The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
130
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sequence length |
431
|
structure length |
417
|
Chain Sequence |
MQIFRDVSKLLVERVDPKILNLFRLLGKFGDEVNMPVYVVGGFVRDLLLGIKNLDIDIVVEGNALEFAEYAKRFLPGKLVKHDKFMTASLFLKGGLRIDIATAEMSTIKKDLYRRDFTINAMAIKLNPKDFGLLIDFFGGYRDLKEGVIRVLHTLSFVDDPTRILRAIRFEQRFDFRIEETTERLLKQAVEEGYLERTTGPRLRQELEKILEEKNPLKSIRRMAQFDVIKHLFPKTYYTPSMDEKMENLFRNIPWVEENFGEVDRFYAVLHVFLEFYDDESWKEVRDRYSLRRNLINEIRHVEKSAPALLEMLSERVPASFVYPLVKGVSNETICHFLAYLSGEKEGLFKSYLLKIKNTKLEKINGEYLIRKGITSGKIIGEVLEKILMKKLDGDTRDEEEILEEVLASLETEGKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Mechanism for the definition of elongation and termination by the class II CCA-adding enzyme
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Thermotoga maritima
|
molecule keywords |
TRNA nucleotidyl transferase-related protein
|
total genus |
130
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structure length |
417
|
sequence length |
431
|
chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature |
ec
2.7.7.25: Transferred entry: 2.7.7.72. |
pdb deposition date | 2009-04-16 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01743 | PolyA_pol | Poly A polymerase head domain |
A | PF12627 | PolyA_pol_RNAbd | Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Hydrophobic Seed Protein | Hydrophobic Seed Protein | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V72 A; 2PFQ A; 8ICL A; 3HW8 A; 3RJF A; 4RPY A; 9ICN A; 4IQW A; 3RJK A; 4KLF A; 3JZ0 A; 1F5A A; 5IIO A; 4F5O A; 4NLZ A; 1ZQW A; 4KLE A; 7ICO A; 3UQ2 A; 3HX0 A; 3HIY A; 4AT8 A; 4RQ2 A; 5J2I A; 3JPS A; 1ZQN A; 5DDM A; 4PH5 A; 9ICA A; 3L9D A; 5HRB A; 4I2A A; 4X4U A; 4O5E A; 4M9H A; 3OVB A; 3UXP A; 1PX5 A; 4WC2 A; 5J2F A; 5J2C A; 4PHA A; 2FMQ A; 5HRF A; 4KLG A; 3MGI A; 2M2V A; 3WFP A; 4YD1 A; 9ICG A; 4RWQ A; 5HRK A; 4FH5 A; 4RWO A; 4XQ8 A; 4F5Q A; 1ZJM A; 3OUY