5HVJA

Crystal structure of limk1 d460n mutant in complex with amp-pnp
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
305
structure length
283
Chain Sequence
RPHRIFRPSDLIHGEVLGKGCFGQAIKVTHRETGEVMVMKELIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKRLNFITEYIKGGTLRGIIKSMDSQYPWSQRVSFAKDIASGMAYLHSMNIIHRNLNSHNCLVRENKNVVVADFGLARLMTVVGNPYWMAPEMINGRSYDEKVDVFSFGIVLCEIIGRVNADPDYLPRTMDFGLNVRGFLDRYCPPNCPPSFFPITVRCCDLDPEKRPSFVKLEHWLETLRMHLAGHLPLGPQLEQLDRGFWETYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords LIM domain kinase 1
publication title Structural Basis for Noncanonical Substrate Recognition of Cofilin/ADF Proteins by LIM Kinases.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 283
sequence length 305
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5hvjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5hvjA01
3H4JA 4EQMA 2BDWA 4YO4A 4QTDA 1QPCA 2X6EA 1H1WA 2QG5A 3CD8A 1PXLA 3R21A 1G8SA 1U54A 2VO3A 1XR1A 2C6MA 2C0OA 3D15A 3GBZA 3QXOA 3A62A 4PMMA 4O38A 2DUVA 4FL1A 1W0XC 4ZLYA 2UZNA 2CHLA 3TZMA 3PTGA 3RNIA 5JKGA 3DXNA 1PXMA 1Q4LA 3FMMA 4I5HA 1YKRA 4WRGA 3A8XA 3LZBA 4EHZA 1PXJA 2OXDA 4L68A 2C6DA 1W7HA 2P55A 4BTMA 2C6LA 4U42A 4UN0C 5CF5A 3ZRKA 3JXWA 3CGFA 3UVRA 5JFWA 2QKRA 5HNGA 3QQJA 3RPVA 2J9MA 3UIBA 5KCVA 4ZSLA 5HOAA 3BLRA 5K0XA 3F61A 5FRIA 3Q2JA 4CKJA 3HKOA 3D83A 2VN9A 2VD5A 1IG1A 2I40A 4NFNA 3O96A 4OT5A 5M09A 2HY81 3HEGA 3JPVA 4QTBA 5EDPA 4DINA 3NZ0A 4E6QA 4O82A 2CDZA 4K11A 5CEIA 3UE4A 4W9XA 4AOIA 1YXTA 4JBQA 4BWXA 5M06A 3G15A 4WSYA 4AACA 5AJQA 3EYHA 2DS1A 3D14A 3DAKA 3EQIA 3KA0A 4G9CA 3T9IA 1H01A 5BUEA 3TWJA 3UBDA 3H30A 4OGRA 1GIIA 4MNEB 2BZKB 2Z8CA 4FIEA 2IVSA 2LGCA 2GNJA 2WU7A 3HYHA 3TV6A 3FEGA 4DCAA 1V0OA 4XG3A 3MVMA 3VBWA 4O7NA 2I0EA 3C13A 4FOCA 4RIYB 5DWRA 5EDRA 2GQSA 1FINA 3LKMA 3PSDA 4BWKA 4C2VA 1H26A 4X3JA 4F70A 1NY3A 2XB7A 2OK1A 2PULA 4PMPA 2UUEA 4D58A 3ORZA 2PUIA 4BDJA 1NVRA 4DH7A 3S2PA 4ZTQA 3EL8A 3MV5A 4R78A 3TUDA 5FTGA 2O64A 3H0YA 3QRIA 4KSQA 4I3ZA 4YURA 2YM7A 3F66A 2E9VA 4JS8A 2QOHA 2C3LA 2X8EA 4L53A 