The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
308
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structure length |
308
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Chain Sequence |
NTKEAWWKVLWEKIKDFFFSTGKAKADRCLHEMLFAERAPTRERLTEIFFELKELACASQRDRFQVHNPHENDATIILRIMDQNEENELLRITQNTDTFSCEVMGNLYFLMKDRPDILKSHPQMTAMIKRRYSEIVDYPLPSTLCLNPAGAPILSVPLDNIEGYLYTELRKGHLDGWKAQEKATYLAAKIQSGIEKTTRILHHANISESTQQNAFLETMAMCGLKQLEIPPPHTHIPIEKMVKEVLLADKTFQAFLVTDPSTSQSMLAEIVEAISDQVFHAIFRIDPQAIQKMAEEQLTTLHVRSEQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interaction between the SifA virulence factor and its host target skip is essential for salmonella pathogenesis
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| molecule tags |
Signaling protein
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| molecule keywords |
Protein sifA
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| total genus |
85
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| structure length |
308
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| sequence length |
308
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06767 | Sif | Sif protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A | Secreted effector protein SifA helical domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | Salmonella typhimurium protein | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Secreted effector protein SifA fold | Secreted effector protein SifA |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CXB A; 3HW2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZX9 A; 1X2H A; 3QPE A; 2VJ8 A; 3VC6 A; 3R25 A; 4H4Z A; 3DER A; 2GDQ A; 3NVY B; 3GRT A; 1OEP A; 4DHG A; 2XPZ A; 5FWQ A; 3UGV A; 1N5W C; 4K1W A; 3RCY A; 4FLQ A; 1VQZ A; 3SN4 A; 4KPL A; 4ZQE A; 1MDR A; 4AIC A; 2PP1 A; 3EBI A; 2BC1 A; 1ONP A; 3UCQ A; 4QME A; 3ANN A; 3A7R A; 2P8C A; 4H4U A; 4IT1 A; 4QIR A; 1IYX A; 4HCL A; 3RRA A; 2WOI A; 1NEL A; 2WP6 A; 4J56 A; 3RAS A; 4QHP A; 2V6O A; 5HNH A; 4XO3 A; 3FUD A; 2X50 A; 3FTU A; 3MUC A; 1KKR A; 4H1Z A; 3CZL A; 4PW4 A; 3NFU A; 1JEH A; 3EKG A; 4LII A; 4M6U A; 3FUJ A; 1F3P A; 3A14 A; 3N6J A; 4L2L A; 1FIQ B; 2GRT A; 1EC8 A; 3KED A; 3GRS A; 1H3L A; 1N60 C; 3DFH A; 3FUK A; 3D47 A; 4XMW A; 2YVF A; 2BC0 A; 2JD2 A; 3JVA A; 