The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
202
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structure length |
199
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Chain Sequence |
GPLGSMRTMVDSGQLTDPESARGKLLQTAAHLFRNKGFERTTVRDLASAVGIQSGSIFHHFKSKDEILRAVMEETIHYNTAMMRASLEEASTVRERVLALIRCELQSIMGGSGEAMAVEWRSLSAEGQAHVLALRDVYEQIWLQVLGEAKAAGYIRGDVFITRRFLTGALSWTTTWFRAQGSLTLEELAEEALLMVLKS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Pfit is a structurally novel Crohn's disease-associated superantigen.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Pseudomonas fluorescens
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| molecule keywords |
Transcriptional regulator I2
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| total genus |
64
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| structure length |
199
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| sequence length |
202
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-09-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IEK A; 2PZ9 A; 2GEN A; 2NP5 A; 3LOC A; 3LJL A; 5K7Z A; 3IH4 A; 1UI5 A; 2IAI A; 5J1R A; 5FGL A; 2GFN A; 3CRJ A; 4I76 A; 3VW0 A; 2FX0 A; 3G7R A; 5D18 A; 3BTL A; 3KNW A; 3HTJ A; 5J3L A; 4JL3 A; 3BTI A; 3QKX A; 2G0E A; 5DAJ A; 5IP6 A; 3BR0 A; 3F1B A; 1QVU A; 3V78 A; 5GP9 A; 5HSZ A; 3RH2 A; 4ME9 A; 2JJ7 A; 3KKD A; 2HXI A; 2ZOZ A; 3MVP A; 3VOK A; 3VW2 A; 3FRQ A; 1JUM A; 3O8G A; 2XGD A; 4YZE A; 3LSP A; 3HIM A; 2UXP A; 2VKE A; 5FMP A; 1U9O A; 2F07 A; 2YVH A; 4JNN A; 2OPT A; 5FKO A; 2FJ1 A; 3PPB A; 2OF7 A; 4GFK A; 3VIB A; 4MO7 A; 2FQ4 A; 2TRT A; 3GZI A; 2ZCN A; 2W53 A; 5CW8 A; 3LWJ A; 3BT9 A; 3VPR A; 1A6I A; 3VVZ A; 4V2G A; 3C2B A; 3NXC A; 2NS7 A; 2G7L A; 3B81 A; 3NI7 A; 2QWT A; 2XGE A; 1JTX A; 2HQ5 A; 5IOZ A; 5J1U A; 2QKO A; 5F08 A; 4JKZ A; 2ZCM A; 3HGY A; 2UXO A; 4B3A A; 3O60 A; 3ZQF A; 4GFL A; 3HGG A; 3EUP A; 2ZOY A; 3RD3 A; 3BR5 A; 2HYJ A; 3NRG A; 2ZB9 A; 3G1O A; 3VVX A; 3Q0U A; 3PM1 A; 3BR1 A; 2IBD A; 3LSR A; 2GUH A; 5CXI