5LVNA

Human pdk1 kinase domain in complex with adenosine bound to the atp-binding site
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
284
structure length
283
Chain Sequence
KKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 283
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvnA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvnA01
2BZJA 2IW6A 3BHTA 3C4CA 3K2LA 2FUMA 4NT4A 4RWJA 4A7CA 2ZV7A 3PIXA 3FMNA 3OCBA 3M42A 5AUYA 4GK2A 2YCRA 3DS6A 3PA5A 4BICA 1KOAA 4F9AA 5HG8A 3L8SA 3PIZA 5KMJA 2RL5A 5HIEA 4TXCA 5JGBA 4EYMA 3TCPA 4IH8A 2WB8A 4JDIA 5IQDA 3W2SA 4FKJA 3OCGA 3VBQA 2ZB1A 3TWJA 3CGOA 2AUHA 2XYNA 4IWQA 4QMSA 5F95A 4AZVA 4FKRA 1GIIA 3SDJA 2JFLA 3TDWA 1YWNA 1PXIA 3U4UA 4M7IA 2C0IA 2X8EA 4ENYA 4FEWA 2OH4A 3D5XA 3SXFA 3U9CA 3UIMA 4NFNA 4BDIA 4B6LA 4PTGA 3DNEA 4XS2A 4O0UA 2OO8X 2VTJA 2X9FA 3GQLA 4YLLA 3EJ1A 4I23A 4U97A 1H0VA 3Q6UA 5EYMA 3MFTA 3MA3A 5IUGA 1OGUA 2GS2A 2G1TA 1JWHA 3MFSA 3VAPA 4A4OA 3BWJA 2XA4A 1GZ8A 5H8BA 4GIHA 1BL7A 5H9BA 2IJMA 1UWJA 4CKRA 3UC4A 4O22A 2VNYA 1S9JA 1J1BA 4MBLA 1J1CA 3R7IA 4M0YA 5JH6A 1ZLTA 3EQBA 4E6DA 3ZZWA 3DBFA 4PQNA 3FMEA 4MNFA 5AR2A 3NPCA 3ZH8A 4AXAA 4D58A 1HOWA 4RWIA 4QNAA 2ITXA 1OKZA 4IAAA 4BKJA 3D14A 3ZU7A 3HECA 3MA6A 4X6RA 2O5KA 5BX0A 3LJ1A 4PDOA 5AUWA 4C33A 4XLIA 4IM2A 4O2ZA 2BDJA 3EB0A 3LXPA 3NS9A 3WZJA 3R1YA 4W4YA 2WEIA 3NYNA 4KIPA 1FMKA 4BVUA 4U81A 1QPCA 2WD1A 1FVRA 5DE2A 2ITPA 3IW6A 2BFXA 1FMOE 4AN3A 4F7JA 4B4LA 2HOGA 2IZRA 4RQVA 4EKKA 4Z9LA 4UN0C 5BYLA 4OBPA 3BV2A 2V55A 2I40A 2YZAA 4AUAA 4GYIA 4GL9A 3W8QA 3QRJA 1A9UA 3EYGA 4RZVA 3VBVA 3QCQA 1DAYA 5BVKA 1OMWA 2G2HA 2YM3A 4GK3A 4G1WA 4U7ZA 3Q52A 3C4WA 2OWBA 3KY2A 4WBBB 3I6UA 3BEAA 2EUFB 3AC5A 3ZXTA 5EHOA 2WMXA 3NAYA 2I1MA 4RIXA 5L8LA 1Q99A 4FT7A 4WG5A 3GC0A 4RJ5A 3IGOA 4IAYA 3KGAA 1RE8A 3WYYA 5CENA 2E9VA 2JDTA 2WMUA 2YM7A 4NIFB 2XK4A 3KMUA 4RX8A 5E92A 4KIOA 4M69B 4RA4A 5HBEA 3AMYA 3BYSA 1ZYSA 5EYCA 3NUAA 4K1BA 4KD1A 