The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
|
sequence length |
210
|
structure length |
210
|
Chain Sequence |
MKTRDKIIQASLELFNEHGERTITTNHIAAHLDISPGNLYYHFRNKEDIIRCIFDQYEQHLLLGFKPYADQKVDLELLMSYFDAMFYTMWQFRFMYANLADILARDDTLKARYLKVQQAVLEQSIAVLNQLKKDGILQIEDERIADLADTIKMIIGFWISYKLTQSSIATISKASLYEGLLRVLMIFKAYSTPDSLANFDRLEQHFRSQS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a Hypothetical TetR-like transcriptional regulator (Sama_0099) from SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B at 2.42 A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Shewanella amazonensis
|
| molecule keywords |
Hypothetical TetR-like transcriptional regulator
|
| total genus |
75
|
| structure length |
210
|
| sequence length |
210
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00440 | TetR_N | Bacterial regulatory proteins, tetR family |
| A | PF13972 | TetR | Bacterial transcriptional repressor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q0W A; 4ICH A; 3G1M A; 5J1U A; 3ANP A; 3ZQH A; 1JUM A; 3PAS A; 2OF7 A; 3BR0 A; 3BQZ A; 5EYR A; 2HXI A; 2QOP A; 4D5C A; 4I6Z A; 2HXO A; 3JSJ A; 5FKK A; 3FRQ A; 3B81 A; 3VOK A; 3RH2 A; 3HTJ A; 2NX4 A; 2IU5 A; 2ZB9 A; 5CXG A; 2PZ9 A; 3V6G A; 4L62 A; 2WUI A; 4V2F A; 3BT9 A; 4PXI A; 3E7Q A; 5FKN A; 3IH4 A; 2XB5 A; 5K7F A; 2HKU A; 2RAE A; 2VPR A; 3KNW A; 2ID6 A; 1RKW A; 3IH3 A; 2FX0 A; 3KKC A; 3O60 A; 1T56 A; 2Y30 A; 1JUP A; 5CXI A; 2RAS A; 5F04 A; 5D1R A; 2W53 A; 3HE0 A; 1JT0 A; 3GZI A; 5IOY A; 2XDN A; 5IOZ A; 2IEK A; 2G7G A; 2UXH A; 1QVU A; 2GFN A; 3O8G A; 2XGC A; 3LSR A; 3HGG A; 3G7R A; 4GCK A; 3CDL A; 3BR5 A; 3V78 A; 4MXM A; 5C4Y A; 3ZQG A; 3G1O A; 2QIB A; 3ON2 A; 2ZCN A; 4GFL A; 5K7Z A; 3BNI A; 2NP3 A; 3T6N A; 3VP5 A; 3F0C A; 2I10 A; 2NS7 A; 4M3B A; 3DEW A; 3HTA A; 3Q3S A; 2UXI A; 3EUP A; 1BJZ A; 2X6O A; 2QCO A; 3IH2 A; 2GUH A; 3B6A A; 3PM1 A; 3VVY A; 3S5R A; 3HIM A; 4XK4 A; 2WGB A; 3BQY A; 2TRT A; 4GCL A; 3VVZ A; 5F27 A; 4B1R A; 2XPV A; 3G56 A; 4JNN A; 4D7N A; 2OER A; 3F1B A; 