The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLSGEEKAAVTALWGKVNVDEVGGETLGRLLVVYPWTQRFFETFGDLSSASAVMGNAKVKAHGKKVMNAFSEGLHHLDNLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLSHHLGGEFTPQAQAAWQKVVSGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
structure of predicted pika ancestral hemoglobin at 1.45 Angstroms resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
HBA protein
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Ochotona princeps
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| total genus |
60
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MBI A; 1FCS A; 3ECL A; 1Y2Z B; 3WCV D; 1Y4G A; 1YZI B; 4H0B A; 1XZ7 B; 1Y85 A; 3QJC B; 2MGJ A; 4YU3 A; 1KR7 A; 1S5X A; 1VXA A; 2R1H A; 2GNW A; 112M A; 3NG6 A; 3G46 A; 5HY8 A; 4NI0 A; 1K0Y A; 4IRO A; 3SDH A; 3W4U A; 2QMB B; 1NS6 B; 2RAO A; 5ILP A; 1O1L A; 1LFT B; 1URY A; 2ZSX A; 2XYK A; 3WCT A; 1LFV B; 1FDH G; 4FC3 A; 3PIA B; 1UVY A; 1CH7 A; 1CH4 A; 1DXU A; 4HSW A; 5EET A; 3OO5 A; 5JGG B; 1X9F B; 1HAB A; 1XZ5 A; 1O1N A; 1Y4V B; 2V1I A; 2R4Y A; 4U8U B; 1A0Z B; 1BUW B; 3BJ3 A; 1MYM A; 5E83 A; 1HDS B; 1LFQ A; 1URV A; 3QJE B; 1J41 A; 3WFW A; 3PT7 A; 3FH9 A; 3M3B A; 1MBN A; 4UZV A; 2DHB A; 1EMY A; 3GYS A; 3PT8 A; 2NRL A; 3OJ1 A; 3WTG B; 5M3S A; 1CH9 A; 1RSE A; 2BW9 M; 1G9V B; 4F6F A; 2BNL A; 1WLA A; 3UH5 A; 2MYC A; 4MQK A; 1LH5 A; 1KD2 A; 1MLO A; 2HHD B; 1XZV A; 4F6G A; 1NQP B; 2MGH A; 1G0A B; 1RPS B; 2BLH A; 1HBH B; 1MLU A; 3QQR A; 3GKV A; 4HHB A; 4M4A B; 1J7Y B; 3MJP A; 3D7O A; 2DN1 A; 3WHM A; 1OUT B; 1S6A A; 1YEQ B; 1YGF A; 3OK5 A; 3A0G A; 4MQC B; 4FWY A; 4O4Z A; 3AT5 B; 1EWA A; 1UVX A; 1DXT B; 2HBC B; 1CG5 A; 1X46 A; 3G4V A; 1MDN A; 1LH6 A; 1YGD B; 3ZJL A; 1O1M B; 2ZS1 C; 1Y5K B; 1BIJ B; 5SW7 B; 1LH2 A; 3QM7 A; 1X3K A; 2OHA A; 3GDJ B; 1RQ4 B; 1HHO B; 3U3E A; 4HSX A; 3QM5 A; 2ZFO B; 3QJB B; 1O1O B; 1YFF A; 3G52 A; 1JL6 A; 3WCT C; 5HU6 A; 3GQP B; 1R1Y A; 4HRT A; 2FRK X; 1A3O B; 2M6Z A; 2MYE A; 4O35 A; 1C7B B; 3R0G A; 3OO4 A; 1XXT B; 2LH5 A; 2MHB A; 4N8T A; 1YEU A; 1J7S B; 2QU0 A; 3UHG A; 2HBS A; 4TWU A; 1Y01 B; 1BVC A; 1Y4Q B; 2HCO A; 2W6V B; 4ROM B; 1YVT B; 1FAW A; 4KJT A; 1QXE B; 1Y46 A; 5CN7 A; 2Z6T A; 2Z85 A; 3HHB B; 1CH2 A; 3AQ6 A; 5EUI