5AUVA 3CJGA 5AP4A 4FYNA 1H07A 5AV1A 1ZAOA 1B38A 3DY7A 3QA8A 3FBVA 1M7QA 4E73A 4FIHA 1UU8A 3VWAA 3EQDA 2AYPA 3DU8A 5HG7A 5IISA 4L53A 2J0IA 5AV0A 3V5QA 2V7AA 4MBIA 5CVFA 5DGZA 3EQIA 4MQ1A 3QL8A 4R1VA 4XG7A 4AFJA 1PKGA 3U55A 3NR9A 4FG9A 4J53A 3NNWA 4MD9E 4X2NA 4BGHA 1YW2A 2VV9A 3A8XA 3BPRA 3F5PA 3MPTA 4KIQA 4L3PA 4XG6A 3R8UA 3VJOA 4B7TA 4CCUA 4QQ5A 2VWYA 5D7VA 3A7GA 5EOLA 2YERA 1UNHA 2YHVA 3R8PA 2BHHA 3OS3A 4MF1A 3P86A 3EN7A 4IM3A 5A6OA 3UZRA 3VC4A 3G51A 4BKZA 1H00A 5J7BA 3TDVA 4QRCA 4CYIA 4BTJA 5FP5A 4C57A 4RIWB 2HZNA 3DAKA 2ZDTA 4FX3A 5CEIA 5HBJA 3OP5A 5EKNA 3WF5A 3THBA 5BYZA 4RVTA 4ZS0A 3I6WA 2PVJA 3W55A 4IX4A 3F66A 4BTFA 2BRGA 4BGQA 1JQHA 5IUIA 4RA5A 1MQ4A 2EWAA 5TOZA 5K5NA 4W4VA 4FKUA 4XV9A 5ITAA 5EKOA 4OTPA 4YJNA 3PSDA 4YP8A 1Z9XA 4Y73A 4RFMA 4C4HA 5JZJA 4CLJA 4FVQA 2G2IA 3FKLA 3RAKA 4RWLA 4O91A 4BRXA 4BCHA 5M57A 3M2WA 4DG3E 3U54A 5D10A 3MVHA 1OKYA 4IAFA 3CLYA 1FVVA 3Q2MA 4X2KA 3R8LA 5ETFA 1YXSA 3SV0A 1JLUE 2ITOA 2OFUA 2QOHA 3Q5IA 3KN6A 5LWMA 3HDMA 5IQAA 2FSTX 3ZEPA 3BKBA 3KXNA 2XK8A 1ZMVA 3WILA 2W5AA 4J8MA 4EONA 3L9LA 4O0SA 3WF7A 2R3QA 4C59A 4JAJA 3KXGA 3SRVA 4E4MA 2X4FA 5CSHA 1XQZA 5JN2A 5FBOA 2C3KA 2HW6A 3BEGA 5F94A 5CU6A 3DTWA 4YZMA 3RZFA 3UNZA 2Z8CA 5IZFA 2OK1A 1YHVA 4TWCA 1YWRA 3JVRA 3O51A 5AAEA 1NVQA 5HO7A 2QLUA 3K3IA 3OXIA 2ZV9A 4F1OA 2A1AB 1RQQA 4D2WA 3GB2A 4XV1A 5E4HA 3ZM4A 2WNTA 4TYIA 4YBJA 3BYMA 2QQ7A 3E8EA 4O7NA 4CXAA 3AMBA 3GP0A 3ZC5A 3ERKA 4CFWA 3DBCA 2JBOA 3FQSA 4E20A 4FKWA 3ROYA 4O0RA 3C4XA 4YHJA 4IC7A 4TKSA 5HE3A 2W06A 4H3PA 4R7IA 4KSQA 3QA0A 5FG8A 4AZSA 4UALA 3ODZX 4R3CA 2XIYA 3I7BA 3RVGA 2X2KA 3UPXA 4BYIA 4KRCA 1V0OA 5LXMA 2UW0A 3NLBA 1PY5A 2WU7A 1DS5A 3V5WA 4IW0A 3O7LD 3GNIB 3SOCA 4USFA 4PPCA 3CEKA 1GOLA 2P2IA 4L52A 1CM8A 3ZMMA 3TZ8A 3JUHA 5BVEA 3D15A 4F64A 2FSLX 1Y8YA 3ZO2A 1U54A 5IU2A 2B0QA 2I0VA 4KSPA 4C0TA 3R02A 3PG1A 4WG3A 4FEUA 2P4IA 2C1AA 3EN6A 4FKOA 3ORLA 1ZARA 3WF9A 5I9XA 4QMZA 3UZTA 3OUNB 2QU6A 