The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
95
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sequence length |
235
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structure length |
235
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Chain Sequence |
HMKNPYSNQIEREELILKYLPLVKAIATNIKKHLPEDVDIRDLISYGVIGLIKAVDNLSTENPKRAEAYIKLRIKGAIYDYLRSLDFGSRQVREKERRIKEVVEKLKEKLGREPTDEEVAKELGISTEELFKTLDKINFSYILSLEEVFRDFARDYSELIPSSTNVEEEVIKRELTEKVKEAVSKLPEREKLVIQLIFYEELPAKEVAKILETSVSRVSQLKAKALERLREMLSN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Flagellar Sigma/Anti-Sigma Complex Sigma(28)/FlgM Reveals an Intact Sigma Factor in an Inactive Conformation
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Aquifex aeolicus
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| molecule keywords |
RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
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| total genus |
95
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| structure length |
235
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| sequence length |
235
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| chains with identical sequence |
C, E, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04539 | Sigma70_r3 | Sigma-70 region 3 |
| A | PF04542 | Sigma70_r2 | Sigma-70 region 2 |
| A | PF04545 | Sigma70_r4 | Sigma-70, region 4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A | Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A14 A; 1G5A A; 4AYS A; 3ANN A; 1MW3 A; 3RAS A; 4ZQH A; 2JD1 A; 3ANL A; 4NQW A; 2O7G A; 3UER A; 1H3L A; 3CZG A; 3WQR A; 5JO0 A; 5JC1 A; 2Y1C A; 2JCV A; 1S46 A; 1MW1 A; 3ZHZ A; 3N0R A; 3ANM A; 1T1R A; 3CZE A; 4GAE A; 4Y67 A; 5JBI A; 4FLR A; 1ONP A; 2Y1G A; 4FLO A; 3AU9 A; 2Y1F A; 3WQQ A; 2EGH A; 1JG9 A; 3IIE A; 4Y6S A; 3CZK A; 5JNL A; 1Q0L A; 4FLS A; 2MAO A; 4Y6P A; 4ZN6 A; 1OR7 A; 2Y1D A; 1MVY A; 3ZHX A; 5JMP A; 4A03 A; 