4ZSEA 2R9SA 3E88A 2H96A 5FM2A 5DYJA 5FWKK 4RX5A 2WMAA 5DR9A 4AG8A 4CKIA 5AWMA 3DS6A 4C37A 4KKEA 4IX6A 2J0MB 2DYLA 3LFCA 1S9JA 5LOHA 4JXFA 4I5MA 4UYAA 4PMSA 3FLSA 4RJ6A 4DF3A 4QMSA 4RA5A 3DBFA 2PVNA 4RPVA 4ACGA 1OPLA 2LAVA 2ZDTA 3G90X 2YIYA 2WOUA 1OKWA 4H3QA 4LRJA 4QYGA 3ZUUA 3VS1A 4EK4A 5HNIX 4E5AX 2P33A 3FYKX 3ODYX 3IKAA 4F0FA 3E62A 3WE8A 1VZOA 4BY9E 4ACMA 5L2WA 3ZSHA 3LCKA 4RX9A 5ANJA 3FC1X 2B54A 1Z5MA 2XCHA 1REJA 2V22A 3HA6A 4F9YA 4C4IA 2ITQA 2W5AA 3IQ7A 2UW3A 3FE3A 4XOZA 2PE2A 1P14A 2PZRA 3LM5A 4UWBA 2R3IA 4DHFA 3DDQA 3SXSA 1HCLA 3W18A 3KK8A 3N51A 4O7TA 3AC4A 5DIAA 2XF0A 2IW6A 1H0WA 3MBLA 5HBEA 5LWMA 5JFVA 3QRUA 3V8SA 2YWPA 4EOPA 3U4WA 3P7CA 3V04A 2GNGA 5EHOA 4G1WA 3WZEA 5CVFA 4NM5A 4DCEA 5KKRC 5ICPA 3NYVA 4M69B 3MI9A 2YLFA 5IF1A 3FPMA 1G3NA 4EJNA 2R3PA 2UW5A 3BX5A 3K5VA 3C0HA 4RLLA 2ITNA 3MIAA 4F1MA 3A7FA 4ITJA 2ETRA 1H28A 2WXVA 5DRBA 4V01A 4OTWA 1OL7A 5FTOA 3LFQA 5HE2A 3VBQA 5IDPA 4RWJA 4UXLA 5IEYA 1YOMA 4FT9A 5CT0A 3BV3A 5E8UA 2WTCA 4XG7A 4EHGA 5BVFA 1FMOE 3IW4A 3PLSA 5K5NA 3UOKA 4RC4A 4NW5A 3SG8A 1GY3A 2QC6A 2CGXA 5CSVA 4W8EA 4F1OA 3KRRA 5FLFA 5H8GA 5IPJA 4QQTA 4M14A 2XNGA 2ZMCA 1XH8A 4PWNA 4O86A 5E8TA 1YRPA 4HVSA 3ALOA 1QL6A 3FMLA 5LCKA 1K2PA 3AC5A 5E8SA 2Y8OA 3S3IA 2PUNA 5IISA 4FT5A 4UX9A 1Y8GA 3KU2A 1YXXA 3KXHA 3II5A 5HCZA 4CZUA 5H2UA 2JKMA 4XLVA 4ONAA 5IH5A 1FVVA 2A2AA 3FBVA 4WD5A 5LVPA 4G3FA 3UQFA 1BYGA 5DLSA 3R9RA 3G2FA 5KZIA 5CF8A 1A06A 2E9NA 4IDVA 2CNQA 4CGAA 3MY0A 4A9RA 3PJ1A 3DV3A 3MB7A 4D0WA 4DGNA 4GG7A 1PY5A 5JQ8A 2FB8A 2QHNA 3NYOA 3EZVA 3OTUA 4U6RA 4F9AA 4WSQA 4I6HA 3S1HA 3KXMA 4J52A 1WAKA 5FP6A 4FEVA 1R39A 2VU3A 4RZWA 3NNWA 2WO6A 5D7AA 3NW7A 1V0PA 2JFMA 3F9NA 3Q96A 5H3QA 2HW6A 4GV1A 2G2HA 3UMXA 1FGIA 4O96A 1PMVA 2IJMA 2X2LA 2PUPA 5AADA 4DG0E 3FSFA 4FVPA 4MHAA 4P7EA 4YJSA 4E20A 3DJ6A 5CU2A 5T68A 3WZDA 4DN5A 5DG5A 1WBOA 2WU6A 3NCZA 4JDJA 4S30A 4JIKA 3R7IA 3SLSA 3C4WA 3UQGA 3FI8A 2XKDA 3ELJA 2XM9A 1OKVA 4YU2A 3I4BA 4OTPA 4DAWA 2GPHA 5E90A 3A4PA 4W4VA 2CLQA 3OCBA 4BDBA 1CKJA 5GZ8A 4QNYA 4J1RA 2C5NA 4BCGA 3IW6A 1WZYA 4CZTA 4E1ZA 3F3WA 