The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
143
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sequence length |
424
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structure length |
424
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Chain Sequence |
MQIFRDVSKLLVERVDPKILNLFRLLGKFGDEVNMPVYVVGGFVRDLLLGIKNLDIDIVVEGNALEFAEYAKRFLPGKLVKHDKFMTASLFLKGGLRIDIATARLEYYESPAKLPDVEMSTIKKDLYRRDFTINAMAIKLNPKDFGLLIDFFGGYRDLKEGVIRVLHTLSFVDDPTRILRAIRFEQRFDFRIEETTERLLKQAVEEGYLERTTGPRLRQELEKILEEKNPLKSIRRMAQFDVIKHLFPKTYYTPSMDEKMENLFRNIPWVEENFGEVDRFYAVLHVFLEFYDDESWKEVRDRYSLRRNLINEIRHVEKSAPALLEMLSERVPASFVYPLVKGVSNETICHFLAYLSGEKEGLFKSYLLKIKNTKLEKINGEYLIRKGITSGKIIGEVLEKILMKKLDGDTRDEEEILEEVLASL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for the definition of elongation and termination by the class II CCA-adding enzyme
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRNA nucleotidyl transferase-related protein
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Thermotoga maritima
|
| total genus |
143
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| structure length |
424
|
| sequence length |
424
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.25: Transferred entry: 2.7.7.72. |
| pdb deposition date | 2009-04-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01743 | PolyA_pol | Poly A polymerase head domain |
| A | PF12627 | PolyA_pol_RNAbd | Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | cca-adding enzyme, domain 2 | cca-adding enzyme, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NO5 A; 5IIJ A; 4P4P A; 1ZQL A; 3V7K A; 4I29 A; 3JPO A; 2M2W A; 3H3A A; 4KLL A; 2P66 A; 4QZC A; 3JPS A; 9ICM A; 4NLK A; 4X4S A; 4X0B A; 3RH5 A; 4PHA A; 4KLJ A; 5DB8 A; 2GWS A; 4R63 A; 1BPE A; 5HRF A; 8ICK A; 3JPT A; 3WFQ E; 4IG8 A; 3RJK A; 4K4H A; 1WOT A; 4E80 A; 3UPQ A; 3V7L A; 3AQL A; 8ICV A; 5IIK A; 9ICL A; 1PX5 A; 1R8A A; 2ZH6 A; 1XSN A; 7ICR A; 5DBC A; 3RH6 A; 4X4U A; 1ZQS A; 5TZV A; 3V72 A; 1UEV A; 2Q66 A; 4Z6D A; 4RQ7 A; 2ISP A; 1ZQK A; 9ICK A; 2RFF A; 4JWM A; 5J29 A; 5HRE A; 5D4B A; 4I2H A; 4UB3 A; 4UAZ A; 3OVB A; 7ICM A; 4X4O A; 1UET A; 3TFR A; 4AT7 B; 8ICQ A; 2BCR A; 