The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
201
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structure length |
197
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Chain Sequence |
KEDSEKTRTAILLAAEELFLEKGVSHTSLEQIARAAGVTRGAVYWHFQNKAHLFNEMLNQVRLPPEQLTERLSSDPLRSLYDLCLEAVQSLLTQEKKRRILTILMQRCEFTEELREAQERNNAFVQMFIELCEQLFARDECRVRLHPGMTPRIASRALHALILGLFNDWLRDPRLFDPDTDAEHLLEPMFRGLVRDW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Novobiocin binding to NalD induces the expression of the MexAB-OprM pump in Pseudomonas aeruginosa.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228)
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| molecule keywords |
NalD
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| total genus |
85
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| structure length |
197
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| sequence length |
201
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00440 | TetR_N | Bacterial regulatory proteins, tetR family |
| A | PF08361 | TetR_C_2 | MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Tetracycline Repressor; domain 2 | Tetracycline Repressor, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ON2 A; 3VVZ A; 1JUS A; 2D6Y A; 3ON4 A; 4MO7 A; 3C2B A; 3VIB A; 3O60 A; 2G0E A; 4D7N A; 5FKK A; 2G7L A; 5EFY A; 2Y31 A; 3QPS A; 3CCY A; 1ZK8 A; 2ZCN A; 1T33 A; 3VOX A; 3VOK A; 1QPI A; 1JT0 A; 1RKT A; 3CWR A; 3ZQG A; 5FKL A; 3LSJ A; 3PM1 A; 3B81 A; 2XDN A; 4W1U A; 2FJ1 A; 2JJ7 A; 2TRT A; 2YVH A; 5HSZ A; 5K7H A; 4JNN A; 3ZQL A; 2QTQ A; 1JTY A; 2REK A; 3ZQF A; 3BR1 A; 2Y2Z A; 3G1M A; 3HTH A; 2FX0 A; 2EH3 A; 3DEW A; 3B6C A; 3TP0 A; 3VVY A; 4UDS A; 2XB5 A; 3BHQ A; 1JUP A; 2X6O A; 3LSP A; 4HKU A; 1QVT A; 2GFN A; 2XPV A; 5F0F A; 4L62 A; 3Q0V A; 5AQC A; 5CXG A; 5D18 A; 3IUV A; 1BJZ A; 5C4Y A; 2ZCX A; 3GEU A; 5J1U A; 3HGY A; 4GFL A; 2X9D A; 4MXM A; 3COL A; 3HTJ A; 1QVU A; 4V2F A; 3V6G A; 5CW8 A; 4CGR A; 4JYK A; 2ID3 A; 2NS7 A; 2Y30 A; 4JKZ A; 3FK7 A; 2Q24 A; 1VI0 A; 3HTA A; 5F1J A; 