1XMLA

Structure of human dcps
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
299
structure length
284
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDMKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFRAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTMTFALRADDPLLKLLQEAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Chaperone
molecule keywords heat shock-like protein 1
publication title Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 284
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xmlA01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1xmlA02
5IPCA 6RHNA 3QGZA 3I4SA 2OIKA 4FITA 3N1SA 4ZKVA 4ZKLA 1EMSA 5IN3A 4EQEA 1Y23A 3RHNA 3O1ZA 4NJYA 4ZGLA 5RHNA 1KPCA 5CS2A 3ANOA 2H39A 4RHNA 5I2EA 3OXKA 4QEBA 3SP4A 3N1TA 4NDGA 4QDVA 4NK0A 1FITA 4XBAA 6FITA 3O1CA 3O0MA 4EQGA 5EMTA 1GUPA 4NDFA 3SZQA 1HXPA 2EO4A 3OJ7A 5IPBA 4NJXA 3FITA 2Q4LA 1ST0A 1FHIA 5I2FA 4QDEA 5ED6A 2FITA 2Q4HA 5IPDA 4NJZA 3OMFA 3BLAA 2FHIA 3KSVA 1KPFA 1XMLA 3NRDA 1HXQA 3SPLA 1AV5A 3IMIA 1ZWJA 1KPAA 3BL9A 3OHEA 4INIA 3O1XA 3P0TA 5ED3A 1KPBA 4NDHA 3BL7A 3I24A 3SPDA 1VLRA 3WO5A 3LB5A 3L7XA 5FITA 1GUQA 4INCA 1Z84A 1ST4A 4EGUA 5IPEA 1KPEA 1XMMA 3TW2A 4YKLB 4NDIA 5BV3A 1RZYA 3R6FA 4EQHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKJA 3REPA 4EZ3A 4KIPA 3R7OA 4USDA 4TW9A 1G8KA 3DAJA 3RJCA 4H3QA 4IZYA 3D5WA 4CEGA 2ZM1A 2XRUA 5HX6A 1JBPE 4JDHA 2R64A 2B9HA 5HCXA 5GJFA 5EW3A 4IC8A 5E8SA 4Q5HA 4RJ7A 1BKXA 3NEWA 3OHTA 5B7VA 2IZTA 3DPKA 4ANQA 1JSTA 4GV1A 2R9SA 2UZDA 3EQCA 4LYNA 3HX4A 1G8JA 2R3LA 2ITOA 3F2NA 2YDIA 2Z7LA 3CJFA 1H24A 3RM7A 4BBFA 4EOKA 4DINA 3DA6A 4FKTA 2QOOA 4GRBA 5FRIA 4QQ5A 3RPRA 3V51A 4LOOA 5CENA 4O6LA 4ZEGA 5HVKA 5DPVA 4UWBA 4V0GB 3IDBA 4BRXA 2F57A 3DDPA 3PZEA 4TWPA 4BF2A 1TQPA 2JEDA 4BTFA 1O6YA 2IWIA 3C4CA 4BDGA 5FEEA 1Y6BA 3TIYA 2VTNA 1NVRA 2X81A 2YM4A 3QYWA 1SVHA 4HGLA 1BI8A 2X9FA 3EQPA 3DB6A 5CVFA 4EKKA 2C3JA 2I0VA 2JKOA 3HV3A 5KZIA 3SX9A 3D83A 1OPLA 3FPQA 3OY1A 4IMYA 1Q61A 3KRRA 4GIHA 3ZFMA 2OZOA 3PY3A 5F4NA 3LLAA 1TVOA 3HP2A 4ENYA 2C6TA 3TNWA 4B7TA 3QXPA 4IM2A 3IECA 3R21A 2ZM4A 3NUYA 4TWNA 3DKFA 3ID6C 3DK7A 3NYXA 1Z5MA 4GK3A 