5K5XA

Crystal structure of human pdgfra
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
348
structure length
345
Chain Sequence
RYEIRWRVIESISPDGHEYIYVDPMQLPYDSRWEFPRDGLVLGRVLGSGAFGKVVEGTAYGLSRSQPVMKVAVKMLKPTARSSEKQALMSELKIMTHLGPHLNIVNLLGACTKSGPIYIITEYCFYGDLVNYLHKNRDSFLSHSMLDSEVKNLLSDDNSEGLTLLDLLSFTYQVARGMEFLASKNCVHRDLAARNVLLAQGKIVKICDFGLARDIMHDSNYVSKGSTFLPVKWMAPESIFDNLYTTLSDVWSYGILLWEIFSLGGTPYPGMMVDSTFYNKIKSGYRMAKPDHATSEVYEIMVKCWNSEPEKRPSFYHLSEIVENLLPGQYKKSYEKIHLDFLKSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Platelet-derived growth factor receptor alpha
publication title Structural and biochemical studies of the PDGFRA kinase domain
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 345
sequence length 348
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5k5xA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5k5xA01
4J97A 3HDNA 3VRZA 2PE2A 3BLRA 4ONAA 4NM3A 3E7VA 3W2QA 3TV4A 4NFMA 4DFLA 3IECA 5HG5A 2CN8A 3FPMA 4WD5A 5D10A 2QR8A 5J7HA 5CVFA 5FRIA 2YERA 1OIUA 5CENA 4FKGA 5L2SA 4DTAA 3PY1A 4BHZA 2ERKA 2JAVA 3WZDA 3BEGA 4JBVA 2BTRA 2C6KA 5JGDA 2VZ6A 1SYKA 3COIA 2HELA 5B7VA 1BI7A 3O7LD 2B52A 1W82A 4Y95A 2CGWA 2DS1A 4IXPA 2W4KA 3ACKA 4B8MA 3G9NA 2B9IA 1ZMWA 2XYUA 4PP9A 2W9ZB 4GFOA 4ANLA 4QMNA 1OL1A 4ANNA 5DVRA 2YIXA 5M08A 4XUFA 1ND4A 5DIAA 1OL6A 3DAKA 4XCUA 1NVSA 4QD6A 4IVDA 2W1EA 2BAJA 1OL5A 3EQHA 4FL2A 4BTKA 2ITTA 5C8NA 3EHAA 4XP3A 1Q97A 3F3ZA 4FL1A 1JWHA 1SVHA 3PVUA 2X8EA 3AC4A 4RC3A 4TWPA 1ZAOA 4TYJA 3FXZA 4GKHA 4E5WA 5J1VA 2X8IA 4R77A 2ZB0A 2QODA 3NX8A 1V0PA 2VO0A 1AD5A 5BYYA 4MX9A 4I4FA 5CVHA 3NS9A 3N4TA 5A4CA 3R1YA 4FSYA 3EH9A 3E88A 3UP2A 3FLZA 2HOGA 3MTFA 5HBEA 5EM6A 2NPQA 4QOXA 3Q4CA 4FL3A 5AUTA 2OJJA 1O6LA 3PRIA 4YGAA 4AW0A 3D5WA 3PP1A 3UDBA 3REPA 2GNLA 3NRMA 3RPRA 4JNWA 3AQVA 4QP2A 4F64A 3LKMA 1QPJA 4A9RA 3KCKA 5HGIA 3R9HA 5LVMA 1KWPA 4F7JA 3OP5A 4QP6A 3A7FA 3A62A 4OTFA 5I9XA 3OS3A 4R7HA 2OW3A 3PRFA 1W83A 1H0VA 4BCQA 4TYIA 3BHHA 4TW9A 4DE4A 4C34A 3F2AA 3QLGA 4HNFA 5E8SA 3W10A 4K8AA 2OJGA 3MIAA 5DRBA 2FGIA 2HWPA 2WPAA 