3DBCA

Crystal structure of an activated (thr->asp) polo-like kinase 1 (plk1) catalytic domain in complex with compound 257
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
287
structure length
261
Chain Sequence
KEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLLKPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRDLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Polo-like kinase 1
publication title Design and synthesis of 2-amino-pyrazolopyridines as Polo-like kinase 1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Danio rerio
total genus 72
structure length 261
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.21: Polo kinase.
pdb deposition date 2008-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dbcA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dbcA01
4F65A 3RTPA 4FNWA 2R3GA 2PSQA 2W1EA 3COMA 3MVLA 3PPKA 4R3PA 5ITAA 3II5A 1B38A 4WG5A 5EFQA 3NUSA 3HMOA 3PFQA 5GJFA 2NRYA 3WF7A 5HGIA 3C9WA 3GCVA 5K5XA 4IWDA 3QRIA 4QT1A 5HVKA 3DXPA 4IZYA 4MCVA 2X2KA 4DTBA 3O8UA 4IAIA 4G3GA 3DJ6A 3GU7A 4QTEA 4XG6A 4YZCA 2J0LA 4UMUA 1CKPA 3MY5A 4DT8A 3EQCA 4D0XA 4GKHA 4HZRA 4FSNA 2XM8A 3E64A 2ESMA 1QPEA 2I0HA 2OK1A 2PMLX 3Q60A 2ZDUA 3BCEA 4GFMA 4RRVA 2OZAB 4S34A 3V8TA 3AD5A 4NIFB 5C27A 4BKZA 3Q04A 3GFEA 2QODA 2YABA 3JXWA 3KKVA 4GT5A 4YZBA 3GCSA 3R83A 4S32A 2YWPA 4I5PA 4LYNA 2ZJWA 3D7TA 4HJOA 4Y8DA 5AR3A 5AV1A 5J8IA 4R5SA 3TKHA 1ZOEA 2YDKA 3HV4A 4BYJA 4RX9A 4JQ8A 4M84A 4I20A 3W32A 3BU3A 5HTBA 2QOKA 4ENYA 2XNGA 4JDIA 3FMKA 4G3EA 4U79A 4AT5A 5AAGA 3H9OA 4TN6A 2LAVA 4FNYA 3ZTXA 3MA6A 4GKIA 4BDEA 3RWQA 3RWPA 1S9JA 1WBTA 3NUNA 1ZLTA 3FBVA 2J4ZA 4KS8A 3KREA 4GU6A 2RF9A 3BQRA 4GFGA 2Z8CA 4ZTHA 3ATTA 4AFEA 5CVGA 1Q8TA 2OO8X 3RKBA 1K3AA 3LMGA 4J97A 4E5AX 3F66A 4KKGA 5DEYA 3PZHA 4A7CA 2UZNA 3D4QA 3WZKA 2WTVA 3UOLA 3I4BA 2PTKA 2ZYBA 3V6RA 4AF3A 3QRTA 3R6XA 5CSVA 4QMNA 5AADA 1H1RA 4BDJA 4JG6A 4ZOGA 1BYGA 5G6VA 3SV0A 4EBVA 4O6EA 2YIXA 4Y73A 4CTCA 4R1VA 3UIBA 3NUAA 2WMRA 3Q5IA 4UMTA 3VO3A 2IVSA 2WEIA 3B8RA 5B2KA 2ITTA 4BDBA 4DCAA 