The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
EATKARIFEAAVAEFARHGIAGARIDRIAAEARANKQLIYAYYGNKGELFASVLEKKMLDLAISVPVDPDDIEGWIDRLLDYHAAHPELLRLLFWEGMEYGTAELPHEAERQEHYARKVAAVRDGQERGVITDAIPAPDLLFLLVAMANWAVVVPQMKRILVGGGDAGTDGLRDSIKKAARRIVDR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
SCO4008, a Putative TetR Transcriptional Repressor from Streptomyces coelicolor A3(2), Regulates Transcription of sco4007 by Multidrug Recognition.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
putative tetR family regulatory protein
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| molecule tags |
Gene regulation
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| source organism |
Streptomyces coelicolor
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| total genus |
64
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00440 | TetR_N | Bacterial regulatory proteins, tetR family |
| A | PF17926 | TetR_C_21 | Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JT0 A; 3NNR A; 3O8H A; 4AF5 A; 5K58 A; 2TCT A; 2NP3 A; 4GFL A; 3LJL A; 5FHP A; 4D7N A; 2UXH A; 3G1O A; 3GEU A; 5F0F A; 2XB5 A; 2HYT A; 4NEL A; 4ABZ A; 3G1L A; 3BR6 A; 1UI6 A; 2G0E A; 2JJ7 A; 2HXO A; 2RAE A; 3VPR A; 2HQ5 A; 3BQY A; 3MVP A; 2OPT A; 4L62 A; 1VI0 A; 2Y30 A; 3CWR A; 3TP0 A; 2YVH A; 3V78 A; 5CXG A; 2O7T A; 3HTI A; 5J3L A; 3EGQ A; 2XRL A; 3RH2 A; 4NN1 A; 4I6Z A; 2OI8 A; 2VKE A; 4D5F A; 1RPW A; 1JUP A; 3NPI A; 3DCF A; 4MXM A; 3LSP A; 4GFK A; 3VVY A; 5F04 A; 5CW8 A; 2PBX A; 2FX0 A; 3KZ9 A; 4XK4 A; 3G1M A; 2V57 A; 2RAS A; 3BNI A; 5J1R A; 4ACI A; 3B81 A; 1ZK8 A; 3BTL A; 2F07 A; 2XPV A; 2QTQ A; 5FGL A; 2QIB A; 2PZ9 A; 3F0C A; 3HIM A; 3PAS A; 2IU5 A; 1QVT A; 4ICH A; 3VW1 A; 3AQS A; 3WHC A; 5FKN A; 5K7Z A; 1JUS A; 4CGR A; 1ORK A; 3KKD A; 5CXI A; 2DG7 A; 2FQ4 A; 3HTH A; 3NI7 A; 2G7G A; 1JTX A; 3P9T A; 1BJZ A; 1RKT A; 4MK6 A; 2G7S A; 2NS7 A; 2VPR A; 5K7F A; 5DAJ A; 2OER A; 3ON2 A; 3FK6 A; 2ZCM A; 3Q0V A; 5EYR A; 3IH3 A; 1A6I A; 1QPI A; 3DPJ A; 2XDN A; 3NRG A; 