4MO7A

Crystal structure of superantigen pfit
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
188
structure length
187
Chain Sequence
TDPESARGKLLQTAAHLFRNKGFERTTVRDLASAVGIQSGSIFHHFKSKDEILRAVMEETIHYNTAMMRASLEEASTVRERVLALIRELQSIMGGSGEAMAVLVYEWRSLSAEGQAHVLALRDVYEQIWLQVLGEAKAAGYIRGDVFITRRFLTGALSWTTTWFRAQGSLTLEELAEEALLMVLKSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Pseudomonas fluorescens a506
publication title Pfit is a structurally novel Crohn's disease-associated superantigen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator I2
total genus 74
structure length 187
sequence length 188
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Homeodomain-like 4mo7A01
1.10.357.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Tetracycline Repressor; domain 2 Tetracycline Repressor, domain 2 4mo7A02
1B72A 3BCGA 3VVYA 2P81A 2VUMJ 1MBGA 2UXOA 1MBHA 2WUIA 3LSGA 4NELA 3OOUA 2E2HJ 1Y1VJ 4JX5A 2HOAA 1NTCA 1WGXA 2LY9A 3A03A 3BR2A 3MVPA 1ORKA 2ID6A 4MO7A 3ZQCA 3EGQA 2UXPA 3VW0A 1I3QJ 5C4JJ 3S14J 4XK4A 3COLA 5K7ZA 5IYCJ 5EF6A 3OSGA 1FJLA 4AC6A 1AKHB 1JUMA 1W0UA 2NVXJ 1BW6A 1GT0C 2ZOYA 2DA5A 2X48A 5EZHA 3BJBA 3GTPJ 1ZQ3P 3FK7A 4J19A 5J3LA 1OCTC 3Q0WA 1B8IB 3HOZJ 1ITYA 3ZQIA 2F07A 3NXCA 4QIWN 3PPBA 1LFBA 4C3JJ 4DZJA 2M8GX 2HYJA 1IV6A 1IUFA 2I10A 2O7OA 2NS8A 1GUUA 2FD5A 3LNQA 1X2MA 2G0EA 2ECCA 3TW7A 1VI0A 3PASA 3GTLJ 3JRGA 5E3MA 5F27A 5GPAA 2HQ5A 2FX0A 2L9RA 1ZTRA 2NVYJ 1JKPC 3TW6A 3VW1A 4C3IJ 3Q0UA 3I4MJ 5FLMJ 3VOXA 2XGDA 4D5CA 2FBQA 3FK6A 3MKLA 4A3CJ 2L7MP 3SFIA 2YUSA 5IOYA 5FHPA 4MIMA 4BBSJ 3GTOJ 2WV1A 3FRQA 4X6AJ 3BR3A 2QCOA 2JA6J 3VPRA 3BR6A 1NK2P 1FEXA 2M2EA 4W1UA 2R5ZB 3NAUA 3HDDA 3IUVA 4EEFG 2VKVA 3ZQLA 3ON2A 5IP6A 3S1RJ 3CMYA 2JWTA 2Y30A 4D7NA 1MNMC 5F0CA 3JRFA 2DA2A 3HTHA 3NARA 2DMNA 5E3OA 5JLWA 3GTMJ 1MH3A 3RKQA 2GM4A 3GEUA 1PUFB 4UUSB 3ZQFA 2LD5A 3HOWJ 4JX6A 5HODA 3CWRA 4DYCA 4B4CA 2O7TA 4X1EA 5EYRA 3O8HA 3VVXA 2E2IJ 2IU5A 5FKOA 1GVDA 2AO9A 1MSFC 4RBOA 4MK6A 5DTDA 4ABZA 4GCTA 1WH5A 2PMZN 2CRGA 3MNLA 2L7FP 5EGOA 4GCKA 2XGCA 1SANA 1WI3A 3HOXJ 