3O8G A; 2RHA A; 2UXH A; 3NNR A; 2UXU A; 4I6Z A; 5F08 A; 4M3F A; 4W97 A; 3BR3 A; 3E7Q A; 3SDG A; 2WUI A; 3WHB A; 3EUP A; 3LJL A; 2OF7 A; 3QKX A; 3PPB A; 2HYT A; 3F1B A; 3QQA A; 2HXO A; 3BR0 A; 3FRQ A; 4NN1 A; 3O8H A; 4M3B A; 4PXI A; 2GUH A; 4GCT A; 2DTZ A; 3CRJ A; 3CJD A; 5FKO A; 5J1Y A; 1U9N A; 3G1O A; 3KNW A; 3V78 A; 1JUM A; 3PAS A; 4B3A A; 4B1R A; 1RPW A; 4D5F A; 1RKW A; 3CDL A; 3DPJ A; 3DCF A; 2IAI A; 3BRU A; 5J1R A; 5K7Z A; 4GFK A; 4D5C A; 5FGL A; 3FK6 A; 2PBX A; 2UXO A; 3NPI A; 3SFI A; 3ZQI A; 2OI8 A; 3Q0U A; 4M3D A; 4GCK A; 3Q3S A; 4AF5 A; 2IBD A; 2ZB9 A; 3C07 A; 3LOC A; 5DAJ A; 4ICH A; 4NEL A; 2IEK A; 5HAW A; 4JL3 A; 3AQS A; 5GP9 A; 4MK6 A; 3WHC A; 3RH2 A; 1U9O A; 2VKV A; 2GEN A; 2NP3 A; 3LWJ A; 4G12 A; 2XGC A; 5EYR A; 3JSJ A; 2ZOY A; 1SGM A; 5IOY A; 3BTC A; 3MNL A; 2NX4 A; 1Z0X A; 3BQY A; 1A6I A; 2YVE A; 5EZH A; 3KZ9 A; 3QBM A; 3QPL A; 3B6A A; 2UXP A; 2VPR A; 2HKU A; 2PZ9 A; 1T56 A; 2DG7 A; 3VVX A; 2TCT A; 4ACI A; 5D19 A; 4AC0 A; 4D7M A; 2VKE A; 2IU5 A; 4DW6 A; 2GBY A; 3G1L A; 3GZI A; 4KWA A; 5F0C A; 2RAS A; 3BJB A; 1Z77 A; 4I76 A; 5GPA A; 3ZQH A; 2QIB A; 3BR6 A; 2HXI A; 5K7F A; 2FD5 A; 2WV1 A; 2I10 A; 4AC6 A; 1ORK A; 5IOZ A; 3VUQ A; 3HE0 A; 2XGD A; 2G7G A; 3IH4 A; 3BQZ A; 3BTI A; 3P9T A; 3MVP A; 3IH2 A; 2HYJ A; 2XPU A; 3BTJ A; 2QKO A; 2NS8 A; 3KKD A; 2QOP A; 5K58 A; 3BT9 A; 3BR2 A; 2F07 A; 1JT6 A; 4ME9 A; 5FHP A; 4XK4 A; 2XPW A; 5FKM A; 3ANG A; 5H9T A; 1UI5 A; 3T6N A; 3NRG A; 2DG8 A; 4ABZ A; 2W53 A; 3RD3 A; 4V2G A; 3VW2 A; 2WGB A; 5F27 A; 5J3L A; 3S5R A; 2QCO A; 2O7O A; 3LHQ A; 2OPT A; 3NI7 A; 1JTX A; 5D1R A; 2XRL A; 1UI6 A; 5GPC A; 2NP5 A; 5F04 A; 3BNI A; 5IPA A; 3BR5 A; 5EZG A; 3AQT A; 5FKN A; 4YZE A; 2QWT A; 2FBQ A; 4X1E A; 3HTI A; 3HIM A; 5HBU A; 4AUX A; 2G7S A; 3Q0W A; 4M3G A; 3ANP A; 3NXC A; 2UXI A; 3TP3 A; 5FMP A; 2ID6 A; 3VPR A; 3FIW A; 3BTL A; 3VP5 A; 4GCL A; 3IH3 A; 2OER A; 2G3B A; 2JK3 A; 3BCG A; 3HGG A; 5IP6 A; 3KKC A; 3LSR A; 2FQ4 A; 2HQ5 A; 2ZOZ A; 4M3E A; 2O7T A; 2V57 A; 2RAE A; 5CXI A; 3G56 A; 2ZCM A; 5F0H A; 1ZKG A; 3F0C A; 3EGQ A; 3VW1 A; 2XGE A; 3G7R A; 