5B7VA 3GC9A 4BCKA 2VX0A 3I0QA 4GH2A 4R6VA 4OW8A 1WBWA 5EI2A 3MH1A 4XJ0A 4MCVA 4EBWA 4QP4A 3LQ3A 5CEKA 2WU6A 4WA9A 3EYHA 2R3JA 5DMZA 4I20A 3C0GA 4CRSA 4XUFA 3PVGA 4CTCA 3PUPA 4WNPA 3TNIA 3COKA 4LQMA 4EYJA 3JR1A 1Q41A 4BDEA 3QRUA 5C8MA 5HNIX 4M3QA 1U5RA 3DOGA 3VW8A 5IA0A 2XRWA 4EK5A 2H9VA 3EQGA 3ANQA 2W1IA 4ZMFA 4FTTA 5KUPA 2IZTA 2GHGA 3LW0A 4FIGA 2R3LA 5C8NA 5J1VA 4I0RA 3UQGA 4F99A 1L3RE 1UWHA 5HD7A 2GQSA 4BHNA 3FLZA 4A9YA 4RZWA 3AC2A 3DJ5A 3FLWA 2HXLA 4JXFA 3NZ0A 2ZM1A 2ITTA 3ACKA 5HTIA 5GIOE 4GW8A 3CQUA 4FV3A 4JDJA 4RVKA 1SZMA 2B9HA 2O64A 3BHHA 3TJDA 1CDKA 3FV8A 3HMMA 3KU2A 3T9TA 2VTLA 2UW9A 2W1EA 4BR3A 4QT1A 3AD6A 1WCCA 4M67A 4S31A 4X21A 4DYMA 1DI9A 3MH2A 5AX9A 2PL0A 2YWPA 3Q2JA 4G6NA 1GJOA 2G01A 4ANLA 1OI9A 5FM2A 2X7GA 4ZJVA 2W1FA 4MEDA 2UW4A 2XH5A 4E26A 1VEBA 2YAKA 4CMUA 4D2RA 5HU3A 4Y5QA 1OPJA 3HAMA 4FE2A 1Q8ZA 3VF8A 1IEPA 4QMMA 1O6KA 3FAAA 4Q5HA 2HYYA 4ITJA 4X3FC 3RAIA 4ZTNA 4DH7A 1KE7A 3LXKA 5CAUA 3IW7A 3KVWA 1BMKA 3P0MA 5AV2A 1PXMA 4EH8A 4KKHA 3ALNA 5EW9A 4LV8A 5BUIA 4P5ZA 5CXHA 4UMPA 1UV5A 4J8NA 4K9YA 1UNGA 3NUSA 2IW9A 3LFEA 5IH5A 3P5KA 5CI6A 5FP6A 2GHMA 4RG0A 3GCVA 4FZ7A 5HX6A 5L2WA 3GXLA 1PXJA 2Y4PA 4W9WA 4YTFA 4R7BA 3FSKA 3H30A 2JEDA 3MV5A 3OVVA 2QOCA 4WOVA 4EK3A 4A9RA 2UVZA 3NIZA 2WTCA 4FNZA 2XJ0A 1KE8A 4P5QA 4N0SA 4OUCA 4BIDA 4DFYA 1ZXEA 3VUTA 5L4QA 4CZUA 3KC3A 5JK3A 4F7NA 4H3QA 1WAKA 4K33A 3H9FA 5CASA 4X2FA 5FQDC 5AP0A 3FMJA 5G6VA 1YXUA 4CFMA 5JGDA 1FBNA 2C6EA 3QZHA 4YJOA 3W10A 5IQIA 3PSCA 4WSYA 5HQ0A 2VTOA 3DA6A 4RLKA 1J7IA 2JKOA 3CSVA 3WE4A 4Q9ZA 4IZYA 4OTFA 3O7LB 2WTIA 4XCUA 5HCXA 5A9UA 1H24A 2WMWA 1RDQE 5JKGA 5KX8A 3PY0A 1W0XC 4I4EA 2XK9A 1M52A 3P08A 1JKKA 3QD3A 5BUEA 3HUCA 4HYIA 1PRYA 4D4RA 5B2LA 5EHLA 3UIBA 5ICPA 2QD9A 4UV0A 4FTRA 2HW7A 1NY3A 4QMWA 5KMKA 5CANA 5D7AA 3WZUA 3C5IA 1ZRZA 3NMUF 3JYAA 4D9TA 4MX9A 4ACDA 4I24A 4DH3A 1Q8YA 2CLQA 4CD0A 4N4SA 3EN4A 1G8AA 2PSQA 2I0EA 2B7AA 5IEXA 3U4WA 5EQEA 3GU8A 4EOPA 