4LUEA 3DK3A 4QP4A 5CS6A 5H2UA 4LI5A 4FZFB 2CPKE 3ROCA 4BB4A 5GINE 4NJZA 2J0IA 4PF4A 1H1PA 2HAKA 4F1MA 3FAAA 2O63A 1GIIA 1KV2A 2OFVA 2VX0A 4R77A 2R3HA 3COKA 3BHVA 4AS0A 4XG3A 2AC5A 2QLUA 1PY5A 2VO0A 2YIQA 4TNBA 3PSBA 4BHNA 3OZ6A 5CEIA 3E8DA 4HVSA 3H9OA 5A54A 4RFYA 4IFGA 1JSUA 1PF8A 4NK9A 3GNIB 4IVAA 5IH6A 4WA9A 1MUOA 3O2MA 2GSFA 4XG9A 4I23A 4BDIA 4QTCA 5JQ8A 4AA0A 5BUJA 4YZNA 5CQWA 3DXQA 4UY9A 3WE4A 1KE5A 4XBUA 1YHSA 4ZTMA 3A7GA 4YO6A 4HPUE 2DS1A 5CQUA 3R7VA 3NMUF 2IG7A 1ZXEA 1Q8WA 2WMXA 3N4TA 1DI8A 3TDWA 2XYNA 3SPDA 4YZCA 3AC3A 3PXKA 3OEZA 1KUTA 2QCSA 1ST4A 1TFFA 4XOZA 3LVPA 2Y4PA 3BYVA 3PA3A 3R1YA 4FT0A 3CEKA 4J98A 4JIKA 2B1PA 4TNDA 3VW8A 5LQFA 5CXHA 2QOKA 5IPCA 4EEVA 4OTHA 3HKOA 5AX9A 1DAYA 4Y83A 4HGEA 1UU3A 2QU5A 4FSZA 3ML1A 3QFVA 3QWKA 4WNMA 3W32A 3Q4ZA 1OGUA 2OIKA 4DEHA 1W82A 5T6KA 4CFVA 1LUFA 2W4JA 3FC2A 3HL7A 2YDKA 3VVHA 1XBAA 3H3CA 4EHGA 2E9UA 3EN7A 4RWJA 4KINA 4JMQA 4LRJA 3AXWA 1KPCA 2UZVA 2WMQA 3F88A 3FXXA 4X0MA 2C6LA 2V5QA 4DG0E 5C8MA 3E87A 3MFTA 4P7EA 2ETKA 1YXUA 1ZY4A 2HCKA 3DFAA 1CM8A 1VEBA 3QLFA 4Q2AA 4BY9E 4FBXA 3SP4A 3PE2A 1QL6A 4YC3A 3N1TA 3FMMA 3PZHA 3WE8A 3RPSA 5CZHA 4NFMA 5EYKA 3UC4A 5T3QA 2X4ZA 5D11A 3TJDA 3TNQB 2VRXA 3W0RA 4H58A 2QD9A 2O8YA 3F66A 3S3IA 4AU8A 3GBZA 3HGKA 3AD4A 3R8LA 5FBOA 3E64A 3VBQA 4F70A 4J71A 3I6UA 4EHZA 5HKMA 4G9RA 2ITWA 3IK3A 3S00A 3BYSA 3TNIA 1GIHA 4Z9LA 4TYEA 3TT0A 4DEGA 3DK6A 4NH1A 1WBTA 3KCFA 4E5WA 5KMJA 2NNWB 3C4WA 3QRUA 1JVPP 3U6HA 2X7OA 3NFGB 1RJBA 3NNUA 4IM0A 4C4JA 3F5XA 3VULA 3UPXA 2YERA 1NVSA 3HV4A 1Q99A 2WMSA 3RK7A 2C0IA 1H01A 3CPCA 3NVMB 4QNYA 2PE0A 4TZRA 1XR1A 1J7UA 4AACA 4A06A 2UW6A 3D14A 3QAME 4W4XA 2F49A 4O7NA 3QQJA 4Z16A 3BYMA 5HE3A 3COMA 5AV4A 1IEPA 2PL0A 3M11A 2OJIA 4RC2A 5J5SA 4W8EA 3LQ3A 2OXXA 4LMNA 4L8MA 3RCJA 4CG8A 2F7EE 3TIZA 2WD1A 4FC0A 5EFQA 2X8IA 3LFSA 3PJCA 2IO6A 5L2SA 2AEGA 2OIQA 3Q2MA 4K6ZA 2R7CA 5IQAA 3W55A 4RA5A 3UOKA 4M67A 3ZCLA 4L9IA 5IDPA 5TO8A 2P55A 5LVOA 4XNEA 3QTUA 2JKKA 4YJVA 4B8MA 4AXAA 3PDTA 2BAKA 2UW4A 5IUIA 3I24A 1PJKA 1FVRA 3R83A 4IJ9A 5FM3A 2CKQA 2QQ7A 3EKNA 3ORMA 4K2RA 3SVVA 3H0YA 4DTAA 4EHVA 5M4FA 5JN2A 3WF6A 5FITA 5BVKA 3P1AA 4L67A 4FV2A 1REKA 3E92A 4NU1A 