B; 8ICE A; 5D49 A; 8ICX A; 5CP2 A; 1UEV A; 4RQ7 A; 3PMN A; 9ICK A; 4NKU A; 4KLQ A; 4PGX A; 2BPG A; 3AQN A; 3RH5 A; 1BPX A; 4KLL A; 4GXJ A; 4F5R A; 4PHE A; 3RJJ A; 4ATB A; 4X4P A; 7ICV A; 4UD5 A; 1ZQU A; 3OV7 A; 1ZQO A; 3UXN A; 3C5G A; 5IIJ A; 5J2E A; 1UET A; 4E8F A; 1XSP A; 1UEU A; 4QZB A; 2ID1 A; 2Q66 A; 1JN3 A; 2ZH3 A; 5EOZ A; 5IIN A; 3TFS A; 2ZH9 A; 5J2H A; 3OVS A; 7ICE A; 3MGH A; 2BPF A; 3JPQ A; 3MDA A; 2BCS A; 1ZQD A; 1Q78 A; 2RFF A; 2DR7 A; 4YMN A; 5HRH A; 4RQ0 A; 4R65 A; 4YCX A; 2DRA A; 1MQ3 A; 1ZQF A; 7ICL A; 4I29 A; 4WBZ A; 3AU2 A; 1ZQC A; 3JPT A; 9ICT A; 4TUP A; 2O5A A; 1BPE A; 1MIW A; 7ICU A; 4RQ3 A; 3HWT A; 8ICW A; 5HR9 A; 1ZQP A; 4AT9 B; 4QZ8 A; 4EP7 A; 4I2I A; 5DBA A; 5DB8 A; 9ICE A; 5J29 A; 4K4I A; 2PFN A; 7ICG A; 2ZH8 A; 4XQ7 A; 1XSL A; 2PFP A; 4M9J A; 3AUO A; 8ICT A; 2VAN A; 4I2F A; 4I2C A; 7ICM A; 1ZQM A; 2FMS A; 2GWS A; 1ZQA A; 1BPB A; 5HRG A; 4UAW A; 4KLD A; 1VJ7 A; 4UB5 A; 8ICP A; 4DOC A; 2DR8 A; 3LK9 A; 1MIY A; 1ZQH A; 1WOT A; 4S3N A; 4KLI A; 4NLK A; 2PFO A; 1ZQZ A; 4FO6 A; 4UBC A; 3RJG A; 4Z6C A; 3H37 A; 4PHP A; 1V4A A; 7ICH A; 1TFW A; 2BCU A; 3JYY A; 2ZH6 A; 4RPX A; 8ICS A; 4M5D A; 3C2K A; 9ICI A; 4AT7 B; 3JPO A; 4WC3 A; 4FHX A; 4PPX A; 9ICH A; 5IIM A; 4JWN A; 4F5N A; 4K4G A; 2M2U A; 5DKW A; 4IQU A; 1ZJN A; 8ICZ A; 5DED A; 4X5V A; 4LVS A; 4NKT A; 1ZQY A; 3ISC A; 8ICC A; 8ICG A; 4M2Y A; 4RPZ A; 1TVA A; 7ICQ A; 5HHH A; 8ICA A; 4UB3 A; 4GXK A; 1KDH A; 5HRI A; 4I27 A; 4QZH A; 4Z6F A; 5HRD A; 4UBB A; 3RJH A; 5HHI A; 3ISB A; 8ICK A; 7ICJ A; 1RPL A; 5F2V O; 3AQK A; 4E80 A; 5IIK A; 5BPC A; 1ZQG A; 4NM2 A; 4E7X A; 4LZD A; 5J0X A; 1ZQK A; 1JAJ A; 5J0T A; 1XSN A; 4XUS A; 1ZQB A; 4RQ8 A; 1JMS A; 4RT3 A; 5CWR A; 4UAY A; 5J2G A; 4X4S A; 3LQC B; 5IIL A; 3RJE A; 9ICS A; 4NXZ A; 1HUO A; 5HRE A; 2M2T A; 5TZV A; 1MIV A; 5DB7 A; 8ICU A; 4M04 A; 9ICQ A; 4I2D A; 4I2H A; 3OUY A; 4LT6 A; 9ICC A; 5CHG A; 8ICN A; 2DRB A; 1BPY A; 4KLU A; 1ZQI A; 5D4B A; 3HJ1 A; 4FHV