3ZHY A; 4LUP A; 1T1S A; 4AIC A; 2JCX A; 3T0Y A; 4KP7 A; 4ZQG A; 1RP3 A; 1MW2 A; 3CZL A; 3WQS B; 3AUA A; 5JMW A; 1ZS2 A; 3UEQ A; 2JD0 A; 3A06 A; 4CXF A; 1ONN A; 5JAZ A; 1R0L A; 2WPG A; 3ZI0 A; 4RCV A; 1ONO A; 1Q0H A; 3UCQ A; 4OOE A; 4ZQE A; 1SC5 A; 1JGI A; 2JCY A; 4G97 A; 1Q0Q A; 3AU8 A; 2JD2 A; 1JVS A; 1K5H A; 1MW0 A; 3R0I A; 2MAP A; 2C82 A; 4FLQ A; 4QIC A; 1R0K A; 4OOF A; 5DUL A; 4Y6R A; 2LFW A; 4ZQF A; 2Y1E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A14 A; 3TOR A; 4FF4 A; 4PVB A; 2YYL A; 1MW3 A; 5BRK A; 2R0M A; 2JD1 A; 3ANL A; 2XS8 A; 4LQQ B; 2O7G A; 3FTS A; 2E80 A; 4OO2 A; 4ZXV A; 5B5V A; 1EGC A; 3FTX A; 1RX0 A; 4ZYJ A; 4K5P A; 2QJ1 A; 4XNB A; 3WQR A; 4KSF A; 4HR3 A; 4ZX6 A; 3B3B A; 4KCF A; 2WZG A; 1X3W A; 3ZHZ A; 4F0X A; 3N0R A; 3ANM A; 2BU2 A; 3HW2 A; 3CZE A; 3MXL A; 4Y67 A; 2B61 A; 4FLR A; 4FLO A; 3VVM A; 3FUJ A; 5K3G A; 2OT4 A; 4AR1 A; 1JQI A; 5K3I A; 1SK6 A; 1RJ4 A; 4L1F A; 4G5E A; 4R5T A; 4AR9 A; 4X28 A; 1FS7 A; 2RF7 A; 3MPI A; 3PFD A; 3TZ2 A; 5J71 A; 1Y0V A; 3B2X A; 3CHP A; 2JIF A; 2IX5 A; 4FLS A; 2MAO A; 4Y6P A; 4ZN6 A; 1SQM A; 3SCE A; 4AKI A; 4XMX A; 4KSA A; 2Y1D A; 2PO4 A; 3EON A; 4Q4U A; 5JMP A; 2ZAF A; 3D2R A; 5BPP A; 4MPC A; 4LUP A; 4V26 A; 5M4K A; 1T9G A; 1T1S A; 2JCX A; 2D29 A; 3PUU A; 2ZDY A; 2A1T A; 4L3Z A; 3EBH A; 3LGQ A; 2PG0 A; 3TZ5 A; 3C3L A; 3VAD A; 2R02 A; 1U8V A; 3UEQ A; 2DQM A; 2YYI A; 3B34 A; 5BRM A; 3C46 A; 2C5Z A; 2JD0 A; 2CX9 A; 2XQ0 A; 4HKR A; 4E01 A; 3VVL A; 2RDZ A; 2ZO5 A; 1HS6 A; 4XN2 A; 2RFQ A; 4ZW6 A; 3UBR A; 3UCQ A; 1S26 A; 1SC5 A; 1GU6 A; 3X0X A; 4QME A; 3FUH A; 1SIR A; 3AU8 A; 2DQ6 A; 1Y8P A; 2EBA A; 2J7A A; 4ZX3 A; 1K5H A; 1FS9 A; 2MAP A; 3FH5 A; 4R5V A; 1K90 A; 1IVH A; 2OEX A; 1LVC A; 2GTQ A; 4BKX A; 4W9U A; 2AZE A; 1X91 A; 1X3Z A; 3BNF A; 4ZQF A; 3JSZ A; 4IV6 A; 2PUS A; 2XQR B; 1QDB A; 1G5A A; 4AYS A; 3FUN A; 5HLT A; 5M4P A; 4MS6 A; 2XPZ A; 4ZQH A; 4Q5C A; 2Q8F A; 2R05 A; 1H3L A; 2CJ6 A; 2Q8I A; 4R7L A; 4Q4I A; 1XFW A; 3D9G A; 3TTB A; 