5LVOA

Human pdk1 kinase domain in complex with allosteric compound pse10 bound to the pif-pocket
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
286
structure length
285
Chain Sequence
PRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 285
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvoA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvoA01
2WQNA 2Z7RA 3R8PA 4K1BA 4EH3A 4OGRA 4JBOA 4EK6A 2F7ZE 2RKUA 1GIJA 3NNXA 4G3CA 2OXXA 1CSNA 3UOHA 5EH0A 4FKTA 4O1PA 3RK9A 4KIPA 5I3OA 4X2FA 5AWMA 4BBMA 4PY1A 4AS0A 1EH4A 3W18A 4J53A 4YBKA 5M44A 3LMGA 1B6CB 5HTIA 4JR7A 4FGBA 4LV5A 2FB8A 3CP9A 2YDJA 2Z7LA 3ODZX 4IAAA 4U40A 5DVRA 2PVJA 4UY9A 2BAJA 5I0BA 5HG9A 5LWMA 1OGUA 3MSSA 4UZDA 1JNKA 4R3CA 4WD5A 2VGPA 2W05A 2ZDTA 3CTHA 4ONAA 4RQKA 5C1QB 3ORPA 4D1ZA 3W2OA 2YJRA 1H0WA 3AT4A 1WAKA 1YW2A 2WMRA 4FV5A 3C13A 1Q41A 2QU5A 5HO7A 2H9VA 3QQKA 3KU2A 1H1WA 3VBQA 4C38A 3QX2A 4RX8A 4L3PA 1XH6A 2O0UA 2QO7A 2R3IA 3MI9A 3NR9A 4PRJA 1WBOA 2HW7A 4YJVA 2XEYA 4CFXA 1LEWA 2VO0A 3ZSIA 1CM8A 3A62A 3TNHA 3KXZA 2G2IA 5AUVA 3FL5A 1KE5A 4HGEA 2X81A 3II5A 5FTQA 1NXKA 2JDSA 4KB8A 4NM7A 5KUPA 3WZEA 4BZOA 4DFLA 3AC8A 4IAZA 4MVFA 2E9NA 4MK0A 5HIDA 4QTDA 4ZY6A 1PXPA 3L1SA 3OCSA 3NVMB 5A4QA 1SVEA 5CNOA 5AUUA 4I22A 2BIKB 2QOQA 3IOPA 3BEAA 2BDFA 2HWOA 3AGLA 5KZ0A 4FTUA 3POZA 2B52A 4BDKA 1ATPE 4BKJA 4BHZA 4UMUA 3I4BA 4HYSA 4XP0A 4ZSAA 1OKZA 1ZZLA 5M57A 3D7TB 3QHRA 4EJNA 4AW1A 2P33A 1P4FA 3ORNA 1GZ8A 5CASA 4H05A 1WFCA 4L53A 3LPBA 2BRBA 5DR9A 4GW8A 3ZUVA 5AFVA 4M68A 4AGUA 2WNTA 3GUBA 2ONLA 3DB8A 3PXQA 2FSMX 3QTRA 4F4PA 4R7BA 3F2RA 4FZFB 4Y5QA 4BDAA 3UC4A 2PL0A 2BUJA 4FV3A 5BX0A 3ORMA 2OH4A 4U43A 2UW9A 3R7EA 2XRUA 2YIXA 4MF0A 3WBLA 4KKEA 5FG8A 5HZNA 4HCUA 5I9ZA 4BY9E 3FY0A 4CFVA 2FSLX 4A7CA 4ALWA 4F65A 2O8YA 1KWPA 2QOLA 3KULB 4WNMA 3QL8A 4CLJA 1WZYA 3RM6A 2EU9A 5JRSA 1FGIA 4N6ZA 1FMKA 1UU8A 3LCTA 3UIUA 3EN5A 4Q9SA 1URCA 3TN8A 4HZSA 2QQ7A 4AGCA 3V04A 3COMA 1P2AA 