5KMOA

Trka jm-kinase with 1-(2-methyl-4-phenyl-pyrimidin-5-yl)-3-(2-pyridyl)urea
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
298
structure length
291
Chain Sequence
ACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPDAKLGGEDVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQAPPVYLDVLGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords High affinity nerve growth factor receptor
publication title Structural characterization of nonactive site, TrkA-selective kinase inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 291
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5kmoA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5kmoA01
2RSVA 5D7AA 3VQUA 1Q5KA 3NNUA 5BVWA 5AFVA 5AUXA 4F9AA 3FPMA 4BFMA 3TI1A 2B52A 3FL4A 2A1AB 5HGIA 3TUBA 1YHVA 4RRVA 1JKSA 3UZPA 5C8NA 3BELA 4TWOA 2ZV9A 5A6NA 5LVMA 3R30A 4XP0A 5HO7A 4I5HA 3C0HA 2WMXA 2QVSE 1JLUE 2WB8A 3EZVA 2UZDA 3D0EA 4O0RA 4O22A 4BWPA 3NIEA 4UWCA 1U4DA 2UW8A 4U45A 3BE9A 5ACKA 3HV4A 4HVHA 3QCXA 3HL7A 3VQHA 5EQYA 2XEZA 2Y7JA 3VS2A 1YOMA 4H05A 3TN8A 3F88A 3H3CA 4NEUA 2Z60A 4E4NA 3C5IA 4DCAA 4C4JA 4RT7A 4HYSA 4HVIA 4XNEA 2BKKA 3ZOSA 3ZSHA 4TRLA 5EYKA 1H1QA 3CQUA 3QQJA 3RBWA 4MEDA 4RPVA 4AOTA 2OIBA 1MRYA 5E8TA 4HGEA 3GUBA 3FKOA 4FIIA 4IX5A 4MWIA 5HI2A 3SG8A 3ZM4A 4EORA 4FTLA 4FVQA 3R7YA 4QYHA 3OY1A 3COIA 1JOWB 3AD4A 2ITNA 3HP5A 3BI6A 3PE1A 4FC0A 1ZLTA 4QYGA 4WG3A 4PMPA 4V0GB 4O0TA 2XK4A 2AC5A 5FP6A 3VBVA 1IEPA 4FTMA 4WSQA 4GSBA 5CANA 2IZTA 5HORA 4DTAA 2EXCX 2XZSA 3LHJA 2G1TA 3KK9A 3QX2A 4BGQA 3OS3A 1BMKA 1YWNA 3UO6A 3Q5IA 5AP7A 4L45A 4XS2A 2OO8X 3L8SA 4XP2A 3UNZA 2RIOA 2WTDA 3F5GA 4FV5A 4BDHA 1UNLA 1WBPA 4H3PA 4A9UA 1UU7A 4RSSA 4IXPA 3ZXTA 2W17A 3Q5ZA 3WZKA 4JAJA 3MTFA 3P86A 3QHWA 4RGJA 4BCGA 1BUHA 4BHZA 4IEBA 3A2CA 4RFYA 2ITZA 3TJDA 2QG5A 4RLKA 5EW3A 