The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLSGEEKAAVTALWGKVNVDEVGGETLGRLLVVYPWTQRFFETFGDLSSASAVMGNAKVKAHGKKVMNAFSEGLHHLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLSHHLGGEFTPQAQAAWQKVVSGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
structure of predicted pika ancestral hemoglobin at 1.45 Angstroms resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
HBA protein
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Ochotona princeps
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| total genus |
60
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B75 B; 5E29 B; 1O1P A; 1Y4F A; 3WCU C; 3EDB A; 1ABW B; 3A0G B; 3ZH0 A; 1C40 B; 3HF4 B; 1YIH B; 2HBE B; 2VRY A; 1RTE A; 5EOH A; 1Y8W B; 2MGA A; 3S1J A; 4NK2 A; 2Z8A A; 1CMY A; 2R1H B; 3ED9 A; 1A01 B; 3EU1 A; 1T1N B; 2BNL A; 3UHE A; 1UVX A; 1MNI A; 1GDI A; 1EWA A; 3IA3 B; 3ZHW A; 3SZK A; 1HLB A; 5EUI A; 1LFV B; 1MLF A; 2MHB B; 5E83 B; 1SI4 A; 4MBA A; 2MGM A; 1HAC A; 1UFP A; 4G1B A; 3LB1 A; 3LR9 A; 4H2L A; 4KMW A; 5CN7 A; 1FN3 B; 3GOU A; 4F4O B; 3AG0 A; 4MQG B; 1B0B A; 2MYA A; 1YZI A; 3V2Z A; 2ZLV A; 3MVC A; 3PI8 B; 3K9Z A; 1Y4P A; 1C7C A; 1MYZ A; 3QJC A; 1LFZ B; 1MLG A; 2JHO A; 2ZLT A; 3ZJQ A; 2W72 A; 3BJ2 B; 1Y4V B; 3K8B B; 5HY8 B; 2D5X A; 4ZVA A; 2R50 A; 3R5I B; 3UH3 A; 1NQP A; 3CY5 A; 2ZFO C; 1XZU A; 2GRF A; 2QRW A; 3WCT B; 3PT7 A; 1VXF A; 5D5R A; 4MQI A; 2R4W A; 3FH9 B; 1V75 A; 1J52 A; 2HBC B; 4JYQ A; 1Y31 A; 5CNB A; 1GBV B; 1Y8H B; 4G51 B; 1A0U B; 3UGZ A; 2GTL B; 1RQ3 B; 1WLA A; 4O4T A; 4BJA A; 1JZM A; 4N7P B; 3QJE A; 1CLS A; 2M6Z A; 1YEV B; 1G0B B; 1LFQ A; 5HU6 A; 1MTK A; 4NZI A; 3HEN A; 3D7O B; 1NPF A; 4M4A B; 1HDB A; 4F69 A; 1TU9 A; 2ZLW B; 1J7S A; 3WFX A; 1YDZ A; 3TM9 A; 2FAL A; 1VXA A; 1BZZ A; 3KMF A; 3GKV B; 1HV4 B; 2IN4 A; 2G10 A; 1X9F A; 2LH1 A; 1OR4 A; 3DR9 A; 2MGH A; 4FC3 A; 1DKE B; 2QMB B; 2D5Z A; 2MYE A; 5CN9 A; 3G4Q A; 1BIN A; 1Y7Z A; 1HBR A; 3HEP A; 4ROM B; 4TYX A; 5CMV A; 1J7W A; 2MYD A; 3B75 A; 6HBW B; 1COH A; 2O58 X; 1JY7 A; 3G53 A; 1X46 A; 1ABW A; 1IBE B; 1C40 A; 1YIH A; 1MGN A; 1EW6 A; 1F63 A; 4HSX A; 1NS6 A; 3A59 B; 1G08 A; 1O1I B; 3GK9 A; 1Y46 A; 2MBW A; 4MQK B; 3WCT C; 1UIW A; 1LA6 B; 1PBX B; 1RPS A; 4N7N A; 1T1N A; 