3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
8ICEA 1W7PD 1U6GA 2DPDA 3U2RA 1BI3A 3BOQA 3J80K 4RB3C 1AWCA 5BS6A 3WTYC 2IP2A 4QZEA 5J0TA 4YFNF 1ZQRA 5HVQC 5J8FA 1NOMA 2L4AA 5L3DA 4KLJA 4QZGA 1OPCA 1VFGA 7ICKA 2WC2A 4H0EA 1PUEE 1IN4A 3F8MA 4X4TA 5E18F 3QPHA 5D6FA 3HOTA 2BPFA 1O57A 1HSJA 2QVOA 2NRKA 3R61A 3C8GA 3UQ2A 1UHWA 3WTWC 2IVMA 3C8GB 3MQ0A 4MFFA 1IZ1A 3ISPA 9ICBA 2DO7A 2VBWA 2ZH7A 3GWZA 4L5JA 6PAXA 1FWZA 2ZH2A 3CUQA 3U3FA 2DRAA 4PZJA 4M74A 3MWMA 2IRFG 2LSOA 4R1HA 3CUQB 3ABUA 4LZGA 8ICAA 1YO5C 5DDGA 4KLUA 2IW5A 5HREA 4M9GA 1TQIA 1ZQVA 1MIYA 1W5TA 3AU6A 1J7KA 4FO6A 4ZZLA 5CVJA 2X0LA 7ICQA 1ZG1A 3IC7A 4PGYA 3V7RA 2VXZA 4KT5C 4E8FA 4I02A 2QLZA 2TDXA 2GXGA 3TO9A 3TFSA 3BROA 2DVIA 3R6SA 1ZQYA 4EJOA 3C2MA 2BE5F 4AWXB 1JE8A 4KLLA 1HSTA 5J0SA 2FEZA 3ISDA 5E1ZB 1K7AA 4CZZA 2PMHA 4Q48A 4FHXA 3H38A 4RQ6A 3WU0A 1ZAOA 3FXQA 2M1BA 1P4XA 4FHWA 1A04A 1BC7C 4JBAA 2KKOA 2EV6A 1B9NA 2A6HF 4GYIA 3Q5FA 4S05A 3TO7A 3MBYA 2EFNA 4XSXF 3E5QA 3I53A 1JN3A 1ZQTA 1R5GA 4GYGA 3RJKA 5DBBA 8ICWA 1LB2A 4LLGF 4P9UA 4BYYA 4IVNA 1XGNA 2WWYA 4RB2C 4U88A 5DBCA 2PFQA 3ISBA 5LHIA 3JSPA 1XDUA 5EEGA 1YFHA 5J0QA 2JPCA 4Y15A 1DPRA 2HSBA 3C5FA 2ZMEB 4I27A 2ZHAA 3JAMK 2XKPA 4FH5A 2VOPA 3I71A 2NYXA 5IT3A 3WTUC 2M2TA 3KLOA 2YX4A 3L8IA 1O3UA 1WWPA 1ZYRF 4MTEA 1XMKA 3CO7C 8ICXA 1JGSA 4MEXF 4P4PA 1QPMA 4BQAA 5TZVA 1U5TC 1O7FA 2QZ8A 5FD5A 3V7LA 5K5RA 1V4RA 1T38A 4EJVA 5JFRA 1O3RA 5DB7A 1KQ8A 1BPBA 1BPYA 1KU9A 4PHEA 4YD1A 4ASNA 3KCCA 3RJPA 3HIYA 5FFZA 5LGTA 2QQ9A 4UAWA 1YW7A 1K40A 1R1VA 2HYGD 5FD6A 9ICOA 3T5XA 2O6GE 2M30A 3LWFA 1LQ1A 2NAZA 2EWNA 3F6VA 2KK1A 2CFXA 9ICHA 2RGVA 2IHMA 3GFJA 2OZUA 1BI1A 3LQQA 5KK1A 3KETA 3G3ZA 5HRLA 5J8CA 1K04A 4XEVA 4RWNA 4CDGA 2V1UA 5DDYA 2GZWA 3PQJA 1ZQFA 5JVTA 1T2KA 4FX0A 5DECA 2OAZA 5K1YA 2P7CB 2PFBA 3E97A 4L9JA 2XGXA 1J59A 3E6DA 2GWSA 2OBPA 3WGGA 1FBUA 3WGHA 