4YLKA 2VTPA 3ROYA 3U9NA 3EL7A 3LFQA 4IWPA 3ZC5A 5JZJA 2ONLC 3FUPA 3FJQE 5IQAA 1YW2A 4BGGA 4UXQA 3LLAA 4FT5A 1F0QA 5JT2A 5TR6A 4FSRA 2X6DA 3EFWA 4S2ZA 4TT7A 3LMHA 1OIYA 4GIIA 4MXZA 4MXAA 4S33A 4F4PA 1SNXA 4ENYA 4YJVA 5T6KA 3VS6A 3BIZA 5BVKA 4DT9A 4XOYA 4FKIA 4I1ZA 2H96A 3PTGA 3JY9A 4UY9A 4EOMA 3QCSA 5F20A 3Q52A 3W2RA 2UZLA 2ITXA 4F7NA 3VIDA 4O81A 3LXKA 5M55A 4O7NA 3AC3A 3T8OA 3NCGA 2P55A 4FTAA 3GCVA 4LV5A 3GOKA 3KRLA 4X7QA 4E6CA 1KE6A 3K54A 3PPJA 4FTTA 4E6AA 1H1SA 4KIQA 3TZ9A 1ZYSA 3OWPA 4CFWA 4FNXA 4FEWA 5J7BA 5HESA 2ZDUA 1RDQE 5KMOA 3AC5A 3ODZX 3RGFA 3QYWA 4NIFB 4QMQA 4G2FA 4A9YA 2GQSA 3H0YA 4GYIA 4G5JA 4ORKA 4UMTA 2PUNA 5L6WL 4CQEA 4PMSA 3QHRA 2YWPA 4CYJA 5I3OA 3QXPA 4LGDA 4APCA 5F1ZA 2JEDA 4GMYA 2NO3A 3EWHA 3TV4A 1P5EA 4RJ5A 3QRKA 2QCSA 1QCFA 4TWCA 4XEYA 4CVAA 3FI3A 3AC8A 3OBJA 3UOKA 4CD0A 2X8EA 3KCFA 2VTQA 4QNAA 5J5TA 4PDYA 4LM5A 4C36A 4BIDA 4FOCA 4EKKA 3R7IA 2YM3A 3DBEA 4QQCA 1IRKA 3SAYA 1Q62A 3U8WA 2XNGA 3G15A 1U59A 3AMBA 4UB7A 3RZBA 3F3ZA 3HRCA 1GNGA 4YTHA 5K5NA 1G8AA 1OIUA 5ANIA 2W5AA 3AQVA 1ATPE 2X2KA 1ZRZA 2UZWE 4FV8A 3I5ZA 1CSNA 3MFRA 4HGSA 2X4ZA 4MD9E 4CRLA 2ITWA 4FMQA 4FZ6A 3SHEA 4IX3A 4F0IA 2J90A 4DG0E 2XBAA 4FZ7A 4ZAUA 2PVYA 4G5PA 3ZH8A 3GU4A 2NRUA 3HAVA 1E1XA 2VTTA 1A06A 4HGLA 2WMSA 4FTUA 3P78A 1M14A 3O23A 2WZJA 3LCSA 1Q8UA 2O3PA 4BKZA 5JRQA 3U54A 3LJ1A 3SC1A 3OOMA 3LFFA 1URCA 2WHBA 2YN8A 3KVWA 5KO1A 2VZ6A 2F7ZE 3CTQA 3DDQA 4BI1A 2Z7LA 3ENHA 2Z02A 4GCJA 3QRUA 3PPZA 1S9IA 5IA1A 4O96A 2C5YA 3CBLA 2WOUA 3TCPA 1MP8A 3MY1A 2C5XA 3NZ0A 4QYYA 4DYMA 4USEA 3LM5A 4OTGA 2WFYA 3G2FA 2X39A 4BF2A 1MRVA 4E20A 1ZOHA 2OF4A 3PXYA 5F9EA 5L8KA 5CSPA 2PL0A 2F49A 4NM5A 3QFVA 4YTIA 3K5VA 1H00A 4XCUA 1Q8ZA 1H01A 3HMMA 1FINA 2UW6A 5IH5A 5GJDA 4O7SA 3DTWA 3E64A 4JXFA 5KMMA 2VRXA 3PA5A 2FVDA 4FL3A 4CG8A 2BRGA 2IW6A 3BRBA 2XNPA 4U42A 