The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
186
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structure length |
182
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Chain Sequence |
DKRDQILAAAEQLIAESGFQGLSMQKLANEAGVAAGTIYRYFSDKEHLLEEVRLNVAKRIASAVQAGVNDDMPLKERYRTMWLNIWNLAGSNLNAISNRVLPCTTRNKTWELERKMFAQVDRLFNQGKEEGVFKPLDNEVLSGLSFEASVALARKHALGFYQLDDDALEAAIEASWDAIIKH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of a Putative Transcriptional Regulator TetR Family Protein from Vibrio parahaemolyticus.
rcsb |
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Vibrio parahaemolyticus
|
| molecule keywords |
Transcriptional regulator, TetR family
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| total genus |
72
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| structure length |
182
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| sequence length |
186
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00440 | TetR_N | Bacterial regulatory proteins, tetR family |
| A | PF16295 | TetR_C_10 | Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4D5C A; 1QVU A; 2HXI A; 4JNN A; 5J3L A; 1UI5 A; 3SDG A; 3Q0V A; 3WHC A; 4JYK A; 2WUI A; 3BR3 A; 5F1J A; 3ANP A; 3S5R A; 3VP5 A; 2QOP A; 3F1B A; 4X1E A; 2ZOZ A; 3Q0U A; 2REK A; 2QIB A; 3BTC A; 3ON2 A; 3QPL A; 4M3G A; 1VI0 A; 3QQA A; 1JUP A; 3HGG A; 3LOC A; 5EYR A; 2FX0 A; 3VPR A; 4NN1 A; 4W97 A; 1JUM A; 5FMP A; 3B6C A; 2Q24 A; 4MK6 A; 2NP5 A; 2GUH A; 5FKN A; 5F04 A; 4M3E A; 3BQZ A; 5FKK A; 5HAW A; 1BJZ A; 4MO7 A; 3LSJ A; 3CRJ A; 5FKL A; 2I10 A; 2XGD A; 3FIW A; 3VW2 A; 3ZQI A; 2OPT A; 2W53 A; 2YVE A; 4GCL A; 2XGC A; 5FHP A; 1RPW A; 2RAS A; 3C07 A; 3DEW A; 5AQC A; 5D19 A; 5F0C A; 5J1Y A; 4AUX A; 2ID3 A; 3G1L A; 5F0F A; 3G7R A; 3TP3 A; 3ZQL A; 4GFK A; 3BHQ A; 3VW1 A; 5EZG A; 4I6Z A; 5IOZ A; 2UXO A; 4V2G A; 2EH3 A; 5F0H A; 2XPV A; 2ZCN A; 3KKD A; 3F0C A; 1ZKG A; 3QKX A; 4YZE A; 1QVT A; 3MNL A; 3VOX A; 2DG8 A; 2DTZ A; 4ACI A; 2NP3 A; 2V57 A; 3BR0 A; 4AF5 A; 2Y30 A; 2NS7 A; 2IU5 A; 