4NKTA 2K4JA 4ENKA 8ICTA 2D1VA 3EDPA 3LQRA 7ICTA 1WQ2A 3T0YA 4R66A 1S6LA 4YFKF 1FSEA 3ISCA 4IF4A 4F5PA 1XDSA 1W7PA 3PMLA 3Q9VA 9ICTA 1I1GA 9ICJA 3HW8A 5AIPA 2F5EA 1OR7A 4RGXA 1ZG3A 2FF4A 1ZQHA 5CJ9A 1U2WA 1TQPA 2K86A 2JT1A 4MF8A 1FX7A 2M5WA 1O3SA 4A6DA 4NM1A 4UV9A 1YS6A 1U3EM 3P7NA 3TDZC 3VEPA 4DNCA 4LGWA 4K2EA 2ZO4A 1DDNA 5DCMB 1JQRA 1D8JA 1BPDA 1JHHA 4GGGA 4JK1X 2J5OA 2D2WA 1SFXA 3DV8A 2HZTA 2P5VA 3O6BB 1XGOA 3CO6C 4LB6B 2ZNZA 4DOBA 2MA3A 2CGPA 2E7WA 3BDDA 1HW5A 3C18A 4XRHA 5J0WA 2RKHA 2P4WA 3HX0A 1IN7A 4A12A 3DXJF 4CICA 3W6JB 1H9TA 4HF0A 5ICEA 3AQNA 3VODA 3IWFA 2P66A 5D5XB 2DU9A 4DQ2A 2FBHA 2R7DA 4CXFA 3K9TA 2CG4A 5DD8A 1Z6TA 2ESNA 3JPTA 2RFFA 8ICFA 4IQWA 2ZH5A 1IUYA 3QP5A 4EQQA 3MGHA 1T39A 1FP1D 8ICMA 3HWTA 9ICQA 4P55A 3JZ0A 3FZVA 2W84A 4KLIA 4E80A 3KP3A 4KNYA 1LVAA 3CLOA 3TKYA 2YX7A 4OMYA 3BJOA 3K0LA 2Y75A 5AIQA 4U0VA 3L9FA 2D45A 2JPBA 4AIHA 3UXPA 1L3LA 2L02A 4F5QA 3DP7A 5DDMA 5LBQA 5E8GA 4GXJA 4X4PA 2P8TA 2HYFA 4OMZA 2G7UA 3BRJA 4RS8A 4WK8F 4CO8A 2Z5UA 4RWOA 1C0WA 5E1WA 4RQ0A 4YMMA 3RH6A 1S29A 2ISYA 3FHZA 2ZBKA 1ODDA 1TFYA 8ICVA 5ILSA 1QBJA 5ERIA 4KLMA 2XAJA 5DKWA 3EETA 3JW4A 2VODA 4UB1A 1P6RA 4MGRA 1X3UA 2VOOA 3V7CA 4LD5A 1VTNC 4KMFA 1Q79A 3FXUA 4U0YA 2M2VA 3UQ0A 4ENJA 7ICNA 1R1UA 2UXXA 2NNNA 4A0YA 5LHGA 1G4DA 1FSHA 2DR7A 1ON2A 5HLIA 3V72A 1UFMA 2ZH4A 2XUBA 3WTSC 1CGPA 5AONA 1ZQCA 3REOA 2O5AA 5F2VO 1F5AA 2HS5A 3E6MA 2COMA 4L9TA 2DAOA 4D0PA 3EUHA 3GLXA 4Q5SF 5CYVA 3T8RA 2XAHA 2ZCWA 3KFWX 4M9LA 4LG0B 5LGNA 2ZNYA 3BY6A 1S3JA 3ZQ7A 3V7KA 4WCWA 4NM2A 1Z9CA 2XV4S 1PP8F 1MZBA 2DRBA 2DI3A 4RT3A 2JPUA 4Z6CA 4IQVA 3QRFF 2RC4A 4TURA 4A2UA 2LF8A 3UPSA 3HRSA 4Q47A 5HHHA 3TULA 1YIOA 4WC0A 2HR3A 1OMIA 4EJWA 2XASA 4XLPF 2EK5A 4ZYDA 8ICGA 1KU3A 3GM3A 4K4IA 3L7WA 3PNCA 4ATBB 1ZLJA 3EQLF 3RH4A 2JX0A 4NHJA 1XSNA 3VB2A 4WXCA 1BI2A 4O5EA 1JOGA 5D4SA 2ZHBA 3ZN1A 1GVJA 