The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
129
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sequence length |
310
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structure length |
310
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Chain Sequence |
VQRVTRIENLENAKKLWDNANSMLEKGNISGYLKAANELHKFMKEKNLKEDDLRPELSDKTISPKGYAILQSLWGAASDYSRAAATLTESTVEPGLVSAVNKMSAFFMDCKLSPNERATPDPDFKVGKSKILVGIMQFIKDVADPTSKIWMHNTKALMNHKIAAIQKLERSNNVNDETLESVLSSKGENLSEYLSYKYATKDEGREHRYTASTENFKNVKEKYQQMRGDALKTEILADFKDKLAEATDEQSLKQIVAELKSKDEYRILAKGQGLTTQLLGLKTSSVSSFEKMVEETRESIKSQERQTIKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Pi(4)p-binding protein
|
| source organism |
Legionella pneumophila subsp. pneumophila
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| molecule keywords |
Defects in Rab1 recruitment protein A
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| total genus |
129
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| structure length |
310
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| sequence length |
310
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.n1: Protein adenylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2013-09-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14860 | DrrA_P4M | DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L0M A; 3N6O A; 4MXP A; 2WWX B; 3JZA B; 3JZ9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Z4A A; 2V2N A; 3KWO A; 3BVL A; 3WNW A; 5JDO B; 2GYD A; 3UOF A; 3VV9 A; 3V3K B; 4II4 A; 5JKL A; 3JZA B; 4U3G A; 3PZA A; 4MUD A; 4ITT A; 2V8T A; 2PYB A; 3LKD A; 4DI0 A; 1MOJ A; 4LQJ A; 5D8X A; 4CY9 A; 3E1O A; 4RC6 A; 3AK8 A; 3KXU A; 5GU0 X; 4KVQ A; 3PW8 C; 2IY4 A; 3R2L A; 5J9V A; 5LG2 A; 3F33 A; 5D8Q A; 2VZB A; 3PVY A; 2Y3Q A; 3ES3 A; 2XKQ A; 3Q4Q A; 2CLB A; 3SHX A; 3W54 A; 4EVE A; 1RCD A; 5AXS A; 1F30 A; 2C41 A; 3QB9 A; 2FKZ A; 3N6O