3VW0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ON2 A; 2R7W A; 3VVZ A; 1JUS A; 2D6Y A; 3ON4 A; 4MO7 A; 3C2B A; 5CQG A; 3VIB A; 3O60 A; 2G0E A; 4D7N A; 5FKK A; 2G7L A; 5EFY A; 2Y31 A; 3QPS A; 3CCY A; 1ZK8 A; 2ZCN A; 1T33 A; 3VOX A; 3VOK A; 1QPI A; 1JT0 A; 1RKT A; 3CWR A; 3ZQG A; 3DU6 A; 5FKL A; 2R7S A; 3LSJ A; 3PM1 A; 3B81 A; 2XDN A; 4W1U A; 2FJ1 A; 2JJ7 A; 2TRT A; 2YVH A; 5HSZ A; 5K7H A; 4JNN A; 3ZQL A; 2QTQ A; 1JTY A; 2REK A; 3ZQF A; 3BR1 A; 2Y2Z A; 3G1M A; 3HTH A; 2FX0 A; 2FJI 1; 2EH3 A; 3DEW A; 3NS4 A; 2B1E A; 3B6C A; 3TP0 A; 3VVY A; 4UDS A; 2XB5 A; 3BHQ A; 1JUP A; 2X6O A; 3LSP A; 4OD4 A; 4HKU A; 1QVT A; 2GFN A; 2XPV A; 5F0F A; 4L62 A; 3Q0V A; 5AQC A; 5CXG A; 5D18 A; 3IUV A; 1BJZ A; 5C4Y A; 2ZCX A; 3GEU A; 5J1U A; 3HGY A; 4GFL A; 2X9D A; 4MXM A; 3COL A; 3DU5 A; 3HTJ A; 1QVU A; 4V2F A; 3V6G A; 5CW8 A; 4CGR A; 4JYK A; 2ID3 A; 2NS7 A; 2Y30 A; 4JKZ A; 3FK7 A; 2Q24 A; 1VI0 A; 3HTA A; 5F1J A; 3O8G A; 2RHA A; 2UXH A; 3NNR A; 2UXU A; 4I6Z A; 5F08 A; 4M3F A; 4W97 A; 3BR3 A; 2PFV A; 3E7Q A; 3FHN A; 3SDG A; 2WUI A; 3WHB A; 3EUP A; 3LJL A; 2OF7 A; 3QKX A; 3PPB A; 2HYT A; 3F1B A; 3QQA A; 2HXO A; 3BR0 A; 3FRQ A; 4NN1 A; 3O8H A; 4M3B A; 4PXI A; 2GUH A; 4GCT A; 2DTZ A; 3CRJ A; 3CJD A; 5FKO A; 5J1Y A; 1U9N A; 3G1O A; 4DVY P; 3KNW A; 3VTI A; 3V78 A; 1JUM A; 3PAS A; 4B3A A; 4B1R A; 1RPW A; 4D5F A; 2R7R A; 1RKW A; 3CDL A; 3DPJ A; 2A2F X; 3DCF A; 2IAI A; 3BRU A; 5J1R A; 5K7Z A; 4GFK A; 4D5C A; 5FGL A; 3FK6 A; 2PBX A; 2UXO A; 3NPI A; 2R7V A; 3SFI A; 3ZQI A; 2OI8 A; 3Q0U A; 4M3D A; 4GCK A; 3Q3S A; 4AF5 A; 2IBD A; 2ZB9 A; 3C07 A; 3LOC A; 5DAJ A; 2ZY9 A; 4ICH A; 4NEL A; 4C2M A; 2IEK A; 5HAW A; 4JL3 A; 3AQS A; 5GP9 A; 4OD5 A; 4MK6 A; 3WHC A; 3RH2 A; 1U9O A; 2VKV A; 2GEN A; 2NP3 A; 3LWJ A; 4G12 A; 2XGC A; 5EYR A; 3JSJ A; 4IRV A; 2ZOY A; 3SWH A; 1SGM A; 5IOY A; 3BTC A; 3MNL A; 2NX4 A; 1Z0X A; 3BQY A; 1A6I A; 2R7Q A; 2YVE A; 5EZH A; 3KZ9 A; 3QBM A; 3QPL A; 3B6A A; 2UXP A; 2VPR A; 2HKU A; 2PZ9 A; 1T56 A; 2DG7 A; 3VVX A; 2TCT A; 4ACI A; 5D19 A; 4AC0 A; 4D7M A; 2VKE A; 2IU5 A; 4DW6 A; 2GBY A; 3G1L