The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
117
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sequence length |
364
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structure length |
362
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Chain Sequence |
DAAPGASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLEEYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKRGGSPAVTLLISEKISVDITLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSKTCCENKEEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDKKHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKLENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cyclic GMP-AMP Synthase Is Activated by Double-Stranded DNA-Induced Oligomerization.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transferase
|
| molecule keywords |
Cyclic GMP-AMP synthase
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| total genus |
117
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| structure length |
362
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| sequence length |
364
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.86: Cyclic GMP-AMP synthase. |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03281 | Mab-21 | Mab-21 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Poly(a)-polymerase, middle domain | Poly(a)-polymerase, middle domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K9B A; 4NXT A; 4O68 A; 4AT7 A; 4JLX A; 4LEY A; 4NXW A; 4LEZ A; 4AT9 A; 4LEV A; 4K96 A; 4NXU A; 4KB6 A; 4K98 A; 4JLZ A; 4O6A A; 4AT8 B; 4OAH A; 4K99 A; 4OAG A; 4AT9 B; 4K97 A; 4ATB A; 4ATB B; 4NXV A; 4NXX A; 4AT7 B; 4O69 A; 4AT8 A; 4WOY A; 4O67 A; 4K9A A; 4K8V A; 4KM5 A; 4MKP A; 4LEW A; 4OAF A; 4OAI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MF8 A; 3MCR A; 3HX0 A; 3OUY B; 4IQV A; 5BOM A; 4RQ8 A; 3RJF A; 8ICF A; 9ICW A; 4I2C A; 3OV7 A; 5DBA A; 4S3N A; 4X4O A; 5HRL A; 8ICL A; 4HX0 A; 4ATB B; 2Q66 A; 2M2U A; 4DOA A; 4O69 A; 3NKU A; 1Q79 A; 3B0X A; 4NM1 A; 4QZD A; 4WC0 A; 9ICS A; 9ICR A; 4RQ1 A; 2FMP A; 2IHO