The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
161
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structure length |
161
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Chain Sequence |
LKPEMIEKLNEQMNLELYSSLLYQQMSAWCSYHTFEGAAAFLRRHAQEEMTHMQRLFDYLTDTGNLPRINTVESPFAEYSSLDELFQETYKHEQLITQKINELAHAAMTNQDYPTFNFLQWYVSEQHEEEKLFKSIIDKLSLAGKSGEGLYFIDKELSTLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Metal binding protein
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| molecule keywords |
FERRITIN 1
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| publication title |
The high-resolution X-ray crystallographic structure of the ferritin (EcFtnA) of Escherichia coli; comparison with human H ferritin (HuHF) and the structures of the Fe(3+) and Zn(2+) derivatives.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
79
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| structure length |
161
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| sequence length |
161
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
1.16.3.2: Bacterial non-heme ferritin. |
| pdb deposition date | 2000-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00210 | Ferritin | Ferritin-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EZ0 A; 3PVT B; 3QD8 A; 3IS8 A; 3QHC A; 2JD8 0; 3PVY A; 4MJY A; 2CHP A; 3NP0 X; 3R2K A; 3ISE A; 4RC7 A; 1EUM A; 5GU3 X; 1JGC A; 5E1U A; 2ITB A; 4TOB A; 2Y3Q A; 3E1M A; 2BJY A; 4LQV A; 1O9I A; 5CMR A; 4EVC A; 3PWQ C; 3F33 A; 3F35 A; 2CN6 A; 2D5K A; 3R2S A; 4ZTT A; 5IX6 A; 3QB9 A; 2V2J A; 2BW1 A; 3GVY A; 1GWG A; 3GHQ A; 3KA8 A; 1N1Q A; 5FFC A; 1VEI A; 4DZ0 A; 3SHX A; 1H96 A; 2JD7 0; 4LPJ A; 3RAV A; 3AF9 X; 1VEQ A; 3AK8 A; 2W0O A; 4ML5 A; 2FJC A; 3AF7 X; 1SOF A; 1QYB A; 1Z6O A; 2FFX J; 4DYX A; 2F7N A; 1IER A; 1VEL A; 4R42 A; 4A25 A; 5J8W A; 4IWK A; 2GYD A; 2ZA7 A; 2YJK A; 4QUW A; 5FFB A; 3PVR B; 3A68 A; 3F36 A; 3Q4O A; 3BT5 A; 5D8S A; 4MUD A; 4XGS A; 4M35 A; 4TOF A; 1Z6O M; 5HQO A; 3E6S A; 4TOE A; 5JKL G; 4RC6 B; 2C41 A; 1DVB A; 2UX1 A; 3AK9 A; 5GU0 X; 4REU A; 3ES3 A; 2C2F A; 4TOA A; 1JI4 A; 