3TP3 A; 3LWJ A; 5F08 A; 5EZH A; 5HAW A; 2X6O A; 3HTJ A; 5FKL A; 3QKX A; 4KWA A; 4M3G A; 3ZQG A; 3FRQ A; 3O8G A; 1SGM A; 1JUM A; 2ZCX A; 5GPA A; 3FK7 A; 2Y31 A; 3RD3 A; 5J1Y A; 2WUI A; 3ANG A; 3HE0 A; 3LOC A; 5K7H A; 4ME9 A; 3F1B A; 4AC0 A; 4AUX A; 3S5R A; 3VOK A; 2VKV A; 5D18 A; 1QVU A; 2XGD A; 2X9D A; 3G56 A; 1JT6 A; 3BR1 A; 3BT9 A; 3COL A; 3BR0 A; 3LSJ A; 3Q0U A; 4JL3 A; 2QKO A; 2G3B A; 2UXP A; 3BR5 A; 5F0H A; 2QCO A; 4W1U A; 3BR2 A; 3CCY A; 3SDG A; 5F27 A; 1ZKG A; 3BTI A; 2ZCN A; 3VVZ A; 2GEN A; 5J1U A; 3BQZ A; 5EFY A; 3BRU A; 5IOY A; 3IH4 A; 5FMP A; 5HSZ A; 3Q3S A; 1Z0X A; 3VIB A; 2D6Y A; 3WHB A; 3PPB A; 4D7M A; 5AQC A; 3FIW A; 3SFI A; 5F1J A; 5FKK A; 2HKU A; 3BTJ A; 5HBU A; 1Z77 A; 2DG8 A; 2QOP A; 3VVX A; 4V2G A; 2ID6 A; 5H9T A; 3QQA A; 3LSR A; 5C4Y A; 3B6C A; 1T56 A; 1U9N A; 3IUV A; 2FJ1 A; 3O60 A; 5F0C A; 3HGY A; 5D1R A; 3HTA A; 2GUH A; 3CRJ A; 3VP5 A; 2WV1 A; 3HGG A; 2O7O A; 3ZQI A; 3B6A A; 2IBD A; 3ON4 A; 5IOZ A; 3ANP A; 2GBY A; 2UXI A; 4X1E A; 2Y2Z A; 5FKO A; 4PXI A; 3T6N A; 3VW0 A; 3BCG A; 3QPS A; 2FD5 A; 2GFN A; 3VW2 A; 4JKZ A; 4JNN A; 2IAI A; 3QBM A; 2FBQ A; 3DEW A; 4HKU A; 1U9O A; 3KKC A; 3JSJ A; 4W97 A; 3VOX A; 1JTY A; 4D5C A; 4GCT A; 3PM1 A; 3Q0W A; 3VUQ A; 4B3A A; 3CJD A; 3ZQL A; 2Q24 A; 2ZOZ A; 3AQT A; 2REK A; 5GP9 A; 3GZI A; 2DTZ A; 4MO7 A; 1T33 A; 2WGB A; 4YZE A; 2JK3 A; 2ID3 A; 4G12 A; 3C07 A; 2G7L A; 3G7R A; 3BTC A; 4JYK A; 3NXC A; 2EH3 A; 1RKW A; 5FKM A; 2TRT A; 3KNW A; 4M3E A; 2NS8 A; 3V6G A; 5IP6 A; 4AC6 A; 3CDL A; 2UXU A; 4GCL A; 2NX4 A; 3BJB A; 2RHA A; 4V2F A; 3C2B A; 3BHQ A; 2IEK A; 3BR3 A; 2W53 A; 3EUP A; 3E7Q A; 2I10 A; 3ZQH A; 3LHQ A; 2QWT A; 1UI5 A; 2XPW A; 2ZB9 A; 2XGC A; 2UXO A; 2XPU A; 4GCK A; 2XGE A; 5GPC A; 4DW6 A; 3IH2 A; 4M3B A; 4I76 A; 5IPA A; 3ZQF A; 5EZG A; 4UDS A; 2OF7 A; 5D19 A; 2HYJ A; 4M3D A; 4M3F A; 3MNL A; 4B1R A; 2NP5 A; 2YVE A; 2ZOY A; 3QPL A; 2HXI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FJI 1; 1JT0 A; 3NNR A; 3O8H A; 4AF5 A; 5K58 A; 2TCT A; 2NP3 A; 2R7W A; 4GFL A; 2R7S A; 