The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
PSMIPFTIKLKTCLKMCIQRLRYAQEKQQAIAKQSRRQVAQLLLTNKEQKAHYRVETLIHDDIHIELLEILELYCELLLARVQVINDISTEEQLVKEHMDDGINEAIRSLIYAILFVDEVKELSQLKDLMAWKINVEFVNGVIADHIDVPEKIIKKCSPSVPKEELVDLYLKEIAKTYDVPYSKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of Ist1 function and Ist1-Did2 interaction in the multivesicular body pathway and cytokinesis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Increased sodium tolerance protein 1
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| molecule tags |
Protein transport, endocytosis
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
68
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03398 | Ist1 | Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FRR A; 3FRS A; 3GGY A; 3GGZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5I4J A; 1NF4 A; 3PWQ A; 3C1Y A; 3FRR A; 4QUW A; 4TOG A; 4TOA A; 4TOC A; 2ZA8 A; 3E1M A; 4XKT A; 3WNW A; 4A25 A; 2QF9 A; 1BG7 A; 2D5K A; 2BW1 A; 3GVY A; 3QZ3 A; 3U90 A; 2OH3 A; 2VZB A; 1JI5 A; 2IY4 A; 4ETR A; 3C21 A; 4DE6 A; 5D8Y A; 1S3Q A; 1HRS A; 5GU0 X; 2ZUR X; 1NF6 A; 2Y3Q A; 2JD8 0; 3T9J A; 4M34 A; 4ZKX A; 2BJY A; 4DYY A; 2V2M A; 3NP0 X; 5FFE A; 2X17 0; 3F37 A; 3ISE A; 4ITT A; 4CMY V; 4LQJ A; 4ISP A; 1QYB A; 1BFR A; 4KVQ A; 5GU1 X; 3KHK A; 4Y08 A; 3RAV A; 1BCF A; 3Q4Q A; 4KVR A; 3A9Q A; 3IQ1 A; 5HU6 D; 3BVF A; 1O9R A; 4RC6 A; 1ZS3 A; 4TOF A; 3N6O A; 2V2P A; 4R42 A; 4AM5 A; 2VXI A; 4ZL6 A; 2WLU A; 3Q4R A; 4MUD A; 3KA3 A; 4P18 A; 4ZLW A; 3Q4O A; 5JKL G; 3GGY A; 3BT5 A; 4ML5 A; 3F32 A; 4XGS A; 4DAS A; 3QVD A; 1UVH A; 2YW7 A; 1VJX A; 3QB9 A; 3PVT B; 1SQ3 A; 3R2H A; 4E6K A; 1NNQ A; 4LPN A; 3RD0 A; 3E1L A; 1S30 A; 2QQY A; 3RBC A; 4IXK A; 4II4 B; 1XZ1 A; 2JD6 0; 2V2N A; 3R2K A; 3SID A; 2FG4 A; 5CMQ A; 2PYB A; 1LKP A; 4ISM A; 3AJP A; 4XKS A; 2CHI A; 4W4K B; 3BVK A; 3OGH A; 4LYX A; 2FHA A; 1TKO A; 3FSE A; 4ZMC A; 3E1N A; 5CZU A; 4LPM A; 1EUM A; 3JZA B; 2FFX J; 4ITW A; 1QGH A; 5K52 A; 2HR5 A; 3V3K B; 3KXU A; 1VEQ A; 5LS9 A; 4MN9 A; 4M33 A; 4IWJ A; 5LBH A; 5FFB A; 4W4L B; 3PWF A; 5JKM A; 4CYB A; 5FEJ A; 1S2Z A; 3GE4 A; 4LQN A; 5C6F A; 3R2R A; 1VEL A; 2CLU A; 2XJO A; 4YXJ A; 1JIG A; 1KRQ A; 4YVZ A; 3E1J A; 1OTK A; 3C23 A; 2OC5 A; 