7H A; 1MOH A; 1HBS A; 3UH3 A; 3DHR B; 4NI1 B; 2D2M C; 3AT6 A; 2ZLV A; 1V4U A; 2MGH A; 1PBX A; 1XZ5 A; 3D7O A; 1MOA A; 1Y22 B; 2BKM A; 1G09 A; 2PEG A; 1DO3 A; 2HHB A; 1HLB A; 1JP9 A; 1GCV B; 1G9V B; 2MGG A; 5CNC A; 3AG0 A; 3UH5 A; 1B86 A; 1MLO A; 4FWX A; 3A2G A; 5CNG A; 3QQR A; 1EBC A; 3PI8 B; 2GRZ A; 4DWU A; 5CN7 A; 5KDQ A; 4PNJ A; 4OF9 A; 1HBB A; 3IC0 B; 3UHN A; 3TM3 A; 1CP5 A; 4G51 A; 3V2Z A; 3HXN B; 1DM1 A; 1YVT A; 3DR9 A; 1XY0 A; 2AV0 A; 4TYX A; 3IC2 A; 2DN1 B; 1YEQ B; 1N9H A; 2FRF A; 2ZS1 A; 2BW9 M; 2H35 A; 4F69 A; 4U8U A; 3PT7 A; 2W6V B; 1BAB A; 1XQ5 B; 1YE0 B; 3BOM B; 3WFT A; 1GJN A; 101M A; 3UHY A; 2QU0 A; 3BJ1 A; 1SWM A; 1JL7 A; 1A3O A; 3ECX A; 1JEB A; 3OJ1 A; 4O1T A; 4O4T A; 5CHR A; 2W6W A; 4ESA A; 1F5P A; 1JF4 A; 1BUW B; 2BLJ M; 1RSE A; 3VRE B; 3R5I A; 3CIU B; 3MJU A; 5HY8 A; 2W6X A; 4FWZ A; 2MGL A; 3WFU A; 1Y4G A; 2ZSQ A; 1HAC A; 3ZHW A; 5CND A; 4N8T A; 4F6I A; 1OUU B; 2HBC B; 2OLP A; 1GDJ A; 1RQA A; 1BZ0 B; 1CH2 A; 3MKB A; 1CIK A; 3OO5 B; 2HHE A; 2HCO A; 3D4X A; 2VLY A; 1DXU A; 1YGD A; 4ZVB A; 1Y0D A; 2C0K A; 2O5O X; 1Y35 B; 3GDJ A; 2ZFO B; 2EF2 A; 2QMB B; 4XS0 A; 2NSR A; 1O1M B; 2MYC A; 109M A; 3LB4 A; 4HSX A; 1YE2 A; 5ILE A; 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5JOM A; 1URV A; 1JY7 A; 3NFE A; 1Y4B A; 1MNO A; 1HDB A; 1B86 B; 3AQ6 A; 3K8B B; 1Y4P A; 1K0Y A; 1FSX A; 1DUK A; 5KDQ B; 1HBB B; 1C7D A; 3HHB A; 1OFJ A; 1U7S A; 3ZJH A; 1MLL A; 4G51 B; 1GZX A; 1NPG A; 3WCW A; 3ZOM A; 1JL6 A; 1YHU A; 4MQH A; 2G11 A; 2HBG A; 1YVT B; 1XY0 B; 1UVY A; 1ASH A; 3NML A; 1MBS A; 3A9M A; 5CMV A; 1DO7 A; 3IC2 B; 3UHU A; 2NRM A; 2HZ3 A; 2GTL D; 1NPF A; 2ZS1 B; 1CLS A; 1EWA A; 4PQ6 A; 2H35 B; 1MWC A; 3PI4 A; 3PT7 B; 2QLS A; 5MBA A; 3ARK A; 5CN5 A; 1BUW A; 5CN6 A; 2DXM A; 3ONZ A; 1JDO A; 2QU0 B; 3BJ1 B; 1A3O B; 3IA3 B; 3WCT A; 3R0G A; 3G4Q A; 3MN0 A; 1ABY A; 1VXF A; 5JDO D; 3B75 A; 1JEB B; 1UVX A; 1V5H A; 2D2N C; 1Y09 A; 1FAW A; 3M3B A; 1MKO A; 5B84 A; 4ESA B; 2ZSP A; 3G53 A; 1A6K A; 4AVD A; 1QXE B; 1FCS A; 1RQ3 A; 2VLX A; 1A0U B; 3R5I B; 3MJU B; 1MBN A; 5HY8 B; 5F0B A; 1VWT A; 3ZJR A; 3OO5 A; 1Y4G B; 1HAC B; 1YFF B; 1C7C A; 4N8T B; 1X9F C; 4DC8 A; 1MNI A; 1J41 A; 2G0X A; 1OFK A; 1RQA B; 1ECA A; 1TU9 A; 4H2L A; 3UI0 A; 1JW8 A; 1F63 A; 3MYN A; 3MKB B; 1XZV B; 2HHE B; 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