A; 3GZI A; 4KWA A; 5F0C A; 2RAS A; 2YVX A; 3BJB A; 1Z77 A; 4I76 A; 5GPA A; 3ZQH A; 2QIB A; 3BR6 A; 2HXI A; 5K7F A; 2FD5 A; 2WV1 A; 2I10 A; 4AC6 A; 1ORK A; 5IOZ A; 3VUQ A; 3HE0 A; 2R7O A; 2XGD A; 2G7G A; 3IH4 A; 3BQZ A; 3BTI A; 3P9T A; 3MVP A; 3IH2 A; 2HYJ A; 2XPU A; 3BTJ A; 2B3W A; 2QKO A; 2NS8 A; 3KKD A; 2QOP A; 5K58 A; 3BT9 A; 3BR2 A; 2F07 A; 1JT6 A; 3K8P C; 4ME9 A; 5FHP A; 4XK4 A; 2XPW A; 5FKM A; 3ANG A; 5H9T A; 1UI5 A; 3T6N A; 3NRG A; 2DG8 A; 4ABZ A; 2W53 A; 3RD3 A; 4V2G A; 3VW2 A; 4WIB A; 2WGB A; 5F27 A; 5J3L A; 3S5R A; 2R7X A; 4U9N A; 2QCO A; 2O7O A; 3LHQ A; 2OPT A; 3NI7 A; 1JTX A; 5D1R A; 2XRL A; 1UI6 A; 2R7T A; 5GPC A; 2NP5 A; 5F04 A; 3BNI A; 5IPA A; 3BR5 A; 5EZG A; 3AQT A; 5FKN A; 4YZE A; 2QWT A; 2FBQ A; 4X1E A; 3HTI A; 3KYL A; 3HIM A; 5HBU A; 4AUX A; 2G7S A; 3Q0W A; 4M3G A; 3ANP A; 3NXC A; 2UXI A; 3TP3 A; 5FMP A; 2ID6 A; 3FIW A; 3VPR A; 3BTL A; 3VP5 A; 4GCL A; 3IH3 A; 2OER A; 2R7U A; 2G3B A; 2JK3 A; 3BCG A; 3HGG A; 5IP6 A; 3KKC A; 3LSR A; 2FQ4 A; 2HQ5 A; 2ZOZ A; 4M3E A; 2O7T A; 2V57 A; 2RAE A; 5CXI A; 3G56 A; 2ZCM A; 5F0H A; 4U9L A; 1ZKG A; 3F0C A; 3EGQ A; 3VW1 A; 2XGE A; 3G7R A; 3VW0 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3ON2 A; 3VVZ A; 1JUS A; 2D6Y A; 3ON4 A; 4MO7 A; 3C2B A; 3VIB A; 3O60 A; 2G0E A; 4D7N A; 5FKK A; 2G7L A; 5EFY A; 2Y31 A; 3QPS A; 3CCY A; 1ZK8 A; 2ZCN A; 1T33 A; 3VOX A; 3VOK A; 1QPI A; 1JT0 A; 1RKT A; 3CWR A; 3ZQG A; 5FKL A; 3LSJ A; 3PM1 A; 3B81 A; 2XDN A; 4W1U A; 2FJ1 A; 2JJ7 A; 2TRT A; 2YVH A; 5HSZ A; 5K7H A; 4JNN A; 3ZQL A; 2QTQ A; 1JTY A; 2REK A; 3ZQF A; 3BR1 A; 2Y2Z A; 3G1M A; 3HTH A; 2FX0 A; 2EH3 A; 3DEW A; 3B6C A; 3TP0 A; 3VVY A; 4UDS A; 2XB5 A; 3BHQ A; 1JUP A; 2X6O A; 3LSP A; 4HKU A; 1QVT A; 2GFN A; 2XPV A; 5F0F A; 4L62 A; 3Q0V A; 5AQC A; 5CXG A; 5D18 A; 3IUV A; 1BJZ A; 5C4Y A; 2ZCX A; 3GEU A; 5J1U A; 3HGY A; 4GFL A; 2X9D A; 4MXM A; 3COL A; 3HTJ A; 1QVU A; 4V2F A; 3V6G A; 5CW8 A; 4CGR A; 4JYK A; 2ID3 A; 2NS7 A; 2Y30 A; 4JKZ A; 3FK7 A; 2Q24 A; 1VI0 A; 3HTA A; 5F1J A; 3O8G A; 2RHA A; 2UXH A; 3NNR A; 2UXU A; 4I6Z A; 5F08 A; 4M3F A; 