The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
411
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structure length |
388
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Chain Sequence |
QVTVIPREQHAISRKDISENALKVMYRLNKAGYEAWLVGGGVRDLLLGKKPKDFDVTTNATPEQVRKLFRNCRLVGRRFRLAHVMFGPEIIEVATFRGNIFGSIEEDAQRRDFTINSLYYSVADFTVRDYVGGMKDLKDGVIRLIGNPETRYREDPVRMLRAVRFAAKLGMRISPETAEPIPRLATLLNDIPPAHLFEESLKLLQAGYGYETYKLLCEYHLFQPLFPTITRYFTENGDSPMERIIEQVLKNTDTRIHNDMRVNPAFLFAAMFWYPLLETAQKIAQESGLTYHDAFALAMNDVLDEACRSLAIPKRLTTLTRDIWQLQLRMSRRQGKRAWKLLEHPKFRAAYDLLALRAEVERNAELQRLVKWWGEFQVSAPPDQKGML
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for the alteration of the substrate specificities of template-independent RNA polymerases
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Poly(A) polymerase
|
| total genus |
107
|
| structure length |
388
|
| sequence length |
411
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.19: Polynucleotide adenylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2010-11-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | cca-adding enzyme, domain 2 | cca-adding enzyme, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZQX A; 4QZH A; 4GXK A; 4WBY A; 4PHE A; 4PHP A; 2PFQ A; 2ZH3 A; 1TFW A; 1ZQU A; 3V7L A; 4WC2 A; 5DB7 A; 1ZQD A; 3HWT A; 1ZQO A; 3AU6 A; 2BCQ A; 4R63 A; 4F5R A; 7ICT A; 4AT9 A; 4NM2 A; 1MIW A; 2RFF A; 4O5E A; 4E7X A; 2W9M A; 5J29 A; 4UB4 A; 4M5D A; 2I9G A; 9ICN A; 7ICL A; 4LT6 A; 5D4B A; 4NLZ A; 4RQ5 A; 9ICM A; 4MFC A; 3MBY A; 1ZQC A; 4JWN A; 4P4M A; 4YD1 A; 3C66 A; 3UQ2 A; 5HRG A; 2M2U A; 3MDA A; 7ICP A; 4X4V A; 3JPR A; 3HJ4 A; 4KLT A; 4X4Q A; 4QZG A; 9ICR A; 4GXJ A; 3RJE A; 5J0Y A; 4X0B A; 5J0W A; 9ICA A; 3JPS A; 2Q66 A; 3C5F A; 8ICI A; 9ICQ A; 4QZB A; 1TVA A; 1HUO A; 5BPC A; 1HUZ A; 4KLM A; 5J0S A; 1MIV A; 2BPF A; 3PMN A; 4FHP A; 1KNY A; 3LQC B; 3K75 D; 