A; 3AQL A; 5DB9 A; 9ICL A; 5J0O A; 4X4N A; 3JPR A; 4WC4 A; 4X4R A; 4X4T A; 1TV9 A; 3V7K A; 4WC1 A; 4FHY A; 8ICY A; 1R8A A; 4WCW A; 4QZI A; 4RQ4 A; 4QZG A; 1KNY A; 4WC5 A; 5DBC A; 4UAZ A; 4P4M A; 5J2K A; 1Q79 A; 8ICF A; 7ICF A; 5CA7 A; 4FHP A; 4P4O A; 5J2A A; 1ZQL A; 2ISP A; 4MFA A; 2BCR A; 1KEJ A; 2BCV A; 2I9G A; 4JWM A; 5HRL A; 4KLM A; 2BE3 A; 3OGU A; 7ICP A; 3AQM A; 9ICV A; 5J0U A; 9ICB A; 1BPZ A; 4PGY A; 1BPD A; 3WFQ E; 5DEC A; 3JPN A; 3B0Y A; 4AT8 B; 4F5P A; 8ICV A; 3WFR E; 1ZQV A; 4MFF A; 5J2J A; 2ZH1 A; 1ZQT A; 2ZH2 A; 1MQ2 A; 3UPQ A; 3TFR A; 4RQ5 A; 4M9N A; 2ZH4 A; 4Z6D A; 3C66 A; 4PHD A; 8ICQ A; 4NLN A; 9ICR A; 4AT9 A; 4NY8 A; 2ZHB A; 9ICW A; 4X4Q A; 4WC0 A; 4EBJ A; 4RQ6 A; 3H38 A; 4RWN A; 2IHM A; 4QZA A; 4X0B A; 4TUS A; 4O9M A; 2BCQ A; 8ICJ A; 4MFC A; 2PBE A; 4TUR A; 4NM1 A; 9ICF A; 3MDC A; 4GXI A; 8ICH A; 5J0W A; 3UQ0 A; 4I28 A; 4KLJ A; 4ATB B; 1R8B A; 4EBK A; 2O1P A; 4UB4 A; 8ICO A; 4IQV A; 4KLS A; 3GDX A; 4DO9 A; 1ZQQ A; 4UB1 A; 9ICO A; 1TFY A; 4XA5 A; 2ZH7 A; 4IG8 A; 5III A; 5CJ7 A; 1ZQS A; 4QZC A; 5BOL A; 1RZT A; 1OU5 A; 4YN4 A; 5DBB A; 4MF2 A; 2M2W A; 3UXO A; 4YD2 A; 3NYB A; 5D46 A; 3V7J A; 1ZQE A; 3JPP A; 2DR9 A; 4KLO A; 7ICI A; 4AT7 A; 5J2D A; 4QZD A; 3RH4 A; 4O5C A; 9ICM A; 1HUZ A; 5BOM A; 3RH6 A; 1ZQJ A; 4RWP A; 4PGQ A; 1R89 A; 4RQ1 A; 3C5F A; 3MBY A; 4P4P A; 1NO5 A; 7ICN A; 2P66 A; 4WC7 A; 2HHP A; 5J0Q A; 7ICT A; 9ICJ A; 9ICX A; 3PNC A; 4WC6 A; 4UD4 A; 4TUQ A; 1ZQX A; 5CB1 A; 3ISD A; 1JQR A; 4KLH A; 4X4O A; 4K4H A; 5J0Y A; 4I2J A; 4X0A A; 4M9G A; 8ICB A; 4UB2 A; 4KLT A; 4YMM A; 4P2H A; 1VFG A; 2ISO A; 4QZE A; 1R8C A; 2FMP A; 4M0A A; 2W9M A; 4X4V A; 9ICP A; 1ZQR A; 3H3A A; 4Z6E A; 7ICK A; 5DDY A; 4LZG A; 4I2G A; 8ICI A; 5J0P A; 1YLQ A; 3HJ4 A; 4XRH A; 2PXI A; 4R64 A; 2ZH5 A; 4RT2 A; 4R66 A; 4I2B A; 5CR0 A; 5J0R A; 3OVA A; 3AU6 A; 5HC9 A; 3WFO A; 4QZ9 A; 3WFS C; 4IQT A; 5J2B A; 4WBY A; 4M47 A; 1NOM A; 4YMO A; 4DOB A; 2BPC A; 4FHW A; 1FA0 A; 3PML A; 