The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
172
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structure length |
172
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Chain Sequence |
HHSQDPMLSKDIIKLLNEQVNKEMNSSNLYMSMSSWCYTHSLDGAGLFLFDHAAEEYEHAKKLIIFLNENNVPVQLTSISAPEHKFEGLTQIFQKAYELEQHISESINNIVDHAIKSKDHATFNFLQWYVAEQHEEEVLFKDILDKIELIGNENHGLYLADQYVKGIAKSRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis of Novel Iron-Uptake Route and Reaction Intermediates in Ferritins from Gram-Negative Bacteria.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Bacterial non-heme ferritin
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Helicobacter pylori
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| total genus |
78
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| structure length |
172
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| sequence length |
172
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature |
ec
1.16.3.2: Bacterial non-heme ferritin. |
| pdb deposition date | 2015-06-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00210 | Ferritin | Ferritin-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PVY B; 1JYB A; 1BCF A; 3TA8 A; 1TK6 A; 5LS9 A; 5GU1 X; 3WVW A; 4RC7 A; 2JD8 0; 3VNX A; 3AF8 X; 3E1Q A; 4LYX A; 4ITW A; 2ZG7 X; 2UX1 A; 5E2D A; 5FFD A; 5LG8 A; 2V2P A; 3BVK A; 2C2J A; 3PW1 B; 3A68 A; 1DVB A; 4ZLW A; 2YW7 A; 3Q4Q A; 3ISF A; 2V2S A; 1NFV A; 4E6K A; 4CVR A; 1S30 A; 1RCE A; 3RGD A; 4DAS A; 4TOF A; 3IS7 A; 3R2K A; 1DPS A; 4TOC A; 3HIU A; 1JKV A; 2G4H A; 4RC5 A; 3SHX A; 4ZL6 A; 2FKZ A; 3WVV A; 4IXK A; 4U3G A; 4CYA A; 2BJY A; 1FHA A; 1NF6 A; 4DYU A; 1JTS A; 1SOF A; 5ERJ A; 4RC8 A; 2V15 A; 4M34 A; 1JGC A; 4ZKW A; 1L8I A; 4PG0 A; 3SID A; 1ZUJ A; 3E6R A; 5I4J A; 4ERU A; 4PGI A; 4ZL5 A; 3AK9 A; 2JD6 0; 3F36 A; 1LKP A; 3KA4 A; 1RCI A; 2C6R A; 2CN6 A; 3E2C A; 3FI6 A; 5CMR A; 3BKN A; 4DE6 A; 5C6F A; 4LPJ A; 3T9J A; 2V2O A; 2WTL A; 2V2L A; 5D8O A; 3GVY A; 3AF7 X; 4M33 A; 4P18 A; 1Z4A A; 3E6S A; 1DAT A; 5ERK A; 4LPM A; 3E1O A; 4EVD A; 5GU2 X; 3A9Q A; 