2W9MA

Structure of family x dna polymerase from deinococcus radiodurans
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
557
structure length
541
Chain Sequence
PSRHRLVHALERTADLLDILDFKSRAYRSAARSLEELNFTGIPKVGKGIAAELSDFARSGTFAPLEAAAGQLPPGLLDLLGVRGLGPKKIRSLWLAGIDSLERLREAAESGELAGLKGFGAKSAATILENVVFLFEARQRQSLRAGLAVAEELAGALTDLSPAPAGDVRRGLETVRAAELTVTGTPDDVLARLPELTVQVLSGDYEGVPVEIACAPAEARGALDLLRSGEHFAGQVQAAAQARGFTLTAGGLSRGDEVLPTPTEAVVFHALDLPFRPAEYREPEHDDLWQTLPDPAELVTVGDLRGMIHTHSTWSDGGASIREMAEATLTLGHEFLGTADHSRAAYYANGLTIERLREQLKEIRELQRAGLPIVAGSEVDILDDGSLDFPDDVLGELDYVVVSVHSNFTLDAARQTERLIRAVSHPLVTVLGHATGRLLLRRPGYALDLDAVLGACEANGTVVEINANAARLDLDWREALRWRERLKFAINTDAHVPGGLRDARYGVMQARKAGLTPAHVVNSLGRAEFLDFVARQRAARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Family X DNA Polymerase from Deinococcus Radioduran Adopts a Non-Standard Extended Conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLYMERASE X
molecule tags Dna replication
source organism Deinococcus radiodurans
total genus 196
structure length 541
sequence length 557
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14520 HHH_5 Helix-hairpin-helix domain
A PF14716 HHH_8 Helix-hairpin-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2w9mA02
1.10.150.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase beta, N-terminal domain-like 2w9mA01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 2w9mA05
3.30.210.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 3 DNA polymerase, thumb domain 2w9mA04
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 2w9mA03
4KESA 5HR9A 4F5OA 4DLEA 1NJWA 1XSPA 4J5NA 2ZUBA 9ICNA 1L3TA 4WC0A 5HRDA 2BPGA 4RPXA 4DS4A 4F91B 4O0IA 2KZMA 2VM8A 3RRGA 2R1MA 4Z6CA 1SL2A 4HK7A 1R9ZA 4B9TA 4M6WB 2PFOA 3ETLA 4ECZA 3IARA 3MVTA 3OUYB 3ISBA 4DSEA 4NP7A 1KDHA 3GTXA 2XGPA 4V1YA 3OHBA 1R8BA 4RZBA 3GIPA 3UR2A 5KFUA 4YXMA 4UAYA 1K6WA 1X9SA 2HVHA 3RJGA 1ZQVA 3E0LA 3FDGA 2BB0A 3JPNA 2Z00A 3RJKA 2D2JA 2RDJA 4F4XA 1Q78A 2QPXA 5J0TA 1UIPA 3L9DA 4GZ7A 3B0XA 4IQVA 2JEFA 2FMSA 2FTYA 4YP3A 4AC7C 3PNUA 3IV8A 4KLTA 1M7JA 5KFBA 3UR5A 2BCQA 4UB2A 1KRCC 4QZDA 