The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
LLYTRNDVSESDKKATVELLNRQVIQFIDLSLITKQAHWNMRGANFIAVHEMLDGFRTALTDHLDTMAERAVQLGGVALGTTQVINSKTPLKSYPLDIHNVQDHLKELADRYAVVANDVRKAIGEAKDEDTADIFTAASRDLDKFLWFIESNIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the SEp22 dodecamer, a Dps-like protein from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA protection during starvation protein
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| molecule tags |
Metal binding protein, oxidoreductase
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| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar kentucky
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| total genus |
68
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature |
ec
1.16.-.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PGK A; 1JGC A; 3R2L A; 4PG0 A; 2FKZ A; 3T9J A; 1FHA A; 2JD7 0; 5LS9 A; 2Z5P A; 3PVY B; 1L8I A; 5HQO A; 2XJO A; 4KVR A; 4R42 A; 5GN8 A; 3AK8 A; 3WVU A; 4EVB A; 3E1O A; 4ITW A; 2ZA8 A; 5FFA A; 1VEQ A; 1TKO A; 1TK6 A; 2CHP A; 1LKM A; 2V2P A; 2G4H A; 3AK9 A; 3PVT A; 1Z6O A; 4CVS A; 3E1M A; 1BG7 A; 4ZTT A; 3WVV A; 4DE6 A; 4M34 A; 1ZS3 A; 3R2K A; 3R2M A; 4A25 A; 3R2S A; 1LB3 A; 2C2F A; 4ZLW A; 3FI6 A; 4M35 A; 1DVB A; 5FFE A; 5J93 A; 1NFV A; 1Z6O M; 1YV1 A; 1RCD A; 4Z5S A; 2Y3Q A; 3E6R A; 1UVH A; 3HL1 A; 2ZA6 A; 1TKP A; 1YUZ A; 3PZA A; 4LQJ A; 3EZ0 A; 2BK6 A; 2XGW A; 3ERZ A; 4TOC A; 5GN8 B; 4CY9 A; 2CF7 A; 3QZ3 A; 3SE1 A; 1IES A; 3A68 A; 4CYB A; 5C6F A; 4QUW A; 4ZKX A; 3AJQ A; 4AM4 A; 3PVT B; 2V15 A; 2GYQ A; 2FHA A; 5K52 A; 3E1Q A; 4CVR A; 2Z90 A; 4TOE A; 3GHQ A; 4CVT A; 2C41 A; 5D8Y A; 3ISF A; 4TOB A; 4XKS A; 3PWQ C; 3NP2 X; 1SOF A; 3GE4 A; 4MUD A; 3PWQ A; 2WLU A; 4MN9 A; 4LYX A; 4CMY V; 4EVE A; 5J9V A; 4DYZ A; 4Y08 A; 1RCE A; 2GS4 A; 4MJY A; 4ML5 A; 3WVW A; 5E2D A; 4ISM A; 4PGI A; 3E6S A; 2RBD A; 2VXI A; 2BKC A; 4U3G A; 4ZKH A; 3BVI A; 1DPS A; 2C6R A; 3KA8 A; 4DYX A; 2PYB A; 5JKM G; 2IY4 A; 5JKL G; 2CIH A; 5D8X A; 1NF4 A; 2CLU A; 2V2I A; 4LQV A; 2WTL A; 1B71 A; 2W0O A; 1MOJ A; 3F38 A; 3Q4R A; 4ERU A; 2OH3 A; 2HR5 A; 5ERJ A; 4EVC A; 3AJO A; 5I4J A; 5ERK A; 2QQY A; 4ZJK A; 4IXK A; 5AXS A; 3NP0 X; 3QHC A; 3E1L A; 3EGM A; 1QYB A; 3QB9 A; 5D8Q A; 3E1J A; 4P18 A; 2BJY A; 4PG1 A; 4DYY