A; 5EZH A; 3V6G A; 3B6C A; 3Q3S A; 2XB5 A; 3QQA A; 1UI6 A; 2QTQ A; 2QOP A; 3BRU A; 3GEU A; 3KKC A; 2DG7 A; 2Y30 A; 3S5R A; 2Y31 A; 3CJD A; 2DTZ A; 4AF5 A; 1JT0 A; 4ICH A; 4I6Z A; 4GCL A; 2EH3 A; 5GPC A; 3NNR A; 1U9N A; 4M3G A; 4UDS A; 2XPU A; 3SFI A; 4D7M A; 3BR6 A; 1JT6 A; 1RKW A; 3G56 A; 5C4Y A; 3BQY A; 4HKU A; 4MK6 A; 3HTH A; 2XDN A; 1T56 A; 2RAS A; 3BHQ A; 2OI8 A; 5D1R A; 2NS8 A; 5AQC A; 2WUI A; 3QPL A; 4JYK A; 3QBM A; 3DPJ A; 2HKU A; 2WGB A; 3ZQH A; 3QPS A; 1JTY A; 5K7H A; 2V57 A; 2VKV A; 5HBU A; 2XGC A; 2VPR A; 3IH2 A; 2NX4 A; 2RAE A; 3P9T A; 3PAS A; 2G7G A; 5FKL A; 2RHA A; 5FKM A; 3VP5 A; 4V2F A; 3G1L A; 1RPW A; 3VVY A; 5D19 A; 2X9D A; 3E7Q A; 2DG8 A; 2TCT A; 2Y2Z A; 1Z0X A; 4NN1 A; 2UXH A; 2XRL A; 3LSJ A; 3AQS A; 2X6O A; 3F0C A; 4M3D A; 5EYR A; 3SDG A; 3ZQG A; 3CWR A; 3ON4 A; 3BTJ A; 3C07 A; 5FKN A; 4AC6 A; 3NPI A; 3HE0 A; 2ID3 A; 5F04 A; 4CGR A; 2QCO A; 3COL A; 4M3F A; 4GCK A; 5GPA A; 3ZQL A; 2HXO A; 2FBQ A; 2XPW A; 3FK6 A; 3VUQ A; 2GBY A; 3ON2 A; 3KZ9 A; 2HYT A; 4X1E A; 1RKT A; 3TP3 A; 3BR2 A; 3T6N A; 4NEL A; 5F0F A; 3B6A A; 3FK7 A; 3BQZ A; 4L62 A; 1Z77 A; 2YVE A; 4B1R A; 3Q0W A; 3EGQ A; 2NP3 A; 3Q0V A; 4PXI A; 5K7F A; 2XPV A; 1T33 A; 5H9T A; 2ZCX A; 4AUX A; 2O7T A; 5FKK A; 2Q24 A; 3CCY A; 3CDL A; 2JK3 A; 3HTI A; 5F27 A; 5HAW A; 4D5F A; 5IPA A; 3BNI A; 2REK A; 1QVT A; 5J1Y A; 1ZK8 A; 3IUV A; 2OER A; 3ANG A; 3IH3 A; 1ZKG A; 3WHC A; 1QPI A; 5CXG A; 3VOX A; 3BTC A; 1SGM A; 3BR3 A; 3O8H A; 3TP0 A; 3LHQ A; 3BJB A; 3BCG A; 1VI0 A; 2G7S A; 4G12 A; 4W1U A; 3FIW A; 2QIB A; 5IOY A; 3G1M A; 4W97 A; 3VW1 A; 3DCF A; 1ORK A; 1JUS A; 1BJZ A; 4MXM A; 5F0C A; 2D6Y A; 2ID6 A; 2WV1 A; 3ANP A; 4D7N A; 2FD5 A; 2IU5 A; 5F0H A; 3DEW A; 2UXI A; 5EZG A; 3WHB A; 1JUP A; 4ACI A; 2UXU A; 4ABZ A; 4AC0 A; 2O7O A; 2I10 A; 3AQT A; 4XK4 A; 5F1J A; 3MNL A; 5FHP A; 2PBX A; 4DW6 A; 4M3B A; 5K58 A; 5EFY A; 3ZQI A; 3JSJ A; 3HTA A; 4D5C A; 4GCT A; 4M3E A; 2G3B A; 4KWA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IEK A; 2PZ9 A; 2GEN A; 2NP5 A; 3LOC A; 3LJL A; 5K7Z