1GIHA 4O1PA 3FMHA 4V0GA 4OAUC 3NNWA 1Z57A 5HCYA 2XKEA 3EN9A 3KF4A 3LFAA 4G6LA 4USDA 5KMOA 3T3UA 1XH5A 1PKGA 4G5PA 3RPRA 4PPCA 3W55A 5JQ8A 2E9OA 4UWCA 5KHXA 4R5YA 4YBJA 3PY3A 4FMQA 3BZ3A 4L44A 1Y8GA 2O2UA 1H1SA 3AC2A 4M13A 4FV9A 2QO7A 5D10A 2C5YA 4CFNA 4DFLA 5IQFA 3I60A 4AZVA 2OFVA 4FKIA 4YTCA 3THBA 1E9HA 3EZRA 3F3TA 3IDCA 4KABA 4LMUA 2OW3A 4FBXA 3DPKA 4JBOA 1XH4A 3V5WA 2XNEA 3EYGA 4ALWA 3F2AA 5AEPA 2JFMA 5CTPA 4I4EA 4RIOA 1TQPA 3LCSA 2V7AA 4TPTA 5JSMA 1OECA 2VAGA 3KXNA 2CCHA 3POZA 5JRSA 1H1PA 3C4CA 2XNBA 4P5QA 3R7IA 4FV2A 2YZAA 4PMSA 2IVVA 2Z60A 3QKMA 2B54A 3GNIB 4II5A 4RZWA 1H8FA 4XCUA 5HE3A 5K4IA 3PWDA 3BPRA 5BVOA 4IAAA 4PUZA 4K77A 1OB3A 4D4RA 3QHRA 4FT9A 4E6CA 4O38A 3L8PA 4JDJA 3GC7A 4IC8A 4J99A 2QKWB 3DLSA 3GB2A 4CV8A 4O84A 2GNFA 2QC6A 2ZB1A 3QA8A 2VO3A 4IZAA 4QP7A 2C3IB 5F20A 1M14A 2RSVA 3UZTA 4P4CA 4O7RA 3F3ZA 3LFFA 5A54A 5CU6A 2P0CA 3BV3A 4YJTA 2KTYA 3RP9A 4EKLA 3NIZA 3QUPA 4I5HA 3IW8A 4FZ7A 4QMXA 4Q9SA 2BRGA 5DIAA 1Z9XA 5FDXA 4AA0A 4ANQA 2VUWA 3A60A 3KFAA 5FEEA 3UJGA 5E90A 2IZSA 4FT0A 4C02A 3KN5A 4ASDA 4BBEA 5CF6A 4IX5A 2AUHA 1XBCA 4R3CA 3WF8A 4FKOA 3PVWA 1SZMA 3Q9XA 4LGDA 3JYAA 2R0UA 4TNDA 5AR8A 1Z5MA 2C6IA 3GC0A 3FSFA 4F08A 3VWAA 2HYYA 2F49A 5ETFA 2UUEA 4QMLA 3RK9A 1XBBA 4A07A 1JAMA 3MFTA 4C3FA 5DR6A 1Q97A 2F57A 3V8WA 1GJOA 4FSTA 2UZOA 5IMEA 3KRXA 4DGNA 2GU8A 4NK9A 5D41A 4YSJA 2BILB 3ZUTA 1JPAA 1XH7A 4ZS0A 2UVYA 2X9FA 5D12A 5HLNA 3NX8A 1P14A 3PTGA 4MBLA 4Y5HA 1KSWA 5C8MA 3ZSGA 5JH6A 3P4KA 3EQPA 3ODZX 3LMIA 1XH8A 3ZS5A 3OXIA 3MH1A 4OTPA 1ZMUA 4QTBA 5EM6A 2QU6A 5T3QA 3VRZA 2Q83A 1PW2A 1JOWB 3TN8A 3DOGA 4CLJA 1GZOA 4RC4A 3DK3A 2X8IA 4HGEA 4IWQA 3V5LA 2C0TA 3QWJA 4X3FB 2XP2A 4ZTSA 2BZKB 3CTJA 3UVQA 5K3YA 3NMUF 4BTJA 2ZOQA 2P4IA 3FZ1A 3C4EA 1STCE 3MS9A 5C03A 3SRVA 4FZFB 4KS7A 1NW1A 5CZIA 2V7OA 3PY1A 4L46A 3FKNA 5FTQA 3HKOA 4E3CA 3D2KA 4XOZA 1FVTA 3C50A 3MFRA 5LARA 4H05A 4ASXA 3PXYA 4YC6A 3IECA 3PSBA 4IAFA 5AX3A 5AUUA 3PWYA 3PXQA 3R1QA 3V01A 4AZSA 3NCZA 1LUFA 4O82A 3PSDA 5KMMA 5IDPA 4C59A 4H3QA 3O50A 3LIJA 3OXZA 3QD4A 5D7VA 4FNZA 