The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLSGEEKAAVTALWGKVNVDEVGGETLGRLLVVYPWTQRFFETFGDLSSASAVMGNAKVKAHGKKVMNAFSEGLHHLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLSHHLGGEFTPQAQAAWQKVVSGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
structure of predicted pika ancestral hemoglobin at 1.45 Angstroms resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
HBA protein
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Ochotona princeps
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| total genus |
60
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ESA B; 2QSP B; 2D2M D; 1MLJ A; 3KUO A; 1O1L A; 3O89 A; 1B86 A; 1F5P A; 2EVP A; 1SI4 A; 4MAX A; 3M38 A; 3PIA A; 2BLI A; 1NS6 A; 1BZP A; 3AT5 B; 3BJ2 A; 4IRO B; 1GJN A; 3HEP A; 1CMY B; 5CN4 A; 1DWR A; 2HHD B; 2GL3 A; 3QQQ A; 2HBF B; 1YEN B; 1U7R A; 2XKI A; 1UX9 A; 1VXH A; 3MN0 A; 1DXU B; 3PEL B; 3UHW A; 5CN5 A; 1Y4F A; 1O1I A; 3WCW D; 1Y8W A; 2HCO A; 2EVK A; 1HGA B; 2HBD A; 3K8B B; 1QSH B; 5ILP A; 3WFT A; 1CH9 A; 4UZV A; 4X0L A; 1CMY A; 1MNI A; 1HBH A; 4YU3 B; 5CNB A; 4MPM A; 1IT3 A; 3SZK A; 3OGB A; 2MGF A; 3PI4 A; 3HRW A; 1UFP A; 4MBA A; 1C7D A; 1YZI B; 1Y8I A; 1SDK B; 1MLM A; 1NS9 B; 1MTI A; 3EU1 B; 4MQG B; 5C6Y A; 1NWI A; 1LFZ B; 3A9M A; 2VEE A; 1JZM A; 1RTE A; 1RQ3 B; 1LFQ B; 2HZ3 A; 1Y31 B; 4MQI A; 3OO4 B; 1Y85 A; 1DUK A; 5CND A; 1GBV B; 1YHR A; 2Z6T A; 1FHJ B; 2DXM B; 2QMB A; 5JDO F; 1VXE A; 3PI2 A; 1Y7G B; 1Y2Z A; 3MYN A; 2GDM A; 1DWT A; 2WTG A; 1HJT A; 1R1X A; 3FH9 B; 2H35 B; 3R0G A; 5KDQ B; 4NXC A; 1O16 A; 4N7N A; 1GLI B; 2NRL A; 3EU1 A; 1LH1 A; 1M6C A; 1LHT A; 1MLR A; 3ZJL A; 1XCH A; 2VYY A; 1V4W B; 3WCV B; 1GBU B; 1BIJ B; 4O4T A; 3UHB A; 1K1K B; 1OUU B; 2IN4 A; 1IDR A; 4SDH A; 3WCV C; 3S1J A; 1Y8K B; 1YOI A; 5EV5 A; 2EKT A; 3UHG A; 1O1O A; 3PI8 B; 3G4V A; 2G11 A; 2G10 A; 2MHB A; 1IWH A; 1K0Y A; 4MQH B; 4F4O B; 1F5O A; 1G0A A; 2DN3 B; 2H35 A; 5B84 A; 3KUN A; 2ZFO D; 3MVC A; 1A01 B; 3M3B A; 2FRJ X; 1MOC A; 1UX8 A; 1XZU B; 1FAW B; 1BIJ A; 1DKE A; 1XZ5 A; 1UIW B; 1Y4P A; 1MTK A; 3BOM A; 1BJE A; 3WTG A; 3QJB A; 2FRI X; 2H8D B; 1YEU B; 1L2K A; 4DWT A; 1XZ2 A; 2D5Z A; 3G4W A; 1MOH A; 1DXV A; 1SHR A; 1MYM A; 1XZ7 B; 2MGL A; 1ABW A; 2O5M X; 