4AF5 A; 2VKE A; 3BTC A; 2IAI A; 2XPU A; 2ZCX A; 3FIW A; 4GCT A; 2HYT A; 3AQS A; 3VVX A; 5J1Y A; 1ZK8 A; 2Y2Z A; 2D6Y A; 3BJB A; 3Q0U A; 1QVT A; 4MK6 A; 4X1E A; 3LSP A; 4CGR A; 3ZQL A; 2DTZ A; 4JL3 A; 3BCG A; 4HKU A; 2QKO A; 2FQ4 A; 3C2B A; 1UI5 A; 1JTY A; 2XRL A; 1T33 A; 3ZQF A; 2G7L A; 2JJ7 A; 3LSJ A; 3SFI A; 3MVP A; 1Z0X A; 3FK6 A; 3BTI A; 5FKO A; 5F0H A; 1UI6 A; 3VPR A; 2XGE A; 2ZOY A; 3NRG A; 2NP5 A; 4B3A A; 2IBD A; 1U9O A; 3LOC A; 3NI7 A; 1Z77 A; 4D5F A; 3LHQ A; 4ACI A; 1ZKG A; 2FJ1 A; 2EH3 A; 5K58 A; 3RD3 A; 3NXC A; 4MO7 A; 3WHB A; 2O7O A; 4ME9 A; 4M3D A; 1JTX A; 5GPC A; 2DG7 A; 3Q0V A; 5FHP A; 4D7M A; 5FKL A; 4V2G A; 3VUQ A; 3CJD A; 5GPA A; 2GEN A; 2NS8 A; 5F08 A; 1U9N A; 4M3E A; 5F1J A; 4KWA A; 5FGL A; 5F0F A; 3P9T A; 3VW0 A; 3LWJ A; 2X9D A; 4DW6 A; 4W1U A; 3AQT A; 5HSZ A; 5FKM A; 5HBU A; 2V57 A; 3EGQ A; 3KKD A; 3QPL A; 2WV1 A; 1A6I A; 3BR3 A; 4W97 A; 4AC6 A; 2OI8 A; 5IP6 A; 5HAW A; 3B6C A; 2HYJ A; 2JK3 A; 2UXO A; 2ZOZ A; 3QPS A; 2FBQ A; 2XPW A; 3VW1 A; 1RPW A; 3PPB A; 1RKT A; 1SGM A; 2UXU A; 2QTQ A; 1JT6 A; 5EFY A; 4UDS A; 3G1L A; 5J1R A; 2Q24 A; 2YVE A; 3LJL A; 4NN1 A; 2UXP A; 3KZ9 A; 4GFK A; 5H9T A; 5CW8 A; 3HTI A; 3ON4 A; 2G7S A; 4JYK A; 1JUS A; 2XGD A; 3VW2 A; 2RHA A; 3BRU A; 4ABZ A; 2ID3 A; 3COL A; 3FK7 A; 3C07 A; 5EZH A; 2REK A; 2HQ5 A; 3BTL A; 2FD5 A; 2Y31 A; 2DG8 A; 5EZG A; 3WHC A; 2PBX A; 3HGY A; 3TP3 A; 5FMP A; 4AUX A; 2YVH A; 3CWR A; 2G0E A; 3QKX A; 3DCF A; 3BR6 A; 1VI0 A; 4I76 A; 3BTJ A; 3HTH A; 4M3G A; 3BR1 A; 3VIB A; 2G3B A; 3NNR A; 5D18 A; 5DAJ A; 3QBM A; 2QWT A; 2TCT A; 4AC0 A; 2GBY A; 4YZE A; 5J3L A; 3NPI A; 5K7H A; 4NEL A; 5IPA A; 3BR2 A; 3BHQ A; 3ANG A; 3GEU A; 3CRJ A; 2VKV A; 1ORK A; 4M3F A; 2ZCM A; 3IUV A; 5AQC A; 3CCY A; 4JKZ A; 5F0C A; 5GP9 A; 5D19 A; 2OPT A; 3MNL A; 3QQA A; 4G12 A; 3VOX A; 3SDG A; 2F07 A; 3O8H A; 2O7T A; 3ZQI A; 3TP0 A; 1QPI A; 3DPJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q0W A; 4ICH A; 3G1M A; 5J1U A; 3ANP A; 3DU5 A; 3ZQH A; 2R7U A; 1JUM A; 3PAS A; 2OF7 A; 3BR0 A; 