3BWFA 4EONA 5JQ5A 3F2RA 4KBCA 4FC0A 4F1OA 2XK3A 3SRVB 4G16A 4ZSAA 4O0TA 5LMKC 5JRQA 3VBWA 4XG8A 2E9PA 2WMBA 2R3JA 1KOBA 2VTHA 3CQUA 4HCTA 2FSMX 4QO9A 4GVJA 5BNJA 4G3DA 5CAPA 3CIKA 2PSQA 4HNIA 3VF8A 3OT3A 2JDRA 4DBNA 2EB3A 3RZFA 4L9IA 2PZ5A 3U55A 3HYHA 1Q24A 1M2RA 3VS6A 5CEPA 5I5ZA 3F88A 5CS6A 4YZDA 1VEBA 3P08A 3O8UA 2R3IA 5DT0A 4HVHA 1OPLA 3D7TA 1JSVA 3OTUA 4BKJA 3MGYA 4MVFA 5TOZA 3D9VA 5A46A 3G51A 4EK5A 2C6OA 2X2LA 4KIQA 1JBPE 1Z5MA 2B4SB 4WNKA 4EHGA 3PVWA 2J6MA 1ZOGA 4H3PA 3DQXA 2XF0A 5LQFA 5G6VA 4H3BA 1OUKA 3BLQA 4A9UA 3JUHA 4F9BA 5I9UA 3W2CA 4IJ9A 1LPUA 3AC3A 1JKSA 2BRMA 4I23A 4IW0A 5GJGA 3POOA 4K9YA 5AP5A 3Q6UA 3ZSGA 4O81A 4KS7A 3OY1A 3QRKA 2ESMA 4UYNA 2PE0A 4FKOA 3GCSA 2YLEA 2W1ZA 4CMTA 5ANKA 4TWOA 4FT7A 2EXEA 4K0YA 4Y8DA 3QWJA 4DFZE 3C51A 2YDJA 2C3IB 1CSNA 4U9AA 3I5NA 4E3CA 3SLSA 2PMNX 1M2PA 3FXXA 3R71A 4ASZA 2C5OA 5ANOA 4QTCA 1XBCA 1BX6A 1Z57A 3PFQA 1QPEA 4HPUE 5DGZA 4I21A 2ZM4A 3FSFA 5H9BA 1R0PA 2YM8A 1CM8A 1U5QA 4I5CA 2R3HA 4G5JA 4QPMA 1H26A 1SVGA 4CTCA 4HYHA 4USDA 5AV3A 3QRUA 4LOQA 2WKMA 3G6GA 4O7SA 1SNXA 4Y5QA 3RWQA 4JR3A 4Y72A 5DLSA 3R2YA 3CTQA 3ZLXA 4GEOA 3CJGA 3EMGA 4OT5A 3I79A 3OEZA 4LV8A 5IH5A 5JK3A 4EUUA 3ZZEA 4IX3A 1J7UA 2ZMDA 2J2IB 3B2TA 4FI1A 4I6HA 1KE5A 3ZUUA 4DFYA 3FV8A 4P2KA 3DGKA 4IZ5A 4XG7A 3R7UA 2UW3A 5AP7A 3P1AA 4NM7A 4O2PA 3UNZA 3VIDA 5DR9A 4X6QC 4AN3A 4JI9A 3QYZA 4CRSA 2WU6A 4YHFA 1VYWA 4OBPA 2JKMA 5JH6A 4YURA 2VTRA 4EOQA 2PVYA 1PF8A 4EZ5A 5GIPE 2AC3A 5CYIA 5IUGA 4IIRA 3LZBA 4OLIA 5AWMA 5C01A 2B1PA 4CYIA 5GINE 2ZYBA 4FKIA 4C4FA 3IOPA 2HIWA 3FQEA 5IEXA 4AE6A 5CU0A 4FV1A 3FWQA 2WMAA 4AGUA 4UX9A 3WI6A 3LXLA 5HBHA 4D2VA 4I0RA 3R7YA 3LLAA 3WIGA 4R7IA 5L3AA 3K5VA 1OIYA 4AOIA 1G3NA 3UJGA 4EKLA 5BX0A 3CXWA 3Q2MA 4F4PA 3MBLA 3HAMA 4YTCA 4I0SA 1URCA 1LUFA 3FMDA 3WF9A 4BDIA 2VWVA 1H24A 5J9ZA 4MAOA 4QYYA 4CFVA 1TQPA 3UVPA 3CD3A 4WIHA 5CLPA 3FHRA 5HIBA 3NSZA 3LAUA 4IH8A 4EH6A 1ZZ2A 2W5AA 1P4FA 4S30A 3UIMA 1EH4A 4TYEA 2HCKA 1UWJA 3PVGA 1OITA 1YW2A 4AUAA 5CZIA 2YA9A 2OIDA 3GQLA 4QMPA 4BDAA 4ZTMA 1Q8TA 2RG5A 1Y6BA 4IVAA 3Q53A 4LUDA 