5DB9 A; 4DO9 A; 3V7J A; 5HRD A; 4XQ7 A; 3H39 A; 4RQ2 A; 9ICC A; 3JZ0 A; 4IQV A; 1UEU A; 4X4O A; 4X4T A; 5J2J A; 3UXN A; 4WC4 A; 1NOM A; 5BOM A; 4RQ3 A; 4O5C A; 4KLS A; 8ICF A; 5HRI A; 3V72 A; 5HR9 A; 4QZ9 A; 8ICG A; 2BE3 A; 2PFN A; 9ICX A; 1R8B A; 4DOA A; 4WC0 A; 1TFY A; 1XSP A; 1ZQM A; 2PFP A; 7ICE A; 2DR7 A; 3H38 A; 3WFR E; 4RPZ A; 4M47 A; 4FH5 A; 2ZH6 A; 4I29 A; 3AQK A; 8ICQ A; 4UB3 A; 5HHH A; 4UBC A; 1ZQS A; 5J0T A; 5DED A; 4I2F A; 1FA0 A; 5TZV A; 7ICN A; 9ICL A; 4WC6 A; 8ICY A; 4MF8 A; 4RWQ A; 4NKT A; 5F2V O; 4TUR A; 3ISB A; 4RQ8 A; 3RH6 A; 4IQT A; 5CP2 A; 1MIY A; 4XUS A; 4YN4 A; 5J2I A; 4TUS A; 7ICH A; 4QZD A; 4AT7 B; 4IG8 A; 3JPP A; 5DDY A; 8ICT A; 4PHA A; 4I2J A; 3PML A; 3B0Y A; 2BCV A; 1BPZ A; 2IHM A; 2DR9 A; 4I2C A; 9ICJ A; 9ICI A; 4R64 A; 4K4H A; 4I2G A; 1KEJ A; 4RWP A; 3RJF A; 1ZJM A; 2DVI A; 3UXP A; 1ZQK A; 4TUQ A; 4MFF A; 1ZQV A; 1ZQB A; 5HRF A; 5J2F A; 8ICN A; 3C5G A; 4GXI A; 5CHG A; 4JWM A; 1BPE A; 4X4R A; 3AU2 A; 4UAY A; 5DBC A; 4FHW A; 2P66 A; 4KLD A; 5CJ7 A; 5IIN A; 9ICV A; 5III A; 1ZQG A; 4NKU A; 4RT3 A; 2ZH8 A; 4FO6 A; 1JQR A; 1KDH A; 4EBJ A; 4YMM A; 5CB1 A; 4FHX A; 4AT9 B; 4K4G A; 3OUY A; 4QZA A; 3C2K A; 5HRE A; 4P4P A; 1ZQP A; 1UEV A; 4AT8 A; 7ICQ A; 5IIL A; 4M0A A; 1BPB A; 4RQ1 A; 4UBB A; 2DR5 A; 4M9H A; 4Z6D A; 4PGQ A; 1RPL A; 1F5A A; 4E8F A; 2ZH1 A; 5CA7 A; 2FMP A; 4F5P A; 8ICK A; 7ICO A; 2ZH4 A; 3PNC A; 8ICP A; 3NYB A; 5IIK A; 3JYY A; 3GDX A; 1ZQT A; 4KLL A; 3WFP A; 1MQ3 A; 1VFG A; 1ZQA A; 1ZQF A; 2FMQ A; 7ICF A; 5IIJ A; 1R8A A; 4PGX A; 5HC9 A; 4X4N A; 4X4P A; 4EBK A; 8ICL A; 5J0R A; 4IQU A; 4M9L A; 3OGU A; 1ZQL A; 3WFQ E; 4NY8 A; 2M2T A; 4NLN A; 8ICV A; 9ICO A; 4UB5 A; 5EOZ A; 2O5A A; 4S3N A; 3AQN A; 5CWR A; 4KLJ A; 4WC3 A; 1YLQ A; 4UAW A; 4MF2 A; 1VJ7 A; 3ISC A; 5DB8 A; 1ZQI A; 1R89 A; 7ICJ A; 3JPO A; 1UET A; 4LZD A; 2M2V A; 3MDC A; 4I2E A; 4UB1 A; 4M9N A; 2ISP A; 1JAJ A; 1ZQW A; 4QZ8 A; 