The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
173
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structure length |
173
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Chain Sequence |
VSQVRQNYHSDCEAAVNRMLNLELYASYTYSSMYAFFDRDDVALHNVAEFFKEHSHAEREHAEKFMKYQNKRGGRVVLQDIKKPERDEWGNTLEAMQAALQLEKTVNQALLDLHKLATDKVDPHLCDFLESEYLEAQVKAIKRIGDFITNLKRLGLPENGMGEYLFDKHSVKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ferroxidase Activity in Eukaryotic Ferritin is Controlled by Accessory-Iron-Binding Sites in the Catalytic Cavity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ferritin, middle subunit
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Lithobates catesbeiana
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| total genus |
78
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| structure length |
173
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| sequence length |
173
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| ec nomenclature |
ec
1.16.3.1: Ferroxidase. |
| pdb deposition date | 2016-04-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00210 | Ferritin | Ferritin-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XZ1 A; 3SID A; 5LS9 A; 5K53 A; 4ZJK A; 4ERU A; 3E1J A; 4TW3 A; 5K52 A; 5HQO A; 3Q4R A; 1RCE A; 3R2R A; 5GN8 A; 1UMN A; 2JD8 0; 1DPS A; 4ISM A; 4ETR A; 2V15 A; 3PVT A; 4LQJ A; 5E1U A; 2ZG7 X; 3PVY B; 3E6R A; 1XZ3 A; 2FJC A; 4MY7 A; 4Y08 A; 4RC7 A; 1LKP A; 3TA8 A; 3NOZ X; 2XJO A; 2CN7 A; 1IES A; 4ZL6 A; 4DYZ A; 2Z5P A; 2HTN A; 1VEL A; 3Q4O A; 4REU A; 5CMR A; 4ZKX A; 4CMY V; 1JYB A; 3GHQ A; 4PGI A; 4ZKW A; 2HR5 A; 4M34 A; 4CVS A; 2CLU A; 5GU1 X; 2ZUR X; 3AJO A; 2CLB A; 3QHB A; 2ZG8 X; 3A68 A; 5GN8 B; 5D8Y A; 3ISF A; 2F7N A; 3PVT B; 3FVB A; 3QZ3 A; 4LYX A; 4IWK A; 2BW1 A; 1BFR A; 1H96 A; 2JD7 0; 2D5K A; 4EVC A; 3WVW A; 3KA3 A; 3KA8 A; 1JI5 A; 3QB9 A; 5D8Q A; 3PWQ A; 3UOF A; 4ZLW A; 2C2J A; 4CY9 A; 1KRQ A; 2V2P A; 1L8I A; 4DI0 A; 1RCC A; 3E1P A; 5D8O A; 4EVD A; 1O9R A; 1RYT A; 4PGK A; 2PYB A; 2GYD A; 4XKT A; 4TO9 A; 3IS8 A; 2ZA6 A; 1F33 A; 3F32 A; 2ZG9 X; 1S3Q A; 3EZU A; 5FFB A; 5J8S A; 2VXI A; 5ERJ A; 2FZF A; 4DAS A; 2V2I A; 4TOF A; 3EGM A; 4AM5 A; 3R2S A; 2YW6 A; 1JRE A; 5AXS A; 1S30 A; 3E2C A; 3E1O A; 3F39 A; 4EVE A; 5D8X A; 3R2O A; 1L8H A; 2WTL A; 4TOD A; 1YUZ A; 1Z4A A; 1NF4 A; 4MUD A; 2Z90 A; 1LKO A; 3Q4N A; 1SOF A; 3O7R A; 3KA4 A; 2FHA A; 4R42 A; 3AK9 A; 3BKN A; 1VEQ A; 3PW1 A; 1TK6 A; 2XKQ A; 4TOH