4CG8A

Human choline kinase a1 in complex with compound 14
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
378
structure length
353
Chain Sequence
DEQPEPRTRRRAYLWCKEFLPGAWRGLREDEFHISVIRGGLSNMLFQCSLPDTTATLGDEPRKVLLRLYGEAMVLESVMFAILAERSLGPKLYGIFPQGRLEQFIPSRRLDTEELSLPDISAEIAEKMATFHGMKMPFNKEPKWLFGTMEKYLKEVLRIKFTEESRIKKLHKLLSYNLPLELENLRSLLESTPSPVVFCHNDCQEGNILLLEGRENSEKQKLMLIDFEYSSYNYRGFDIGNHFCEWMYDYSYEKYPFFRANIRKYPTKKQQLHFISSYLPAFQNDFENLSTEEKSIIKEEMLLEVNRFALASHFLWGLWSIVQAKISSIEFGYMDYAQARFDAYFHQKRKLGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords CHOLINE KINASE ALPHA
publication title Discovery of a New Binding Site on Human Choline Kinase A1: Design, Synthesis, Crystallographic Studies and Biological Evaluation of Asymmetrical Bispyridinium Derivatives
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 125
structure length 353
sequence length 378
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4cg8A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4cg8A02
2UUEA 4GUBA 1RDQE 4K8AA 4AN9A 4I1ZA 3LPBA 4F63A 3EQBA 3FI3A 3RM7A 5GIOE 4IANA 3TWJA 3DOGA 4TWCA 5HLWA 4ZZMA 1AD5A 3QQLA 5A4QA 5IA4A 1SZMA 1ZMWA 3B2TA 3VAPA 3LQ3A 4HYUA 3PVUA 1GZNA 3DFAA 3LIJA 2IWIA 4F0IA 2XEYA 4QMMA 3R1QA 4KNBA 3HMOA 4EC8A 1KE5A 5AWMA 5IH6A 4AACA 3BGQA 4FKRA 3O51A 1PXNA 2OF2A 3PXYA 4WBBB 4GK4A 1ZRZA 4FEWA 5ANEA 4ACHA 3C5UA 4DFNA 3RMFA 5E8VA 2XIKA 5EFQA 3QQJA 3RJCA 3II5A 3QD0A 1B39A 4FK3A 3S00A 2H96A 2DWBA 2HWOA 2WTWA 4G6OA 3SLSA 3D2KA 1Q3WA 3IOPA 3OEFX 1XBBA 4U5JA 4KB8A 3HECA 4W8DA 4UZDA 3MVHA 3I4BA 3BU3A 4XS2A 3R9DA 2F4JA 4CD0A 4EOOA 5KE0A 2C68A 3CS9A 2Y6OA 2H9VA 2W5AA 2BZHB 5HEZA 3D14A 3EQCA 2ITPA 4X3FB 3CPBA 3R21A 3T9IA 5D10A 5DR2A 2WOUA 1YKRA 5DHJA 2VWIA 5DEWA 3GC7A 2IVSA 4F6SA 2JFLA 4G3GA 3UODA 4PTGA 1RQQA 4AZVA 3RCDA 2QLUA 3QYZA 1PXOA 5LXMA 2RFEA 3OOGA 5CSXA 2DUVA 2O0UA 4L3PA 1OBDA 4LUEA 3R8LA 4Y73A 4C4EA 4AT3A 4PL5A 4UYNA 5KZIA 3ZXTA 4DT9A 1Q8WA 1P2AA 2OBJA 3OWLA 2ONLA 3ZC5A 3ANRA 4MX9A 3S4QA 3AC8A 3ELJA 3LE6A 3QUPA 2OJIA 2OU7A 4GT3A 1PYXA 1VYWA 4IZYA 5L3AA 4BGGA 1ZYJA 4TXCA 2YCRA 2XNMA 3QUEA 3REPA 2Z60A 