3RJJ A; 8ICE A; 4F5Q A; 5J0U A; 8ICU A; 2BPC A; 8ICB A; 3LK9 A; 3WFS C; 9ICG A; 4UD5 A; 4I2H A; 8ICO A; 7ICR A; 2VAN A; 2BCU A; 5J2H A; 7ICM A; 8ICX A; 2FMS A; 4X5V A; 1ZQQ A; 4QZI A; 2ZH5 A; 3HJ1 A; 1XSN A; 2ZH2 A; 4M04 A; 4X4U A; 1JN3 A; 2ID1 A; 4KLH A; 2BPG A; 3RH5 A; 4DOC A; 5DBA A; 7ICG A; 2ZHB A; 3H3A A; 4WBZ A; 4PH5 A; 1ZQY A; 4DOB A; 3OV7 A; 4NM1 A; 4QZC A; 2M2W A; 4R65 A; 3HIY A; 4I28 A; 4ATB A; 4LVS A; 9ICF A; 4Z6C A; 5HRL A; 2ZHA A; 2ZH9 A; 8ICR A; 5CR0 A; 1XSL A; 1R8C A; 3JPT A; 9ICH A; 8ICA A; 5HRK A; 4KLQ A; 5J2B A; 9ICW A; 5BOL A; 3UXO A; 4YD2 A; 9ICB A; 4I27 A; 4YCX A; 4UB2 A; 4RQ7 A; 4F5O A; 5J2C A; 4KLI A; 3L9D A; 8ICH A; 3HX0 A; 4QZE A; 4RQ4 A; 4M2Y A; 1ZQE A; 1BPD A; 4WC1 A; 4FH3 A; 4I2I A; 5DBB A; 1RZT A; 3AUO A; 3OVS A; 4KLE A; 8ICS A; 3MGI A; 8ICJ A; 5J2A A; 5DKW A; 1BPY A; 4RQ6 A; 3RJH A; 4O5K A; 4X0A A; 7ICV A; 3AQL A; 3OUY B; 2PXI A; 1NO5 A; 4YMO A; 4AT8 B; 4EP7 A; 4PPX A; 4K4I A; 4WCW A; 8ICC A; 1ZQH A; 2BCS A; 4X4S A; 9ICT A; 7ICI A; 3C2L A; 2DRA A; 3JPQ A; 1MQ2 A; 5J0X A; 3UQ0 A; 4PGY A; 4M9G A; 7ICU A; 3HW8 A; 5IIO A; 3RH4 A; 4KLO A; 4M9J A; 4I2D A; 5DDM A; 4TUP A; 4FHY A; 8ICW A; 2DR8 A; 3WFO A; 2ZH7 A; 3RJK A; 4IQW A; 3H37 A; 4E80 A; 4RQ0 A; 3TFR A; 5DB6 A; 4RWO A; 2PFO A; 4RT2 A; 5HRB A; 4WC5 A; 2HHP A; 4P2H A; 4XRH A; 5D49 A; 4MFA A; 3UPQ A; 1JMS A; 3TFS A; 4UD4 A; 4QZF A; 4I2A A; 1ZQJ A; 2PBE A; 9ICU A; 3JPN A; 4NXZ A; 4RPX A; 1WOT A; 3OVA A; 3C2M A; 4F5N A; 4XQ8 A; 3RJG A; 1OU5 A; 1V4A A; 2O1P A; 4O9M A; 4LZG A; 4RPY A; 3C18 A; 9ICP A; 4P4O A; 2NRK A; 4KLU A; 9ICS A; 5HHI A; 1ZQN A; 4R66 A; 3ISD A; 5J2G A; 3B0X A; 4PHD A; 4NLK A; 4KLG A; 8ICM A; 4Z6F A; 2GWS A; 4RWN A; 9ICK A; 7ICS A; 5J2K A; 5IIM A; 4AT7 A; 1PX5 A; 1BPX A; 3AQM A; 1Q79 A; 3MGH A; 4WC7 A; 2ISO A; 9ICE A; 5J0O A; 3RJI A; 1TV9 A; 4Z6E A; 3V7K A; 2DRB A; 8ICZ A; 4KLF A; 5J2E A; 5HRH A; 1Q78 A; 4XA5 A; 5J0P A; 1ZJN