A; 2XKI A; 5CNG A; 1B86 A; 5HLU A; 2H8F A; 3PEL A; 4DWT A; 5CN6 A; 2H35 A; 3GOU A; 1V4W A; 1TU9 A; 1IWH A; 4OOD A; 2D2M B; 3BCQ A; 4BJA A; 3MJU A; 2GDM A; 2ZWJ A; 1LFL B; 1Y4B A; 4O4T A; 1GBV B; 3D4X A; 1NS9 A; 3EDA A; 1HBA B; 1XZ4 A; 2FRF A; 1G08 A; 3TM3 A; 3GQG B; 2R4X A; 2MGD A; 1FHJ A; 1UX9 A; 3ZJR A; 1Y8H A; 1NEJ A; 2SPO A; 2ZS1 B; 1Y2Z A; 2G0V A; 1JEB B; 1M6C A; 1YZI A; 3RGK A; 1XZ7 A; 3QJC A; 1S5Y A; 1VXB A; 3ONZ B; 4MXL A; 2HBF B; 1EW6 A; 3ASE A; 3DHT B; 1HDB B; 1YIH B; 5JDO F; 2VM0 A; 2QMB A; 2VYW A; 1NS6 A; 2ZLT B; 1LFT A; 1Y0D B; 1JZM A; 1SDK B; 2ZLX B; 3A59 B; 2D5X B; 1LFV A; 1V4X B; 3PIA A; 1MBO A; 1QPW B; 1VXD A; 1HBG A; 1LJW B; 5JGG A; 1X9F A; 1Y4V A; 4G51 B; 1Y4R B; 4U8U A; 1A0Z A; 1BUW A; 2ZST A; 1CH3 A; 5C6Y A; 2G0X A; 2YRS B; 1HDS A; 1GDK A; 3QJE A; 1YVQ B; 2O5L X; 2QSS B; 1MBD A; 1ECN A; 3UHQ A; 3UBC A; 3WTG A; 3UHT A; 3VRE B; 1Y0T B; 2BLJ M; 1G9V A; 1YCA A; 1GCV B; 3WCW B; 4F6I A; 1IBE B; 1Y0W B; 2HHD A; 1HGC B; 1RQA B; 1V4U B; 2G0S A; 2V1K A; 1JDO A; 1NQP A; 3WCU B; 3P5Q B; 1G0A A; 1VXH A; 1RPS A; 1HBH A; 2OH8 A; 4M4A A; 5C6E B; 1J7Y A; 3EDB A; 1CMY B; 3UHC A; 1OUT A; 1Y7D B; 2VEB A; 1N9X A; 3UHU A; 1MLL A; 1YEQ A; 1YIE B; 5MBA A; 1DO3 A; 106M A; 4MQC A; 1J3Z B; 3AT5 A; 1DXT A; 3HRW B; 1CIK A; 3DR9 A; 2HBC A; 3VRF B; 2EKT A; 4MPM A; 3LB4 A; 1Y31 B; 1IRC A; 2Z8A A; 4VHB A; 1YGD A; 3LHB A; 1O1M A; 1R1X B; 3H57 A; 1Y5K A; 1GCW B; 3UHI A; 1BIJ A; 2CMM A; 5SW7 A; 1ABY B; 3GDJ A; 1RQ4 A; 1HHO A; 2ZLV B; 1AJH A; 3A2G A; 1MNO A; 2ZFO A; 3QJB A; 1MYI A; 1ABS A; 1VRE A; 1DXV A; 1O1O A; 1O1J B; 3UHK A; 1IT2 A; 2G3H A; 4MXK A; 1OJ6 A; 1Y8W B; 3PI2 A; 3GQP A; 3HF4 B; 1Y5F B; 3BA2 A; 3GKT A; 5D5R A; 1A3O A; 4PQ6 A; 3WI8 A; 1FN3 B; 2GTL D; 1HBS B; 4U8U C; 1XXT A; 5EYS A; 1OFK A; 1MLG A; 2ZT1 A; 4PQB A; 4N7P B; 4M4B B; 1F65 A; 1DWR A; 3S1J A; 4MQG B; 4NZI A; 1MLF A; 1RVW B; 1J7S A; 1DLY A; 1LA6 B; 1VXG A; 2QFK A; 3ZHW A; 1Y4Q A; 2ZS0 D; 102M A; 1QXD B; 2W6V A; 4ROM A; 2O58 X; 1GJN A; 1YVT A; 1XCH A; 2ZLU B; 1GDL A; 3UHY A; 1ECD A; 4NI1 B; 1HJT A; 2AA1 B; 3HHB A; 4PQC A; 1JZL A; 3KMF A; 4NXA A; 1DKE B; 2ZFB B; 4MQH B; 1IDR A; 3BJ2 B; 1MYZ A; 1COH B; 1NGK A; 2D2M A; 3R5I B; 1W92 A; 1F63 A; 1LFL A; 3S48 C; 5F2A A; 1M9P B; 