5LVPA

Human pdk1 kinase domain in complex with an hm-peptide bound to the pif-pocket
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
285
structure length
275
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLNFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 275
sequence length 285
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvpA01
1I09A 4XV1A 1FVTA 5M57A 4ZSLA 5AR8A 3QUEA 5AAFA 4W4WA 2XBJA 4XOYA 2XK3A 2CNQA 3W32A 1SVHA 4GYGA 3QQKA 3QTZA 4QD6A 4L45A 2BFXA 4CFMA 4TYIA 5JN2A 4FTIA 4RZVA 4ZIMA 3KREA 5DH3A 1UU3A 5EDRA 5JFSA 3VUIA 1ZMUA 3KN5A 4AA5A 4XH6A 1W84A 4C57A 5GZ9A 5A4LA 3R00A 4OT5A 4BKJA 1MQBA 3OT8A 4ZLYA 4L46A 5JK3A 4DFYA 4ARKA 1H25A 4IVCA 5HIBA 3PTGA 2YIYA 1FGKA 4FNXA 4PL3A 3OOMA 4EJ7A 1EH4A 3RTPA 3TNIA 3PLSA 4E3CA 2OO8X 5TE0A 3CP9A 2X6DA 3BGPA 4FKUA 4TXCA 3MJ1A 1JKKA 4CYJA 1R39A 1R0PA 3OCBA 2XMYA 2W4JA 3C0HA 5AV3A 3BBWA 4ZTQA 3V5LA 3R7OA 3MH2A 3QD3A 4FSMA 3ZXTA 1J7LA 2WIPA 3B2TA 3I7BA 5M55A 2ONLA 4V0GA 2NPQA 3F2AA 5A6OA 5AV1A 2WIHA 3A4OX 4BICA 1PMVA 2VGPA 4XG4A 1ZYJA 4GV1A 2R3QA 3RI1A 3LJ1A 4IX6A 3MH3A 3BBTB 4U6RA 5D41A 1OUKA 2VO3A 4F0IA 4F63A 1XQZA 1FPUA 5CAPA 3VS5A 1TKIA 3SAYA 2CNVA 3BHVA 3CD8A 3DBQA 3LAUA 1LUFA 3OEFX 2PVKA 3CC6A 4IMYA 5E1EA 3HDMA 4B4LA 2GTNA 4E1ZA 4F0GA 4QQTA 3NLBA 3DQXA 3QQLA 4PUZA 3V51A 1KOBA 4IIRA 3QRIA 4E7WA 2WOTA 1M14A 3AD5A 4NFNA 4B8MA 4BGHA 1BMKA 3MN3A 4ZSEA 2IW8A 4A4LA 2QOBA 2FUMA 3MA6A 5J87A 2IO6A 4O7WA 4DA5A 2XUUA 2C30A 4CRLA 5J5TA 2CHLA 4ITHA 5FDXA 3D0EA 3HAVA 4C7TA 5E8WA 3FI2A 1JPAA 4JAIA 5FRIA 4MTAA 4PTGA 4YSJA 4RRVA 3UO4A 2YJRA 4YC3A 4FV0A 2OXXA 2WFYA 2BUJA 5AAGA 3A61A 4MVFA 5D12A 4BCFA 5A9UA 3EQPA 5EYDA 1OIYA 1TQPA 3CXWA 4BZOA 4YJUA 1W8CA 3UQGA 3IECA 4HCTA 4OTRA 3GENA 4I94A 5AP3A 5AP2A 5HE1A 4CFUA 2XIXA 1ZY4A 4QTBA 2B52A 3VBWA 5L2QA 4V04A 2QNJA 3UMWA 4O0TA 4WUNA 3VS6A 3H9FA 3U6IA 5I9ZA 4FSQA 4TTHB 4GEOA 2YM8A 3R9DA 4AU8A 1WCCA 4FV6A 5FTGA 2EB3A 4PMMA 4GYIA 1OB3A 