1BBYA 2VC1A 5J2KA 2L6HA 4N9HA 1GXPA 4OOIA 3TDUC 3FX3A 1HKTA 4P5OA 1G6NA 1ZQPA 8ICLA 4RAZA 5ICCA 5A2QZ 5HRIA 4HW0A 1XN7A 2EFOA 8ICHA 4BXUA 3P9IA 3K7DA 2E1CA 2PN6A 2ESHA 4FX4A 4IHSA 4I29A 4UBBA 1STZA 5J2DA 4M9HA 2YR2A 5IIJA 4AT9A 1MD0A 1WWXA 1K6OA 2GIVA 2VE9A 1FOKA 4M2YA 3RYRA 3KP5A 4U0WA 3TOAA 2ZH8A 1DUXC 2FXAA 3JPSA 3JPPA 2DLLA 3K1MA 1KYWA 2QENA 1ZQGA 3WFQE 1ZLKA 5DB6A 2PEXA 4FHTA 3L9DA 3FMRA 5CWRA 4M9XA 2J5PA 3ULQB 3FXRA 4OIQF 3WG9A 5FLXK 1E2XA 1ZG5A 4L9NA 2F5CA 1XSXA 4IRHA 4QLCU 4ESJA 3HIFA 1R7JA 3MAJA 4KLSA 3L00A 5F64A 4I2EA 2VE8A 1ON1A 2DK5A 4X5VA 4O5KA 4EMSA 2BE3A 2GQQA 2DPUA 4X4UA 3WU1B 4M9SA 4YN4A 2V1DA 4R65A 5J0RA 3C3WA 2ISOA 4OU0A 1USTA 1B59A 4G7OF 9ICPA 4N0BA 1IAWA 2CSOA 4I2HA 2Q0OA 4QWQA 3GX4X 3SXYA 3ZMUA 2MLGA 3AQLA 1B9MA 3FF5A 5HS7A 4LZDA 1MGTA 3DQVC 8ICOA 8ICSA 5F1RA 4WXHA 3LAPA 5D5WB 7ICMA 4Q4ZF 9ICGA 1LDJA 3RJEA 5HS8A 4R63A 4IRIA 4M5DA 2CWEA 3R4KA 1IN8A 1OKRA 2Z3YA 2FA5A 4TUPA 4MHGA 4RPXA 1ZARA 2PG4A 2FMLA 9ICSA 1YYVA 5BPIA 3DF8A 3JPNA 2QQAA 4I2BA 4MNUA 5J2JA 4I2GA 4I2IA 3MFKA 3T1BA 2W85A 3QU6A 1EH8A 1MJ9A 4G8XA 5J0PA 1EH7A 4RQ7A 2Q66A 1SFEA 3IRRA 3F8NA 1P92A 4Z6FA 4M72A 4XUSA 2XAFA 4X4QA 2RDPA 4X4NA 4UBCA 3MFNA 2BCQA 3R0JA 1F5TA 4I0AA 2Q00A 2BCUA 2YU3A 4I2AA 4A5MA 5F28E 2H6BA 3HSEA 1ZGJA 3KP2A 1BOAA 4I0BA 2EA4A 4EVIA 5J2GA 3LAJA 2EFWA 4M04A 2O0YA 5D46A 2Y48A 1G3WA 2W25A 1LEBA 4R32A 4HF2A 2R3SA 5LEJA 4L9VA 1OU5A 4WCGA 1NHAA 3GUDA 3AU2A 3SFZA 2PBIA 3C1DA 1J75A 7ICVA 2NS0A 3HUGA 3GXOA 3L2CA 2O1PA 1HKQA 1FYLA 1FY7A 1XB4A 4KLQA 4KLOA 2PFOA 4NQWA 9ICKA 2PJPA 8ICQA 4UB4A 2HFHA 1QO0D 1R00A 5LGUA 5FFXA 4HX4A 2A5YB 2DBBA 1TV9A 3KZZA 4PDKA 4RB0A 4HX8A 3CUOA 3KP6A 4PH5A 4UD5A 2PLYA 4I2CA 4KICA 1OW7A 2M2UA 5BPCA 1WRJA 3B71A 1MIVA 1FYKA 4ON0A 5DBAA 2R7FA 1TFWA 4UVAA 4FHPA 5EOZA 4WX9A 2VN2A 1ZQDA 2EA2A 2RN7A 5BOMA 4YIFA 1D5VA 2HGCA 2QQBA 4OIPF 5HS9A 