The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
369
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structure length |
316
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Chain Sequence |
RIFVNDDRHVMAKHSSVYPTQEELEAVQNMVSHTERALKAVSDWIDEQEKRTLRGVMRVGLVAKGLLLKGDLDLELVLLCKEKPTTALLDKVADNLAIQLTTVTEDKYEILQSVDDAAIVIKNTKEPPLSLTIHLTSPVVREEMEKVAGEDPPDVLDRQKCLAALASLRHAKWFQARANGLKSCVIVIRVLRDLCTRVPTWGPLRGWPLELLCEKSIGTANRPMGAGEALRRVLECLASGIVMPDGSGIYDPCEKEATDAIGHLDRQQREDITQSAQHALRLAAFGQLHKVLGMDPLPDYTVQIPPSTTYAITPRP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
NF45 Dimerizes with NF90, Zfr and Spnr Via a Conserved Domain that Has a Nucleotidyltransferase Fold.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2
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| total genus |
111
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| structure length |
316
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| sequence length |
369
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF07528 | DZF | DZF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Poly(a)-polymerase, middle domain | Poly(a)-polymerase, middle domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 8ICX A; 4QZD A; 4X4U A; 7ICO A; 4DOB A; 4O68 A; 4MF8 A; 4UAY A; 4KLT A; 3AQK A; 4X4T A; 1MIV A; 4FHX A; 2P66 A; 1UET A; 1ZQC A; 4UB2 A; 2DR5 A; 5HRF A; 4RQ3 A; 5J2F A; 1TFY A; 2M2U A; 4X0B A; 2PFQ A; 4F5O A; 9ICQ A; 1JN3 A; 3JYY A; 3UPS A; 4O69 A; 1ZQO A; 2DRB A; 2BCU A; 2PBE A; 1ZJN A; 4IQW A; 5J2G A; 4DO9 A; 4K4I A; 3AU2 A; 3WFQ E; 3MBY A; 4M9G A; 9ICA A; 4K97 A; 3H37 A; 5BOL A; 1FA0 A; 4KLG A; 2BCR A; 1ZQF A; 7ICS A; 4RQ0 A; 2ZH2 A; 8ICG A; 4LVS A; 2O5A A; 5IIN A; 3C2L A; 3UXO A; 4O67 A; 4O9M A; 5F2V O; 4IQU A; 4Z6F A; 4LZG A; 4I2D A; 1XSL A; 3H39 A; 5TZV A; 3PML A; 4KLI A; 8ICI A; 1MQ2 A; 3ISC A; 5J0T A; 1KEJ A; 4X4R A; 4XQ7 A; 2ID1 A; 4M5D A; 5CR0 A; 9ICC A; 8ICF A; 2DR8 A; 4P4M A; 5J2E A; 4DOA A; 4KLE A; 4UB3 A; 4WC7 A; 1ZQL A; 3OVA A; 9ICP A; 4PH5 A; 4GXK A; 2FMS A; 8ICC A; 1ZQQ A; 4RQ7 A; 3JPS A; 4PPX A; 4YN4 A; 8ICP A; 3TFR