3FI2A 3H4JA 4RX9A 2IZUA 3G6HA 4X0MA 3Q4ZA 3MESA 4WNPA 3W2RA 4CTBA 3DBCA 1O6KA 4PMTA 1REKA 4G5PA 4RX7A 1YOJA 4YJPA 2WMWA 4LL5A 5EG3A 3HV5A 4KAOA 2C1AA 2W4OA 4ALVA 2I6LA 3DTWA 1JLUE 3GU5A 3E8CA 4I5PA 2X6EA 5FXQA 4DITA 4QPSA 4I24A 1WBVA 3BHUA 3QTIA 2FO0A 2IJMA 3JY0A 3S1HA 4BTMA 2EB2A 3BELA 1TKIA 4S33A 5CWZA 3NCZA 4XG2A 4PRJA 2ZMCA 2UZVA 3FAAA 4I0TA 4MNFA 4ZS4A 3EFJA 4DBXA 4CGAA 4D5HA 2BCJA 3BE2A 2WQBA 4HCUA 2UZWE 4GG7A 2Q0NA 3TDWA 3ZM4A 3ZO2A 4B7TA 2XP2A 3IPHA 1YVJA 2WOUA 3O23A 4KIKB 4AN9A 3IKAA 3OWPA 3HGKA 2C69A 5DN3A 4TKSA 4JG6A 3EN7A 4FTOA 2WFYA 3EQGA 4O38A 2QOKA 4RIWB 1XQZA 5IQDA 3MYGA 4IB1A 3W8QA 3KN6A 4MNEA 3FHIA 1LR4A 4AFEA 4BZNA 4XG3A 4EC8A 3LMIA 4CT1A 3WILA 2UVXA 3QD2B 5BUIA 2VTJA 1JOWB 2HENA 3HV7A 4I1ZA 4PY1A 4JLCA 5F1ZA 3R73A 2VX1A 3N4UA 3KKVA 1GZNA 2YM3A 2WTWA 3CKWA 1YHSA 4TNDA 2ZDTA 2Y9QA 3F5PA 5EW8A 1NT2A 3PPKA 5GIOE 4FTKA 3UOLA 2QOHA 3W8LA 5HORA 1URWA 5KE0A 3L9NA 3QQJA 1O9UA 5E4HA 3NW5A 3LFSA 4BDGA 4D4YA 3PIYA 5CU4A 4RC2A 3KFAA 2GDOA 4PUZA 4QMTA 4AU8A 1PXOA 3TN8A 3BE9A 4J8MA 4RA5A 4D58A 3U6JA 3IDPA 3H0YA 1XBAA 2QNJA 4O7TA 3D94A 4O22A 5AP1A 1O6YA 3KN5A 2X81A 4QQCA 3RPYA 2PUIA 3RTPA 1FVVA 2B9FA 3EYHA 1BL7A 3BGZA 3QD4A 3R8ZA 5HCZA 3ZFMA 1WCCA 4RFZA 5CAVA 4RZVA 5ANIA 3TIZA 5BVDA 2CHLA 4I5MA 3UO6A 4DGMA 3CSVA 3FMLA 5DEWA 3A7IA 2P4IA 4IZYA 3V5TA 5EQPA 3R9RA 1FVTA 2E9NA 5FXSA 5LCJA 4LGHA 4FIFA 4O96A 4M13A 1KOAA 3OXZA 4YPSA 3ULZA 4EOSA 3R8PA 5EDRA 4UZDA 5A14A 3HA6A 3QD0A 4D1ZA 4QYEA 3LCDA 2WQNA 3EN9A 3GFEA 3IGGA 4QP9A 4GSBA 4ZIMA 4GV1A 4BC6A 2FSOX 1OVEA 1TQMA 2W4JA 4J7BA 3MH1A 4J98A 5HX6A 4H1MA 4F99A 4CCUA 3BGQA 4Q9SA 4EZ7A 3QKKA 2XBJA 5JFSA 3SV0A 4O83A 4O86A 3DKCA 4RVKA 4L46A 3R9NA 3BU5A 4S34A 4DCEA 2OJIA 3BWJA 2A0CX 5HE0A 3TIYA 2RSVA 3ZHPC 4RJ6A 3LCKA 4OTRA 4EH2A 3TZ8A 3EQFA 3OBJA 5ITAA 3T9IA 5HQ0A 2CPKE 1WVYA 4QNYA 5HICA 2R3QA 4UY9A 5EYDA 4CCBA 4CKIA 2X9FA 5ANEA 3A60A 3DK6A 5CASA 4OTWA 2I0HA 2XA4A 2OF2A 2HZNA 1ZRZA 2CGVA 4PMSA 4ZTNA 3UOHA 3LCSA 3FI3A 5AP4A 3EZRA 4GVAA 2JKOA 3ZRKA 5JGAA 2XNNA 4E8AA 1ZYSA 1BYGA 2VWYA 3FMMA 4GFMA 1R78A 3QF9A 4XV2A 