1DLW A; 1YGF B; 1G08 A; 3D1A B; 1Y0W B; 2B7H A; 2LHB A; 1CH5 A; 1Y46 B; 5CNC A; 3IC0 B; 3M3A A; 3GOU B; 3HF4 B; 1Y5J B; 3G4Q A; 1YIE B; 4L7Y B; 4B4Y A; 1DO3 A; 3IXF A; 3NL7 A; 4F6F A; 1MKO A; 1JY7 A; 4G1V A; 1O1M B; 1ASH A; 1LHS A; 1OUT B; 3NFE A; 3UHT A; 1LH2 A; 2ZSZ A; 2NX0 A; 3UBV A; 1Y22 B; 5JDO E; 1UC3 A; 3UH3 A; 4UUR A; 4HRR B; 2MYD A; 1RVW B; 1BUW A; 1YG5 B; 3ARJ A; 1Y46 A; 2D2M B; 1YOG A; 2HBS A; 3OO5 A; 4FWZ A; 2H8F B; 2FAM A; 1PBX A; 1X9F B; 3VRE A; 1KD2 B; 1BIN A; 1XQ5 A; 1HCO A; 3E5I A; 3S66 B; 1FSX B; 1BAB B; 4KJT A; 5AZR A; 4L2M A; 1OR6 A; 1V07 A; 2O5T X; 1DO4 A; 1CG8 B; 1MOA A; 1AJ9 A; 2W6X A; 3ECZ A; 5E6E B; 1A0Z B; 3S65 B; 3QJD A; 1QXE B; 2W72 B; 4O1T A; 5CN6 A; 1J7W B; 4JYQ A; 3HEN A; 1U7S A; 1C40 B; 2ZLT B; 4MBN A; 1V75 A; 1Y7Z A; 1HBA B; 3DHR B; 1Y4R A; 3TLD A; 5HAV A; 3ECL A; 1O1K A; 2HHE A; 1O1N B; 3HEO A; 1YH9 B; 1LJW A; 1PMB A; 1RPS A; 4H2L A; 3AT6 A; 4HSX A; 2R4Z A; 3QM8 A; 1YOH A; 3WCW B; 1IRD B; 1Y4G B; 3A5G A; 3WFX A; 3VRG A; 2QSS B; 4N7O A; 1NXF A; 1O1P A; 1GDL A; 2ZSY A; 3PI3 A; 1LFL B; 3BCQ A; 2ZSX A; 3A59 A; 1YHU B; 1CIO A; 2BMM A; 1YEO A; 2XKG A; 1JW8 A; 2D2N B; 2HBC B; 3WCU D; 2LH2 A; 2EKU A; 2AA1 B; 5JGG B; 2XKH A; 2LH7 A; 3AQ6 A; 112M A; 1F65 A; 1J40 B; 1YH9 A; 3QJC B; 3ZJH A; 4G51 B; 2OIF A; 1YHE B; 4C44 A; 1D8U A; 1S6A A; 2R80 B; 1MDN A; 1GCV A; 1OJ6 A; 1HAB B; 1H1X A; 2LH5 A; 1YEV A; 2G3H A; 1Y09 A; 4C0N A; 2DN2 A; 1N9F A; 4KN3 A; 4ROM B; 1CG5 A; 5D5R A; 2MGA A; 1X46 A; 101M A; 4LPI A; 1YVT B; 1J7Y B; 3MYM A; 1IBE B; 5CN7 A; 1JZL A; 1YIH A; 3OZV A; 2RAO A; 5KER A; 2V1J A; 1DXT B; 1NQP B; 3WFW A; 1YCB A; 1HLB A; 2ZSP A; 1HAC A; 3ZJJ A; 2R4X A; 1XZV A; 1HAB A; 5EOH A; 3V2Z A; 3AQ7 A; 3UHI A; 1HGC A; 3QQR A; 1B0B A; 2D60 B; 1G09 A; 1JP8 A; 3GDJ A; 3UHQ A; 1IT2 A; 1Y7C A; 2VLX A; 1GDI A; 3NMM A; 1V5H A; 5MBN A; 1C7C A; 1J7Y A; 2PGH A; 3VRF A; 1MYH A; 1YDZ B; 1LFT B; 1Z8U B; 1A3O B; 2XYK A; 3R5I B; 2ZFO C; 4NXA A; 3LQD A; 1VXA A; 1UFJ A; 1HHO A; 1S5X B; 2MGK A; 1MYI A; 1RQA A; 1GZX B; 2BKM A; 1J7S B; 6HBW B; 1XXT B; 3BJ1 B; 1C7B B; 2ZSN A; 2D60 A; 2W6V A; 3ZJM A; 1HBB B; 1S0H A; 3D17 B; 1QXD B; 1MOD A; 2ZLW A; 2ZFO A; 5CN8 A; 3WHM A; 105M A; 4HRT A; 1JF3 A; 4MQC B; 3DHT B; 1HRM A; 2BW9 M; 