A; 5DEC A; 5D46 A; 4FHV A; 5J0Q A; 5J2D A; 4YMN A; 4I2B A; 1ZQZ A; 2BCR A; 1ZQR A; 4ATB B; 4UAZ A; 3OVB A; 7ICK A; 3UPS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZQX A; 4QZH A; 4GXK A; 4WBY A; 4PHE A; 4PHP A; 2PFQ A; 2ZH3 A; 1TFW A; 1ZQU A; 3V7L A; 4WC2 A; 5DB7 A; 1ZQD A; 3HWT A; 1ZQO A; 3AU6 A; 2BCQ A; 4R63 A; 4F5R A; 7ICT A; 4AT9 A; 4NM2 A; 1MIW A; 2RFF A; 4O5E A; 4E7X A; 2W9M A; 5J29 A; 4UB4 A; 4M5D A; 4JLX A; 2I9G A; 9ICN A; 7ICL A; 4LT6 A; 5D4B A; 4LEZ A; 4NLZ A; 4RQ5 A; 9ICM A; 2GA9 D; 3NKU A; 4MFC A; 3MBY A; 1ZQC A; 4JWN A; 5CFT A; 4P4M A; 4YD1 A; 3C66 A; 4N7R A; 3UQ2 A; 5HRG A; 2M2U A; 3MDA A; 7ICP A; 4X4V A; 3JPR A; 3HJ4 A; 4KLT A; 4X4Q A; 4QZG A; 9ICR A; 4O68 A; 4GXJ A; 3RJE A; 5J0Y A; 4X0B A; 5J0W A; 9ICA A; 3JPS A; 2Q66 A; 3C5F A; 4OAF A; 8ICI A; 9ICQ A; 4QZB A; 1TVA A; 1HUO A; 5BPC A; 1HUZ A; 4KLM A; 5J0S A; 1MIV A; 2BPF A; 3PMN A; 4FHP A; 1KNY A; 3LQC B; 3K75 D; 5DB9 A; 4DO9 A; 3V7J A; 3NWI A; 5CFU A; 5HRD A; 4XQ7 A; 3H39 A; 4RQ2 A; 9ICC A; 3JZ0 A; 4IQV A; 1UEU A; 4X4O A; 4X4T A; 5J2J A; 3UXN A; 4WC4 A; 1NOM A; 5BOM A; 4RQ3 A; 4O5C A; 4KLS A; 8ICF A; 5HRI A; 3V72 A; 5HR9 A; 4QZ9 A; 4O67 A; 8ICG A; 2BE3 A; 2PFN A; 9ICX A; 1R8B A; 4I0U A; 4DOA A; 4WC0 A; 1TFY A; 5JTG A; 1XSP A; 1ZQM A; 2PFP A; 7ICE A; 2DR7 A; 5CFS A; 3H38 A; 3WFR E; 4RPZ A; 4M47 A; 4FH5 A; 2ZH6 A; 4I29 A; 3AQK A; 8ICQ A; 4UB3 A; 5HHH A; 4UBC A; 1ZQS A; 5J0T A; 5DED A; 4I2F A; 1FA0 A; 5TZV A; 7ICN A; 9ICL A; 4WC6 A; 8ICY A; 4MF8 A; 5B3Q A; 4RWQ A; 4NKT A; 5F2V O; 4TUR A; 3ISB A; 4RQ8 A; 3RH6 A; 4IQT A; 4OAG A; 5CP2 A; 1MIY A; 4XUS A; 4YN4 A; 5J2I A; 4TUS A; 7ICH A; 4QZD A; 4AT7 B; 4JLZ A; 4IG8 A; 3JPP A; 5DDY A; 8ICT A; 4PHA A; 4I2J A; 3PML A; 4WOY A; 3B0Y A; 3PHZ A; 5D62 A; 2BCV A; 1BPZ A; 2IHM A; 5B3P A; 2DR9 A; 4I2C A; 4NXT A; 9ICJ A; 9ICI A; 4R64 A; 4K4H A; 4I2G A; 1KEJ A; 4RWP A; 3RJF A; 1ZJM A; 2DVI A; 3UXP A; 1ZQK A; 4EED