A; 1SOF A; 4ZTT A; 2N02 A; 2VXI A; 4MJY A; 4ZMC A; 5FFC A; 1JRE A; 3QHC A; 4ERU A; 1O9R A; 4LPN A; 3EZ0 A; 1KRQ A; 2CEI A; 3BKN A; 3RAV A; 2FG8 A; 4LPJ A; 1DAT A; 1UVH A; 5JKL G; 1DPS A; 2V2J A; 4TOG A; 3PVT B; 5J8W A; 1ZS3 A; 3RGD A; 3KA3 A; 4ISM A; 2Z5R A; 2FG4 A; 4A25 A; 3F34 A; 3BT5 A; 4PGI A; 3E1N A; 2YW7 A; 4P18 A; 5CMQ A; 5HJF A; 4AM4 A; 2W0O A; 1F33 A; 2YJK A; 4M32 A; 2ZA8 A; 1B71 A; 3U90 A; 4EVD A; 1Z6O A; 1RCE A; 5ERK A; 2ZA7 A; 4TOC A; 1J30 A; 4TOB A; 1BFR A; 2Z5P A; 3ISF A; 2XJO A; 4W4L B; 5JDO A; 2HR5 A; 2CIH A; 2IU2 A; 2GS4 A; 3AJO A; 2MGY A; 5C6F A; 1LKO A; 1Z6O M; 2C2J A; 2Z90 A; 4IXK A; 3F36 A; 2FL0 A; 3E1L A; 4W4K B; 1L8H A; 4YXM A; 2Z6M A; 3NP2 X; 2CN7 A; 3SE1 A; 4KVR A; 2C2U A; 4R42 A; 4DAS A; 5CZU A; 4WJG 4; 3FVB A; 2HTN A; 2WLA A; 3TA8 A; 4KXR B; 3WVW A; 1JKU A; 4RC7 B; 1QGH A; 1JI5 A; 4ETR A; 3GE4 A; 4DZ0 A; 2F7N A; 3AJP A; 2C2F A; 3EZU A; 1TK6 A; 3UOI A; 2OH3 A; 3D19 A; 4E40 A; 4LQV A; 4MKU A; 3PW8 A; 3HL1 A; 3C1Z A; 4AM5 A; 1NFV A; 2XJN A; 2QQY A; 4E6K A; 2WWX B; 3QZ3 A; 3M6J A; 1S2Z A; 3AJQ A; 3ISE A; 3BVI A; 1VLG A; 1TKO A; 1R03 A; 2V8U A; 1LKM A; 3KA6 A; 2G38 B; 3F32 A; 3PVT A; 3R2O A; 2YW6 A; 2XGW A; 3PVR A; 3OGH A; 4ZLW A; 1JIG A; 2FJC A; 3A9Q A; 3SH6 A; 2WTL A; 4CVT A; 1EUM A; 3O7R A; 4AM2 A; 1S30 A; 2RBD A; 4LQH A; 3AK9 A; 1NF4 A; 3GGZ A; 2UX1 A; 2CHI A; 1VEQ A; 1JI4 A; 4CMY A; 1IES A; 2V2O A; 2AR0 A; 4CYB A; 3O7S A; 5FEJ A; 2CHP A; 3DBY A; 1SQ3 A; 4ZKH A; 4DYU A; 2ITB A; 1YV1 A; 3R2H A; 2ZUR X; 4RC5 B; 1GWG A; 2VXX A; 3NP0 X; 5K52 A; 2CN6 A; 5GN8 B; 1JYB A; 3BVE A; 5FFE A; 4DYX A; 4EVB A; 1BCF A; 2V2R A; 3GVY A; 2V15 A; 4RC7 A; 4YVZ A; 4ZKX A; 3PVY B; 3ERZ A; 5E1U A; 3VNX A; 1S3Q A; 4CVP A; 2C6R A; 3PWF A; 4CVS A; 1XZ3 A; 2X17 0; 5CMR A; 4Y08 A; 5J8S A; 2D5K A; 5GU1 X; 4REU A; 3R2S A; 3KX9 A; 2YJJ A; 4TOH A; 2V2L A; 5D8Y A; 3VVA A; 3KDQ A; 4ZJK A; 5GU2 X; 5J93 A; 1HRS A; 3KHK A; 3IS7 A; 3F37 A; 