4FF3 A; 2Y1C A; 4MP2 A; 1S46 A; 4QIR A; 4K5N A; 2JBR A; 4XMW A; 3RKH A; 2PL5 A; 3P4T A; 4XND A; 2HPT A; 5GJV E; 4GAE A; 2JBS A; 4MPN A; 3X29 A; 4K5M A; 2Y1G A; 3CE2 A; 5K3J A; 4QHP A; 3WQQ A; 3FTY A; 4ZW3 A; 1JG9 A; 2XPY A; 3D9E A; 3GNC A; 3RC8 A; 2VJ8 A; 2RJI A; 3IIE A; 4KTO A; 4Y6S A; 4FCA A; 2YYG A; 5AEN A; 4XO5 A; 3HWC A; 3FH8 A; 2QVW A; 1EGE A; 4XN4 A; 3OWA A; 4X28 C; 3FHE A; 3EBI A; 2OJQ A; 3BNJ A; 1SIQ A; 4H7Q A; 5J6A A; 2YYK A; 3Q0A A; 4L3X A; 2PNR A; 3EOM A; 2CJ7 A; 3Q23 A; 3VKG A; 4KP7 A; 4ZQG A; 1RP3 A; 5EV7 A; 1X8Z A; 3SF6 A; 2EBF X; 3AUA A; 5JMW A; 4V25 A; 3B2P A; 4JND A; 2VF1 A; 1K8T A; 3R7K A; 3M9V A; 1PK0 A; 1K93 A; 4XN1 A; 3GQT A; 3ZI0 A; 2WZF A; 4P79 A; 1WS9 A; 2A7O A; 4G97 A; 4L2L A; 1Q0Q A; 4RM7 A; 2EBH X; 2CJ5 A; 1XFX A; 3CHQ A; 1JVS A; 4ARF A; 3Q44 A; 4N5F A; 3CHO A; 2WBI A; 3MPJ A; 1RJ1 A; 4R5X A; 2AO2 A; 1R2J A; 4H81 A; 4QIC A; 1SG7 A; 3L1T A; 4M9A A; 5K3H A; 4OOF A; 2ZDX A; 3FUD A; 4XO4 A; 2LFW A; 2JBT A; 4MP7 A; 4JIO A; 2BTZ A; 3ANN A; 2GBB A; 4HKS A; 3GM6 A; 2OEV A; 5FWQ A; 4H85 A; 3FTW A; 3UER A; 4AI6 A; 2HJN A; 2DDH A; 3S7W A; 3FU0 A; 4ZX5 A; 5JO0 A; 5JC1 A; 1UKW A; 2FFL A; 4Q4E A; 3U9W A; 5GJW E; 1MW1 A; 3FUF A; 4QPE A; 2FP2 A; 4J3B A; 3FTV A; 1H19 A; 3B7R L; 2QR4 A; 5JBI A; 1X90 A; 2Y1F A; 3FUM A; 3LG1 A; 1PI1 A; 3D6B A; 4AKG A; 4XMU A; 1XFV A; 3CRK A; 2REH A; 2YYJ A; 5JNL A; 2CJ8 A; 3D9F A; 2IX6 A; 5M4M A; 3Q22 A; 4LQS B; 3D1I A; 4K5L A; 5HNH A; 3FH7 A; 3FCJ A; 1EGD A; 2FON A; 3II9 A; 3ZHX A; 4A03 A; 5M4N A; 4XMV A; 3FTU A; 4XN7 A; 2YYM A; 3BNG A; 4ZW7 A; 3B96 A; 1FS8 A; 3VKH A; 4MKT A; 4ZX4 A; 4Q5B A; 1W07 A; 3Q43 A; 3NF4 A; 3FUL A; 3CZL A; 3WQS B; 4QUO A; 4J1V A; 2PGG A; 4ZW5 A; 2E81 A; 3FUE A; 4PU2 A; 3F29 A; 3KML A; 3A06 A; 4CXF A; 1XFU A; 5B6B A; 4AR8 A; 3MKH A; 5JAZ A; 3MMO A; 2WPG A; 4RCV A; 4ZW8 A; 3D9D A; 2VLA A; 2C12 A; 4XO3 A; 4OOE A; 4IRN A; 4XN9 A; 3OWM A; 2BU7 A; 3EBG A; 3RC3 A; 1BUC A; 2HPO A; 3OIB A; 1XFY A; 5B5W A; 2Q8G A; 3R0I A; 3SWO A; 