4W97 A; 3BR3 A; 3E7Q A; 3SDG A; 2WUI A; 3WHB A; 3EUP A; 3LJL A; 2OF7 A; 3QKX A; 3PPB A; 2HYT A; 3F1B A; 3QQA A; 2HXO A; 3BR0 A; 3FRQ A; 4NN1 A; 3O8H A; 4M3B A; 4PXI A; 2GUH A; 4GCT A; 2DTZ A; 3CRJ A; 3CJD A; 5FKO A; 5J1Y A; 1U9N A; 3G1O A; 3KNW A; 3V78 A; 1JUM A; 3PAS A; 4B3A A; 4B1R A; 1RPW A; 4D5F A; 1RKW A; 3CDL A; 3DPJ A; 3DCF A; 2IAI A; 3BRU A; 5J1R A; 5K7Z A; 4GFK A; 4D5C A; 5FGL A; 3FK6 A; 2PBX A; 2UXO A; 3NPI A; 3SFI A; 3ZQI A; 2OI8 A; 3Q0U A; 4M3D A; 4GCK A; 3Q3S A; 4AF5 A; 2IBD A; 2ZB9 A; 3C07 A; 3LOC A; 5DAJ A; 4ICH A; 4NEL A; 2IEK A; 5HAW A; 4JL3 A; 3AQS A; 5GP9 A; 4MK6 A; 3WHC A; 3RH2 A; 1U9O A; 2VKV A; 2GEN A; 2NP3 A; 3LWJ A; 4G12 A; 2XGC A; 5EYR A; 3JSJ A; 2ZOY A; 1SGM A; 5IOY A; 3BTC A; 3MNL A; 2NX4 A; 1Z0X A; 3BQY A; 1A6I A; 2YVE A; 5EZH A; 3KZ9 A; 3QBM A; 3QPL A; 3B6A A; 2UXP A; 2VPR A; 2HKU A; 2PZ9 A; 1T56 A; 2DG7 A; 3VVX A; 2TCT A; 4ACI A; 5D19 A; 4AC0 A; 4D7M A; 2VKE A; 2IU5 A; 4DW6 A; 2GBY A; 3G1L A; 3GZI A; 4KWA A; 5F0C A; 2RAS A; 3BJB A; 1Z77 A; 4I76 A; 5GPA A; 3ZQH A; 2QIB A; 3BR6 A; 2HXI A; 5K7F A; 2FD5 A; 2WV1 A; 2I10 A; 4AC6 A; 1ORK A; 5IOZ A; 3VUQ A; 3HE0 A; 2XGD A; 2G7G A; 3IH4 A; 3BQZ A; 3BTI A; 3P9T A; 3MVP A; 3IH2 A; 2HYJ A; 2XPU A; 3BTJ A; 2QKO A; 2NS8 A; 3KKD A; 2QOP A; 5K58 A; 3BT9 A; 3BR2 A; 2F07 A; 1JT6 A; 4ME9 A; 5FHP A; 4XK4 A; 2XPW A; 5FKM A; 3ANG A; 5H9T A; 1UI5 A; 3T6N A; 3NRG A; 2DG8 A; 4ABZ A; 2W53 A; 3RD3 A; 4V2G A; 3VW2 A; 2WGB A; 5F27 A; 5J3L A; 3S5R A; 2QCO A; 2O7O A; 3LHQ A; 2OPT A; 3NI7 A; 1JTX A; 5D1R A; 2XRL A; 1UI6 A; 5GPC A; 2NP5 A; 5F04 A; 3BNI A; 5IPA A; 3BR5 A; 5EZG A; 3AQT A; 5FKN A; 4YZE A; 2QWT A; 2FBQ A; 4X1E A; 3HTI A; 3HIM A; 5HBU A; 4AUX A; 2G7S A; 3Q0W A; 4M3G A; 3ANP A; 3NXC A; 2UXI A; 3TP3 A; 5FMP A; 2ID6 A; 3VPR A; 3FIW A; 3BTL A; 3VP5 A; 4GCL A; 3IH3 A; 2OER A; 2G3B A; 2JK3 A; 3BCG A; 3HGG A; 5IP6 A; 3KKC A; 3LSR A; 2FQ4 A; 2HQ5 A; 2ZOZ A; 4M3E A; 2O7T A; 2V57 A; 2RAE A; 5CXI A; 3G56 A; 2ZCM A; 5F0H A; 1ZKG A; 3F0C A; 3EGQ A; 3VW1 A; 2XGE A; 3G7R A; 3VW0 A;
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