4UDSA

Crystal structure of mbdr regulator from azoarcus sp. cib
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
192
structure length
190
Chain Sequence
ASTENILGCALDLFVKNGYRATTIDMIAARAGLGAIYFYFKTKDAIMLMLLEEAEKYIVDPIDEYMANAGPLADAKLVKFINMQALLGVTKPQHVLLLILVSIDFSGTGDDIEKRAKAIYRRMYGHVEQLIAQGQTEGVFRSDSGSDELASIVMAAHDGVLIEWYRRPNELTGKTLTKALRSVLLNGLIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Unraveling the Specific Regulation of the Mbd Central Pathway for the Anaerobic Degradation of 3-Methylbenzoate.
pubmed doi rcsb
source organism Azoarcus sp. cib
molecule tags Transcription
molecule keywords MBDR REGULATOR
total genus 61
structure length 190
sequence length 192
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.357.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Tetracycline Repressor; domain 2 Tetracycline Repressor, domain 2 4udsA00
5J3LA 2TCTA 2QTQA 3DPJA 5F04A 4AC0A 1UI5A 2G7GA 2UXIA 4L62A 3NI7A 5D18A 2EH3A 2YVHA 3KKDA 2V57A 4MO7A 3QQAA 2W53A 3RD3A 3MVPA 4G12A 1Z0XA 3ZQIA 2FD5A 3WHCA 3EGQA 3TP3A 2F07A 3HTIA 4NELA 5F27A 3COLA 2NP3A 5FGLA 3SFIA 3HIMA 3G56A 3LHQA 4HKUA 4GCKA 2Q24A 5J1RA 2NS8A 2PZ9A 5D19A 2ID6A 1UI6A 1ZK8A 2OERA 2IEKA 4AF5A 5CXGA 2G3BA 3FRQA 2UXPA 3PM1A 3GEUA 2DG7A 3VW0A 2NP5A 2NX4A 1T56A 2NS7A 1BJZA 3VPRA 4ICHA 3ZQHA 3LJLA 3CDLA 4D7NA 2HYJA 2ZOZA 4M3DA 5F08A 5FHPA 2Y31A 4W1UA 5IPAA 5K7FA 2HXIA 3BR6A 3ZQFA 1ZKGA 5K7ZA 5FMPA 5EZGA 1JUSA 2XGDA 3ZQGA 4YZEA 2UXOA 4M3BA 3BNIA 3BR5A 4V2GA 5J1UA 3ANPA 4GCLA 1JTYA 3QPSA 2UXUA 3LSJA 4B1RA 3CCYA 1JT6A 3Q0UA 3F1BA 3BR3A 5EZHA 3G1MA 1U9NA 5IOZA 3FIWA 3PASA 5CXIA 2REKA 4CGRA 3O8GA 3BTJA 5FKNA 5F0FA 3IH3A 4I76A 5F0HA 4UDSA 2YVEA 3QBMA 2HKUA 5CW8A 5IOYA 4AC6A 3C07A 3SDGA 2OF7A 3HGGA 3BR2A 3T6NA 2VKVA 3CJDA 5FKMA 3Q0WA 4I6ZA 3B6CA 2HXOA 3S5RA 3DCFA 4PXIA 2OI8A 4D5CA 3WHBA 2ZB9A 2D6YA 1JUMA 2HQ5A 3O8HA 