3TZ4 A; 1XG2 B; 2C82 A; 4FF2 A; 3JT1 A; 4MPE A; 1GW6 A; 4P13 A; 4XN5 A; 4XN8 A; 4Y6R A; 3CRL A; 5DYF A; 2Y1E A; 1GKX A; 2Z1Q A; 4DPR A; 3FO3 A; 3RAS A; 4O5M A; 4NQW A; 2BU6 A; 2R70 A; 3CZG A; 4XMT A; 4X2U A; 2R59 A; 3MDD A; 4XNA A; 2JCV A; 1T1R A; 3FUK A; 5DLL A; 1IS2 A; 4XVX A; 1ONP A; 4XMZ A; 3AU9 A; 4PW4 A; 2E0A A; 2EGH A; 1UDY A; 2UXW A; 3B7U X; 3T8V A; 4JEK A; 3FTZ A; 4E02 A; 1Y8N A; 3MDE A; 4RVB A; 3CXB A; 4FF1 A; 3CZK A; 3B37 A; 1Q0L A; 2R0N A; 1OR7 A; 4NXL A; 3CIA A; 2BU8 A; 4Q17 A; 2OR0 A; 2R03 A; 1R3B A; 4JIZ A; 1MVY A; 2ZKJ A; 3ZHY A; 3B7S A; 2BU5 A; 3AFF A; 2ZXG A; 3FU3 A; 4AIC A; 3T0Y A; 4DOY A; 2R72 A; 2DVL A; 4L38 A; 4Q0T A; 3B7T A; 4RSY A; 2EC5 A; 1MW2 A; 4FZ4 A; 2CJ4 A; 1JM6 A; 1ZS2 A; 1GJV A; 2VIG A; 3BNH A; 3AFE A; 4K5O A; 4DZY A; 3FU6 A; 1ONN A; 3CHR A; 4GAA A; 3X0Y A; 1R0L A; 2F6L A; 1ONO A; 3CHS A; 1XFZ A; 4ZQT A; 1Q0H A; 3FUI A; 4ZQE A; 2C0U A; 4Q1O A; 1JGI A; 1GKZ A; 2FP1 A; 2JCY A; 3C2P A; 4AKH A; 3FU5 A; 2Q8H A; 2JD2 A; 3TZ0 A; 3SXQ A; 3QJX A; 4KS9 A; 1MW0 A; 2XS1 A; 1Y8O A; 2JV7 A; 4E00 A; 2VR0 A; 4FLQ A; 4U83 A; 5HNF A; 1R0K A; 5DUL A; 2YGW A; 3Q24 A; 3UU9 A; 1OAH A; 3KED A; 4L3Y A; 4WJY A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3A14 A; 4FF4 A; 4PVB A; 1MW3 A; 2JD1 A; 3ANL A; 2O7G A; 3FTS A; 3FTX A; 4K5P A; 2QJ1 A; 4XNB A; 3WQR A; 4KSF A; 4ZX6 A; 3B3B A; 2WZG A; 1X3W A; 3ZHZ A; 4F0X A; 3N0R A; 3ANM A; 3CZE A; 4Y67 A; 2B61 A; 4FLR A; 4FLO A; 3VVM A; 3FUJ A; 4AR1 A; 1SK6 A; 4R5T A; 4AR9 A; 1Y0V A; 3B2X A; 3CHP A; 4FLS A; 2MAO A; 4Y6P A; 4ZN6 A; 1SQM A; 4AKI A; 4XMX A; 4KSA A; 2Y1D A; 2PO4 A; 5JMP A; 5BPP A; 4LUP A; 1T1S A; 2JCX A; 3PUU A; 3EBH A; 3C3L A; 3UEQ A; 2DQM A; 3B34 A; 3C46 A; 2C5Z A; 2JD0 A; 2XQ0 A; 4HKR A; 3VVL A; 1HS6 A; 4XN2 A; 4ZW6 A; 3UCQ A; 1S26 A; 1SC5 A; 4QME A; 3FUH A; 3AU8 A; 2DQ6 A; 4ZX3 A; 1K5H A; 2MAP A; 3FH5 A; 4R5V A; 1K90 A; 1LVC A; 2GTQ A; 4BKX A; 2AZE A; 1X3Z A; 4ZQF A; 3JSZ A; 2PUS A; 1G5A A; 4AYS A; 3FUN A; 5HLT A; 4MS6 