4AZEA 2VTMA 1JSTA 4QPSA 2WPAA 5ANJA 4YZNA 2OBJA 4IZ5A 4AA5A 4YC3A 3ATSA 4QYEA 3C9WA 4UEUA 3LCSA 4XP2A 5E1EA 4I6FA 5IG1A 3HV6A 1TKIA 4ID7A 2UZDA 2VTPA 4FA2A 3ZYAA 4J97A 2W0JA 1OECA 1WFCA 1V1KA 4IEBA 4F7LA 4RJ4A 2R3FA 3R04A 4GT3A 3VQHA 4O7YA 4K18A 4RIWA 1IRKA 4HVGA 3OG7A 5HVYA 4Q5EA 3MS9A 3GT8A 3CTHA 4HGEA 1OVEA 3TTJA 3BU3A 2IPXA 3B2TA 3MB6A 5LMKC 2B9JA 5AAFA 4YTHA 4DA5A 4XG9A 5CEQA 4AF3A 2RGPA 4LV5A 4RIYA 3FQHA 3LHJA 5DVRA 3LM0A 1KSWA 3UVQA 1GNGA 4G2FA 4YC8A 5E8ZA 4D0XA 3R63A 3RK7A 1LPUA 2OJFE 3EN5A 5AM6A 4BI1A 3MSSA 4KS8A 3HA8A 1NW1A 2C5YA 5GJFA 4BDBA 1P14A 1H28A 4JDKA 3U6HA 5EM8A 3MYGA 3F88A 2OXDA 3LXNA 3N51A 2E9OA 4FV1A 4BYJA 1YI3A 3ZTXA 1VJYA 3OY1A 2PTKA 4WNKA 4Z16A 4UXLA 3G0EA 1KOBA 4NM7A 3W18A 1R39A 5BQ0A 2P0CA 5IF1A 2Z2WA 3CGFA 4XG8A 2GS6A 4IVAA 3HNGA 2GNHA 1WBOA 1H27A 2PMOX 2WGJA 4PP7A 4XBRA 4PX6A 1OL6A 2W1GA 5T68A 4MXAA 1YVJA 2XCHA 4I5MA 3HV5A 5KE0A 3BRBA 3VBTA 3FI4A 5A54A 3PZHA 2JFMA 3R7UA 2XEZA 4G3FA 3OTVA 4UYAA 2JD5A 4AN9A 3MI9A 3LVPA 4DN5A 2W5BA 4NTSA 1OPKA 2OIQA 3ITZA 4HPUE 3DV3A 2YWVA 5HESA 4C58A 4NWMA 3R9RA 3DFAA 4FTAA 4GT4A 3C4FA 3RNYA 3FUPA 3D4QA 3O96A 2WMQA 3QKLA 3UVPA 4D4SA 5GIPE 5EDRA 3RI1A 3PPKA 1WVWA 3DBDA 3BGQA 5LCKA 2E9UA 1W82A 3PZEA 2BHEA 5KNJA 5LVMA 2IVUA 2GCDA 1ZY5A 4PL3A 4F9BA 3ZSHA 4I94A 4UWBA 5I9YA 2PU8A 3Q4UA 2BZIB 3MN3A 1OITA 2C68A 4G3EA 4TYHA 3KXZA 4EUTA 4OTQA 3KREA 4EI4A 3HGKA 3A2CA 4FEVA 1OBGA 4E3CA 3LMHA 4FTKA 1F3MC 2IO6A 2VGPA 2X6EA 1OIYA 3LQ8A 2C6LA 4HNFA 3EQHA 4ZJIA 2VX1A 3FMKA 1Y57A 4HVIA 2UW6A 1PYEA 2HENA 4IADA 2BDFA 4QP3A 4F08A 3RINA 5J7HA 3P7CA 4QQCA 5IA3A 3HEGA 1OIUA 3DXNA 2UW8A 4AGCA 3QUDA 3VUKA 1QPJA 4J71A 2C6IA 3QF9A 2YCQA 3VRYA 3UOLA 2GQGA 4EOOA 2ZV8A 2X4ZA 2AC5A 4UMRA 3TZ7A 2YZLA 4RJ7A 4A9UA 5F9EA 3OWJA 4CFVA 3UODA 2W99B 4UZHA 4NZWB 3ZDIA 2VWXA 4AW2A 4LI5A 2GQRA 4YSJA 2ZMDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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