3KX9 A; 1JIG A; 4RC7 B; 3WNW A; 3R2O A; 5GU2 X; 1JYB A; 3PZA A; 5FFD A; 4TW3 A; 2VZB A; 5ERJ A; 2V2S A; 1R03 A; 4AM4 A; 3BKN A; 2FL0 A; 3SID A; 4DI0 A; 2OH3 A; 4PGI A; 1TKO A; 4PG0 A; 2CLU A; 4CMY V; 2Z90 A; 3A9Q A; 2WTL A; 3PWF A; 3E1O A; 1UMN A; 3QVD A; 3Q4R A; 4RC5 A; 5D8O A; 5D8X A; 1YV1 A; 4ZL6 A; 4EVD A; 3BVE A; 2VXI A; 3RE7 A; 1YUX A; 4ZJK A; 1ZS3 A; 1JKU A; 3E6R A; 1VLG A; 5CZU A; 4ITT A; 3HIU A; 4CVS A; 4DYU A; 2IB0 A; 4E6K A; 5CMQ A; 1J30 A; 2BK6 A; 1BCF A; 5HJH A; 5D8Y A; 4ZLW A; 1BFR A; 3UOF A; 4M33 A; 3BVL A; 3GE4 A; 4LYU A; 4ISM A; 5AXS A; 2FHA A; 3F38 A; 1TKP A; 1RCC A; 3RBC A; 2V2L A; 2XJO A; 5D8R A; 1L8H A; 5GU1 X; 4M34 A; 5GN8 B; 2ZG8 X; 5K53 A; 3SE1 A; 1XZ1 A; 3VNX A; 4LPN A; 4XKS A; 4LQN A; 5ERK A; 3QZ3 A; 3R2R A; 1KRQ A; 1Z4A A; 1QGH A; 4ZKH A; 3IS7 A; 4OYN A; 3F34 A; 3OGH A; 3FSE A; 2V2I A; 3F32 A; 1LKM A; 1JTS A; 4TOC A; 4ZMC A; 2V2M A; 4XKU A; 2CF7 A; 4LPM A; 4ERU A; 3F39 A; 4CVR A; 1F30 A; 2V15 A; 3OJ5 A; 4DAS A; 1UVH A; 5GOU A; 3R2M A; 3PWQ A; 1RCD A; 1S2Z A; 2YW7 A; 3R2L A; 3PVT A; 2XKQ A; 5J9V A; 5K52 A; 3TA8 A; 3AJO A; 2XJM A; 4PG1 A; 5FFE A; 2C2U A; 3SH6 A; 4CVP A; 1RYT A; 2IY4 A; 2V2N A; 2ZA8 A; 3E2C A; 2HTN A; 2XGW A; 3PVY B; 1VJX A; 3O7R A; 1LKP A; 2Z5R A; 1DPS A; 3E1J A; 4IXK A; 2JD6 0; 3IQ1 A; 5JKM A; 4Z3B A; 3PW8 A; 2Z5Q A; 5LS9 A; 1DAT A; 4ITW A; 4TOG A; 4CYA A; 4XKT A; 3WVV A; 5J93 A; 3F37 A; 2IU2 A; 3NP2 X; 3KXU A; 4II4 A; 4MY7 A; 1NFV A; 5I4J A; 4RC8 A; 2CHI A; 2FG8 A; 2HR5 A; 3WVU A; 4AM5 A; 1RCI A; 1RCE A; 2X17 0; 1HRS A; 2YJJ A; 1O9R A; 2QF9 A; 4LQJ A; 2Z5P A; 3E1N A; 1S30 A; 2BKC A; 1ZUJ A; 4DYZ A; 5LG2 A; 2G4H A; 4ZKX A; 5D8P A; 1NNQ A; 4ZKW A; 4TOH A; 4RC6 A; 4LYX A; 5C6F A; 4Y08 A; 5LG8 A; 1NF4 A; 4LQH A; 3PW1 A; 1JRE A; 2GYQ A; 4AM2 A; 3EGM A; 3UOI A; 1AEW A; 3MPS A; 2CIH A; 3AJP A; 1XZ3 A; 3EZU A; 4KVS A; 4PGK A; 4CVT A; 3QHB A; 1F33 A; 3BVF A; 5FFA A; 5E2D A; 2C2J A; 3E1Q A; 3O7S A; 1SQ3 A; 4MKU A; 3RD0 A; 2VXX A; 5D8Q A; 5JAC A; 4YKH A; 1JI5 A; 4CMY A; 2C6R A; 3WVW A; 4KVQ A; 1BG7 A; 2FZF A; 2ZUR X; 1LB3 A; 5FEJ A; 1S3Q A; 2V2O A; 1JKV A; 1B71 A; 5LBH A; 4CY9 A; 3FI6 A; 3UNO A; 