A; 2XPZ A; 4ZQH A; 1H3L A; 4R7L A; 4Q4I A; 1XFW A; 4FF3 A; 2Y1C A; 1S46 A; 4QIR A; 4K5N A; 4XMW A; 2PL5 A; 4XND A; 2HPT A; 5GJV E; 4GAE A; 3X29 A; 4K5M A; 2Y1G A; 3CE2 A; 4QHP A; 3WQQ A; 3FTY A; 4ZW3 A; 1JG9 A; 2XPY A; 3RC8 A; 2VJ8 A; 2RJI A; 3IIE A; 4Y6S A; 4FCA A; 5AEN A; 4XO5 A; 3FH8 A; 2QVW A; 4XN4 A; 3FHE A; 3EBI A; 3Q0A A; 3Q23 A; 3VKG A; 4KP7 A; 4ZQG A; 1RP3 A; 5EV7 A; 2EBF X; 3AUA A; 5JMW A; 3B2P A; 4JND A; 2VF1 A; 1K8T A; 1PK0 A; 1K93 A; 4XN1 A; 3ZI0 A; 2WZF A; 4P79 A; 2A7O A; 4G97 A; 4L2L A; 1Q0Q A; 2EBH X; 1XFX A; 3CHQ A; 1JVS A; 4ARF A; 3Q44 A; 3CHO A; 4R5X A; 2AO2 A; 4QIC A; 1SG7 A; 4OOF A; 3FUD A; 4XO4 A; 2LFW A; 3ANN A; 2GBB A; 4HKS A; 5FWQ A; 3FTW A; 3UER A; 4AI6 A; 3FU0 A; 4ZX5 A; 5JO0 A; 5JC1 A; 2FFL A; 4Q4E A; 3U9W A; 5GJW E; 1MW1 A; 3FUF A; 4QPE A; 2FP2 A; 4J3B A; 3FTV A; 1H19 A; 3B7R L; 2QR4 A; 5JBI A; 2Y1F A; 3FUM A; 4AKG A; 4XMU A; 1XFV A; 5JNL A; 3Q22 A; 4K5L A; 5HNH A; 3FH7 A; 3ZHX A; 4A03 A; 4XMV A; 3FTU A; 4XN7 A; 4ZW7 A; 3VKH A; 4MKT A; 4ZX4 A; 3Q43 A; 3FUL A; 3CZL A; 3WQS B; 4QUO A; 2PGG A; 4ZW5 A; 3FUE A; 4PU2 A; 3KML A; 3A06 A; 4CXF A; 1XFU A; 4AR8 A; 5JAZ A; 2WPG A; 4RCV A; 4ZW8 A; 2VLA A; 4XO3 A; 4OOE A; 4XN9 A; 3EBG A; 3RC3 A; 2HPO A; 1XFY A; 3R0I A; 2C82 A; 4FF2 A; 3JT1 A; 1GW6 A; 4XN5 A; 4XN8 A; 4Y6R A; 5DYF A; 2Y1E A; 4DPR A; 3RAS A; 4NQW A; 2R70 A; 3CZG A; 4XMT A; 4X2U A; 2R59 A; 4XNA A; 2JCV A; 1T1R A; 3FUK A; 5DLL A; 1ONP A; 4XMZ A; 3AU9 A; 4PW4 A; 2EGH A; 3B7U X; 3T8V A; 3FTZ A; 4RVB A; 4FF1 A; 3CZK A; 3B37 A; 1Q0L A; 1OR7 A; 3CIA A; 1MVY A; 3ZHY A; 3B7S A; 2ZXG A; 3FU3 A; 4AIC A; 3T0Y A; 2R72 A; 3B7T A; 4RSY A; 2EC5 A; 1MW2 A; 4FZ4 A; 1ZS2 A; 4K5O A; 3FU6 A; 1ONN A; 3CHR A; 4GAA A; 1R0L A; 2F6L A; 1ONO A; 3CHS A; 1XFZ A; 4ZQT A; 1Q0H A; 3FUI A; 4ZQE A; 1JGI A; 2FP1 A; 3C2P A; 2JCY A; 4AKH A; 3FU5 A; 2JD2 A; 3QJX A; 4KS9 A; 1MW0 A; 2JV7 A; 4FLQ A; 5HNF A; 1R0K A; 5DUL A; 2YGW A; 3Q24 A; 3KED A;
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