1AEW A; 4OYN A; 5GOU A; 3FSE A; 4DYZ A; 4ML5 A; 4XKT A; 4LYX A; 2BK6 A; 3Q4O A; 4CYA A; 1FHA A; 3IS8 A; 1MFR A; 1DVB A; 2JD6 0; 3FRS A; 4MN9 A; 2BJY A; 3PW1 B; 3E1M A; 3PWQ C; 3FRR A; 2FHA A; 2ZG9 X; 2FFX J; 5GU3 X; 3UNO A; 2OKC A; 3OJ5 A; 1H96 A; 4IWJ A; 1L8I A; 2Z5Q A; 3R2K A; 3AF7 X; 3BVF A; 3F35 A; 3Q4R A; 4M34 A; 3KA4 A; 4RC8 A; 3HIU A; 3IQ1 A; 3C21 A; 5LG8 A; 3BVK A; 4DYY A; 4KVS A; 1TJO A; 3F39 A; 3C23 A; 2ZA6 A; 1YUX A; 2XJM A; 1OTK A; 2FZF A; 5E2D A; 4RC5 A; 5HJH A; 2Y44 A; 3AF8 X; 3QD8 A; 3E6R A; 5GN8 A; 3E1P A; 4DE6 A; 3E6S A; 2WLU A; 5IX6 A; 4IWK A; 2CF7 A; 3E1J A; 3C1Y A; 5I4J A; 1XZ1 A; 5FFA A; 5D8R A; 1N1Q A; 1UMN A; 4XGS A; 5HQO A; 5JKM A; 3UFB A; 5FFD A; 1VEI A; 1LB3 A; 3RBC A; 3KA8 A; 4X0J A; 4II4 B; 1QYB A; 2CLU A; 3A68 A; 1VJX A; 3EGM A; 4PG1 A; 4LYU A; 3QHB A; 3R2R A; 2BKC A; 5D8P A; 2IB0 A; 3FI6 A; 4TOE A; 2ZG8 X; 2CWL A; 4ISP A; 2V2M A; 4RC6 B; 3WVV A; 2BW1 A; 3KA9 A; 4EVC A; 3RE7 A; 1IER A; 5ERJ A; 4TOA A; 3MPS A; 4PG0 A; 5LS9 A; 1YUZ A; 1TKP A; 3E2C A; 1VEL A; 2G4H A; 3Q4N A; 5HU6 D; 1RCG A; 3NOZ X; 3PVR B; 2JD7 0; 4ZL5 A; 2JD8 0; 4LQN A; 1JGC A; 3PW1 A; 3GHQ A; 3RD0 A; 4TW3 A; 4YKH A; 2V2S A; 4PGK A; 5LBH A; 1NF6 A; 5K53 A; 4MXP A; 4CVR A; 5D8O A; 3JZ9 A; 3H7G A; 4XKS A; 4XKU A; 4ZL6 A; 1NNQ A; 3E1Q A; 5JAC A; 3WVU A; 2GYQ A; 3GGY A; 5JKM G; 4LPM A; 3F38 A; 4ZKW A; 4ITW A; 1ZUJ A; 5D8S A; 3PWQ A; 2OC5 A; 3T9J A; 4MY7 A; 5FFB A; 1RYT A; 1O9I A; 4TOD A; 3R2M A; 2QF9 A; 2V2I A; 3AF9 X; 4TO9 A; 1RCI A; 4Z3B A; 1JTS A; 3L0M A; 4Z5S A; 4QUW A; 1LKP A; 4M35 A; 4TOF A; 1JKV A; 2ZG7 X; 2V2P A; 3SID A; 3QVD A; 4YXJ A; 1RCC A; 4M33 A; 1BG7 A; 4CMY V; #chains in the Genus database with same CATH homology 1Z4A A; 2V2N A; 3KWO A; 3BVL A; 3WNW A; 5JDO B; 2GYD A; 3UOF A; 3VV9 A; 3V3K B; 4II4 A; 5JKL A; 3JZA B; 4U3G A; 3PZA A; 4MUD A; 4ITT A; 2V8T A; 2PYB A; 3LKD A; 4DI0 A; 1MOJ A; 4LQJ A; 5D8X A; 4CY9 A; 3E1O A; 4RC6 A; 