1ETVA 2DA4A 1HOMA 2QKOA 2DA3A 3IH2A 1JUPA 4QTRA 1BW5A 4A3IJ 2FQ4A 2ZOZA 2LVSA 5FKLA 4GFKA 2W48A 3BQYA 2ECBA 1HCRA 1MBFA 4A69C 2VPRA 5M5WJ 3SDGA 1F43A 3AQSA 1ETOA 4DYQA 3S1MJ 5IP7J 3F1BA 2DMPA 2GFNA 2K9QA 4L62A 2LR8A 1OFCX 3D1NI 1MBKA 3Q3SA 4BXXJ 1O4XA 2UXIA 1T56A 5M5YJ 2WGBA 3HTAA 2R5YA 2QF7A 3IH3A 5IPAA 3KKDA 3LSRA 4IHWA 3BQZA 5FKMA 4XRSG 3KZ9A 3G1OA 3OIOA 3JREA 4MFEA 1UG2A 2WB1N 4BKXA 3HOUJ 1QRYA 3LWJA 4NN1A 1U9OA 3S1NJ 4A3BJ 2YVEA 2EZLA 1ENHA 5CXGA 2HKUA 1QVUA 2Y2ZA 3HEFA 3AQTA 2E2JJ 4AYBN 3QKXA 5FKNA 5F08A 1ETKA 2ZCMA 4FCYA 1ZR2A 1JKRC 4XRSA 4A3GJ 2OF7A 2XB0X 1MBJA 4V2GA 1JT0A 3G7RA 4M3EA 3JR9A 1JJ6C 5M3FJ 3RQIA 1K83J 3BR1A 3K2AA 4C3HJ 3S16J 4XIDA 2DA1A 3FIWA 1NK3P 1FIPA 1AU7A 1H89C 1MH4A 1FTTA 1P7JA 2DG8A 3VUQA 4CYCA 2LLKA 5FMPA 3RZDJ 1BJZA 3VIBA 4KWAA 4RDUA 2K9NA 1U78A 4MXMA 4G12A 2E19A 1ETQA 2CUEA 3WHBA 1YRNB 3QPSA 2QIBA 5D18A 4DW6A 4DYRA 3HBLA 5FLVA 5K58A 2NP3A 4I6ZA 1IDYA 2EZHA 9ANTA 2R0QC 2MG4A 3E7LA 2HI3A 1U9NA 2M9HA 2CU7A 3BTJA 4NDLA 4V2FA 5CW8A 1IC8A 2MGQA 5GPCA 2NVTJ 1LE8A 3PO2J 5IP9J 3CDLA 4MLOA 1X58A 3QBMA 4UUTA 3HIMA 2D5VA 1UHSA 3A02A 3HKZN 2QOPA 3NRGA 3C07A 5M3MJ 4HNVA 2G7GA 3V78A 1VNDA 5E3NA 1S7EA 2WAQN 3S17J 3CCYA 3LOCA 1TWAJ 2G7LA 4A93J 2X9DA 2YS9A 2X6OA 1JJ8C 2NVQJ 3HB9A 3ZQGA 3LSPA 3UKGA 5HBUA 1JTYA 3RD3A 3LHQA 4FTHA 2R5YB 1UI5A 3MN2A 2DMQA 3G56A 3M3YJ 3L1PA 5D1RA 1TWGJ 3JRHA 2GUHA 3S2HJ 2LTPA 3QPLA 1SGMA 2GLOA 4FE7A 3NI7A 1ZGWA 1P7IA 3SJMA 2IEKA 1I50J 2YVHA 5EEAA 1B72B 1JT6A 2HOTA 3Q0VA 1AKHA 1A5JA 1XG1A 2DA7A 2M34A 3ON4A 3E7QA 2K9SA 4A3KJ 2HYTA 1QVTA 4AUXA 2UXHA 5F0FA 3VOKA 3O60A 1B8IA 2EZIA 1LFUP 5GP9A 4A3MJ 1VF9A 1DU6A 3HE0A 1H88C 3BG5A 2HXOA 1XC5A 1OJLA 1RR7A 4A3JJ 2KT0A 2PZ9A 3BNIA 2LKXA 2XSDC 5EG0A 2REKA 1G2HA 1MBEA 2OI8A 2G7SA 5J1UA 3JRCA 1FIAA 1CQTA 1TWFJ 2DA6A 4D7MA 2EQRA 4L5EA 2KDZA 3NNRA 2QTQA 2H8RA 3EUPA 3G1MA 4BBRJ 5C44J 2XDNA 5CXIA 3RZOJ 4M6VA 4JNNA 2YU9J 4Y52J 2NX4A 1JGGA 1GDTA 3PM1A 4M3DA 1IDZA 2COBA 1HF0A 3H3VK 2K40A 2IAIA 4BY7J 1TWCJ 2MSYA 1WH7A 2ZB9A 2ID3A 3BG3A 4JYKA 5FKKA 3JSJA 1IGNA 5EDNA 2HXIA 1U8BA 4IHXA 