4O9M A; 3RH4 A; 5D46 A; 3JPN A; 3UXO A; 5D49 A; 3UQ0 A; 4P4O A; 4F5O A; 4AT8 A; 4KLG A; 3RJG A; 4NXZ A; 4IQV A; 2ISO A; 4M5D A; 4O5K A; 4XQ7 A; 3AUO A; 5HRL A; 5J2E A; 4KLH A; 5DB7 A; 4LZG A; 4PHE A; 3H39 A; 4S3N A; 5J2D A; 1ZJN A; 1ZQH A; 4M9L A; 5J2G A; 8ICA A; 2ZHB A; 3HW8 A; 4RWP A; 3MDC A; 5J0U A; 4RQ8 A; 4KLQ A; 7ICT A; 1ZQG A; 4WC3 A; 1RPL A; 5CWR A; 4RPY A; 4M0A A; 8ICX A; 3RJF A; 1Q79 A; 4FHX A; 2BPC A; 2PFP A; 4IQW A; 4XQ8 A; 4FHY A; 2ZH9 A; 4M9G A; 4NKU A; 4NY8 A; 1RZT A; 9ICE A; 5J0Y A; 5J0O A; 3MGH A; 7ICG A; 4WC5 A; 4NLN A; 5CR0 A; 4RQ2 A; 3JYY A; 9ICS A; 2ZH5 A; 7ICH A; 3AU2 A; 4KLE A; 2ZHA A; 5F2V O; 4GXI A; 1ZQW A; 4UB2 A; 4JWN A; 4KLO A; 3LK9 A; 1ZQE A; 1ZQP A; 5CB1 A; 2HHP A; 1ZQB A; 3WFO A; 4F5N A; 3WFR E; 1ZQX A; 4I2D A; 4AT9 A; 3OUY A; 4M9J A; 5BOM A; 3AQK A; 4X4N A; 2PFO A; 5J0W A; 3C66 A; 5HHI A; 3MGI A; 5DKW A; 4RQ0 A; 8ICC A; 9ICX A; 2BPG A; 4I2A A; 4MF8 A; 4QZE A; 1ZQV A; 4XUS A; 3JPP A; 4I2E A; 1ZQY A; 4FHP A; 1TFW A; 4EBK A; 3C5G A; 4K4G A; 3AQM A; 2DRB A; 4IQT A; 7ICF A; 5J0R A; 4K4I A; 4X4V A; 3JPR A; 7ICK A; 1BPD A; 8ICH A; 1ZJM A; 4FHV A; 5J2K A; 8ICE A; 4KLM A; 9ICV A; 5J2F A; 3C2M A; 4NM1 A; 9ICB A; 3HIY A; 4ATB B; 3NYB A; 5J0T A; 4I2C A; 8ICB A; 3AQN A; 4UD4 A; 3ISD A; 1ZQC A; 3ISB A; 4QZH A; 4RQ5 A; 5DDY A; 5HRB A; 9ICQ A; 2DR8 A; 4LVS A; 3UXP A; 9ICF A; 3HJ4 A; 9ICW A; 4PGQ A; 8ICF A; 4X4P A; 3C5F A; 8ICT A; 3UQ2 A; 1MIV A; 2DVI A; 5IIN A; 4WC4 A; 7ICS A; 3RJE A; 3MBY A; 4X4Q A; 4MFC A; 3OGU A; 5J2J A; 4RPZ A; 4I2G A; 7ICI A; 4WC0 A; 4MF2 A; 3TFS A; 4TUQ A; 4PGX A; 2PFQ A; 4I28 A; 2O5A A; 9ICU A; 4LZD A; 8ICZ A; 4Z6E A; 4XRH A; 3C2K A; 5DB9 A; 1KNY A; 7ICQ A; 4M2Y A; 4DOA A; 4GXJ A; 4PH5 A; 1R8B A; 4KLT A; 4DO9 A; 1V4A A; 2ZH2 A; 1HUO A; 4R65 A; 2FMP A; 2FMQ A; 8ICM A; 4R64 A; 2M2U A; 3JPQ A; 4YMO A; 3HX0 A; 4M47 A; 4P2H A; 4FO6 A; 9ICO A; 1BPB A; 7ICO A; 5HRD A; 5CA7 A; 8ICN A; 5IIL A; 2BE3 A; 4QZG A; 5J2B A; 8ICU A; 4Z6C A; 4LT6 A; 1R8C A; 5HHH A; 1NOM A; 5J2H A; 4YMM A; 7ICV A; 1JMS A; 3H37 A; 2DR9 A; 4PHP A; 4UB5 A; 5J2C A; 4P4M A; 9ICH A; 5III A; 4TUS A; 4KLS A; 4GXK A; 3UXN A; 4X0A A; 4QZB A; 8ICL A; 1BPY A; 3B0Y A; 4WC1 A; 4RWQ A; 8ICW A; 1XSP A; 1UEU A; 