3GZIA 2Y30A 3MNLA 1JT0A 2Y2ZA 2GBYA 2RAEA 3LOCA 3BHQA 3VP5A 1QVTA 3BR1A 4GCTA 2GUHA 3E7QA 3RH2A 2QKOA 2TRTA 4KWAA 2XPVA 4M3FA 3G1LA 2XRLA 4M3EA 2XGEA 5H9TA 3BJBA 2I10A 3Q3SA 5K58A 3NRGA 4GFKA 5IP6A 5HSZA 3BR0A 3O60A 3BQYA 3AQTA 4D5FA 3V78A 5D1RA 2O7TA 2XB5A 1JTXA 2FQ4A 2QIBA 3TP0A 5FKLA 3IH2A 5F1JA 5J1YA 3Q0VA 3KKCA 3IH4A 3ON4A 3BQZA 4XK4A 1QVUA 3DEWA 2JJ7A 4GFLA 3ZQLA 4MXMA 3VVYA 2IAIA 2XGCA 1A6IA 2PBXA 2RASA 4MK6A 3HGYA 2ZCNA 2ZCXA 1U9OA 3V6GA 2XPWA 3ON2A 2HYTA 4AUXA 5GPAA 4D7MA 1VI0A 3FK7A 3CRJA 5AQCA 5HBUA 3ANGA 4ABZA 5GP9A 3KZ9A 3VVXA 3EUPA 2JK3A 3KNWA 2G7SA 3VOKA 3BTCA 2QWTA 3BCGA 4ME9A 3VW1A 1QPIA 2FBQA 4JKZA 3C2BA 3VOXA 2VPRA 5GPCA 2GENA 4X1EA 3G1OA 5EYRA 2UXHA 3VW2A 2ID3A 3AQSA 3VUQA 2FX0A 3VIBA 3F0CA 3LSRA 4DW6A 2QCOA 2OPTA 2IU5A 2XDNA 3JSJA 3PPBA 4ACIA 2WUIA 3B81A 1Z77A 3HTAA 4B3AA 3NPIA 2GFNA 2DTZA 3VVZA 4JNNA 3BTIA 4NN1A 5FKKA 3HTHA 3BRUA 5F0CA 3B6AA 3P9TA 5FKOA 2WV1A 5K7HA 2DG8A 2X9DA 4V2FA 3BTLA 3IUVA 4JL3A 3HE0A 4M3GA 1JUPA 1RKWA 2O7OA 1RPWA 3BT9A 3QKXA 2X6OA 2IBDA 3HTJA 1RKTA 3G7RA 5C4YA 2G0EA 2WGBA 3LWJA 5DAJA 3QPLA 2ZCMA 2VKEA 1ORKA 2ZOYA 1T33A 3FK6A 4W97A 2XPUA 1SGMA 2FJ1A 2G7LA 3NNRA 3NXCA 3LSPA 4JYKA 2QOPA 2RHAA 3CWRA 5HAWA 5EFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NS4A 5J3LA 2TCTA 2QTQA 3DPJA 5F04A 4AC0A 1UI5A 2G7GA 2UXIA 4L62A 3NI7A 5D18A 2EH3A 2YVHA 3KYLA 2R7SA 3KKDA 2V57A 4MO7A 3QQAA 2W53A 3RD3A 3MVPA 4G12A 1Z0XA 3ZQIA 2FD5A 3WHCA 3EGQA 3TP3A 2F07A 3HTIA 4NELA 5F27A 3COLA 2NP3A 5FGLA 3SFIA 3HIMA 3G56A 3LHQA 4HKUA 4GCKA 2Q24A 5J1RA 2NS8A 2PZ9A 5D19A 2ID6A 4OD5A 1UI6A 1ZK8A 2OERA 2IEKA 4AF5A 5CXGA 2G3BA 3FRQA 2UXPA 3PM1A 3GEUA 2DG7A 3VW0A 2NP5A 2R7VA 2NX4A 1T56A 4U9LA 2NS7A 2B3WA 1BJZA 3VPRA 4ICHA 3ZQHA 3LJLA 3CDLA 4D7NA 2HYJA 2ZOZA 4M3DA 5F08A 4C2MA 5FHPA 2Y31A 4W1UA 2R7WA 5IPAA 2YVXA 5K7FA 2HXIA 3BR6A 3ZQFA 1ZKGA 5K7ZA 5FMPA 