2XJN A; 2WLA A; 4CYB A; 3KA9 A; 3KWO A; 3BVI A; 4TO9 A; 4II4 B; 2ZA6 A; 3R2H A; 1TJO A; 4RC5 B; 2YW6 A; 1LKO A; 1OTK A; 2V2R A; 3KA3 A; 2OC5 A; 4TOD A; 3KA6 A; 3PW8 C; 1NF6 A; 5J8S A; 4P18 A; 3FVB A; 2CN7 A; 3RGD A; 2FG4 A; 5GN8 A; 4ZL5 A; 5JKL A; 2QQY A; 1YUZ A; 3Q4Q A; 2PYB A; 3U90 A; 5HJF A; 5JKM G; 1IES A; 4EVE A; 4ISP A; 3Q4N A; 4DE6 A; 3H7G A; 1TK6 A; 1MFR A; 2ZG9 X; 3BVK A; 3HL1 A; 3PW1 B; 3ERZ A; 2RBD A; 2WLU A; 1MOJ A; 3AJQ A; 4MN9 A; 3AF8 X; 3ISF A; 3E1L A; 3T9J A; 3PVR A; 4EVB A; 4M32 A; 2ZG7 X; 3E1P A; 1FHA A; 2Z6M A; 1RCG A; 4ETR A; 3KA4 A; 4U3G A; 4IWJ A; 2CEI A; 4KVR A; 4DYY A; 2GS4 A; 2V2P A; 3NOZ X; 1L8I A; 2FKZ A; 4Z5S A; 2CLB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EZ0 A; 3PVT B; 3QD8 A; 3IS8 A; 3QHC A; 2JD8 0; 3PVY A; 4MJY A; 2CHP A; 3NP0 X; 3R2K A; 3ISE A; 4RC7 A; 1EUM A; 5GU3 X; 1JGC A; 5E1U A; 2ITB A; 4TOB A; 2Y3Q A; 3E1M A; 2BJY A; 4LQV A; 4MXP A; 1O9I A; 5CMR A; 3VV9 A; 4EVC A; 3PWQ C; 3F33 A; 3F35 A; 2CN6 A; 2D5K A; 3R2S A; 4ZTT A; 5IX6 A; 3QB9 A; 2V2J A; 2BW1 A; 3GVY A; 1GWG A; 3GHQ A; 3GGY A; 3KA8 A; 1N1Q A; 5FFC A; 1VEI A; 4DZ0 A; 3SHX A; 1H96 A; 2JD7 0; 4LPJ A; 3RAV A; 3AF9 X; 1VEQ A; 3AK8 A; 2W0O A; 4ML5 A; 2FJC A; 3AF7 X; 1SOF A; 1QYB A; 1Z6O A; 2AR0 A; 2FFX J; 4DYX A; 2F7N A; 1IER A; 1VEL A; 3KHK A; 4R42 A; 4A25 A; 4KXR B; 5J8W A; 4IWK A; 2GYD A; 2ZA7 A; 3JZA B; 2YJK A; 4QUW A; 5FFB A; 3N6O A; 3PVR B; 3A68 A; 3F36 A; 3Q4O A; 3BT5 A; 5D8S A; 4MUD A; 4XGS A; 4M35 A; 3D19 A; 4TOF A; 1Z6O M; 5HQO A; 3E6S A; 4TOE A; 5JKL G; 2N02 A; 4RC6 B; 2C41 A; 4YXM A; 4YVZ A; 1DVB A; 2UX1 A; 3AK9 A; 5GU0 X; 4REU A; 3ES3 A; 2C2F A; 4TOA A; 1JI4 A; 3VVA A; 3KX9 A; 1JIG A; 4RC7 B; 3WNW A; 3R2O A; 5GU2 X; 3C23 A; 1JYB A; 3PZA A; 5FFD A; 2V8T A; 4TW3 A; 2VZB A; 5ERJ A; 2V2S A; 1R03 A; 4AM4 A; 3BKN A; 2FL0 A; 3SID A; 4DI0 A; 2OH3 A; 4PGI A; 1TKO A; 4PG0 A; 3LKD A; 2CLU A; 4CMY V; 2Z90 A; 3A9Q A; 2WTL A; 3PWF A; 3E1O A; 1UMN A; 3QVD A; 3Q4R A; 4RC5 A; 5D8O A; 3UFB A; 5D8X A; 1YV1 A; 4ZL6 A; 4EVD A; 3BVE A; 2VXI A; 3RE7 A; 1YUX A; 4ZJK A; 1ZS3 A; 1JKU A; 3E6R A; 1VLG A; 5CZU A; 4ITT A; 3HIU A; 4CVS A; 3C1Y A; 4DYU