4RIXA 4RA4A 5FDXA 2X8EA 3RAHA 5A46A 5HI2A 5IDNA 2WQNA 4BTJA 3F61A 3ACKA 2VO6A 5CI7A 2BHHA 1UWHA 2BFYA 3OD6X 3TV6A 4QMMA 2ZDTA 3WOWA 1U4DA 4S31A 1PXPA 3GCUA 4YJRA 5AP2A 2POFA 2A19B 5ANKA 5IPJA 3O5AA 3S4QA 4BCGA 1ZYCA 3P23A 3CCNA 3MFRA 4GFGA 4BDFA 4BICA 5IISA 3PJ3A 3ZC5A 4MWHA 3GC9A 4A9YA 1H28A 4FKVA 4KBAA 4X2FA 5EYMA 4G2FA 3O1ZA 3BRBA 3EB0A 4MTAA 4TWOA 1JQHA 2O65A 1XWSA 2XNGA 4FZ7A 4GKIA 3BYUA 3U9CA 2QO7A 2GNIA 4G0AA 1KV1A 2WTCA 2X2MA 3A7IA 3UP2A 2H39A 3IW6A 2VGPA 4WRSA 3DB8A 1CKIA 1Q8UA 1U59A 2C0TA 4HVDA 3KREA 4BC6A 4ZJVA 4AW0A 2BROA 4IJPA 5DG5A 3ZU7A 4F09A 4HCTA 3FQEA 4UALA 5AM6A 2WIHA 3TTIA 5EM5A 5IQHA 4ZSAA 2J5EA 2YM3A 4F63A 2Z02A 2QOLA 2GNHA 3ALNA 4U81A 4WO5A 3SG9A 4R3CA 4RRVA 3VS6A 2FGIA 1KSWA 4X6RA 4Z7GA 4QYGA 2HIWA 2ZM3A 4NKSA 1PXOA 4FVRA 1WBWA 3LQ5A 4YGAA 3UVPA 3E3BX 3ZDUA 3U6IA 1M2PA 3OFMA 4L44A 5HCYA 2OO8X 3NLBA 1YRPA 3FDNA 3QQHA 4NWMA 3PA4A 4FKOA 5E1SA 4EK3A 2C6OA 2YEXA 1BI7A 2BCJA 3EQRA 2JGZA 5DIAA 4QTEA 5M08A 1OIQA 1APME 3O51A 5JZNA 2E9NA 3BGQA 5BYLA 4GEOA 4J96A 4RT7A 5HX8A 4GT3A 4JQ8A 3TL8A 3ATTA 4WBOA 4RFMA 1GZ8A 5JFXA 3LMIA 4E20A 2EB3A 3KEXA 2RIOA 4YSJA 4F64A 3ENHA 3RWQA 2QO2A 1OKZA 4XJ0A 2WTDA 3W0NA 3D7TB 1REJA 4HGSA 3LFDA 4QP6A 5CU6A 1AV5A 1B39A 3QRTA 3U51A 4C4EA 4RWKA 2JFMA 5GIOE 4LFIA 2YACA 4ZK5A 2XNPA 4ZAUA 4EYMA 3A4OX 4TT7A 3NGAA 3PFQA 3AC2A 5AA8A 2ZB0A 3OP5A 3E93A 4D5HA 3GQLA 4IX5A 4PDOA 3G9LX 4P2KA 3QTZA 3CXWA 4BDDA 1XQZA 5K4JA 2OI4X 4OTGA 2XKEA 4XV9A 4XH6A 3QKLA 2H9VA 3I0OA 3ODYX 5KUPA 1SZMA 5EM8A 1G8AA 5AIRA 1XBCA 1YXTA 5AP1A 1ZOEA 3U55A 4NDHA 2GTMA 5EW9A 1H1RA 5HO7A 1E1XA 3ZONA 5K5NA 5HGIA 4QYEA 4FV5A 2ERKA 2GU8A 4FODA 5ACBC 3W2QA 3QUPA 3MH3A 3GU4A 4INCA 5AFVA 2OLCA 3AGLA 1XMMA 2JBOA 3C9WA 5IQEA 3WILA 2X9EA 1S9IA 2WQMA 4LOQA 4O2ZA 2PULA 3R30A 4CFUA 1FGKA 1IR3A 2FA2A 5EM7A 4J1RA 4FIHA 2B4SB 3QCXA 2REIA 4IC7A 1VYWA 3OCSA 3IW5A 4EOQA 4ZLOA 4X2GA 5IMEA 1M17A 4K8AA 4GK4A 1GZNA 4KRDA 2WEIA 2G2HA 2WKMA 4DEAA 4YUQA 5LOHA 1DS5A 2JLDA 5CI6A 4MBJA 4TL0A 3ALOA 4UYNA 4MXXA 4PP7A 2BHEA 4C2VA 3SOCA 4HGTA 4PY1A 2JC6A 3R71A 5CYIA 3UQFA 2ZOQA 3DQWA 1KE9A 2XBAA 4DHZA 1Q3DA 3G90X 4L52A 3BE2A 2J9MA 4HOKA 2QC6A 2XIYA 2JKMA 4BIBA 2EVAA 3CTJA 