3DZOA 3P79A 4L7SA 3AG9A 3ROCA 2FO0A 4BGQA 2RG5A 4M69B 1QPCA 3EB0A 4M97A 4O0RA 4LL0A 2GTMA 2PZRA 4FF8A 5HE1A 3QQUA 4LOQA 2X0GA 5AM7A 3DDPA 4EH5A 5LCJA 3SW7A 4WNKA 4LL5A 2R0UA 3D5XA 4O0UA 2IW9A 1XKKA 5HIBA 3R9HA 2P0CA 3M2WA 4AA4A 4ERWA 4C2VA 3BYOA 4HYIA 3UIBA 3Q2JA 4DE4A 4C4HA 2Y9QA 2PVLA 5KMIA 4H3BA 3TKIA 2P2IA 4YO4A 3UOJA 2ZV7A 1OUKA 2UW8A 3QUPA 3Q04A 3Q6WA 4IZAA 4UV0A 4XUFA 5FEEA 5M09A 3KF4A 3CKXA 4ARKA 3OTUA 4AA5A 3D5UA 4BIDA 5ETCA 4I92A 4TL0A 2I7QA 2BTRA 2Q83A 5EM6A 3NVKI 2H6DA 4BDJA 4FA2A 2QLQA 4WSYA 3NYNA 4C3PA 5K0XA 4YJPA 3DFCB 3UBDA 3LFBA 3K3JA 3OOMA 3ZO2A 5CAUA 3PWDA 4R1VA 3Q4UA 4F6WA 4L68A 4NH1A 4F1MA 1OIYA 2PE0A 3LM0A 4XCUA 2RFDA 3RK5A 1FOTA 3DS6A 3ZBXA 4E4MA 3EQFA 5E4HA 2F4JA 5IF1A 1VR2A 3SW4A 4DN5A 4YZNA 1LR4A 3QCSA 4CV9A 2ZDUA 3RCJA 4C7TA 4RC2A 5CEMA 1UKIA 2ITPA 1UNGA 3DLZA 4ZTSA 2X7GA 3SD0A 1F0QA 4QTBA 3T9TA 1VEBA 1PF8A 3E8EA 5EFQA 4O0SA 1J1CA 5ETFA 3BKBA 4ZZNA 3NNWA 4R8QA 4Z3VA 5E8XA 4PDPA 5BUEA 4LYNA 4IX4A 5AEPA 5J9LA 4EQUA 2YITA 4IJ9A 2W1DA 4BDHA 2VTQA 3DZQA 3ZMMA 2YM7A 3O7LD 4CRSA 4M67A 3MVHA 3ORTA 5IMEA 5K9IA 4UBAA 2R7IA 3F7WA 3P9JA 4JLCA 2F7EE 4IVAA 4CXAA 1CKPA 5KMMA 5CS6A 3LCOA 4ZIMA 1IASA 2BRNA 3NEWA 3F88A 4QPMA 4XV2A 3TL8A 2C1BA 1FMOE 3HAVA 3R2YA 3D94A 4KD1A 3LFAA 4O0VA 1F3MC 3RCDA 4BDBA 2PZ5A 3FAAA 1OIRA 2WQOA 3A99A 3G9NA 2G2HA 5KHXA 4AX8A 4JXFA 4DAWA 1DAYA 3GC0A 1IRKA 2GNFA 4KBAA 3ANQA 2BTSA 2DS1A 3C1XA 2YN8A 2W5AA 4FSMA 2PMNX 3AMBA 4IBMA 4M3QA 2XKDA 3LLTA 2ESMA 4C33A 4CVAA 4ASEA 5HTCA 3U87A 3U9CA 3QTSA 3CLYA 5E8YA 1NA7A 3GFWA 4Q5EA 3RPVA 4WOVA 4HVDA 3KREA 4FOBA 4JIAA 1XH9A 3QD2B 4QYEA 3NCZA 4A9RA 3P5KA 3MESA 3VBWA 2HZ0A 2WOTA 3R28A 5BUIA 4FK3A 3OEZA 3TTIA 4F7LA 5DLSA 1YOMA 2CMWA 4EYMA 1DI9A 4KSQA 2YFXA 3IOKA 3OOGA 5F94A 4DEDA 4FTJA 4E1ZA 3UP2A 2IG7A 4FK6A 3R1NA 4DG0E 4DBXA 5E8ZA 3ZDUA 3NGAA 2WHBA 2PUUA 5CAQA 2RF9A 2QR8A 3BWJA 3HDNA 5AX3A 4XEYA 5DFPA 4BIBA 3OY3A 3EN9A 5CEQA 1WBWA 2XYNA 4A9UA 5G6VA 2W1FA 