3C18A

Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (zp_00538802.1) from exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 a resolution
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
GMEQATRTIYSEYAAYPETQGIIAVEKRQPRDSLTDQFDVLLLVITRDPSVEWTVKHYRLNTLRVSLHLVHEQVLSRWLILNANRRAVHWVSEGTIIFERNDYLTDLKKQLRNFPETERCLQMSLSFAKLLRRFQDGRNLFSRGNYYDAYTHVHHALHHLARLSVLEKGAHPEVVVWEQARLDDPDVYKLYEQLLLSEETLEQRIHLALIGLEHLLQSKVLSGGKYLFEVMRERDRPWTMHELMEESRLTELKVDLGSLVDFFIRKGLIRISYQRTKGLGVELVTYEPVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of nucleotidyltransferase-like protein (ZP_00538802.1) from Exiguobacterium sibiricum 255-15 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Nucleotidyltransferase-like protein
molecule tags Transferase
source organism Exiguobacterium sibiricum
total genus 107
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14540 NTF-like Nucleotidyltransferase-like
A PF18576 HTH_52 Helix-turn-helix domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3c18A03
1.20.120.330 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Nucleotidyltransferases domain 2 3c18A02
3.30.460.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Beta Polymerase; domain 2 Beta Polymerase, domain 2 3c18A01
2O61A 1BPYA 2EWNA 4PPXA 2V1UA 2XASA 4PGHA 3FF5A 5CVUA 7ICSA 3RKWA 2ZH3A 4AD9A 2FMPA 2PMHA 3GFLA 4HF2A 4L0YB 1SFXA 3ZMTA 1KTMA 1WKMA 4AVPA 2L02A 4IRGA 3GLXA 4HW0A 2O1PA 2DRAA 2L4AA 4X4QA 1DPRA 4NQFA 1QVXA 4Y13A 5HC9A 1ZYRF 4F5NA 4LZDA 4UB2A 2A69F 3B0XA 2RQPA 2Z3YA 2BV6A 3ZMDA 3HRSA 8ICRA 3TO7A 3AQKA 5F64A 4WC5A 1BPZA 3RYRA 1I1SA 3RKXA 4K4GA 4L0ZB 2XAQA 1Z05A 4IRIA 4YMMA 3RJGA 4I2DA 5D6FA 4A12A 1MDMA 4NY8A 4KUMA 4X4OA 3FXQA 3F22A 5IIJA 1ZQSA 2OAZA 3F6OA 4PGXA 4KIGA 3RPQA 4HLYA 2BPFA 4Z6CA 2E7WA 3FMRA 4KYWA 1BC8C 3QU3A 4WCWA 2ZHBA 4QZAA 2P8TA 3HIFA 3M8EA 2DRBA 1BC7C 3LWFA 2GWSA 1DPUA 4CDGA 4GXJA 1UFMA 3RJHA 2V1DA 2HDCA 1SD4A 2PFNA 4S04A 4KLDA 3RI4A 2HQNA 2A68F 1XN7A 1FYMA 2VE9A 4LK1F 4S05A 1B59A 5CVIA 4OIPF 3I0TA 4L9TA 1CF7B 4EM2A 2RNJA 1S8NA 2VANA 1ULYA 4X4TA 4M9LA 2MD5A 1I1GA 3GVAA 2KJBA 2ESNA 2GZWA 4P5OA 5J0TA 3JPNA 3JPQA 3EQLF 