1HBS A; 1A0U B; 1J3Y A; 5C6E B; 1Y8H B; 4XDI A; 3A0G B; 3RJ6 A; 1AJH A; 1MLU A; 5EUI B; 2LH1 A; 1Y4Q A; 4ROL A; 3WFU A; 1NEJ A; 2Z8A A; 1HBB A; 2G0R A; 1HV4 A; 1Y0D A; 3PT7 B; 1LH5 A; 1YGD B; 3WR1 A; 1HBR A; 1OFJ A; 1MLN A; 2GTL B; 4XS0 B; 1CLS B; 3QJE A; 5HY8 B; 3DR9 A; 1KFR A; 4KMV A; 4JAC A; 2Z6N A; 3D1K A; 5IKS A; 5EYS A; 1ABY A; 1Y4B B; 3G52 A; 2DHB B; 2O5B X; 4N8T B; 2FRF A; 1WVP A; 1X9F D; 3MBA A; 2HHB A; 4DWU A; 1Y7D B; 1DLY A; 1MBD A; 2ZSO A; 1N9I A; 3IC2 B; 1YVQ A; 1ECO A; 1SPG A; 1YGD A; 2KSC A; 1A3N B; 2GKN A; 4WCH D; 3UHU A; 2V1H A; 4M4B B; 3OVU C; 1GVH A; 1MLO A; 1Y35 B; 1HGB A; 2OLP A; 3LHB A; 1H97 A; 1HLM A; 1CO8 A; 1YE0 B; 4F6G A; 3NG6 A; 5ILM A; 1UMO A; 2AV3 A; 4ESA A; 2QSP A; 3HXN B; 3ZJR A; 1UVY A; 4ZVA A; 1Y0C B; 2GKM A; 5KKK A; 1CBM A; 1MLG A; 5SW7 B; 3GQP B; 2ZLU B; 3LB4 A; 2V1K A; 3AT5 A; 1IRC A; 3MJU B; 4IRO A; 3WCU B; 1YHU D; 3G4U A; 4MQK B; 1F63 A; 1FSL A; 2HHD A; 1M9P B; 2D2N D; 2HBF A; 2SPL A; 1YEN A; 3CY5 B; 2HBE B; 2R1H B; 3ARL A; 3GQG B; 4U8U D; 3WI8 A; 3PEL A; 1DXU A; 1MYF A; 3UGY A; 1ECA A; 3GYS B; 1LFY B; 2ZSS A; 1BZ0 B; 1XYE B; 5M3S A; 1YFF B; 1NIH B; 1HGA A; 4O4Z A; 1BBB B; 1QSH A; 3K8B A; 3UHZ A; 1JP6 A; 3MJU A; 5HLQ A; 3W4U B; 3UH6 A; 1BZZ B; 2ZLV B; 1M9P A; 2MYB A; 2QFN A; 1JPB A; 4YU3 A; 5AB8 A; 1NPG A; 1BVC A; 1THB B; 5EE4 D; 1YZI A; 1FLP A; 3BJ3 B; 1HDS B; 1SDK A; 1QI8 B; 1CH4 A; 1G0B B; 2M6Z B; 3WCP B; 1LFY A; 2PEG B; 1NS9 A; 4MQG A; 1XYE A; 1DTI A; 1LFZ A; 1ECN A; 1O1J B; 4FH7 A; 5E83 B; 1RQ3 A; 1A6M A; 1NIH A; 1LFQ A; 1Y31 A; 1S56 A; 4NK1 A; 4AVD A; 1OFK A; 3OO4 A; 4F6I A; 1GBV A; 4PQ6 A; 1FHJ A; 2DXM A; 4M4A B; 1Y7G A; 3CIU B; 109M A; 2MB5 A; 1NZ4 A; 2D5X B; 1CO9 A; 111M A; 3FH9 A; 5KDQ A; 1XZ4 B; 3UHN A; 2MGI A; 2PEG A; 1GLI A; 1MWC A; 3TM3 A; 2AV0 A; 1V4W A; 2ZFB B; 3WCV A; 1LH7 A; 1W92 A; 1GBU A; 108M A; 1K1K A; 1OUU A; 2O5O X; 4ODC B; 1Y45 B; 4PQC A; 3HC9 A; 2ZLX B; 3FS4 B; 1Y8K A; 2V1I A; 1JEB B; 3PI8 A; 3LB1 A; 1T1N B; 1YMA A; 1ABS A; 4MQH A; 4F4O A; 5CNF A; 2DN3 A; 3VAU A; 1SWM A; 4TYX A; 1A01 A; 1N9H A; 4NI0 B; 1CH1 A; 3PT8 B; 1AZI A; 4FC3 B; 2GRH A; 1XZU A; 3D7O B; 1FAW A; 1Y0A B; 1UIW A; 3RGK A; 2H8D A; 3EOK B; 1YEU A; 1J3Z B; 1DUO A; 4N7P B; 1S69 A; 3UHD A; 4F69 A; 