2FMQA 4IR9A 4GOAA 2HW3A 4KLLA 3JZEA 1L3VA 1EYWA 3RYSA 3DUGA 1ZETA 2BGWA 4P4OA 4KEUA 5KFMA 4RE0A 1RAKA 2P6UA 4M51A 1ONWA 3GTHA 5DBCA 4G3IA 4XD6A 1ZZMA 1V4AA 1MSWD 4JOMA 4B9VA 2W9BA 1YNYA 1X2IA 3UQ2A 4G7EA 4RQ1A 3H7IA 4C6CA 2ZUCA 5KFEA 2JZBB 4F5NA 4WBYA 2ZJ5A 4XA5A 5J2CA 4LT6A 4GC7A 2ZTDA 1V9PA 1CEZA 1ZQXA 1ZQBA 1PB0A 1V51A 1FWHC 3EPGA 2IBKA 4F4YA 1S9FA 3ZDAA 4F2SA 4F0RA 1WOTA 2BHNA 1MC8A 4KTQA 3MJMA 5KFYA 3RR7A 5DG8A 4YMNA 1UA1A 2WM1A 7ICTA 4ERIA 3TANA 3ZD8A 3RB3A 4I2BA 4B9MA 1KSPA 5KFJA 5KFVA 2PI4A 2M9NA 4JV0A 2IMRA 4QZAA 4O9MA 4CNSA 5KFQA 4UB3A 4PE8A 4TQRA 3GG7A 2PBEA 4ED2A 4EBKA 4C6IA 1A5NC 3AQNA 2KP7A 4IGMA 2P66A 2VA8A 3G6XA 3PAOA 2Z29A 3N2CA 1P1MA 4X4TA 4KLEA 4Q8FA 1TFRA 3RJHA 2D2GA 1EJXC 2MUTB 4J2MA 3ORYA 4M9JA 8ICSA 4ZH4A 3MDCA 1XO1A 3KHLA 3GQCA 4LCQA 4C6OA 1Y88A 3TAQA 3LY0A 3RBEA 3EZ5A 1JN3A 4R7WA 1QSLA 5HMMA 1YBQA 4NKUA 1IXRA 2MAXA 1I0BA 2DRAA 3SV4A 4RQ8A 4CQBA 4LH8A 1F5AA 1SZPA 3RBDA 4XD4A 4BJHA 7ICRA 1Z00B 4GX9A 1U4BA 2QT3A 5KG1A 3WYZA 4QWCA 4J9OA 4C6DA 4EYIB 3GV7B 4KLUA 3T8LA 4I6KA 3NTUA 4B3ZA 2ZTEA 4YG2A 1CUKA 4GY7A 2XY6A 4LANA 1GKPA 4IFKA 5KFGA 3BQ1A 5DKWA 3HJ1A 3EPIA 4ERGA 3HJ4A 4FH3A 4RQ3A 4GX8A 2RFFA 8ICTA 5HRIA 4RQ6A 5KFIA 4NM2A 4DFJA 3PY8A 2W9CA 5DG7A 4PH5A 3LWLA 2V4QA 2F1HA 2ZJ8A 2UZ9A 2XO7A 3TFRA 2JEIA 2HPMA 2KAUC 3UPSA 4PGQA 1D8YA 5KFHA 9ICTA 3D6NA 4IFKB 3UF9A 3GIQA 4C6JA 3R0DA 3EW9A 3CAKA 1T8EA 4PCPA 4CCHA 2AGPA 4LALA 3RH5A 7ICEA 1NDVA 4C6KA 2ZHBA 4DI9A 2QS8A 5J0OA 4RQ7A 2I9GA 3PX4A 3N97B 5CWRA 3BQTA 4KLIA 5CH9A 1B22A 4F5QA 4DFPA 4DQRA 4DOCA 3BQ0A 4HK5A 4P4MA 2HQAA 4XQ8A 4QW8A 4ECTA 2O4MA 4G2DA 4ED0A 2YB1A 4I2DA 9ICXA 5HRBA 3PW5A 4IRKA 4B91A 7ICOA 5KG2A 4PBFA 4QROA 5HMFA 2NRXA 2Y1JA 4M9LA 1U48A 5FSEC 2ZH5A 1PTAA 1T7PA 1MIWA 4J9SA 5IIJA 3H8JA 5KG3A 3GV5B 3T5LA 1NJYA 3NURA 4ECVA 3TFSA 2ZH9A 3M9OB 2BPCA 2KFZA 3TNBA 3OJGA 4RQ5A 3RRHA 2VHLA 2DFLA 4ED1A 4C6EA 1S77D 5KFDA 2GWGA 3ISDA 2AQOA 1S97A 7ICNA 4R88A 1HUZA 1UEVA 2BDPA 3M8RA 2BQRA 3JPQA 2Z2BA 5KFPA 4R66A 4ECXA 3C86A 3C2MA 5FSDC 3AQKA 4KLOA 4M9NA 5HMLA 2A1JA 1EJUC 1D9DA 2OQLA 1M68A 4ECRA 5J0PA 1S0MA 4IG8A 2FFIA 5HC9A 1V7AA 4AT9A 5HMEA 1JXEA 1A76A 2DVTA 3SO7A 1NO5A 4HA0A 1A5MC 1POJA 3HM7A 3ZDBA 3JPRA 5KFSA 4I2JA 5KT5A 4DSFA 1NK0A 1U45A 4EPEC 3GIMA 4EBCA 7ICKA 5CA7A 5HREA 4WC5A 2ISPA 1RA0A 2ASJA 3UPQA 4RNMA 4XD5A 5CHGA 3K4WA 4WCWA 4NLKA 2Z2AA 5KFWA 1N56A 4QZGA 3WFQE 3FDSA 9ICIA 3C5GA 3SI8A 3MBYA 2J6UA 3H39A 1FWFC 2HHWA 5HHHA 3IACA 4F4ZA 3V6HA 1Q79A 5DGBA 1ZQNA 1NJXA 4YVZA 5KG6A 4ED3A 3F4CA 3IGHX 4WC7A 1V79A 5KFZA 2WJEA 1FKWA 4ELTA 4C6BA 3RTVA 3SZ2A 4DL3A 4NM1A 2GWSA 5F9LA 2DR8A 3LK9A 3V6KA 3IJ6A 4O3QA 1YIXA 1QSYA 1TK8A 1SL0A 3M8SA 1TFWA 5HRGA 4FHWA 5BPCA 1BF6A 5HRLA 1P6BA 1QLNA 1W1IE 4NG3A 1L5UA 5HMDA 3QY8A 8ICBA 1P6CA 1ONXA 1NJZA 3T5HA 7ICGA 4UBPC 4YR0A 4PHAA 2Q0ZX 3RJIA 7ICHA 1YMYA 4C6NA 1EJTC 4RZRA 8ICJA 3JPOA 1AROP 4GY0A 3WFOA 4DF8A 3ISIX 4C6QA 1SKRA 1JGMA 4TUSA 4DFMA 3LA4A 2PGFA 3EWCA 3HT3A 3A4JA 1ZQHA 4DI8A 3MFIA 4KEZA 3MSRA 5E5CA 4F0LA 4Z6DA 2VC5A 2ZH6A 4I2FA 1KEJA 1GKRA 2PUZA 4BWMA 2PXIA 4RT3A 3PMNA 2YZ5A 4X5VA 4TUQA 1WCLA 8ICHA 3E2EA 4XD3A 3TN3A 4M6WA 3MGIA 2PFPA 4LAOA 4KN4A 1ITQA 4YIWA 1FWDC 4RQ2A 4F4WA 3OUYA 5J2EA 3H8WA 4YN4A 1EF2A 4FHVA 4J9MA 3ZDDA 5KFFA 2F6KA 3HX0A 9ICOA 4C6MA 4DQIA 2Z27A 1POKA 1O12A 4QZFA 1MIVA 4JUZA 3MKVA 4EZ6A 5KT7A 4R8UB 1RXVA 1WXYA 3C66A 4DLFA 7ICFA 4LZDA 1K70A 1JQRA 4QWEA 3BJYA 3Q8LA 2VC7A 4KETA 4H9ZA 4DS5A 2R8KA 5J2HA 4LZGA 5IIOA 3PNZA 4UBBA 4XUSA 3URQA 2ZHAA 4I2EA 3C21A 1BNPA 2AQVA 3URNA 4UD5A 2ZH3A 4KLMA 1O5RA 8ICMA 4IQTA 3OVGA 3MGHA 3PO5A 4GXIA 4PHPA 1D9FA 1YRRA 4ECWA 3TN6A 3LU2A 3IRSA 4QTGA 4GXWA 3S2NA 4KLSA 4H9UA 3MDAA 1U9LA 7ICSA 3HPOA 9ICSA 2BCRA 5J2JA 4IFOA 4X0AA 2PI5A 3F2CA 3MDWA 1ZQRA 1M65A 1OU5A 5DDMA 3E3HA 2JZBA 3MR5A 1RPLA 2PFNA 5KT6A 2A3LA 4AT8B 4KITB 4WC4A 4KLFA 4QZ8A 3H40A 2HHQA 4DZIA 2RAGA 1T4GA 1ADDA 3F4DA 3T81A 2KZ3A 2R8JA 2Q09A 4NLZA 5KT4A 1ZQFA 4WC3A 1R8AA 4NY8A 1EJWC 1FWEC 3TN4A 4ATBB 2Z7GA 1FKXA 2C2DA 4DYKA 3Q8KA 2OB3A 1ZJNA 3LGGA 4INFA 3PR4A 2M2UA 1S10A 1BNOA 4KN7A 3S2JA 4KLGA 1UIOA 1XSLA 1NKCA 3PMLA 2EG7A 4WGXA 2ADAA 4YMOA 1JAJA 1TFYA 2MUTA 4EYHB 7ICPA 4DQSA 7ICLA 3RB4A 5HRKA 4Q8EA 5DBBA 2Y1IA 5D46A 2R1PA 5J2FA 4DSJA 5DB7A 1KFSA 3H4DA 4B9LA 4EPDC 2XGQA 3MDUA 4RQ4A 1IM4A 5L9XA 5L1KA 1HUOA 8ICAA 2Z25A 3S2MA 