3LJL A; 5FHP A; 4D7N A; 2UXH A; 3G1O A; 3GEU A; 5F0F A; 2XB5 A; 2HYT A; 4NEL A; 4ABZ A; 3G1L A; 3BR6 A; 1UI6 A; 2G0E A; 2JJ7 A; 2HXO A; 2RAE A; 3VPR A; 2HQ5 A; 3BQY A; 3MVP A; 2OPT A; 4L62 A; 1VI0 A; 4DVY P; 2Y30 A; 3CWR A; 3TP0 A; 2YVH A; 3V78 A; 5CXG A; 2O7T A; 3HTI A; 4U9L A; 2R7T A; 5J3L A; 3EGQ A; 2XRL A; 3RH2 A; 4NN1 A; 4IRV A; 4I6Z A; 2OI8 A; 2VKE A; 4D5F A; 1RPW A; 1JUP A; 3NPI A; 3DCF A; 4MXM A; 3LSP A; 4GFK A; 3VVY A; 5F04 A; 5CW8 A; 2PBX A; 2FX0 A; 3KZ9 A; 4XK4 A; 3G1M A; 2V57 A; 2RAS A; 3BNI A; 5J1R A; 4ACI A; 3B81 A; 1ZK8 A; 3BTL A; 2F07 A; 2XPV A; 2QTQ A; 5FGL A; 2QIB A; 2R7X A; 2PZ9 A; 3F0C A; 3HIM A; 3PAS A; 2IU5 A; 3K8P C; 1QVT A; 4ICH A; 3VW1 A; 3AQS A; 3WHC A; 5FKN A; 5K7Z A; 1JUS A; 4CGR A; 1ORK A; 3KKD A; 5CXI A; 2DG7 A; 2FQ4 A; 3HTH A; 3NI7 A; 2G7G A; 1JTX A; 3P9T A; 1BJZ A; 1RKT A; 4MK6 A; 2G7S A; 2NS7 A; 4C2M A; 2VPR A; 5K7F A; 5DAJ A; 2OER A; 3ON2 A; 3FK6 A; 2ZCM A; 3Q0V A; 5CQG A; 3SWH A; 5EYR A; 3IH3 A; 1A6I A; 1QPI A; 3DPJ A; 2XDN A; 3NRG A; 3TP3 A; 3LWJ A; 5F08 A; 5EZH A; 5HAW A; 2X6O A; 3HTJ A; 5FKL A; 3QKX A; 4KWA A; 4M3G A; 3ZQG A; 3FRQ A; 3O8G A; 1SGM A; 3FHN A; 1JUM A; 2ZCX A; 5GPA A; 3VTI A; 3FK7 A; 2Y31 A; 3RD3 A; 5J1Y A; 2WUI A; 3ANG A; 3HE0 A; 3LOC A; 5K7H A; 4ME9 A; 3F1B A; 4AC0 A; 4AUX A; 3S5R A; 3VOK A; 2VKV A; 5D18 A; 1QVU A; 2XGD A; 2X9D A; 2B1E A; 3G56 A; 1JT6 A; 3BR1 A; 3BT9 A; 3COL A; 3BR0 A; 3LSJ A; 3Q0U A; 4JL3 A; 2QKO A; 2G3B A; 2UXP A; 3BR5 A; 5F0H A; 2QCO A; 4W1U A; 3BR2 A; 3CCY A; 3SDG A; 5F27 A; 1ZKG A; 2R7U A; 3BTI A; 2ZCN A; 3VVZ A; 2GEN A; 5J1U A; 3BQZ A; 5EFY A; 3BRU A; 5IOY A; 3IH4 A; 5FMP A; 5HSZ A; 3Q3S A; 1Z0X A; 3VIB A; 2D6Y A; 3WHB A; 3PPB A; 4D7M A; 5AQC A; 3FIW A; 3SFI A; 5F1J A; 5FKK A; 2HKU A; 3BTJ A; 5HBU A; 4WIB A; 1Z77 A; 2DG8 A; 2QOP A; 3VVX A; 4V2G A; 2ID6 A; 2PFV A; 5H9T A; 3QQA A; 3LSR A; 5C4Y A; 3B6C A; 1T56 A; 1U9N A; 3IUV A; 2FJ1 A; 3O60 A; 5F0C A; 3HGY A; 5D1R A; 3HTA A; 2GUH A; 3CRJ A; 3VP5 A; 2WV1 A; 3HGG A; 2O7O A; 3ZQI A; 3B6A A; 2IBD A; 3ON4 A; 5IOZ A; 3ANP A; 2GBY A; 2UXI A; 4X1E A; 2Y2Z A; 5FKO A; 4PXI A; 3T6N A; 4OD5 A; 3VW0 A; 3BCG A; 3QPS A; 3KYL A; 3DU6 A; 2FD5 A; 2GFN A; 2YVX A; 3VW2 A; 4JKZ A; 3DU5 A; 4JNN A; 2IAI A; 3QBM A; 2FBQ A; 3DEW A; 4HKU A; 1U9O A; 3KKC A; 3JSJ A; 4W97 A; 3VOX A; 1JTY A; 4D5C A; 4GCT A; 2B3W A; 3PM1 A; 4U9N A; 3Q0W A; 3VUQ A; 4B3A A; 3CJD A; 3ZQL A; 2Q24 A; 2ZOZ A; 3AQT A; 2REK A; 5GP9 A; 3GZI A; 2DTZ A; 4MO7 A; 1T33 A; 2WGB A; 4YZE A; 2JK3 A; 2ID3 A; 4G12 A; 2R7O A; 3C07 A; 2G7L A; 3G7R A; 3BTC A; 4JYK A; 3NXC A; 2EH3 A; 1RKW A; 5FKM A; 2TRT A; 3KNW A; 4M3E A; 2NS8 A; 3V6G A; 5IP6 A; 4AC6 A; 2R7R A; 3CDL A; 2UXU A; 4GCL A; 2NX4 A; 3BJB A; 2RHA A; 4V2F A; 3C2B A; 3BHQ A; 2IEK A; 3BR3 A; 2W53 A; 3EUP A; 3E7Q A; 2I10 A; 3ZQH A; 3LHQ A; 2R7Q A; 2QWT A; 1UI5 A; 2A2F X; 2XPW A; 2ZB9 A; 2XGC A; 2UXO A; 3NS4 A; 2XPU A; 4GCK A; 2XGE A; 5GPC A; 4DW6 A; 2ZY9 A; 3IH2 A; 4M3B A; 4I76 A; 5IPA A; 3ZQF A; 5EZG A; 4UDS A; 2OF7 A; 5D19 A; 2HYJ A; 4OD4 A; 4M3D A; 4M3F A; 3MNL A; 4B1R A; 2NP5 A; 2YVE A; 2R7V A; 2ZOY A; 3QPL A; 2HXI A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1JT0 A; 3NNR A; 3O8H A; 4AF5 A; 5K58 A; 2TCT A; 2NP3 A; 4GFL A; 3LJL A; 5FHP A; 4D7N A; 2UXH A; 3G1O A; 3GEU A; 5F0F A; 2XB5 A; 2HYT A; 4NEL A; 4ABZ A; 3G1L A; 3BR6 A; 1UI6 A; 2G0E A; 2JJ7 A; 2HXO A; 2RAE A; 3VPR A; 2HQ5 A; 3BQY A; 3MVP A; 2OPT A; 4L62 A; 1VI0 A; 2Y30 A; 3CWR A; 3TP0 A; 2YVH A; 3V78 A; 5CXG A; 2O7T A; 3HTI A; 5J3L A; 3EGQ A; 2XRL A; 3RH2 A; 4NN1 A; 4I6Z A; 2OI8 A; 2VKE A; 4D5F A; 1RPW A; 1JUP A; 3NPI A; 3DCF A; 4MXM A; 3LSP A; 4GFK A; 3VVY A; 5F04 A; 5CW8 A; 2PBX A; 2FX0 A; 3KZ9 A; 4XK4 A; 3G1M A; 2V57 A; 2RAS A; 3BNI A; 5J1R A; 4ACI A; 3B81 A; 1ZK8 A; 3BTL A; 2F07 A; 2XPV A; 2QTQ A; 5FGL A; 2QIB A; 2PZ9 A; 3F0C A; 3HIM A; 3PAS A; 2IU5 A; 1QVT A; 4ICH A; 3VW1 A; 3AQS A; 3WHC A; 5FKN A; 5K7Z A; 1JUS A; 4CGR A; 1ORK A; 3KKD A; 5CXI A; 2DG7 A; 2FQ4 A; 3HTH A; 3NI7 A; 2G7G A; 1JTX A; 3P9T A; 1BJZ A; 1RKT A; 4MK6 A; 2G7S A; 2NS7 A; 2VPR A; 5K7F A; 5DAJ A; 2OER A; 3ON2 A; 