4ERU A; 3R2M A; 4TOB A; 2CLB A; 4CVR A; 1FHA A; 4ZKH A; 1GWG A; 1RCC A; 5J8S A; 1TJO A; 3KA4 A; 4DYX A; 3EZU A; 3UFB A; 4ZJK A; 1VLG A; 2Z6M A; 3SE1 A; 2FKZ A; 2BKC A; 5E2D A; 2V8T A; 4CY9 A; 2GS4 A; 3Q4N A; 3KWO A; 1RCG A; 2N02 A; 3RGD A; 2HTN A; 1TK6 A; 2GYQ A; 3W54 A; 5D8S A; 5ERK A; 5LG2 A; 3SH6 A; 4RC5 B; 3FI6 A; 3LKD A; 1DAT A; 3F38 A; 5HQO A; 1LB3 A; 4KVS A; 2WTL A; 2WWX B; 2ITB A; 3R2L A; 3BVE A; 3JZ9 A; 4RC7 B; 4PG0 A; 1Z4A A; 2XJN A; 3TA8 A; 3E2C A; 3E6R A; 3KA6 A; 2CN6 A; 2YJJ A; 3PVR B; 4Z5S A; 3PW1 A; 3E1O A; 2FL0 A; 2XKQ A; 3FVB A; 1IES A; 4TO9 A; 4TOH A; 5J8W A; 3EGM A; 2F7N A; 5GOU A; 3PVT A; 2V2J A; 3PW8 C; 2RBD A; 4YKH A; 4TW3 A; 5ERJ A; 4LPJ A; 2C2J A; 1DPS A; 4II4 A; 4TOE A; 5J93 A; 1AEW A; 1MOJ A; 3ES3 A; 3PVY B; 1YV1 A; 2ZA7 A; 2Z5R A; 4REU A; 4X0J A; 2OKC A; 5HJF A; 3KX9 A; 3DBY A; 4EVC A; 2CHP A; 3F33 A; 5FFA A; 3WVW A; 3PW8 A; 1RCI A; 2GYD A; 3QHC A; 3ISF A; 3UOF A; 5JAC A; 4EVD A; 2YW6 A; 1MFR A; 1J30 A; 5D8X A; 5FFD A; 3BKN A; 2CN7 A; 3FRS A; 2V2L A; 3GGZ A; 4DZ0 A; 1R03 A; 3AF7 X; 2V2R A; 3QHB A; 1SOF A; 1O9I A; 3C1Z A; 4M32 A; 2IU2 A; 1JTS A; 2FJC A; 1NFV A; 4LYU A; 1UMN A; 2G4H A; 3HIU A; 2V2I A; 3O7S A; 2C41 A; 1XZ3 A; 3QD8 A; 2AR0 A; 3AJQ A; 3L0M A; 1JRE A; 3VNX A; 3AK9 A; 2VXX A; 2G38 B; 4Z3B A; 1Z6O A; 2YJK A; 4LQH A; 2ZG7 X; 3E6S A; 3RE7 A; 4DYU A; 2UX1 A; 3F35 A; 1RCE A; 3D19 A; 4RC7 A; 4CVT A; 3GHQ A; 3UNO A; 1VEI A; 1JKV A; 3NOZ X; 4MKU A; 4PGI A; 4DYZ A; 3NP2 X; 4LQV A; 3R2S A; 1F30 A; 3H7G A; 3PVR A; 2XGW A; 1IER A; 4KXR B; 1JYB A; 2Z90 A; 5AXS A; 3KA8 A; 3WVV A; 5JKM G; 2ZG8 X; 5E1U A; 5D8P A; 3E1P A; 5JDO B; 3PVY A; 3PZA A; 3VV9 A; 5GN8 B; 3AF9 X; 3F34 A; 2FZF A; 3HL1 A; 4ZTT A; 3ERZ A; 4M35 A; 3A68 A; 2V15 A; 4AM4 A; 4PG1 A; 4MY7 A; 1JI4 A; 3BVL A; 1YUZ A; 5HJH A; 2FG8 A; 5IX6 A; 2C2U A; 2C6R A; 2CIH A; 5JKL A; 3AK8 A; 3OJ5 A; 1H96 A; 2ZA6 A; 1LKO A; 1B71 A; 4DI0 A; 1YUX A; 2MGY A; 3VVA A; 5FFC A; 2CWL A; 2JD7 0; 2WLA A; 1N1Q A; 4CVP A; 2V8U A; 4XKU A; 4MXP A; 3AJO A; 3KA9 A; 4CYA A; 1RYT A; 2CEI A; 5GU2 X; 4TOD A; 1JKU A; 3MPS A; 4PGK A; 1L8H A; 3E1Q A; 2IB0 A; 2V2O A; 5GU3 X; 5D8Q A; 5J9V A; 1F33 A; 3PW1 B; 4AM2 A; 3IS8 A; 2Z5Q A; 2XJM A; 4E40 A; 1L8I A; 2C2F A; 3BVI A; 4CVS A; 4MJY A; 2BK6 A; 