4QPE A; 3EAO A; 3TQP A; 1JOA A; 1ZXI C; 4GME A; 2QJ1 A; 3UJE A; 3HPF A; 4HN8 A; 3FTS A; 2PMQ A; 4GYP A; 2B61 A; 4MS6 A; 4NEV A; 3QFA A; 4ZQT A; 5HLT A; 4G7F A; 4ROP A; 2EQ6 A; 2C3D A; 1RVK A; 4XN4 A; 2WOW A; 3VC5 A; 4EQS A; 5DLL A; 5FS7 A; 1F9C A; 2Y1E A; 2EQ9 A; 2PSN A; 4ZCW A; 4K2S A; 4A35 A; 3FTV A; 2GR3 A; 3DH9 A; 3FTW A; 2ZZC A; 3ZI0 A; 3ZHY A; 4ZX5 A; 4AR8 A; 2QVW A; 2XH7 A; 3QFB A; 3JSZ A; 3FG2 P; 2A8X A; 4XMX A; 5JCM A; 4A03 A; 3S47 A; 3OTR A; 2OLA A; 3SN1 A; 2PCE A; 1W6T A; 4K8D A; 3FH7 A; 1XDI A; 4E4F A; 1Q1W A; 2YAU A; 5U25 A; 1NHR A; 2WPE A; 1ZMC A; 2XSX A; 1JRP A; 3R10 A; 2NQL A; 3RC8 A; 2PTW A; 3IJI A; 2MNR A; 4DPR A; 2FKP A; 3HW2 A; 2MAO A; 4RVB A; 4ZQH A; 4DXK A; 3B7S A; 5JC1 A; 2R59 A; 4X2U A; 3VA8 A; 1ZDL A; 2AL2 B; 5JBI A; 4XN2 A; 1WYG A; 5AEN A; 2DW6 A; 3FJ4 A; 3ZHZ A; 1MW3 A; 4ZX6 A; 1XPY A; 4OOE A; 2I5Q A; 3ETR B; 4LUP A; 3V5C A; 3DIP A; 4H4V A; 4HCD A; 1WUE A; 3JT1 A; 4OOF A; 2FYM A; 3UXL A; 3A7U A; 3JW7 A; 4HYR A; 3DFY A; 1BWC A; 3GD6 A; 3FUN A; 2WBA A; 2JCY A; 3QTP A; 4IHC A; 2AL1 A; 1EC7 A; 6ENL A; 2QDD A; 4Z1Y A; 1ZY8 A; 2HQM A; 2JD1 A; 4X2P A; 4MMW A; 1SG7 A; 3B9J B; 2OG9 A; 5JRB A; 2ZC8 A; 2OFJ A; 4YWS A; 1GRF A; 3CT2 A; 1BZL A; 3H70 A; 3DDM A; 3P3B A; 3RR1 A; 3LB8 A; 1N62 C; 3OPS A; 1EBG A; 1GRB A; 4XND A; 4KWS A; 3UJF A; 1MW1 A; 4DNA A; 3CXB A; 3HRD C; 4Q4I A; 1GET A; 4EM3 A; 3QN3 A; 1BQG A; 4ZW8 A; 3CGE A; 4H4P A; 5FS9 A; 1ONN A; 3S5S A; 3CGB A; 4H4R A; 3UCD A; 2XH0 A; 4KEM A; 4DYE A; 3V5F A; 3IK4 A; 3FYY A; 1GER A; 1GRH A; 1HS6 A; 2JCX A; 2GQW A; 3LAD A; 3FH8 A; 2XH2 A; 2WZG A; 4ARF A; 2PGW A; 4EMW A; 3CB3 A; 2QDE A; 4MKT A; 3MWC A; 3ZVI A; 3WQS B; 2W3R A; 1K4Q A; 4DN1 A; 3UCC A; 3R1Z A; 2F5Z A; 3FXG A; 3OZM A; 2QQ6 A; 5JMP A; 4E6M A; 3NVW B; 1X2G A; 4H4X A; 2QJM A; 2VLA A; 2OZ3 A; 3DES A; 3NZG A; 2V3A A; 3BOX A; 3GC2 A; 3B7R L; 1MO9 A; 4GIS A; 1LPF A; 1ZMD A; 3JZU A; 4YWO A; 1GV4 A; 3T8Q A; 3GO2 A; 2JD0 A; 3TW9 A; 3IC9 A; 3FTZ A; 3B7U X; 3FU3 A; 1JRO A; 1MOK A; 4J1O A; 3T8V A; 4ZW5 A; 5JCK A; 4NEW A; 1P43 A; 4K8G A; 1LVL A; 4FLO A; 3DG7 A; 2HPT A; 1SB3 B; 1R0M A; 7ENL A; 3B37 A; 3FUM A; 4Y6S A; 1PDY A; 2GR0 A; 4JN8 A; 3B7T A; 4J57 A; 1ONE A; 4PU2 A; 1DTN A; 2QAE A; 3O0H A; 3DGB A; 2ZXG A; 1JG9 A; 2GTQ A; 4TVW A; 2HNE A; 1SJD A; 1TE6 A; 1R0L A; 2OVL A; 2OX4 A; 4H4W A; 3CGD A; 