5EZGA 1JUSA 2XGDA 3ZQGA 4YZEA 2UXOA 4M3BA 3BNIA 3BR5A 4V2GA 5J1UA 3ANPA 4GCLA 1JTYA 3DU5A 3QPSA 2UXUA 3LSJA 4B1RA 3CCYA 1JT6A 3Q0UA 3F1BA 4IRVA 2A2FX 3BR3A 5EZHA 3G1MA 1U9NA 5IOZA 3FIWA 3PASA 5CXIA 2REKA 4CGRA 3O8GA 3BTJA 5FKNA 5F0FA 3IH3A 4I76A 5F0HA 4UDSA 2YVEA 5CQGA 3QBMA 2HKUA 5CW8A 5IOYA 4AC6A 3C07A 3SDGA 2OF7A 3HGGA 4OD4A 3BR2A 3T6NA 2VKVA 3CJDA 5FKMA 3Q0WA 4I6ZA 3B6CA 2HXOA 3S5RA 3DCFA 4PXIA 2OI8A 4D5CA 3WHBA 2ZB9A 2D6YA 1JUMA 2HQ5A 2R7RA 3O8HA 3GZIA 2Y30A 3MNLA 1JT0A 2Y2ZA 2GBYA 2RAEA 3LOCA 3BHQA 3VP5A 1QVTA 3BR1A 4GCTA 2GUHA 3E7QA 3RH2A 3FHNA 2QKOA 2TRTA 4KWAA 2XPVA 4M3FA 3G1LA 2XRLA 4M3EA 2XGEA 5H9TA 3BJBA 2I10A 3Q3SA 3VTIA 5K58A 3NRGA 4GFKA 5IP6A 5HSZA 3BR0A 3O60A 3BQYA 3AQTA 4D5FA 3V78A 5D1RA 2O7TA 2XB5A 1JTXA 2FQ4A 2QIBA 3TP0A 5FKLA 3IH2A 5F1JA 5J1YA 3Q0VA 3K8PC 3KKCA 3IH4A 2R7QA 3ON4A 3BQZA 4XK4A 1QVUA 3DEWA 2JJ7A 4GFLA 3ZQLA 4MXMA 3VVYA 2IAIA 2XGCA 1A6IA 2PBXA 2RASA 2FJI1 4MK6A 3HGYA 2ZCNA 2ZCXA 1U9OA 3V6GA 2XPWA 3ON2A 2HYTA 4AUXA 5GPAA 4DVYP 2ZY9A 4D7MA 1VI0A 3FK7A 3CRJA 5AQCA 5HBUA 3ANGA 4ABZA 5GP9A 2R7UA 3SWHA 3KZ9A 3VVXA 3EUPA 2JK3A 3KNWA 2G7SA 3VOKA 3BTCA 2QWTA 3BCGA 4ME9A 3DU6A 3VW1A 1QPIA 2R7XA 2FBQA 4JKZA 3C2BA 3VOXA 2VPRA 5GPCA 2GENA 4X1EA 3G1OA 5EYRA 2UXHA 3VW2A 2ID3A 4U9NA 3AQSA 3VUQA 2B1EA 2FX0A 3VIBA 3F0CA 3LSRA 4DW6A 4WIBA 2QCOA 2OPTA 2IU5A 2XDNA 3JSJA 3PPBA 4ACIA 2WUIA 3B81A 1Z77A 3HTAA 4B3AA 3NPIA 2R7OA 2GFNA 2DTZA 3VVZA 4JNNA 3BTIA 4NN1A 5FKKA 3HTHA 3BRUA 5F0CA 3B6AA 3P9TA 5FKOA 2WV1A 5K7HA 2DG8A 2X9DA 4V2FA 3BTLA 3IUVA 4JL3A 3HE0A 4M3GA 1JUPA 1RKWA 2O7OA 1RPWA 3BT9A 3QKXA 2X6OA 2IBDA 3HTJA 1RKTA 2R7TA 3G7RA 5C4YA 2G0EA 2WGBA 3LWJA 5DAJA 3QPLA 2ZCMA 2VKEA 1ORKA 2ZOYA 1T33A 3FK6A 4W97A 2XPUA 1SGMA 2FJ1A 2G7LA 3NNRA 3NXCA 3LSPA 4JYKA 2QOPA 2PFVA 2RHAA 3CWRA 5HAWA 5EFYA
chains in the Genus database with same CATH topology