1Z6O M; 3GHQ A; 3R2R A; 2V2R A; 1J30 A; 2FL0 A; 3QZ3 A; 2GYD A; 4LQN A; 2CHI A; 4MKU A; 3PWF A; 2V2J A; 4MUD A; 3BVL A; 3KXU A; 4RC6 A; 1L8H A; 1NF4 A; 4MY7 A; 4CY9 A; 2Z90 A; 3RE7 A; 3ISE A; 2JD7 0; 5D8Q A; 2ZA7 A; 2Z6M A; 4Y08 A; 3PWQ C; 4II4 B; 3NP2 X; 2YJK A; 3E1P A; 4XKU A; 2WLU A; 3UOF A; 3E1L A; 4OYN A; 3KA6 A; 5GU3 X; 1F30 A; 5FFE A; 1AEW A; 5GN8 B; 1XZ1 A; 3F39 A; 5E1U A; 2ZUR X; 2XJO A; 4LQV A; 4TOE A; 3WVU A; 2W0O A; 2ZG9 X; 3Q4N A; 5CZU A; 4REU A; 3AJO A; 4XGS A; 3RD0 A; 1JI4 A; 3BVF A; 1TKP A; 4DYY A; 3NP0 X; 4RC7 B; 5GOU A; 2BKC A; 3BVE A; 4KVS A; 4TO9 A; 3PVR A; 2IB0 A; 5LG2 A; 4ZTT A; 3E1N A; 5HJF A; 1UVH A; 2PYB A; 4CVS A; 4AM5 A; 2FJC A; 4TOB A; 2VXI A; 5CMQ A; 4PGK A; 4ZMC A; 4TOG A; 5K52 A; 2GS4 A; 2C41 A; 3F34 A; 1O9I A; 3AK8 A; 4TOD A; 1VJX A; 3F37 A; 1VEQ A; 3RAV A; 1NNQ A; 3EGM A; 2QQY A; 5JKM G; 4RC5 B; 3KWO A; 2WLA A; 3UOI A; 3KA9 A; 3QVD A; 1O9R A; 2HTN A; 3EZ0 A; 2D5K A; 5K53 A; 4A25 A; 3FVB A; 4LYU A; 2CLU A; 5IX6 A; 1Z6O A; 1UMN A; 4KVR A; 2ZG8 X; 3HL1 A; 1KRQ A; 3U90 A; 3SH6 A; 2IY4 A; 1R03 A; 2V2N A; 1JIG A; 4ML5 A; 4AM2 A; 5J93 A; 4EVB A; 2FG8 A; 1IES A; 3AF9 X; 3R2M A; 3R2O A; 3R2H A; 4IWK A; 4ISP A; 3E1M A; 5HQO A; 1N1Q A; 1RCG A; 2CF7 A; 4CMY V; 1QYB A; 4TW3 A; 3QHB A; 2CLB A; 2FZF A; 1F33 A; 5AXS A; 1RCC A; 2XGW A; 3GE4 A; 4ZKH A; 2FG4 A; 3ERZ A; 3NOZ X; 3OJ5 A; 2GYQ A; 2ZA6 A; 1HRS A; 2C2F A; 4CMY A; 5JKM A; 1RCD A; 2HR5 A; 1QGH A; 4XKS A; 2CIH A; 1VEL A; 4EVC A; 4EVE A; 1S3Q A; 4MN9 A; 1H96 A; 3E1J A; 3PVT A; 4RC6 B; 2Y3Q A; 5HJH A; 3OGH A; 5D8S A; 1MOJ A; 1S2Z A; 2F7N A; 3PVY A; 1JRE A; 3IS8 A; 2CHP A; 1YUX A; 3EZU A; 5D8X A; 2YJJ A; 3KA3 A; 5FFA A; 3AJQ A; 5D8R A; 4CYB A; 2YW6 A; 4ITT A; 2Z5Q A; 3FSE A; 5GU0 X; 4Z5S A; 5FEJ A; 3QD8 A; 3H7G A; 4LQH A; 2VXX A; 4ISM A; 1VEI A; 4R42 A; 2V2M A; 3PVR B; 2ZA8 A; 3PW1 A; 4IWJ A; 4TOH A; 3F33 A; 4YKH A; 1YUZ A; 1JI5 A; 1RYT A; 3Q4O A; 3O7S A; 1EUM A; 2XJM A; 3F35 A; 1BFR A; 2BK6 A; 3PWQ A; 2QF9 A; 1SQ3 A; 4CVT A; 4ETR A; 5D8P A; 5JKL A; 3F38 A; 3F32 A; 3PW8 C; 4PG1 A; 2X17 0; 2XKQ A; 1TKO A; 4ZJK A; 1TJO A; 2C2U A; 1OTK A; 3WNW