The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
80
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sequence length |
212
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structure length |
212
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Chain Sequence |
SYKDAYSRINAIVIEGEQEAFDNYNRLAEMLPDQRDELHKLAKMEQRHMKGFMACGKNLSVTPDMGFAQKFFERLHENFKAAAAEGKVVTCLLIQSLIIECFAIAAFNIYIPVADAFARKITEGVVRDEYLHRNFGEEWLKANFDASKAELEEANRQNLPLVWLMLNEVADDARELGMERESLVEDFMIAYGEALENIGFTTREIMRMSAYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into the catalytic mechanism of aldehyde-deformylating oxygenases
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Synechococcus elongatus pcc 7942
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| molecule keywords |
Aldehyde decarbonylase
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| total genus |
80
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| structure length |
212
|
| sequence length |
212
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| ec nomenclature |
ec
4.1.99.5: Aldehyde oxygenase (deformylating). |
| pdb deposition date | 2014-09-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KA4 A; 5D8R A; 1YUX A; 5J9V A; 4II4 A; 3UNO A; 5E1U A; 4PGI A; 3PVT B; 5LG8 A; 1TK6 A; 3Q4O A; 1XZ3 A; 4LQN A; 1IES A; 2JD6 0; 3E1J A; 1R03 A; 3SH6 A; 1JYB A; 2C41 A; 1SOF A; 2FZF A; 2CN6 A; 3ISF A; 5FFE A; 5JKM G; 4RC7 B; 3R2S A; 2IY4 A; 3BVE A; 3KWO A; 3PVY A; 5GU3 X; 2WTL A; 3KA6 A; 3PWQ C; 4CVS A; 4DYZ A; 4LYX A; 5CZU A; 3F39 A; 4EVC A; 5J8S A; 1NF6 A; 3VNX A; 3AJP A; 4ITT A; 4TOF A; 4MKU A; 4CVT A; 3GVY A; 4IWK A; 4ITW A; 5FFA A; 5FEJ A; 5K53 A; 1J30 A; 2ZA7 A; 2ZG7 X; 2YW6 A; 1SQ3 A; 4MN9 A; 3PW1 A; 1LB3 A; 4RC5 B; 5C6F A; 4ZKH A; 5JKL G; 4Z3B A; 2BKC A; 1LKO A; 1F30 A; 4TOG A; 5IX6 A; 1F33 A; 3E6R A; 4TO9 A; 4ZJK A; 1RCC A; 4DYY A; 5D8P A; 2FL0 A; 5LG2 A; 2Y3Q A; 3OGH A; 3E1O A; 2FKZ A; 4DZ0 A; 3BT5 A; 4DI0 A; 5ERK A; 4ISM A; 3QHB A; 5D8Q A; 4ZKX A; 3EZU A; 1JTS A; 1VEL A; 3E1M A; 3PVT A; 4TOE A; 2XJM A; 4RC6 B; 2YJK A; 1H96 A; 1QYB A; 2C2J A; 