5J3LA 2TCTA 2QTQA 3DPJA 5F04A 4AC0A 1UI5A 2G7GA 2UXIA 4L62A 3NI7A 5D18A 2EH3A 2YVHA 3KKDA 2V57A 4MO7A 3QQAA 2W53A 3RD3A 3MVPA 4G12A 1Z0XA 3ZQIA 2FD5A 3WHCA 3EGQA 3TP3A 2F07A 3HTIA 4NELA 5F27A 3COLA 2NP3A 5FGLA 3SFIA 3HIMA 3G56A 3LHQA 4HKUA 4GCKA 2Q24A 5J1RA 2NS8A 2PZ9A 5D19A 2ID6A 1UI6A 1ZK8A 2OERA 2IEKA 4AF5A 5CXGA 2G3BA 3FRQA 2UXPA 3PM1A 3GEUA 2DG7A 3VW0A 2NP5A 2NX4A 1T56A 2NS7A 1BJZA 3VPRA 4ICHA 3ZQHA 3LJLA 3CDLA 4D7NA 2HYJA 2ZOZA 4M3DA 5F08A 5FHPA 2Y31A 4W1UA 5IPAA 5K7FA 2HXIA 3BR6A 3ZQFA 1ZKGA 5K7ZA 5FMPA 5EZGA 1JUSA 2XGDA 3ZQGA 4YZEA 2UXOA 4M3BA 3BNIA 3BR5A 4V2GA 5J1UA 3ANPA 4GCLA 1JTYA 3QPSA 2UXUA 3LSJA 4B1RA 3CCYA 1JT6A 3Q0UA 3F1BA 3BR3A 5EZHA 3G1MA 1U9NA 5IOZA 3FIWA 3PASA 5CXIA 2REKA 4CGRA 3O8GA 3BTJA 5FKNA 5F0FA 3IH3A 4I76A 5F0HA 4UDSA 2YVEA 3QBMA 2HKUA 5CW8A 5IOYA 4AC6A 3C07A 3SDGA 2OF7A 3HGGA 3BR2A 3T6NA 2VKVA 3CJDA 5FKMA 3Q0WA 4I6ZA 3B6CA 2HXOA 3S5RA 3DCFA 4PXIA 2OI8A 4D5CA 3WHBA 2ZB9A 2D6YA 1JUMA 2HQ5A 3O8HA 3GZIA 2Y30A 3MNLA 1JT0A 2Y2ZA 2GBYA 2RAEA 3LOCA 3BHQA 3VP5A 1QVTA 3BR1A 4GCTA 2GUHA 3E7QA 3RH2A 2QKOA 2TRTA 4KWAA 2XPVA 4M3FA 3G1LA 2XRLA 4M3EA 2XGEA 5H9TA 3BJBA 2I10A 3Q3SA 5K58A 3NRGA 4GFKA 5IP6A 5HSZA 3BR0A 3O60A 3BQYA 3AQTA 4D5FA 3V78A 5D1RA 2O7TA 2XB5A 1JTXA 2FQ4A 2QIBA 3TP0A 5FKLA 3IH2A 5F1JA 5J1YA 3Q0VA 3KKCA 3IH4A 3ON4A 3BQZA 4XK4A 1QVUA 3DEWA 2JJ7A 4GFLA 3ZQLA 4MXMA 3VVYA 2IAIA 2XGCA 1A6IA 2PBXA 2RASA 4MK6A 3HGYA 2ZCNA 2ZCXA 1U9OA 3V6GA 2XPWA 3ON2A 2HYTA 4AUXA 5GPAA 4D7MA 1VI0A 3FK7A 3CRJA 5AQCA 5HBUA 3ANGA 4ABZA 5GP9A 3KZ9A 3VVXA 3EUPA 2JK3A 3KNWA 2G7SA 3VOKA 3BTCA 2QWTA 3BCGA 4ME9A 3VW1A 1QPIA 2FBQA 4JKZA 3C2BA 3VOXA 2VPRA 5GPCA 2GENA 4X1EA 3G1OA 5EYRA 2UXHA 3VW2A 2ID3A 3AQSA 3VUQA 2FX0A 3VIBA 3F0CA 3LSRA 4DW6A 2QCOA 2OPTA 2IU5A 2XDNA 3JSJA 3PPBA 4ACIA 2WUIA 3B81A 1Z77A 3HTAA 4B3AA 3NPIA 2GFNA 2DTZA 3VVZA 4JNNA 3BTIA 4NN1A 5FKKA 3HTHA 3BRUA 5F0CA 3B6AA 3P9TA 