3R0TA 2PVNA 2EU9A 3FLQA 4QQCA 4I6FA 5IUGA 3GB2A 5DEYA 1UU8A 4XEYA 1OL6A 4Y5QA 2I6LA 4FZAB 5AIKA 2XK9A 3BPRA 4NKAA 3W18A 5HEZA 6FITA 3ZFYA 1P2AA 2J6MA 3HMMA 4FG9A 4HJOA 5M57A 4RJ4A 4FTKA 2YM6A 4YJQA 1HCKA 3MIYA 5EMTA 4ORKA 3VWAA 1NT2A 3NUSA 3PY1A 1KOBA 4ANMA 2CN5A 3OVVA 5CSHA 3SZQA 2WZJA 3C51A 3VS5A 4G5PA 5A4EA 4NIFB 2WTVA 2WO6A 4CZTA 5CU0A 4YHTA 2YM8A 3K54A 4PDSA 1A9UA 3PFYA 4IW0A 4I1ZA 4M14A 4PTEA 5CZIA 4XG8A 5JRSA 3VUKA 4QMNA 3UNJA 3B2WA 4ACCA 2DWBA 1NXKA 3SDJA 3FLSA 1UWJA 2PUIA 2PUPA 2WB8A 3EN6A 3Q52A 2I0EA 4FE2A 4MVFA 2VTJA 1IA9A 4ITJA 5M55A 2HXLA 3V6RA 3VO3A 4FTJA 4C3FA 4E93A 5CALA 4F0GA 3H10A 1GZKA 2C30A 1U46A 2JIIA 3B8QA 3OS3A 3ORNA 4A7CA 3DKCA 2UUEA 3T9TA 4DH7A 2OFUA 3VQUA 4QP7A 5HNGA 4E5AX 4WG5A 4USEA 2W9ZB 4IWPA 3ZBXA 2IPXA 4RVTA 1K9AA 5ANEA 4XUFA 3L9LA 4DFXE 4PNKA 3ZSGA 5TKDA 1OITA 4UB7A 3NVKI 5EDPA 2YZLA 2ZAZA 3DTWA 3PIYA 2VNWA 2GHMA 2G15A 3QQLA 3W0MA 1V0OA 4AZWA 1SVEA 3NW5A 4FGRA 4CRLA 4BDCA 4N4SA 4I5MA 2BZJA 3MJ2A 2R7JA 4F7LA 3C4FA 3B2TA 3BBTB 4GKHA 3OCGA 4JLCA 2FO0A 5CWZA 3H0ZA 3IGGA 4YZDA 5I9YA 4FGBA 5JSMA 3S95A 3QTQA 3POOA 3AKKA 4FSYA 4GU9A 5EYDA 4ARKA 3AKLA 1T45A 4FL2A 3Q2JA 1BUHA 2YIYA 2YM5A 3K3JA 4G3EA 5EOBA 1GUQA 4EYJA 4E8AA 3VIDA 1OM1A 3OBJA 2QHNA 3R7EA 2ITQA 4TTHB 2OU7A 3TYKA 4BR3A 3KA0A 1S9JA 3TI1A 3FLYA 3P86A 4XYFA 3FE3A 3II5A 4C36A 3CQUA 4LRMA 3RM6A 3TUDA 4PUZA 1FMOE 2RL5A 1ZYDA 2R3GA 4HCUA 5ETAA 4DLJA 3POZA 4EH4A 4EH3A 5CX9A 2CNQA 3R9NA 4F7NA 5IEXA 2GDOA 2F7XE 1ZRZA 5CLPA 3PXFA 3NFFB 4RPVA 4XP0A 2JBPA 4IAZA 3IONA 2CGUA 5AV3A 4M12A 5AJQA 4UZHA 1YXVA 5CT0A 2JFLA 4FTCA 4U8ZA 4U97A 1BL6A 3NAYA 4DGMA 4L45A 1YW2A 3TM0A 4RIWA 4XP2A 4YJPA 3NZ0A 2QG5A 5LARA 4RLKA 2OXDA 2Y6OA 5JFSA 4BDBA 3AMYA 5GNKA 2RGPA 4B4LA 3UNKA 4GG5A 4RHNA 2BTRA 2CCIA 3LFCA 5ANDA 4EONA 4QEBA 3K2LA 3SQQA 3SW7A 5M07A 4ZY5A 1V0PA 1R0EA 3N4UA 4L3LA 3OF0A 3G6HA 4EUUA 3QQFA 4BGGA 1PMVA 3THBA 2OF2A 2W5HA 3SXRA 3MA6A 4AFJA 1Q4LA 5CAQA 3CBLA 5DWRA 5G1XA 1YOJA 2YIXA 3BEGA 4ZY6A 2ZFYA 2VWZA 1OL2A 3LQ8A 3Q5IA 4CRSA 3PE1A 4D58A 4I0SA 3RZBA 2XA4A 4Y73A 5I9UA 3P78A 1I44A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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