The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
201
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structure length |
201
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Chain Sequence |
AKRPRTRLSPLKRKQQLMEIALEVFARRGIGRGGHADIAEIAQVSVATVFNYFPTREDLVDEVLNHVVRQFSNFLSDNIDLDLHAKENIANITNAMIELVVQDNHWLKVWFEWSASTRDEVWPLFVTTNRTNQLLVQNMFIKAIERGEVCDQHNPEDLANLFHGICYSLFVQANRTNNTAELSKLVSSYLDMLCIYKREHE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of SmcR, a quorum-sensing master regulator of Vibrio vulnificus, provides insight into its regulation of transcription
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SmcR
|
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Vibrio vulnificus
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| total genus |
70
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| structure length |
201
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| sequence length |
201
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| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00440 | TetR_N | Bacterial regulatory proteins, tetR family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W53 A; 3NXC A; 2UXI A; 4HKU A; 2G0E A; 2ZCN A; 3ZQG A; 5FKL A; 2VPR A; 3VPR A; 2FQ4 A; 3VVY A; 3BNI A; 5CXI A; 3LHQ A; 3DCF A; 3FK6 A; 4B3A A; 3VW2 A; 1T33 A; 2ID6 A; 1SGM A; 5GPC A; 2GEN A; 3MVP A; 3BR0 A; 5FKM A; 3LSJ A; 3LJL A; 2DG8 A; 3G1L A; 3KKD A; 3P9T A; 2RAE A; 4ME9 A; 4ACI A; 1U9N A; 1ZK8 A; 3AQT A; 1UI5 A; 2WGB A; 3AQS A; 3COL A; 4D5C A; 4D5F A; 3EGQ A; 3Q3S A; 2PBX A; 3LWJ A; 2ZOZ A; 3F1B A; 3BCG A; 3C07 A; 4KWA A; 2FBQ A; 5IP6 A; 2ZCX A; 3FIW A; 2HXO A; 3IH2 A; 5J3L A; 3IUV A; 1UI6 A; 2WUI A; 3BTI A; 3V78 A; 2JK3 A; 2UXO A; 4AUX A; 1Z77 A; 3QPL A; 1QVT A; 4UDS A; 3EUP A; 3RD3 A; 2DG7 A; 2OF7 A; 2HQ5 A; 5F1J A; 3HIM A; 3BTC A; 3DPJ A; 3BTJ A; 3MNL A; 5J1R A; 4GFK A; 3HTI A; 2GBY A; 1JUS A; 2Q24 A; 5FGL A; 3SDG A; 5H9T A; 3E7Q A; 2ZB9 A; 3HGY A; 2FJ1 A; 4GCT A; 5K7Z A; 5AQC A; 4CGR A; 3BT9 A; 1A6I A; 5FMP A; 2ZOY A; 2QWT