5FKOA 2WV1A 5K7HA 2DG8A 2X9DA 4V2FA 3BTLA 3IUVA 4JL3A 3HE0A 4M3GA 1JUPA 1RKWA 2O7OA 1RPWA 3BT9A 3QKXA 2X6OA 2IBDA 3HTJA 1RKTA 3G7RA 5C4YA 2G0EA 2WGBA 3LWJA 5DAJA 3QPLA 2ZCMA 2VKEA 1ORKA 2ZOYA 1T33A 3FK6A 4W97A 2XPUA 1SGMA 2FJ1A 2G7LA 3NNRA 3NXCA 3LSPA 4JYKA 2QOPA 2RHAA 3CWRA 5HAWA 5EFYA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5J3L A;  2TCT A;  2QTQ A;  3DPJ A;  5F04 A;  4AC0 A;  1UI5 A;  2G7G A;  2UXI A;  4L62 A;  3NI7 A;  5D18 A;  2EH3 A;  2YVH A;  3KKD A;  2V57 A;  4MO7 A;  3QQA A;  2W53 A;  3RD3 A;  3MVP A;  4G12 A;  1Z0X A;  3ZQI A;  2FD5 A;  3WHC A;  3EGQ A;  3TP3 A;  2F07 A;  3HTI A;  4NEL A;  5F27 A;  3COL A;  2NP3 A;  5FGL A;  3SFI A;  3HIM A;  3G56 A;  3LHQ A;  4HKU A;  4GCK A;  2Q24 A;  5J1R A;  2NS8 A;  2PZ9 A;  5D19 A;  2ID6 A;  1UI6 A;  1ZK8 A;  2OER A;  2IEK A;  4AF5 A;  5CXG A;  2G3B A;  3FRQ A;  2UXP A;  3PM1 A;  3GEU A;  2DG7 A;  3VW0 A;  2NP5 A;  2NX4 A;  1T56 A;  2NS7 A;  1BJZ A;  3VPR A;  4ICH A;  3ZQH A;  3LJL A;  3CDL A;  4D7N A;  2HYJ A;  2ZOZ A;  4M3D A;  5F08 A;  5FHP A;  2Y31 A;  4W1U A;  5IPA A;  5K7F A;  2HXI A;  3BR6 A;  3ZQF A;  1ZKG A;  5K7Z A;  5FMP A;  5EZG A;  1JUS A;  2XGD A;  3ZQG A;  4YZE A;  2UXO A;  4M3B A;  3BNI A;  3BR5 A;  4V2G A;  5J1U A;  3ANP A;  4GCL A;  1JTY A;  3QPS A;  2UXU A;  3LSJ A;  4B1R A;  3CCY A;  1JT6 A;  3Q0U A;  3F1B A;  3BR3 A;  5EZH A;  3G1M A;  1U9N A;  5IOZ A;  3FIW A;  3PAS A;  5CXI A;  2REK A;  4CGR A;  3O8G A;  3BTJ A;  5FKN A;  5F0F A;  3IH3 A;  4I76 A;  5F0H A;  4UDS A;  2YVE A;  3QBM A;  2HKU A;  5CW8 A;  5IOY A;  4AC6 A;  3C07 A;  3SDG A;  2OF7 A;  3HGG A;  3BR2 A;  3T6N A;  2VKV A;  3CJD A;  5FKM A;  3Q0W A;  4I6Z A;  3B6C A;  2HXO A;  3S5R A;  3DCF A;  4PXI A;  2OI8 A;  4D5C A;  3WHB A;  2ZB9 A;  2D6Y A;  1JUM A;  2HQ5 A;  3O8H A;  3GZI A;  2Y30 A;  3MNL A;  1JT0 A;  2Y2Z A;  2GBY A;  2RAE