2DR5 A; 7ICR A; 3V7L A; 5J0S A; 4I2E A; 2DVI A; 3C2L A; 3C18 A; 4DOA A; 3RJI A; 3UPS A; 4QZF A; 3B0X A; 4O5K A; 4M9L A; 5DB6 A; 7ICS A; 4R63 A; 3H39 A; 2ZHA A; 8ICR A; 3K75 D; 2NRK A; 3C2M A; 8ICM A; 9ICU A; 4MF8 A; 4FH3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XQ3 A; 3GA9 L; 3RJF A; 3RJK A; 4HGK A; 2XM2 A; 4F5O A; 2BXP A; 3UTK A; 1QLB A; 3UQ2 A; 2NTY A; 2BXN A; 5J2I A; 4AIS A; 5DBY A; 1ZQN A; 1YQ3 A; 3JC6 D; 4ASK A; 9ICA A; 2A9U A; 5HRB A; 3AEC A; 3OVB A; 1BFA A; 4GYS A; 2FMQ A; 4LMJ A; 1US7 B; 5AQQ B; 4ERR A; 5LB7 B; 2ACX A; 5CFB A; 2G0U A; 4DUZ T; 4TNW A; 5D49 A; 9ICK A; 1HYP A; 5AQN B; 4KLQ A; 3V03 A; 2BZB A; 3WAJ A; 2WQY A; 3EAB A; 1J7E A; 3BPJ A; 5J1G A; 5ABF A; 4JEH B; 4X4P A; 4H9N C; 3TLS A; 3UXN A; 4IIJ E; 4OTT A; 4CXX A; 4CI1 B; 1G73 A; 3FHN A; 2K9A A; 3SRZ A; 3UUB A; 5IIN A; 1N89 A; 3E22 E; 3TFS A; 4HWD A; 1VZS A; 1FK5 A; 3N9P A; 2BPF A; 1HX8 A; 5IIU A; 3MDA A; 2UUB T; 2KWI B; 4XAX B; 1YKE B; 5BMV E; 1Q78 A; 4KM5 A; 4EIW A; 3PHZ A; 2DR7 A; 2V1D B; 2VUR A; 4RQ0 A; 2GUT A; 4YCX A; 2KIN B; 2DRA A; 3T1H T; 2BXA A; 2UUC T; 2LSY A; 3KDS E; 9ICT A; 3CVR A; 4AI6 A; 1BPE A; 4HN9 A; 3HWT A; 4ANJ A; 3VKH A; 1YKH B; 3RRW A; 1ZQP A; 2DG5 A; 2OV9 A; 4AT9 B; 2XHE B; 2PTF A; 4QZ8 A; 5EZY E; 1BWO A; 3K3O A; 3PUV F; 3NKZ A; 3V5U A; 2AE9 A; 3A8Y C; 4U2Z A; 4ZHQ E; 2CMR A; 3WHS A; 4CXY A; 1BKE A; 1XSL A; 4M9J A; 1PSY A; 3FWC C; 1TMQ B; 2JJ9 A; 2EHO B; 4BJM A; 2VAN A; 2VQE T; 4I2C A; 3NZQ A; 4DR1 T; 4PFO A; 5CA0 E; 2BG9 A; 3GWH A; 4KLD A; 8ICP A; 1D0X A; 4MAL A; 3LK9 A; 4LF8 T; 1BR0 A; 1ZQH A; 1W0B A; 4NXU A; 3MAC A; 1OED C; 3M3Z B; 3CML A; 4LF9 T; 4NLK A; 4QKN A; 4OFZ A; 4YSZ A; 4E7S A; 1YW0 A; 4ZI3 D; 3OWG A; 4N3Z A; 2IML A; 3QK6 A; 1KXP D; 2DHR A; 5HYA A; 3NKU A; 2V26 A; 2PJQ A; 3RJG A; 1XWM A; 1V4A A; 3JYY A; 2NR4 A; 4TV8 E; 3C2K A; 2V7L A; 3O1H A; 3PUX F; 3JPO A; 3S4U A; 4HWI B; 2XSI A; 4F8H A; 4WH5 A; 2W0G A; 3CX6 B; 5KDM C; 3VQI A; 5LMU T; 2X9X A; 1D1C A; 