The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
|
sequence length |
132
|
structure length |
132
|
Chain Sequence |
MRLERVLEEARAKGYPIEDNGLGNLWVVLPRERFKEEMAHYKAMGFNFLADIVGLDYLTYPDPRPERFAVVYELVSLPGWKDGDGSRFFVRVYVPEEDPRLPTVTDLWGSANFLEREVYDLFGIVFEGHPDL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characterization of the Nqo5 subunit of bacterial complex I in the isolated state
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579)
|
| molecule keywords |
NADH-quinone oxidoreductase subunit 5
|
| total genus |
34
|
| structure length |
132
|
| sequence length |
132
|
| ec nomenclature |
ec
1.6.5.11: NADH dehydrogenase (quinone). |
| pdb deposition date | 2016-03-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B3Q A; 3MCR A; 5B3P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZJN A; 3NWI A; 9ICF A; 9ICE A; 5CFU A; 4I28 A; 4XRH A; 2DR9 A; 2BE3 A; 2GA9 D; 4NXT A; 4NLK A; 8ICR A; 4WCW A; 1BPY A; 9ICR A; 3MGH A; 3ER9 B; 7ICN A; 8ICQ A; 3RJG A; 4R65 A; 1Q78 A; 3NKU A; 4AT8 A; 1ZQV A; 5DBB A; 8ICS A; 2ZH4 A; 3NVO A; 8ICO A; 4I2A A; 1ZQW A; 1ZJM A; 1ZQK A; 7ICF A; 4EP7 A; 1V4A A; 5DB6 A; 3WFP A; 7ICK A; 5HRF A; 9ICX A; 4TUS A; 1ZQB A; 3OVB A; 4YMM A; 4O9M A; 3C18 A; 4PGX A; 4RQ3 A; 4K9A A; 4X5V A; 3JPP A; 2Q66 A; 3RH4 A; 2ZH7 A; 5CP2 A; 4FHV A; 5BOM A; 4NLN A; 2PBE A; 2ISP A; 3UXN A; 1TFW A; 4LZD A; 4WC2 A; 4WH5 A; 3JPQ A; 4K4H A; 5III A; 4KLD A; 5CHE A; 4GXK A; 4O5C A; 4RQ6 A; 5IIK A; 4FO1 A; 3UXO A; 3C5G A; 8ICX A; 5J0P A; 3AQK A; 1MQ3 A; 9ICL A; 5HHH A; 2EWR A; 4X4V A; 4PPX A; 3HJ4 A; 3WFS C; 7ICO A; 5IIJ A; 7ICI A; 3MCR A; 5J0Y A; 4RT3 A; 4XQ7 A; 4ATB B; 2RFF A; 2HHP A; 3PHZ A; 4X4T A; 1JMS A; 5J0W A; 4M5D A; 4NY8 A; 2HN1 A; 4FHW A; 2BCV A; 4NM2 A; 5D61 A; 4OAH A; 4UBC A; 5HRK A; 8ICE A; 1FA0 A; 3RJH A; 3RJK A; 4R64 A; 1MQ2 A; 4XJE A; 1ZQN A; 4K4G A; 2BCU A; 4EV6 A; 3HX0 A; 4QZH A; 4M2Y A; 3RH6 A; 5CR0 A; 4YN4 A; 9ICV A; 4AT7 A; 3WFQ E; 4X0A A; 4RPX A; 7ICH A; 4R63 A; 4TUP A; 5HRD A; 1KDH A; 3ER8 C; 4QZD A; 5DDM A; 5F2V O; 1ZQC A; 4I2H A; 4P2H A; 4FH5 A; 4F5R A; 4IQV A; 4KLH A; 3UQ0 A; 4KLF A; 4X4N A; 1Q79 A; 4MFF A; 2BPC A; 4WC7 A; 4K4I A; 7ICG A; 4FHP A; 4PH5 A; 1NOM A; 4K8V A; 3B0Y A; 1BPD A; 3ISC A; 4LZG A; 4I2D A; 