5K7H A; 4G12 A; 3GZI A; 3ZQF A; 3O60 A; 5IP6 A; 1JT0 A; 4MXM A; 3NPI A; 3ANG A; 3BR5 A; 3CCY A; 3CJD A; 4V2F A; 4HKU A; 2G7G A; 2O7O A; 5F08 A; 2FJ1 A; 1JTX A; 2HYT A; 5EFY A; 5FKM A; 1U9N A; 1RKT A; 3FRQ A; 1A6I A; 2XDN A; 2F07 A; 3BT9 A; 4ME9 A; 2ZB9 A; 4CGR A; 2G0E A; 3IUV A; 3QBM A; 5K7F A; 2DG7 A; 2X6O A; 4ABZ A; 2ZCX A; 3P9T A; 4L62 A; 3AQS A; 5F27 A; 3HTH A; 2RHA A; 2UXU A; 3NI7 A; 4D7M A; 3FK7 A; 2FBQ A; 3Q0W A; 1U9O A; 2VKV A; 3DCF A; 1SGM A; 3EGQ A; 3LHQ A; 3HGY A; 2QTQ A; 1RKW A; 3O8H A; 2O7T A; 2ID6 A; 3MVP A; 5J1U A; 5GPC A; 3ON4 A; 2FD5 A; 2PZ9 A; 2HXO A; 3HTJ A; 3B6A A; 3LJL A; 1JTY A; 3VOK A; 4UDS A; 2G3B A; 3FK6 A; 3E7Q A; 5CXG A; 2QKO A; 3BJB A; 3VUQ A; 2IEK A; 3AQT A; 2TRT A; 3CWR A; 4KWA A; 2XPU A; 2HQ5 A; 3G1M A; 5CXI A; 2ZCM A; 1ZK8 A; 5K58 A; 3TP0 A; 4D5F A; 5DAJ A; 5HSZ A; 1T33 A; 2NX4 A; 3IH2 A; 4GCK A; 2VKE A; 3LSR A; 3VVZ A; 2Y31 A; 1Z77 A; 1JT6 A; 2XRL A; 3BRU A; 3V78 A; 1Z0X A; 3COL A; 4GFL A; 2JJ7 A; 3T6N A; 5D18 A; 1T56 A; 1QPI A; 4AC0 A; 5IPA A; 2PBX A; 3Q3S A; 3C2B A; 2WGB A; 1ORK A; 2VPR A; 2OI8 A; 3HIM A; 3HTI A; 4B1R A; 3BNI A; 3VIB A; 4ICH A; 2JK3 A; 3QPS A; 2HYJ A; 2FQ4 A; 3NNR A; 3BR2 A; 5HBU A; 4NEL A; 3LSP A; 2UXP A; 3SFI A; 3ZQG A; 3GEU A; 4W1U A; 2QWT A; 2XGE A; 3G1O A; 3BR6 A; 3KNW A; 4AC6 A; 2D6Y A; 4I76 A; 3VVY A; 3O8G A; 4PXI A; 2RAE A; 3RD3 A; 2GFN A; 4XK4 A; 1UI6 A; 5D1R A; 3JSJ A; 3B81 A; 4DW6 A; 2OF7 A; 2GEN A; 3BQY A; 2UXH A; 4M3F A; 3BTL A; 1JUS A; 3HTA A; 2IAI A; 2HKU A; 3BCG A; 4B3A A; 2QCO A; 3ZQH A; 2G7L A; 3DPJ A; 3V6G A; 3VVX A; 3LWJ A; 3HE0 A; 5C4Y A; 3KZ9 A; 3IH3 A; 3G56 A; 3WHB A; 2TCT A; 2YVH A; 2IBD A; 3BR1 A; 4JKZ A; 5GP9 A; 4D7N A; 2XPW A; 2NS8 A; 3BTI A; 3PM1 A; 5GPA A; 2WV1 A; 2OER A; 5EZH A; 3RH2 A; 3VW0 A; 3PPB A; 5CW8 A; 2UXI A; 3NRG A; 5K7Z A; 4GCT A; 2Y2Z A; 2GBY A; 3IH4 A; 4JL3 A; 3CDL A; 5FKO A; 3EUP A; 5FGL A; 5J1R A; 5IOY A; 3KKC A; 3PAS A; 4M3B A; 2G7S A; 2X9D A; 5H9T A; 3BTJ A; 4M3D A; 2XB5 A; 2ZOY A; 3NXC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D5C A; 1QVU A; 2HXI