3EYGA 4EKKA 4RZVA 4Z55A 3W2QA 3VBQA 2YM6A 3WIGA 3UNZA 4R7HA 3ENMA 2PMLX 2W9ZB 1JSVA 3MA3A 4G9CA 2QKWB 5E8WA 3UVPA 4D1SA 5GINE 1KV2A 1WVWA 2XJ2A 3ATTA 5DOSA 4J52A 5JQ5A 2IVUA 1M7NA 2IZUA 2R3FA 2YACA 3NIEA 4FNYA 3FMEA 5L6PA 1UNLA 3ALNA 1PXKA 4BTKA 2XIXA 3SVVA 2WMVA 5M57A 2RG5A 4TY1A 4MD8E 3KVWA 3D94A 3D4QA 2EU9A 4GFGA 3W18A 5HTBA 3AG9A 5KMLA 3LCSA 2PE1A 3B2WA 4XEYA 4K0YA 3KRLA 3ZUUA 3JS2A 2ETKA 4JLCA 4P5QA 3PP0A 4IFCA 4RT7A 3W0SA 3I0OA 4YJNA 5I0BA 3OG7A 4XOYA 2V62A 5FBNC 5KMMA 4RSSA 3PRIA 2HYYA 4DFUA 4UALA 3AT4A 2VRXA 4FSYA 4DFZE 3D5UA 4TPTA 2HY0A 2C3IB 4EI4A 4O7ZA 4QTCA 3N4VA 3F2NA 2ESMA 3OD6X 3EN9A 4FL1A 4F0GA 3IKAA 1PJKA 2J51A 5HLNA 3R71A 3P7CA 2IZSA 1TQIA 3EFWA 2QHNA 2WMRA 3MPTA 3ORLA 5K5NA 3F6XA 3VC4A 3H10A 4F9BA 5C9CA 4AU8A 5FM3A 1YHSA 5C03A 2OZAB 4CFFA 5BYLA 1IA9A 1P4OA 3AC1A 4K9YA 4D9TA 4E8AA 3LMIA 4KABA 4AXAA 3L8SA 3FLYA 4A9UA 2XYNA 1Q4LA 3FKOA 1F5QA 4RA5A 3T8OA 3KMWA 4Q9ZA 5IH5A 4UXQA 4KRDA 4EBWA 1O6KA 2ITNA 3DBDA 3RAKA 2E9PA 3MSSA 1OZ1A 2UV2A 3R7VA 1G5SA 1ZARA 2PUIA 4OBPA 1XHAA 4JOAA 2ZVAA 3AXWA 4I93A 4O7NA 4DEDA 5CAPA 3BHYA 4RFMA 2WQOA 5AUXA 4I5MA 3DV3A 4P7EA 5CVHA 2E9VA 2HXLA 3ODYX 1DAWA 1FBNA 3GP0A 3QHRA 4KD1A 4M7IA 3F3ZA 4WA9A 4I24A 1P5EA 2PWLA 3IONA 4L68A 3KXGA 5EK7A 3MV5A 2CGUA 2PVKA 3C7QA 2VO6A 4JQEA 3EQHA 3GC9A 3PP1A 2FA2A 2CCIA 1STCE 2XIZA 2OG8A 3DJ7A 3N51A 2B53A 3QRTA 4TWNA 5IUIA 5TR6A 5ETIA 2UZLA 3KFAA 5FTQA 3W2SA 5L6OA 3BYSA 3D0EA 4M69B 4MCVA 5HE2A 2LAVA 3FY2A 2XP2A 1W0XC 3OS3A 4A9SA 4Y95A 4Z3VA 4FKOA 3OWJA 4L46A 5TKDA 4ACCA 3Q60A 4H36A 1J1BA 4BHZA 2H6DA 1SVHA 5JFXA 4YZNA 3R73A 1OKVA 5B2MA 2CNVA 3UG1A 4FVRA 3UQFA 4FNZA 3QZGA 4WRSA 1YXVA 3OFMA 4JT3A 4X6QC 4CEGA 3QLFA 1WZYA 3ZYAA 2UW5A 2W1DA 3ENHA 4U44A 4UY9A 4YJTA 4AUAA 4IDTA 4FICA 4RX5A 1FPUA 1H4LA 3BCEA 4M97A 5ETCA 1YQJA 3BBTB 5FEDA 3RP9A 3MH1A 3CJGA 4I5PA 2WXVA 4FV4A 4U9AA 2QOIA 4AW1A 4F1MA 4RX7A 5A14A 3PIYA 3POZA 3CSVA 1J7LA 4JAIA 2VWYA 4CZTA 2OIQA 4R3CA 1PW2A 4DA5A 2OWBA 1KE7A 4FTTA 4D58A 3I6WA 3EN6A 3EMGA 5CXHA 2ITZA 4JDKA 2JEDA 3QGYA 2VNWA 3KB7A 2W1ZA 2XCHA 3E93A 4FKLA 3TACA 4CRLA 2EB3A 1LEZA 3DZOA 2UZWE 4L8MA 3KY2A 3Q52A 1IA8A 