2DQM A; 4HPN A; 3Q44 A; 4J3Z A; 4APN A; 1PDZ A; 4BUR A; 4H19 A; 3UJR A; 1K5H A; 3FHE A; 3SQP A; 3CZG A; 5J04 A; 1GXF A; 5KVH A; 1GRE A; 4IP4 A; 3EBG A; 1Q0L A; 2PTY A; 3UER A; 3DG3 A; 2PGG A; 2RAB A; 1FEA A; 3VCC A; 1TYP A; 3EF6 A; 3P93 A; 1AOG A; 2Y1G A; 5FS8 A; 4HCH A; 5ENL A; 3EAN A; 4QUO A; 3UXK A; 1ZKQ A; 2PGE A; 1DNC A; 1MVY A; 4JN7 A; 5HNF A; 1G5A A; 3R0U A; 1R6W A; 1NHS A; 4MKS A; 2GR1 A; 4GGH A; 3V3W A; 3NXL A; 3PK7 A; 4BV6 A; 2V3B A; 4FCA A; 1S7M A; 2Y1F A; 3H4K A; 4H83 A; 4R5V A; 3FUH A; 2YVJ A; 3PUU A; 3FTX A; 1YQZ A; 1VDV A; 4K7Z A; 1FHV A; 4H4T A; 3OW1 A; 1Q0H A; 2C3C A; 2YVG A; 1OJT A; 1WUF A; 3ES7 A; 3MY9 A; 4EMJ A; 2GGI A; 2POD A; 4ENL A; 4ZW7 A; 3FUE A; 3EUB 3; 3T4W A; 3H12 A; 3FU5 A; 2DQ6 A; 4KPR A; 3N4E A; 3P0W A; 4XN5 A; 2XPY A; 1OR7 A; 1R0K A; 1GRT A; 2YQU A; 1T1R A; 3OC4 A; 3B2P A; 3T0Y A; 3FTY A; 1STZ A; 4E4U A; 5DYF A; 2PPG A; 3QLD A; 2WOV A; 2EQ7 A; 2GH5 A; 3IJL A; 1P48 A; 1MUC A; 3SQS A; 3SBF A; 3FH5 A; 5FJT A; 3VFC A; 5EBK A; 4K5M A; 5FS6 A; 1MRA A; 2RDX A; 2E5A A; 3IJQ A; 1KKO A; 2P88 A; 1FHU A; 3RC3 A; 1ZK7 A; 2AKZ A; 3AMZ A; 5EV7 A; 4ZX3 A; 2PA6 A; 4ZX4 A; 2Y1D A; 4R5T A; 4EQR A; 1MW2 A; 1TKK A; 2C82 A; 1JDF A; 3L5O A; 1NHQ A; 1T3Q C; 3MQT A; 5G5G B; 1GEU A; 1NU5 A; 4ZA0 A; 3RNM A; 5JO0 A; 4ZW3 A; 4XMZ A; 3KLJ A; 5IDZ A; 1V97 A; 2JCV A; 3SJN A; 4XN7 A; 4AYS A; 1EC9 A; 2O7G A; 4BKX A; 1RM6 B; 4XO4 A; 3MZN A; 1FO4 A; 4E5T A; 3T9P A; 3CHP A; 2AAQ A; 3QKE A; 4Y6R A; 3ENL A; 4XN8 A; 3R0I A; 4R5X A; 3DJG X; 3ZVH B; 1GW6 A; 4CXF A; 3VVL A; 4G8T A; 3EBH A; 2GGH A; 4GRT A; 3DGH A; 2RJI A; 5FJO A; 2OZ8 A; 3V4B A; 2OQH A; 1SJA A; 1X3W A; 3FUF A; 3CHQ A; 2HXU A; 1RP3 A; 4K5P A; 2J3N A; 2OKT A; 2P0I A; 3CIA A; 3Q6J A; 4LA1 A; 5BOE A; 1YEY A; 3FUI A; 1FFU C; 3ZLF A; 2EQ8 A; 3SR6 B; 4JND A; 2HZG A; 3AN1 A; 2WPG A; 2BCP A; 2QGY A; 2OPJ A; 4JDR A; 1NDA A; 3EEZ A; 1XHC A; 3TTE A; 2CFY A; 1N63 C; 3RO6 A; 3PG6 A; 1FEB A; 2MAP A; 2WZF A; 3CYJ A; 3CGC A; 3SSZ A; 4IZG A; 4ZOH B; 5KVI A; 1MW0 A; 3VCN A; 4H4S A; 3DK8 A; 3H7V A; 3Q43 A; 1ONF A; 4XN1 A; 2ZZB A; 1N5X A; 1FEC A; 5G5H B; 1BKH A; 5TR3 A; 1H2I A; 4GAA A; 4M0X A; 3STP A; 4XMT A; 1EBH A; 1V59 A; 2GR2 A; 2MUC A; 2POZ A; 3MSY A; 2GSH A; 4ZQG A; 5FJP A; 3DG6 A; 2DW7 A; 2QJJ A; 3I6T A; 4H50 A; 3B97 A; 4K5O A; 2PTX A; 1H19 A; 2HPO A; 3D46 A; 3ES8 A; 1L8P