A; 3IH4 A; 1UI5 A; 2IAI A; 5J1R A; 5FGL A; 2GFN A; 3CRJ A; 4I76 A; 3VW0 A; 2FX0 A; 2R7T A; 3G7R A; 5D18 A; 3BTL A; 3KNW A; 3HTJ A; 5J3L A; 4JL3 A; 3BTI A; 3QKX A; 2G0E A; 5DAJ A; 5IP6 A; 3BR0 A; 3F1B A; 1QVU A; 3V78 A; 5GP9 A; 5HSZ A; 3RH2 A; 4ME9 A; 5CQG A; 2JJ7 A; 3KKD A; 2HXI A; 2ZOZ A; 3MVP A; 3VOK A; 3VW2 A; 3FRQ A; 1JUM A; 3O8G A; 2XGD A; 4C2M A; 4YZE A; 3LSP A; 3HIM A; 2UXP A; 2VKE A; 5FMP A; 1U9O A; 2F07 A; 2YVH A; 4JNN A; 3NS4 A; 2OPT A; 5FKO A; 2FJ1 A; 3PPB A; 4OD4 A; 4DVY P; 2OF7 A; 3K8P C; 4GFK A; 3VIB A; 4MO7 A; 2FQ4 A; 2TRT A; 3GZI A; 2ZCN A; 2W53 A; 5CW8 A; 3LWJ A; 2ZY9 A; 3BT9 A; 3VPR A; 1A6I A; 3VVZ A; 4V2G A; 3C2B A; 3NXC A; 2NS7 A; 2G7L A; 2FJI 1; 3B81 A; 3NI7 A; 2QWT A; 2XGE A; 1JTX A; 2HQ5 A; 5IOZ A; 5J1U A; 2QKO A; 5F08 A; 4JKZ A; 2ZCM A; 3HGY A; 2UXO A; 4B3A A; 3O60 A; 3ZQF A; 4GFL A; 3HGG A; 3EUP A; 2ZOY A; 3RD3 A; 3BR5 A; 2HYJ A; 3NRG A; 2ZB9 A; 3G1O A; 3VVX A; 3Q0U A; 3PM1 A; 3BR1 A; 2IBD A; 3LSR A; 2GUH A; 5CXI A; 3SWH A; 5EZH A; 3V6G A; 3B6C A; 3DU5 A; 3Q3S A; 2XB5 A; 3QQA A; 1UI6 A; 2QTQ A; 2QOP A; 3BRU A; 3GEU A; 3KKC A; 2DG7 A; 2Y30 A; 3S5R A; 2Y31 A; 3CJD A; 2DTZ A; 4AF5 A; 1JT0 A; 4IRV A; 4ICH A; 4I6Z A; 4GCL A; 2EH3 A; 5GPC A; 3NNR A; 4U9N A; 1U9N A; 4M3G A; 4UDS A; 2XPU A; 3SFI A; 4D7M A; 3BR6 A; 1JT6 A; 1RKW A; 3G56 A; 5C4Y A; 2B3W A; 3BQY A; 4HKU A; 4MK6 A; 3HTH A; 2XDN A; 1T56 A; 2RAS A; 3BHQ A; 2OI8 A; 5D1R A; 2NS8 A; 5AQC A; 2WUI A; 3QPL A; 4JYK A; 3QBM A; 3DPJ A; 2HKU A; 3FHN A; 2WGB A; 3ZQH A; 3QPS A; 1JTY A; 5K7H A; 2V57 A; 2VKV A; 5HBU A; 2XGC A; 4OD5 A; 2VPR A; 3IH2 A; 2NX4 A; 2RAE A; 3P9T A; 3PAS A; 2G7G A; 5FKL A; 2RHA A; 5FKM A; 3VP5 A; 4V2F A; 3G1L A; 1RPW A; 3VVY A; 5D19 A; 2X9D A; 3E7Q A; 2DG8 A; 2TCT A; 2Y2Z A; 2B1E A; 1Z0X A; 4NN1 A; 2UXH A; 2XRL A; 3LSJ A; 3AQS A; 3KYL A; 2X6O A; 3F0C A; 2A2F X; 4M3D A; 5EYR A; 3SDG A; 3ZQG A; 3CWR A; 3ON4 A; 2R7S A; 2R7O A; 3BTJ A; 3C07 A; 5FKN A; 4AC6 A; 2R7W A; 3NPI A; 3HE0 A; 2ID3 A; 5F04 A; 4CGR A; 2QCO A; 3DU6 A; 3COL A; 4M3F A; 4GCK A; 5GPA A; 3ZQL