3DPLC 4XUSA 5J0RA 2GIVA 5J2CA 1LNWA 1WSUA 2W57A 5A2QK 1NO5A 4UB1A 3MQ0A 1KQ0A 3WTZA 4M72A 1ZHFA 3E5UA 7ICOA 1J7KA 4L18B 1Q79A 1OR7A 4MF2A 4MGRA 1WRJA 5AONA 5CVVA 5JHUA 2A5YB 3Q9SA 5F1RA 3HJ1A 3RJPA 1WQ2A 4DOCA 2VN2A 4AT9A 4WC6A 4X0AA 1TW3A 9ICHA 1Z91A 2QQAA 1OYWA 2ACJA 4O5CA 1FBSA 1P4XA 2GAUA 2OD5A 5JR3A 2RGVA 5J0YA 1ODDA 4UXNA 4JK1X 2NRKA 3K1NA 2PFPA 3JAMK 3KLNA 4KN7X 2A6HF 5ED4A 1ZARA 4P55A 1SD7A 2ELHA 2ZBKA 1EH6A 4P2HA 1OYIA 2FSWA 5IIKA 3BOQA 3KP3A 4ATBB 2F5CA 3ZN1A 3E6MA 3AAFA 4E80A 3JSOA 4EMSA 4QZBA 1DUXC 3AQNA 4NLKA 8ICQA 5DCFA 1VTNC 5F28E 1FSEA 1FZPB 3IHUA 2MA3A 4LB6B 5L3DA 5J2DA 4N9HA 4OMZA 3CUQC 1JGSA 3GDXA 4M6YA 3UPQA 3DKWA 3J81K 1ZJNA 3L8JA 7ICHA 5BPCA 5J8CA 5LGUA 1WWPA 4NM2A 2RKHA 3IRRA 4M9GA 5D4BA 3DEUA 5BMZA 1XGOA 2FRHA 1KU3A 4OU0A 4A2UA 4PHAA 3JPSA 5ICGA 3P9KA 3AU6A 4I0BA 3WG9A 5FLXK 2WC2A 4KMFA 4KLOA 2HEOA 1MJAA 5J0WA 3FZVA 2PBIA 3O6BB 3TKYA 1MIYA 8ICNA 1RUOA 3HIYA 1J5YA 3WODF 3F8CA 3JTGA 5DDMA 1SFEA 1ZQMA 3HYIA 4KLUA 1G3TA 8ICCA 3ERED 2O3FA 1BOAA 4JBAA 3UXNA 1U5TA 3OGUA 1ZQGA 4PGYA 1KGSA 7ICKA 1XSXA 2UZKA 1VJ7A 3UXOA 4G8XA 4M47A 5D5WB 5DV5A 1CGPA 2NAZA 4RB0A 5BPDA 3PQKA 2KK1A 3S9OA 4QZ9A 2RDPA 4FH3A 4KIBA 4ESBA 4TUQA 5DKWA 2JSCA 1S6LA 3L00A 4ASNA 2ID1A 2QM3A 1K78A 1K05A 2IRFG 4KLLA 3B02A 1H9TA 1SAXA 5EOZA 2BCRA 1FC3A 1BBYA 1PP8F 4UBCA 1FY7A 8ICBA 2W9MA 5HDGA 2FA5A 4UD4A 1XSNA 2P5VA 1MDMB 4WC0A 3HSEA 3WFQE 5J0OA 1H9GA 4DOBA 1SMYF 4G6QA 2ADUA 1KYWA 1R00A 1IF1A 8ICVA 1YYVA 3DPTA 5IIMA 4RB2C 2EK5A 1YLQA 3GM3A 3IKTA 3MDAA 4MFCA 2M2WA 2XROA 5DEDA 1QGPA 1OU5A 4NKUA 4U0YA 3GF2A 2H6BA 4EJWA 4KLTA 3B73A 2XAJA 2M1BA 3QP6A 5J6XA 3ISCA 4B09A 2D2WA 9ICRA 1P4AA 3KP5A 3LAPA 3CUOA 5HRFA 2GXBA 4HLXA 5HLHA 4EJTA 2FBHA 1BPBA 4WC3A 4RPZA 1MIWA 4M04A 4UVCA 1KNYA 4UAYA 2Y48A 2HZTA 2ZMEA 1GXPA 4QZFA 5HS8A 3TFSA 4O9MA 3IWZA 1R8AA 4EBJA 1V4RA 5HREA 3N97A 1YTYA 4F5OA 4KLHA 1YW9A 1MD0A 1Q1HA 1XDSA 4GXOA 2Q2EA 2IW5A 2OZUA 5DBBA 4RWPA 4NM1A 2STWA 2ZKZA 1OW7A 3T8TA 3I64A 5KK1A 2XKPA 1HKQA 1ZN2A 4U88A 5BOMA 2P7CB 4WC4A 4F5PA 5HRBA 3L9FA 4EGYA 4EQQA 1U3EM 4XLPF 4ZYDA 3RPUA 3F21A 4M9XA 4U0WA 3FM3A 4L5IA 2Q00A 3O3KA 1O3TA 2Q66A 5JI6A 5E1ZB 1ZQYA 2O03A 4AT9B 1R5HA 