2HXLA 2CKEA 4F1TA 2F2CB 4AXAA 5HVKA 3JUHA 2ITPA 4GFOA 4S30A 4CKJA 2Y0AA 4R5SA 1WVYA 2CCHA 3PUPA 1QMZA 3ZUVA 4F70A 5J79A 2CLXA 4FT0A 1NVQA 4M0ZA 4WRGA 2G2IA 2YITA 4QRCA 5CTPA 5FM3A 5HIDA 4USFA 4IE9A 4NUSA 3WF5A 4ALWA 1YVJA 4D0XA 4Z16A 5FWKK 2WNTA 5KMNA 1YRPA 3COKA 3SRVA 4L7FA 4AGCA 3HVCA 4IVCA 4U40A 3SD0A 4A9RA 2BFYA 1BI7A 3DLZA 3PP1A 4RC4A 3RNYA 3MS9A 3GC7A 3MJ1A 4KBCA 5M4CA 3G9NA 4O6EA 5I3RA 2YERA 3R63A 4EBVA 2O63A 2BZJA 4NM7A 3FQSA 3O0GA 5CI6A 3AC2A 4FKSA 2V5QA 4DHFA 4EH5A 5IEVA 2F57A 4QMWA 4IC8A 4O2ZA 4YP8A 4O0UA 2OLCA 4OAVB 1OITA 3ZTXA 4QMZA 3LFDA 1OPLA 4RIYA 4U5JA 3Q96A 3W2SA 4V05A 3GU6A 1YI4A 1Q8TA 4BHNA 4O84A 4DA5A 4RX5A 4F63A 3GB2A 3KXHA 3O50A 4ZSJA 4R6VA 5FDXA 3TNWA 3OTUA 3UNJA 5FUTA 4M69A 1YWVA 5IQDA 4FVRA 4HW7A 2IG7A 5ANEA 2WMWA 3COHA 3NCZA 1ZY5A 2XA4A 1V0OA 4ZP5A 4EOKA 3LJ2A 4RIWA 2GDOA 1YXVA 2X9FA 5HHWA 4LGGA 2XJ2A 4FK6A 4DBNA 3H9RA 3OY3A 2ZM3A 4XV3A 1YDTE 3SOCA 3VS4A 3KK8A 5M53A 1JKLA 4IBMA 2YWVA 2YIXA 3RK7A 2UVYA 4NKAA 1Y6BA 2XK6A 5J95A 3RPOA 4EH9A 2RFNA 2VWBA 2PWLA 1P4OA 2PVKA 5JFWA 1PKDA 2VWXA 4AUAA 3CPCA 5M07A 2YACA 2BKZA 2ONLA 2WTKB 4MH7A 2DYLA 1MUOA 4FICA 4PTEA 3OWLA 5K3YA 4FKTA 4ASEA 4RZVA 5DYJA 4DH1A 1YHWA 3MH0A 2VU3A 1XKKA 2HCKA 5I9UA 3KY2A 4CFXA 5JSMA 3HZTA 3MB6A 3DQXA 5LVOA 5C9CA 3U87A 3VF9A 5AAFA 4M15A 3LOKA 3P7CA 1YXTA 2Y9QA 3POZA 2HWOA 3QKMA 2R3IA 2XS0A 4FSMA 3KULA 3W8QA 4L6QA 3VJOA 4Y46A 4O0YA 4AGWA 4B6LA 4GK4A 3LCTA 3GFEA 3L9MA 4RIOA 5CAQA 5I4NA 1ZOGA 1MRUA 1NVSA 2I1MA 1W0XC 3OW4A 4EH7A 3ALNA 4YNEA 1MQBA 1UKIA 2W06A 3PZHA 2OGVA 5CT0A 4A9TA 1OL7A 5KMKA 2B7AA 3Q2JA 4YJSA 2NPQA 3BBTB 3ZZWA 3R9DA 4YJNA 2XRUA 3I60A 4U8ZA 4UALA 5JEBA 4AFJA 3F66A 3PJCA 4ZXTA 2H34A 2HW7A 4IANA 2Y4PA 2VN9A 3R6XA 4YC8A 4CLIA 4DITA 5HG9A 4F6SA 4F7JA 3MV5A 1UV5A 4I0TA 5CNOA 5DR2A 5FG8A 5FLFA 5ANKA 1TKIA 4GU6A 1R1WA 