4PNJ A; 1YE0 A; 2IG3 A; 1IRD A; 1V07 A; 2GNW A; 5IKS A; 1MLH A; 2BLI A; 2HHD A; 4YU3 B; 1NS9 B; 2KSC A; 5EV5 A; 1CH4 A; 1FDH A; 5CN5 A; 2GTL C; 5JDO E; 3QM8 A; 1DWR A; 4YU4 A; 3M3A A; 1J3Z A; 1DXT B; 3WTG B; 1MOD A; 3O89 A; 4F4O A; 5EU2 A; 1QSH B; 1VXB A; 4N7O B; 2D60 B; 3OK5 A; 2OIF A; 3UHD A; 1H1X A; 1V4W A; 4MQJ B; 2HHB A; 3D17 B; 3QQR A; 1XZV B; 1MBD A; 5JGG B; 3SDN A; 3NFE A; 4X0L B; 2MGK A; 2MGF A; 1DXV B; 1NWI A; 5AZQ A; 1M9P B; 3VRG B; 1VRF A; 4DWU A; 2C0K A; 3DHR B; 1PMB A; 1J3F A; 3HHB A; 1F5P A; 1LH2 A; 1C7B B; 3NL7 A; 3PI1 A; 2W6V B; 2QLS B; 1L2K A; 5CHQ A; 1SDK B; 1ABS A; 1CH9 A; 1Y8H A; 1CPW A; 3DUT A; 1A0U A; 4F6I A; 2E2Y A; 2ZLX B; 3G4R A; 1YMC A; 4N7P A; 3S66 A; 1HLM A; 1Y7G A; 4TWV A; 2BKM A; 2SPL A; 2B7H B; 1O1P B; 1Y4F B; 1X9F D; 2HBF A; 1MLN A; 2W6W A; 1CG8 A; 5D1V A; 3HYU A; 1MLU A; 1JP8 A; 4NXA A; 2ZLW A; 1BIJ A; 1CMY B; 4WJG A; 1UX8 A; 1Y01 B; 1HGA A; 4H0B A; 3EU1 B; 3ZJH A; 2QSP A; 3GKV A; 2RAO A; 1O16 A; 1BVD A; 3ZJS A; 1MTJ A; 1BZR A; 2G0X A; 1A6K A; 1FHJ B; 3SZK B; 3RJ6 A; 3DHT A; 1DLY A; 5EUI B; 1Y5J B; 111M A; 3G4U A; 3ZJO A; 1S5Y A; 2O5M X; 1MLM A; 2AUR A; 1HCO A; 1CP5 A; 1HAC B; 1DXU A; 1MBC A; 4H2L B; 2ZT1 A; 3IXF A; 1LFL B; 1EBC A; 1TES A; 1J7Y A; 3FS4 A; 4MXK A; 1Z8U B; 2ZLV B; 1Y4P B; 1Y8I A; 1C7C B; 3QM5 A; 4ROL A; 3UHX A; 2AUP A; 1J40 A; 4N8T B; 1GLI B; 3E55 A; 3GQP B; 2ZLT B; 3A59 A; 1IT2 A; 109M A; 3KUN A; 1JL6 A; 1O1K B; 3UGY A; 5ILE A; 3PEL A; 2D5X B; 4MQK A; 1PBX A; 1YMB A; 1YHE A; 1NQP B; 1AZI A; 5MBN A; 3NMM B; 1XZU B; 4MQC A; 1JF3 A; 3BJ3 B; 2XKH A; 1CG5 B; 3OO4 A; 4YU3 A; 1CH5 A; 3G52 A; 2DN2 A; 1YG5 A; 2ZS0 D; 4MQI B; 1V75 B; 1Y31 B; 1UMO A; 3GLN A; 1XYE A; 2QU0 A; 2ZSS A; 1YOI A; 3GDJ A; 3ARK A; 2HHE A; 3QJE B; 3EOK B; 1CLS B; 2M6Z B; 4MU5 A; 1YGF B; 1BBB A; 4N7O A; 2QFN A; 2D60 A; 1LFQ B; 1MTI A; 1CQ2 A; 5HU6 B; 4FWY A; 3UHZ A; 1LFY B; 1HDB B; 1XZV A; 2WTG A; 1J7S B; 4MAX A; 3O7N A; 4X0L A; 1UT0 A; 4UZV A; 2RI4 A; 3AT6 A; 2D2M A; 3W4U B; 1X9F B; 3HXN B; 1XY0 A; 3QM7 A; 108M A; 2QLS A; 2MGE A; 3WHM A; 1BZ1 A; 1SDK A; 3WFT A; 4ILZ A; 2QSS A; 3BJ1 B; 2D5Z B; 101M A; 4ODC A; 3MYN A; 2R4Y A; 1H97 A; 2H35 A; 1J7W B; 2ZS1 A; 1GCW B; 3ONZ A; 2NX0 A; 2GKN A; 4G1V A; 2B7H A; 2V1G A; 