A;  3LOC A;  3BHQ A;  3VP5 A;  1QVT A;  3BR1 A;  4GCT A;  2GUH A;  3E7Q A;  3RH2 A;  2QKO A;  2TRT A;  4KWA A;  2XPV A;  4M3F A;  3G1L A;  2XRL A;  4M3E A;  2XGE A;  5H9T A;  3BJB A;  2I10 A;  3Q3S A;  5K58 A;  3NRG A;  4GFK A;  5IP6 A;  5HSZ A;  3BR0 A;  3O60 A;  3BQY A;  3AQT A;  4D5F A;  3V78 A;  5D1R A;  2O7T A;  2XB5 A;  1JTX A;  2FQ4 A;  2QIB A;  3TP0 A;  5FKL A;  3IH2 A;  5F1J A;  5J1Y A;  3Q0V A;  3KKC A;  3IH4 A;  3ON4 A;  3BQZ A;  4XK4 A;  1QVU A;  3DEW A;  2JJ7 A;  4GFL A;  3ZQL A;  4MXM A;  3VVY A;  2IAI A;  2XGC A;  1A6I A;  2PBX A;  2RAS A;  4MK6 A;  3HGY A;  2ZCN A;  2ZCX A;  1U9O A;  3V6G A;  2XPW A;  3ON2 A;  2HYT A;  4AUX A;  5GPA A;  4D7M A;  1VI0 A;  3FK7 A;  3CRJ A;  5AQC A;  5HBU A;  3ANG A;  4ABZ A;  5GP9 A;  3KZ9 A;  3VVX A;  3EUP A;  2JK3 A;  3KNW A;  2G7S A;  3VOK A;  3BTC A;  2QWT A;  3BCG A;  4ME9 A;  3VW1 A;  1QPI A;  2FBQ A;  4JKZ A;  3C2B A;  3VOX A;  2VPR A;  5GPC A;  2GEN A;  4X1E A;  3G1O A;  5EYR A;  2UXH A;  3VW2 A;  2ID3 A;  3AQS A;  3VUQ A;  2FX0 A;  3VIB A;  3F0C A;  3LSR A;  4DW6 A;  2QCO A;  2OPT A;  2IU5 A;  2XDN A;  3JSJ A;  3PPB A;  4ACI A;  2WUI A;  3B81 A;  1Z77 A;  3HTA A;  4B3A A;  3NPI A;  2GFN A;  2DTZ A;  3VVZ A;  4JNN A;  3BTI A;  4NN1 A;  5FKK A;  3HTH A;  3BRU A;  5F0C A;  3B6A A;  3P9T A;  5FKO A;  2WV1 A;  5K7H A;  2DG8 A;  2X9D A;  4V2F A;  3BTL A;  3IUV A;  4JL3 A;  3HE0 A;  4M3G A;  1JUP A;  1RKW A;  2O7O A;  1RPW A;  3BT9 A;  3QKX A;  2X6O A;  2IBD A;  3HTJ A;  1RKT A;  3G7R A;  5C4Y A;  2G0E A;  2WGB A;  3LWJ A;  5DAJ A;  3QPL A;  2ZCM A;  2VKE A;  1ORK A;  2ZOY A;  1T33 A;  3FK6 A;  4W97 A;  2XPU A;  1SGM A;  2FJ1 A;  2G7L A;  3NNR A;  3NXC A;  3LSP A;  4JYK A;  2QOP A;  2RHA A;  3CWR A;  5HAW A;  5EFY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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