2GHGA 4Y5HA 5BVKA 4XG6A 4IADA 5HHWA 4LI5A 3PY0A 3MPMA 4FKRA 4GK4A 5CU4A 5E8ZA 2VGPA 2VTIA 4FKSA 3ID6C 4RVMA 4NW6A 4WBOA 3RJCA 2X0GA 5JN2A 3R04A 1ZARA 2UV2A 1MP8A 4ASXA 4QYEA 4RJ4A 4RVLA 3EL7A 3ACKA 1Z57A 2A27A 1SM2A 4IAKA 5TE0A 2PTKA 3TNQB 2QOBA 2JITA 4YZDA 4ZTNA 3GUBA 4GIHA 4DFYA 4KS8A 2R5TA 4U40A 4PDOA 4KA3A 4D2TA 4GCJA 4A07A 4L8MA 4K9YA 4QMYA 3R9NA 3IS5A 3O50A 4BRXA 3UMWA 2ZVAA 3TNWA 3MH2A 3FXWA 2HZNA 3IK3A 4WA9A 4ERKA 3DBCA 3ORMA 2RIOA 3BGZA 3EFWA 4Y8DA 3WF5A 3MYGA 3ANRA 3MH0A 1ZYLA 5J9LA 2GNLA 2EXMA 1OKYA 3V8TA 3TG1A 2IVVA 4M8TA 3TM0A 1PKGA 3L8XA 5IA4A 5EW3A 4C2WA 4BIDA 4KBAA 2B4SB 2WTKB 5DH3A 3R7UA 1VEBA 4HCVA 2R3OA 4D5HA 4YUQA 4DTBA 2JC6A 4YZ9A 2I0HA 2RGPA 3AT3A 4EOLA 5JGBA 3NNUA 4DEIA 2OXXA 5I3RA 4ZY5A 4BGGA 3PXKA 2OFUA 3ZRMA 4N0SA 4AOJA 5K4IA 5KMIA 2GNIA 3BI6A 3EFJA 4K6ZA 3QYWA 1W84A 2QKWB 1FVRA 1Z9XA 4IACA 3K5UA 2C6OA 5E1SA 2FSMX 3EOCA 1ZY4A 4OAVB 1NXKA 4YHJA 4FZFB 4GSBA 3I0QA 4XLIA 3PRIA 4EONA 1F5QA 4GEOA 3E93A 1DAWA 2H6DA 3MW1A 4LRKA 3F2NA 4FV3A 4D2RA 4Q9ZA 4O2PA 4K77A 4AE9A 4BBEA 4ZJVA 3QQKA 2B1PA 3QL8A 3KREA 2ITZA 4P90A 5HIBA 4YZCA 4YTFA 4U41A 5EYKA 4HVHA 3CKWA 2DQ7X 3I0OA 3BEAA 4FKPA 3KFAA 2WIPA 4D1ZA 4FZDB 5KO1A 4BDKA 2R3HA 2J7TA 3DJ5A 3HUBA 3OXZA 5E4HA 5DE2A 3IGGA 5FTQA 3MS9A 4BGQA 1W82A 3RPRA 1IAHA 2H8HA 2V7AA 2W4JA 2WFYA 3G6HA 4UWYA 4YTHA 3RAIA 4O21A 5AP0A 3R9OA 4YC3A 3A7JA 4IB0A 2CLXA 3ZUVA 3OCGA 4Z7GA 1OL5A 2OFVA 4AT3A 3DXPA 4KUJA 1QPJA 3CKXA 5JT2A 4L43A 2PWLA 4JR7A 1CMKE 5J1WA 4A4OA 3EQBA 4JDKA 3R7EA 2GFSA 1H24A 2BRBA 3AT4A 1BUHA 4TYHB 5HE1A 1OIUA 5HBJA 4YSMA 3TCPA 4I0RA 3KRXA 2NP8A 3WE4A 4PNKA 2WEIA 4O7RA 4DT9A 3O8UA 4H36A 3OFMA 2XUUA 4CG8A 2AC3A 4IVCA 3CY2A 5BYYA 5C8KA 1XBCA 1OBGA 2W1CA 3ATTA 2IPXA 4JBPA 4MVFA 1JVPP 2ZMDA 3D9VA 3PJ8A 4IQ6A 3BWFA 1M52A 4CXAA 4ENXA 3MVLA 3AG9A 2IZSA 4ANSA 2HYYA 5BUJA 3AMBA 3O2MA 4IW0A 3BLHA 5L8LA 5C9CA 2WMVA 3HZTA 5CTPA 3BYOA 4ASDA 3SXFA 2VWBA 4BTJA 4F7JA 3OWPA 1GIHA 5M08A 1IASA 4MQ2A 5C4KA 4EZ7A 5HVKA 3W32A 4ZTLA 4PP7A 4RJ5A 4QMQA 2QO9A 4NCTC 1H1RA 2VTLA 3OBJA 3MIYA 5I9ZA 1ZYDA 4DH8A 5D12A 