A; 5HBU A; 4NEL A; 2VKV A; 3BR1 A; 4L62 A; 3QKX A; 5HSZ A; 3BR2 A; 2GFN A; 2PZ9 A; 3KNW A; 1JT6 A; 3HGG A; 3ZQF A; 4I76 A; 2GUH A; 5FKK A; 1QVU A; 3HTA A; 3CRJ A; 3O60 A; 3G1M A; 2NP3 A; 3CWR A; 3LSP A; 5GP9 A; 5CW8 A; 3PM1 A; 3ZQH A; 3NI7 A; 5D1R A; 3ZQI A; 5DAJ A; 4AC6 A; 4GFL A; 2YVE A; 3G1O A; 2O7T A; 2G7S A; 4I6Z A; 3Q0V A; 2FD5 A; 4B1R A; 2FX0 A; 2F07 A; 5J1Y A; 2OER A; 3S5R A; 3NRG A; 1JTX A; 1ZKG A; 2XRL A; 4V2G A; 2HKU A; 3FK7 A; 3O8H A; 3JSJ A; 4W1U A; 3HE0 A; 3G7R A; 3F0C A; 4M3B A; 3FRQ A; 4V2F A; 3CDL A; 5F0C A; 3ANP A; 2G3B A; 5EFY A; 3WHB A; 4M3G A; 2V57 A; 2ZCM A; 2ID3 A; 2IAI A; 3QPS A; 4W97 A; 3VP5 A; 5FKO A; 2RAS A; 5CXG A; 2NS8 A; 4ICH A; 3Q0U A; 2G7G A; 5F04 A; 5HAW A; 3BR3 A; 3GEU A; 5IOZ A; 4GCL A; 3BQY A; 3T6N A; 2Y31 A; 5F0F A; 2QOP A; 3VIB A; 2I10 A; 3Q0W A; 2REK A; 4YZE A; 3VOK A; 3O8G A; 3VOX A; 4MO7 A; 2UXP A; 3BHQ A; 5J1U A; 2TCT A; 2QTQ A; 5EZG A; 3VVX A; 2HYJ A; 3B6C A; 2G7L A; 3QQA A; 5K7H A; 2WV1 A; 5IPA A; 2RHA A; 4ABZ A; 4JNN A; 2YVH A; 5IOY A; 4JKZ A; 3RH2 A; 3B6A A; 4AC0 A; 2DTZ A; 5GPA A; 5F08 A; 3BJB A; 3ON2 A; 3IH4 A; 3B81 A; 2IU5 A; 2JJ7 A; 2NX4 A; 4G12 A; 4M3D A; 3DEW A; 5K58 A; 1VI0 A; 4D7N A; 2TRT A; 2QCO A; 3QBM A; 1T56 A; 3BR6 A; 3BR5 A; 2XGD A; 4M3F A; 2NP5 A; 3C2B A; 3PPB A; 2XDN A; 2X9D A; 2XPU A; 5FKN A; 2Y2Z A; 3TP3 A; 3KKC A; 2QKO A; 1JT0 A; 2IBD A; 3ON4 A; 4MXM A; 2EH3 A; 3BQZ A; 2OI8 A; 4GCK A; 3V6G A; 1JUM A; 5FHP A; 3G56 A; 5K7F A; 1JUP A; 4AF5 A; 3GZI A; 2UXH A; 3TP0 A; 2VKE A; 5F27 A; 1BJZ A; 3IH3 A; 4M3E A; 3ZQL A; 4MK6 A; 1QPI A; 3ANG A; 1Z0X A; 2NS7 A; 3HTJ A; 1JTY A; 4DW6 A; 2OPT A; 1RKW A; 1ORK A; 5EYR A; 1RPW A; 5EZH A; 3SFI A; 2O7O A; 5D19 A; 2X6O A; 4NN1 A; 4PXI A; 3LOC A; 3KZ9 A; 2XPW A; 5C4Y A; 4X1E A; 1RKT A; 2XGC A; 3BRU A; 3WHC A; 2HXI A; 2UXU A; 3LSR A; 2Y30 A; 3HTH A; 2D6Y A; 2HYT A; 4JYK A; 3VW1 A; 4D7M A; 3NNR A; 3PAS A; 1U9O A; 4JL3 A; 2XGE A; 2IEK A; 3VVZ A; 2XB5 A; 3CCY A; 3VW0 A; 2XPV A; 2QIB A; 3NPI A; 3BTL A; 5F0H A; 5D18 A; 3VUQ A; 3CJD A; 4XK4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W53 