A; 4JNN A; 2FJI 1; 5J3L A; 1UI5 A; 3SDG A; 3Q0V A; 3WHC A; 4JYK A; 2WUI A; 3BR3 A; 5F1J A; 3ANP A; 3S5R A; 3VP5 A; 2QOP A; 3F1B A; 4X1E A; 2ZOZ A; 3Q0U A; 2REK A; 2QIB A; 3BTC A; 3ON2 A; 3QPL A; 4M3G A; 1VI0 A; 3QQA A; 1JUP A; 3HGG A; 3LOC A; 5EYR A; 2FX0 A; 3VPR A; 4NN1 A; 4W97 A; 1JUM A; 2R7Q A; 5FMP A; 2R7W A; 4WIB A; 3B6C A; 2Q24 A; 4MK6 A; 2NP5 A; 2GUH A; 5FKN A; 5F04 A; 2R7V A; 4M3E A; 3BQZ A; 5FKK A; 5HAW A; 1BJZ A; 4MO7 A; 3LSJ A; 4IRV A; 3CRJ A; 5FKL A; 2I10 A; 2XGD A; 3FIW A; 3VW2 A; 3ZQI A; 2OPT A; 2W53 A; 2YVE A; 4GCL A; 2XGC A; 5FHP A; 1RPW A; 2RAS A; 3C07 A; 3DEW A; 5AQC A; 5D19 A; 5F0C A; 5J1Y A; 4AUX A; 2ID3 A; 3G1L A; 5F0F A; 3G7R A; 3TP3 A; 4OD5 A; 4GFK A; 3ZQL A; 3BHQ A; 3VW1 A; 5EZG A; 4I6Z A; 5IOZ A; 2UXO A; 4V2G A; 2EH3 A; 5F0H A; 2XPV A; 2ZCN A; 3KKD A; 3F0C A; 1ZKG A; 3QKX A; 4YZE A; 1QVT A; 2B3W A; 4DVY P; 3MNL A; 4C2M A; 3VOX A; 2DG8 A; 2DTZ A; 4ACI A; 2NP3 A; 2V57 A; 3BR0 A; 4AF5 A; 2Y30 A; 2NS7 A; 2IU5 A; 5K7H A; 4G12 A; 3GZI A; 3ZQF A; 3O60 A; 5IP6 A; 1JT0 A; 4MXM A; 3NPI A; 3ANG A; 3BR5 A; 3CCY A; 3CJD A; 4V2F A; 4OD4 A; 4HKU A; 2G7G A; 2O7O A; 5F08 A; 2FJ1 A; 1JTX A; 2HYT A; 5EFY A; 5FKM A; 1U9N A; 1RKT A; 3K8P C; 3FRQ A; 1A6I A; 2XDN A; 2F07 A; 3BT9 A; 4ME9 A; 2ZB9 A; 4CGR A; 2G0E A; 3IUV A; 3QBM A; 5K7F A; 2DG7 A; 2X6O A; 4ABZ A; 2B1E A; 2ZCX A; 3P9T A; 4L62 A; 5F27 A; 3AQS A; 2PFV A; 3HTH A; 2RHA A; 2UXU A; 3NI7 A; 4D7M A; 3FK7 A; 2FBQ A; 3Q0W A; 1U9O A; 2VKV A; 3DCF A; 1SGM A; 3EGQ A; 3LHQ A; 3HGY A; 2QTQ A; 1RKW A; 3O8H A; 3FHN A; 2O7T A; 2ID6 A; 3MVP A; 5J1U A; 5GPC A; 3ON4 A; 2YVX A; 2FD5 A; 2PZ9 A; 2HXO A; 3HTJ A; 3B6A A; 3LJL A; 1JTY A; 3VOK A; 4UDS A; 2G3B A; 3FK6 A; 3E7Q A; 5CXG A; 2QKO A; 3BJB A; 3VUQ A; 2IEK A; 3AQT A; 2R7X A; 2TRT A; 3CWR A; 4KWA A; 2XPU A; 2HQ5 A; 2R7U A; 3G1M A; 5CXI A; 2ZCM A; 1ZK8 A; 5K58 A; 3TP0 A; 4D5F A; 5DAJ A; 5HSZ A; 3SWH A; 1T33 A; 2NX4 A; 3IH2 A; 4GCK A; 2VKE A; 3LSR A; 3VVZ A; 2Y31 A; 1Z77 A; 1JT6 A; 2XRL A; 3BRU A; 3V78 A; 1Z0X A; 3COL A; 2R7T A; 4GFL A; 2JJ7 A; 3T6N A; 5D18 A; 