3MY0A 4UALA 4ACCA 2XB7A 1DI8A 3FMKA 1IASA 5HNIX 3LCDA 5BPYA 1FINA 4NTTA 2OZAB 2W17A 3BV2A 1O6KA 3DNDA 4YJVA 4ZJVA 3DXQA 4EC9A 3EQCA 1YRPA 4L42A 2R7IA 4ZJJA 4FTTA 4C3FA 4EH3A 3BHYA 3COMA 1ND4A 4IAAA 4JLCA 4F7SA 3R8UA 3LCTA 1DI9A 1OL6A 2CKPA 3BKBA 4OW8A 3CGFA 5HLNA 1ZOEA 4CQEA 3R1SA 3NW5A 3WYYA 3DZOA 5D11A 5BUJA 4E6AA 2FSMX 2ZYBA 3OW4A 2WTCA 4PNIA 2DS1A 2QG7A 3FI4A 3ORPA 4XJ0A 4O7SA 3R8VA 2HXLA 2QO9A 2W1DA 5DOSA 5E90A 3FQEA 3ZFXA 2ZDUA 3OZ6A 5HIEA 2W1HA 5JFVA 2W99B 3PY0A 5HX6A 1UU8A 4GK4A 4RPVA 1JAMA 3P9JA 2BCJA 2PZYA 4QYHA 5FGKA 4AZEA 3CJGA 1PXPA 3EQDA 4JBQA 2VNWA 4GW8A 3W2OA 4PWNA 4DE4A 5L8JA 5E1SA 1IAJA 3UYTA 4F7LA 2JGZA 5A4QA 3RHKA 5J95A 5HO6A 2GQSA 3RGFA 2WU6A 4BL1A 3R9RA 2ZV2A 5E8SA 2BRHA 3O2MA 4Z7GA 4FKTA 4CZYB 1XH5A 2E9NA 4NIFA 1OL2A 3ZRMA 4C0TA 4BCQA 3TV4A 5BVDA 5HG7A 2WMUA 3ZZWA 4QYFA 4AA0A 5T6KA 4RJ3A 5C8KA 1OVEA 5KO1A 3O51A 4BDIA 5FLFA 4F4PA 4RIYB 5D7VA 5AUZA 2XNGA 5CNNA 5HGIA 3NEWA 4I6QA 3MFTA 2VWWA 3V6SA 2QOIA 3NW6A 1PYEA 5CZHA 1MUOA 4UMPA 2J5EA 2EUFB 1JVPP 4B6LA 2OXYA 5IQEA 4NYEA 1KE6A 1YOJA 3MVHA 3H0ZA 3U51A 5M4UA 3HX4A 2J0MB 3L8SA 3RNIA 1QCFA 1SZMA 3DKOA 1O9UA 4Y8DA 3CY3A 4CMOA 3PUPA 2KULA 3U87A 1WBTA 4O38A 2R3IA 4G3EA 4GFMA 4F08A 3ZSIA 1R78A 2WMWA 3IKAA 3HMOA 4FT3A 3FBVA 5K0KA 4C02A 5CLPA 1OKVA 2XIYA 4FA2A 4Z7HA 3F5UA 3SQQA 5M07A 5CXZA 2I40A 3FY0A 4H39A 1NY3A 4XG2A 3ZZEA 2XRUA 3LPBA 1RW8A 4ALWA 4BWKA 1Q3WA 5JQ5A 3FEGA 5CANA 1BUHA 3UNKA 1BX6A 5IU2A 3GCPA 3BU5A 3SRVB 4V05A 4CKRA 3GBZA 5KMNA 3NYVA 3F2NA 5JQ8A 4XRJA 3WZJA 2NRUA 3BLQA 5HEZA 3KXMA 4L00A 4W8DA 2J4ZA 3MY5A 4ZJIA 3W2SA 4EUTA 3QCSA 5AP6A 3V6RA 5BYLA 4JS8A 3GFEA 3A62A 2J6MA 3UGCA 3T9TA 4CLJA 4IW0A 4IB0A 3SHEA 3NYOA 4RIWB 2W9FB 3OXZA 1SYKA 4GG5A 4L67A 4BCNA 3FXXA 4QNAA 4X2FA 5BUEA 3DBFA 3OBGA 4O0YA 2OICA 4WBOA 1APME 4FK3A 2ITVA 4DFLA 1SVGA 4R8QA 3QU0A 2F7ZE 2ETMA 2YIXA 3QC4A 3O0GA 5A4EA 1R0EA 4E26A 3RJCA 2UZOA 2J0LA 3WF6A 4RIYA 2YWPA 1REKA 5TF9A 3BE9A 4ZTNA 