1GV5A 5K7HA 5F1JA 4M3BA 2M0CA 5HSZA 1IRZA 2JJ7A 3VW2A 1WPKA 3JRIA 1JUSA 2HOSA 4A3LJ 1IG7A 1RKWA 4JP0A 5BNGA 1FTZA 2AHQA 2LFBA 2B63J 1WCMJ 2ME6A 3FKIJ 5C4YA 3GZIA 4UDSA 3GBGA 1A6IA 4A3DJ 2Q24A 2L7ZA 3GTQJ 2W53A 2XGEA 4JL3A 2HDDA 5DS9A 3IV5A 5JLXA 2LK2A 2DTZA 1E3OC 4AC0A 3VP5A 1F36A 3T6NA 3DEWA 4QSHA 3I4NJ 3JRBA 2XB5A 3ANGA 2XPUA 1TWHJ 3C2BA 2JMWA 1D5YA 3GTGJ 3S5RA 2Y9YA 4PXIA 4JKZA 2Y9ZA 5H9TA 2QWTA 5EZGA 3HOVJ 3JRAA 1XS9A 3S2DJ 2DMUA 1VFCA 5EGOB 1BL0A 2JA8J 1RPWA 2RASA 2NS7A 2L0KA 2R7ZJ 1ETXA 3M4OJ 3DCFA 2RAEA 1ETYA 3B81A 2D6YA 1X2NA 2GENA 3LJLA 3GTJJ 5M5XJ 2XPVA 1OCPA 2VI6A 5FGLA 1HDDC 3A01A 4DZPA 3HTJA 5EG0B 3BRUA 2LP0A 1RETA 2NP5A 4IEJA 1ETWA 3V6GA 4BY1J 5IYBJ 4Y7NJ 1APLC 3BG9A 2R92J 5J1YA 3BR5A 5C4XJ 1HLVA 5K7FA 1DU0A 5IYDJ 3K7AJ 1UI6A 2JK3A 1Z0XA 2DJNA 4ME9A 2PBXA 4C2MJ 1TC3C 4D5FA 1W0TA 1AHDP 4MFDA 3OSFA 3TEDA 1JKQC 5D19A 3BTCA 3LSJA 5E3LA 3GTKJ 3KKCA 2UXUA 3CJDA 4B3AA 4GCLA 3TP0A 1K61A 4A3FJ 2O9LA 1Q1VA 1R9TJ 1ZKGA 3H0GJ 2JN6A 2EBIA 5DAJA 3BTLA 2DN0A 4M3FA 4M3GA 2Y0SN 1EF4A 2NOGA 1YRNA 2CJJA 2GBYA 3HTIA 1SFOJ 2DG7A 2CUFA 2DMTA 2R93J 5AQCA 3CRJA 2MW8A 4JX4A 5J1RA 5F04A 2EH3A 5EFYA 2FJ1A 1JKOC 2CQQA 4FE4A 4B1RA 1Y1WJ 1H8AC 1MSEC 2Y31A 2ELKA 3HM5A 4CYCB 3BHQA 1RKTA 4AF5A 1T33A 4LOCA 3ZQHA 1I6HJ 3VVZA 1JTXA 2ZCNA 3F0CA 3IH4A 2VKEA 5C3EJ 2O8KA 4W97A 3S1QJ 3ANPA 3DPJA 1POGA 4ICHA 2G3BA 2ME0A 5HAWA 3WHCA 3G1LA 1HDPA 4HKUA 4XRMA 3BTIA 2V57A 3HOYJ 2XPWA 2JA7J 2TRTA 2ZCXA 2H1KA 3B6CA 4YZEA 1RESA 3RH2A 4IHVA 1LE8B 3FISA 4CGRA 4S0HB 3B6AA 1UMQA 4A3EJ 3JRDA 5F0HA 3HGYA 3KNWA 3NPIA 2N8GA 3BR0A 2IBDA 2TCTA 3HGGA 2R5ZA 3O8GA 4GFBA 2EZKA 4XICA 2E1OA 3QQAA 3PO3J 4IHYA 5FJ8J 2JA5J 2OERA 3CQZJ 4I76A 2RHAA 2OPTA 3A01B 1IJWC 3ZOBA 1PUFA 3TP3A 5IOZA 1ZK8A 2CQXA 1GV2A 4UUSA 2XRLA 3W6VA 3S15J 3P9TA 1ZR4A 4FISA 4ACIA 3BT9A 4GFLA 1BA5A 1Z77A 1QPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZSHB 4ZDLA 1MBGA 2W4SA 1XMAA 2UXOA 1MBHA 1MGTA 2RGVA 2OZ6A 4BE0A 1HQCA 3B73A 3JSPA 4D1QA 2QEXI 3OIPA 1Y1VJ 4NNJA 2DPDA 3AFHA 3MVPA 4MO7A 3VW0A 2VE9A 1QU3A 1BN5A 3COLA 3LSMA 