1T56 A; 1QPI A; 4AC0 A; 5IPA A; 2PBX A; 2A2F X; 3Q3S A; 3C2B A; 2WGB A; 1ORK A; 4U9N A; 2VPR A; 4U9L A; 2OI8 A; 3HIM A; 3HTI A; 4B1R A; 3BNI A; 3VIB A; 4ICH A; 2JK3 A; 3QPS A; 2HYJ A; 2FQ4 A; 3NNR A; 3BR2 A; 5HBU A; 4NEL A; 3LSP A; 2UXP A; 3SFI A; 3GEU A; 3ZQG A; 4W1U A; 2QWT A; 2XGE A; 3G1O A; 2ZY9 A; 3BR6 A; 3KNW A; 5CQG A; 4AC6 A; 2D6Y A; 4I76 A; 3VVY A; 3O8G A; 4PXI A; 2RAE A; 3RD3 A; 2GFN A; 4XK4 A; 1UI6 A; 5D1R A; 2R7O A; 3JSJ A; 3B81 A; 4DW6 A; 2OF7 A; 2GEN A; 3VTI A; 3BQY A; 2UXH A; 4M3F A; 3BTL A; 1JUS A; 3HTA A; 2IAI A; 2HKU A; 3BCG A; 4B3A A; 2QCO A; 3ZQH A; 2G7L A; 3DPJ A; 3V6G A; 3VVX A; 3LWJ A; 3HE0 A; 5C4Y A; 3KZ9 A; 3IH3 A; 3KYL A; 3G56 A; 3WHB A; 2TCT A; 2YVH A; 2IBD A; 3BR1 A; 4JKZ A; 5GP9 A; 4D7N A; 2XPW A; 2NS8 A; 3DU6 A; 3BTI A; 3PM1 A; 5GPA A; 2WV1 A; 2OER A; 5EZH A; 3RH2 A; 3VW0 A; 3PPB A; 5CW8 A; 2UXI A; 3NRG A; 5K7Z A; 4GCT A; 2Y2Z A; 2GBY A; 3IH4 A; 4JL3 A; 3CDL A; 5FKO A; 3EUP A; 5FGL A; 3DU5 A; 5J1R A; 5IOY A; 3NS4 A; 2R7S A; 3KKC A; 3PAS A; 4M3B A; 2G7S A; 2X9D A; 2R7R A; 5H9T A; 3BTJ A; 4M3D A; 2XB5 A; 2ZOY A; 3NXC A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4D5C A; 1QVU A; 2HXI A; 4JNN A; 5J3L A; 1UI5 A; 3SDG A; 3Q0V A; 3WHC A; 4JYK A; 2WUI A; 3BR3 A; 5F1J A; 3ANP A; 3S5R A; 3VP5 A; 2QOP A; 3F1B A; 4X1E A; 2ZOZ A; 3Q0U A; 2REK A; 2QIB A; 3BTC A; 3ON2 A; 3QPL A; 4M3G A; 1VI0 A; 3QQA A; 1JUP A; 3HGG A; 3LOC A; 5EYR A; 2FX0 A; 3VPR A; 4NN1 A; 4W97 A; 1JUM A; 5FMP A; 3B6C A; 2Q24 A; 4MK6 A; 2NP5 A; 2GUH A; 5FKN A; 5F04 A; 4M3E A; 3BQZ A; 5FKK A; 5HAW A; 1BJZ A; 4MO7 A; 3LSJ A; 3CRJ A; 5FKL A; 2I10 A; 2XGD A; 3FIW A; 3VW2 A; 3ZQI A; 2OPT A; 2W53 A; 2YVE A; 4GCL A; 2XGC A; 5FHP A; 1RPW A; 2RAS A; 3C07 A; 3DEW A; 5AQC A; 5D19 A; 5F0C A; 5J1Y A; 4AUX A; 2ID3 A; 3G1L A; 5F0F A; 3G7R A; 3TP3 A; 3ZQL A; 4GFK A; 3BHQ A; 3VW1 A; 5EZG A; 4I6Z A; 5IOZ A; 2UXO A; 4V2G A; 2EH3 A; 5F0H A; 2XPV A; 2ZCN A; 3KKD A; 3F0C A; 1ZKG A; 3QKX A; 4YZE A; 1QVT A; 3MNL A; 3VOX A; 2DG8 A; 2DTZ A; 4ACI A; 2NP3 A; 2V57 A; 3BR0 A; 4AF5 A; 2Y30 A; 