3UIMA 4O0TA 3OEZA 4C62A 2YABA 4O7VA 5GJGA 3VBYA 2VTTA 3PXQA 3A7IA 4IM0A 2BVAA 3WF6A 2BRHA 4M0YA 3M42A 5FDXA 4IHPA 5TO8A 3RAWA 2QCSA 3VUDA 4MWHA 4E93A 5JH6A 3ORTA 4YHFA 4LGHA 2V62A 5I9YA 4FTMA 2PVHA 5TKDA 5ANKA 5TF9A 4JAIA 2EB3A 4KRCA 4UB7A 3V5JA 2HWOA 5CNNA 1U5QA 1IAJA 4O0UA 4WG4A 3FQHA 4M66A 3B8RA 4AZSA 1IA8A 4FSNA 4MXZA 5EM7A 3MFTA 1KV2A 3Q04A 1WCCA 1RQQA 3ETAA 3PG1A 1GNGA 4UWCA 4FV7A 4QMPA 4EC9A 3QQGA 1TVOA 5FUTA 4Z9LA 4GVAA 4TZRA 3KN5A 1UNHA 4IAZA 2WMUA 5JGAA 2P3GX 3IW8A 3V01A 4QMUA 1NW1A 3F69A 3K2LA 5H8BA 3QC4A 3H9RA 4FTNA 3F5PA 4LRMA 3QKLA 3L9NA 4ZS4A 3Q53A 4IZ7A 3PA5A 5ETFA 3DQXA 2QURA 2R4BA 2JKKA 3BPRA 2QONA 5IQBA 1SVGA 2R3QA 4U44A 2VWIA 4DEGA 1K3AA 4USEA 4U45A 5DT3A 4FKJA 4D0XA 2CNUA 2OICA 3LVPA 1E1XA 3AC2A 3H0ZA 3NW6A 4B6LA 3TEIA 2A19B 4LV8A 2J5FA 4HYUA 3VWAA 1WBTA 3PWYA 1MRYA 3QLFA 5ETCA 3GT8A 3HAVA 3G9NA 5HTCA 1DI9A 4G9RA 4M12A 3R22A 4FTLA 4WUNA 3UNKA 3QD0A 5ANGA 5AFVA 1ZXEA 4C59A 2Z7QA 1SZMA 3NWWA 3E7OA 3NSZA 4FV1A 1TQIA 2QR8A 3C5UA 3HV3A 4JQ7A 4KNBA 1R0EA 4NWMA 4AZEA 2BAQA 3F7ZA 4JBVA 3R7OA 3EN5A 3O23A 4G6NA 5DOSA 4F9BA 2BZIB 3CD3A 3DNEA 4I5PA 4A4LA 3PY1A 3KC3A 3WZUA 5BX0A 1E1VA 4CEGA 4CG9A 4XS2A 3WYXA 4GYGA 4RIWA 3UIXA 3OWJA 3VUHA 4PDSA 5EYMA 3DBQA 5BVDA 2HZ4A 5AP7A 1BX6A 5HO8A 4RQVA 3JUHA 4S2ZA 3QXPA 4KWPA 3BHUA 2YIQA 4BB4A 5HE3A 4E4MA 4QMLA 3ZEPA 2ZYBA 4MH7A 4JDHA 5B2KA 4PDPA 5M56A 4QT1A 1KE9A 3PJ2A 2W1FA 5A4TA 1K9AA 4KIKB 4IFGA 3ZZWA 1Q3DA 2IZUA 2OI4X 3FY2A 4GT5A 2W9ZB 4V0GA 4C4HA 1WBWA 2QU6A 1GOLA 2XBAA 4R7HA 1PW2A 4OW8A 1Q5KA 2ZM3A 4ZZNA 3O71A 2RFSA 3FLZA 3Q4UA 4DEAA 4AWIA 4FSQA 4K33A 5HCYA 4QNAA 1CTPE 5IMEA 2JIUA 4XMOA 4MD9E 4J8MA 5HBHA 4FIFA 1YI3A 5IQEA 3E63A 1FBNA 3IG7A 4DEHA 2PMLX 3PP0A 3DK6A 4XBRA 5B0XA 4L00A 3OMVA 4ALVA 4O6EA 5HO7A 3RHKA 3QZFA 3BE9A 2VNYA 1U5RA 5HORA 2QOOA 4RZVA 4IZAA 3FUPA 4QYFA 4RVTA 5A4LA 5ANDA 2C1BA 1STCE 3GQIA 5EQPA 3C1XA 4EK5A 4S34A 1J1CA 4MWIA 1M17A 5C01A 3G9LX 4HVGA 3O7LB 3IECA 2XYNA 5LARA 4EHEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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