A; 3MPS A; 4CVP A; 1JI4 A; 3SE1 A; 5J9V A; 3PWQ C; 4TOG A; 5JKL A; 4ZTT A; 4EVB A; 2WLU A; 2VZB A; 4KVR A; 4E6K A; 2FKZ A; 3R2M A; 2V2R A; 2WLA A; 3BVK A; 3AK8 A; 1JIG A; 4LQV A; 5D8R A; 5J8W A; 2GYQ A; 4CVT A; 1NNQ A; 5HJF A; 4CVR A; 3EZ0 A; 1R03 A; 1RCD A; 3RE7 A; 5LG2 A; 3PW1 B; 3SH6 A; 3OJ5 A; 4QUW A; 2YW7 A; 4RC8 A; 3NP2 X; 4TOA A; 4MKU A; 2C6R A; 5E2D A; 1BG7 A; 3E1L A; 1JKV A; 4RC5 A; 4OYN A; 2G4H A; 1RCG A; 4M32 A; 2FFX J; 1OTK A; 3BVE A; 1O9I A; 1TJO A; 2CHI A; 4AM4 A; 3KA6 A; 4U3G A; 5LBH A; 3UOI A; 2JD6 0; 3AF7 X; 4A25 A; 3HL1 A; 5FFD A; 4XKU A; 1SQ3 A; 1N1Q A; 2CIH A; 3GVY A; 3QD8 A; 2RBD A; 1JGC A; 3ES3 A; 2C2F A; 4DYU A; 1YUX A; 1VJX A; 2CF7 A; 2V2M A; 2YJK A; 3AF9 X; 5FEJ A; 3KX9 A; 3AJQ A; 3PZA A; 1TKO A; 3ERZ A; 3AJP A; 4KVS A; 4RC5 B; 1ZS3 A; 4TOE A; 2FG8 A; 5JKM G; 3PVR B; 3AF8 X; 5GU2 X; 2Z5R A; 4ITW A; 5LG8 A; 1S2Z A; 2GS4 A; 3NP0 X; 4IXK A; 2CN6 A; 2V2N A; 3T9J A; 1QYB A; 4M33 A; 3F34 A; 1QGH A; 5HJH A; 1FHA A; 4II4 A; 3PWF A; 3F36 A; 1NFV A; 3RAV A; 1MFR A; 1JTS A; 5GU0 X; 3WVU A; 4AM2 A; 3WVV A; 1ZUJ A; 1RCI A; 2FL0 A; 3BVL A; 3QHC A; 1DVB A; 4LQN A; 1Z6O M; 5GU3 X; 1BCF A; 5I4J A; 4LPJ A; 3O7S A; 1HRS A; 3A9Q A; 5ERK A; 1JKU A; 4LQH A; 4KVQ A; 5J93 A; 4MJY A; 5D8S A; 3F33 A; 3HIU A; 3H7G A; 4M35 A; 1NF6 A; 4II4 B; 3E1Q A; 3E1N A; 3IQ1 A; 5C6F A; 4ISP A; 1LB3 A; 2C41 A; 2XJM A; 3F38 A; 4CYB A; 3F37 A; 3FSE A; 3BT5 A; 4Z3B A; 4Z5S A; 1DAT A; 2V2L A; 2BKC A; 3Q4Q A; 4ZMC A; 2BJY A; 4PG0 A; 1F30 A; 1IER A; 3KWO A; 1MOJ A; 2YJJ A; 5FFC A; 1VEI A; 2C2U A; 5D8P A; 4PG1 A; 2ZA7 A; 4CYA A; 1UVH A; 3ISE A; 2V2S A; 3SHX A; 2VXX A; 3PW8 A; 2W0O A; 3VNX A; 5FFA A; 4XKS A; 4TOB A; 3PVR A; 4ML5 A; 5JKL G; 2X17 0; 5JKM A; 2IU2 A; 4RC6 A; 4ZKH A; 3R2K A; 1Z6O A; 4RC7 B; 4ZL5 A; 2V2O A; 5JAC A; 1EUM A; 4DE6 A; 4LYU A; 5CMQ A; 1TKP A; 3RGD A; 3U90 A; 2ZA8 A; 3GE4 A; 4YKH A; 4ITT A; 2QF9 A; 3WNW A; 2XJN A; 4LPN A; 4TOC A; 4MN9 A; 4CMY A; 5CZU A; 2Z6M A; 2CHP A; 3BVI A; 2OC5 A; 4IWJ A; 2ITB A; 3IS7 A; 2Y3Q A; 1J30 A; 4RC6 B; 2Z5Q A; 3OGH A; 1LKM A; 3F35 A; 1B71 A; 2OH3 A; 3R2H A; 3RBC A; 3E1M A; 3KA9 A; 3E6S A; 5GOU A; 3KXU A; 2IB0 A; 2IY4 A; 3PVY A; 4LPM A; 2QQY A; 1GWG A; 4DYY A; 2UX1 A; 3QVD A; 5IX6 A; 4XGS A; 3RD0 A; 2CEI A; 3BVF A; 1YV1 A; 1VLG A; 2XGW A; 3FI6 A; 2V2J A; 3R2L A; 4P18 A; 2FG4 A; 2BK6 A; 1AEW A; 4DZ0 A; 3UNO A; 4DYX A; 5FFE A; 3PW8 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XZ1 A; 3SID A; 3VVA A; 5LS9 A; 5K53 A; 4ZJK A; 3GGZ A; 4ERU A; 3E1J