The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
113
|
structure length |
108
|
Chain Sequence |
SNQELLQLAVNAVDDKKAEQVVALNMKGISLDFFLICHGNSEKQVQAIAHELKKVAQEQGIEIKRLEGYEQARWVLIDLGDVVVHVFHKDERAYYNLEKLWPTVELEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Q9KD89 from Bacillus halodurans. Northeast Structural Genomics target BhR21
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Bacillus halodurans
|
| molecule keywords |
BH1328 protein
|
| total genus |
29
|
| structure length |
108
|
| sequence length |
113
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02410 | RsfS | Ribosomal silencing factor during starvation |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4P4P A; 3ISC A; 4YMM A; 1JMS A; 1Q78 A; 1ZQT A; 7ICN A; 4X4R A; 4QZC A; 4UBC A; 3RJH A; 3K75 D; 4X5V A; 4RQ5 A; 5DB6 A; 3RH4 A; 5J2G A; 1ZQG A; 5IIO A; 2ZH2 A; 1KEJ A; 3ISD A; 3RH5 A; 3OUY B; 4YMO A; 4I2C A; 3MGI A; 3C2L A; 9ICB A; 1F5A A; 5J0T A; 9ICQ A; 5DB7 A; 1R89 A; 1R8A A; 9ICG A; 5J2E A; 8ICC A; 7ICO A; 3AQK A; 2BCS A; 2BCQ A; 4X4O A; 4RWN A; 5J0U A; 4KLS A; 1ZQV A; 3OGU A; 5IIK A; 2DR5 A; 4P4O A; 8ICJ A; 4AT7 B; 4RPY A; 2ISP A; 5DKW A; 4Z6D A; 8ICM A; 4QZE A; 3AQN A; 4F5R A; 1BPY A; 1ZQE A; 1ZJN A; 4I2I A; 4M9L A; 3ISB A; 1ZQM A; 2M2U A; 4PHA A; 4TUP A; 4WC2 A; 8ICE A; 3JPO A; 1UEV A; 1OU5 A; 1ZQF A; 4NXZ A; 1NO5 A; 4QZA A; 4I2D A; 1MIV A; 5III A; 4X4P A; 4LT6 A; 1TFY A; 3JPN A; 5HC9 A; 4X0A A; 2ZH6 A; 4XQ7 A; 4I2B A; 3MDA A; 3HJ4 A; 3C18 A; 1JAJ A; 1RPL A; 5J29 A; 2ZHB A; 4R64 A; 3UQ0 A; 4S3N A; 1TFW A; 4QZG A; 2NRK A; 2BCV A; 4X4V A; 4YD1 A; 3RJF A; 1ZQQ A; 4EP7 A; 2M2W A; 3B0X A; 1ZQH A; 3OV7 A; 5DED A; 4PHE A; 1VJ7 A; 4O9M A; 1MQ3 A; 5DBC A; 3AU2 A; 2DRB A; 4DO9 A; 3C2K A; 5D49 A; 2Q66 A; 9ICM A; 3MGH A; 1BPX A; 8ICZ A; 5BOL A; 9ICR A; 4UBB A; 5F2V O; 5J2B A; 9ICX A; 3RJJ A; 9ICF A; 9ICO A; 4AT8 A; 4I2A A; 5HRG A; 5J0W A; 4NLN A; 7ICM A; 2DRA A; 5HRK A; 2M2V A; 4I29 A; 4RQ8 A; 8ICX A; 4I2G A; 8ICB A; 1ZQU A; 2DR8 A; 1ZQC A; 3H38 A; 4M5D A; 9ICH A; 2ZH8 A; 4PGX A; 4M04 A; 4MFC A; 4AT9 B; 9ICP A; 1ZQN A; 8ICW A; 8ICP A; 3HX0 A; 2O1P A; 2PFQ A; 4RWQ A; 4TUS A; 5HRF A; 4RQ1 A; 4EBJ A; 4WC4 A; 3V7K A; 7ICI A; 1HUO A; 4DOB A; 4ATB A; 1BPD A; 2O5A A; 