3OVA A; 4LEZ A; 3NYB A; 4UD5 A; 4QZ8 A; 1ZQQ A; 1F5A A; 5CA7 A; 4RWQ A; 3OUY B; 1BPX A; 3K75 D; 5IIL A; 4O6A A; 4UD4 A; 1BPB A; 4XQ8 A; 4WBZ A; 4OAG A; 4X4U A; 5D4B A; 1RPL A; 2BPF A; 2P66 A; 2ZH9 A; 1R89 A; 4K9B A; 8ICC A; 1HUZ A; 5J2C A; 3L9D A; 4I0U A; 3JZ0 A; 4RPY A; 1ZQF A; 2DR5 A; 5J2F A; 2DR7 A; 1MIV A; 4LT6 A; 2ZH5 A; 1XSL A; 3WFR E; 3GDX A; 3C2M A; 4N7R A; 5J2H A; 1ZQR A; 7ICQ A; 4QZE A; 5HR9 A; 4XUS A; 4M9L A; 4KM5 A; 7ICS A; 1VFG A; 2GAF D; 5B3Q A; 3AQM A; 4WC4 A; 4WOY A; 2ZH6 A; 5J0R A; 5HRI A; 4K97 A; 4PHP A; 9ICH A; 4JLZ A; 3RJF A; 3H37 A; 3RJI A; 4EEB A; 3JPO A; 4RWP A; 2ZH1 A; 4JLX A; 5IIM A; 3TFS A; 4X4O A; 4MF2 A; 2PFQ A; 4RQ8 A; 2ZHB A; 2PFP A; 1BPE A; 3LQC B; 3C2L A; 4KLQ A; 8ICB A; 1ZQL A; 2DVI A; 1RZT A; 4X4S A; 3RJJ A; 4M9H A; 4K99 A; 4M04 A; 4R66 A; 1XSP A; 1ZQD A; 4LEV A; 2BCS A; 8ICK A; 4NLZ A; 2PFO A; 1TFY A; 4O67 A; 1R8A A; 2BPG A; 3OVS A; 9ICM A; 4NKU A; 5HRL A; 5CHG A; 4I2J A; 4LVS A; 5DB7 A; 2DRB A; 9ICS A; 4GXI A; 5HRE A; 4I29 A; 1GPJ A; 4KLO A; 3B0X A; 9ICI A; 4FO6 A; 4XA5 A; 5BPC A; 5DBA A; 4RWO A; 4UAW A; 3HW8 A; 4Z6D A; 2ID1 A; 1ZQY A; 1MIY A; 2M2W A; 9ICW A; 5DB9 A; 4WQK A; 2ZH3 A; 1XSN A; 3C2K A; 8ICL A; 4MF8 A; 4RQ1 A; 4F5P A; 4M47 A; 9ICB A; 5EOZ A; 5CJ7 A; 4JWM A; 3AQN A; 7ICL A; 4I2G A; 4KLU A; 4WC3 A; 4KLJ A; 2ZH8 A; 4E80 A; 3JPT A; 4QZ9 A; 8ICW A; 5J2E A; 1OU5 A; 2O1P A; 4DO9 A; 4WC0 A; 4Z6C A; 4HX0 A; 9ICO A; 2FCL A; 4Z6E A; 4MFC A; 4M9J A; 4YD1 A; 4P4P A; 5D49 A; 4E8F A; 3RJE A; 4M9N A; 2IHO A; 1R8B A; 9ICK A; 1TV9 A; 9ICP A; 4Z6F A; 1JQR A; 4RQ4 A; 4P4O A; 4QZF A; 1NO5 A; 4YMN A; 1MIW A; 4FH3 A; 2ZHA A; 5DKW A; 4QZG A; 4ATB A; 2GWS A; 4WC5 A; 4NM1 A; 5HHI A; 4NXV A; 4AT8 B; 4RQ5 A; 4EBJ A; 4UAY A; 1HUO A; 1BPZ A; 3CK6 A; 2BCQ A; 5J2K A; 2HN2 A; 4TUQ A; 2PXI A; 2DR8 A; 8ICN A; 5HC9 A; 3MGI A; 3PML A; 4UBB A; 4KLM A; 4AT9 B; 7ICE A; 1ZQS A; 4I2C A; 1ZQO A; 1JN3 A; 4RQ7 A; 5J2J A; 7ICM A; 4KB6 A; 4X4R A; 9ICG A; 4UB5 A; 3MDC A; 3AUO A; 8ICH A; 8ICI A; 3RH5 A; 9ICQ A; 3PNC A; 4EGW A; 4O5E A; 4JWN A; 4RQ0 A; 5J0S A; 8ICJ A; 4LEY A; 5DBC A; 1ZQP A; 1ZQI A; 5D46 A; 5JTG A; 5DB8 A; 1JAJ A; 3V72 A; 3UPS A; 3JPS A; 2PFN A; 4KLS A; 3WFO A; 4FHY A; 4EBK A; 4OAF A; 1TVA A; 1ZQT A; 4X0B A; 4UB3 A; 5J2A A; 3MBY