3AK8 A; 3KXU A; 5GU0 X; 4KVQ A; 3PW8 C; 2IY4 A; 3R2L A; 5J9V A; 5LG2 A; 3F33 A; 5D8Q A; 2VZB A; 3PVY A; 2Y3Q A; 3ES3 A; 2XKQ A; 3Q4Q A; 2CLB A; 3SHX A; 3W54 A; 4EVE A; 1RCD A; 5AXS A; 1F30 A; 2C41 A; 3QB9 A; 2FKZ A; 3N6O A; 1SOF A; 4ZTT A; 2N02 A; 2VXI A; 4MJY A; 4ZMC A; 5FFC A; 1JRE A; 3QHC A; 4ERU A; 1O9R A; 4LPN A; 3EZ0 A; 1KRQ A; 2CEI A; 3BKN A; 3RAV A; 2FG8 A; 4LPJ A; 1DAT A; 1UVH A; 5JKL G; 1DPS A; 2V2J A; 4TOG A; 3PVT B; 5J8W A; 1ZS3 A; 3RGD A; 3KA3 A; 4ISM A; 2Z5R A; 2FG4 A; 4A25 A; 3F34 A; 3BT5 A; 4PGI A; 3E1N A; 2YW7 A; 4P18 A; 5CMQ A; 5HJF A; 4AM4 A; 2W0O A; 1F33 A; 2YJK A; 4M32 A; 2ZA8 A; 1B71 A; 3U90 A; 4EVD A; 1Z6O A; 1RCE A; 5ERK A; 2ZA7 A; 4TOC A; 1J30 A; 4TOB A; 1BFR A; 2Z5P A; 3ISF A; 2XJO A; 4W4L B; 5JDO A; 2HR5 A; 2CIH A; 2IU2 A; 2GS4 A; 3AJO A; 2MGY A; 5C6F A; 1LKO A; 1Z6O M; 2C2J A; 2Z90 A; 4IXK A; 3F36 A; 2FL0 A; 3E1L A; 4W4K B; 1L8H A; 4YXM A; 2Z6M A; 3NP2 X; 2CN7 A; 3SE1 A; 4KVR A; 2C2U A; 4R42 A; 4DAS A; 5CZU A; 4WJG 4; 3FVB A; 2HTN A; 2WLA A; 3TA8 A; 4KXR B; 3WVW A; 1JKU A; 4RC7 B; 1QGH A; 1JI5 A; 4ETR A; 3GE4 A; 4DZ0 A; 2F7N A; 3AJP A; 2C2F A; 3EZU A; 1TK6 A; 3UOI A; 2OH3 A; 3D19 A; 4E40 A; 4LQV A; 4MKU A; 3PW8 A; 3HL1 A; 3C1Z A; 4AM5 A; 1NFV A; 2XJN A; 2QQY A; 4E6K A; 2WWX B; 3QZ3 A; 3M6J A; 1S2Z A; 3AJQ A; 3ISE A; 3BVI A; 1VLG A; 1TKO A; 1R03 A; 2V8U A; 1LKM A; 3KA6 A; 2G38 B; 3F32 A; 3PVT A; 3R2O A; 2YW6 A; 2XGW A; 3PVR A; 3OGH A; 4ZLW A; 1JIG A; 2FJC A; 3A9Q A; 3SH6 A; 2WTL A; 4CVT A; 1EUM A; 3O7R A; 4AM2 A; 1S30 A; 2RBD A; 4LQH A; 3AK9 A; 1NF4 A; 3GGZ A; 2UX1 A; 2CHI A; 1VEQ A; 1JI4 A; 4CMY A; 1IES A; 2V2O A; 2AR0 A; 4CYB A; 3O7S A; 5FEJ A; 2CHP A; 3DBY A; 1SQ3 A; 4ZKH A; 4DYU A; 2ITB A; 1YV1 A; 3R2H A; 2ZUR X; 4RC5 B; 1GWG A; 2VXX A; 3NP0 X; 5K52 A; 2CN6 A; 5GN8 B; 1JYB A; 3BVE A; 5FFE A; 4DYX A; 4EVB A; 1BCF A; 2V2R A; 3GVY A; 2V15 A; 4RC7 A; 4YVZ A; 4ZKX A; 3PVY B; 3ERZ A; 5E1U A; 3VNX A; 1S3Q A; 