1GBV A; 2MYB A; 4XDI A; 1O16 A; 3D17 B; 3UGY A; 2EVP A; 1HBA A; 2GLN A; 1PBX B; 3GQG A; 3NML A; 2C0K A; 4ESA B; 3KUN A; 1Y7Z B; 2XKG A; 1AJ9 B; 2ZT0 A; 2ZS1 A; 1YHR B; 1LFY B; 2H8D B; 1MYG A; 1MBC A; 1MOC A; 1JEB A; 3WCP B; 2HHE B; 1Y5J B; 4UUR A; 3ONZ A; 1BZR A; 2HBF A; 3PI8 B; 2LH2 A; 1U7R A; 1HBI A; 1NZ3 A; 1LHS A; 3DHT A; 1HDB A; 1Q1F A; 1YIH A; 2R80 B; 5EE4 C; 1MNJ A; 2ZFO C; 5CN9 A; 1QSI B; 2ZLT A; 4YU4 B; 1Y0D A; 1SDK A; 4TYX A; 1MLQ A; 2ZLX A; 3A59 A; 2D5X A; 3RJN B; 4XS0 B; 1V4X A; 3NMM B; 5ILE A; 3DHR B; 1MLR A; 3LR7 A; 2OLP A; 2SPL A; 1OUU B; 3ZOM A; 1QPW A; 1LJW A; 4G51 A; 1Y4R A; 1V07 A; 3GK9 A; 2YRS A; 2GRZ A; 3AQ8 A; 1AZI A; 1FSX B; 2AV0 A; 3K3U A; 3QQQ A; 1MLJ A; 2HZ3 A; 4G1B A; 1YVQ A; 1YEV B; 2QSS A; 1MGN A; 3HC9 A; 3MYN A; 1DTI A; 2W72 C; 3H58 A; 1ASH A; 3VRE A; 1Y0T A; 2V1F A; 1Y09 B; 1GCV A; 3WCW A; 3V2V A; 1IBE A; 1Y0W A; 1YMC A; 1HGC A; 1RQA A; 3KMF C; 2V1E A; 3ZJJ A; 1V4U A; 1UC3 A; 3ZJQ A; 2GRF A; 5JDO D; 1WMU B; 3P5Q A; 3WCU A; 1CPW A; 1HDA B; 5CN4 A; 1Y4P B; 3GQR B; 2D2M C; 3IXF A; 1MOH A; 1LH3 A; 4H07 A; 1GLI B; 1S0H B; 4OF9 A; 4QAU A; 5C6E A; 1HAC B; 1X9F D; 5EU2 A; 1XY0 B; 1CMY A; 5CNE A; 3PI9 B; 4U8U D; 3OZU A; 1Y7D A; 1CO8 A; 3EU1 B; 1YIE A; 1A4F B; 1BZ0 B; 2BWH A; 1DM1 A; 1BIN A; 1J3Z A; 2OHB A; 4UIQ A; 4F68 A; 1LHT A; 4N7N B; 3HRW A; 2B7H B; 3S1I A; 3VRF A; 3AQ5 A; 1Y31 A; 1BZ1 B; 3ZJO A; 1XQ5 B; 3QM9 A; 2MGC A; 4H2L B; 1R1X A; 1VXF A; 1ECA A; 1GCW A; 1MNK A; 1RTE A; 1WVP A; 1GDI A; 3E5I A; 1ABY A; 3WFT A; 5JOM A; 2PGH B; 1XZU B; 2ZLV A; 5AZR A; 2HZ1 A; 110M A; 1RQ3 B; 1A00 B; 1CIO A; 5KKK A; 1O1J A; 1UIW B; 1YE2 B; 4O1T A; 2E2Y A; 1Y8W A; 1PMB A; 3HF4 A; 1Y5F A; 3MBA A; 3ZJI A; 1YH9 B; 2O5S X; 3UHD A; 2VHB A; 1HLM A; 2ZSP A; 2W6X A; 1HGB B; 2DN3 B; 5KDQ B; 1FN3 A; 1HBS A; 2O5O X; 3D1K B; 3K8B B; 1Y0A B; 1L2K A; 1O1I B; 4ZVB A; 2NSS A; 1HSY A; 2EKU A; 4N7P A; 3NL7 B; 4M4B A; 4MQG A; 1N9I A; 1RVW A; 1V75 B; 3WFU A; 1UT0 A; 2DN2 B; 1LA6 A; 1T1N A; 2W72 B; 3BJ1 B; 3TLD A; 3LB2 A; 2PEG B; 2D60 B; 1QI8 B; 1QXD A; 1MWC A; 2ZLU A; 4C0N A; 7HBI A; 2FAM A; 4NI1 A; 3ECX A; 3QZZ A; 3WCW C; 5HAV A; 107M A; 2AA1 A; 1N9F A; 3MVC A; 3KUO A; 2DC3 A; 4ROL B; 1DKE A; 1Y8K B; 1O1P B; 2ZFB A; 2ZFO D; 4MQH A; 