3QZ3 A; 3KXU A; 4KVS A; 4M33 A; 5GOU A; 3H7G A; 4ZKW A; 3F36 A; 2V2S A; 5I4J A; 1RCE A; 1YUZ A; 3EGM A; 1JGC A; 3AF9 X; 3ISE A; 3PZA A; 1QGH A; 1VJX A; 3RD0 A; 2F7N A; 1B71 A; 4XKT A; 4RC7 A; 2GYQ A; 1EUM A; 2FFX J; 3WVV A; 2BK6 A; 2V2O A; 2CF7 A; 3Q4Q A; 2IB0 A; 2GS4 A; 2Z6M A; 3Q4R A; 1Z6O A; 3EZ0 A; 1Z6O M; 3BVL A; 4TOA A; 1DAT A; 4IXK A; 3AK9 A; 3IQ1 A; 4RC8 A; 2CHI A; 1RCI A; 2QQY A; 1NNQ A; 4P18 A; 4LQH A; 2ZG9 X; 2XGW A; 4PGK A; 4RC5 A; 5J93 A; 1TJO A; 2V15 A; 5ERJ A; 4M32 A; 2FHA A; 3BVF A; 1TKO A; 1ZUJ A; 3QD8 A; 1O9R A; 4ZL6 A; 4MUD A; 4CMY V; 3E6S A; 4DYX A; 3Q4N A; 4CY9 A; 4TW3 A; 2HR5 A; 3RAV A; 5FFB A; 3RE7 A; 2JD7 0; 3WVU A; 4REU A; 2ZA6 A; 4ML5 A; 3R2L A; 5FFC A; 3KA8 A; 1VEI A; 2WLA A; 4AM4 A; 2XJN A; 3T9J A; 1YV1 A; 4LPN A; 1MFR A; 4EVD A; 3SHX A; 2FG4 A; 4RC6 A; 4ZMC A; 3AF7 X; 5HJH A; 5D8Y A; 2Z5Q A; 2VXI A; 3SID A; 3TA8 A; 3UOF A; 5GN8 B; 2W0O A; 1GWG A; 4M34 A; 4MJY A; 1L8H A; 2PYB A; 3R2R A; 1Z4A A; 3F32 A; 4CMY A; 3RGD A; 1VLG A; 4ZL5 A; 5D8S A; 1LKP A; 2Z90 A; 5D8X A; 4YKH A; 3F34 A; 2OC5 A; 5HJF A; 4CYA A; 5LBH A; 3PW8 A; 1DPS A; 3F33 A; 4XKU A; 2ZUR X; 5E2D A; 3R2K A; 5D8O A; 3RBC A; 1RYT A; 2V2N A; 2V2M A; 2FJC A; 1JI4 A; 4IWJ A; 5J8W A; 3OJ5 A; 2RBD A; 3FSE A; 2CN7 A; 3E1Q A; 3KX9 A; 1MOJ A; 4AM2 A; 5GU2 X; 3ERZ A; 3O7R A; 2C2F A; 2C2U A; 2XJO A; 5K52 A; 3PW8 C; 4R42 A; 3R2H A; 5JAC A; 4ETR A; 3MPS A; 4ZTT A; 4AM5 A; 3QB9 A; 4Y08 A; 4PG1 A; 3UOI A; 4KVQ A; 4DYU A; 5JKL A; 4TOD A; 4LPJ A; 3NP2 X; 1RCD A; 2OH3 A; 1L8I A; 1O9I A; 2VZB A; 3AJQ A; 2Z5R A; 2BW1 A; 3BVI A; 4TOB A; 4A25 A; 3E1P A; 4PG0 A; 4CVP A; 3NP0 X; 2XKQ A; 2CLU A; 1FHA A; 1UVH A; 1UMN A; 2CIH A; 3QVD A; 3BVK A; 2GYD A; 4LYU A; 5GN8 A; 3PVR B; 1NFV A; 2FG8 A; 2V2J A; 2YJJ A; 5GU1 X; 5GU0 X; 3F38 A; 1DVB A; 4EVB A; 3FI6 A; 1S30 A; 4QUW A; 2V2P A; 4CVR A; 2G4H A; 1XZ1 A; 4U3G A; 2ZG8 X; 5CMQ A; 4XKS A; 3FVB A; 4KVR A; 1BG7 A; 4CYB A; 4II4 B; 3R2O A; 3U90 A; 5HQO A; 3HL1 A; 1KRQ A; 3AJO A; 4XGS A; 3F35 A; 1JI5 A; 2C6R A; 3E1L A; 3KA9 A; 3HIU A; 4TOC A; 1AEW A; 2IU2 A; 2WLU A; 1LKM A; 4MY7 A; 1JKV A; 3KA3 A; 3F37 A; 3PWF