3GVUA 3ZYAA 4QPAA 3S4QA 3BBWA 3GCQA 5HCYA 4UEUA 2QURA 3GEQA 4R8QA 3UMXA 3FZTA 5CSHA 2V0DA 2X7OA 4W9XA 4FSWA 2BFXA 4O7YA 3GQIA 5CSWA 3FV8A 1B39A 1ZYCA 3RP9A 1G3NA 5EKNA 5CAOA 4FZDB 4CFUA 4HNFA 3VRYA 3WZDA 3A7IA 3S1HA 4DC2A 3KA0A 4TPTA 2VGPA 5DVRA 1Y6AA 2CGXA 3OUKA 3MW1A 4Y83A 5BVFA 2UUEA 3IPHA 1GZNA 3VW8A 4O0VA 4WNPA 5G6VA 4CKRA 1YHSA 4EWQA 4PWNA 5HNBA 4KNBA 4I6FA 3WE4A 1B38A 5AM7A 4ACCA 5DT4A 5IA2A 4ZZMA 5TOZA 4R7HA 3HRFA 3E3PA 3TKHA 4EQMA 5EI2A 4GKIA 3MFUA 2JDSA 1WBNA 4IADA 2YLEA 3PLSA 5LCKA 4IFGA 2I0EA 3BQRA 3ZU7A 3RAWA 4FTRA 3G90X 4Q9ZA 2R7BA 1NY3A 3DZOA 3ET7A 3C4EA 3E8EA 3UTOA 4C8BA 3MDYA 1V1KA 1T45A 5IA4A 1DAWA 3IW4A 2ITQA 3UOJA 4IAZA 5D11A 5JFXA 4FIFA 4JI9A 3CPBA 3FXWA 4JIKA 3F3WA 3MA6A 2W9ZB 3D94A 3M11A 3OCGA 3NNVA 3JY0A 3QRJA 5EDPA 5F94A 4FEUA 5A4TA 4XMOA 4CZYB 5AV1A 5DH3A 4EBWA 1Q8YA 4NCTC 1R3CA 3C50A 5AV4A 3T3UA 5BYLA 5AR5A 2WU7A 2IVTA 5L6OA 5TE0A 1SVHA 4MAOA 4BCMA 3QD4A 2XIXA 4BDBA 5HQ0A 3OEZA 1SM2A 4FG8A 4YLLA 3Q4ZA 2AYPA 5HNGA 4U43A 3AGLA 4EWHA 1RQQA 5KKRC 2OK1A 5HG8A 5K4JA 4KINA 4JRVA 2ZV7A 4QTAA 4RFMA 3EQIA 3EN9A 3HDMA 4IM0A 4H3QA 3TNHA 5JMSA 1H25A 1KOBA 1WVWA 3N4UA 2RFEA 5AP5A 4I4FA 4JQ8A 2ZJWA 3WF6A 3UG2A 4IC7A 4QP6A 4MK0A 4HOKA 4WUAA 3E8DA 4MBJA 4F64A 3Q4UA 1VJYA 3TIYA 3FQEA 2R9SA 3TJCA 2OI4X 3GQLA 1W98A 3WILA 4B0GA 4DFUA 3LCKA 3AT4A 2HW6A 3E63A 4L52A 4U79A 4XV1A 4RX9A 3A62A 3ORXA 3VULA 3EYHA 4XG8A 3ZBFA 4YZNA 3MIAA 4JG7A 4MQ2A 4TYHA 2QR7A 3DAKA 2CDZA 2FO0A 3IO7A 2ERKA 5AP3A 4AA0A 2CNVA 5AP4A 2ITYA 4JRNA 5ANOA 1REKA 3GP0A 5HOAA 4QMUA 2B55A 4G9RA 4DG2E 4ITJA 5CVGA 5CF4A 4NKSA 4DEHA 3QUDA 4BDFA 4EYMA 2QC6A 2PULA 3U55A 5FD2A 2Z7RA 2CGUA 2WXVA 3G6GA 2ZAZA 3DJ6A 5LVNA 3PIZA 2I0HA 2XCKA 4C57A 1FQ1B 2UV2A 3SXSA 2VUWA 2UZUE 1W83A 2VTAA 1XH6A 3UQGA 4A9SA 3KC3A 5DA3A 4E4MA 4NJDA 4IVBA 4D4SA 4WG4A 5A4QA 2C0OA 4AU8A 