A; 4JQ9 A; 3UJS A; 3TJ4 A; 3LXD A; 3TCS A; 2WPC A; 3H8A A; 4FLR A; 1S46 A; 1DXL A; 1GRG A; 3PFR A; 3RGT A; 4KP7 A; 4HNC A; 3ZLH A; 5JCL A; 1GRA A; 4GIR A; 3FU6 A; 3GD4 A; 4KT2 A; 3K1G A; 1SC5 A; 3TWB A; 4XN9 A; 1KCZ A; 3AUA A; 2E3T A; 2XH4 A; 4AR1 A; 4GAE A; 3OZY A; 3U9I A; 3TWA A; 1XS2 A; 4GGB A; 3L8K A; 3R0K A; 3TJI A; 4EMI A; 2ZZ0 A; 4Y67 A; 4A6G A; 2GGE A; 4FP1 A; 2C5Z A; 1X3Z A; 2OO6 A; 1JGI A; 4K5L A; 3A06 A; 3DK4 A; 5EU9 A; 3B3B A; 4XNA A; 3II4 A; 2QJN A; 4ADW A; 4E8G A; 4J3B A; 1JVS A; 5JAZ A; 1NPX A; 2R72 A; 1SJC A; 3UJ2 A; 2X8G A; 4EQW A; 4Y6P A; 1N61 C; 4H2H A; 2X99 A; 3BSM A; 4F4R A; 3ZVH A; 1E9I A; 4H4Y A; 2JV7 A; 4XMU A; 3WQR A; 2GGJ A; 3B34 A; 3SN0 A; 4AR9 A; 1KN0 A; 4IL2 A; 2PP3 A; 3QJX A; 5GRT A; 1M6I A; 2PU0 A; 4EQX A; 3N4F A; 3AM9 A; 2A7O A; 3AU8 A; 1H6V A; 2XQ0 A; 3CK5 A; 3GD3 A; 1XAN A; 3FCP A; 5BPP A; 3I4K A; 3FUL A; 2NPX A; 2W54 A; 2R70 A; 2Y1C A; 3Q45 A; 1T1S A; 4FDC B; 3N6H A; 5FMH A; 4Q4E A; 3VDG A; 2JK6 A; 5JCN A; 4R7L A; 2HXT A; 5ER0 A; 2ZAD A; 2PTZ A; 1TYT A; 3DK9 A; 4A3R A; 1MDL A; 2NVK X; 4M52 A; 5FJR A; 2PP0 A; 3ZLG A; 4K5N A; 4GR1 A; 2AKM A; 3DJJ A; 4FI4 A; 2W55 A; 2TPR A; 3THU A; 2FFL A; 1SJB A; 3CAW A; 3OP2 A; 3CZE A; 2PUS A; 2ONE A; 1ONO A; 2R9Z A; 2GL5 A; 3NVV B; 3ANM A; 4EM4 A; 5FJU A; 2WP5 A; 1JPM A; 3A7A A; 3UEQ A; 3FVD A; 3DGZ A; 4DX3 A; 2CDU A; 3AU9 A; 1Q1R A; 2GGG A; 5JMW A; 3VVM A; 3NS1 B; 3TOY A; 3Q4D A; 3PWG A; 1ZS2 A; 4FX9 A; 4IL0 A; 3ANL A; 1FFV C; 3FV9 A; 2PU1 A; 2EGH A; 3CZK A; 1GSN A; 1F8W A; 3BJS A; 4FLS A; 1ECQ A; 1D7Y A; 2QVH A; 2O56 A; 4IP5 A; 3NRZ B; 3IIE A; 2AL2 A; 1JCT A; 1KD0 A; 1JPD X; 2WPF A; 4H4Q A; 3R07 C; 2W3S A; 4MGG A; 2X8C A; 4TVY A; 4RCV A; 3CHS A; 3CXO A; 3MKC A; 3R11 A; 4DWD A; 3WQQ A; 3I6E A; 3RIT A; 4PVB A; 3URH A; 4HNL A; 2OZT A; 2PS2 A; 3NVZ B; 4RSY A; 4JHM A; 1GES A; 2P8B A; 2PL5 A; 3T6C A; 3FU0 A; 1Q0Q A; 3PWI A; 4XNB A; 3U4F A; 4GYP C; 4ZN6 A; 5JNL A; 3GY1 A; 4GFI A; 3ZHX A; 5U1O A; 4NQW A; 4XO5 A; 3DEQ A; 1TZZ A; 3KUM A; 4XMV A; 1ELS A; 2W0H A; 3D9X A; 1EBD A; 3NO1 A; 5JCI A; 4ZQF A; 3CHR A; 5DUL A; 2CHR A; 3B2X A; 4EWJ A; 2P3Z A; 4Z17 A; 1SQM A; 5BOF A; 3CHO A; 1MNS A; 3U9W A; 2X8H A; 1NHP A; 2XGZ A; 2OQY A; 4ZW6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3CXB A; 3HW2 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