3VBVA 4E5BA 5JH6A 3PSDA 3C4WA 1PY5A 2VTHA 4FUXA 1QPEA 4EHVA 3R2BA 2GQGA 4FEUA 1YXTA 3BHTA 4L7SA 5JFWA 3UNKA 3P4KA 4MNEA 1R0PA 4AZFA 4ZJIA 4KIQA 3FJQE 4RQKA 5E92A 3R2YA 4YTFA 4R77A 5IA3A 1BL7A 1FVVA 2A2AA 1FVRA 1KE9A 5CF6A 4NL0A 1AGWA 4X0MA 3ZLXA 2B9JA 4UV0A 4YP8A 3NYNA 5CENA 3FQHA 3GCPA 4QMZA 4PMSA 3LMHA 2WQEA 4TNDA 5CSWA 4N57A 4AS0A 3DQXA 4D1XA 2R3PA 3BV2A 4IW0A 1H07A 2I40A 2PUPA 1UA2A 4J98A 1Q8YA 3V5JA 3RKBA 3MWUA 5J9ZA 3L8XA 3FL4A 1YXUA 1UU9A 2FSMX 2JAMA 4GEOA 3V6SA 3PXRA 5DNRA 4CT1A 2YWVA 1H25A 5HE0A 4XV2A 3S95A 1O6LA 3ULIA 3R6XA 2YIRA 2VGPA 4GUEA 5HBHA 3W2PA 1CKJA 1FGKA 3GCQA 5F95A 5EI6A 3UIXA 3DDQA 2Z2WA 1EH4A 4JX7A 3L9MA 2VO7A 4WBOA 3ZDIA 2P0CA 4UZHA 2VTTA 1H26A 4L3LA 4V05A 3PY0A 1DI9A 1U54B 4L42A 3L9PA 1JKTA 1H1WA 5DH3A 2PZPA 3WOWA 2F2UA 4E1ZA 4WG3A 3GNIB 1BL6A 3GVUA 3EZVA 4FI1A 2QG5A 2UW8A 4OLIA 1QPJA 3CR0A 4WG5A 4DEGA 4F99A 4YO4A 4Q5HA 1KUTA 4MBLA 2OJ9A 5FDPA 4USFA 3GT8A 3AGLA 1M17A 3EZRA 4TW9A 2JIVA 3S2PA 2QURA 4L43A 2CCHA 4YR8A 1H1QA 2QR7A 4CFVA 4NU1A 4DE4A 4YURA 4AFEA 1XH9A 4O0SA 2CKQA 5CI6A 3GCUA 4FV1A 4LOPA 4XV9A 2XA4A 4TL0A 3F9NA 1Y91A 4MXAA 4QP6A 5E8YA 2JDOA 5J5SA 2JKKA 4FIFA 1OPJA 4L6QA 4M12A 4BCFA 2OJGA 2C3LA 4J7BA 3FZTA 4Q9SA 2BFYA 2HY81 3WE8A 4E4XA 3QQUA 5AIKA 2R7IA 2QQ7A 4AAAA 1T46A 2B54A 3JY9A 1UU8A 3Q5ZA 3QTIA 4YZDA 4PX6A 3RM6A 5JGAA 1J1CA 3HV6A 2IW9A 4D4RA 4XRJA 4FL2A 1T45A 5IUHA 1O6YA 3OHTA 3PJ1A 1Y57A 3EOCA 3U4WA 4BDIA 5D41A 4C59A 5CXZA 4RA4A 4C37A 4DFBA 2FSTX 2QU6A 4CQEA 4DT8A 4F7JA 4KINA 5LVMA 4XHKB 3VBYA 2VU3A 3V01A 4PNIA 4ITIA 4PMTA 5CTPA 1HOWA 3RPVA 1OGUA 2HAKA 5CALA 3EN5A 1M2PA 3BX5A 4QP9A 3WI6A 4HCTA 2VO3A 4NJ3A 4B99A 5L2IA 5AUZA 3TNPC 3P08A 5HI2A 4DH8A 5B2LA 3VW6A 3EN7A 3NUUA 3K2LA 2E9OA 3TZMA 3ZMMA 4EUTA 3W0NA 1H24A 4FSUA 2GMXA 1YXSA 4CXAA 3BYVA 1P14A 1Q24A 3OWKA 1HCLA 1K3AA 5BUIA 1OECA 2FVDA 2EXMA 5GJFA 4M0ZA 4AW0A 3TDVA 4EH8A 1DM2A 3L1SA 3V3VA 4I4EA 3VS7A 4O2ZA 2C1BA 5CQUA 2XNOA 4AN2A 2BFXA 4O7VA 2C30A 4YZBA 4ZZNA 5C8MA 1TQMA 2WQBA 3CCNA 4YJVA 4HYIA 4S33A 5KZ0A 2UZDA 3MS9A 3PVBA 3TV6A 4IC8A 3UTOA 3TUDA 3QRUA 3WIKA 1SMHA 2PVFA 3V04A 1OL5A 4H3BA 4JRVA 4FV6A 2YM5A 