5K7ZA 4BHBA 3SZTA 4ZZDA 4N0BA 5AIPA 1UHWA 1KONA 2MH2A 5DM7F 1BW6A 3ML6A 2DA5A 4PSXA 3GTPJ 3K4KA 4PGGA 2E1MB 5BQTA 1ITYA 2EPFA 3ZQIA 5B1AH 4KA4A 1D0XA 1HSTA 3KP6A 2M8GX 1OCCH 2RNGA 4J01A 3LNQA 1W1WE 5LGTA 3CF5F 3PASA 1WSUA 3JRGA 2EV0A 3H36A 1E0EA 5F27A 4C9YA 2HQ5A 3IHUA 2Y48A 1VQMI 3Q0UA 1ZRFA 4V19K 5B5EC 3VOXA 1YX5A 2PFBA 2IGKA 3KP2A 1D8JA 3BLYA 3MKLA 4A3CJ 4LG0A 2G9WA 4UV8A 4E7HA 4ZJZA 2QENA 2LY1A 3TDUC 2JA6J 3JAMK 2EK5A 4QLCU 2YX4A 3BG6A 4W1UA 3HSFA 3NAUA 3MKZA 5ILSA 3LQRA 1OQYA 3ZQLA 2VQCA 3CMYA 1FBSA 2JWTA 5TJJA 3DBRB 1MNMC 2M8EA 5ERIA 1UCRA 5E3OA 5E1WA 2H1LA 1MH3A 3RKQA 2XHKA 3PJRA 2LKPA 1IO2A 1RI7A 3MD2A 2LD5A 2LF7A 3HOWJ 4I02A 3FZVA 4C30A 4JX6A 4DYCA 1XDUA 2A68F 4AIDA 4U0YA 3I9V2 2E2IJ 2V1DA 5FKOA 5HS8A 3BZCA 5H2FC 1FMWA 4ABZA 3IWZA 1NH3A 4BQAA 2CRGA 1R1UA 3F6VA 5EGOA 3H9JA 4F52A 3HOTA 2F5CA 1WI3A 3OYBA 4B48A 2FNAA 2OUMA 3A0HC 4DVYP 1QGPA 3IH2A 5DUIA 2FQ4A 4L9TA 5H6RA 2KJCA 4OIOF 2NNYA 1HCRA 2B3WA 1MBFA 2X4HA 2BOLA 4L62A 1VQ4I 4RAZA 4PFOA 1P4XA 1PP8F 4KN4X 4XKCA 4WWCA 4RA2A 2P6TA 1R5HA 2UXIA 4KISA 5H20A 3OR1C 2HZDA 4E7ZA 3OYLA 3IH3A 3K4MA 1WWXA 3LQQA 5FGMA 3BQZA 1YJNI 4XRSG 1LNWA 3KZ9A 2R7FA 3G1OA 3SYTA 1D3YA 2P0WA 4MFEA 1UG2A 4CGZA 2WB1N 1AA7A 1QRYA 2XVCA 3S1NJ 1Z67A 2D2WA 2LC2A 3E6DA 2YVEA 5LRSA 2XRNA 1ENHA 4HZFA 3HEFA 3PQKA 5TISC 3ZGKA 2FF4A 1Y6IA 4DNCA 2E2JJ 3ZXSA 4I2OA 1TZLA 4AM3A 1T38A 2PI0A 5F08A 4N4OB 2KFDA 2X1EA 4MEYF 3JTGA 4A3GJ 4XRSA 5EEHA 2OF7A 4V2GA 4M3EA 1XCVA 5M3FJ 3ZMUA 3ABLH 1UHMA 3F8BA 2DI3A 3BR1A 3K2AA 5H6QA 4LFUA 4C3HJ 2ZNZA 3DTKA 1YFHA 2DA1A 2DOEA 3FIWA 3LMMA 4WXDA 1K4TA 1ZN2A 1S6LA 2Z5UA 1P7JA 3VUQA 1OCOH 2V1XA 4CYCA 2LLKA 3CCQI 2WV0A 4RB0A 1I1SA 4F92B 4ZH4F 5ICGA 1S29A 1QPMA 3F8MA 4MXMA 3WE3A 4XLAA 2ICWG 4HV6A 1OKRA 3CCRI 2IGNA 4DYRA 2DOFA 2DT7B 1IUYA 3KZIC 2HFHA 3VYSB 4U9NA 2EZHA 5DEQA 2R0QC 3E7LA 2AXTC 2HI3A 3FF5A 2A69F 2CU7A 2M9HA 5F64A 1O3SA 1I39A 5D6EA 2M45A 3PO2J 2YX7A 3CDLA 4UUTA 4ZYDA 2D5VA 2VASA 1UHSA 3VB2A 2XUBA 4XR6A 3A02A 5HLHA 3HKZN 4ZYHA 1GXPA 2G7GA 4HNVA 3NRVA 5HNFA 4II3A 5E3NA 2X1CA 1S7EA 3CJRB 4ITVA 4NC6A 