3EL7A 5E8SA 4EOOA 5HQ0A 4IACA 4M7IA 1LUFA 1W0XC 3EQDA 1T46A 4FSNA 4O22A 4XX9A 4ACCA 1PXLA 2LAVA 1U59A 4FKQA 3ZS5A 5AUWA 4L01A 3OFMA 4KS7A 3SLSA 4DITA 3C4XA 4YZDA 3VS7A 3S00A 4QD6A 4NWMA 1Q8ZA 4RG0A 4F7SA 5F9EA 2JBOA 4LGGA 2BCJA 1JPAA 2QU6A 4PX6A 3OWLA 4CKRA 5LJJA 4GKIA 1IAHA 4K2RA 1PW2A 2XUUA 3GT8A 3FLQA 4YZMA 3UO4A 3QF9A 2WPAA 3UNZA 5L2IA 4MBIA 4GK4A 1J1BA 2GDOA 5CENA 5BMMA 3TNPC 2AC3A 2OI4X 3ZXZA 1OBGA 2RL5A 5CYIA 3TTJA 2R3KA 3C9WA 4MNFA 3E3PA 3BLQA 3FBVA 3R7OA 3PZEA 4IX3A 3EFLA 3CJGA 3ALNA 3T8OA 3EN4A 5IA5A 2GQGA 4BCJA 3AGMA 2XNBA 3ET7A 3PA4A 4WBOA 1UKHA 4ITJA 3VNTA 3ERKA 3MFUA 3UZPA 4CYIA 3DTWA 3HV3A 3C50A 3W10A 2WTCA 4YLLA 4E5BA 4TZRA 4UYAA 1KE8A 2DQ7X 2YCQA 4PUZA 5AR5A 5DHJA 1CDKA 1M2RA 4IWPA 3FLZA 5TT7A 3CIKA 3FWQA 1IEPA 3OZ6A 2R0IA 3FC2A 1TKIA 3R00A 4IAYA 3V6SA 4IXPA 5AJQA 4YU2A 4QMUA 1FBNA 2PULA 3NIEA 2E9UA 3KMWA 5I3RA 4OAUC 2R3GA 2WXVA 3OUNB 3QFVA 3ORIA 3GGFA 3OCBA 3PG1A 4RX5A 2YLEA 3UO6A 4IJPA 3IONA 4AWIA 2WMTA 5HE3A 4TYHA 5JFSA 5K5NA 2X7OA 2YM8A 3CCNA 3EQBA 3EWHA 4FT7A 2UZNA 4UWYA 1WBVA 2F57A 5HI2A 4EORA 3RALA 4CKJA 4PDYA 4QP2A 3ZZWA 3BIZA 3GB2A 4QTEA 4I5HA 3PWYA 4FV6A 3DBQA 4AF3A 2QNJA 5CAPA 5DR6A 2VD5A 4BCOA 4Y95A 4Z16A 3MPMA 4FZAB 4BGGA 4F63A 4AUAA 2J5EA 1V1KA 2JAVA 4DCAA 2PZYA 4AW2A 4EHZA 3FI2A 4CCBA 5CSWA 3LQ3A 1HCLA 1PRYA 3VUGA 5JGDA 5IQAA 5L3AA 5EW3A 3R7GA 2H8HA 4QYYA 4Y72A 3VF8A 3VS5A 5IA2A 3U6JA 4ITHA 4YNOA 3DU8A 1ZRZA 4I4EA 5AP6A 4PP7A 1SNUA 1L8TA 1UA2A 1GY3A 4LRMA 1E1VA 4YR8A 2CN8A 5E1EA 3GENA 4EQCA 4LG4A 3PE1A 5AP7A 5E90A 4AOTA 2YM4A 3VWAA 3RNYA 3HECA 2XYUA 2I1MA 3EQGA 1ZLTA 2X6DA 3CD3A 3TT0A 3DBDA 5HLNA 3I7BA 4ZLYA 3O8UA 1YXSA 1L3RE 2OF2A 5LVOA 2YDIA 4AGDA 4YPSA 2AYPA 3CC6A 5L2SA 4DFYA 2A2AA 4BI2A 1SYKA 3BV3A 2XK8A 1XHAA 3G33A 2ITVA 3IGGA 4K0YA 4FKUA 3TG1A 4DLIA 4MBLA 4QP4A 4U79A 2UUEA 3U4UA 2QOIA 5DMZA 3NW6A 2UZUE 3I79A 1H01A 2IW8A 4EHEA 3WF6A 4WSQA 5JSMA 2BZJA 2W4OA 4R3RA 2EXMA 3UJGA 5J7HA 2JAMA 4F9YA 