5HLGA 5LBQA 3MGIA 2FBKA 9ICGA 5H6RA 4RGXA 4U0VA 5FO5A 5EEGA 4Y15A 3HSRA 3LA2A 3F23A 4I29A 1TFWA 5KVRA 3KEQA 2OQGA 2K4JA 2JZYA 1F5TA 2FMLA 5F6FA 2IPQX 5DUIA 1ZH5A 2YPRA 4KT5C 7ICUA 2O5AA 4KFCA 3DXJF 5LHGA 3V8KA 3W6JB 4QZIA 2PFOA 1R22A 5D4RA 8ICAA 2Z5UA 1YS6A 3GM1A 4A0ZA 4XSXF 5D8KB 3ISBA 2MH2A 1ZQCA 2OU2A 4K4HA 1ZG3A 4I09A 1MGTA 5LHIA 2YWAA 4X5VA 3K1MA 5D5UB 4X4UA 2ZHAA 1OMIA 1ZRCA 2P4WA 4HQEA 1XSLA 4I27A 1UEVA 4I2IA 3IWFA 4RQ1A 4MTDA 5IIOA 2DAOA 2LNBA 5E8IA 2EFWA 4I2AA 1ON2A 5DB9A 4KLIA 1SD5A 3I54A 4I28A 3UPSA 1U78A 4FHPA 4P4OA 4EVIA 4EGZA 1YG2A 1SFUA 1IN6A 3J80K 3ECOA 2EFPA 1ZQHA 4RPYA 5FGMA 4FHWA 2ZNYA 3CTAA 1IXCA 2HKOA 3T0YA 5HRHA 4DOAA 3RTRA 1W5SA 4FH5A 4UAWA 8ICHA 2H27A 4O3MA 4KLSA 4MNUA 1R1UA 2EV0A 1BJAA 2XV4S 9ICIA 3HRMA 1C0WA 9ICOA 1K78B 2DPUA 1BIBA 2NNYA 2Z9OA 5CLSA 3L2CA 1MJ9A 1FNNA 4P96A 5HRIA 3GYHX 2QLZA 1ZRDA 4BQAA 4IVNA 3E5XA 2M5WA 4ETSA 3C3WA 5CYVA 2FQ3A 2FE3A 2XUBA 3RYPA 2QENA 4AIHA 5D5VB 3RQFA 3WU1B 3T1BA 8ICXA 1WOLA 3UQ2A 4P9UA 1ZQTA 3ZN0A 3C2MA 3QRFF 1XGNA 5IT9K 2PI0A 9ICSA 4HX8A 5CA7A 3QPHA 5ICEA 1O3UA 4RQ2A 4RB1A 5L3CA 3ML6A 4BNCA 1IXSB 2ZH5A 1B6AA 4AWXB 8ICYA 4PH5A 4I7HA 3RJKA 4KNYA 8ICMA 3M7GA 5FB2A 1ZQWA 1RPLA 1TFYA 4UHTA 3ZMZA 2LSOA 4LT6A 2YU3A 3DP7A 4LG0A 1R5GA 3JW4A 3MEXA 4NHJA 1ZGAA 5DEQA 1XMAA 3RJIA 1ON1A 1R1TA 9ICWA 1ZQVA 3BRJA 4QZCA 4K4IA 3BJAA 4I2OA 1H0MA 1K04A 4F5QA 2LF7A 3VOEA 2P5KA 1UEUA 2ZMEB 3LA3A 1DP7P 1TLHB 4TUPA 1O3SA 3V7LA 5CWRA 4MFFA 4KLJA 5CHGA 4WC2A 5DB6A 2HOEA 2MBFA 2M2UA 5HRLA 4BYYA 3MGHA 1D8JA 2W85A 5LRSA 1P4WA 3JPTA 7ICPA 3V7JA 3MZYA 3RDIA 3RQGA 1G6NA 1P2FA 3JYYA 2HYGD 2WWYA 4FHVA 3ISDA 2ZH4A 1R23A 2DW4A 4I2FA 5TRDA 3UXPA 1HBXG 3C1DA 1Q78A 2DR9A 4UNOA 1HUZA 4QZGA 3HOSA 1PX5A 4O6JA 3P9IA 4GGGA 4QZEA 1K7AA 3JPRA 1V4AA 3KP4A 1IN4A 2NNNA 4MQVA 4RWQA 3Q5FA 3MZHA 8ICWA 1S7AA 5ERIA 4JWNA 4RQ3A 4MF8A 3MFKA 3E6CC 5LHHA 3SZTA 5AIPA 4M9NA 5J2FA 4P4PA 3C8GA 2BCSA 1LDKB 1JAJA 1QO0D 5HRGA 3HX0A 1KEJA 1JQRA 1Z6RA 3LK9A 2M45A 3KZYA 2RFFA 1ZQEA 4CXFA 3KP2A 2QWWA 4M9HA 4KLQA 1FP2A 5HHHA 5ICCA 1LDJA 2HTSA 3PMNA 1USTA 1U8RA 4PHDA 4X4SA 3SQNA 4M73A 8ICEA 4CGZA 2PLYA 4IXAA 3SFZA 2WV0A 4LK0F 3M8FA 4UV8A 4U7BA 4XA5A 