1JSTA 3RHXA 1OITA 2R3NA 3ULIA 4EH7A 3C51A 4R77A 4GIHA 4Z16A 5FRIA 1PYEA 3GOKA 4EORA 5HLPA 1OBGA 5DT4A 4F64A 1J7IA 4KIKB 3ZU7A 4PPBA 3TNHA 4QMPA 1YXUA 2QOHA 1OL2A 1PJKA 1XBAA 2F4JA 3GT8A 3Q9WA 1QL6A 3R21A 1PKDA 2YHVA 4I92A 4O2PA 4RMZA 1P5EA 3NW5A 4C4EA 4CFUA 3I7CA 5M4FA 5C4LA 3BHUA 1RQQA 2W5HA 4FODA 4USFA 4OTIA 1YQJA 1R39A 4ZMFA 3O71A 5EDQA 4ANMA 1H27A 2R9SA 4BYIA 5F9EA 3LHJA 3VQHA 5FXSA 5CSPA 2QOCA 3D7TB 4DBNA 3NUXA 2BZIB 3F3VA 1G8SA 4BVUA 3R73A 4TWOA 1O6KA 5AR7A 4XG2A 2PMNX 1A9UA 1URCA 4FKTA 1U54A 3RVGA 3ZFMA 3ORIA 4PTCA 3A7GA 2ZV7A 4BDAA 3N4VA 1WBOA 3EQHA 4FVQA 3EL8A 4YP8A 2EXMA 4MQ2A 1NVRA 3R1NA 3ZSHA 4YTIA 4IADA 2QONA 4FSQA 3M2WA 4RA5A 2Z2WA 3FMJA 4EH5A 5EI6A 2A2AA 4L6QA 4CFMA 3PY0A 3PVBA 4U0IA 1PYXA 4DA5A 2PPQA 3IKAA 3MY1A 4GU9A 3FI4A 5IEVA 2BHEA 4F6SA 5KBRA 4I22A 5IQCA 4OBPA 1PHKA 3PXKA 4IB1A 4I1ZA 1V1KA 4RWLA 3CPBA 2YISA 1A06A 3AGLA 3Q6WA 4L01A 4QNYA 5FP5A 3TV7A 2VX3A 3S0OA 4G2FA 3MV5A 3O17A 3ORXA 5IH4A 4E5WA 2P3GX 3VBXA 4I0RA 4PNIA 1M52A 3ULZA 4U3ZA 4A4LA 4ZJJA 2PZRA 2IO6A 4AOTA 3R00A 4K2RA 2I0VA 3E62A 3OS3A 3BV2A 4XUFA 3E87A 4DH7A 2XCHA 1X8BA 4O86A 3FMNA 2GNLA 5LVNA 4A9SA 4QPAA 2O0UA 4MVFA 1B39A 4O7SA 1CTPE 4JJRA 4NKAA 2I7QA 2R7IA 4MD8E 2VWVA 2J0IA 4FT7A 5E8WA 3V5PA 2GCDA 2HY0A 4CMTA 4CRLA 3EFJA 4FE2A 4IX4A 4OBOA 3FYKX 3WIGA 5LVPA 4Y85A 2V5QA 3H9FA 4FSRA 1JVPP 5E1SA 2BUJA 3HA6A 4UYNA 4I6QA 3RK5A 3RMFA 4TL0A 5HU3A 4DT9A 5LCKA 3OBGA 3D83A 3G51A 4QRCA 5CYIA 5TF9A 2IZUA 3UVPA 4RIYA 3ERKA 5H8EA 2OJIA 3UO6A 5D9HA 4HW7A 3M11A 4P90A 2XRUA 3ZO3A 3C1XA 4QP1A 4F9YA 5HNIX 4YTHA 4HYSA 2CNVA 5CVFA 3NRMA 4ZY5A 1L8TA 4GL9A 4C4GA 4UMPA 5IQGA 3CR0A 4XV9A 3C4XA 2W96B 4FTIA 1K2PA 2WTJA 3FPQA 4FK3A 4FKLA 4RG0A 5E7RA 1LP4A 4FTQA 4G17A 3TDVA 4WKQA 1MRVA 3AT2A 3DAKA 3A8XA 4IH8A 4KRCA 4BGGA 2XBJA 3ZZEA 4QYHA 4BZOA 3AMBA 4J8NA 1H1QA 3OBJA 3DZOA 5CT7A 2JDRA 2WD1A 5EYKA 2WFYA 2G2IA 2W1CA 3ENHA 3ENMA 4FV1A 3VS0A 5EI2A 3F3UA 3LW0A 3SAYA 4O7ZA 4I6FA 4RVLA 5CEIA 4U43A 5I9VA 2X7FA 3R1SA 5AUTA 4ZS4A 3OWKA 3ITZA 4LRMA 4DYMA 1NY3A 4CKIA 4FSUA 3DQWA 4PPAA 3P7BA 4HVIA 