A; 1JIG A; 2V2R A; 2UX1 A; 4E6K A; 3A68 A; 1ZS3 A; 2V2I A; 3E2C A; 1HRS A; 3A9Q A; 2QF9 A; 3AK8 A; 3PVY B; 4LQJ A; 4ERU A; 2ITB A; 1S2Z A; 5CMR A; 2VXX A; 3IS7 A; 1IER A; 4DAS A; 2Z5P A; 1S3Q A; 5JKM A; 4ISP A; 4M35 A; 1BFR A; 4ZLW A; 2D5K A; 4LQV A; 4DE6 A; 2CLB A; 2ZA8 A; 3PW1 B; 3BKN A; 3NOZ X; 4LPM A; 2JD8 0; 3IS8 A; 2V2L A; 1JKU A; 2CEI A; 1N1Q A; 2CHP A; 5AXS A; 3GE4 A; 3O7S A; 3SE1 A; 2BJY A; 2X17 0; 3WNW A; 2YW7 A; 3PVR A; 5LS9 A; 3E1N A; 1JRE A; 1VEQ A; 3WVW A; 1BCF A; 3QHC A; 3R2M A; 5FFD A; 1TKP A; 4Z5S A; 4EVE A; 3ES3 A; 1OTK A; 2HTN A; 1NF4 A; 4TOH A; 3PWQ A; 1RCG A; 3GHQ A; 4OYN A; 3AF8 X; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KA4 A; 5D8R A; 1YUX A; 5J9V A; 4II4 A; 3UNO A; 5E1U A; 4W4K B; 4PGI A; 3PVT B; 4X0J A; 5LG8 A; 1TK6 A; 2V8U A; 3Q4O A; 1XZ3 A; 4LQN A; 1IES A; 2JD6 0; 3E1J A; 1R03 A; 3SH6 A; 1JYB A; 2C41 A; 1SOF A; 4E40 A; 2FZF A; 2CN6 A; 3ISF A; 5FFE A; 5JKM G; 4RC7 B; 3R2S A; 2IY4 A; 3BVE A; 3KWO A; 3PVY A; 5GU3 X; 2WTL A; 3KA6 A; 3PWQ C; 4CVS A; 4DYZ A; 4LYX A; 5CZU A; 3F39 A; 4MXP A; 4EVC A; 5J8S A; 1NF6 A; 3VNX A; 3AJP A; 4ITT A; 4TOF A; 4MKU A; 4CVT A; 3GVY A; 4IWK A; 4ITW A; 5FFA A; 5FEJ A; 5K53 A; 1J30 A; 2ZA7 A; 2ZG7 X; 2YW6 A; 1SQ3 A; 4MN9 A; 3PW1 A; 1LB3 A; 2V8T A; 4RC5 B; 5C6F A; 4ZKH A; 5JKL G; 4YXJ A; 4Z3B A; 2BKC A; 1LKO A; 1F30 A; 4TOG A; 5IX6 A; 1F33 A; 3E6R A; 4TO9 A; 4ZJK A; 1RCC A; 4DYY A; 5D8P A; 2FL0 A; 5LG2 A; 3GGY A; 2Y3Q A; 3OGH A; 3E1O A; 2FKZ A; 4DZ0 A; 3BT5 A; 4DI0 A; 5ERK A; 4ISM A; 3QHB A; 4WJG 4; 5D8Q A; 4ZKX A; 3EZU A; 1JTS A; 1VEL A; 3E1M A; 3PVT A; 4TOE A; 2XJM A; 4RC6 B; 2YJK A; 1H96 A; 1QYB A; 2C2J A; 4KVS A; 3KXU A; 3QZ3 A; 4M33 A; 3C23 A; 2N02 A; 5GOU A; 3H7G A; 4ZKW A; 2OKC A; 3JZ9 A; 3F36 A; 2V2S A; 5I4J A; 1RCE A; 1YUZ A; 3EGM A; 1JGC A; 3AF9 X; 3ISE A; 3PZA A; 1QGH A; 1VJX A; 3LKD A; 3RD0 A; 2F7N A; 1B71 A; 4XKT A; 4RC7 A; 2GYQ A; 4YXM A; 1EUM A; 2FFX J; 3WVV A; 2BK6 A; 2V2O A; 2CF7 A; 3Q4Q A; 2IB0 A; 2GS4 A; 2Z6M A; 5JDO B; 3FRR A; 3Q4R A; 1Z6O A; 3JZA B; 3EZ0 A; 1Z6O M; 3BVL A; 4TOA A; 1DAT A; 4IXK A; 3AK9 A; 2MGY A; 3IQ1 A; 4RC8 A; 