A; 3WFO A; 7ICH A; 5J0X A; 4Z6F A; 4QZ8 A; 7ICR A; 1ZQW A; 8ICE A; 5JTG A; 4OAG A; 4AT9 B; 9ICC A; 4K97 A; 4IG8 A; 5DB6 A; 1R8A A; 4KLU A; 7ICN A; 5F2V O; 4NXX A; 1TFY A; 2M2T A; 1ZQO A; 4GXI A; 8ICW A; 3MBY A; 2GWS A; 4KLE A; 1R89 A; 3JZ0 A; 5CHG A; 3C18 A; 4K8V A; 3C5G A; 4WCW A; 1R8B A; 5J0P A; 4K9B A; 2DR5 A; 4XQ7 A; 4WBY A; 3AUO A; 4LEY A; 4RQ2 A; 4M0A A; 3MGH A; 3ISB A; 5CP2 A; 5CB1 A; 1RZT A; 3AU2 A; 2BPC A; 2DRB A; 4M9G A; 3JPQ A; 8ICS A; 2HHP A; 5J29 A; 9ICT A; 3OVA A; 4RQ4 A; 3CK6 A; 3UXP A; 1XSL A; 5EOZ A; 1ZQY A; 1ZQM A; 2ZH2 A; 4PGX A; 4I27 A; 4F5Q A; 4FHX A; 4M5D A; 4YN4 A; 1KDH A; 1ZQB A; 9ICO A; 9ICH A; 4MFC A; 4FHW A; 3L9D A; 4PGY A; 9ICI A; 4KLO A; 2FCL A; 1ZQT A; 5CFS A; 4P4M A; 4I2J A; 1UET A; 5J2H A; 3LK9 A; 4PH5 A; 4WC1 A; 4WC4 A; 1ZQF A; 4KLD A; 3K75 D; 1ZQG A; 3ISD A; 3JYY A; 1HUO A; 4IQU A; 7ICJ A; 4IQT A; 4O67 A; 3JPO A; 4X0B A; 4I2I A; 4KM5 A; 1TFW A; 4LZG A; 1HUZ A; 5J2C A; 3AQM A; 8ICV A; 1GPJ A; 4JWM A; 4YCX A; 1UEU A; 8ICJ A; 4EBK A; 4I2B A; 5III A; 4RT3 A; 1KNY A; 4JLZ A; 2ZH9 A; 5HRH A; 5J0U A; 4FH3 A; 4KLS A; 4X4P A; 5HRI A; 1ZQV A; 4I2A A; 3ERC C; 4N7R A; 4ATB A; 5J0O A; 7ICP A; 8ICI A; 2BCS A; 4I0U A; 5J2B A; 7ICF A; 3HW8 A; 1YLQ A; 2IUB A; 4WH5 A; 3WFP A; 9ICA A; 4KLJ A; 4LEW A; 1MIY A; 4TUQ A; 2BCV A; 3RJK A; 8ICG A; 1VJ7 A; 4O5C A; 3WFR E; 2EWR A; 4M9J A; 4Z6C A; 1ZQH A; 7ICG A; 4K96 A; 4UBC A; 3RH5 A; 4R64 A; 9ICL A; 1ZQS A; 4K99 A; 4UD4 A; 1ZJN A; 4RWN A; 4RPX A; 1ZQU A; 4M04 A; 1R8C A; 4Z6E A; 2GAF D; 2ZHB A; 2PBE A; 3UPQ A; 1JN3 A; 4AT8 A; 2HN1 A; 1XSP A; 3UXN A; 2ISO A; 5HRF A; 3H3A A; 4RQ5 A; 3TFR A; 7ICV A; 5B3P A; 5J0T A; 5J2G A; 4M9L A; 4I2F A; 1ZQN A; 4NXT A; 4X4V A; 2M2V A; 3JPN A; 4QZG A; 3NVO A; 4X0A A; 1VFG A; 3UQ0 A; 1MIW A; 2ZH8 A; 4WC3 A; 8ICR A; 1V4A A; 8ICX A; 4K98 A; 2B51 A; 3V7K A; 1NO5 A; 8ICA A; 5DBC A; 3V7J A; 4PHD A; 3WFS C; 4OAH A; 8ICM A; 2BCU A; 2DR9 A; 5BPC A; 9ICJ A; 2NRK A; 4XQ8 A; 1KEJ A; 3OUY A; 3JPT A; 9ICN A; 9ICF A; 4K4G A; 1ZQR A; 4O5E A; 9ICV A; 3V7L A; 4X5V A; 4NLN A; 8ICK A; 4YMO A; 4AT7 A; 4OAI Z; 2BBH A; 3PHZ A; 4XA5 