The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Low-dose fixed-target serial synchrotron crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Myoglobin
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| molecule tags |
Oxygen binding
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| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
66
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HDS A; 1HBB B; 1MLH A; 5SW7 B; 1FDH A; 1G08 A; 2MBW A; 1V4U A; 3GQG A; 1Y4V A; 3E5I A; 5HLX A; 3ZOM A; 5CNE A; 1Y7D B; 2D2N A; 2Z6N B; 109M A; 3K9Z A; 1Y5F B; 1MLS A; 2MGL A; 1A6M A; 2EF2 A; 4HSW A; 3HHB A; 5AB8 A; 1Y22 B; 2ZLW A; 5D1V A; 2R4X A; 1F5P A; 2EKT A; 1G9V A; 3QM8 A; 1CPW A; 2D2M B; 1FN3 B; 3ECX A; 2HCO B; 2HHD A; 3AQ5 A; 1Y8K B; 3UHI A; 1OUU B; 1CLS A; 3M3A A; 3B75 A; 5JDO C; 2PGH B; 2QFK A; 2HHE A; 3EOK A; 1MYG A; 3UHC A; 3HXN B; 3D4X B; 2DN2 A; 1C7D B; 2NSS A; 1O1I A; 4MQK B; 2MGB A; 1YMB A; 3AT5 B; 2D2M C; 4MPM A; 1GZX A; 3U3E A; 3GKV A; 1CG8 B; 4JYQ A; 3AQ9 A; 5MBN A; 1MTJ A; 2HBC B; 1YMC A; 1YE0 B; 1GDJ A; 5M3S A; 1Y0W B; 3GQR A; 1YDZ A; 2E2Y A; 2LH6 A; 1FLP A; 4H07 A; 1YHE A; 2MHB B; 1XYE B; 4B3W A; 1BIJ B; 1A0Z B; 1HBH B; 5HLQ A; 4M4B B; 1CH5 A; 3SZK A; 1LH1 A; 3CY5 A; 4AVE A; 3SDH A; 1XZV B; 2R4W A; 5EU2 A; 1RSE A; 3D1K A; 3MBA A; 3EU1 B; 1JP8 A; 4YU3 A; 1IT2 A; 4KN3 A; 3UH5 A; 1Y0A B; 2HBE A; 1RTX A; 1O1J A; 1Y0T B; 1Y4Q A; 2LH7 A; 3D7O B; 3UHH A; 3CIU B; 5C6E A; 3LQD B; 4U8U C; 2H35 B; 5CMV A; 1AJG A; 1ECO A; 3WHM A; 1K1K B; 1SDL B; 3OJ1 A; 5CN8 A; 3ZJO A; 1YFF B; 1VXG A; 4U8U D; 1HLB A; 1YHR B; 1YEQ B; 2WTH A; 7HBI A; 2LH1 A; 3PI4 A; 1NS9 B; 1HBG A; 1YEV B; 1COH B; 4ZVA A; 1RQA A; 2ZLV A; 2ZLU A; 1YEU A; 1B86 B; 4N7O A; 1YEN B; 5EYJ A; 102M A; 1SDK A; 1O1O B; 1UX8 A; 1CH3 A; 4ROM B; 4F4O A; 1O1M B; 3VRF A; 1ABW A; 1JDO A; 4F68 A; 2R1H A; 3DHR B; 2FAM A; 105M A; 1Y8H A; 1IWH B; 3HYU A; 4MXL A; 1QPW B; 1NWI A; 2O5M X; 2V1G A; 1LFZ B; 3NFE A; 1J7W B; 3VAU A; 1Y45 A; 2D5X B; 3WCT D; 4YU4 B; 5EUI B; 4L7Y B; 2FRJ X; 104M A; 5KKK A; 2NSR A; 3G52 A; 1BZ1 B; 2R4Y A; 1YVT A; 1HBA A; 1BAB A; 2DN1 A; 1Y7Z B; 2ZFO D; 4ODC B; 1YGF A; 3QJE B; 1HCO B; 3ECL A; 2EKU A; 