A; 3NXC A; 2UXI A; 4HKU A; 2G0E A; 2ZCN A; 3SWH A; 3ZQG A; 5FKL A; 4DVY P; 2VPR A; 3VPR A; 2FQ4 A; 3VVY A; 3BNI A; 5CXI A; 3DU5 A; 3LHQ A; 3DCF A; 3FK6 A; 2FJI 1; 4B3A A; 3VW2 A; 1T33 A; 2ID6 A; 1SGM A; 5GPC A; 2GEN A; 3MVP A; 3BR0 A; 5FKM A; 3LSJ A; 3LJL A; 2DG8 A; 3G1L A; 3KKD A; 3P9T A; 2RAE A; 4ME9 A; 4ACI A; 3KYL A; 1U9N A; 1ZK8 A; 3AQT A; 1UI5 A; 2WGB A; 3AQS A; 4C2M A; 3K8P C; 3COL A; 4D5C A; 4D5F A; 3EGQ A; 3Q3S A; 2PBX A; 3LWJ A; 2ZOZ A; 3F1B A; 3BCG A; 3C07 A; 4KWA A; 2FBQ A; 5IP6 A; 2R7T A; 2ZCX A; 3FIW A; 2HXO A; 3IH2 A; 5J3L A; 3IUV A; 1UI6 A; 2WUI A; 3BTI A; 3V78 A; 2JK3 A; 2UXO A; 4AUX A; 1Z77 A; 3QPL A; 1QVT A; 4UDS A; 3EUP A; 3RD3 A; 2DG7 A; 2OF7 A; 2HQ5 A; 5F1J A; 3HIM A; 3BTC A; 3DPJ A; 3BTJ A; 3MNL A; 5J1R A; 4GFK A; 3HTI A; 2GBY A; 1JUS A; 2Q24 A; 5FGL A; 3SDG A; 5H9T A; 3E7Q A; 2ZB9 A; 3HGY A; 2FJ1 A; 4GCT A; 5K7Z A; 5AQC A; 4CGR A; 3BT9 A; 1A6I A; 5FMP A; 2ZOY A; 2QWT A; 5HBU A; 4NEL A; 2VKV A; 3BR1 A; 4IRV A; 4L62 A; 5CQG A; 3QKX A; 5HSZ A; 3BR2 A; 2GFN A; 2PZ9 A; 3KNW A; 1JT6 A; 3HGG A; 3ZQF A; 3FHN A; 4I76 A; 2GUH A; 5FKK A; 1QVU A; 2R7S A; 3HTA A; 3CRJ A; 3O60 A; 3G1M A; 2NP3 A; 3CWR A; 3LSP A; 5GP9 A; 5CW8 A; 2PFV A; 3PM1 A; 3ZQH A; 3NI7 A; 5D1R A; 3ZQI A; 5DAJ A; 4AC6 A; 4GFL A; 4WIB A; 2YVE A; 3G1O A; 2A2F X; 2O7T A; 2G7S A; 4I6Z A; 3Q0V A; 2FD5 A; 4B1R A; 2FX0 A; 2F07 A; 5J1Y A; 2OER A; 3S5R A; 3NRG A; 1JTX A; 1ZKG A; 2XRL A; 2YVX A; 4V2G A; 2HKU A; 3FK7 A; 3O8H A; 3JSJ A; 4W1U A; 3HE0 A; 3G7R A; 3NS4 A; 3F0C A; 4M3B A; 3FRQ A; 4V2F A; 3CDL A; 5F0C A; 3ANP A; 2R7O A; 2G3B A; 5EFY A; 3WHB A; 4M3G A; 2V57 A; 2ZCM A; 2R7V A; 2ID3 A; 2IAI A; 3QPS A; 4W97 A; 3VP5 A; 5FKO A; 2RAS A; 5CXG A; 2NS8 A; 4ICH A; 3Q0U A; 3DU6 A; 2G7G A; 5F04 A; 5HAW A; 3BR3 A; 3GEU A; 5IOZ A; 4GCL A; 3BQY A; 3T6N A; 2Y31 A; 5F0F A; 2QOP A; 3VIB A; 2I10 A; 3Q0W A; 2REK A; 4YZE A; 3VOK A; 3O8G A; 3VOX A; 2B1E A; 4MO7 A; 2UXP A; 3BHQ A; 4OD4 A; 5J1U A; 2TCT A; 2QTQ A; 5EZG A; 3VVX A; 2HYJ A; 3B6C A; 2G7L A; 3QQA A; 5K7H A; 2WV1 A; 5IPA A; 2RHA A; 4ABZ A; 4JNN A; 2YVH A; 5IOY A; 4JKZ A; 3RH2 A; 3B6A A; 4AC0 A; 2DTZ A; 5GPA A; 5F08 A; 3BJB A; 3ON2 A; 3IH4 A; 3B81 A; 2IU5 A; 2JJ7 A; 2NX4 A; 4G12 A; 2R7Q A; 4M3D A; 2B3W A; 3DEW A; 5K58 A; 2R7U A; 1VI0 A; 4D7N A; 2TRT A; 2QCO A; 3QBM A; 2R7W A; 1T56 A; 3VTI A; 3BR6 A; 3BR5 A; 2XGD A; 4M3F A; 4U9L A; 2NP5 A; 3C2B A; 3PPB A; 2R7X A; 2XDN A; 2X9D A; 2XPU A; 5FKN A; 2Y2Z A; 3TP3 A; 3KKC A; 2QKO A; 1JT0 A; 2IBD A; 3ON4 A; 4MXM A; 2EH3 A; 3BQZ A; 2OI8 A; 4GCK A; 3V6G A; 1JUM A; 5FHP A; 3G56 A; 5K7F A; 1JUP A; 4AF5 A; 3GZI A; 2UXH A; 3TP0 A; 2VKE A; 5F27 A; 1BJZ A; 3IH3 A; 4M3E A; 3ZQL A; 4MK6 A; 1QPI A; 3ANG A; 1Z0X A; 2NS7 A; 3HTJ A; 1JTY A; 4DW6 A; 2OPT A; 1RKW A; 1ORK A; 2R7R A; 5EYR A; 1RPW A; 5EZH A; 3SFI A; 2O7O A; 5D19 A; 2X6O A; 4NN1 A; 4PXI A; 3LOC A; 3KZ9 A; 2XPW A; 5C4Y A; 4X1E A; 1RKT A; 2XGC A; 4U9N A; 2ZY9 A; 3BRU A; 3WHC A; 2HXI A; 2UXU A; 3LSR A; 2Y30 A; 3HTH A; 2D6Y A; 2HYT A; 4JYK A; 3VW1 A; 4D7M A; 3NNR A; 3PAS A; 1U9O A; 4JL3 A; 2XGE A; 2IEK A; 3VVZ A; 2XB5 A; 3CCY A; 4OD5 A; 3VW0 A; 2XPV A; 2QIB A; 3NPI A; 3BTL A; 5F0H A; 5D18 A; 3VUQ A; 3CJD A; 4XK4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2W53 A; 3NXC A; 2UXI A; 4HKU A; 2G0E A; 2ZCN A; 3ZQG A; 5FKL A; 2VPR A; 3VPR A; 2FQ4 A; 3VVY A; 3BNI A; 5CXI A; 3LHQ A; 3DCF A; 3FK6 A; 4B3A A; 3VW2 A; 1T33 A; 2ID6 A; 1SGM A; 5GPC A; 2GEN A; 3MVP A; 3BR0 A; 5FKM A; 3LSJ A; 3LJL A; 2DG8 A; 3G1L A; 3KKD A; 3P9T A; 2RAE A; 4ME9 A; 4ACI A; 1U9N A; 1ZK8 A; 3AQT A; 1UI5 A; 2WGB A; 3AQS A; 3COL A; 4D5C A; 4D5F A; 3EGQ A; 3Q3S A; 2PBX A; 3LWJ A; 2ZOZ A; 3F1B A; 3BCG A; 3C07 A; 4KWA A; 2FBQ A; 5IP6 A; 2ZCX A; 3FIW A; 2HXO A; 3IH2 A; 5J3L A; 3IUV A; 1UI6 A; 2WUI A; 3BTI A; 3V78 A; 2JK3 A; 2UXO A; 4AUX A; 1Z77 A; 3QPL A; 1QVT A; 4UDS A; 3EUP A; 3RD3 A; 2DG7 A; 2OF7 A; 2HQ5 A; 5F1J A; 3HIM A; 3BTC A; 3DPJ A; 3BTJ A; 3MNL A; 5J1R A; 4GFK A; 3HTI A; 2GBY A; 1JUS A; 2Q24 A; 5FGL A; 3SDG A; 5H9T A; 3E7Q A; 2ZB9 A; 3HGY A; 2FJ1 A; 4GCT A; 5K7Z A; 5AQC A; 4CGR A; 3BT9 A; 1A6I A; 5FMP A; 2ZOY A; 2QWT A; 5HBU A; 4NEL