1ZQR A; 4KLG A; 5TZV A; 3HWT A; 4O5K A; 9ICA A; 9ICE A; 2ZH9 A; 3H39 A; 4PHD A; 3C5F A; 1R8B A; 5DDM A; 9ICC A; 1FA0 A; 4KLM A; 5DDY A; 3PNC A; 2DR9 A; 4IQV A; 5IIM A; 4LVS A; 4DOA A; 1R8C A; 4GXK A; 3UPS A; 3RJG A; 5CHG A; 3RJK A; 4UB1 A; 8ICS A; 4QZH A; 4Z6F A; 1ZQZ A; 3JPS A; 4GXJ A; 3WFQ E; 3AQL A; 3LQC B; 4RT2 A; 1ZQI A; 5EOZ A; 3WFS C; 9ICV A; 4P2H A; 4F5O A; 4R63 A; 4QZ8 A; 3MBY A; 2ZH7 A; 3AU6 A; 4RQ0 A; 4UAW A; 2ZH4 A; 3UPQ A; 3OUY A; 2ISO A; 3C66 A; 3JPQ A; 4M9H A; 4M9N A; 1MQ2 A; 2ZH5 A; 1UET A; 4MF2 A; 8ICG A; 1MIY A; 4FO6 A; 4NM2 A; 3TFR A; 3JPT A; 4JWM A; 1ZQB A; 9ICK A; 4WBZ A; 4WC6 A; 4KLD A; 5IIN A; 5HRB A; 3PMN A; 4E80 A; 3JPP A; 4UAY A; 2BPG A; 4FH3 A; 5J0R A; 4RT3 A; 1WOT A; 3OVS A; 4I27 A; 8ICN A; 8ICO A; 4RQ2 A; 2W9M A; 5CP2 A; 5DBB A; 4PPX A; 2I9G A; 4E7X A; 2ZH3 A; 4KLU A; 4LZG A; 4Z6C A; 1NOM A; 3GDX A; 4UB2 A; 9ICT A; 4XRH A; 2BPC A; 8ICV A; 4E8F A; 5HR9 A; 5J0O A; 4AT8 B; 4O5E A; 5D4B A; 4RQ7 A; 5HRE A; 4PGQ A; 3JPR A; 1HUZ A; 4K4I A; 1YLQ A; 4O5C A; 3RJI A; 3UXP A; 4QZF A; 1TVA A; 4I2H A; 4UD4 A; 5J0P A; 3MDC A; 4RPZ A; 4KLO A; 1ZQO A; 2ID1 A; 4PGY A; 4NLZ A; 5J0X A; 4FHW A; 5DB9 A; 5IIJ A; 7ICP A; 5J2A A; 4X0B A; 4K4H A; 1ZQA A; 4X4T A; 9ICJ A; 2BPF A; 3OVA A; 4TUR A; 8ICK A; 9ICU A; 1JN3 A; 1ZQS A; 7ICQ A; 4WC7 A; 1ZQD A; 3UXO A; 5J2K A; 4NKT A; 5J2C A; 1ZQJ A; 4ATB B; 3RJE A; 4M9G A; 2BE3 A; 2RFF A; 8ICR A; 4TUQ A; 1MIW A; 5BPC A; 4FHV A; 5HRI A; 4PH5 A; 5HRH A; 3PML A; 8ICU A; 3V7L A; 2GWS A; 1JQR A; 3L9D A; 1PX5 A; 4FHY A; 5HRL A; 3TFS A; 5DEC A; 4YCX A; 4RWP A; 4RWO A; 4FHP A; 2DVI A; 4KLL A; 4FHX A; 4UB5 A; 3WFO A; 4UB3 A; 9ICN A; 8ICI A; 5CJ7 A; 7ICS A; 2M2T A; 3V72 A; 2P66 A; 4WBY A; 3UQ2 A; 3H3A A; 4MF8 A; 4EBK A; 4WC3 A; 8ICF A; 3B0Y A; 4YMN A; 5DBA A; 4M9J A; 4JWN A; 4KLI A; 4KLJ A; 2PBE A; 2ZHA A; 8ICH A; 4UB4 A; 2PFP A; 4AT9 A; 1ZQY A; 3WFR E; 5J0S A; 5J0Q A; 1TV9 A; 5HHH A; 3LK9 A; 4YD2 A; 4KLT A; 5CB1 A; 8ICT A; 4IQT A; 2IHM A; 2PFO A; 4NLK A; 1ZQX A; 4WC5 A; 2PXI A; 4QZI A; 4KLQ A; 4IG8 A; 1ZQK A; 5J2H A; 4KLE A; 8ICL A; 3AQM A; 4Z6E A; 4WC1 A; 4QZD A; 5J2J A; 4RQ6 A; 5CR0 A; 7ICT A; 3NYB A; 5HRD A; 1KDH A; 3JYY A; 4M2Y A; 4F5N A; 4X4N A; 1ZJM A; 8ICY A; 4RQ4 A; 4WC0 A; 1KNY A; 4NKU A; 7ICF