5HESA 4KSQA 3VIDA 4BKJA 5L2WA 2Z8CA 2WTCA 3FQEA 2WMWA 4A06A 1WBWA 2JGZA 3ZS5A 4Z7GA 4IHPA 4RC3A 1URCA 5G1XA 5LMBA 4I22A 3OT3A 4O7WA 4DC2A 4B8LA 1ZOHA 3FSFA 2P2HA 5B0XA 4KBCA 4U3YA 4EZ7A 2VWWA 1K2PA 4NTTA 2YWPA 4CCBA 4A7CA 5DGZA 2OIBA 4MYGA 5KMKA 5CVGA 1WVXA 3KF4A 5CVFA 1JPAA 4AE9A 3KKVA 1IR3A 5FP5A 3GENA 4FT7A 5CS6A 4EH2A 5AFVA 3RPYA 4HNFA 5IMXA 3LQ8A 3QYWA 1R39A 4GL9A 4BI2A 5EW3A 4DFYA 1UNGA 4LL5A 2XJ1A 4KIOA 3TZ8A 3QRJA 5LMKC 4OBOA 3LJ1A 4R7IA 3U8WA 4KUJA 1OL2A 3C0IA 2NNWB 4XX9A 3QA8A 2YAKA 3QC4A 4ANQA 3OBJA 2PVRA 3HKOA 5HG8A 4JDJA 2G15A 2UW7A 3DFCB 4HVDA 3CQEA 3ZM4A 3DLZA 2E9UA 2RGPA 2WQMA 3KULB 4KBKA 5F1ZA 1QCFA 5DR9A 1R78A 5K4IA 4YO6A 1H27A 4AT5A 4FTNA 2XUUA 3QKLA 4ZMEA 4FSZA 2WHBA 3RNIA 2PVHA 2QU5A 5CLPA 4CNHA 5JQ8A 4FNXA 1H1SA 3UPZA 4AG8A 3R28A 1M2QA 3TEIA 4BB4A 4PTEA 1R0EA 2VX0A 2KTYA 2R7BA 3RZBA 5T68A 5JEBA 3CGFA 1GZKA 4I0SA 4BBMA 4FNWA 3LXNA 3K54A 3TV4A 5KMIA 3Q6UA 4GMYA 2C5OA 4FYNA 4QYFA 5HQ0A 4XG3A 1JOWB 2GPHA 2IN6A 1NVRA 4RRVA 4F9YA 3EFKA 3VRYA 4FEQA 2YM8A 4M8TA 4BGQA 2JKOA 3FZSA 4LOOA 3R8ZA 4DCEA 3A4PA 3H3CA 3ORNA 3KU2A 3KA0A 4WT6A 3TIZA 3LFBA 5IA2A 3COMA 3DS6A 4RFZA 2YJSA 2C5NA 3FHIA 3HVCA 3MTFA 4L00A 1BLXA 3R7YA 5IQDA 2XNGA 2VWUA 4FTCA 3UC4A 2QO2A 1K9AA 3CP9A 4HPUE 4TTHB 3VULA 4ZJVA 3AD4A 4CMUA 3FC2A 1L8TA 2V5QA 4KAOA 4QT1A 4R6VA 5FXRA 3PJ3A 4ORKA 5AEPA 3P7BA 5FM2A 5AP7A 5EYCA 4UXLA 1OUYA 4BTJA 3QCQA 3DNEA 2WB8A 3MVJA 2BRMA 5FEQA 4DEHA 4WNMA 1UU3A 2X9FA 4FGRA 4H39A 5H8EA 4J96A 1WFCA 1CTPE 5CU6A 4JX3A 2JDTA 4EORA 2VD5A 2IZTA 2PMNX 4U81A 4YBJA 3KRJA 4PUZA 3G0FA 3P9JA 4JR7A 3UZTA 4LUDA 4U3ZA 4A4XA 1OITA 4FT5A 3RK5A 4BTFA 4C4FA 4EJ7A 5IQGA 4FTUA 4JR3A 3MIAA 4RG0A 1PXIA 3U6IA 4RIXA 3ZOSA 4H1JA 3R04A 3MN3A 4MD7E 4A9RA 4RVTA 4C02A 3M42A 5HX8A 2C6TA 2HW6A 4Y85A 3R9NA 3MESA 1OI9A 4AZEA 5LCJA 3PFQA 1PXLA 1UV5A 4LL0A 2O8YA 3ROYA 5CANA 3FXWA 2B7AA 2R4BA 4FIHA 3SXSA 3W1FA 3KGAA 5HICA 2AYPA 3QGWA 2WFYA 5AUTA 2R2PA 4BGHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2UUE A;  4GUB A;  1RDQ E;  4K8A A;  4AN9 A;  4I1Z A;  3LPB A;  4F63 A;  3EQB A;  3FI3 A;  3RM7 A;  5GIO E;  4IAN A;  3TWJ A;  3DOG