A; 4KLS A; 1ZQI A; 2W9M A; 4UB1 A; 4LEZ A; 4XUS A; 4F5P A; 3JPQ A; 3WFR E; 2ISP A; 4QZI A; 4IG8 A; 1Q79 A; 1TV9 A; 5J2H A; 5HR9 A; 3JZ0 A; 5J0X A; 4AT9 B; 1YLQ A; 4OAG A; 4NLZ A; 4XQ8 A; 3JPO A; 3C2K A; 4O5E A; 5DBC A; 3RJK A; 4LEW A; 4OAH A; 2ZH1 A; 1ZQV A; 3WFO A; 4I2B A; 7ICF A; 1JQR A; 2ZH6 A; 5EOZ A; 2BCV A; 4TUR A; 1KNY A; 3C18 A; 3WFP A; 5J2I A; 4I2C A; 1R89 A; 8ICU A; 1ZQY A; 7ICI A; 4PGY A; 4FHV A; 4AT7 A; 2BPF A; 7ICQ A; 1UEU A; 9ICR A; 3MDA A; 7ICK A; 4I2I A; 4RQ4 A; 3ISD A; 9ICM A; 7ICL A; 4M47 A; 4PGX A; 9ICL A; 4KLO A; 4S3N A; 4M0A A; 4K8V A; 7ICJ A; 9ICF A; 3UQ0 A; 4RWO A; 4I2F A; 1ZJM A; 4OAF A; 1V4A A; 1VFG A; 4NXU A; 5DEC A; 5J0P A; 4TUP A; 5D4B A; 2ZHA A; 4KLU A; 5J0Q A; 4RQ2 A; 1BPX A; 1R8B A; 3OVS A; 5DBB A; 4FHY A; 2PXI A; 7ICE A; 9ICS A; 4NXT A; 5J2C A; 4FHP A; 4NKU A; 8ICW A; 3OUY A; 8ICN A; 3AUO A; 4PHP A; 4NKT A; 4UAW A; 3H38 A; 4F5Q A; 4UD4 A; 2DR9 A; 1HUO A; 3OVB A; 5J0S A; 3HX0 A; 3HJ1 A; 1R8A A; 4ATB B; 1MIY A; 3MGI A; 3PMN A; 1RPL A; 5III A; 4GXJ A; 4YMO A; 5J0R A; 1ZQG A; 4QZA A; 5DB6 A; 5CP2 A; 5J0Y A; 2PFN A; 4KLD A; 3B0Y A; 4RQ6 A; 4AT8 B; 4I2H A; 5J0W A; 4X4V A; 4LT6 A; 2DRA A; 4PHD A; 8ICZ A; 1ZQZ A; 3AQL A; 4FHW A; 1WOT A; 4M9H A; 4E7X A; 2ISO A; 3JPR A; 5CWR A; 1ZQP A; 4I29 A; 9ICN A; 4XA5 A; 2VAN A; 2IHM A; 5IIM A; 4UD5 A; 4X4N A; 2ZH7 A; 3WFS C; 5HHI A; 4X4S A; 9ICI A; 4QZG A; 4NXW A; 9ICK A; 4QZC A; 4QZE A; 8ICY A; 5D46 A; 7ICH A; 4K9B A; 4KLH A; 1ZQB A; 9ICU A; 3OGU A; 2BPC A; 4RWP A; 2FMQ A; 1ZQH A; 4R63 A; 3RH5 A; 2I9G A; 3RJF A; 4MFC A; 3C2M A; 4YCX A; 5IIJ A; 3HW8 A; 4R66 A; 4K96 A; 5J0O A; 3HWT A; 2DVI A; 4RQ5 A; 5D49 A; 4P4O A; 4K98 A; 4X0A A; 9ICB A; 4RT3 A; 3AU6 A; 1JMS A; 2ZH8 A; 8ICR A; 4WC6 A; 5J2A A; 4K9A A; 3ISB A; 7ICM A; 4I2A A; 3RJE A; 5HRE A; 2ZH5 A; 3V7J A; 2ZH4 A; 1XSN A; 5DDM A; 4K4G A; 5HRI A; 1OU5 A; 2M2V A; 1ZQR A; 8ICB A; 1Q78 A; 4M9L A; 9ICW A; 9ICX A; 4I27 A; 4YD1 A; 5J2K A; 2PFP A; 5HRB A; 4IQT A; 4KLF A; 1ZQW A; 4NXX A; 4RT2 A; 1HUZ A; 4X5V A; 4WC4 A; 4M04 A; 4LEY A; 4XRH A; 3K75 D; 5HRL A; 3OV7 A; 4E80 A; 5J2J A; 4WBZ A; 3RH4 A; 3L9D A; 8ICT A; 