3BQZ A; 5EYR A; 2HXI A; 2QOP A; 4D5C A; 4I6Z A; 2HXO A; 3JSJ A; 5FKK A; 3NS4 A; 3FRQ A; 3B81 A; 3VOK A; 3RH2 A; 3HTJ A; 3K8P C; 2NX4 A; 2IU5 A; 2ZB9 A; 5CXG A; 2PZ9 A; 3V6G A; 4L62 A; 2WUI A; 4V2F A; 3BT9 A; 4PXI A; 3E7Q A; 5FKN A; 3IH4 A; 2XB5 A; 5K7F A; 2HKU A; 2RAE A; 2VPR A; 3KNW A; 2ID6 A; 1RKW A; 3IH3 A; 2FX0 A; 3KKC A; 3O60 A; 1T56 A; 2PFV A; 2Y30 A; 1JUP A; 5CXI A; 2RAS A; 5F04 A; 5D1R A; 2W53 A; 3HE0 A; 4C2M A; 1JT0 A; 2A2F X; 3GZI A; 5IOY A; 2R7O A; 2XDN A; 5IOZ A; 2IEK A; 2G7G A; 2UXH A; 1QVU A; 2GFN A; 3O8G A; 2XGC A; 3FHN A; 3LSR A; 3HGG A; 3G7R A; 2R7S A; 2R7R A; 4GCK A; 3CDL A; 3BR5 A; 3V78 A; 4IRV A; 4MXM A; 5C4Y A; 3ZQG A; 3G1O A; 4U9N A; 2QIB A; 3ON2 A; 2ZCN A; 2R7W A; 4GFL A; 5K7Z A; 3BNI A; 2NP3 A; 3T6N A; 2R7V A; 3VP5 A; 3F0C A; 2I10 A; 2NS7 A; 4M3B A; 3DEW A; 3HTA A; 3Q3S A; 4WIB A; 2UXI A; 3EUP A; 1BJZ A; 2X6O A; 2QCO A; 3IH2 A; 2GUH A; 3B6A A; 3PM1 A; 3VVY A; 3S5R A; 3HIM A; 4XK4 A; 2WGB A; 3BQY A; 2TRT A; 4GCL A; 3VVZ A; 5F27 A; 4B1R A; 2XPV A; 3G56 A; 4JNN A; 4D7N A; 2OER A; 3F1B A; 4AF5 A; 2VKE A; 3BTC A; 2IAI A; 2XPU A; 2ZCX A; 3FIW A; 4GCT A; 2HYT A; 3AQS A; 3VVX A; 2B3W A; 5J1Y A; 1ZK8 A; 2Y2Z A; 2R7X A; 2D6Y A; 3BJB A; 3Q0U A; 1QVT A; 4MK6 A; 4X1E A; 3DU6 A; 3LSP A; 4CGR A; 3ZQL A; 2DTZ A; 4JL3 A; 3BCG A; 4HKU A; 2QKO A; 2B1E A; 2FQ4 A; 3C2B A; 1UI5 A; 1JTY A; 2XRL A; 1T33 A; 3ZQF A; 2G7L A; 2JJ7 A; 3LSJ A; 3SFI A; 3MVP A; 1Z0X A; 3FK6 A; 3BTI A; 5FKO A; 5F0H A; 1UI6 A; 3VPR A; 2XGE A; 2ZOY A; 3NRG A; 2NP5 A; 4B3A A; 2IBD A; 1U9O A; 3LOC A; 3NI7 A; 1Z77 A; 4D5F A; 3LHQ A; 4ACI A; 1ZKG A; 2FJ1 A; 2EH3 A; 5K58 A; 2YVX A; 3RD3 A; 3NXC A; 4MO7 A; 3WHB A; 2O7O A; 4ME9 A; 4M3D A; 1JTX A; 4DVY P; 5GPC A; 2DG7 A; 3Q0V A; 5FHP A; 4D7M A; 5FKL A; 4V2G A; 3VUQ A; 3CJD A; 5GPA A; 2GEN A; 2NS8 A; 5F08 A; 5CQG A; 1U9N A; 4M3E A; 5F1J A; 4KWA A; 5FGL A; 5F0F A; 3P9T A; 3VW0 A; 3LWJ A; 2X9D A; 4DW6 A; 2R7Q A; 4W1U A; 3AQT A; 5HSZ A; 5FKM A; 5HBU A; 2FJI 1; 2V57 A; 3EGQ A; 3KKD A; 3QPL A; 2WV1 A; 1A6I A; 3BR3 A; 4OD4 