A;  4TWC A;  5HLW A;  4ZZM A;  1AD5 A;  3QQL A;  5A4Q A;  5IA4 A;  1SZM A;  1ZMW A;  3B2T A;  3VAP A;  3LQ3 A;  4HYU A;  3PVU A;  1GZN A;  3DFA A;  3LIJ A;  2IWI A;  4F0I A;  2XEY A;  4QMM A;  3R1Q A;  4KNB A;  3HMO A;  4EC8 A;  1KE5 A;  5AWM A;  5IH6 A;  4AAC A;  3BGQ A;  4FKR A;  3O51 A;  1PXN A;  2OF2 A;  3PXY A;  4WBB B;  4GK4 A;  1ZRZ A;  4FEW A;  5ANE A;  4ACH A;  3C5U A;  4DFN A;  3RMF A;  5E8V A;  2XIK A;  5EFQ A;  3QQJ A;  3RJC A;  3II5 A;  3QD0 A;  1B39 A;  4FK3 A;  3S00 A;  2H96 A;  2DWB A;  2HWO A;  2WTW A;  4G6O A;  3SLS A;  3D2K A;  1Q3W A;  3IOP A;  3OEF X;  1XBB A;  4U5J A;  4KB8 A;  3HEC A;  4W8D A;  4UZD A;  3MVH A;  3I4B A;  3BU3 A;  4XS2 A;  3R9D A;  2F4J A;  4CD0 A;  4EOO A;  5KE0 A;  2C68 A;  3CS9 A;  2Y6O A;  2H9V A;  2W5A A;  2BZH B;  5HEZ A;  3D14 A;  3EQC A;  2ITP A;  4X3F B;  3CPB A;  3R21 A;  3T9I A;  5D10 A;  5DR2 A;  2WOU A;  1YKR A; 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 5E8U A;  4IMY A;  1H1P A;  4K1B A;  4O0W A;  3FMK A;  3W0O A;  3JVS A;  2AC3 A;  2BKK A;  3KXZ A;  4I6H A;  4LGG A;  5BYZ A;  2HZ4 A;  3H9O A;  3HRC A;  3BBW A;  3PDT A;  1PME A;  3QTS A;  4Z16 A;  5E1E A;  2VO0 A;  3M11 A;  5A4L A;  2WMB A;  2QCS A;  3ACJ A;  2OKR A;  3BHH A;  4JXF A;  2YEX A;  3GQL A;  3IOK A;  5FXS A;  4HOK A;  2VTI A;  3IO7 A;  4NKA A;  3EID A;  1IRK A;  2VNY A;  4N6Y A;  2XK3 A;  4P2K A;  4BDK A;  3KN6 A;  2F7E E;  3F61 A;  3UOL A;  4RVK A;  4WNO A;  3IDB A;  4EOJ A;  3KXM A;  4NFN A;  5TT7 A;  3TKU A;  3ORI A;  3DK6 A;  3BGP A;  3UO4 A;  3K3I A;  2ZB0 A;  3FYJ X;  3ORZ A;  5ANJ A;  5AP3 A;  3UOK A;  3F66 A;  2OO8 X;  4E73 A;  4FUY A;  4RJ8 A;  4C58 A;  4CFU A;  4RVL A;  3U6J A;  2HZI A;  5A6N A;  2YCS A;  2J0K A;  2VTA A;  3JPV A;  1XML A;  2C0T A;  2ZMC A;  5CEM A;  3TNQ B;  4MWH A;  3QA0 A;  4F08 A;  2A0C X;  2ZB1 A;  3KCF A;  4IJP A;  3GXL A;  2PUL A;  4MF1 A;  3ERK A;  3UO6 A;  1OKW A;  4C4G A;  1OKZ A;  4O0X A;  4DG3 E;  2ITW A;  3VN9 A;  4ASX A;  1YI4 A;  5A3X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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