4FH3 A; 3RJJ A; 4MFF A; 4PHD A; 1R89 A; 2DRA A; 1MIW A; 4FHW A; 5CP2 A; 5HC9 A; 4YD2 A; 3JZ0 A; 5EOZ A; 3HJ1 A; 9ICT A; 4QZ8 A; 2ZH8 A; 4YN4 A; 4WBZ A; 4WC7 A; 1ZQN A; 4QZF A; 4X4T A; 4RT2 A; 1ZQI A; 9ICR A; 4YD1 A; 5DBA A; 8ICR A; 1KDH A; 1ZQD A; 4QZI A; 2BCS A; 8ICG A; 4M9N A; 4XA5 A; 5CJ7 A; 4WCW A; 8ICS A; 5HRH A; 1VFG A; 2PFN A; 5DEC A; 2PBE A; 5BPC A; 1HUZ A; 1JQR A; 4FH5 A; 4UBB A; 3C18 A; 4TUR A; 4UB4 A; 4M9H A; 4QZA A; 2ZH1 A; 4F5R A; 4AT8 B; 5HRG A; 4RPX A; 3WFP A; 3L9D A; 2BPF A; 8ICO A; 1JAJ A; 1ZQZ A; 3PML A; 2ZH7 A; 5CHG A; 4I2B A; 2DR7 A; 4UBC A; 4WBY A; 9ICN A; 1ZQF A; 1JN3 A; 2VAN A; 1MQ3 A; 4I27 A; 4I2I A; 2BCV A; 1MQ2 A; 1ZQA A; 5DDM A; 3V7J A; 1FA0 A; 4KLU A; 3ISC A; 4I2J A; 5J2I A; 4NM2 A; 7ICN A; 4NKT A; 4RWO A; 4UD5 A; 5DBB A; 2PXI A; 1YLQ A; 4O5E A; 4QZD A; 4RT3 A; 7ICE A; 4PPX A; 1ZQM A; 3C2L A; 1ZQJ A; 1VJ7 A; 1OU5 A; 4WC6 A; 4RQ3 A; 3HWT A; 4X4R A; 9ICA A; 3PNC A; 7ICJ A; 4E8F A; 8ICI A; 1F5A A; 4ATB A; 2ID1 A; 4EP7 A; 5BOL A; 4F5Q A; 2DR5 A; 4KLD A; 2M2V A; 2IHM A; 1BPZ A; 4DOC A; 5DB6 A; 4I2F A; 4QZ9 A; 4UAY A; 1TVA A; 3RJI A; 5HR9 A; 3UPS A; 1KEJ A; 2FMS A; 1BPX A; 4PGY A; 3MDA A; 1ZQT A; 3OVS A; 2ZH3 A; 9ICC A; 3OV7 A; 8ICP A; 4YMN A; 8ICJ A; 4RQ1 A; 4KLI A; 4AT7 A; 4AT9 B; 1ZQU A; 3OUY B; 4RQ4 A; 8ICY A; 5DED A; 5HRI A; 5J0S A; 7ICL A; 2BCU A; 9ICJ A; 2NRK A; 5J0X A; 3LQC B; 4DOB A; 5J2A A; 4WC2 A; 4UB1 A; 1XSL A; 4RQ6 A; 4M04 A; 3H38 A; 2I9G A; 2W9M A; 4F5P A; 4Z6F A; 3GDX A; 5HRK A; 4KLF A; 1TFY A; 4YCX A; 1TV9 A; 3K75 D; 4MFA A; 5J0P A; 2BCQ A; 9ICI A; 5IIM A; 4R66 A; 4X5V A; 3AU6 A; 2M2T A; 4O5C A; 4UAW A; 7ICP A; 3B0X A; 1ZQQ A; 3PMN A; 3OVA A; 4EBJ A; 4NLZ A; 1ZQR A; 5IIO A; 1ZQO A; 4TUP A; 7ICU A; 4E7X A; 4IQU A; 4RWN A; 3WFS C; 3RJH A; 1Q78 A; 9ICG A; 9ICP A; 5J0Q A; 2ZH4 A; 1MIY A; 2O1P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NO5 A; 5IIJ A; 4P4P A; 1ZQL A; 3V7K A; 4I29 A; 3JPO A; 2M2W A; 3H3A A; 4KLL A; 2P66 A; 4QZC A; 3JPS A; 9ICM A; 4NLK A; 4X4S A; 4X0B A; 3RH5 A; 4PHA A; 4KLJ A; 5DB8 A; 2GWS A; 4R63 A; 1BPE A; 5HRF A; 8ICK A; 3JPT A; 3WFQ E; 4IG8 A; 3RJK A; 4K4H A; 1WOT A; 4E80 A; 3UPQ A; 3V7L A; 3AQL A; 8ICV A; 5IIK A; 9ICL A; 1PX5 A; 1R8A A; 2ZH6 