1XZ7 A; 2DN1 B; 1YGF A; 2ZS1 D; 3QM5 A; 4KMW A; 1Y4V B; 3D1A A; 4FWY A; 1Y0W A; 2GTL D; 3V2V A; 4HHB B; 3WCT B; 3IC0 A; 3GOU A; 3HF4 A; 3ZJS A; 1Y5J A; 1YIE A; 1MWD A; 2O58 X; 4L7Y A; 2D2M C; 1X9F C; 1MNH A; 1O1M A; 3ONZ B; 1OUT A; 1YEQ B; 3OJ1 A; 1X3K A; 1Y22 A; 3AQ8 A; 1XY0 B; 1JWN A; 5HLX A; 5EYJ A; 1URY A; 4HRR A; 1Y4V A; 3SDH A; 1SDL B; 1RVW A; 3B75 B; 1HBI A; 1YG5 A; 3E55 A; 2W72 C; 4HHB A; 2D2M A; 1BZ1 B; 2H8F A; 1CH3 A; 3BA2 A; 4MQJ B; 1X9F A; 2HBG A; 1KD2 A; 1J41 B; 2OHA A; 2IG3 A; 3P5Q B; 1MBC A; 3S66 A; 4NK2 A; 1FSX A; 1BAB A; 2NSR A; 3RJN B; 1QSI B; 1V4X B; 1WMU B; 3WCW C; 1CG8 A; 1VXB A; 3ONZ A; 5E6E A; 1A0Z A; 3S65 A; 3GQR B; 1QXE A; 2W72 A; 1V9Q A; 3O7N A; 1HSY A; 1J7W A; 1HDA B; 4MXL A; 1C40 A; 4H0B A; 1DTM A; 2ZLT A; 4O2G A; 1VWT B; 4NI1 B; 1YHU C; 1HBA A; 3DHR A; 1EBC A; 4U8U B; 2SPO A; 2D2N C; 4F6D A; 1O1N A; 1LFV B; 5B85 A; 3WCW A; 2ZSQ A; 1IRD A; 1Y4G A; 4F68 A; 3PI9 B; 3ZJP A; 1MYZ A; 1MWB A; 3ODQ B; 2QSS A; 2ZT4 A; 3K3U A; 2GNV A; 1LFL A; 2RI4 B; 1YHU A; 4TWV A; 1NZ5 A; 1RQ4 B; 2QLS B; 2D2N A; 3ZJI A; 2HBC A; 3UHK A; 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2G0X A; 3S48 C; 2C0K A; 3UBC A; 1MLQ A; 1LH3 A; 5EUI A; 3WCT D; 3MOU A; 3BJ2 B; 2MGG A; 1CBL A; 3PT7 A; 2HZ1 A; 1MGN A; 1WLA A; 1R1Y B; 3ZOM A; 2GTL A; 3G46 A; 4XS0 A; 3UHX A; 1KR7 A; 3ZJN A; 2QFK A; 2R4W A; 5JOM A; 1Y4F B; 1ECD A; 1CLS A; 5HY8 A; 1O1I B; 3LB3 A; 1Y4B A; 1Y8W B; 3EDA A; 2HCO B; 2HBD B; 2DHB A; 4VHB A; 4N8T A; 7HBI A; 5E29 B; 2ZS0 D; 1Y7D A; 4OOD A; 2ZT0 A; 4X0L B; 1OBM A; 3ARK A; 3IC2 A; 1HBH B; 1R1Y A; 107M A; 1A3N A; 1YCA A; 3SZK B; 3EDB A; 1JL6 A; 4M4B A; 1MLF A; 3HRW B; 1C7D B; 1Y35 A; 1Y8I B; 3UHV A; 1JDO A; 2AUP A; 4H07 A; 2MGC A; 3WCU C; 1S61 A; 1YE0 A; 4IT8 A; 2WTH A; 2EB9 A; 2MGJ A; 1EMY A; 3HXN A; 4MQI B; 5E29 A; 1NWN A; 1Y85 B; 4NZI A; 1VHB A; 1YHR B; 1Y0C A; 1RSE A; 4F6B A; 1FDH A; 1OR4 A; 2QMB B; 2ZST A; 4MXK A; 5SW7 A; 3GQP A; 2ZLU A; 1M6M A; 1Y2Z B; 3QM7 A; 1IOP A; 4DC7 A; 3OZW A; 1DO1 A; 5F0B A; 1R1X B; 3WCU A; 1MYT A; 2W31 A; 3ORD A; 5JDO D; 1JL7 A; 1Y0T B; 3A5A A; 4MQK A; 2GNW A; 4N7N B; 1CIK A; 2VM0 A; 1VXD A; 3CY5 A; 2HBE A; 1MOB A; 2R1H A; 3GQG A; 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