4LVS A; 4COF A; 1E7E A; 4AKG A; 3C4Z A; 4RPZ A; 2KLQ A; 3GN5 A; 2X0Y A; 3SIU B; 5HHH A; 4L9Q A; 1T72 A; 4IE7 A; 5HEU A; 4GXK A; 3SFE A; 1W09 A; 1UOR A; 5HRD A; 4UBB A; 4YXD A; 4E80 A; 4ILC A; 4KP3 C; 4LUH A; 2LM2 A; 5FUO A; 4H9O C; 3R84 B; 5GHK A; 4RQ8 A; 1JMS A; 4UAY A; 1GQE A; 5J2G A; 3RJE A; 2BKP A; 4N7R A; 3LFM A; 3RQW A; 5H6Q B; 4DMV A; 4CXW A; 1HUO A; 3FZK B; 3UUX B; 4OT2 A; 5HRE A; 2XY8 B; 5AQU B; 2J1D G; 5TZV A; 3MKD A; 2XMO A; 4ZZC A; 1MIV A; 4H9P C; 5DB7 A; 4X1Y E; 5FY0 A; 2RKN A; 3KFW X; 4I2D A; 4JBW F; 9ICC A; 4H63 H; 3ERC C; 3MXZ A; 3HL6 A; 2B5S A; 1BPY A; 1E7F A; 1XNQ T; 1ZQI A; 1S6D A; 1KDX A; 2E5L T; 2D9D A; 4DHX B; 3JPR A; 4X4R A; 1TV9 A; 4O68 A; 4LEY A; 1GPJ A; 3KV4 A; 4EB6 E; 4WCW A; 4QZI A; 4IT4 A; 1KNY A; 4BJN A; 5CA1 E; 4P4M A; 2DLR A; 1Q79 A; 2X51 A; 2W4X A; 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3OKQ A; 3FXD B; 2RA1 A; 2BXB A; 3UU5 A; 1HUZ A; 2SPC A; 3RH6 A; 2Q9Q A; 2W67 A; 3NWI A; 2CRB A; 5LGT B; 3I1A A; 2CXD A; 1KNP A; 1OXZ A; 3E08 A; 2WBL A; 7ICN A; 2P66 A; 1LNS A; 5D7G A; 5JQG E; 4WC6 A; 2N2Z A; 5HXC A; 5J2T E; 4UD4 A; 4F5T A; 4O4L E; 4O2A E; 2DBX A; 5CB1 A; 5CJ5 A; 1JNR A; 2XM1 A; 1BV2 A; 2CHO A; 2MAL A; 1AO6 A; 2XQ9 A; 2F4V T; 5LHG B; 2WS3 A; 3ZC1 A; 2CA5 A; 4X4V A; 1FK3 A; 9ICP A; 2XQ6 A; 4CI3 B; 5DDY A; 1Y64 B; 3FZH B; 4I2G A; 2UXD T; 2XSB A; 4NUV A; 4RT2 A; 1YD8 G; 5CR0 A; 3OVA A; 1MID A; 2YKS A; 4ZOL E; 3AAI A; 2MOZ A; 2NW7 A; 2LSG A; 2XAG B; 5KXJ A; 5HC9 A; 2OLT A; 5AQP B; 3A5X A; 2BXD A; 1NOM A; 3ER8 C; 2K24 A; 2HPL A; 4FHW A; 2JQ9 A; 2JRK A; 5AQV B; 4P1N A; 3V7L A; 4UIG A; 4I2E A; 3ZCI A; 3C2L A; 4M9L A; 4R63 A; 2WDR A; 3H39 A; 4ZBK A; 2XVQ A; 5HEH A; 4GOU A; 5AQO B; 2XAJ B; 8ICL A; 4JLE A; 3HW8 A; 1AJ3 A; 3JZ0 A; 4ZI2 C; 4AQY T; 3QB5 K; 1FK2 A; 3P7I A; 1F5A A; 2VB6 A; 4ZC6 A; 5JTG A; 7ICO A; 4UR9 A; 1IZN B; 1GNJ A; 3V5S A; 2MTQ A; 4RQ2 A; 4GKK T; 2LVF A; 2ZM2 A; 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