A; 1XSN A; 7ICR A; 5DBC A; 3RH6 A; 4X4U A; 1ZQS A; 4NXV A; 5TZV A; 3V72 A; 4WH5 A; 1UEV A; 4OAI Z; 2Q66 A; 4Z6D A; 4RQ7 A; 2ISP A; 1ZQK A; 9ICK A; 2RFF A; 4JWM A; 4EEB A; 5J29 A; 5HRE A; 5D4B A; 4I2H A; 4UB3 A; 4UAZ A; 3OVB A; 7ICM A; 4X4O A; 4I0U A; 1UET A; 3TFR A; 4AT7 B; 8ICQ A; 2BCR A; 2B51 A; 2IUB A; 4O9M A; 3RH4 A; 5D46 A; 3JPN A; 3UXO A; 5D49 A; 3UQ0 A; 4P4O A; 4F5O A; 4AT8 A; 4KLG A; 3RJG A; 4NXZ A; 4IQV A; 2ISO A; 4M5D A; 3PHZ A; 4O5K A; 4K9B A; 4XQ7 A; 3AUO A; 5HRL A; 5J2E A; 4KLH A; 5DB7 A; 4LZG A; 1GPJ A; 4PHE A; 3H39 A; 4S3N A; 5J2D A; 1ZJN A; 1ZQH A; 4M9L A; 5J2G A; 8ICA A; 2ZHB A; 4EV6 A; 3HW8 A; 4RWP A; 3MDC A; 5J0U A; 4RQ8 A; 4KLQ A; 7ICT A; 1ZQG A; 4WC3 A; 1RPL A; 5CWR A; 4RPY A; 4M0A A; 8ICX A; 4XJE A; 3RJF A; 1Q79 A; 4FHX A; 4HX0 A; 2BPC A; 2PFP A; 4IQW A; 4XQ8 A; 4FHY A; 2ZH9 A; 4M9G A; 4EGW A; 4NKU A; 4NY8 A; 1RZT A; 9ICE A; 5J0Y A; 5J0O A; 3MGH A; 7ICG A; 4WC5 A; 4K99 A; 5CR0 A; 4RQ2 A; 4NLN A; 3JYY A; 9ICS A; 2ZH5 A; 4LEZ A; 7ICH A; 3AU2 A; 4KLE A; 2ZHA A; 5F2V O; 5CFS A; 4GXI A; 1ZQW A; 4UB2 A; 4JWN A; 4KLO A; 3LK9 A; 1ZQE A; 1ZQP A; 5CB1 A; 2HHP A; 1ZQB A; 3WFO A; 4NXU A; 4F5N A; 1ZQX A; 3WFR E; 4I2D A; 4AT9 A; 3OUY A; 4M9J A; 5BOM A; 3AQK A; 4X4N A; 4OAH A; 2PFO A; 5J0W A; 3C66 A; 5HHI A; 3MGI A; 5DKW A; 4RQ0 A; 8ICC A; 9ICX A; 2BPG A; 4I2A A; 4MF8 A; 4QZE A; 1ZQV A; 2BBH A; 4XUS A; 3JPP A; 4KB6 A; 4I2E A; 1ZQY A; 4FHP A; 1TFW A; 4EBK A; 3C5G A; 4K4G A; 4K97 A; 3AQM A; 2DRB A; 4IQT A; 7ICF A; 5J0R A; 4K4I A; 4NXW A; 3JPR A; 4X4V A; 7ICK A; 1BPD A; 8ICH A; 1ZJM A; 4FHV A; 5J2K A; 8ICE A; 2GAF D; 4KLM A; 9ICV A; 5J2F A; 3C2M A; 4NM1 A; 9ICB A; 3HIY A; 4ATB B; 3NYB A; 5J0T A; 4I2C A; 8ICB A; 3AQN A; 4UD4 A; 3ISD A; 1ZQC A; 4K8V A; 3ISB A; 4QZH A; 4RQ5 A; 5DDY A; 5HRB A; 9ICQ A; 2DR8 A; 4LVS A; 3UXP A; 9ICF A; 3HJ4 A; 9ICW A; 4PGQ A; 4WQK A; 8ICF A; 4X4P A; 3C5F A; 8ICT A; 3NVO A; 4K96 A; 5CHE A; 3UQ2 A; 1MIV A; 2DVI A; 5IIN A; 4WC4 A; 7ICS A; 3RJE A; 3MBY A; 4X4Q A; 4MFC A; 3OGU A; 5J2J A; 4RPZ A; 4I2G A; 7ICI A; 4WC0 A; 4MF2 A; 3TFS A; 4TUQ A; 4PGX A; 2PFQ A; 4LEW A; 2O5A A; 4NXX A; 4LZD A; 4I28 A; 9ICU A; 2B4V A; 8ICZ A; 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