2NS7 A; 2IU5 A; 5K7H A; 4G12 A; 3GZI A; 3ZQF A; 3O60 A; 5IP6 A; 1JT0 A; 4MXM A; 3NPI A; 3ANG A; 3BR5 A; 3CCY A; 3CJD A; 4V2F A; 4HKU A; 2G7G A; 2O7O A; 5F08 A; 2FJ1 A; 1JTX A; 2HYT A; 5EFY A; 5FKM A; 1U9N A; 1RKT A; 3FRQ A; 1A6I A; 2XDN A; 2F07 A; 3BT9 A; 4ME9 A; 2ZB9 A; 4CGR A; 2G0E A; 3IUV A; 3QBM A; 5K7F A; 2DG7 A; 2X6O A; 4ABZ A; 2ZCX A; 3P9T A; 4L62 A; 3AQS A; 5F27 A; 3HTH A; 2RHA A; 2UXU A; 3NI7 A; 4D7M A; 3FK7 A; 2FBQ A; 3Q0W A; 1U9O A; 2VKV A; 3DCF A; 1SGM A; 3EGQ A; 3LHQ A; 3HGY A; 2QTQ A; 1RKW A; 3O8H A; 2O7T A; 2ID6 A; 3MVP A; 5J1U A; 5GPC A; 3ON4 A; 2FD5 A; 2PZ9 A; 2HXO A; 3HTJ A; 3B6A A; 3LJL A; 1JTY A; 3VOK A; 4UDS A; 2G3B A; 3FK6 A; 3E7Q A; 5CXG A; 2QKO A; 3BJB A; 3VUQ A; 2IEK A; 3AQT A; 2TRT A; 3CWR A; 4KWA A; 2XPU A; 2HQ5 A; 3G1M A; 5CXI A; 2ZCM A; 1ZK8 A; 5K58 A; 3TP0 A; 4D5F A; 5DAJ A; 5HSZ A; 1T33 A; 2NX4 A; 3IH2 A; 4GCK A; 2VKE A; 3LSR A; 3VVZ A; 2Y31 A; 1Z77 A; 1JT6 A; 2XRL A; 3BRU A; 3V78 A; 1Z0X A; 3COL A; 4GFL A; 2JJ7 A; 3T6N A; 5D18 A; 1T56 A; 1QPI A; 4AC0 A; 5IPA A; 2PBX A; 3Q3S A; 3C2B A; 2WGB A; 1ORK A; 2VPR A; 2OI8 A; 3HIM A; 3HTI A; 4B1R A; 3BNI A; 3VIB A; 4ICH A; 2JK3 A; 3QPS A; 2HYJ A; 2FQ4 A; 3NNR A; 3BR2 A; 5HBU A; 4NEL A; 3LSP A; 2UXP A; 3SFI A; 3ZQG A; 3GEU A; 4W1U A; 2QWT A; 2XGE A; 3G1O A; 3BR6 A; 3KNW A; 4AC6 A; 2D6Y A; 4I76 A; 3VVY A; 3O8G A; 4PXI A; 2RAE A; 3RD3 A; 2GFN A; 4XK4 A; 1UI6 A; 5D1R A; 3JSJ A; 3B81 A; 4DW6 A; 2OF7 A; 2GEN A; 3BQY A; 2UXH A; 4M3F A; 3BTL A; 1JUS A; 3HTA A; 2IAI A; 2HKU A; 3BCG A; 4B3A A; 2QCO A; 3ZQH A; 2G7L A; 3DPJ A; 3V6G A; 3VVX A; 3LWJ A; 3HE0 A; 5C4Y A; 3KZ9 A; 3IH3 A; 3G56 A; 3WHB A; 2TCT A; 2YVH A; 2IBD A; 3BR1 A; 4JKZ A; 5GP9 A; 4D7N A; 2XPW A; 2NS8 A; 3BTI A; 3PM1 A; 5GPA A; 2WV1 A; 2OER A; 5EZH A; 3RH2 A; 3VW0 A; 3PPB A; 5CW8 A; 2UXI A; 3NRG A; 5K7Z A; 4GCT A; 2Y2Z A; 2GBY A; 3IH4 A; 4JL3 A; 3CDL A; 5FKO A; 3EUP A; 5FGL A; 5J1R A; 5IOY A; 3KKC A; 3PAS A; 4M3B A; 2G7S A; 2X9D A; 5H9T A; 3BTJ A; 4M3D A; 2XB5 A; 2ZOY A; 3NXC A;
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