2MGI A; 1MWD A; 1F5O A; 3BJ2 A; 4N7O B; 3WCU C; 1A01 B; 2G0R A; 1COH A; 103M A; 3R5I A; 1SHR B; 1OR4 A; 4GZG A; 2MGL A; 1M9P A; 1MKO B; 4NK1 A; 1YMA A; 3D1A B; 2MB5 A; 3D17 A; 3PI3 A; 5EOH A; 3ORD A; 2NX0 A; 1PBX A; 1CG8 B; 1NWN A; 1VXC A; 4ESA A; 3LQD B; 1Y7Z A; 1AJ9 A; 2D2N B; 1J7W B; 1YHR A; 1LFY A; 2H8D A; 5EQM A; 3WCP A; 4B4Y A; 1A0U B; 1UX8 A; 1Y5J A; 2HHE A; 3G53 A; 1NZ2 A; 2VLX A; 1MYH A; 4MBN A; 3PI8 A; 1GBU B; 4L2M A; 1DTM A; 2R80 A; 5KER B; 1QSI A; 5D1V A; 2R4Z A; 1HLB A; 1JP9 A; 5CNB A; 5F0B A; 4YU4 A; 2GKM A; 3G4W A; 2QFN A; 1C7D B; 5CHR A; 1NXF A; 4XS0 A; 4C44 A; 1NIH B; 1H97 A; 3NMM A; 3ZJH A; 2MBW A; 3SZK B; 2MGE A; 3DHR A; 1NWI A; 2AUP A; 1MOA A; 1OUU A; 3MN0 A; 5EYJ A; 1SDL B; 1YEO B; 1HGA B; 1YOG A; 3E55 A; 1O1N B; 4MQJ B; 5CNC A; 3G4R A; 5MBN A; 1SPE A; 1MTJ A; 2ZSY A; 1FSX A; 3ARJ A; 2ZS1 D; 3CIU B; 1YEV A; 3FS4 B; 3CY5 B; 3RJ6 A; 1JY7 B; 4KN3 A; 1HBR B; 1THB B; 1YE0 B; 3UHW A; 3WCV C; 2AUO A; 3TM9 A; 4IT8 A; 1Y45 B; 3GLN A; 1Y09 A; 2HBD B; 2SPM A; 1A6G A; 3UH3 A; 4DWU A; 3WCT D; 3A5G A; 3AQ7 A; 1J3F A; 1IRD B; 1O1K B; 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5ILM A; 4ROL A; 1Y8K A; 1O1P A; 2D5Z B; 5ILR A; 1SWM A; 4N7O A; 1ITH A; 3WFX A; 3UI0 A; 1A01 A; 3AG0 A; 2MGF A; 1SHR A; 1A3N B; 2BK9 A; 3HXN B; 1DWT A; 3PI4 A; 1XYE B; 1Y0C B; 3M39 A; 1MKO A; 2FRJ X; 3SDN A; 3D1A A; 1CLS B; 1Y7G B; 1A6M A; 1CG8 A; 3ZJM A; 1JZK A; 3LQD A; 2GKN A; 1K1K B; 3ZJN A; 1LH7 A; 2D2N A; 1J7W A; 4HRR B; 3VAU A; 1QSH B; 3UGZ A; 6HBW B; 1A0U A; 2Z6S A; 4ILZ A; 1S5Y B; 4X0L B; 3QMA A; 2EB9 A; 1DO7 A; 3ODQ B; 1GBU A; 2Z6N B; 4F6B A; 5KER A; 2OIF A; 3HEN A; 109M A; 2LH3 A; 1Y8I B; 3AT6 B; 4FWX A; 1C7D A; 5CN5 A; 1NIH A; 1S56 A; 3SZK A; 1XZ2 B; 1NZ4 A; 5JDO E; 4HBI A; 2R4W A; 2ZSS A; 1SDL A; 2DXM B; 1YEO A; 3MOU A; 1HGA A; 5B85 A; 1V9Q A; 4MQJ A; 1C40 B; 4DC7 A; 1JW8 A; 2XKH A; 2LHB A; 1MLK A; 3CIU A; 5HLQ A; 3FS4 A; 3CY5 A; 1JY7 A; 1HBR A; 2VYY A; 1THB A; 1YE0 A; 4DC8 A; 1VWT B; 1A9W E; 1Y45 A; 1NAZ A; 2HBD A; 3HYU B; 2EF2 A; 1MLN A; 1MCY A; 1IRD A; 1O1K A; 2V1H A; 4FH6 A; 3G4U A; 2W6W A; 3AQ9 A; 2EVK A; 4KMV A; 1G0B A; 3UHH A; 2O5T X; 4L7Y B; 3IC0 A; 2RI4 A; 108M A; 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