4DGLC 2BPMA 4JNWA 3MFRA 4IM3A 4LOOA 4HCVA 4U41A 3K5VA 2W05A 4EC8A 5HOAA 4AW2A 5L8LA 3VF9A 4KAOA 1BL7A 1GJOA 3TL8A 4ALUA 4PTCA 4YBKA 3W55A 4FV9A 3UNZA 3R21A 3FSFA 3LJ0A 3BHTA 4TWCA 2V55A 3MDYA 4RLLA 2ITQA 3IGGA 3R83A 3DZQA 4KIKB 4YC8A 5EKNA 3QFVA 3V5WA 1YI6A 2Y6OA 2VTQA 4FR4A 4WNMA 3FLQA 4GUEA 4QMSA 4BCOA 3FXZA 4LRJA 4FEVA 2YM5A 3GNIB 4MK0A 4M66A 2UZEA 4DEGA 4ZAUA 2YIRA 4U40A 1KE5A 4QMYA 2CKOA 4FEXA 3IONA 5IQHA 3RWPA 3SDJA 3R30A 3Q9XA 4O7RA 5EQYA 3A60A 2GHGA 3LQ8A 4C4GA 2BTSA 2UVXA 4XNEA 3ZO2A 3TTJA 4JXFA 5J7HA 2IWIA 2XNMA 3ORKA 4GIHA 4L9IA 4M14A 4O6EA 2OJIA 3VJOA 3ZLSA 4E5AX 5M4CA 3C4ZA 4A9SA 2JDVA 1RE8A 2C5NA 2YM4A 2JKQA 2X4FA 3SRVA 2NNWB 3KVXA 5L6WL 4BBEA 1H1SA 3LMIA 3NUPA 4AGUA 4AT5A 4IWDA 1YW2A 2W0JA 1G8SA 2GDOA 4YZNA 3JXWA 4WNPA 3RINA 4LI5A 4CD0A 2PVLA 5AR3A 4RIWA 5GZ8A 3PRFA 2HK5A 4HVGA 1M2RA 2WTKB 1PJKA 2DYLA 3FQHA 4K11A 2W1CA 1IA9A 4I6BA 4YJSA 1NXKA 3R22A 4RWKA 3E88A 5CT7A 4ZS0A 1UU7A 4O27B 1W83A 5FQDC 5JT2A 5EQPA 3C9WA 3NSZA 5D9HA 2W1GA 5FEQA 2X7GA 3QD4A 2V62A 2EB2A 2XNNA 2YABA 2YHVA 3HDNA 5EOLA 1L3RE 2CCHA 3MWUA 4J1RA 2O2UA 3DBDA 3GCUA 4KKGA 5DEWA 3FLYA 4B7TA 2Z02A 3NMUF 4K8AA 4JDKA 5BNJA 4DFUA 4ZTMA 3QGYA 1J91A 5J1VA 2JIIA 5AR5A 3L8VA 5HG8A 4FTAA 2GS7A 3NNVA 4E6CA 2R0UA 1PY5A 2UW3A 3MPAA 4AUAA 4DTAA 4A9TA 2VWXA 3Q6UA 4GT5A 1H8FA 4P5QA 1VEBA 4R7HA 4EOMA 2W7XA 3MBLA 3HZTA 3G51A 1ZYLA 2GQGA 3QUPA 5GHVA 3LFEA 3I4BA 3AC2A 4KINA 3MY1A 2UW4A 2XNEA 2C4GA 5ETIA 4E93A 1Y8GA 2RL5A 1Q41A 5JSMA 2WO6A 2C69A 4FGBA 1U59A 3OTUA 4GSBA 3RK5A 3VF8A 5A4TA 3LFDA 2CN5A 3BGQA 2W96B 5BVWA 2UVZA 1H28A 3MTLA 3QHWA 3K5UA 5CZIA 5AUXA 2CSNA 3DTCA 5B2MA 1YWNA 2PHKA 2WMXA 4DGGA 5CEQA 5BQ0A 3LVPA 4P5ZA 2WMTA 4S31A 4FV3A 4Q5EA 2J0JA 4HVIA 4X2JA 4PV0A 4EHEA 2XKFA 2H8HA 5KHXA 4DGOA 4WSYA 3ATSA 4RQKA 4C2WA 4UV0A 1UKIA 3E7OA 3TN8A 5CU0A 3PYYA 3L9NA 2PULA 4ANLA 4XLIA 3OW3A 5LVNA 3LIJA 4NCTC 3QQJA 3DJ7A 4E5WA 4C61A 4QYGA 3FY2A 5HVYA 5DLSA 3LFNA 4KIOA 3RPYA 