3B2WA 3EL7A 2UW3A 5GJGA 4LM5A 5A14A 1URWA 5CT0A 4EYJA 4LUEA 5HOAA 3ZBFA 5CU4A 2AC3A 3PSCA 4XG9A 4A9TA 2C3JA 4QP4A 4GRBA 5GNKA 5L6WL 4FA2A 5D11A 3OW4A 3GUBA 5HKMA 3EN7A 2CNUA 2ZVAA 4GG7A 4X3JA 2C5VA 1H28A 3MIAA 4JOAA 2OF2A 4E4MA 1BI8A 3OT8A 4PQNA 2UZEA 4U9AA 4ZXTA 3EMGA 3W16A 1AGWA 5HVJA 5E8UA 4LOQA 4RBLA 3WF6A 4F9WA 4FIGA 3TZ7A 4U42A 4ORKA 4V05A 3BWFA 2AC5A 3BE9A 3QTZA 3CD3A 4KWPA 3QAME 2GFCA 4EQMA 5J9LA 2YWVA 1WMKA 3KCFA 3Q9ZA 2FYSA 1APME 2Y4PA 4HYUA 4U80A 3TG1A 1RJBA 2BAKA 3FY0A 5F4NA 3TNQB 1JSVA 5CAUA 3U4WA 3NUUA 3DK7A 3FI8A 3BYSA 4CD0A 1P4FA 4M15A 2B0QA 3TKIA 3P7AA 4EOPA 5HLWA 2DWBA 3RM6A 2BR1A 1Y6BA 2Y4IC 3FYJX 4FKVA 4Z9LA 2W0JA 3ANRA 3SRVB 4F0IA 5FXRA 2CKPA 3PJ2A 4HVGA 3UYTA 4IANA 3PA5A 3OUKA 2UW5A 4C3RA 4AN3A 5C26A 5CAOA 4FV7A 4WNKA 5A4LA 4F4PA 1OM1A 4GJ3A 4O81A 4YLKA 3OD6X 4E4XA 5IQBA 2VTLA 1GIIA 1OIQA 4M97A 3BYOA 4OTGA 2QI8A 4PF4A 2YAKA 4U3YA 4Y83A 4ITJA 4BI2A 3F2RA 2B55A 2VTSA 3CTQA 3VJOA 3R9OA 3ZXZA 1WVYA 4L7SA 4YUQA 2UZVA 4LV5A 4BDFA 3VBVA 4FKPA 4F9AA 5KMJA 3IDBA 5AR4A 2PUPA 5EKNA 3RHKA 4EI4A 3CGFA 3R9HA 4CKRA 3LJ2A 3QTSA 4EL9A 3KMWA 5LVLA 4ZLOA 3WZDA 1UU3A 4B7TA 3ORZA 3Q9YA 2QO9A 2JITA 3FKLA 3MW1A 4IW0A 4HVSA 2QR7A 2JIUA 4M69A 4YGAA 1G5SA 2W1FA 4GK4A 2C6KA 5CI7A 2Y0AA 3DTCA 3ZZWA 4H1JA 1W7HA 4DCEA 4PMPA 3IW4A 4I41A 1VYZA 2NPQA 4B6LA 4FL2A 4L3PA 3K54A 4N6YA 4XRJA 3VVHA 5I4NA 2W99B 1Q8ZA 3QGYA 5HEZA 3UNZA 1WBPA 4RVMA 5AX9A 3QWKA 5CAVA 1O6LA 2BIKB 3FZTA 3MPAA 5BMMA 3VUIA 4EEVA 5KMNA 5CENA 2YIQA 3UOHA 5GZ9A 2GPHA 3COHA 3LFCA 5DR2A 4C37A 4YC8A 3A62A 5FTGA 4EQCA 3FPMA 1JBPE 3H10A 4IZ5A 3UYSA 5FWKK 3P0MA 4UEUA 3GCPA 4G6OA 4L53A 2VD5A 1FINA 4RJ6A 5EI8A 5KZIA 4A9UA 4U45A 5DRDA 4EBWA 4EOKA 4N0SA 2WMBA 3NIEA 1YRPA 4GH2A 3P5KA 4CZTA 1KE9A 5HIDA 3ZDIA 2YA9A 4WG3A 1WVWA 4Z3VA 3DNEA 5L8LA 3DKCA 4FUXA 5I9YA 3L8VA 3DXNA 5CI6A 5JMSA 4DTAA 3MPTA 2ITYA 2PMIA 4OGRA 2CHLA 3MTLA 2ETMA 2FSTX 3LCTA 2R7BA 2W1IA 3QA0A 4O7YA 3ZUUA 3I7BA 4PWNA 5EW3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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