2CF7 A; 3AF8 X; 1RCD A; 4IWK A; 4RC6 B; 3R2O A; 4ZKW A; 3M6J A; 5K53 A; 1LKM A; 2ZG9 X; 1TKP A; 5D8R A; 3PWQ C; 2V2S A; 4EVE A; 1Z6O M; 3EZ0 A; 4CMY A; 3UOI A; 3IS7 A; 3F39 A; 5CMR A; 5LG8 A; 1DVB A; 2Y44 A; 3WVU A; 2W0O A; 4RC5 A; 4RC8 A; 1JGC A; 3F36 A; 3O7R A; 3SHX A; 3KDQ A; 4WJG 4; 5D8O A; 5JDO A; 2Z5P A; 4OYN A; 4EVB A; 4YXM A; 5GN8 A; 1ZUJ A; 4ZL5 A; 4U3G A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5I4J A; 1NF4 A; 3PWQ A; 3C1Y A; 3FRR A; 4QUW A; 4TOG A; 4TOA A; 4TOC A; 2ZA8 A; 3E1M A; 4XKT A; 3WNW A; 4A25 A; 2QF9 A; 1BG7 A; 2D5K A; 2BW1 A; 3GVY A; 3QZ3 A; 3U90 A; 2OH3 A; 2VZB A; 1JI5 A; 2IY4 A; 4ETR A; 3C21 A; 4DE6 A; 5D8Y A; 1S3Q A; 1HRS A; 5GU0 X; 2ZUR X; 1NF6 A; 2Y3Q A; 2JD8 0; 3T9J A; 4M34 A; 4ZKX A; 2BJY A; 4DYY A; 2V2M A; 3NP0 X; 5FFE A; 2X17 0; 3F37 A; 3ISE A; 4ITT A; 4CMY V; 4LQJ A; 4ISP A; 1QYB A; 1BFR A; 4KVQ A; 5GU1 X; 3KHK A; 4Y08 A; 3RAV A; 1BCF A; 3Q4Q A; 4KVR A; 3A9Q A; 3IQ1 A; 5HU6 D; 3BVF A; 1O9R A; 4RC6 A; 1ZS3 A; 4TOF A; 3N6O A; 2V2P A; 4R42 A; 4AM5 A; 2VXI A; 4ZL6 A; 2WLU A; 3Q4R A; 4MUD A; 3KA3 A; 4P18 A; 4ZLW A; 3Q4O A; 5JKL G; 3GGY A; 3BT5 A; 4ML5 A; 3F32 A; 4XGS A; 4DAS A; 3QVD A; 1UVH A; 2YW7 A; 1VJX A; 3QB9 A; 3PVT B; 1SQ3 A; 3R2H A; 4E6K A; 1NNQ A; 4LPN A; 3RD0 A; 3E1L A; 1S30 A; 2QQY A; 3RBC A; 4IXK A; 4II4 B; 1XZ1 A; 2JD6 0; 2V2N A; 3R2K A; 3SID A; 2FG4 A; 5CMQ A; 2PYB A; 1LKP A; 4ISM A; 3AJP A; 4XKS A; 2CHI A; 4W4K B; 3BVK A; 3OGH A; 4LYX A; 2FHA A; 1TKO A; 3FSE A; 4ZMC A; 3E1N A; 5CZU A; 4LPM A; 1EUM A; 3JZA B; 2FFX J; 4ITW A; 1QGH A; 5K52 A; 2HR5 A; 3V3K B; 3KXU A; 1VEQ A; 5LS9 A; 4MN9 A; 4M33 A; 4IWJ A; 5LBH A; 5FFB A; 4W4L B; 3PWF A; 5JKM A; 4CYB A; 5FEJ A; 1S2Z A; 3GE4 A; 4LQN A; 5C6F A; 3R2R A; 1VEL A; 2CLU A; 2XJO A; 4YXJ A; 1JIG A; 1KRQ A; 4YVZ A; 3E1J A; 1OTK A; 3C23 A; 2OC5 A; 4ERU A; 3R2M A; 4TOB A; 2CLB A; 4CVR A; 1FHA A; 4ZKH A; 1GWG A; 1RCC A; 5J8S A; 1TJO A; 3KA4 A; 4DYX A; 3EZU A; 3UFB A; 4ZJK A; 1VLG A; 2Z6M A; 3SE1 A; 2FKZ A; 2BKC A; 5E2D A; 2V8T A; 4CY9 A; 2GS4 A; 3Q4N A; 3KWO A; 1RCG A; 2N02 A; 3RGD A; 2HTN A; 1TK6 A; 2GYQ A; 3W54 A; 5D8S A; 5ERK A; 5LG2 A; 3SH6 A; 4RC5 B; 3FI6 A; 3LKD A; 1DAT A; 3F38 A; 5HQO A; 1LB3 A; 4KVS A; 2WTL A; 2WWX B; 2ITB A; 3R2L A; 3BVE A; 3JZ9 A; 