A; 2V2I A; 5J9V A; 3KA8 A; 5D8Y A; 5FFC A; 2FHA A; 5JAC A; 3QHC A; 1MFR A; 2ITB A; 4KVQ A; 3IQ1 A; 1VLG A; 3O7R A; 1B71 A; 1LKO A; 3R2S A; 3AJP A; 4ZKX A; 4DYZ A; 2Z5R A; 2IU2 A; 4QUW A; 4LPN A; 1BG7 A; 2CEI A; 2Z5P A; 4AM4 A; 4DYX A; 1XZ3 A; 1LKM A; 4M35 A; 4TOA A; 2CN7 A; 4MJY A; 4M32 A; 3QB9 A; 3UNO A; 1YV1 A; 2XJN A; 4CVP A; 3MPS A; 1IER A; 2VZB A; 3ES3 A; 1ZS3 A; 3BVI A; 5J8S A; 3RBC A; 4DI0 A; 5FFB A; 3PZA A; 2FFX J; 5J8W A; 1LB3 A; 3Q4R A; 5JKL G; 4DZ0 A; 3SE1 A; 4II4 A; 2BW1 A; 4Z3B A; 1GWG A; 3PW8 A; 2OH3 A; 1JKU A; 4XKT A; 3PVT B; 4LQJ A; 5GN8 A; 3R2L A; 3BT5 A; 2RBD A; 5LBH A; 3KX9 A; 2OC5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PVY B; 1JYB A; 3C1Z A; 3C23 A; 1BCF A; 3TA8 A; 1TK6 A; 5LS9 A; 5GU1 X; 3WVW A; 4RC7 A; 3VV9 A; 2JD8 0; 3VNX A; 3AF8 X; 3E1Q A; 4LYX A; 4ITW A; 3W54 A; 2ZG7 X; 2UX1 A; 5E2D A; 5FFD A; 3KHK A; 5LG8 A; 2V2P A; 3BVK A; 2C2J A; 3PW1 B; 3A68 A; 1DVB A; 4ZLW A; 2YW7 A; 3Q4Q A; 3ISF A; 2V2S A; 1NFV A; 4E6K A; 4CVR A; 1S30 A; 1RCE A; 3RGD A; 4DAS A; 4TOF A; 3IS7 A; 3R2K A; 1DPS A; 4TOC A; 3HIU A; 1JKV A; 2G4H A; 4RC5 A; 3SHX A; 4ZL6 A; 2FKZ A; 3WVV A; 4IXK A; 4U3G A; 4CYA A; 2BJY A; 1FHA A; 1NF6 A; 4DYU A; 2N02 A; 1JTS A; 1SOF A; 5ERJ A; 4YXJ A; 4RC8 A; 2V15 A; 4M34 A; 1JGC A; 4ZKW A; 3JZ9 A; 1L8I A; 4PG0 A; 3SID A; 1ZUJ A; 3E6R A; 5I4J A; 4ERU A; 4PGI A; 4ZL5 A; 3AK9 A; 2JD6 0; 3F36 A; 1LKP A; 3KA4 A; 1RCI A; 2C6R A; 2CN6 A; 3E2C A; 3FI6 A; 5CMR A; 3BKN A; 4DE6 A; 5C6F A; 4LPJ A; 3T9J A; 2V2O A; 2WTL A; 2V2L A; 5D8O A; 3D19 A; 3GVY A; 3AF7 X; 4M33 A; 4P18 A; 1Z4A A; 3E6S A; 4X0J A; 1DAT A; 5ERK A; 4LPM A; 3E1O A; 4EVD A; 3FRR A; 5GU2 X; 3A9Q A; 1Z6O M; 3GHQ A; 3R2R A; 2V2R A; 3VVA A; 1J30 A; 2FL0 A; 3QZ3 A; 2GYD A; 4LQN A; 2CHI A; 4MKU A; 3L0M A; 3PWF A; 5JDO A; 2V2J A; 4MUD A; 3BVL A; 3KXU A; 4RC6 A; 1L8H A; 1NF4 A; 4MY7 A; 4CY9 A; 2Z90 A; 3RE7 A; 3ISE A; 2JD7 0; 5D8Q A; 2ZA7 A; 2Z6M A; 4Y08 A; 3PWQ C; 4II4 B; 3NP2 X; 2V8U A; 2YJK A; 3E1P A; 4XKU A; 2WLU A; 3UOF A; 3E1L A; 4OYN A; 3KA6 A; 5GU3 X; 1F30 A; 5FFE A; 1AEW A; 5GN8 B; 1XZ1 A; 3F39 A; 4MXP A; 3DBY A; 2ZUR X; 