3FK6 A; 2ZCM A; 3Q0V A; 5EYR A; 3IH3 A; 1A6I A; 1QPI A; 3DPJ A; 2XDN A; 3NRG A; 3TP3 A; 3LWJ A; 5F08 A; 5EZH A; 5HAW A; 2X6O A; 3HTJ A; 5FKL A; 3QKX A; 4KWA A; 4M3G A; 3ZQG A; 3FRQ A; 3O8G A; 1SGM A; 1JUM A; 2ZCX A; 5GPA A; 3FK7 A; 2Y31 A; 3RD3 A; 5J1Y A; 2WUI A; 3ANG A; 3HE0 A; 3LOC A; 5K7H A; 4ME9 A; 3F1B A; 4AC0 A; 4AUX A; 3S5R A; 3VOK A; 2VKV A; 5D18 A; 1QVU A; 2XGD A; 2X9D A; 3G56 A; 1JT6 A; 3BR1 A; 3BT9 A; 3COL A; 3BR0 A; 3LSJ A; 3Q0U A; 4JL3 A; 2QKO A; 2G3B A; 2UXP A; 3BR5 A; 5F0H A; 2QCO A; 4W1U A; 3BR2 A; 3CCY A; 3SDG A; 5F27 A; 1ZKG A; 3BTI A; 2ZCN A; 3VVZ A; 2GEN A; 5J1U A; 3BQZ A; 5EFY A; 3BRU A; 5IOY A; 3IH4 A; 5FMP A; 5HSZ A; 3Q3S A; 1Z0X A; 3VIB A; 2D6Y A; 3WHB A; 3PPB A; 4D7M A; 5AQC A; 3FIW A; 3SFI A; 5F1J A; 5FKK A; 2HKU A; 3BTJ A; 5HBU A; 1Z77 A; 2DG8 A; 2QOP A; 3VVX A; 4V2G A; 2ID6 A; 5H9T A; 3QQA A; 3LSR A; 5C4Y A; 3B6C A; 1T56 A; 1U9N A; 3IUV A; 2FJ1 A; 3O60 A; 5F0C A; 3HGY A; 5D1R A; 3HTA A; 2GUH A; 3CRJ A; 3VP5 A; 2WV1 A; 3HGG A; 2O7O A; 3ZQI A; 3B6A A; 2IBD A; 3ON4 A; 5IOZ A; 3ANP A; 2GBY A; 2UXI A; 4X1E A; 2Y2Z A; 5FKO A; 4PXI A; 3T6N A; 3VW0 A; 3BCG A; 3QPS A; 2FD5 A; 2GFN A; 3VW2 A; 4JKZ A; 4JNN A; 2IAI A; 3QBM A; 2FBQ A; 3DEW A; 4HKU A; 1U9O A; 3KKC A; 3JSJ A; 4W97 A; 3VOX A; 1JTY A; 4D5C A; 4GCT A; 3PM1 A; 3Q0W A; 3VUQ A; 4B3A A; 3CJD A; 3ZQL A; 2Q24 A; 2ZOZ A; 3AQT A; 2REK A; 5GP9 A; 3GZI A; 2DTZ A; 4MO7 A; 1T33 A; 2WGB A; 4YZE A; 2JK3 A; 2ID3 A; 4G12 A; 3C07 A; 2G7L A; 3G7R A; 3BTC A; 4JYK A; 3NXC A; 2EH3 A; 1RKW A; 5FKM A; 2TRT A; 3KNW A; 4M3E A; 2NS8 A; 3V6G A; 5IP6 A; 4AC6 A; 3CDL A; 2UXU A; 4GCL A; 2NX4 A; 3BJB A; 2RHA A; 4V2F A; 3C2B A; 3BHQ A; 2IEK A; 3BR3 A; 2W53 A; 3EUP A; 3E7Q A; 2I10 A; 3ZQH A; 3LHQ A; 2QWT A; 1UI5 A; 2XPW A; 2ZB9 A; 2XGC A; 2UXO A; 2XPU A; 4GCK A; 2XGE A; 5GPC A; 4DW6 A; 3IH2 A; 4M3B A; 4I76 A; 5IPA A; 3ZQF A; 5EZG A; 4UDS A; 2OF7 A; 5D19 A; 2HYJ A; 4M3D A; 4M3F A; 3MNL A; 4B1R A; 2NP5 A; 2YVE A; 2ZOY A; 3QPL A; 2HXI A;
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