A; 4W97 A; 4AC6 A; 2OI8 A; 5IP6 A; 5HAW A; 3B6C A; 2HYJ A; 2JK3 A; 2UXO A; 3SWH A; 2ZOZ A; 3QPS A; 2FBQ A; 2XPW A; 3VW1 A; 4U9L A; 1RPW A; 3PPB A; 1RKT A; 1SGM A; 2UXU A; 2QTQ A; 1JT6 A; 5EFY A; 4UDS A; 3G1L A; 5J1R A; 2Q24 A; 2YVE A; 3LJL A; 4NN1 A; 2UXP A; 3KZ9 A; 4GFK A; 5H9T A; 5CW8 A; 3HTI A; 3ON4 A; 2G7S A; 4JYK A; 1JUS A; 2XGD A; 3VW2 A; 2RHA A; 3KYL A; 3BRU A; 4ABZ A; 2ID3 A; 3COL A; 3FK7 A; 2ZY9 A; 3C07 A; 5EZH A; 2REK A; 2HQ5 A; 3BTL A; 2FD5 A; 2Y31 A; 2DG8 A; 5EZG A; 3WHC A; 2PBX A; 3HGY A; 4OD5 A; 3TP3 A; 5FMP A; 4AUX A; 2YVH A; 3CWR A; 2G0E A; 3QKX A; 3DCF A; 3BR6 A; 1VI0 A; 4I76 A; 3BTJ A; 2R7T A; 3HTH A; 4M3G A; 3BR1 A; 3VIB A; 3VTI A; 2G3B A; 3NNR A; 5D18 A; 5DAJ A; 3QBM A; 2QWT A; 2TCT A; 4AC0 A; 2GBY A; 4YZE A; 5J3L A; 3NPI A; 5K7H A; 4NEL A; 5IPA A; 3BR2 A; 3BHQ A; 3ANG A; 3GEU A; 3CRJ A; 2VKV A; 1ORK A; 4M3F A; 2ZCM A; 3IUV A; 5AQC A; 3CCY A; 4JKZ A; 5F0C A; 5GP9 A; 5D19 A; 2OPT A; 3MNL A; 3QQA A; 4G12 A; 3VOX A; 3SDG A; 2F07 A; 3O8H A; 2O7T A; 3ZQI A; 3TP0 A; 1QPI A; 3DPJ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3Q0W A; 4ICH A; 3G1M A; 5J1U A; 3ANP A; 3ZQH A; 1JUM A; 3PAS A; 2OF7 A; 3BR0 A; 3BQZ A; 5EYR A; 2HXI A; 2QOP A; 4D5C A; 4I6Z A; 2HXO A; 3JSJ A; 5FKK A; 3FRQ A; 3B81 A; 3VOK A; 3RH2 A; 3HTJ A; 2NX4 A; 2IU5 A; 2ZB9 A; 5CXG A; 2PZ9 A; 3V6G A; 4L62 A; 2WUI A; 4V2F A; 3BT9 A; 4PXI A; 3E7Q A; 5FKN A; 3IH4 A; 2XB5 A; 5K7F A; 2HKU A; 2RAE A; 2VPR A; 3KNW A; 2ID6 A; 1RKW A; 3IH3 A; 2FX0 A; 3KKC A; 3O60 A; 1T56 A; 2Y30 A; 1JUP A; 5CXI A; 2RAS A; 5F04 A; 5D1R A; 2W53 A; 3HE0 A; 1JT0 A; 3GZI A; 5IOY A; 2XDN A; 5IOZ A; 2IEK A; 2G7G A; 2UXH A; 1QVU A; 2GFN A; 3O8G A; 2XGC A; 3LSR A; 3HGG A; 3G7R A; 4GCK A; 3CDL A; 3BR5 A; 3V78 A; 4MXM A; 5C4Y A; 3ZQG A; 3G1O A; 2QIB A; 3ON2 A; 2ZCN A; 4GFL A; 5K7Z A; 3BNI A; 2NP3 A; 3T6N A; 3VP5 A; 3F0C A; 2I10 A; 2NS7 A; 4M3B A; 3DEW A; 3HTA A; 3Q3S A; 2UXI A; 3EUP A; 1BJZ A; 2X6O A; 2QCO A; 3IH2 A; 2GUH A; 3B6A A; 3PM1 A; 3VVY A; 3S5R A; 3HIM A; 4XK4 A; 2WGB A; 3BQY