A; 3KA6 A; 2ZA7 A; 1S30 A; 3O7S A; 3QVD A; 1VEL A; 1NF6 A; 4Z3B A; 3E1P A; 2YJK A; 4TOA A; 3RE7 A; 4AM2 A; 3AJP A; 4TOD A; 1JRE A; 4TOF A; 2ZUR X; 5D8R A; 1RCG A; 1S3Q A; 5LG2 A; 2UX1 A; 3TA8 A; 3QD8 A; 2C2J A; 3FSE A; 5CMQ A; 3UNO A; 5IX6 A; 3MPS A; 2YW7 A; 4ETR A; 3PW1 A; 3BVK A; 4LQH A; 2C2U A; 4II4 A; 4RC5 A; 3GVY A; 2QF9 A; 3BKN A; 1JYB A; 2CN6 A; 2OC5 A; 3BVE A; 5D8S A; 3KA9 A; 2F7N A; 3IS7 A; 3Q4N A; 2BW1 A; 5GU1 X; 1VLG A; 3ISE A; 3HIU A; 4LPM A; 1AEW A; 1HRS A; 1VEI A; 4XKT A; 3RGD A; 3BVF A; 3ES3 A; 1J30 A; 1XZ3 A; 3O7R A; 1R03 A; 3KWO A; 2X17 0; 1EUM A; 3SH6 A; 1S2Z A; 4XGS A; 3A9Q A; 3Q4Q A; 3U90 A; 4REU A; 5HJF A; 3KX9 A; 2V2R A; 3R2H A; 4LYU A; 3AF9 X; 1XZ1 A; 2V2J A; 2YJJ A; 3IQ1 A; 1N1Q A; 2Z6M A; 5LBH A; 4RC8 A; 5CZU A; 1DAT A; 4TOG A; 3PW1 B; 3PW8 C; 1JTS A; 4II4 B; 4TOH A; 5GU2 X; 4M33 A; 4KVS A; 4RC5 B; 3E2C A; 3PW8 A; 4ZMC A; 5GOU A; 2YW6 A; 2CHI A; 4RC6 A; 2GYD A; 4IWJ A; 2D5K A; 1Z4A A; 2Z5Q A; 2ZG7 X; 2FZF A; 3KA4 A; 4M32 A; 5CMR A; 2CEI A; 4LQN A; 3IS8 A; 4E6K A; 4LPJ A; 3VNX A; 3EZU A; 2V2M A; 3F36 A; 1L8H A; 3KXU A; 4KVQ A; 3AF7 X; 2XJM A; 2V2O A; 5D8P A; 2VZB A; 4TO9 A; 1JKV A; 3F39 A; 1JKU A; 3R2O A; 3F34 A; 4LPN A; 5LG8 A; 1SQ3 A; 5E1U A; 3RBC A; 3OJ5 A; 1H96 A; 5D8O A; 4CYA A; 4ITT A; 1O9I A; 4AM5 A; 3PVR A; 3Q4O A; 2VXX A; 4ISP A; 4RC6 B; 1RCC A; 1LKO A; 3F35 A; 3PWF A; 5J8W A; 2FG4 A; 1F33 A; 1MFR A; 5JKM A; 3R2R A; 4RC7 A; 5JKL A; 3E1N A; 5HJH A; 1BFR A; 2FJC A; 2HTN A; 3SHX A; 2XKQ A; 1IER A; 2FFX J; 2CLB A; 3BVL A; 1JI4 A; 2V2S A; 3NOZ X; 1KRQ A; 2IB0 A; 4ZKW A; 1JIG A; 1F30 A; 1GWG A; 1VJX A; 4DYU A; 3RAV A; 2XJN A; 5GU0 X; 1O9R A; 4CMY A; 3F33 A; 4IWK A; 2JD6 0; 3FVB A; 3SID A; 1ZUJ A; 1JI5 A; 2Z5R A; 4MKU A; 2WLA A; 5FFD A; 3AF8 X; 3PVR B; 1NNQ A; 4TW3 A; 5JAC A; 4MY7 A; 4ZL6 A; 3WNW A; 4DZ0 A; 5FFB A; 3RD0 A; 2CN7 A; 3QHB A; 5FEJ A; 4RC7 B; 3F32 A; 3UOF A; 4EVD A; 4OYN A; 3PVY A; 1LKP A; 3BT5 A; 4YKH A; 1OTK A; 4ZL5 A; 5J8S A; 2ZG9 X; 1BCF A; 2ZG8 X; 5GU3 X; 2IU2 A; 5FFC A; 3H7G A; 5K53 A; 2ITB A; 3F37 A; 1RYT A; 1TJO A; 4XKU A; 3OGH A; 4DAS A; 1RCI A; 4CVP A; 2JD8 0; 2FL0 A; 3UOI A; 3KA3 A; 4DI0 A; 2V2N A; 2V2L A; 1QGH A; 1UMN A; 2FG8 A; 1YUX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PGK A; 1JGC A; 3R2L A; 4PG0 A; 2FKZ A; 3T9J