1CBL A; 4C0N A; 3OO4 A; 1LH6 A; 2VRY A; 1THB B; 4FH6 A; 1QI8 A; 2BLI A; 1RVW A; 2QMB A; 4G1B A; 2ZT1 A; 1R1X A; 4MBN A; 1JPB A; 2LHB A; 2ZS1 D; 3GDJ A; 1LJW A; 3ONZ A; 1IRD A; 1CP5 A; 5ILR A; 4O1T A; 1HBR A; 2GLN A; 1AZI A; 1Y4B A; 4M4A A; 3BJ3 B; 1VXA A; 1Y0D B; 3E5O A; 3BCQ A; 3QQQ A; 2O5L X; 1SHR B; 1VXF A; 3PEL B; 1VXH A; 4MQG A; 1BBB A; 2DXM B; 1MOC A; 3S1J A; 1IRC A; 1LFL A; 2PEG B; 3PT8 B; 1Y35 B; 1HDB B; 3ZJS A; 1HHO B; 3OO5 A; 1VXB A; 3QJD B; 1GDK A; 1EW6 A; 3DUT A; 1C7C A; 1J7Y B; 1V5H A; 1MLN A; 2HBS B; 1WLA A; 3O89 A; 1A00 B; 5JGG A; 1AJ9 B; 3LR7 A; 1V4X B; 1BZ0 B; 2R80 A; 3MOU A; 4XS0 A; 3UHW A; 3PT7 B; 2GNW A; 3WFU A; 4NI0 B; 3UH7 A; 1J7S B; 1QXD A; 4H2L B; 2GDM A; 1HGA A; 1S69 A; 1JEB B; 5HU6 B; 2VYW A; 1Y4F A; 1DXC A; 2MYE A; 3M3B A; 1A9W E; 2LH2 A; 1VXD A; 3ZHW A; 4MQC A; 2G0Z A; 3VRE B; 1S6A A; 5E83 B; 1MLG A; 3MJP A; 1DLY A; 2G10 A; 3WCU D; 1GLI A; 1O1L A; 1NZ3 A; 1JP6 A; 2H8D B; 1DXV A; 2QU0 A; 1V4W A; 1NZ5 A; 3A5B A; 1YEO A; 4NXA A; 3G46 A; 4O4T A; 5CN4 A; 1KD2 B; 1CG5 A; 1MLR A; 4U8U A; 1DTI A; 1HJT A; 1DXU A; 1XZ7 A; 3MKB A; 2ZSZ A; 1YDZ B; 3AT6 B; 1D8U A; 3D17 A; 3PI9 A; 4PQB A; 3IC0 A; 4FC3 A; 2W72 A; 1X9F B; 5CNF A; 2W31 A; 3WCW B; 2W6X A; 1QSI B; 2VEE A; 4N8T A; 2DC3 A; 4O4Z A; 2QSP A; 3H58 A; 1Y31 A; 1A01 A; 4F6F A; 1YG5 A; 1BZZ B; 4HSX A; 1CO8 A; 2MGI A; 2C0K A; 1BUW B; 1X9F C; 3WCW C; 3RGK A; 3WR1 A; 1XQ5 B; 1Y0C A; 2O5T X; 5EQM A; 1V75 A; 3R5I A; 1BZ6 A; 2AA1 B; 1Y8W B; 1GBV B; 3WCT A; 1Y85 A; 2V1K A; 3ZOL A; 5HAV A; 1J3Z B; 1G09 A; 1HBI A; 2OH8 A; 3A59 B; 3V2V A; 2RI4 A; 3QZZ A; 1Y5J B; 1JP9 A; 2GNV A; 3FS4 A; 4LPI A; 1MLM A; 4MQJ A; 1HAB B; 1CH1 A; 2ZFO A; 1V9Q A; 1JL6 A; 1MLF A; 1CMY B; 1LFY B; 3P5Q B; 4NK2 A; 3E55 A; 2H8F A; 2ZLU B; 4NS2 A; 2HBD B; 1R1Y A; 5D5R A; 1YE2 B; 2ZT4 A; 4TWU A; 3QJB A; 1Y01 B; 3G4W A; 1HDA B; 2ZT2 A; 2ZS1 A; 2ZSP A; 1XZ2 A; 1MNO A; 1DO7 A; 1VXC A; 3PI8 A; 3WTG B; 4O2G A; 1BJE A; 1GCW A; 2DHB A; 2V1J A; 1YMA A; 1HRM A; 1RQ3 B; 4PQ6 A; 5E6E B; 2ZS0 D; 2Z8A A; 2GKM A; 2V1I A; 3HF4 A; 1CH2 A; 3LB3 A; 4N7N B; 1S61 A; 4MQI A; 1Y83 B; 4WJG A; 2V1H A; 3ZJQ A; 1BVC A; 1HV4 A; 2LH5 A; 4F6B A; 1MYF A; 4AVD A; 4WJG 1; 3KUN A; 3ODQ B; 1C40 A; 1HGB B; 2BLH A; 1DWR A; 1YHU C; 5EE4 D; 1O1N B; 3ZH0 A; 1HBS A; 112M A; 3ZJN A; 3A0G A; 5CNC A; 4B4Y A; 1R1X B; 1IBE B; 2W6V A; 1GJN A; 1WMU A; 3OZU A; 2AUR A; 3NG6 B; 3NMM A; 1L2K A; 3ZJJ A; 1Y09 A; 1Y46 B; 1UFP A; 1Y4G A; 5CHQ A; 2DN3 B; 3LHB A; 1LH2 A; 3WFW A; 1RPS B; 5C6Y A; 1XZU A; 4X0L B; 4MU5 A; 2R50 A; 1PMB A; 1MNJ A; 4UUR A; 1LFT B; 4G51 A; 1GBU A; 1MNI A; 1MBD A; 2VLZ A; 1NQP A; 1HGC B; 3BOM A; 1A4F B; 1XXT A; 3WCU A; 1ASH A; 1URV A; 2OH9 A; 4JAC A; 3M39 A; 1DXD A; 1YIE A; 3DUT B; 1S5Y A; 108M A; 5HBI A; 1JY7 B; 1CIO A; 3BJ2 A; 1LA6 B; 3UHV A; 1QXE B; 1FSL A; 2AUP A; 4DC7 A; 2QLS B; 3K8B B; 1LTW A; 4XS0 B; 3QJC A; 5JDO D; 2ZT0 A; 3LR9 A; 1JZK A; 3VHB A; 2HBG A; 1CQX A; 5ILE A; 1U7S A; 3E4N A; 3ARJ A; 3QQR A; 3NL7 A; 1MLK A; 1FAW A; 1HAC B; 4IRO B; 3G4V A; 2D2M D; 3BA2 A; 2NX0 A; 1CP0 A; 1YGD B; 1ECN A; 1DKE A; 3S65 A; 2MYB A; 1Y7G A; 1X46 A; 1FCS A; 1NS6 B; 2FRI X; 3BJ1 A; 1NZ2 A; 1MGN A; 1ABY B; 3MJP B; 1G0B B; 1Y8I B; 4FWX A; 3ZJP A; 1OR6 A; 3HRW B; 5E29 B; 1YIH B; 4N7P B; 4FWY A; 4HRT B; 3UH6 A; 1LFV A; 1S5X A; 3QM7 A; 1T1N A; 1Y4P B; 3VRG A; 4F6I A; 3G4R A; 4TWV A; 3UI0 A; 1FSX A; 1J40 A; 1XZ5 B; 1VRE A; 1K0Y A; 3UHN A; 4PQC A; 2MGG A; 1QSH A; 1N9H A; 3TLD A; 3OGB A; 1DXT A; 5KER A; 1SPG B; 3PIA B; 2MYC A; 5HY8 A; 1JF3 A; 1DUK A; 3PI1 A; 2G3H A; 2D60 B; 3HEO A; 4MQH A; 2GL3 A; 1RQ4 B; 2MGJ A; 2OHB A; 4KMW A; 1PBX A; 2FRF A; 3DHT B; 2YRS B; 1A0U B; 6HBW A; 2ZFB B; 3UBV A; 4NK1 A; 4NI1 A; 3OZV A; 1OUT B; 1MYM A; 1YG5 B; 1J41 A; 1O1P B; 1XY0 B; 1Y4R B; 2ZSS A; 2Z6T A; 3S48 C; 1UVY A; 5CN5 A; 2ZS0 A; 3GQP A; 3W4U B; 2WTG A; 5KDQ B; 4ROL B; 1VWT B; 4F6G A; 2M6Z B; 3MJU A; 1UVX A; 3GYS B; 3UHR A; 1C7B A; 3QM5 A; 1ECD A; 4ESA B; 4HRR B; 4KJT A; 3WCV B; 5EYS A; 2GTL B; 3ARK A; 2VLY A; 1YH9 A; 3EDA A; 1O1K A; 2HHB A; 2GRH A; 3QM6 A; 1LHS A; 1MBA A; 1H1X A; 4UIQ A; 1M9P B; 2G11 A; 1R1Y B; 3PI3 A; 3WCP B; 1A3N A; 2O58 X; 1J3Y B; 4NZI A; 3LB4 A; 3WCV C; 3IC2 A; 2GTL C; 3KMF A; 1A3O B; 4MAX A; 2HBF A; 1BZP A; 2V1E A; 1Y5K A; 3UHQ A; 1GCV A; 1UX9 A; 2G0R A; 101M A; 4OOD A; 1MKO B; 1Y2Z A; 1S0H B; 3DR9 A; 2AUQ A; 1MYJ A; 1MBC A; 1SI4 B; 2ZLX B; 1MNK A; 4F69 A; 2RAO B; 