A; 4IQW A; 4MFF A; 5DB8 A; 2FMP A; 2VAN A; 4P4M A; 5CA7 A; 9ICS A; 7ICJ A; 4AT7 A; 1RZT A; 4R66 A; 4UD5 A; 3RH6 A; 2FMS A; 1BPB A; 1ZQL A; 4UAZ A; 8ICA A; 4LZD A; 9ICL A; 7ICG A; 4NM1 A; 3UXN A; 4I2J A; 7ICU A; 4GXI A; 4I2F A; 5HHI A; 4M47 A; 3OVB A; 4F5Q A; 4I28 A; 5J2I A; 1BPZ A; 4R65 A; 2ZH1 A; 1BPE A; 3V7J A; 4NY8 A; 4DOC A; 4X4U A; 4RQ3 A; 5J2D A; 7ICV A; 9ICW A; 3C2M A; 1V4A A; 4X4S A; 3HJ1 A; 2BCU A; 1ZQP A; 9ICI A; 4F5P A; 5D46 A; 4IQU A; 7ICE A; 4XQ8 A; 5IIL A; 3JZ0 A; 4WCW A; 2DR7 A; 1Q79 A; 7ICL A; 1XSP A; 4QZB A; 7ICK A; 5BOM A; 1XSL A; 4YN4 A; 2PFN A; 4KLH A; 4X4Q A; 4QZ9 A; 8ICQ A; 4FH5 A; 4K4G A; 4M0A A; 5J2F A; 4KLF A; 7ICH A; 7ICR A; 4PHP A; 5CWR A; 4MFA A; 3HIY A; 1VFG A; 4RPX A; 3H37 A; 2BCR A; 5J0Y A; 2HHP A; 4XA5 A; 3WFP A; 4I2E A; 3AUO A; 3HW8 A; 1XSN A; 2FMQ A; 1UEU A; 3C5G A; 1ZQW A; 4XUS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4P4P A; 3ISC A; 4YMM A; 1JMS A; 1Q78 A; 1ZQT A; 7ICN A; 4X4R A; 4QZC A; 4UBC A; 3RJH A; 3K75 D; 4X5V A; 4RQ5 A; 5DB6 A; 3RH4 A; 5J2G A; 1ZQG A; 5IIO A; 2ZH2 A; 4K99 A; 1KEJ A; 3ISD A; 3RH5 A; 3OUY B; 4YMO A; 4I2C A; 3MGI A; 4WQL A; 3C2L A; 9ICB A; 3CK6 A; 1F5A A; 5J0T A; 9ICQ A; 5DB7 A; 1R89 A; 1R8A A; 9ICG A; 4WH5 A; 5J2E A; 8ICC A; 7ICO A; 3AQK A; 2BCS A; 2BCQ A; 4XJE A; 4X4O A; 4RWN A; 5J0U A; 4KLS A; 4O68 A; 1ZQV A; 3OGU A; 5IIK A; 2DR5 A; 4P4O A; 8ICJ A; 5CFS A; 4AT7 B; 4RPY A; 2ISP A; 5DKW A; 4Z6D A; 8ICM A; 4QZE A; 3AQN A; 4F5R A; 1BPY A; 4K97 A; 1ZQE A; 1ZJN A; 4I2I A; 4M9L A; 3ISB A; 1ZQM A; 2M2U A; 4PHA A; 4TUP A; 4WC2 A; 8ICE A; 3JPO A; 1UEV A; 1OU5 A; 1ZQF A; 4NXZ A; 1NO5 A; 4EED A; 4QZA A; 4I2D A; 1MIV A; 5III A; 4X4P A; 4LT6 A; 1TFY A; 5D63 A; 3JPN A; 5HC9 A; 4X0A A; 2ZH6 A; 4XQ7 A; 4I2B A; 3MDA A; 3HJ4 A; 3C18 A; 1JAJ A; 1RPL A; 5B3Q A; 5J29 A; 4JLX A; 2ZHB A; 4EEB A; 4R64 A; 3UQ0 A; 4S3N A; 4JLZ A; 2HN2 A; 1TFW A; 4QZG A; 4EGW A; 2NRK A; 2BCV A; 4X4V A; 4YD1 A; 3RJF A; 1ZQQ A; 4EP7 A; 2M2W A; 3B0X A; 2IUB A; 1ZQH A; 5CHE A; 2IHO A; 3OV7 A; 4EV6 A; 5DED A; 4PHE A; 1VJ7 A; 4O9M A; 1MQ3 A; 4LEZ A; 5DBC A; 1GPJ A; 2EWR A; 3AU2 A; 2DRB A; 4DO9 A; 3C2K A; 5D49 A; 2Q66 A; 9ICM A; 3MGH A; 1BPX A; 8ICZ A; 3OWG A; 5BOL A; 9ICR A; 4UBB A; 5F2V O; 5J2B A; 9ICX A; 3RJJ A; 