A; 2IB0 A; 4E6K A; 5CMQ A; 1J30 A; 2BK6 A; 1BCF A; 5HJH A; 5D8Y A; 4ZLW A; 1BFR A; 3UOF A; 4M33 A; 3BVL A; 2V8U A; 3GE4 A; 4LYU A; 4ISM A; 5AXS A; 2FHA A; 3F38 A; 1TKP A; 1RCC A; 2CWL A; 3W54 A; 3RBC A; 2V2L A; 4W4L B; 2XJO A; 5D8R A; 1L8H A; 5GU1 X; 4M34 A; 5GN8 B; 2ZG8 X; 5K53 A; 3SE1 A; 1XZ1 A; 3VNX A; 4LPN A; 4XKS A; 4LQN A; 5ERK A; 3QZ3 A; 3R2R A; 1KRQ A; 1Z4A A; 1QGH A; 4ZKH A; 3IS7 A; 4OYN A; 3F34 A; 3OGH A; 3FSE A; 2V2I A; 3F32 A; 1LKM A; 1JTS A; 4TOC A; 4ZMC A; 2V2M A; 4XKU A; 2CF7 A; 4LPM A; 4ERU A; 3F39 A; 4CVR A; 1F30 A; 2V15 A; 3OJ5 A; 4DAS A; 5JDO A; 1UVH A; 5GOU A; 3R2M A; 3PWQ A; 1RCD A; 1S2Z A; 3FRR A; 2YW7 A; 3R2L A; 4E40 A; 3PVT A; 2XKQ A; 5J9V A; 5K52 A; 3TA8 A; 3AJO A; 2XJM A; 4PG1 A; 5FFE A; 5HU6 D; 2C2U A; 3SH6 A; 2MGY A; 4CVP A; 1RYT A; 2IY4 A; 2V2N A; 2ZA8 A; 3E2C A; 2HTN A; 2XGW A; 3PVY B; 1VJX A; 3O7R A; 1LKP A; 2G38 B; 2Z5R A; 1DPS A; 2Y44 A; 3E1J A; 4IXK A; 2JD6 0; 3IQ1 A; 5JKM A; 4Z3B A; 3PW8 A; 2Z5Q A; 5LS9 A; 1DAT A; 4ITW A; 3DBY A; 4TOG A; 4CYA A; 4XKT A; 3WVV A; 5J93 A; 3F37 A; 2IU2 A; 3NP2 X; 3KXU A; 4II4 A; 4MY7 A; 1NFV A; 5I4J A; 4RC8 A; 2CHI A; 2FG8 A; 2HR5 A; 3WVU A; 4AM5 A; 1RCI A; 1RCE A; 2X17 0; 1HRS A; 2YJJ A; 1O9R A; 2QF9 A; 4LQJ A; 2Z5P A; 3E1N A; 1S30 A; 2BKC A; 1ZUJ A; 4DYZ A; 5LG2 A; 3FRS A; 2G4H A; 4ZKX A; 5D8P A; 1NNQ A; 3GGZ A; 4ZKW A; 4TOH A; 4RC6 A; 4LYX A; 5JDO B; 5C6F A; 4Y08 A; 5LG8 A; 1NF4 A; 4LQH A; 3PW1 A; 1JRE A; 2GYQ A; 4AM2 A; 3EGM A; 3UOI A; 1AEW A; 3MPS A; 2CIH A; 3AJP A; 1XZ3 A; 4X0J A; 3EZU A; 4KVS A; 4PGK A; 4CVT A; 3QHB A; 1F33 A; 3BVF A; 2OKC A; 3V3K B; 5FFA A; 5E2D A; 2C2J A; 3E1Q A; 3O7S A; 1SQ3 A; 4MKU A; 3RD0 A; 2VXX A; 5D8Q A; 3KDQ A; 5JAC A; 4YKH A; 1JI5 A; 4CMY A; 2C6R A; 3WVW A; 4KVQ A; 1BG7 A; 2FZF A; 2ZUR X; 1LB3 A; 5FEJ A; 1S3Q A; 2V2O A; 1JKV A; 1B71 A; 5LBH A; 4CY9 A; 3FI6 A; 3UNO A; 2XJN A; 2WLA A; 4CYB A; 3KA9 A; 3KWO A; 3BVI A; 4TO9 A; 4II4 B; 2ZA6 A; 3R2H A; 4YXJ A; 1TJO A; 4RC5 B; 2YW6 A; 1LKO A; 1OTK A; 2V2R A; 3KA3 A; 2OC5 A; 3L0M A; 4TOD A; 4WJG 4; 3KA6 A; 3PW8 C; 1NF6 A; 5J8S A; 4P18 A; 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