1Z00A 4CQCA 1KRMA 4DQPA 1PZNA 4Z6FA 3BQ2A 4GY1A 4DEZA 1A5LC 2C22A 5KT2A 3PW2A 2ASLA 1S3TC 7ICUA 3C1ZA 4I28A 1A4MA 4UB1A 1L3SA 2EG6A 1TK0A 5J0UA 3H38A 3V7KA 4K4HA 3LSBA 2E1WA 3MVIA 2YB4A 4RUAA 1Z3EB 4BY3A 4P2HA 1DPMA 4JV1A 4J9RA 4WBZA 3RN6A 1NK5A 3T1GA 2BCSA 4WVXA 1DGSA 4RDWA 3GIKA 4YR3A 2HHPA 4I27A 4DOBA 2UVWA 4B92A 5AKQA 4XAGA 4DO7A 1ZQUA 3AU2A 3EYZA 1SKWA 1KCXA 2R8HA 4BDPA 5IIMA 2OWOA 2P6RA 1DK3A 4I29A 1MQ2A 4EZ9A 3UXPA 2HBVA 4QWBA 3PO4A 4MUPA 4J9LA 2G3FA 4X4VA 4IGNA 4ELUA 3LGDA 4E8FA 3UQ0A 4AT7B 4IFRA 3HIYA 4GLXA 2BGNE 4X4NA 3SV3A 3M9NB 4UD4A 4UQGA 4GXJA 4X4SA 1NK7A 4J9NA 4O3NA 3SYZA 1ZQOA 4B90A 4O5EA 1UT8A 9ICRA 3T5KA 2R1LA 3KHHA 3Q8QB 4B9NA 3QEBZ 3F2BA 2FVMA 5DBAA 5D4BA 3ID7A 1V77A 4TQSA 3JPTA 1A4LA 8ICFA 1U47A 5DLGA 4HJWA 3H37A 5C5JA 4XAFA 3OQEA 4KLQA 2YXOA 2KZZA 5J0YA 3TI0A 1VFLA 1KNYA 2KN7A 4J9KA 2VR2A 1HZYA 3MR3A 2JEGA 2Z4GA 4HYKA 1RA5A 2GOKA 4O5CA 8ICWA 4C6LA 1XWLA 1X9WA 4WC6A 4RWPA 4X4OA 3MPGA 2HHUA 4CEUC 3UXNA 1L3UA 3HP6A 3GU9A 2DR7A 4YD1A 3NGDA 3JPPA 5CR0A 3HPAA 2M2VA 4DL2A 4J9PA 2ATLA 2VA2A 1FWBC 4PGXA 2WTFA 4DL5A 3UPMA 4ERAA 4EP8C 4NI8A 2AMXA 4FO6A 1NKBA 3FYHA 4UB5A 8ICGA 2FLPA 4MF2A 3K75D 3HW8A 1BPEA 4QS5A 4QZ9A 4LVSA 4S3NA 1NKEA 4LCRA 3GRIA 2E25A 1TK5A 2Q01A 2R8IA 4KQNA 3WFPA 4QRNA 5EWGA 3V7LA 3AQMA 2R8GA 2DR9A 3LQCB 9ICGA 1XC9A 3FEQA 5IIIA 4F0SA 5BOLA 4YFKA 1K1DA 5DQIA 4NKTA 3QY7A 4L9XA 3OVBA 1BVSA 4F2RA 4PPXA 3V6JA 5DGAA 1UT5A 4R65A 1V4YA 4E7XA 5DEDA 4MF8A 4Q44A 3QEAZ 3GIJA 1H38A 2KTQA 4RNNA 2BCVA 3B40A 1RZTA 5L1LA 4UB4A 3Q8SB 3V7JA 4ECYA 2Q66A 8ICYA 4XAYA 1R89A 3O0FA 2ZH4A 3GU2A 1NZPA 3OOQA 2UVVA 4RPZA 2F1IA 3V7PA 5KFCA 2C28A 5KT3A 4LAMA 4Z42C 5DLFA 4JWMA 4F92B 5DQHA 4M04A 1R9XA 1S0VA 3G6YA 4EBJA 2B21A 1ZQLA 3C2KA 5TZVA 5L1IA 1JMSA 4B9UA 2FTWA 4F3OA 4ICMA 1K1SA 1GKQA 1K1QA 1NDWA 4X4QA 2ID1A 1MIYA 2BR0A 1ZQCA 3ZD9A 4RWQA 4E0DA 3OODA 1ZJMA 3MABA 4EBEA 4RPYA 2O4QA 2FVKA 5DB6A 3GFKB 4F93B 2C2EA 4BKNA 3UXOA 4DSIA 5KFTA 1DK2A 3EWDA 4IQUA 1FWAC 1XSNA 4H9YA 3PW7A 2HBXA 2J6TA 2W8KA 2AU0A 4JK1A 4IH3A 9ICMA 3OJSA 3NYBA 3LSCA 4DSKA 4R64A 4D8LA 5HNKA 1PO9A 4OFCA 2QVNA 4UBCA 4RWNA 5J0QA 4C8LA 9ICBA 3PBMA 1RYRA 2ZH8A 