A; 2TRT A; 4GCL A; 3VVZ A; 5F27 A; 4B1R A; 2XPV A; 3G56 A; 4JNN A; 4D7N A; 2OER A; 3F1B A; 4AF5 A; 2VKE A; 3BTC A; 2IAI A; 2XPU A; 2ZCX A; 3FIW A; 4GCT A; 2HYT A; 3AQS A; 3VVX A; 5J1Y A; 1ZK8 A; 2Y2Z A; 2D6Y A; 3BJB A; 3Q0U A; 1QVT A; 4MK6 A; 4X1E A; 3LSP A; 4CGR A; 3ZQL A; 2DTZ A; 4JL3 A; 3BCG A; 4HKU A; 2QKO A; 2FQ4 A; 3C2B A; 1UI5 A; 1JTY A; 2XRL A; 1T33 A; 3ZQF A; 2G7L A; 2JJ7 A; 3LSJ A; 3SFI A; 3MVP A; 1Z0X A; 3FK6 A; 3BTI A; 5FKO A; 5F0H A; 1UI6 A; 3VPR A; 2XGE A; 2ZOY A; 3NRG A; 2NP5 A; 4B3A A; 2IBD A; 1U9O A; 3LOC A; 3NI7 A; 1Z77 A; 4D5F A; 3LHQ A; 4ACI A; 1ZKG A; 2FJ1 A; 2EH3 A; 5K58 A; 3RD3 A; 3NXC A; 4MO7 A; 3WHB A; 2O7O A; 4ME9 A; 4M3D A; 1JTX A; 5GPC A; 2DG7 A; 3Q0V A; 5FHP A; 4D7M A; 5FKL A; 4V2G A; 3VUQ A; 3CJD A; 5GPA A; 2GEN A; 2NS8 A; 5F08 A; 1U9N A; 4M3E A; 5F1J A; 4KWA A; 5FGL A; 5F0F A; 3P9T A; 3VW0 A; 3LWJ A; 2X9D A; 4DW6 A; 4W1U A; 3AQT A; 5HSZ A; 5FKM A; 5HBU A; 2V57 A; 3EGQ A; 3KKD A; 3QPL A; 2WV1 A; 1A6I A; 3BR3 A; 4W97 A; 4AC6 A; 2OI8 A; 5IP6 A; 5HAW A; 3B6C A; 2HYJ A; 2JK3 A; 2UXO A; 2ZOZ A; 3QPS A; 2FBQ A; 2XPW A; 3VW1 A; 1RPW A; 3PPB A; 1RKT A; 1SGM A; 2UXU A; 2QTQ A; 1JT6 A; 5EFY A; 4UDS A; 3G1L A; 5J1R A; 2Q24 A; 2YVE A; 3LJL A; 4NN1 A; 2UXP A; 3KZ9 A; 4GFK A; 5H9T A; 5CW8 A; 3HTI A; 3ON4 A; 2G7S A; 4JYK A; 1JUS A; 2XGD A; 3VW2 A; 2RHA A; 3BRU A; 4ABZ A; 2ID3 A; 3COL A; 3FK7 A; 3C07 A; 5EZH A; 2REK A; 2HQ5 A; 3BTL A; 2FD5 A; 2Y31 A; 2DG8 A; 5EZG A; 3WHC A; 2PBX A; 3HGY A; 3TP3 A; 5FMP A; 4AUX A; 2YVH A; 3CWR A; 2G0E A; 3QKX A; 3DCF A; 3BR6 A; 1VI0 A; 4I76 A; 3BTJ A; 3HTH A; 4M3G A; 3BR1 A; 3VIB A; 2G3B A; 3NNR A; 5D18 A; 5DAJ A; 3QBM A; 2QWT A; 2TCT A; 4AC0 A; 2GBY A; 4YZE A; 5J3L A; 3NPI A; 5K7H A; 4NEL A; 5IPA A; 3BR2 A; 3BHQ A; 3ANG A; 3GEU A; 3CRJ A; 2VKV A; 1ORK A; 4M3F A; 2ZCM A; 3IUV A; 5AQC A; 3CCY A; 4JKZ A; 5F0C A; 5GP9 A; 5D19 A; 2OPT A; 3MNL A; 3QQA A; 4G12 A; 3VOX A; 3SDG A; 2F07 A; 3O8H A; 2O7T A; 3ZQI A; 3TP0 A; 1QPI A; 3DPJ A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
