5IQDA

Aminoglycoside phosphotransferase (2'')-ia (ctd of aac(6')-ie/aph(2'')-ia) in complex with gmppnp, magnesium, and ribostamycin
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
300
structure length
296
Chain Sequence
DDNATNVKAMKYLIEHYFDNFKVDSIEIIGSGYDSVAYLVNNEYIFKTKFSKGYAKEKAIYNFLNTNLETNVKIPNIEYSYISDELSILGYKEIKGTFLTPEIYSTMSEEEQNLLKRDIASFLRQMHGLDYTDISECTIDNKQNVLEEYILLRETIYNDLTDIEKDYIESFMERLNATTVFEGKKCLCHNDFSCNHLLLDGNNRLTGIIDFGDSGIIDEYCDFIYLLEDSEEEIGTNFGEDILRMYGNIDIEKAKEYQDIVEEYYPIETIVYGIKNIKQEFIENGRKEIYKRTYKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Bifunctional AAC/APH
publication title Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus
total genus 107
structure length 296
sequence length 300
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.190: Aminoglycoside 2''-phosphotransferase.
pdb deposition date 2016-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01636 APH Phosphotransferase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5iqdA01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 5iqdA02
3W16A 3BV2A 1BL7A 4EUUA 2WXVA 3GCPA 4FL2A 5AFVA 3BQCA 3D0EA 3FSFA 3NYNA 3VNTA 5HE2A 5KHWA 4BCNA 4EHZA 4AT3A 4EK4A 3V5TA 4YU2A 2W05A 3ULIA 4OUCA 1O6LA 3QKLA 3V3VA 2X7FA 5EDPA 2UW8A 2CGWA 1UNLA 2C1BA 2UZEA 1IAHA 2R3GA 2ZM4A 4FSZA 2JFMA 3C5UA 4O0XA 1YW2A 4FG8A 3TWJA 4C62A 4CG9A 2UZDA 4ID7A 3JUHA 5HG9A 3LHJA 5KBQA 5HLPA 3NUUA 4FEUA 3ZO2A 4FSNA 3LFFA 1GAGA 2XJ1A 2WMUA 3O51A 5EI6A 4DH1A 5M53A 2PZ5A 4HYUA 3F3WA 4FEQA 5HU9A 3SHEA 4FKPA 5L6PA 3L9NA 4B4LA 4QMXA 1W98A 4QP2A 3UG1A 3GU8A 3FMHA 5AX3A 3ITZA 4O27B 4FIJA 4U3ZA 5AP0A 2H9VA 5IUHA 3Q04A 4KKEA 2WFYA 4QMPA 2G9XA 1Q97A 3JR1A 3SC1A 1YWRA 4DEAA 4N70A 1G8SA 3LFBA 2G2FA 4DFLA 2WEIA 3DB6A 3PPJA 2HZNA 2P33A 3V5WA 4L00A 4RIXB 2X9FA 3R7UA 4D58A 3E7VA 3HV6A 1VEBA 2OW3A 4G34A 1TQPA 5EYKA 4IWQA 2OIBA 4NM0A 1H26A 3PZEA 4P7EA 4AG8A 4FX3A 3I0OA 5KMNA 4K2RA 3C4FA 4AW2A 4IMYA 4PP9A 2W1GA 3EWHA 4CZUA 3CGOA 2QU6A 3HMOA 4O82A 4PWNA 3ZEPA 3KN5A 2YHVA 1FVVA 1FVTA 1GIJA 1CDKA 3ID6C 3P7AA 3HMPA 2OF2A 3PWDA 3QTWA 2Q0NA 4YHJA 2JITA 3KF7A 4FKGA 