A; 4TW3 A; 5K52 A; 5HQO A; 3Q4R A; 1RCE A; 3R2R A; 5GN8 A; 1UMN A; 2JD8 0; 1DPS A; 4ISM A; 4ETR A; 2V15 A; 3PVT A; 4LQJ A; 5E1U A; 2ZG7 X; 3PVY B; 3E6R A; 1XZ3 A; 2FJC A; 4MY7 A; 4Y08 A; 4RC7 A; 1LKP A; 3TA8 A; 3NOZ X; 2XJO A; 2CN7 A; 1IES A; 4ZL6 A; 4DYZ A; 3C1Y A; 2Z5P A; 2HTN A; 1VEL A; 3Q4O A; 4REU A; 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1JI4 A; 3SE1 A; 5J9V A; 3PWQ C; 4TOG A; 5JKL A; 4ZTT A; 4EVB A; 2WLU A; 2VZB A; 4KVR A; 4E6K A; 2FKZ A; 3R2M A; 2V2R A; 2WLA A; 3BVK A; 3AK8 A; 4YVZ A; 1JIG A; 4LQV A; 5D8R A; 2V8U A; 5J8W A; 2GYQ A; 4CVT A; 1NNQ A; 5HJF A; 4CVR A; 3EZ0 A; 1R03 A; 1RCD A; 3RE7 A; 5LG2 A; 3PW1 B; 3SH6 A; 3OJ5 A; 4QUW A; 2YW7 A; 4RC8 A; 3NP2 X; 4TOA A; 4MKU A; 2C6R A; 5E2D A; 1BG7 A; 3E1L A; 2OKC A; 1JKV A; 4RC5 A; 4OYN A; 2G4H A; 1RCG A; 4KXR B; 4M32 A; 2FFX J; 1OTK A; 3BVE A; 1O9I A; 1TJO A; 2CHI A; 4AM4 A; 3KA6 A; 4U3G A; 5LBH A; 3UOI A; 2JD6 0; 3AF7 X; 4A25 A; 3HL1 A; 5FFD A; 4XKU A; 1SQ3 A; 1N1Q A; 2CIH A; 3GVY A; 3QD8 A; 2RBD A; 1JGC A; 3ES3 A; 4YXM A; 2C2F A; 4DYU A; 4MXP A; 5HU6 D; 1YUX A; 1VJX A; 2CF7 A; 2V2M A; 2YJK A; 2V8T A; 3AF9 X; 5FEJ A; 3KX9 A; 3AJQ A; 3PZA A; 1TKO A; 3ERZ A; 3AJP A; 4KVS A; 4RC5 B; 1ZS3 A; 4TOE A; 2FG8 A; 5JKM G; 3PVR B; 3AF8 X; 5GU2 X; 2Z5R A; 4ITW A; 5LG8 A; 1S2Z A; 2GS4 A; 3NP0 X; 4IXK A; 2CN6 A; 2V2N A; 3T9J A; 1QYB A; 4M33 A; 3F34 A; 1QGH A; 5HJH A; 1FHA A; 4II4 A; 3PWF A; 3F36 A; 1NFV A; 3RAV A; 3DBY A; 1MFR A; 5JDO A; 1JTS A; 5GU0 X; 3WVU A; 4AM2 A; 3WVV A; 1ZUJ A; 1RCI A; 2FL0 A; 3BVL A; 3QHC A; 1DVB A; 4LQN A; 1Z6O M; 3W54 A; 5GU3 X; 1BCF A; 5I4J A; 4LPJ A; 4E40 A; 3O7S A; 1HRS A; 3A9Q A; 5ERK A; 1JKU A; 4LQH A; 3M6J A; 4KVQ A; 3JZ9 A; 5J93 A; 4MJY A; 5D8S A; 3F33 A; 3HIU A; 3H7G A; 4M35 A; 1NF6 A; 4II4 B; 3E1Q A; 3E1N A; 3IQ1 A; 5C6F A; 4ISP A; 1LB3 A; 2C41 A; 2XJM A; 2Y44 A; 3F38 A; 4CYB A; 5JDO B; 3F37 A; 2CWL A; 3FSE A; 3BT5 A; 4Z3B A; 4Z5S A; 1DAT A; 2V2L A; 2BKC A; 3Q4Q A; 4ZMC A; 2BJY A; 4PG0 A; 1F30 A; 1IER A; 3KWO A; 1MOJ A; 2YJJ A; 5FFC A; 1VEI A; 2MGY A; 2C2U A; 5D8P A; 4PG1 A; 2ZA7 A; 4CYA A; 1UVH A; 3ISE A; 2V2S A; 3SHX A; 2VXX A; 3C21 A; 3PW8 A; 2W0O A; 4W4K B; 3VNX A; 5FFA A; 4XKS A; 4TOB A; 3PVR A; 4ML5 A; 5JKL G; 2X17 0; 5JKM A; 2IU2 A; 4RC6 A; 2N02 A; 4ZKH A; 3R2K A; 1Z6O A; 4RC7 B; 4ZL5 A; 3KHK A; 3L0M A; 2V2O A; 5JAC A; 1EUM A; 4DE6 A; 4LYU A; 5CMQ A; 1TKP A; 3RGD A; 3U90 A; 2ZA8 A; 3GE4 A; 4YKH A; 4ITT A; 2QF9 A; 3WNW A; 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