A; 2VKV A; 3BR1 A; 4L62 A; 3QKX A; 5HSZ A; 3BR2 A; 2GFN A; 2PZ9 A; 3KNW A; 1JT6 A; 3HGG A; 3ZQF A; 4I76 A; 2GUH A; 5FKK A; 1QVU A; 3HTA A; 3CRJ A; 3O60 A; 3G1M A; 2NP3 A; 3CWR A; 3LSP A; 5GP9 A; 5CW8 A; 3PM1 A; 3ZQH A; 3NI7 A; 5D1R A; 3ZQI A; 5DAJ A; 4AC6 A; 4GFL A; 2YVE A; 3G1O A; 2O7T A; 2G7S A; 4I6Z A; 3Q0V A; 2FD5 A; 4B1R A; 2FX0 A; 2F07 A; 5J1Y A; 2OER A; 3S5R A; 3NRG A; 1JTX A; 1ZKG A; 2XRL A; 4V2G A; 2HKU A; 3FK7 A; 3O8H A; 3JSJ A; 4W1U A; 3HE0 A; 3G7R A; 3F0C A; 4M3B A; 3FRQ A; 4V2F A; 3CDL A; 5F0C A; 3ANP A; 2G3B A; 5EFY A; 3WHB A; 4M3G A; 2V57 A; 2ZCM A; 2ID3 A; 2IAI A; 3QPS A; 4W97 A; 3VP5 A; 5FKO A; 2RAS A; 5CXG A; 2NS8 A; 4ICH A; 3Q0U A; 2G7G A; 5F04 A; 5HAW A; 3BR3 A; 3GEU A; 5IOZ A; 4GCL A; 3BQY A; 3T6N A; 2Y31 A; 5F0F A; 2QOP A; 3VIB A; 2I10 A; 3Q0W A; 2REK A; 4YZE A; 3VOK A; 3O8G A; 3VOX A; 4MO7 A; 2UXP A; 3BHQ A; 5J1U A; 2TCT A; 2QTQ A; 5EZG A; 3VVX A; 2HYJ A; 3B6C A; 2G7L A; 3QQA A; 5K7H A; 2WV1 A; 5IPA A; 2RHA A; 4ABZ A; 4JNN A; 2YVH A; 5IOY A; 4JKZ A; 3RH2 A; 3B6A A; 4AC0 A; 2DTZ A; 5GPA A; 5F08 A; 3BJB A; 3ON2 A; 3IH4 A; 3B81 A; 2IU5 A; 2JJ7 A; 2NX4 A; 4G12 A; 4M3D A; 3DEW A; 5K58 A; 1VI0 A; 4D7N A; 2TRT A; 2QCO A; 3QBM A; 1T56 A; 3BR6 A; 3BR5 A; 2XGD A; 4M3F A; 2NP5 A; 3C2B A; 3PPB A; 2XDN A; 2X9D A; 2XPU A; 5FKN A; 2Y2Z A; 3TP3 A; 3KKC A; 2QKO A; 1JT0 A; 2IBD A; 3ON4 A; 4MXM A; 2EH3 A; 3BQZ A; 2OI8 A; 4GCK A; 3V6G A; 1JUM A; 5FHP A; 3G56 A; 5K7F A; 1JUP A; 4AF5 A; 3GZI A; 2UXH A; 3TP0 A; 2VKE A; 5F27 A; 1BJZ A; 3IH3 A; 4M3E A; 3ZQL A; 4MK6 A; 1QPI A; 3ANG A; 1Z0X A; 2NS7 A; 3HTJ A; 1JTY A; 4DW6 A; 2OPT A; 1RKW A; 1ORK A; 5EYR A; 1RPW A; 5EZH A; 3SFI A; 2O7O A; 5D19 A; 2X6O A; 4NN1 A; 4PXI A; 3LOC A; 3KZ9 A; 2XPW A; 5C4Y A; 4X1E A; 1RKT A; 2XGC A; 3BRU A; 3WHC A; 2HXI A; 2UXU A; 3LSR A; 2Y30 A; 3HTH A; 2D6Y A; 2HYT A; 4JYK A; 3VW1 A; 4D7M A; 3NNR A; 3PAS A; 1U9O A; 4JL3 A; 2XGE A; 2IEK A; 3VVZ A; 2XB5 A; 3CCY A; 3VW0 A; 2XPV A; 2QIB A; 3NPI A; 3BTL A; 5F0H A; 5D18 A; 3VUQ A; 3CJD A; 4XK4 A;
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