A; 5J2J A; 4RQ0 A; 4GXJ A; 4DO9 A; 4PPX A; 4LEZ A; 4QZC A; 4RQ6 A; 8ICB A; 2DR7 A; 2DVI A; 4X4R A; 4XRH A; 2BBJ A; 5CA7 A; 3V72 A; 4UAZ A; 3C2L A; 1PX5 A; 4PGQ A; 3ER9 B; 1JQR A; 2RFF A; 4UB4 A; 4KLT A; 4F5P A; 5HRB A; 3UXO A; 4UB2 A; 1ZQP A; 2PFO A; 5CR0 A; 3PMN A; 3NYB A; 4PHP A; 3PNC A; 8ICT A; 2BCQ A; 2PXI A; 4YMM A; 9ICU A; 4NXZ A; 5J2E A; 1Q78 A; 5DED A; 2ZH1 A; 7ICO A; 4JLX A; 5HRG A; 5D46 A; 4MFA A; 2DRA A; 5HHI A; 3JCF A; 5J2F A; 4QZF A; 4KLI A; 2O1P A; 4AT8 B; 4NM2 A; 1ZQZ A; 9ICQ A; 5CJ7 A; 4NKT A; 4Z6D A; 4FHV A; 3AQL A; 9ICK A; 8ICQ A; 4AT7 B; 4XJE A; 2BPF A; 4KLL A; 2GA9 D; 3NWI A; 1OU5 A; 4RQ3 A; 2PFP A; 4WBZ A; 4KLF A; 4KLG A; 3UPS A; 9ICG A; 4EBJ A; 1BPD A; 3RJJ A; 5IIN A; 4EED A; 5HC9 A; 2ZH3 A; 3WFQ E; 4KLQ A; 4NXW A; 4UBB A; 3HJ4 A; 4R63 A; 4F5O A; 3OVB A; 4M9H A; 4RT2 A; 7ICI A; 1F5A A; 1JAJ A; 4KB6 A; 4XUS A; 5J0Y A; 2ZH4 A; 1RPL A; 4EEB A; 1WOT A; 2PFQ A; 1ZQL A; 4QZ9 A; 1ZQA A; 2ZH7 A; 4QZH A; 4WOY A; 5J0R A; 2BE3 A; 4P2H A; 4RWO A; 5HRD A; 7ICQ A; 4X4S A; 4RPZ A; 4M9N A; 4UB3 A; 3RJE A; 5HRE A; 3RJG A; 1BPB A; 4WQK A; 4QZB A; 4EV6 A; 1BPZ A; 1MIV A; 3HJ1 A; 9ICB A; 4I2G A; 3AQN A; 4IQW A; 3RH6 A; 8ICO A; 2ISP A; 5J2A A; 4KLM A; 1FA0 A; 2B56 A; 2BCR A; 1ZQC A; 4F5N A; 5J0Q A; 1BPX A; 4DOB A; 5D4B A; 5D49 A; 4RWQ A; 4I2E A; 2ZH5 A; 4FO1 A; 4M2Y A; 3C2K A; 3GDX A; 3K7D A; 4F5R A; 2BPG A; 4RPY A; 4FH5 A; 4X4U A; 8ICH A; 7ICL A; 4RWP A; 5IIM A; 3LQC B; 3ER8 C; 4JWN A; 4EGW A; 5D62 A; 5HR9 A; 3OVS A; 2M2W A; 5CFT A; 5J0W A; 1MQ3 A; 3H38 A; 2IHM A; 1ZQJ A; 3EF2 A; 4I2H A; 5IIO A; 4UD5 A; 2P66 A; 2PFN A; 4YD1 A; 5DB8 A; 1UEV A; 5IIK A; 4K4H A; 2B4V A; 1ZQK A; 2ZHA A; 7ICK A; 9ICM A; 2FMQ A; 4R66 A; 3MDC A; 2I9G A; 4O9M A; 4PHA A; 1ZQX A; 5TZV A; 1ZQQ A; 3B0Y A; 5IIJ A; 4FO6 A; 4P4P A; 4O5K A; 4WC6 A; 4GXK A; 1ZQD A; 4UAY A; 3ISC A; 8ICU A; 1ZJM A; 4YD2 A; 5IIL A; 5DDM A; 4UAW A; 4WC5 A; 5HRK A; 4OAF A; 7ICU A; 3MGI A; 4O68 A; 2O5A A; 5DKW A; 3UQ2 A; 4I28 A; 4WC2 A; 1TV9 A; 4MF2 A; 5D61 A; 5J2I A; 1BPY A; 2ZH6 A; 4K4I A; 3AU6 A; 4KLH A; 4UB5 A; 5DDY A; 3RJH A; 8ICP A; 3OWG A; 