1K9AA 4OTWA 3FZRA 4X3FB 1Q24A 5EM7A 5J9LA 4JLCA 2VD5A 4LMUA 3E7VA 3BU6A 5C26A 4A4OA 3THBA 4CZUA 3QAME 4Z7HA 5L2SA 4O21A 4CYIA 3BE2A 4D58A 3C5UA 4BI2A 3QGWA 4QMMA 2C30A 5EW8A 4XP3A 4E26A 1OKWA 3D7TA 2WQMA 4BZNA 1BYGA 4MYGA 4Q5EA 3C13A 4IWOA 4IAIA 3FLQA 4C61A 3D2IA 3UG1A 1YQJA 3RHXA 1OUKA 2QODA 4ZY6A 1IR3A 2WMTA 2FUMA 2WTKC 2C4GA 4D5KA 3NMUF 2J0MB 4OBPA 1WBTA 3PRIA 5E91A 2DUVA 4BWKA 4O82A 4ZSAA 3NUYA 5HE3A 1UA2A 3W2PA 4GW8A 5F4NA 4KB8A 5D7VA 2PMOX 3COMA 3S0OA 1OMWA 1YXSA 2R7IA 4M66A 1KWPA 4JQEA 3FLNC 4AE6A 5E8VA 1FGIA 3MVJA 3UYTA 3KRRA 2XF0A 4NZWB 3QQGA 2LGCA 4ITHA 3BYUA 3HECA 4AT4A 5I9YA 3NRMA 2J9MA 4QMOA 4L44A 5IF1A 5GZ8A 3EQCA 2PUIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RSV A;  5D7A A;  3VQU A;  1Q5K A;  3NNU A;  5BVW A;  5AFV A;  5AUX A;  4F9A A;  3FPM A;  4AXC A;  4BFM A;  3TI1 A;  2B52 A;  3FL4 A;  2A1A B;  5HGI A;  3TUB A;  1YHV A;  4RRV A;  1JKS A;  3UZP A;  5C8N A;  3BEL A;  4TWO A;  2ZV9 A;  5A6N A;  5LVM A;  3R30 A;  4XP0 A;  5HO7 A;  4I5H A;  3C0H A;  2WMX A;  2QVS E;  1JLU E;  2WB8 A;  3EZV A;  2UZD A;  3D0E A;  4O0R A;  4O22 A;  4BWP A;  3BL7 A;  3NIE A;  4UWC A;  1U4D A;  2UW8 A;  4U45 A;  3BE9 A;  5ACK A;  3HV4 A;  4HVH A;  3QCX A;  3HL7 A;  3VQH A;  5EQY A;  2XEZ A;  2Y7J A;  3VS2 A;  1YOM A;  4H05 A;  3TN8 A;  3F88 A;  3H3C A;  4NEU A;  2Z60 A;  3W0O A;  4E4N A;  3C5I A;  4DCA A;  4C4J A;  4RT7 A;  4HYS A;  4HVI A;  4XNE A;  2BKK A;  3ZOS A;  3ZSH A;  4TRL A;  5EYK A;  1H1Q A;  3CQU A;  3QQJ A;  3RBW A;  4MED A;  4RPV A;  4AOT A;  2OIB A;  1MRY A;  5E8T A;  4HGE A;  3GUB A;  3FKO A;  4FII A;  4IX5 A;  4MWI A;  5HI2 A;  3SG8 A;  3ZM4 A;  4EOR A;  4FTL A;  4FVQ A;  3R7Y A;  4QYH A;  3OY1 A;  3COI A;  1JOW B;  3AD4 A;  2ITN A;  3HP5 A;  3BI6 A; 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