3IAS2 3KPHA 4A93J 1LQ1A 1XGSA 2E5ZA 2MA3A 3H3ZA 5J47A 4H4KC 1WKMA 1HXDA 2EFWA 5HBUA 2A3SA 3CESA 1YIJI 3RD3A 3WTSC 2R5YB 2DMQA 3G56A 3D5RC 4G8XA 4ESFA 4CZZA 3ZMTA 1MD0A 3ECHA 1SGMA 3KEYA 2CYYA 5GADJ 2GLOA 3NI7A 2IA1A 2OZUA 4M71A 1ONVA 2R7SA 3SJMA 2EFQA 4BXUA 3CCJI 2JT1A 1QZZA 5EEAA 3GXOA 1SFKA 2DT6A 2QKLB 3O6BB 4CDGA 2K27A 4U88A 2G7HA 3HC7A 4JBAA 2FEZA 4AVPA 4HNTA 3Q5FA 1QVTA 4U0WA 2VC1A 5HDKA 4OOIA 2M87A 3WG9A 3VOKA 4MGRA 3O60A 3KP5A 1LFUP 2E60A 1G3WA 3G71I 1U6GA 1H88C 1RUOA 3BG5A 2HXOA 2IVMA 1OJLA 1RZ4A 4IRHA 1GLNA 1RR7A 3ZMSA 4A3JJ 4F55A 2V6EA 2LH9A 3PL8A 1VQ6I 2GZWA 2QYOA 4AD9A 1MBEA 1B9NA 2XKPA 3WTVC 2IA0A 3V4GA 1YO5C 1XCBA 1N25A 1U5TC 2G7SA 3NNRA 3EYIA 1TWFJ 2Z3YA 2EQRA 1IAWA 4IL6C 3T0YA 3L2RA 4XLEA 3S2WA 3TOAA 3EUPA 3V8LA 1YG2A 1I5ZA 4C2TA 3L2QA 2KMUA 4Y52J 2NX4A 4MTDA 2Q8KA 4M3DA 2HS5A 3GFLA 2NYXA 5E1ZB 4HEA2 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZSH B;  4ZDL A;  1MBG A;  2W4S A;  1XMA A;  2UXO A;  1MBH A;  1MGT A;  2RGV A;  2OZ6 A;  4BE0 A;  1HQC A;  3B73 A;  3JSP A;  4D1Q A;  2QEX I;  3OIP A;  1Y1V J;  4NNJ A;  2DPD A;  3AFH A;  3MVP A;  4MO7 A;  3VW0 A;  2VE9 A;  1QU3 A;  1BN5 A;  3COL A;  3LSM A;  5K7Z A;  4BHB A;  3SZT A;  4ZZD A;  4N0B A;  5AIP A;  1UHW A;  1KON A;  2MH2 A;  5DM7 F;  1BW6 A;  3ML6 A;  2DA5 A;  4PSX A;  3GTP J;  3K4K A;  4PGG A;  2E1M B;  5BQT A;  1ITY A;  2EPF A;  3ZQI A;  5B1A H;  4KA4 A;  1D0X A;  1HST A;  3KP6 A;  2M8G X;  1OCC H;  2RNG A;  4J01 A;  3LNQ A;  1W1W E;  5LGT A;  3CF5 F;  3PAS A;  1WSU A;  3JRG A;  2EV0 A;  3H36 A;  1E0E A;  5F27 A;  4C9Y A;  2HQ5 A;  3IHU A;  2Y48 A;  1VQM I;  3Q0U A;  1ZRF A;  4V19 K;  5B5E C;  3VOX A;  1YX5 A;  2PFB A;  2IGK A;  3KP2 A;  1D8J A;  3BLY A;  3MKL A;  4A3C J;  4LG0 A;  2G9W A;  4UV8 A;  4E7H A;  4ZJZ A;  2QEN A;  2LY1 A;  3TDU C;  2JA6 J;  3JAM K;  2EK5 A;  4QLC U;  2YX4 A;  3BG6 A;  4W1U A;  3HSF A;  3NAU A;  3MKZ A;  5ILS A;  3LQR A;  1OQY A;  3ZQL A;  2VQC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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