1IF1A 8ICUA 4G94A 2MH9A 1LDKB 1RZTA 3LQCB 3J81K 5ILVA 5A2QK 5HRDA 3GEZA 3UXOA 4LFUA 2H27A 2IA1A 4BNCA 4P4MA 7ICOA 2B0LA 3KEQA 1KA8A 4IQUA 3MCZA 3JTHA 9ICXA 1OW8A 2NRAC 1KU7A 5D5UB 1P4AA 3C5GA 2K4BA 5DV5A 1BIAA 3RQFA 3K69A 2X4HA 5TJJA 1ZQXA 1F4KA 5HOOA 4RWQA 5CHGA 3RQEA 1ZQZA 2H94A 1UCRA 3M8EA 2IT0A 4AD9A 4KLTA 2BBYA 4WBYA 1W7PB 5D8KB 3FM3A 3C2LA 1SFUA 4QZCA 2A07F 4NKUA 2ZH9A 5DD4A 4YFXF 2IPQX 3RJFA 4ESFA 4ZYEA 1ZQMA 3RJIA 3LA2A 5D4BA 3VOEA 1ZQEA 3F6OA 3E5UA 2HKXA 3V8JA 3OVSA 2ELHA 4DOAA 5J2FA 4M9ZA 4HDUA 5J29A 1SD4A 4CGZA 3H3ZA 2Y0MA 4AT7A 8ICBA 4YG2F 4CHUA 4QZHA 3CUQC 5ED4A 1JMSA 7ICRA 3U9GA 2OQRA 2HTSA 1RI7A 3RYPA 5CVRA 2MD5A 4EJTA 1BN5A 2M45A 3E3VA 1U78A 5HLGA 4M9NA 3ZMTA 3SZTA 2XHKA 4L5IA 4XA5A 1ZJNA 2VT3A 5L3GA 3HOSA 1ZQLA 5FLXZ 5LRRA 1KEJA 1R8CA 2QUFA 3DFGA 2RV8A 5K5QA 1HKSA 3RQGA 4WC7A 4JWNA 5DB9A 5FO5A 4S04A 3E5XA 2VANA 4L0YB 1QZYA 2DFIA 4P2HA 3N4MA 1RIOH 3DKWA 3JPOA 4B09A 4RGSA 4ZZDA 2P6SA 1J9IA 3GFLA 3GVAA 5BPDA 3BPXA 2A69F 4I98B 3TQNA 2L3DA 5J2EA 3D0SA 3HRMA 2IA2A 1ZQKA 1LDDA 2EFQA 4X4VA 4O9MA 1P4WA 2OU2A 4PHPA 9ICAA 1J0RA 4G6QA 4QZAA 2BEOA 1MJBA 4YMOA 1TW3A 5CR0A 1QQIA 4YMNA 3C8GD 2BCRA 2E1NA 4M0AA 4G7HF 2L4MA 1REPC 5JHUA 4KIGA 4I01A 1ZQUA 3RKWA 1QZZA 4LVSA 2NNYA 2FBKA 4LJZF 1ZH5A 3IKTA 3MEXA 2OQGA 3GF2A 4NLZA 3WE3A 5CVUA 1TNSA 4EV0A 4NXZA 3LK9A 2EJRA 2Z9OA 1RNLA 4TV7A 3SQNA 2XRNA 3K2ZA 2WTEA 2HKOA 3F23A 3OVAA 4Z6EA 1KNYA 3GM1A 4R79A 8ICNA 4NLNA 1SD5A 2XAGA 2GXBA 4IHTA 2V9VA 2DR9A 2OZ6A 2Q8KA 2HEOA 3MDAA 1FZPB 5LEKA 4I2JA 3HSFA 4IG8A 1DPUA 3NRVA 5DYMA 2XROA 3HSRA 4GCVA 5CVVA 3QPTA 1TTYA 1UETA 2VC0A 4KIFA 2XIGA 2V1XA 1IRFA 2GA1A 2Z99A 4DOCA 5LRSA 1ZQWA 1RUNA 2FMYA 5CLSA 4X0AA 1I1SA 3HHHA 3ZMDA 2F5DA 3HRTA 3JTGA 3DPLC 4MFAA 1WSUA 4O5VA 1IXSB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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