1J5SA 2ZJAA 5HHIA 2W9MA 4KLDA 4M47A 2CZVA 1HJPA 5D49A 2F1JA 2XCAA 2IA6A 4ECQA 3BDPA 2HHVA 2XY5A 4R8UA 4UAWA 1VJ7A 1B43A 7ICVA 5KFAA 3QY6A 3A3XA 4KEVA 5HRFA 3THVA 3TN5A 4EPKA 4HK6A 2UVRA 4H9VA 1EJRC 1UEUA 3WFRE 3E0FA 4E3TA 3RH4A 1ZQZA 2J6SA 4EBDA 5J0SA 1LV5A 4M9GA 2BKEA 2BQUA 2DVIA 1TAQA 2JEJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KES A;  5HR9 A;  4F5O A;  4DLE A;  1NJW A;  1XSP A;  4J5N A;  2ZUB A;  9ICN A;  1L3T A;  4WC0 A;  5HRD A;  2BPG A;  4RPX A;  4DS4 A;  4F91 B;  4O0I A;  2KZM A;  2VM8 A;  3RRG A;  2R1M A;  4Z6C A;  1SL2 A;  4HK7 A;  1R9Z A;  4B9T A;  4M6W B;  2PFO A;  3ETL A;  4ECZ A;  3IAR A;  3MVT A;  3OUY B;  3ISB A;  4DSE A;  4NP7 A;  1KDH A;  3GTX A;  2XGP A;  4V1Y A;  3OHB A;  1R8B A;  4RZB A;  3GIP A;  3UR2 A;  5KFU A;  4YXM A;  4UAY A;  1K6W A;  1X9S A;  2HVH A;  3RJG A;  1ZQV A;  3E0L A;  3FDG A;  2BB0 A;  3JPN A;  2Z00 A;  3RJK A;  2D2J A;  2RDJ A;  4F4X A;  1Q78 A;  2QPX A;  5J0T A;  1UIP A;  3L9D A;  4GZ7 A;  3B0X A;  4IQV A;  2JEF A;  2FMS A;  2FTY A;  4YP3 A;  4AC7 C;  3PNU A;  3IV8 A;  4KLT A;  1M7J A;  5KFB A;  3UR5 A;  2BCQ A;  4UB2 A;  1KRC C;  4QZD A;  2FMQ A;  4IR9 A;  4GOA A;  2HW3 A;  4KLL A;  3JZE A;  1L3V A;  1EYW A;  3RYS A;  3DUG A;  1ZET A;  2BGW A;  4P4O A;  4KEU A;  5KFM A;  4RE0 A;  1RAK A;  2P6U A;  4M51 A;  1ONW A;  3GTH A;  5DBC A;  4G3I A;  4XD6 A;  1ZZM A;  1V4A A;  1MSW D; 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 2O5A A;  1FWC C;  4IG2 B;  8ICC A;  2OGJ A;  4LAK A;  4YD2 A;  3GTI A;  4AQL A;  2GSE A;  1ZQD A;  2IHN A;  4M5D A;  4Q45 A;  1ZQA A;  4KF1 A;  8ICE A;  4F8R A;  8ICZ A;  1ZQG A;  4EPB C;  8ICU A;  5KFN A;  4J35 A;  8ICQ A;  1LB2 B;  4RU9 A;  4X0B A;  5J29 A;  3G77 A;  3GDX A;  2ZC1 A;  4K4G A;  1TVA A;  1ZQE A;  1J6O A;  4ZST A;  1TAU A;  4I2H A;  3EGJ A;  2I1Q A;  2HHS A;  3MTW A;  3RCM A;  1BPY A;  4MEX A;  1ZQP A;  3JPS A;  4YQW A;  3K4G A;  1BPX A;  1RK5 A;  2O1P A;  4RDV A;  2ANU A;  4KIR A;  7ICQ A;  1PX5 A;  2M2W A;  3DC8 A;  3HTW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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