2MYA A; 3UGZ A; 1G0A B; 5EOH A; 1UFJ A; 2BW9 M; 1LH7 A; 3FH9 A; 2MGA A; 1DLW A; 6HBI A; 1MYI A; 2D5Z A; 2EVP A; 1NEJ A; 1LFQ B; 1HBB A; 2B7H B; 1OFK A; 2G0X A; 1ECA A; 1NIH B; 1Y7D A; 1MWB A; 2BNL A; 3A0G B; 1Y5F A; 1HDS B; 1CH9 A; 1CH7 A; 1G08 B; 1N9I A; 1V4U B; 3MYM A; 3GQG B; 1WMU B; 1Y4V B; 1Y22 A; 1N9X A; 3NMM B; 1XCH A; 1MNH A; 3TM3 A; 5IKS A; 2D2N B; 1XZ4 A; 3S66 A; 2D2M A; 1FN3 A; 2HCO A; 1WVP A; 3UHD A; 1LH3 A; 1Y8K A; 1VXE A; 3HHB B; 1OUU A; 2PGH A; 1FHJ A; 2ZLW B; 2NRM A; 1NQP B; 2QSS A; 1NAZ A; 1G9V B; 3HXN A; 3D4X A; 5CND A; 1M6M A; 3A5G A; 1C7D A; 1URY A; 2WY4 A; 2HHD B; 3WCU B; 4MQK A; 2D2N C; 3AT5 A; 1YIE B; 3G53 A; 1CLS B; 3B75 B; 2SPL A; 1CG8 A; 2HHE B; 3EOK B; 3BJ2 B; 2DN2 B; 1MLQ A; 2HBC A; 1O1I B; 4HHB A; 1OJ6 A; 1HLM A; 1YE0 A; 1MBI A; 1MOH A; 1OFJ A; 1H97 A; 5CN9 A; 1Y0W A; 4O35 A; 1GZX B; 1LHT A; 3GKV B; 3G4Q A; 2MGM A; 3WI8 A; 2MHB A; 1XYE A; 1A0Z A; 1HBH A; 4M4B A; 1DWT A; 3KUO A; 3GQR B; 4DWU A; 1NXF A; 3G4Y A; 107M A; 1XZV A; 1NZ4 A; 3EU1 A; 1EMY A; 2Z6S A; 3UHX A; 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1CIK A; 1Y0D A; 1MLJ A; 3WFT A; 1YHU D; 3PEL A; 3GDJ B; 1LJW B; 3ONZ B; 2DXM A; 1IRD B; 3UH3 A; 2PEG A; 3PT8 A; 1Y35 A; 1HBR B; 5EET A; 1Y4B B; 4M4A B; 1YCA A; 1HHO A; 3BCQ B; 1JWN A; 3HC9 A; 3QJD A; 1SWM A; 1J7Y A; 4MQG B; 1BBB B; 2HBS A; 2SPO A; 1F65 A; 1LFL B; 1A00 A; 5JDO F; 1AJ9 A; 1V4X A; 2O5O X; 1BZ0 A; 1MOD A; 3OO5 B; 4H0B A; 1CBM A; 3ARL A; 3PT7 A; 2LH3 A; 1C7C B; 4NI0 A; 2XKI A; 1B0B A; 1DUO A; 1J7S A; 5ILM A; 1MYH A; 5JGG B; 4H2L A; 1XZ4 B; 3S66 B; 2QFN A; 1KFR A; 2ZLT A; 1LUE A; 2R80 B; 1JEB A; 5HU6 A; 2MGC A; 3AQ6 A; 4F6J A; 1RTE A; 2ZSX A; 1CQ2 A; 1FHJ B; 1O16 A; 2QSS B; 1QXD B; 1HGA B; 3VRE A; 5E83 A; 1Y4F B; 3GK9 A; 3NML A; 2H8D A; 1N9F A; 5AZQ A; 4MQC B; 1YOG A; 4HHB B; 1KD2 A; 4L2M A; 3RJN B; 5AZR A; 1GLI B; 1O1L B; 1DXV B; 2QU0 B; 2BWH A; 1V4W B; 1OBM A; 3AT6 A; 1YEO B; 1Q1F A; 3TM9 A; 1I3E A; 1X9F A; 3WCW A; 1CG5 B; 1UIW A; 4U8U B; 1MLO A; 3ZJI A; 1DXU B; 1QSI A; 1XZ7 B; 3MKB B; 3UHK A; 3PI9 B; 3OVU C; 3D17 B; 3IXF A; 3MVC A; 3UHE A; 3IC0 B; 1UMO A; 4FC3 B; 2W72 B; 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