A; 2HXO A; 2FBQ A; 2XPW A; 3FK6 A; 3VUQ A; 2GBY A; 3ON2 A; 3KZ9 A; 2HYT A; 4X1E A; 1RKT A; 3TP3 A; 3BR2 A; 3T6N A; 4NEL A; 3VTI A; 5F0F A; 3B6A A; 3FK7 A; 3BQZ A; 4L62 A; 1Z77 A; 2YVE A; 4B1R A; 3Q0W A; 3EGQ A; 2NP3 A; 3Q0V A; 4PXI A; 5K7F A; 2XPV A; 1T33 A; 5H9T A; 2ZCX A; 4AUX A; 2O7T A; 5FKK A; 2Q24 A; 3CCY A; 2R7V A; 3CDL A; 2JK3 A; 3HTI A; 5F27 A; 4U9L A; 5HAW A; 4D5F A; 5IPA A; 3BNI A; 2REK A; 1QVT A; 5J1Y A; 1ZK8 A; 3IUV A; 2PFV A; 2OER A; 3ANG A; 2R7U A; 3IH3 A; 1ZKG A; 3WHC A; 1QPI A; 5CXG A; 3VOX A; 3BTC A; 4WIB A; 1SGM A; 3BR3 A; 3O8H A; 3TP0 A; 3LHQ A; 3BJB A; 3BCG A; 1VI0 A; 2G7S A; 4G12 A; 4W1U A; 3FIW A; 2QIB A; 5IOY A; 3G1M A; 4W97 A; 3VW1 A; 3DCF A; 1ORK A; 1JUS A; 1BJZ A; 4MXM A; 5F0C A; 2YVX A; 2R7X A; 2D6Y A; 2ID6 A; 2WV1 A; 3ANP A; 4D7N A; 2FD5 A; 2IU5 A; 5F0H A; 3DEW A; 2UXI A; 5EZG A; 3WHB A; 1JUP A; 4ACI A; 2UXU A; 4ABZ A; 4AC0 A; 2O7O A; 2I10 A; 3AQT A; 2R7Q A; 4XK4 A; 5F1J A; 3MNL A; 5FHP A; 2PBX A; 4DW6 A; 4M3B A; 5K58 A; 5EFY A; 3ZQI A; 2R7R A; 3JSJ A; 3HTA A; 4D5C A; 4GCT A; 4M3E A; 2G3B A; 4KWA A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2IEK A; 2PZ9 A; 2GEN A; 2NP5 A; 3LOC A; 3LJL A; 5K7Z A; 3IH4 A; 1UI5 A; 2IAI A; 5J1R A; 5FGL A; 2GFN A; 3CRJ A; 4I76 A; 3VW0 A; 2FX0 A; 3G7R A; 5D18 A; 3BTL A; 3KNW A; 3HTJ A; 5J3L A; 4JL3 A; 3BTI A; 3QKX A; 2G0E A; 5DAJ A; 5IP6 A; 3BR0 A; 3F1B A; 1QVU A; 3V78 A; 5GP9 A; 5HSZ A; 3RH2 A; 4ME9 A; 2JJ7 A; 3KKD A; 2HXI A; 2ZOZ A; 3MVP A; 3VOK A; 3VW2 A; 3FRQ A; 1JUM A; 3O8G A; 2XGD A; 4YZE A; 3LSP A; 3HIM A; 2UXP A; 2VKE A; 5FMP A; 1U9O A; 2F07 A; 2YVH A; 4JNN A; 2OPT A; 5FKO A; 2FJ1 A; 3PPB A; 2OF7 A; 4GFK A; 3VIB A; 4MO7 A; 2FQ4 A; 2TRT A; 3GZI A; 2ZCN A; 2W53 A; 5CW8 A; 3LWJ A; 3BT9 A; 3VPR A; 1A6I A; 3VVZ A; 4V2G A; 3C2B A; 3NXC A; 2NS7 A; 2G7L A; 3B81 A; 3NI7 A; 2QWT A; 2XGE A; 1JTX A; 2HQ5 A; 5IOZ A; 5J1U A; 2QKO A; 5F08 A; 4JKZ A; 2ZCM A; 3HGY A; 2UXO A; 4B3A A; 3O60 A; 3ZQF A; 4GFL A; 3HGG A; 3EUP A; 2ZOY A; 3RD3 A; 3BR5 A; 2HYJ A; 3NRG A; 2ZB9 A; 3G1O A; 3VVX A; 3Q0U