A; 4TUQ A; 4MFF A; 1ZQV A; 1ZQB A; 5HRF A; 5J2F A; 8ICN A; 3C5G A; 4GXI A; 5CHG A; 4JWM A; 1BPE A; 4X4R A; 3AU2 A; 4UAY A; 5DBC A; 4FHW A; 3ER8 C; 2P66 A; 1GPJ A; 4K99 A; 4KLD A; 5CJ7 A; 5IIN A; 9ICV A; 5III A; 1ZQG A; 4NKU A; 4RT3 A; 2ZH8 A; 4EV6 A; 4FO6 A; 1JQR A; 1KDH A; 4EBJ A; 4YMM A; 5CB1 A; 4FHX A; 4AT9 B; 4K4G A; 3OUY A; 4QZA A; 4OAH A; 3C2K A; 5HRE A; 4P4P A; 1ZQP A; 1UEV A; 4AT8 A; 7ICQ A; 4NXW A; 5IIL A; 4M0A A; 1BPB A; 4RQ1 A; 4UBB A; 2DR5 A; 4M9H A; 4Z6D A; 4PGQ A; 1RPL A; 1F5A A; 4E8F A; 2ZH1 A; 5CA7 A; 3ER9 B; 2FMP A; 4F5P A; 8ICK A; 7ICO A; 2ZH4 A; 3PNC A; 8ICP A; 3NYB A; 5IIK A; 3JYY A; 3GDX A; 1ZQT A; 4KLL A; 3WFP A; 1MQ3 A; 1VFG A; 1ZQA A; 1ZQF A; 2FMQ A; 7ICF A; 5IIJ A; 1R8A A; 4PGX A; 5HC9 A; 2BBH A; 4X4N A; 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9ICH A; 8ICA A; 5HRK A; 4KLQ A; 5J2B A; 9ICW A; 3MCR A; 5BOL A; 3UXO A; 4YD2 A; 9ICB A; 4I27 A; 4YCX A; 4UB2 A; 4RQ7 A; 4F5O A; 5J2C A; 4KLI A; 3L9D A; 4WQL A; 8ICH A; 3HX0 A; 4QZE A; 4RQ4 A; 4M2Y A; 1ZQE A; 1BPD A; 4WC1 A; 4FH3 A; 4I2I A; 5DBB A; 1RZT A; 3AUO A; 3OVS A; 4KLE A; 8ICS A; 4KB6 A; 3MGI A; 8ICJ A; 5J2A A; 5DKW A; 1BPY A; 4LEV A; 4RQ6 A; 3RJH A; 4O5K A; 5CHE A; 4X0A A; 7ICV A; 3AQL A; 3OUY B; 2PXI A; 1NO5 A; 2HN2 A; 2IUB A; 4YMO A; 4AT8 B; 2IHO A; 4EP7 A; 4PPX A; 4K4I A; 4WCW A; 8ICC A; 2HN1 A; 1ZQH A; 2BCS A; 4X4S A; 4WH5 A; 9ICT A; 4XJE A; 7ICI A; 3C2L A; 2DRA A; 3JPQ A; 1MQ2 A; 4K9B A; 5J0X A; 3UQ0 A; 4FO1 A; 4PGY A; 4M9G A; 7ICU A; 3HW8 A; 5IIO A; 3RH4 A; 4KLO A; 4M9J A; 4I2D A; 4KM5 A; 2B51 A; 4EEB A; 5DDM A; 4TUP A; 4FHY A; 8ICW A; 2DR8 A; 3WFO A; 2ZH7 A; 3RJK A; 4IQW A; 3H37 A; 4E80 A; 4RQ0 A; 3TFR A; 4NXX A; 5DB6 A; 4RWO A; 2PFO A; 4RT2 A; 5HRB A; 4WC5 A; 2HHP A; 4P2H A; 4XRH A; 5D49 A; 4MFA A; 4OAI Z; 3UPQ A; 1JMS A; 3TFS A; 4UD4 A; 4QZF A; 4I2A A; 1ZQJ A; 2PBE A; 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