1USSA 2EFNA 2MLKA 2JX0A 2STTA 2JT1A 4KN4X 4FHYA 4M9JA 4IPAA 1U6GA 1B1BA 3B71A 2LF8A 3P9CA 1GVJA 1T0FA 3QOPA 3BP8A 2XAGA 1IRFA 4RT2A 5J0SA 1HXDA 4DNCA 4UB5A 2L3DA 4RAZA 1G3YA 3E6DA 3WTXC 4ESJA 1R89A 5J2JA 3K69A 3BROA 3I4PA 2EFOA 7ICTA 4TV7A 4YIFA 4GYIA 1JOGA 4XRFA 2P6SA 4AT7A 1P6RA 2ZNZA 4Z6EA 3BPXA 2ZH7A 1XDUA 4LJZF 5J0QA 1XGMA 3L09A 4KA4A 1BPXA 1BM9A 2V1XA 4I0AA 1REPC 1SD6A 4R64A 1FOKA 4R66A 3V7SA 1TVAA 6PAXA 1XD7A 3WFOA 2XVCA 2L6GA 4A6DA 3RJJA 3CJNA 4ENMA 2ETHA 2HYFA 2XHKA 3RKYA 5DBAA 3HHGA 1HW5A 2L54A 2J5OA 2Y0MA 2QVOA 1XSPA 1JHFA 1FSHA 2QQBA 1W7PD 3EYIA 1ZRFA 1YS7A 4XLNF 4BHCA 4N0BA 1KU9A 3WTWC 4OIQF 3VB2A 2XRNA 4WWCA 2BCQA 5D5XB 1U5TC 3O10A 1ZQNA 1S29A 2F5EA 5HOOA 4OOIA 5D46A 4KLGA 4A0XA 5J0UA 5DDGA 2BE3A 4HX7A 1HUOA 4MEXF 3ABTA 3Q9VA 4BXUA 5K5RA 2VXZA 1R1VA 4LGWA 1XSVA 1V3FA 3REOA 5LEKA 1FYLA 1ZJMA 5LGTA 3FHZA 1KQ8A 4LG0B 4YMOA 3MCZA 3NEUA 2H94A 1ONVA 1J75A 1MKMA 4I2JA 1JN3A 3EETA 3EUHA 4RQ7A 3GW2A 3LQCB 3DF8A 1HQCA 4GYGA 4M0AA 3JZ0A 4EJVA 4TUSA 4HQMA 1BI3A 1HKTA 2B0LA 2CFXA 2PFBA 4DO9A 2VBYA 3GFMA 1FYKA 3V7KA 4L9VA 2ZXJA 2HKXA 3TQNA 4G9YA 1U2WA 5HDKA 4Q5SF 5J29A 4HDUA 3GM2A 7ICEA 3GFJA 3KLOA 2FEZA 3MWMA 5EEHA 4PHPA 1R8CA 4Z6DA 3OVSA 1MQ2A 4QZ8A 3P7NA 3HTSB 4P9FA 5E8GA 1KA8A 4FHXA 3U3FA 2IA0A 4PGGA 3C5FA 3KP6A 4KLFA 4ZZDA 2D1HA 1Z9CA 2ISOA 8ICZA 9ICQA 5CB1A 4G7OF 2VC0A 4KLEA 3G73A 3CO7C 2BEOA 2JPBA 1W4MA 4R8HA 3U1DA 1IN8A 3IC7A 3ISPA 5DD8A 3LAJA 2ZO4A 1LVAA 3WE3A 2VT3A 1T98A 1Y0UA 2RVCA 3K1PA 1W5TA 2EA4A 4HX4A 1VFGA 3WTTC 1FWZA 4I2GA 1ZG1A 3E6BA 1YIOA 3IRQA 1D5VA 3AQMA 2GQQA 5BQTA 2VONA 3C8GB 3K0LA 2PG4A 3KE2A 2BGCA 5L3FA 3EYYA 5IINA 5TJJA 1K6OA 4G6DA 1UB9A 2PBEA 1KYZA 1RZ4A 2XIGA 3QAHA 4UVBA 3WTSC 3H38A 1W7PA 4A0YA 2COMA 2DI3A 2DT5A 2DFIA 2PQ8A 5J0XA 1G3SA 3B0YA 4FX4A 3TO6A 4ENNA 4NLZA 4YD2A 2DLLA 3I58A 2FXAA 3ZMSA 3I5UA 4ON0A 4QZHA 1B9MA 1WI9A 4Q47A 2YSRA 1TQMA 4S3NA 4EM0B 9ICVA 4RPXA 3RQEA 1ZQKA 1F1ZA 3F3XA 3CO6C 2R7FA 5LEJA 1J2XA 2CYYA 1O7LA 7ICFA 2RN7A 2ESHA 3R60A 3C2LA 3HOTA 1YW7A 4NKTA 2M30A 7ICNA 4WBYA 3TO9A 1Z6TA 2DR8A 8ICIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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