1COH B; 1NWN A; 1ECD A; 1JY7 B; 2W72 C; 2EKT A; 1CBM A; 3UHS A; 1NS6 B; 1G08 B; 2FRK X; 3EDA A; 4FH6 A; 1VXC A; 2MGJ A; 1Y46 B; 1UIW B; 1RPS B; 1GBU B; 4N7N B; 3UHV A; 3D1A B; 1YE0 B; 1IRD B; 1O1L B; 4ZVB A; 2V1E A; 2BLH A; 2GRH A; 2HHD B; 1FHJ A; 2ZLU A; 1MYM A; 1Y5J A; 3MN0 A; 3UHQ A; 3ZJJ A; 1I3D A; 4YU4 B; 4QAU A; 3MKB A; 5CN8 A; 1J3Z B; 1J3Y A; 3OZU A; 1LFL A; 3AQ5 A; 1RVW B; 3ECX A; 1DTM A; 1LH3 A; 2MGI A; 3HEO A; 3R0G A; 2ZT3 A; 1Y4G A; 3GYS B; 2ZS0 B; 2MB5 A; 1DXD A; 1V4W B; 3MBA A; 1A9W E; 5KDQ A; 1YIE A; 105M A; 5B85 A; 1Y0W A; 2HHB B; 4N8T A; 4NI0 A; 3KMF C; 3ECL A; 1GLI A; 2D2N D; 3GQP A; 1MZ0 A; 3NFE B; 2ZSO A; 1OFJ A; 1URY A; 1X9F C; 3VAU A; 1O1K A; 1JP9 A; 3OO5 B; 1RSE A; 1S69 A; 1WMU B; 110M A; 3HHB B; 2MGB A; 1IDR A; 1FLP A; 3NL7 B; 3NMM A; 3BJ3 A; 3LB4 A; 1CG5 A; 4MXL A; 2HZ3 A; 1BVC A; 1CO8 A; 4H07 A; 1LUE A; 1CH3 A; 3DUT B; 1XZ4 A; 1GDL A; 3AQ7 A; 1MOH A; 3S66 B; 3EOK A; 5AZR A; 1Y7G B; 3SDH A; 1CH2 A; 2D2M D; 5HLU A; 1YGF A; 3BCQ B; 3PI3 A; 4L7Y A; 1Y4Q A; 2EVK A; 1ECO A; 1JZK A; 2HBF B; 1ECN A; 3MYM A; 7HBI A; 1CG8 B; 3HYU B; 1LFY A; 3VRF A; 2EB9 A; 1BIJ B; 107M A; 3ZJN A; 2G0R A; 3WFW A; 2O5B X; 1HGA B; 4AVD A; 3M3B A; 2QSP B; 1HBH B; 2RAO B; 2AA1 A; 2FRF A; 3W4U A; 3HXN A; 5JDO D; 5EYS A; 2ZS1 D; 1HDS B; 2H8D A; 3DHT B; 3GQR A; 1VXE A; 1EMY A; 1S5Y B; 1Y09 B; 1HCO B; 3BJ1 A; 3QJB B; 1JF4 A; 2G12 A; 3RGK A; 2HBD A; 2ZSN A; 4XDI A; 1DXU B; 3ODQ A; 5ILM A; 1U7R A; 1XZ7 B; 2HZ1 A; 1Y2Z A; 1J7Y B; 1EBT A; 3FS4 B; 1U7S A; 1GCW A; 1AJH A; 1SPG A; 1CIK A; 1Y8I B; 4ROL B; 3TM3 A; 4HRR A; 1J40 B; 1OUU A; 2G11 A; 5HBI A; 3UHT A; 1CH7 A; 3G46 A; 2Z6N A; 1QXE A; 2R80 A; 3PEL B; 2ZT2 A; 1MBI A; 3S1I A; 1JP6 A; 1GBU A; 3K3U A; 2H8F B; 1YHE B; 4HRT A; 3WCV D; 3D1A A; 2V1I A; 1YGD A; 1F5O A; 4MQC B; 1O1L A; 1IWH A; 1QSI A; 3OO4 B; 1MWD A; 2D2N B; 2DN2 B; 1YG5 B; 1N9X A; 1I3E A; 3PT8 A; 1QI8 A; 1Y7C B; 1S6A A; 1XYE B; 2QU0 B; 3GDJ B; 1SPE A; 2G0S A; 2HHE B; 3A5A A; 3OZW A; 3GKT A; 5EE4 C; 1RVW A; 5CHR A; 1LJW A; 1A00 A; 1BBB B; 2DHB A; 3LB2 A; 1NEJ B; 3GYS A; 1G9V A; 2ZS0 A; 1FAW B; 1YVQ A; 1MBO A; 1UX9 A; 1MOA A; 1YHU A; 3QMA A; 3A2G A; 2ZSQ A; 3AT5 B; 3WR1 A; 4F6B A; 1OUT B; 1V9Q A; 1O1N A; 3ZJR A; 1A3O A; 1YEO A; 