3CPBA 3PG3A 2QODA 3KN6A 3UIXA 1H4LA 2CGWA 4TT7A 3EQRA 4IXPA 3HEGA 4IDTA 5EYKA 3RPOA 4ZY4A 3UOLA 4W4VA 1T45A 2Z7LA 5EH0A 5AM7A 4ZP5A 3A7IA 2EXMA 1FQ1B 1KE7A 4IADA 3I79A 3OBJA 4NM3A 3IQ7A 3LXNA 3PXZA 5E4HA 4LUEA 2WTDA 2FSLX 2GNFA 1Q8WA 5ACKA 4NW6A 2VZ6A 4S34A 3E7VA 3NW7A 4XUFA 1SNUA 4E4LA 1WFCA 2OF2A 2R3RA 3AMAA 4JX7A 3MTFA 3EB0A 3WYXA 4YO4A 4KBAA 2FO0A 2QU5A 4XMOA 1NA7A 4IVBA 4MF1A 3C0IA 3LFSA 3DXNA 3L1SA 5EW9A 2IVSA 3NR9A 3DLZA 4JG8A 1CM8A 2NP8A 4UYAA 3Q9ZA 2UUEA 3ETAA 3BQRA 4Y95A 4HZRA 4IVDA 3QTSA 4J99A 4C4EA 4CV9A 4DINA 4KWPA 2HYYA 4R7IA 4XS2A 4G3FA 4QP7A 3ZMMA 3TDWA 2WMBA 3OEZA 2P0CA 4EYMA 2C6MA 4Z55A 4UXLA 4FYOA 4FTCA 3QRKA 3UOHA 3W1FA 3EQHA 2ZM3A 2I6LA 3CS9A 4IAIA 3NVKI 2PZ5A 5HIDA 2WQEA 2BVAA 3PY1A 5HCXA 3IDPA 5CYIA 3P4KA 4RX8A 3P1AA 1F0QA 3E3BX 3R1NA 3KMUA 2V0DA 1Q8TA 3I6WA 5E8YA 5EI2A 3V8TA 2O0UA 3DAJA 3U4UA 3LHJA 3FHRA 3AG9A 3MYGA 2IVTA 4KSPA 4W8EA 3MJ2A 4TPTA 5HICA 5LMAA 2G15A 2YWVA 3TDVA 5JGDA 3Q2JA 4O6LA 3FDNA 3W2CA 4IM2A 1GZ8A 2WELA 1YVJA 4ZTLA 4NW5A 4D9UA 1JKTA 5IA3A 5M4IA 3FLZA 4O22A 1YDSE 4TY1A 4PF4A 4C3PA 3BLRA 4C59A 4PMPA 2A1AB 4H3QA 4APCA 4AFJA 2VWUA 3B8RA 3F88A 2Z60A 5KMMA 4F7NA 3PXQA 4NZWB 4TWPA 3TJDA 3ENHA 4AW1A 4AZFA 4IX3A 1ZZ2A 1U54B 3EL8A 4G34A 4G9RA 3RHXA 3TNQB 3EYHA 4NL0A 5AUVA 4ITIA 3OFMA 3MVJA 5FG8A 4L3LA 4C38A 4ACMA 1M2PA 1GZNA 1P5EA 4OTPA 3DK7A 4WNOA 2I0YA 3EFKA 5DN3A 4K2RA 3R7GA 4FKVA 1IRKA 4IZYA 3W2RA 3H10A 1XBAA 4S30A 3QBNA 2PTKA 3BEGA 1DS5A 5C8NA 3JPVA 2OFVA 4D0WA 2ONLC 3SGCA 2QCSA 2XCKA 3DCVA 5BX0A 3R63A 3F7WA 4BTFA 1L8TA 3Q52A 4EQCA 5GJFA 2QOHA 4C37A 2ZMDA 3HMMA 4L7SA 2YJSA 5BVFA 3UVPA 4G1WA 3FMHA 3TNPC 2QR7A 3ZC6A 5EM7A 2R3JA 5HBEA 3QTQA 3DS6A 1PKGA 2OFUA 4B8LA 3H3CA 2JAVA 3W2PA 4QT1A 4G6OA 1O6YA 2J50A 4GH2A 3IW4A 2B54A 4FVQA 3W16A 2BKKA 4YTFA 5F1ZA 1XBCA 4QPMA 5D10A 5TKDA 1B38A 4U79A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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