2CHI A; 1RCI A; 2QQY A; 1NNQ A; 4P18 A; 4LQH A; 2ZG9 X; 2XGW A; 4PGK A; 4RC5 A; 5J93 A; 1TJO A; 2V15 A; 5ERJ A; 4M32 A; 2FHA A; 3BVF A; 1TKO A; 3KHK A; 1ZUJ A; 3QD8 A; 1O9R A; 3GGZ A; 4ZL6 A; 4MUD A; 4CMY V; 3E6S A; 4DYX A; 3Q4N A; 4CY9 A; 4TW3 A; 2HR5 A; 3RAV A; 5FFB A; 3RE7 A; 2JD7 0; 3WVU A; 4REU A; 2ZA6 A; 4ML5 A; 3R2L A; 5FFC A; 3KA8 A; 1VEI A; 2WLA A; 4AM4 A; 3N6O A; 2XJN A; 3T9J A; 1YV1 A; 4LPN A; 1MFR A; 4EVD A; 3SHX A; 2FG4 A; 4RC6 A; 4ZMC A; 3AF7 X; 5HJH A; 5D8Y A; 2Z5Q A; 2VXI A; 3SID A; 3TA8 A; 3UOF A; 5GN8 B; 2W0O A; 1GWG A; 4M34 A; 4MJY A; 1L8H A; 2PYB A; 3R2R A; 1Z4A A; 3F32 A; 4CMY A; 3RGD A; 1VLG A; 4ZL5 A; 5D8S A; 1LKP A; 2Z90 A; 5D8X A; 4YKH A; 3F34 A; 2OC5 A; 5HJF A; 4CYA A; 5LBH A; 3PW8 A; 1DPS A; 3F33 A; 4YVZ A; 4XKU A; 2ZUR X; 5E2D A; 3R2K A; 2WWX B; 3C21 A; 5D8O A; 3RBC A; 1RYT A; 2AR0 A; 5JDO A; 3V3K B; 2V2N A; 2V2M A; 2FJC A; 1JI4 A; 4IWJ A; 5J8W A; 3OJ5 A; 2RBD A; 3FSE A; 2CN7 A; 3E1Q A; 3KX9 A; 1MOJ A; 4AM2 A; 3M6J A; 4W4L B; 5GU2 X; 3ERZ A; 3C1Y A; 3O7R A; 2C2F A; 2C2U A; 2XJO A; 5K52 A; 3PW8 C; 4R42 A; 3R2H A; 5JAC A; 4ETR A; 3MPS A; 4ZTT A; 4AM5 A; 3QB9 A; 4Y08 A; 4PG1 A; 3UOI A; 4KVQ A; 4DYU A; 5JKL A; 4TOD A; 4LPJ A; 4KXR B; 3NP2 X; 1RCD A; 2OH3 A; 1L8I A; 1O9I A; 2VZB A; 3AJQ A; 2Z5R A; 2BW1 A; 3BVI A; 4TOB A; 4A25 A; 3UFB A; 3L0M A; 3E1P A; 4PG0 A; 4CVP A; 3NP0 X; 2XKQ A; 2CLU A; 3VVA A; 1FHA A; 1UVH A; 1UMN A; 2CIH A; 3QVD A; 3BVK A; 3KDQ A; 2GYD A; 4LYU A; 5GN8 A; 3PVR B; 1NFV A; 2FG8 A; 2V2J A; 2Y44 A; 2YJJ A; 5GU1 X; 5GU0 X; 3F38 A; 1DVB A; 3D19 A; 4EVB A; 3FI6 A; 1S30 A; 4QUW A; 2V2P A; 4CVR A; 2G4H A; 1XZ1 A; 4U3G A; 2ZG8 X; 5CMQ A; 4XKS A; 3FVB A; 4KVR A; 1BG7 A; 4CYB A; 4II4 B; 3R2O A; 3U90 A; 5HQO A; 3HL1 A; 1KRQ A; 3AJO A; 4XGS A; 3F35 A; 1JI5 A; 2C6R A; 3E1L A; 3KA9 A; 3HIU A; 4TOC A; 2G38 B; 1AEW A; 2IU2 A; 2WLU A; 1LKM A; 4MY7 A; 1JKV A; 3DBY A; 3KA3 A; 3F37 A; 3PWF A; 1JIG A; 2V2R A; 3C1Z A; 2UX1 A; 4E6K A; 3A68 A; 1ZS3 A; 2V2I A; 3E2C A; 1HRS A; 3A9Q A; 2QF9 A; 3AK8 A; 3PVY B; 4LQJ A; 4ERU A; 2ITB A; 1S2Z A; 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