1OVEA 5I9YA 3HYHA 5D1JA 4D2SA 4MEDA 5IDPA 2C1AA 4O6EA 3IKAA 4FL1A 5EDRA 5DRDA 5EDQA 5L8JA 3LMHA 2J9MA 4CTBA 3NWWA 1BL7A 2B0QA 3GI3A 4QMTA 2CGUA 3RAKA 2ITOA 2O3PA 2RFNA 3VS3A 3GQIA 4U3ZA 3I1AA 4PTCA 1YHSA 2J90A 2WIPA 3KY2A 2C5XA 2NP8A 3Q96A 5J8IA 5A4TA 3P0MA 4NW6A 5ETAA 4U81A 2FSTX 4APPA 4O2PA 3QA8A 1SMHA 2UW7A 2A4LA 4MXOA 3ATSA 3R6XA 3NMUF 5FEDA 2BROA 2O5KA 2WQMA 1ZYSA 2PY3A 4FV0A 3ZDIA 4BTJA 2CNQA 2V7AA 3IW8A 5HVYA 5AV4A 5L6PA 4BCQA 1FINA 4FIFA 5E9EA 5DT3A 5J1VA 2PYWA 3RHXA 5I9XA 5M07A 4G1WA 3ZOSA 1H1QA 4GSBA 3ZLWA 4D2RA 5ANDA 4EH6A 3FLSA 4D4RA 2JIVA 5CZHA 2VU3A 3FPQA 4PMMA 3KMMA 4DH5A 3GNIB 5BVOA 1TVOA 2IVSA 4J7BA 3P7BA 5HNBA 5KZIA 4IM3A 4ANBA 2LGCA 2OZAB 2F9GA 4I5CA 3NNUA 3R01A 2UVYA 3P1AA 4X0MA 4I21A 2CKQA 1IR3A 4UB7A 4R77A 3R7UA 3TUCA 3QQHA 4BF2A 3IW4A 4F7JA 2B1PA 1ZYJA 2VUWA 3DKGA 3L8SA 3VC4A 5ETIA 1FVRA 1YI4A 5AAFA 4MYGA 4YZBA 5DRBA 5B2KA 2QOHA 2JIUA 4NTTA 3UVPA 4A4XA 4CCUA 4R6VA 2XIYA 4G9CA 3BI6A 1UWHA 2WAJA 3CJFA 5J9YA 3RAIA 5K5XA 3I5NA 1OPJA 3NW7A 3LMIA 2HY0A 5IUGA 1K9AA 4L8MA 2XH5A 3FY2A 4PTGA 5DOSA 5KNJA 1M2PA 2C4GA 3EQRA 4EQMA 2CGWA 2OJJA 4IAIA 4MWHA 4MNEA 5ANGA 1O6KA 1ZY4A 3HX4A 2VV9A 2X1NA 4JRVA 4BBEA 3SQQA 4AN2A 5CEPA 1VYWA 3IDBA 5IQBA 4IWDA 4S33A 4Q9ZA 4XMOA 2PVRA 4ZLOA 5KMOA 3EHAA 2EXEA 3BLRA 5HHWA 1F5QA 3Q2MA 2YERA 3OCTA 4WRGA 4BZNA 3KULA 2PVKA 3Q52A 4F9AA 1QMZA 3QZFA 4BRXA 3V6RA 4TXCA 3IS5A 4YUQA 1G5SA 2GNGA 4FKIA 4BDCA 3NLBA 1W83A 3AC2A 5C8MA 2WTKC 4M8TA 4O38A 3LW0A 3HUBA 3PJ8A 4QQJA 3Q9WA 4M69A 4BZDA 2WB8A 3W32A 4DBNA 4I6FA 2PMIA 1S9JA 1H0VA 4GK3A 4AAAA 2IN6A 3HMNA 1R0EA 4YJUA 1YXXA 3ZLYA 4E5WA 3QAME 2X7FA 4HPUE 3MIAA 3DKOA 4ZZMA 3Q9XA 1YXVA 3ZRLA 3OWKA 4EKKA 4NK9A 2C68A 4CZUA 3DT1A 3CQWA 3WZUA 3R9DA 5HGIA 4FSRA 3HV5A 4O7VA 3I0QA 3CQUA 4NU1A 3DTCA 5AR3A 4BIEA 1V0PA 3KK8A 3TXOA 3TIYA 2C3LA 3EYGA 2ETRA 4WBBB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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