A; 1FHA A; 2JD7 0; 5LS9 A; 2Z5P A; 3PVY B; 1L8I A; 5HQO A; 2XJO A; 4KVR A; 4R42 A; 5GN8 A; 2AR0 A; 3AK8 A; 3WVU A; 4EVB A; 3E1O A; 4ITW A; 2ZA8 A; 3L0M A; 1VEQ A; 1TKO A; 5FFA A; 1TK6 A; 2V8T A; 2CHP A; 1LKM A; 2V2P A; 2G4H A; 3AK9 A; 3PVT A; 1Z6O A; 2OKC A; 4CVS A; 3E1M A; 1BG7 A; 3M6J A; 4ZTT A; 3WVV A; 4DE6 A; 4M34 A; 1ZS3 A; 3R2K A; 3R2M A; 3UFB A; 4A25 A; 3R2S A; 2V8U A; 1LB3 A; 2C2F A; 4ZLW A; 3FI6 A; 4M35 A; 1DVB A; 3C21 A; 5FFE A; 3VV9 A; 5J93 A; 1NFV A; 1Z6O M; 1YV1 A; 1RCD A; 4Z5S A; 2Y3Q A; 3E6R A; 3C1Z A; 1UVH A; 4W4L B; 3HL1 A; 2ZA6 A; 1TKP A; 1YUZ A; 3PZA A; 4LQJ A; 3EZ0 A; 2BK6 A; 2XGW A; 3ERZ A; 4TOC A; 5GN8 B; 4CY9 A; 2CF7 A; 3QZ3 A; 3SE1 A; 1IES A; 3A68 A; 4CYB A; 5C6F A; 4QUW A; 4ZKX A; 3AJQ A; 4AM4 A; 3PVT B; 2V15 A; 2GYQ A; 2FHA A; 5K52 A; 3E1Q A; 4CVR A; 2Z90 A; 4TOE A; 3GHQ A; 4CVT A; 2C41 A; 5D8Y A; 3ISF A; 4KXR B; 4TOB A; 4XKS A; 3PWQ C; 3NP2 X; 1SOF A; 3GE4 A; 4MUD A; 3PWQ A; 2WLU A; 4MN9 A; 4LYX A; 4CMY V; 4EVE A; 5J9V A; 4DYZ A; 4Y08 A; 1RCE A; 2GS4 A; 4MJY A; 4ML5 A; 3WVW A; 5E2D A; 4ISM A; 4PGI A; 3E6S A; 2RBD A; 3JZA B; 2VXI A; 2BKC A; 4U3G A; 4ZKH A; 3BVI A; 1DPS A; 2C6R A; 3KA8 A; 4DYX A; 2PYB A; 5JKM G; 2IY4 A; 5JKL G; 2CIH A; 5D8X A; 1NF4 A; 2CLU A; 2V2I A; 4LQV A; 2WTL A; 1B71 A; 2W0O A; 1MOJ A; 3F38 A; 3Q4R A; 2WWX B; 4ERU A; 2OH3 A; 2HR5 A; 5ERJ A; 4EVC A; 4MXP A; 3AJO A; 5I4J A; 5ERK A; 2QQY A; 4ZJK A; 4IXK A; 5AXS A; 3NP0 X; 3QHC A; 3E1L A; 3EGM A; 3D19 A; 1QYB A; 3QB9 A; 5D8Q A; 3E1J A; 4P18 A; 2BJY A; 4PG1 A; 4DYY A; 3KA6 A; 2ZA7 A; 1S30 A; 3O7S A; 3QVD A; 1VEL A; 1NF6 A; 4Z3B A; 3E1P A; 2YJK A; 4TOA A; 3RE7 A; 4AM2 A; 3AJP A; 4TOD A; 1JRE A; 4TOF A; 2ZUR X; 5D8R A; 1RCG A; 1S3Q A; 5LG2 A; 2UX1 A; 3FRR A; 3TA8 A; 3W54 A; 3QD8 A; 4W4K B; 2C2J A; 3FSE A; 5CMQ A; 3DBY A; 3UNO A; 5IX6 A; 4X0J A; 3FRS A; 3MPS A; 2YW7 A; 4ETR A; 3PW1 A; 3BVK A; 4LQH A; 2C2U A; 4II4 A; 4RC5 A; 3KHK A; 3GVY A; 2QF9 A; 3BKN A; 1JYB A; 2CN6 A; 2OC5 A; 4YVZ A; 3BVE A; 5D8S A; 3KA9 A; 2F7N A; 3IS7 A; 3Q4N A; 2BW1 A; 5GU1 X; 1VLG A; 3ISE A; 3HIU A; 4LPM A; 1AEW A; 3GGY A; 1HRS A; 1VEI A; 4XKT A; 3RGD A; 3BVF A; 3ES3 A; 1J30 A; 1XZ3 A; 3O7R A; 1R03 A; 3KWO A; 2G38 B; 2X17 0; 1EUM A; 3SH6 A; 5HU6 D; 1S2Z A; 4XGS A; 3A9Q A; 3Q4Q A; 3U90 A; 4REU A; 5HJF A; 3KX9 A; 3LKD A; 