4MVFA 4WNKA 1JLUE 4CVAA 4TN6A 5FXSA 4PNKA 4DT9A 5A4QA 5HEZA 2QODA 3D7TB 4I6QA 3IO7A 4IADA 2BZJA 2QD9A 4FIIA 4FTRA 4DEIA 3LOKA 4HYSA 5KKRC 5HD4A 5D10A 1ZYDA 4AZTA 4FKVA 2BTRA 2O2UA 4ZZOA 4RIXA 2VX1A 4X2JA 4PUZA 5ITAA 3OWPA 1LEWA 2VNYA 3A7FA 4F9CA 4AN9A 4FKJA 4LOPA 2PVJA 4RC4A 5BNJA 4FIGA 4O0SA 3C0IA 4HGLA 2XKEA 4ENXA 4Z9LA 5IA5A 5A14A 2C6EA 2GFCA 4BBFA 3D5XA 4ZZNA 3KGAA 3O8UA 3Q32A 2OFVA 3V5QA 4D55A 2Z8CA 5BUIA 4CLJA 3F7WA 3S4QA 3H9OA 3PA4A 5AP3A 4M68A 4DEDA 3HAMA 5J1VA 5FP5A 3NEWA 5HLNA 5LMKA 4FV4A 3TDVA 3FKNA 2YABA 4CCUA 4O7YA 3MA3A 1FMOE 1XH6A 4FNXA 1B39A 5IQCA 1K3AA 3GEQA 3VS3A 4F7SA 5BYYA 3MA6A 3KF4A 3LLAA 3OEFX 5M09A 3BIZA 3OT8A 4QMVA 2WQOA 1BI8A 2OBJA 3GU4A 2YCRA 4OW8A 4GK4A 1ZOHA 3MWUA 4K1BA 2W99B 2XIYA 3WIGA 3DCVA 3IOKA 4D4VA 3BELA 4N6ZA 5K5XA 4O0YA 3C9WA 4YC6A 3UQGA 5C1QB 5AUVA 2C0IA 2EU9A 4D1SA 4F7NA 5HBEA 1W7HA 1NT2A 4E26A 3ULZA 4LRJA 1R0EA 2J9MA 2Y6OA 3OHTA 3PVGA 4O86A 3UC3A 4GFGA 1FINA 3ALNA 3TIZA 3P5KA 3WZKA 1YXXA 2VO6A 3EIDA 4FIEA 3OY1A 5ACBC 3FYJX 4MCVA 3ZO3A 5CEMA 3NIEA 3R0TA 3FI4A 3K5VA 1KOAA 4H36A 2FSMX 3LCOA 5IQDA 2VTPA 4YJNA 4EONA 2X8DA 5HE1A 3GU7A 5JZJA 4FV7A 3R71A 4MXAA 5M44A 4B9DA 3DK7A 3UYSA 4RVTA 5BX0A 1ZMWA 5DHJA 4X3FC 3KCKA 3TUDA 1M7QA 3Q60A 3GU6A 3DY7A 2XRUA 2R3MA 2ITXA 4E4LA 3FMLA 3W2QA 3DZOA 2NRYA 2HY81 3EN5A 3E92A 4OTQA 5M4UA 1DI8A 3UO5A 1R3CA 4PTCA 2X2KA 3FZSA 3FMEA 2XIRA 1YRPA 4DN5A 5FUTA 4H3QA 3R1QA 3W2OA 5J8IA 4OTRA 5D1JA 4FKUA 2WMWA 5C8MA 3ZOSA 2PHKA 4RQKA 3GC0A 1VYZA 2WHBA 3NYOA 4MHAA 3EQCA 3QQFA 2WD1A 4KWPA 4U44A 2WU6A 5ANEA 5FXQA 3WF5A 4QPSA 3QKKA 5AAGA 3NCZA 3NS9A 5M4IA 5IEXA 4ZK5A 4EOPA 4I5CA 2BTSA 3W8LA 4NL0A 5EQYA 4FV2A 3UIXA 3I4BA 4UEUA 4DFXE 5KMMA 3AQVA 3FE3A 4QMLA 4ORKA 5CU6A 5EM5A 3UC4A 4A4XA 5T3QA 4NTSA 4CFUA 4D28A 3OCBA 4GSBA 2J5EA 3PUPA 2EVAA 5CVHA 4TWNA 3RK7A 5IQGA 1HCKA 4ZSEA 1DM2A 5EM8A 1DS5A 5K4JA 3LXNA 3ZLYA 4Y5QA 5CSXA 1OBDA 1RE8A 2W1ZA 2YZLA 4C4FA 2XK6A 3II5A 3SW4A 3DS6A 4KA3A 1Y8YA 4IB5A 4EZ3A 4DG0E 4AW1A 1OKWA 4NFNA 3SXFA 4OTIA 1WAKA 3F88A 3R04A 3E87A 5M4CA 3TIYA 3QTXA 4NYEA 3VBVA 4ACDA 2IVUA 4QMWA 4RLLA 2WNTA 4L9IA 5E8UA 3RWPA 1PJKA 5ETFA 