9ICF A; 9ICO A; 4AT8 A; 4I2A A; 5HRG A; 5J0W A; 4NLN A; 7ICM A; 2DRA A; 5HRK A; 2M2V A; 4I29 A; 3NKU A; 4RQ8 A; 8ICX A; 2GA9 D; 4I2G A; 8ICB A; 5JTG A; 1ZQU A; 2DR8 A; 1ZQC A; 3H38 A; 3EF2 A; 4M5D A; 4LEY A; 9ICH A; 4NXW A; 2ZH8 A; 4PGX A; 4M04 A; 4MFC A; 4AT9 B; 9ICP A; 1ZQN A; 8ICW A; 8ICP A; 3HX0 A; 2BBJ A; 3PHZ A; 2O1P A; 4OAH A; 2PFQ A; 4RWQ A; 4TUS A; 5HRF A; 5CFT A; 4RQ1 A; 4EBJ A; 4WC4 A; 3V7K A; 7ICI A; 1HUO A; 4DOB A; 4ATB A; 1BPD A; 2O5A A; 1ZQR A; 4KLG A; 5TZV A; 3HWT A; 4O5K A; 9ICA A; 9ICE A; 2ZH9 A; 3H39 A; 4PHD A; 3C5F A; 1R8B A; 5DDM A; 9ICC A; 1FA0 A; 3JCF A; 4KLM A; 5DDY A; 3PNC A; 2DR9 A; 4IQV A; 5IIM A; 4N7R A; 4DOA A; 4LVS A; 1R8C A; 4GXK A; 3UPS A; 3RJG A; 5CHG A; 3RJK A; 4UB1 A; 8ICS A; 4QZH A; 4Z6F A; 1ZQZ A; 3JPS A; 3K7D A; 4OAG A; 4GXJ A; 3WFQ E; 3NWI A; 3AQL A; 3LQC B; 4K9A A; 4RT2 A; 1ZQI A; 5EOZ A; 4K9B A; 3WFS C; 9ICV A; 4P2H A; 4F5O A; 4R63 A; 4QZ8 A; 3MBY A; 3ER9 B; 2ZH7 A; 4K8V A; 3AU6 A; 4RQ0 A; 4UAW A; 4I0U A; 2ZH4 A; 3UPQ A; 3OUY A; 2ISO A; 3C66 A; 3JPQ A; 4M9H A; 4M9N A; 1MQ2 A; 2ZH5 A; 1UET A; 4MF2 A; 8ICG A; 1MIY A; 4FO6 A; 4NM2 A; 3TFR A; 3JPT A; 4JWM A; 1ZQB A; 4WQK A; 4WBZ A; 9ICK A; 4WC6 A; 4KLD A; 4LEV A; 5IIN A; 5HRB A; 3PMN A; 4E80 A; 4K96 A; 3JPP A; 4UAY A; 2BPG A; 4FH3 A; 5J0R A; 4RT3 A; 1WOT A; 3OVS A; 4I27 A; 8ICN A; 8ICO A; 4RQ2 A; 2W9M A; 5CP2 A; 5DBB A; 4PPX A; 2I9G A; 4O69 A; 4E7X A; 2ZH3 A; 4KLU A; 4LZG A; 4Z6C A; 1NOM A; 3GDX A; 4UB2 A; 9ICT A; 3MCR A; 4XRH A; 4LEW A; 2BPC A; 4NXX A; 8ICV A; 4E8F A; 5HR9 A; 5J0O A; 4AT8 B; 4O5E A; 5D4B A; 4RQ7 A; 5HRE A; 4PGQ A; 3JPR A; 5D62 A; 1HUZ A; 4K4I A; 1YLQ A; 4O5C A; 3RJI A; 3UXP A; 4QZF A; 1TVA A; 4I2H A; 4UD4 A; 5J0P A; 3MDC A; 4RPZ A; 4KLO A; 1ZQO A; 2ID1 A; 4PGY A; 4NLZ A; 5J0X A; 4FHW A; 5DB9 A; 5IIJ A; 7ICP A; 5J2A A; 4X0B A; 4K4H A; 1ZQA A; 4X4T A; 9ICJ A; 2BPF A; 3OVA A; 4TUR A; 8ICK A; 9ICU A; 1JN3 A; 4WOY A; 1ZQS A; 7ICQ A; 4WC7 A; 1ZQD A; 3UXO A; 5J2K A; 4NKT A; 5J2C A; 1ZQJ A; 4ATB B; 3RJE A; 4M9G A; 4KM5 A; 2BE3 A; 2RFF A; 8ICR A; 4TUQ A; 1MIW A; 5BPC A; 4FHV A; 5HRI A; 2GAF D; 4O67 A; 4PH5 A; 5HRH A; 3PML A; 8ICU A; 3V7L A; 2GWS A; 1JQR A; 3L9D A; 1PX5 A; 4FHY A; 5HRL A; 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