A; 4WC1 A; 4KLE A; 4UB4 A; 8ICV A; 3HJ1 A; 5HRB A; 3OUY A; 4KLG A; 3UPQ A; 5DDY A; 4NXW A; 4O68 A; 4DOC A; 7ICU A; 4X4Q A; 5IIN A; 3JPN A; 5BOL A; 8ICM A; 3OWG A; 4M0A A; 4MKP A; 4UB1 A; 8ICU A; 5J2I A; 4I27 A; 3H39 A; 9ICN A; 5J0T A; 3C5F A; 1ZQX A; 4FHX A; 5J29 A; 9ICA A; 4AT9 A; 4AT7 B; 2B4V A; 5HRH A; 9ICT A; 3JCF A; 1ZQE A; 1R8C A; 2BCR A; 4I2E A; 8ICG A; 4I2F A; 4M9G A; 4IQW A; 3C66 A; 3JYY A; 5J0X A; 4X4P A; 4QZI A; 2M2V A; 7ICR A; 5J0Q A; 1ZQH A; 8ICZ A; 4KLI A; 1KNY A; 5TZV A; 4PHA A; 4EED A; 1UEU A; 5J2G A; 5CB1 A; 1ZQG A; 4YMO A; 5J0O A; 4QZA A; 2B56 A; 3H3A A; 4IQU A; 4WBY A; 8ICT A; 4K96 A; 4DOA A; 3LK9 A; 4S3N A; 5DED A; 3V7K A; 4F5N A; 4F5Q A; 9ICC A; 4IG8 A; 2IUB A; 4RT2 A; 3ERC C; 2BBJ A; 5DEC A; 5J2D A; 1ZQM A; 4I2I A; 1ZQJ A; 8ICF A; 3OV7 A; 3AQL A; 2I9G A; 1ZQA A; 1YLQ A; 4PGQ A; 2FMQ A; 7ICV A; 5IIO A; 2B51 A; 4WQL A; 3V7L A; 7ICJ A; 4QZC A; 7ICT A; 2M2U A; 2ZH2 A; 2DRA A; 2O5A A; 4OAI Z; 3MDA A; 1UET A; 1WOT A; 5D63 A; 3TFR A; 9ICU A; 3V7J A; 5HRG A; 4NXZ A; 4YCX A; 3EF2 A; 3PMN A; 2M2T A; 3AU6 A; 4MFA A; 4TUR A; 3HIY A; 1UEV A; 3UQ2 A; 4PHD A; 4IQT A; 1KEJ A; 4P4M A; 4YD2 A; 2IHM A; 2BBH A; 3H38 A; 4RWN A; 8ICP A; 4LEW A; 5CFT A; 4RQ2 A; 2VAN A; 2W9M A; 3ISB A; 3JPR A; 5B3P A; 4PHE A; 4RPZ A; 4UB2 A; 1PX5 A; 5J2B A; 4GXJ A; 4O5K A; 4PGY A; 5CFS A; 3K7D A; 2FMS A; 4I2B A; 3HWT A; 2ISO A; 4NKT A; 8ICY A; 4NXU A; 4UAZ A; 4KLL A; 4O69 A; 5J0U A; 3OGU A; 4DOB A; 4KLT A; 8ICA A; 3UXP A; 4NXX A; 1ZQU A; 4WC6 A; 3AU2 A; 4E7X A; 4K98 A; 5CWR A; 9ICJ A; 3ISD A; 4F5O A; 2NRK A; 4QZB A; 1VJ7 A; 1ZQZ A; 2FMP A; 5D62 A; 7ICP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4O67 A; 4K97 A; 2EWR A; 2B51 A; 2B56 A; 3K7D A; 4WQL A; 4WQK A; 5CFS A; 5CFU A; 4JLZ A; 4OAF A; 2GA9 D; 4LEZ A; 2B4V A; 4NXT A; 3MCR A; 4OAI Z; 4NXU A; 4K9A A; 5D63 A; 4K96 A; 4O69 A; 4N7R A; 3PHZ A; 3EF2 A; 4JLX A; 3ER8 C; 4KB6 A; 4O6A A; 1GPJ A; 3ER9 B; 4NXV A; 4NXX A; 4KM5 A; 4NXW A; 3ERC C; 3NKU A; 5D61 A; 4HX0 A; 4O68 A; 4WH5 A; 4OAH A; 4OAG A; 2GAF D; 4K98 A; 4K99 A; 4LEW A; 2FCL A; 5CHE A; 5B3Q A; 5CFT A; 3OWG A; 4MKP A; 4K9B A; 4LEY A; 4FO1 A; 4LEV A; 4WOY A; 4XJE A; 5B3P A; 5D62 A; 4K8V A; 2IHO A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