3RI1A 4CMUA 4TTHB 3FYKX 3MBLA 2ZB0A 4C7TA 4LG4A 4F08A 5ETIA 4J52A 2DWBA 3IW5A 3W2PA 4E4MA 3LAUA 4EOKA 3LXLA 3DKFA 5HCXA 4F1OA 4I5PA 4BKJA 2CMWA 3R21A 3AC3A 3TNWA 3G15A 5IQBA 3C4CA 2R3PA 4G3CA 4RGJA 1R1WA 1STCE 3AOXA 4AUAA 2W9FB 5M08A 4CKIA 4IB0A 3BU5A 2I6LA 3TT0A 4V01A 3BYOA 2CGVA 2P0CA 2VTSA 4E4NA 3VS2A 5LVOA 2IW9A 4C2VA 3R7EA 3G2FA 3HAVA 2KTYA 4N6YA 5AX9A 3UDBA 4D2SA 2VTMA 4S2ZA 1GY3A 4TY1A 2R4BA 3RCJA 4F1MA 2IZSA 5EQEA 3VC4A 3AD6A 4MXYA 3R6XA 3DGKA 3BU6A 4B8MA 3QD2B 3QQLA 2VWXA 4O7RA 4RSSA 1WBTA 1ZAOA 3QQHA 3IDPA 1WBSA 3RMFA 4BHZA 3NR9A 5L2SA 5AV0A 1Y57A 2PTKA 4A4LA 2BROA 2PMLX 4FL3A 3LMHA 5DBXA 3FMKA 4F0GA 4J98A 3S2PA 4U9AA 1MQ4A 5M56A 1Q8TA 1JPAA 1IEPA 5HTCA 4EH7A 4U8ZA 3A61A 4JDJA 4H1MA 3FLNC 3QWJA 2PYWA 2ZYBA 2GNLA 3QD3A 3UP2A 4YJPA 5L6OA 5AUYA 5IA4A 3PIYA 1KSWA 4O0RA 3HZTA 4TW9A 1TQMA 4ANMA 1LR4A 4F65A 2C6IA 3QTRA 3IOPA 2OZAB 3W8QA 4EHGA 1E1VA 4IZ5A 4QP3A 2W1EA 3GC7A 4YTIA 4MX9A 3H9RA 4QQCA 4AN3A 4CD0A 2Q0BA 2A27A 3OROA 5CT0A 3UODA 2YM6A 4V05A 5DIAA 2GQGA 1J7IA 3P0MA 4FSTA 4BDJA 3MTFA 3U55A 5CU2A 5AWMA 1Q24A 3OOMA 1NVQA 3UOHA 3KXMA 2LAVA 4MXZA 1PRYA 4FICA 3Q5IA 4Z3VA 5HU3A 3QHWA 3G6HA 4YJUA 5KMIA 2YIRA 2JIUA 2C0TA 3AMYA 4O6EA 4IAKA 5CF5A 1Q8YA 4EH5A 4ANLA 2P2HA 4R7IA 4EK6A 3DKCA 2C69A 4D5KA 3ENMA 4U43A 5BVFA 5CAVA 5BUJA 2PVRA 3LCSA 4JAIA 4TPTA 5IH5A 4RQVA 3ZXZA 4KNBA 5A6NA 3KVWA 3BGPA 3U9CA 1JQHA 5HORA 2QI8A 3R00A 4ACCA 5K9IA 4XV1A 3A99A 3QZIA 2OZAA 4ZJJA 1ZRZA 2YISA 2R7IA 4IJPA 4G2FA 4K18A 3MSSA 5E8SA 4I4EA 4XMOA 2QOIA 1JAMA 5CALA 3GFEA 2J5FA 2CNUA 1KE8A 1XR1A 2J0KA 4PRJA 3EN6A 3IECA 4BI2A 3RHKA 1WBVA 3VWAA 3BHUA 1AGWA 5DR9A 4MAOA 4RWLA 3UP7A 4LV5A 5FLFA 3F69A 4WUAA 3WOWA 1QPCA 3VW6A 4M13A 3ZSHA 2ETKA 3U6HA 3E3BX 3FJQE 4KD1A 2O64A 4IX4A 3M11A 2QONA 5DN3A 4MXXA 3COHA 4W4YA 4ALWA 3LXKA 4E5BA 4QO9A 4E6AA 4F9BA 4DE4A 4PTGA 4Y73A 5I9VA 5CEQA 3FPMA 3TDWA 4FZFB 3WZUA 3LM5A 2QOLA 4PDSA 4BCPA 2HYYA 4FNZA 3UO4A 2OFUA 3LFDA 1LUFA 2NPQA 2XNGA 2BRGA 4FT3A 3VVHA 4DHFA 5AUUA 4MNEB 2Q83A 4EJNA 3LCKA 4XP3A 4WT6A 5CNOA 4FIFA 4JIAA 4L01A 4NJDA 2IZTA 3CKXA 3O17A 4P5ZA 5FXRA 3HLLA 3I5ZA 2VWVA 4K9YA 4KS8A 4PQNA 