5DBB A; 5CFU A; 4QZA A; 3H39 A; 3HWT A; 4X4N A; 1MQ2 A; 3MDA A; 3C66 A; 4LVS A; 2FMS A; 3RH4 A; 5D63 A; 4WC7 A; 1ZQE A; 2DR8 A; 4K9A A; 7ICM A; 2HN2 A; 5DEC A; 3JPP A; 4UB1 A; 4MKP A; 3H37 A; 4X4Q A; 1JMS A; 3HIY A; 4TUS A; 7ICS A; 4PHE A; 3TFS A; 3RJI A; 4M47 A; 5J2K A; 9ICP A; 4AT9 A; 4TUR A; 4RQ7 A; 3JPS A; 1TVA A; 1NOM A; 4O6A A; 2ID1 A; 4NLK A; 1BPE A; 5DB7 A; 4TUP A; 4EP7 A; 1XSN A; 5J0S A; 1ZQI A; 4NXV A; 8ICN A; 4QZE A; 5CHE A; 4X4T A; 3AQK A; 4NY8 A; 4I2D A; 4NKU A; 3JPR A; 5CWR A; 3C2M A; 2VAN A; 8ICY A; 2W9M A; 9ICX A; 5BOL A; 3PML A; 4DOC A; 3C5F A; 4I29 A; 4NLZ A; 3OGU A; 7ICT A; 4P4O A; 4LEV A; 5B3Q A; 9ICE A; 7ICE A; 4NXU A; 4R65 A; 5DB9 A; 4E7X A; 5J2D A; 8ICZ A; 4E80 A; 4WQL A; 4E8F A; 4LZD A; 8ICC A; 4FHP A; 4QZI A; 5HHH A; 4LT6 A; 4MFF A; 4FHY A; 4YMN A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1GPJ A; 1Q78 A; 1UEV A; 1UEU A; 2ZH1 A; 4JLX A; 2B4V A; 3MCR A; 2DRA A; 2ZHA A; 3OUY B; 4JLZ A; 3OV7 A; 2ZH9 A; 4FH3 A; 2O1P A; 4AT8 B; 4X4O A; 4X4P A; 3ERC C; 4HX0 A; 4N7R A; 4ATB A; 4NKT A; 4ATB B; 2Q66 A; 4FHV A; 4AT7 B; 4XJE A; 4O69 A; 2GA9 D; 3NKU A; 1Q79 A; 4WH5 A; 4LEW A; 4OAF A; 4O68 A; 2ZH3 A; 2EWR A; 2IHO A; 4NXW A; 5D61 A; 3HJ4 A; 2ZH6 A; 3OVB A; 1F5A A; 4K96 A; 4KB6 A; 3OWG A; 5CFU A; 2ZH4 A; 4K99 A; 4UD4 A; 4OAG A; 4AT9 B; 4K97 A; 1R8A A; 4X4N A; 2ZH7 A; 1R8C A; 4NXX A; 1TFY A; 2ZHB A; 2GAF D; 3C66 A; 4AT8 A; 4WOY A; 5D63 A; 2DR8 A; 4K9A A; 1R89 A; 4X4S A; 4K8V A; 5B3P A; 1R8B A; 4MKP A; 4X4Q A; 3HIY A; 4K9B A; 4NXT A; 2DR5 A; 4X4V A; 4WQK A; 4LEY A; 4AT9 A; 3HJ1 A; 2ZH8 A; 2DRB A; 4K98 A; 2B51 A; 1FA0 A; 4O6A A; 4OAH A; 2HHP A; 2DR9 A; 2B56 A; 4EP7 A; 3OVA A; 4NXV A; 3OUY A; 5CHE A; 4X4T A; 2ZH2 A; 4NKU A; 4FHX A; 2ZH5 A; 4M5D A; 4FO1 A; 4FHW A; 4AT7 A; 4OAI Z; 3K7D A; 3PHZ A; 2FCL A; 4FH5 A; 4LEZ A; 4X4U A; 5CFS A; 1UET A; 4LEV A; 5B3Q A; 2DR7 A; 2DVI A; 4NXU A; 4X4R A; 3ER8 C; 5D62 A; 3OVS A; 4E7X A; 5CFT A; 3ER9 B; 4E80 A; 4WQL A; 4E8F A; 4O67 A; 4FHP A; 3EF2 A; 4LT6 A; 3NYB A; 4KM5 A; 1TFW A; 4FHY A; 4UD5 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