A; 3PM1 A; 3BR1 A; 2IBD A; 3LSR A; 2GUH A; 5CXI A; 5EZH A; 3V6G A; 3B6C A; 3Q3S A; 2XB5 A; 3QQA A; 1UI6 A; 2QTQ A; 2QOP A; 3BRU A; 3GEU A; 3KKC A; 2DG7 A; 2Y30 A; 3S5R A; 2Y31 A; 3CJD A; 2DTZ A; 4AF5 A; 1JT0 A; 4ICH A; 4I6Z A; 4GCL A; 2EH3 A; 5GPC A; 3NNR A; 1U9N A; 4M3G A; 4UDS A; 2XPU A; 3SFI A; 4D7M A; 3BR6 A; 1JT6 A; 1RKW A; 3G56 A; 5C4Y A; 3BQY A; 4HKU A; 4MK6 A; 3HTH A; 2XDN A; 1T56 A; 2RAS A; 3BHQ A; 2OI8 A; 5D1R A; 2NS8 A; 5AQC A; 2WUI A; 3QPL A; 4JYK A; 3QBM A; 3DPJ A; 2HKU A; 2WGB A; 3ZQH A; 3QPS A; 1JTY A; 5K7H A; 2V57 A; 2VKV A; 5HBU A; 2XGC A; 2VPR A; 3IH2 A; 2NX4 A; 2RAE A; 3P9T A; 3PAS A; 2G7G A; 5FKL A; 2RHA A; 5FKM A; 3VP5 A; 4V2F A; 3G1L A; 1RPW A; 3VVY A; 5D19 A; 2X9D A; 3E7Q A; 2DG8 A; 2TCT A; 2Y2Z A; 1Z0X A; 4NN1 A; 2UXH A; 2XRL A; 3LSJ A; 3AQS A; 2X6O A; 3F0C A; 4M3D A; 5EYR A; 3SDG A; 3ZQG A; 3CWR A; 3ON4 A; 3BTJ A; 3C07 A; 5FKN A; 4AC6 A; 3NPI A; 3HE0 A; 2ID3 A; 5F04 A; 4CGR A; 2QCO A; 3COL A; 4M3F A; 4GCK A; 5GPA A; 3ZQL A; 2HXO A; 2FBQ A; 2XPW A; 3FK6 A; 3VUQ A; 2GBY A; 3ON2 A; 3KZ9 A; 2HYT A; 4X1E A; 1RKT A; 3TP3 A; 3BR2 A; 3T6N A; 4NEL A; 5F0F A; 3B6A A; 3FK7 A; 3BQZ A; 4L62 A; 1Z77 A; 2YVE A; 4B1R A; 3Q0W A; 3EGQ A; 2NP3 A; 3Q0V A; 4PXI A; 5K7F A; 2XPV A; 1T33 A; 5H9T A; 2ZCX A; 4AUX A; 2O7T A; 5FKK A; 2Q24 A; 3CCY A; 3CDL A; 2JK3 A; 3HTI A; 5F27 A; 5HAW A; 4D5F A; 5IPA A; 3BNI A; 2REK A; 1QVT A; 5J1Y A; 1ZK8 A; 3IUV A; 2OER A; 3ANG A; 3IH3 A; 1ZKG A; 3WHC A; 1QPI A; 5CXG A; 3VOX A; 3BTC A; 1SGM A; 3BR3 A; 3O8H A; 3TP0 A; 3LHQ A; 3BJB A; 3BCG A; 1VI0 A; 2G7S A; 4G12 A; 4W1U A; 3FIW A; 2QIB A; 5IOY A; 3G1M A; 4W97 A; 3VW1 A; 3DCF A; 1ORK A; 1JUS A; 1BJZ A; 4MXM A; 5F0C A; 2D6Y A; 2ID6 A; 2WV1 A; 3ANP A; 4D7N A; 2FD5 A; 2IU5 A; 5F0H A; 3DEW A; 2UXI A; 5EZG A; 3WHB A; 1JUP A; 4ACI A; 2UXU A; 4ABZ A; 4AC0 A; 2O7O A; 2I10 A; 3AQT A; 4XK4 A; 5F1J A; 3MNL A; 5FHP A; 2PBX A; 4DW6 A; 4M3B A; 5K58 A; 5EFY A; 3ZQI A; 3JSJ A; 3HTA A; 4D5C A; 4GCT A; 4M3E A; 2G3B A; 4KWA A;
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