3RHXA 5J7HA 5C03A 2VWIA 2Y4PA 4AN2A 1H01A 3GQIA 4M67A 1SVEA 1JKSA 3UG2A 2XBAA 3R02A 3W32A 3QALE 2C6TA 3NCGA 1VR2A 3FSKA 5KNJA 2RIOA 4IBMA 3UBDA 4FTJA 1PYEA 2VTRA 3ZDUA 4AW0A 2WIPA 4DEEA 2VGPA 1CKPA 2XNNA 5CASA 4E7WA 3GQLA 2XP2A 4NU1A 5BVDA 1JVPP 5B2MA 1ERKA 2R5TA 4IFGA 5J5SA 4W8DA 5E8XA 3MFUA 2QCSA 4C4JA 4WNOA 4C2WA 2ZV7A 1IA9A 3UE4A 2UZUE 4EQCA 4MNEA 4C36A 3R1YA 2C5NA 4QQ5A 4JG7A 4G6NA 4LUEA 2WTJA 2ONLA 2DS1A 1IA8A 2WMRA 4IWPA 4R5SA 2EXMA 1UKHA 2JFLA 5AJQA 1OUKA 2H96A 3ORIA 4DEBA 1AQ1A 5EYDA 2XB7A 4IANA 3RAWA 4ZAUA 5IH6A 1T46A 2UW0A 4ACMA 1Z9XA 2A2AA 2VTAA 5KMKA 3UPZA 2ITTA 3MFRA 3S95A 3PG3A 4JLCA 3R8LA 4WKQA 4WSYA 2QOQA 5H9BA 3ACJA 4YLJA 3UVRA 4I0RA 3UZPA 1H00A 4FUXA 3VQUA 2GFSA 2BRBA 4IHPA 4C4HA 2X8IA 3PVUA 3UOKA 3C50A 3F2NA 4EOIA 1Y6BA 4IAAA 5CXHA 1P4OA 5G1XA 5E8YA 2WELA 2W06A 4BY9E 2QG5A 2XUUA 2UZOA 1FGIA 3HMMA 4IVCA 2O3PA 3G9LX 4KSPA 3UPXA 4GS6A 4FTCA 5I9ZA 3VS4A 5IG1A 4XEYA 4RWIA 3L8VA 2Z60A 3P78A 1OPKA 3VO3A 3B2TA 1PW2A 4JRNA 1ZOGA 4JBPA 3V8TA 3EJ1A 2F49A 4MBJA 2XS0A 5HBHA 4RA5A 4NJ3A 4AOJA 4YTCA 4YPDA 2LGCA 3FLYA 2VWZA 4PMTA 1OPLA 4E1ZA 2UW3A 3PVWA 3R83A 2RFSA 5G6VA 2WQNA 3ZO4A 2W0JA 5IEVA 5FP6A 2HZIA 5CU4A 4I92A 4WA9A 4DG3E 5BMSA 4U6RA 5GIPE 3IGGA 4GT4A 4Q9SA 1BYGA 4XG2A 4RWKA 1BX6A 4FKQA 2REIA 3OCTA 2F4JA 4E20A 1OKZA 3LW0A 1L8TA 4CV8A 4YO6A 4DCEA 3GFWA 4MTAA 5AIRA 3EFJA 3CE3A 2CNQA 5EYCA 3MI9A 2EWAA 5GJDA 4QPAA 3HRFA 3R7IA 3OUNB 3GCSA 4UBAA 4A9SA 5C26A 5F9EA 5H8EA 2C68A 3V6SA 2XK4A 3ZM9A 4GUBA 2P4IA 1APME 2ITNA 3NW7A 4WG3A 2W96B 1XBBA 5DFPA 5TKDA 4AOTA 4D4RA 4A9RA 4GCJA 3HVCA 4U3YA 4ASZA 2JD5A 3FI3A 1ZY5A 5HG8A 5EM7A 3NUAA 4AE9A 4BTMA 4EH6A 2YAKA 3TN8A 5J95A 5CF8A 4C3PA 2IWIA 4FT0A 4PV0A 5C9CA 4CG8A 4O0UA 4RLKA 5KZ0A 4ZJVA 3ZUTA 3JY0A 3LMIA 3EN7A 3HP2A 3AD5A 1E1XA 3BEGA 3GOPA 3DJ7A 3H30A 3D4QA 2BZHB 3DBFA 3QXPA 4FSMA 5AUZA 3PP1A 4AT5A 4AX8A 4C34A 4B8LA 2ITWA 2XA4A 2GQSA 4QP1A 3FMNA 3AMAA 4U42A 2G2IA 2ACXA 4FODA 2Y8OA 1BMKA 1ZOEA 4YJVA 5IMEA 2GS7A 3DOGA 3Q9XA 3Q96A 4IQ6A 4MH7A 1DI9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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