2O1P A; 4WC1 A; 7ICG A; 3GDX A; 7ICP A; 4O5K A; 5DKW A; 3V7K A; 4WBY A; 5HRH A; 4X4O A; 3UPQ A; 4UAZ A; 3HIY A; 5CA7 A; 3LQC B; 4YMM A; 1ZQJ A; 2HHP A; 4TUS A; 3MDC A; 5CB1 A; 4KLL A; 1ZQA A; 4R64 A; 8ICQ A; 4FO6 A; 5BOM A; 5HC9 A; 3AQN A; 4KM5 A; 5IIK A; 4JWM A; 1BPE A; 4GXI A; 4YD2 A; 4JLX A; 2BCQ A; 4NLN A; 4I2E A; 4YMN A; 1BPY A; 5DED A; 3RJG A; 5IIL A; 5BPC A; 4E8F A; 4M9J A; 8ICO A; 4FH3 A; 2FMP A; 4TUQ A; 4KLM A; 1ZQK A; 3V7L A; 5J2D A; 4F5N A; 4LZD A; 4LEV A; 4X4Q A; 7ICU A; 4UB5 A; 4UB4 A; 3JPP A; 1KDH A; 4Z6E A; 3C5F A; 4RQ1 A; 4AT7 B; 9ICJ A; 3LK9 A; 2M2W A; 9ICE A; 4AT9 A; 4QZF A; 4WC2 A; 4FH5 A; 2RFF A; 4P2H A; 4EP7 A; 1TVA A; 3JPT A; 4UBB A; 1JAJ A; 4WC3 A; 8ICH A; 2DR7 A; 9ICT A; 1NO5 A; 2PFO A; 4KB6 A; 4WOY A; 4PGQ A; 4O6A A; 5IIO A; 2ZH9 A; 8ICA A; 4X4P A; 5DDY A; 4Z6C A; 4RWN A; 4PHE A; 4WC0 A; 8ICV A; 4IQV A; 1NOM A; 3UXP A; 4MF2 A; 5J2B A; 4R65 A; 1ZQN A; 3UQ2 A; 3UXN A; 8ICK A; 9ICG A; 5DB9 A; 2BCS A; 1VJ7 A; 4RPY A; 4OAI Z; 5DB7 A; 4M9N A; 1TFW A; 4QZH A; 1ZQD A; 8ICS A; 4NLK A; 4WC5 A; 3RJJ A; 3OUY B; 7ICR A; 3JPN A; 3AQM A; 4MFF A; 4I28 A; 4KLJ A; 4JWN A; 7ICT A; 3RJI A; 3H3A A; 3B0X A; 4MKP A; 1MQ3 A; 4QZB A; 4QZ8 A; 3RH6 A; 4RPX A; 1F5A A; 4I2J A; 3MGH A; 1BPB A; 1ZQS A; 9ICO A; 4Z6D A; 5CJ7 A; 4F5R A; 4RQ8 A; 5HRK A; 5DB8 A; 4P4P A; 4O5C A; 2BE3 A; 4PHA A; 1BPZ A; 5HHH A; 5DBA A; 8ICL A; 1XSP A; 1UEV A; 2GWS A; 1PX5 A; 8ICJ A; 4KLQ A; 4K4H A; 4EBJ A; 8ICM A; 5J0U A; 4NXZ A; 1ZQM A; 1ZQX A; 2Q66 A; 4I2G A; 4ATB A; 4RWQ A; 4QZ9 A; 1ZQU A; 5HRD A; 3PNC A; 3RJH A; 5CHG A; 4NM2 A; 4K99 A; 1MIW A; 4RPZ A; 4AT8 A; 9ICH A; 4JLZ A; 2BPG A; 2NRK A; 8ICE A; 1BPD A; 3NYB A; 4WCW A; 2ZH3 A; 4NXV A; 2M2T A; 9ICV A; 4MFA A; 4NY8 A; 4M2Y A; 4NM1 A; 3V72 A; 4UBC A; 3C5G A; 1RZT A; 1ZQE A; 4DOC A; 3TFS A; 5J29 A; 7ICV A; 3C66 A; 5HRG A; 3HJ4 A; 4EBK A; 1ZQT A; 7ICN A; 1R8C A; 2ZHB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 8ICX A; 4QZD A; 4X4U A; 4EED A; 7ICO A; 4DOB A; 4O68 A; 4MF8 A; 4UAY A; 4KLT A; 3AQK A; 4X4T A; 1MIV A; 4FHX A; 2P66 A; 1UET A; 1ZQC A; 3K7D A; 4UB2 A; 2DR5 A; 2HN2 A; 5HRF A; 