4CVP A; 2C6R A; 3PWF A; 4CVS A; 1XZ3 A; 2X17 0; 5CMR A; 4Y08 A; 5J8S A; 2D5K A; 5GU1 X; 4REU A; 3R2S A; 3KX9 A; 2YJJ A; 4TOH A; 2V2L A; 5D8Y A; 3VVA A; 3KDQ A; 4ZJK A; 5GU2 X; 5J93 A; 1HRS A; 3KHK A; 3IS7 A; 3F37 A; 1AEW A; 4OYN A; 5GOU A; 3FSE A; 4DYZ A; 4ML5 A; 4XKT A; 4LYX A; 2BK6 A; 3Q4O A; 4CYA A; 1FHA A; 3IS8 A; 1MFR A; 1DVB A; 2JD6 0; 3FRS A; 4MN9 A; 2BJY A; 3PW1 B; 3E1M A; 3PWQ C; 3FRR A; 2FHA A; 2ZG9 X; 2FFX J; 5GU3 X; 3UNO A; 2OKC A; 3OJ5 A; 1H96 A; 4IWJ A; 1L8I A; 2Z5Q A; 3R2K A; 3AF7 X; 3BVF A; 3F35 A; 3Q4R A; 4M34 A; 3KA4 A; 4RC8 A; 3HIU A; 3IQ1 A; 3C21 A; 5LG8 A; 3BVK A; 4DYY A; 4KVS A; 1TJO A; 3F39 A; 3C23 A; 2ZA6 A; 1YUX A; 2XJM A; 1OTK A; 2FZF A; 5E2D A; 4RC5 A; 5HJH A; 2Y44 A; 3AF8 X; 3QD8 A; 3E6R A; 5GN8 A; 3E1P A; 4DE6 A; 3E6S A; 2WLU A; 5IX6 A; 4IWK A; 2CF7 A; 3E1J A; 3C1Y A; 5I4J A; 1XZ1 A; 5FFA A; 5D8R A; 1N1Q A; 1UMN A; 4XGS A; 5HQO A; 5JKM A; 3UFB A; 5FFD A; 1VEI A; 1LB3 A; 3RBC A; 3KA8 A; 4X0J A; 4II4 B; 1QYB A; 2CLU A; 3A68 A; 1VJX A; 3EGM A; 4PG1 A; 4LYU A; 3QHB A; 3R2R A; 2BKC A; 5D8P A; 2IB0 A; 3FI6 A; 4TOE A; 2ZG8 X; 2CWL A; 4ISP A; 2V2M A; 4RC6 B; 3WVV A; 2BW1 A; 3KA9 A; 4EVC A; 3RE7 A; 1IER A; 5ERJ A; 4TOA A; 3MPS A; 4PG0 A; 5LS9 A; 1YUZ A; 1TKP A; 3E2C A; 1VEL A; 2G4H A; 3Q4N A; 5HU6 D; 1RCG A; 3NOZ X; 3PVR B; 2JD7 0; 4ZL5 A; 2JD8 0; 4LQN A; 1JGC A; 3PW1 A; 3GHQ A; 3RD0 A; 4TW3 A; 4YKH A; 2V2S A; 4PGK A; 5LBH A; 1NF6 A; 5K53 A; 4MXP A; 4CVR A; 5D8O A; 3JZ9 A; 3H7G A; 4XKS A; 4XKU A; 4ZL6 A; 1NNQ A; 3E1Q A; 5JAC A; 3WVU A; 2GYQ A; 3GGY A; 5JKM G; 4LPM A; 3F38 A; 4ZKW A; 4ITW A; 1ZUJ A; 5D8S A; 3PWQ A; 2OC5 A; 3T9J A; 4MY7 A; 5FFB A; 1RYT A; 1O9I A; 4TOD A; 3R2M A; 2QF9 A; 2V2I A; 3AF9 X; 4TO9 A; 1RCI A; 4Z3B A; 1JTS A; 3L0M A; 4Z5S A; 4QUW A; 1LKP A; 4M35 A; 4TOF A; 1JKV A; 2ZG7 X; 2V2P A; 3SID A; 3QVD A; 4YXJ A; 1RCC A; 4M33 A; 1BG7 A; 4CMY V;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