2V2R A; 3R2H A; 4LYU A; 3VVA A; 3AF9 X; 3GGZ A; 1XZ1 A; 2V2J A; 2YJJ A; 3IQ1 A; 1N1Q A; 2Z6M A; 4WJG 4; 5LBH A; 4RC8 A; 5CZU A; 3C23 A; 1DAT A; 4TOG A; 3PW1 B; 3PW8 C; 1JTS A; 4II4 B; 4TOH A; 5GU2 X; 4M33 A; 4KVS A; 4RC5 B; 3E2C A; 3PW8 A; 4ZMC A; 5JDO A; 5GOU A; 3V3K B; 2YW6 A; 2CHI A; 4RC6 A; 2GYD A; 3N6O A; 4IWJ A; 2D5K A; 1Z4A A; 2Z5Q A; 2ZG7 X; 2FZF A; 3KA4 A; 4M32 A; 5CMR A; 2CEI A; 4LQN A; 3IS8 A; 4E6K A; 4LPJ A; 3VNX A; 3EZU A; 2V2M A; 3F36 A; 1L8H A; 3KXU A; 4KVQ A; 3AF7 X; 3JZ9 A; 3KDQ A; 2XJM A; 2V2O A; 5D8P A; 2VZB A; 4TO9 A; 1JKV A; 3F39 A; 1JKU A; 3R2O A; 3F34 A; 4LPN A; 5LG8 A; 1SQ3 A; 5E1U A; 2CWL A; 3RBC A; 3OJ5 A; 2MGY A; 1H96 A; 5D8O A; 4CYA A; 4ITT A; 1O9I A; 4AM5 A; 3PVR A; 5JDO B; 3Q4O A; 2VXX A; 4ISP A; 4RC6 B; 1RCC A; 1LKO A; 3F35 A; 3PWF A; 5J8W A; 2FG4 A; 1F33 A; 1MFR A; 5JKM A; 3R2R A; 2N02 A; 4RC7 A; 5JKL A; 3E1N A; 5HJH A; 2Y44 A; 1BFR A; 2FJC A; 2HTN A; 3SHX A; 2XKQ A; 1IER A; 3C1Y A; 2FFX J; 2CLB A; 3BVL A; 1JI4 A; 2V2S A; 3NOZ X; 1KRQ A; 4YXJ A; 2IB0 A; 4ZKW A; 1JIG A; 1F30 A; 1GWG A; 1VJX A; 4DYU A; 3RAV A; 2XJN A; 5GU0 X; 1O9R A; 4CMY A; 3F33 A; 4IWK A; 2JD6 0; 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4ZLW A; 3FI6 A; 4M35 A; 1DVB A; 3C21 A; 5FFE A; 3VV9 A; 5J93 A; 1NFV A; 1Z6O M; 1YV1 A; 1RCD A; 4Z5S A; 2Y3Q A; 3E6R A; 3C1Z A; 1UVH A; 4W4L B; 3HL1 A; 2ZA6 A; 1TKP A; 1YUZ A; 3PZA A; 4LQJ A; 3EZ0 A; 2BK6 A; 2XGW A; 3ERZ A; 4TOC A; 5GN8 B; 4CY9 A; 2CF7 A; 3QZ3 A; 3SE1 A; 1IES A; 3A68 A; 4CYB A; 5C6F A; 4QUW A; 4ZKX A; 3AJQ A; 4AM4 A; 3PVT B; 2V15 A; 2GYQ A; 2FHA A; 5K52 A; 3E1Q A; 4CVR A; 2Z90 A; 4TOE A; 3GHQ A; 4CVT A; 2C41 A; 5D8Y A; 3ISF A; 4KXR B; 4TOB A; 4XKS A; 3PWQ C; 3NP2 X; 1SOF A; 3GE4 A; 4MUD A; 3PWQ A; 2WLU A; 4MN9 A; 4LYX A; 4CMY V; 4EVE A; 5J9V A; 4DYZ A; 4Y08 A; 1RCE A; 2GS4 A; 4MJY A; 4ML5 A; 3WVW A; 5E2D A; 4ISM A; 4PGI A; 3E6S A; 2RBD A; 3JZA B; 2VXI A; 2BKC A; 4U3G A; 4ZKH A; 3BVI A; 1DPS A; 2C6R A; 3KA8 A; 4DYX A; 2PYB A; 5JKM G; 2IY4 A; 5JKL G; 2CIH A; 5D8X A; 1NF4 A; 2CLU A; 2V2I A; 4LQV A; 2WTL A; 1B71 A; 2W0O A; 1MOJ A; 3F38 A; 3Q4R A; 2WWX B; 4ERU A; 2OH3 A; 2HR5 A; 5ERJ A; 4EVC A; 4MXP A; 3AJO A; 5I4J A; 5ERK A; 2QQY A; 4ZJK A; 4IXK A; 5AXS A; 3NP0 X; 3QHC A; 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