2IPXA 2CLXA 4RVMA 3TCPA 3V01A 4O21A 3GGFA 4I6BA 2XVDA 2ITZA 5HLPA 3DXNA 4QYFA 2UZDA 2WEIA 3MIYA 3MY5A 5CNOA 1MRUA 5ETIA 3KXGA 4IAAA 4NT4A 5AX3A 3DFCB 3FZOA 1IR3A 4XRJA 4OTQA 3VJNA 2C47A 3LFDA 2UVYA 1WBNA 1OMWA 3FZRA 4M0YA 4QMWA 4MD7E 3O0GA 3L1SA 3CQWA 5AEPA 3UNKA 2GFCA 3MS9A 3QFVA 5TT7A 4OT6A 4E73A 2R4BA 3H10A 2GNGA 4FNWA 3KB7A 3RAHA 3TJCA 3VUTA 1S9IA 2QKWB 4FV3A 1M2QA 3R8LA 1OGUA 5AM7A 2RL5A 4AGCA 4FTIA 3BYSA 4DFUA 1FMOE 3EQBA 4XLVA 3KRXA 4A9YA 4BL1A 4EH8A 5ANJA 4Q9ZA 5DYJA 3P4KA 3AD6A 4L00A 3QGWA 2V7OA 4BIBA 4EOMA 4F7LA 2WQEA 4E6DA 4FVRA 4KWPA 5CEKA 1R39A 3E87A 4O7LA 5J1WA 4OW8A 2FSTX 3TL8A 5IISA 3BQRA 3RWPA 2W1FA 4Y46A 4N6YA 4DYMA 4BWXA 5IDNA 4O7NA 2QG7A 3OZ6A 3OFMA 3EKKA 4M66A 4WKQA 4XV9A 2WOTA 2B9HA 4YJNA 3WF6A 2XIRA 4I94A 3EQRA 4G9RA 3UG1A 3VRYA 2ZAZA 3QZHA 3S0OA 3Q9XA 1FPUA 4BBMA 2H96A 4RWLA 3C5IA 3M1SA 3G9LX 3JY9A 4KKHA 3FYKX 4YLLA 4C4HA 3M11A 4FKVA 2FYSA 5FWKK 3LJ0A 2W7XA 5CSVA 4EHVA 3FQSA 3OF0A 3LQ5A 5BVWA 1P4OA 3R8MA 3D7TB 5FDXA 3A61A 3R7OA 5HVKA 3ZMMA 3CD8A 3R9OA 1YDSE 3R7IA 4C2WA 3PSBA 4D4VA 4G1WA 3SAYA 5A4TA 2R3PA 5D12A 3DAEA 3O96A 2R9SA 5FGKA 5IH4A 3HP5A 2Y4IC 4FUYA 5HD7A 1B6CB 4Y5HA 4IM3A 4FKRA 3ZRLA 3C0GA 4ERWA 3H9OA 3QRIA 4TL0A 1Y57A 2CNUA 3F9NA 4RIXA 2O0UA 4L6QA 5CQUA 4FG7A 4BDJA 4BKYA 2E9OA 3VUDA 3OOMA 3JPVA 3KC3A 3QX2A 4BCKA 4KKEA 4WBOA 3OVVA 5LVPA 5EOBA 3ZDIA 3VS4A 4JAJA 2UW0A 2QO9A 2A2AA 2OO8X 4TN6A 4CZUA 3ID6C 1FGIA 1H00A 4FUXA 2UZNA 4EUTA 4PL4A 1I44A 4C59A 5FTOA 4JBPA 2KULA 4LOPA 3H9RA 1YOMA 3E7OA 3MB7A 4IAZA 5D9HA 3V5QA 4YO6A 1CKIA 4ZP5A 3MPMA 1Q8UA 4QPAA 3CKXA 2OZOA 3NW6A 4FVPA 5DEYA 4FSWA 3PIXA 5K0KA 3FKLA 4RQKA 3HRCA 1KV1A 4IWDA 4KBAA 4EBWA 3VUIA 4AT3A 4IFCA 3HV4A 1UU3A 2ZOQA 3GC9A 3LQ8A 4XNEA 3PZEA 2XNPA 5FXRA 4YLJA 3L9MA 3S95A 4BGQA 4ZJJA 3UOKA 4A4XA 1OKYA 4QMQA 3F7ZA 3OOGA 4UMTA 2VWXA 4TWNA 2YHVA 3IDCA 5IF1A 1YWRA 5JGBA 2YM4A 5K5NA 1KSWA 3OCSA 4DFBA 3NAYA 3CTJA 5E1EA 3MFUA 4BYJA 3U6IA 3E64A 3QQLA 2Y7JA 4KSQA 4ZS0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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