5ILR A; 1JWN A; 2RI4 B; 3AT6 B; 2D2M B; 1RQ4 A; 3OO5 A; 5CNF A; 4NI1 A; 3VHB A; 1AJ9 A; 1WMU A; 1QXD A; 1XY0 B; 2D6C A; 1WVP A; 1CO9 A; 3WHM B; 2V1K A; 1BZ1 B; 4FWX A; 1GVH A; 4KJT A; 1YCB A; 2QSS B; 3WCW A; 4ODC B; 3ZOL A; 1OBM A; 4NK1 A; 1G0A A; 1MYF A; 1HBB B; 1KR7 A; 4IRO B; 2H35 B; 3ONZ B; 2ZS1 B; 1Q1F A; 1SWM A; 3RJN B; 1UVY A; 2R4X A; 1GZX A; 3BCQ A; 1SDL A; 1DO7 A; 1JPB A; 2PEG B; 2O5O X; 2DC3 A; 1A0Z B; 1ABY B; 3OGB A; 1F65 A; 1B86 B; 4DC7 A; 1MBS A; 3D1K A; 3P5Q B; 4WJG 1; 1GDK A; 2BLJ M; 1YEU A; 1HBH A; 1O1O A; 2ZSX A; 4JAC A; 1OFK A; 2Z6S A; 2GNV A; 1YE2 B; 3ARL A; 1J41 B; 2NRL A; 2LH5 A; 5JDO F; 3UH7 A; 4C0N A; 2ZLU B; 1HDS A; 2ZFO D; 2VYZ A; 1MBA A; 1NZ5 A; 1MNH A; 1Y09 A; 1KD2 B; 3QJB A; 1FDH G; 1N9F A; 1OR6 A; 2XKI A; 1MKO A; 5HLX A; 2V1J A; 3MKB B; 1XZ7 A; 1Y0C B; 1J3Y B; 2NRM A; 2HZ2 A; 5B84 A; 1Y4G B; 1DLW A; 1X3K A; 3QM6 A; 3UHN A; 1THB A; 1DTI A; 5SW7 B; 1HBA A; 1MYT A; 1M6M A; 4UUR A; 5KDQ B; 2LH2 A; 1YIE B; 3UBC A; 1Y0W B; 3S65 B; 4F6F A; 4MQH A; 1HGC A; 2R4Z A; 4NI0 B; 1HJT A; 2D2M C; 4U8U A; 3GQG A; 4O4Z A; 5E6E A; 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1S5X B; 2FRI X; 2GDM A; 3E5O A; 4HBI A; 1K0Y A; 2VHB A; 4HRT B; 1DWT A; 1YE2 A; 1YGD B; 2NSS A; 1J41 A; 3MJU A; 1IWH B; 5CNE A; 1QSI B; 4C44 A; 1Y4R A; 3WI8 A; 2MYC A; 3QJD B; 1URV A; 1C7D A; 2EB8 A; 2ZSY A; 3PT8 B; 2ZFB A; 1Y85 B; 1KD2 A; 1LFT B; 1QI8 B; 2OH9 A; 1XXT B; 4U8U D; 1W92 A; 2Z6T A; 1Y0C A; 4XS0 A; 3WCV A; 5MBA A; 1HBS A; 1YOG A; 1BZ0 A; 1DUO A; 2BK9 A; 1LJW B; 1A00 B; 2DHB B; 3CIU A; 1FSX A; 1G9V B; 3BOM A; 1YHR A; 4ESA B; 1YVQ B; 2PGH B; 1DO4 A; 5SW7 A; 1NXF A; 1Y0T A; 1R1X A; 1YHU B; 3UI0 A; 3S65 A; 4HHB A; 2DN3 A; 1LHT A; 3WR1 B; 1LH5 A; 1CH1 A; 1HSY A; 1O1N B; 3G4Y A; 1A3O B; 1YEO B; 2G3H A; 4LPI A; 1GCV A; 1RQ4 B; 4NI1 B; 1AJ9 B; 2ZSP A; 1LH1 A; 1QXD B; 5C6E A; 5F2A A; 4GZG A; 3IC2 A; 1BAB A; 1MLK A; 5C6Y A; 3WCU A; 2DN1 A; 1YOH A; 2WY4 A; 2VEB A; 1DWS A; 1DUK A; 3WCW B; 3A9M A; 1YH9 A; 1MNO A; 1G0A B; 3UHK A; 1N9H A; 3H58 A; 1V4X A; 5CNG A; 2YRS A; 1NZ4 A; 1JZL A; 3ZOM A; 3D4X A; 1MNK A; 1GZX B; 2GKM A; 3QQQ A; 4PQB A; 1NIH A; 1SDL B; 1A3N B; 5CN4 A; 1YMA A; 3UH5 A; 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