4RQ3 A; 5J2F A; 2B51 A; 1TFY A; 2M2U A; 5CFT A; 4X0B A; 2PFQ A; 4F5O A; 9ICQ A; 5CHE A; 1JN3 A; 3JYY A; 4WQL A; 3UPS A; 4O69 A; 5D61 A; 2DRB A; 1ZQO A; 2BCU A; 2PBE A; 1ZJN A; 4IQW A; 5J2G A; 4DO9 A; 4K4I A; 3AU2 A; 3WFQ E; 3MBY A; 4M9G A; 9ICA A; 4K97 A; 3H37 A; 5BOL A; 4EEB A; 1FA0 A; 4KLG A; 2BCR A; 1ZQF A; 7ICS A; 4RQ0 A; 2ZH2 A; 2GAF D; 8ICG A; 4LVS A; 2O5A A; 5IIN A; 3C2L A; 3UXO A; 4O67 A; 4O9M A; 2HN1 A; 5F2V O; 4IQU A; 4Z6F A; 4LZG A; 4I2D A; 1XSL A; 3H39 A; 5TZV A; 3PML A; 4KLI A; 8ICI A; 1MQ2 A; 3ISC A; 5J0T A; 1KEJ A; 4X4R A; 4XQ7 A; 4M5D A; 2ID1 A; 5CR0 A; 9ICC A; 8ICF A; 2DR8 A; 4P4M A; 5J2E A; 4DOA A; 4KLE A; 4UB3 A; 4WC7 A; 1ZQL A; 3OVA A; 9ICP A; 4PH5 A; 4GXK A; 2FMS A; 8ICC A; 1ZQQ A; 4RQ7 A; 3JPS A; 4PPX A; 4YN4 A; 8ICP A; 3TFR A; 4KLS A; 1ZQI A; 2W9M A; 4UB1 A; 4LEZ A; 4XUS A; 4F5P A; 3JPQ A; 3WFR E; 2ISP A; 4QZI A; 4IG8 A; 1Q79 A; 5CFU A; 1TV9 A; 5J2H A; 5D62 A; 5HR9 A; 3JZ0 A; 5J0X A; 4AT9 B; 3JCF A; 1YLQ A; 4OAG A; 4NLZ A; 4XQ8 A; 3JPO A; 3C2K A; 4O5E A; 5DBC A; 3RJK A; 4LEW A; 4OAH A; 2ZH1 A; 1ZQV A; 3WFO A; 4I2B A; 7ICF A; 1JQR A; 2ZH6 A; 5EOZ A; 2BCV A; 4TUR A; 1KNY A; 3C18 A; 3WFP A; 5J2I A; 4I2C A; 4EGW A; 1R89 A; 3MCR A; 8ICU A; 1ZQY A; 7ICI A; 4PGY A; 4FHV A; 4AT7 A; 2BPF A; 7ICQ A; 1UEU A; 9ICR A; 3MDA A; 7ICK A; 3PHZ A; 4I2I A; 4RQ4 A; 3ISD A; 9ICM A; 7ICL A; 4M47 A; 4PGX A; 9ICL A; 4KLO A; 4S3N A; 4M0A A; 4K8V A; 7ICJ A; 9ICF A; 3UQ0 A; 4RWO A; 4I2F A; 1ZJM A; 4OAF A; 1V4A A; 1VFG A; 4NXU A; 5DEC A; 3ERC C; 5J0P A; 4TUP A; 5D4B A; 2ZHA A; 4KLU A; 5J0Q A; 4RQ2 A; 1BPX A; 1R8B A; 3OVS A; 5DBB A; 4FHY A; 2PXI A; 7ICE A; 9ICS A; 4NXT A; 5J2C A; 4FHP A; 4NKU A; 8ICW A; 3OUY A; 8ICN A; 3AUO A; 4PHP A; 4NKT A; 4UAW A; 3H38 A; 1GPJ A; 4F5Q A; 4UD4 A; 2DR9 A; 3OVB A; 1HUO A; 5J0S A; 3HX0 A; 3HJ1 A; 1R8A A; 4ATB B; 1MIY A; 3MGI A; 1RPL A; 3PMN A; 5III A; 2EWR A; 4GXJ A; 4YMO A; 2IHO A; 5J0R A; 1ZQG A; 4QZA A; 5DB6 A; 5CP2 A; 5J0Y A; 2PFN A; 4KLD A; 3B0Y A; 4RQ6 A; 4AT8 B; 4I2H A; 5J0W A; 4X4V A; 4LT6 A; 4FO1 A; 2DRA A; 4PHD A; 8ICZ A; 1ZQZ A; 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