4RC7 B; 4PG0 A; 1Z4A A; 2XJN A; 3TA8 A; 3E2C A; 3E6R A; 3KA6 A; 2CN6 A; 2YJJ A; 3PVR B; 4Z5S A; 3PW1 A; 3E1O A; 2FL0 A; 2XKQ A; 3FVB A; 1IES A; 4TO9 A; 4TOH A; 5J8W A; 3EGM A; 2F7N A; 5GOU A; 3PVT A; 2V2J A; 3PW8 C; 2RBD A; 4YKH A; 4TW3 A; 5ERJ A; 4LPJ A; 2C2J A; 1DPS A; 4II4 A; 4TOE A; 5J93 A; 1AEW A; 1MOJ A; 3ES3 A; 3PVY B; 1YV1 A; 2ZA7 A; 2Z5R A; 4REU A; 4X0J A; 2OKC A; 5HJF A; 3KX9 A; 3DBY A; 4EVC A; 2CHP A; 3F33 A; 5FFA A; 3WVW A; 3PW8 A; 1RCI A; 2GYD A; 3QHC A; 3ISF A; 3UOF A; 5JAC A; 4EVD A; 2YW6 A; 1MFR A; 1J30 A; 5D8X A; 5FFD A; 3BKN A; 2CN7 A; 3FRS A; 2V2L A; 3GGZ A; 4DZ0 A; 1R03 A; 3AF7 X; 2V2R A; 3QHB A; 1SOF A; 1O9I A; 3C1Z A; 4M32 A; 2IU2 A; 1JTS A; 2FJC A; 1NFV A; 4LYU A; 1UMN A; 2G4H A; 3HIU A; 2V2I A; 3O7S A; 2C41 A; 1XZ3 A; 3QD8 A; 2AR0 A; 3AJQ A; 3L0M A; 1JRE A; 3VNX A; 3AK9 A; 2VXX A; 2G38 B; 4Z3B A; 1Z6O A; 2YJK A; 4LQH A; 2ZG7 X; 3E6S A; 3RE7 A; 4DYU A; 2UX1 A; 3F35 A; 1RCE A; 3D19 A; 4RC7 A; 4CVT A; 3GHQ A; 3UNO A; 1VEI A; 1JKV A; 3NOZ X; 4MKU A; 4PGI A; 4DYZ A; 3NP2 X; 4LQV A; 3R2S A; 1F30 A; 3H7G A; 3PVR A; 2XGW A; 1IER A; 4KXR B; 1JYB A; 2Z90 A; 5AXS A; 3KA8 A; 3WVV A; 5JKM G; 2ZG8 X; 5E1U A; 5D8P A; 3E1P A; 5JDO B; 3PVY A; 3PZA A; 3VV9 A; 5GN8 B; 3AF9 X; 3F34 A; 2FZF A; 3HL1 A; 4ZTT A; 3ERZ A; 4M35 A; 3A68 A; 2V15 A; 4AM4 A; 4PG1 A; 4MY7 A; 1JI4 A; 3BVL A; 1YUZ A; 5HJH A; 2FG8 A; 5IX6 A; 2C2U A; 2C6R A; 2CIH A; 5JKL A; 3AK8 A; 3OJ5 A; 1H96 A; 2ZA6 A; 1LKO A; 1B71 A; 4DI0 A; 1YUX A; 2MGY A; 3VVA A; 5FFC A; 2CWL A; 2JD7 0; 2WLA A; 1N1Q A; 4CVP A; 2V8U A; 4XKU A; 4MXP A; 3AJO A; 3KA9 A; 4CYA A; 1RYT A; 2CEI A; 5GU2 X; 4TOD A; 1JKU A; 3MPS A; 4PGK A; 1L8H A; 3E1Q A; 2IB0 A; 2V2O A; 5GU3 X; 5D8Q A; 5J9V A; 1F33 A; 3PW1 B; 4AM2 A; 3IS8 A; 2Z5Q A; 2XJM A; 4E40 A; 1L8I A; 2C2F A; 3BVI A; 4CVS A; 4MJY A; 2BK6 A; 2CF7 A; 3AF8 X; 1RCD A; 4IWK A; 4RC6 B; 3R2O A; 4ZKW A; 3M6J A; 5K53 A; 1LKM A; 2ZG9 X; 1TKP A; 5D8R A; 3PWQ C; 2V2S A; 4EVE A; 1Z6O M; 3EZ0 A; 4CMY A; 3UOI A; 3IS7 A; 3F39 A; 5CMR A; 5LG8 A; 1DVB A; 2Y44 A; 3WVU A; 2W0O A; 4RC5 A; 4RC8 A; 1JGC A; 3F36 A; 3O7R A; 3SHX A; 3KDQ A; 4WJG 4; 5D8O A; 5JDO A; 2Z5P A; 4OYN A; 4EVB A; 4YXM A; 5GN8 A; 1ZUJ A; 4ZL5 A; 4U3G A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