5E1U A; 2XJO A; 4LQV A; 4TOE A; 3GGZ A; 3WVU A; 2W0O A; 2ZG9 X; 3Q4N A; 5CZU A; 4REU A; 3AJO A; 4XGS A; 3RD0 A; 1JI4 A; 3BVF A; 1TKP A; 4DYY A; 3NP0 X; 5HU6 D; 4RC7 B; 5GOU A; 2BKC A; 3BVE A; 4KVS A; 4TO9 A; 3PVR A; 2IB0 A; 5LG2 A; 4ZTT A; 3E1N A; 5HJF A; 1UVH A; 2PYB A; 4CVS A; 4AM5 A; 2FJC A; 4TOB A; 2VXI A; 5CMQ A; 4PGK A; 4ZMC A; 4TOG A; 5K52 A; 2GS4 A; 2C41 A; 3F34 A; 1O9I A; 3AK8 A; 4TOD A; 1VJX A; 3F37 A; 4W4L B; 1VEQ A; 3RAV A; 2WWX B; 1NNQ A; 3EGM A; 2QQY A; 5JKM G; 4RC5 B; 3KWO A; 2WLA A; 3UOI A; 3KA9 A; 3QVD A; 1O9R A; 2HTN A; 3EZ0 A; 2D5K A; 5K53 A; 4A25 A; 3FVB A; 4LYU A; 2CLU A; 5IX6 A; 1Z6O A; 1UMN A; 4KVR A; 2ZG8 X; 3HL1 A; 1KRQ A; 3U90 A; 3SH6 A; 2IY4 A; 4W4K B; 1R03 A; 4WJG 4; 2V2N A; 1JIG A; 4ML5 A; 4AM2 A; 5J93 A; 3KDQ A; 4EVB A; 2FG8 A; 1IES A; 3AF9 X; 3GGY A; 3R2M A; 3R2O A; 3R2H A; 4IWK A; 4ISP A; 3E1M A; 5HQO A; 1N1Q A; 3C1Y A; 4E40 A; 1RCG A; 2CF7 A; 4CMY V; 1QYB A; 4TW3 A; 3QHB A; 2CLB A; 2FZF A; 3N6O A; 1F33 A; 5AXS A; 1RCC A; 2XGW A; 3GE4 A; 4ZKH A; 2FG4 A; 3ERZ A; 3NOZ X; 3UFB A; 3OJ5 A; 2GYQ A; 2ZA6 A; 1HRS A; 2C2F A; 4CMY A; 5JKM A; 1RCD A; 2HR5 A; 1QGH A; 5JDO B; 4XKS A; 2CIH A; 1VEL A; 4EVC A; 4EVE A; 1S3Q A; 4MN9 A; 1H96 A; 3E1J A; 3PVT A; 4RC6 B; 2Y3Q A; 5HJH A; 3OGH A; 5D8S A; 1MOJ A; 1S2Z A; 2F7N A; 3PVY A; 4YXM A; 1JRE A; 3IS8 A; 2CHP A; 3LKD A; 1YUX A; 3EZU A; 5D8X A; 2YJJ A; 3KA3 A; 5FFA A; 3AJQ A; 5D8R A; 3C21 A; 4CYB A; 2YW6 A; 3FRS A; 4ITT A; 2Z5Q A; 3FSE A; 2AR0 A; 5GU0 X; 4Z5S A; 5FEJ A; 3QD8 A; 3H7G A; 4LQH A; 2VXX A; 4ISM A; 1VEI A; 4R42 A; 2V2M A; 3PVR B; 4IWJ A; 2ZA8 A; 3PW1 A; 3M6J A; 4TOH A; 3F33 A; 4YKH A; 1YUZ A; 1JI5 A; 1RYT A; 3Q4O A; 2Y44 A; 3O7S A; 1EUM A; 2XJM A; 3F35 A; 1BFR A; 2BK6 A; 3PWQ A; 2QF9 A; 1SQ3 A; 4CVT A; 4ETR A; 5D8P A; 5JKL A; 3F38 A; 2CWL A; 3F32 A; 3PW8 C; 4PG1 A; 4KXR B; 2X17 0; 2XKQ A; 1TKO A; 4ZJK A; 1TJO A; 2C2U A; 1OTK A; 2G38 B; 3WNW A; 2V2I A; 5J9V A; 3KA8 A; 5D8Y A; 5FFC A; 2FHA A; 5JAC A; 3QHC A; 1MFR A; 3V3K B; 2ITB A; 4KVQ A; 3IQ1 A; 1VLG A; 3O7R A; 1B71 A; 3JZA B; 1LKO A; 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