The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
134
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sequence length |
382
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structure length |
382
|
Chain Sequence |
VAKREFIRGMMAHYRASLPPPEHSVVIHELQKRVLDIGMLAVNKAHVELFGSHVSGFCTPHSDADISLTYRNFSPWLQGMERVDEQNNKRMTRFGKEASAMGMEDVRYIRARIPVVQFTDGVTGIHCDVSIGNIGGVENSKILCAIRQVFPDFYGAYIHLVKAWGKAREVIAPERSTFNSFTVTTMALMVLQELGLLPVFSKPTGEFGELTVADAEMLLQEFKLPPIYDSLHDDDEKLGEAVFFCLQRFAEYYAKYDFSAGTVSLIHPRRHRTVYERVVRRHLELLGSRKRLEWEKHIAEHKEDGPLDENDFSASMQNETTQRPSNSPYVVEDFVNYVNCGRRVQASRVRHIQQEFNRLREMLIDKESELKFDEVFRESDTV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Mitochondrial Editosome-Like Complex Associated TUTase 1 Reveals Divergent Mechanisms of UTP Selection and Domain Organization.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Trypanosoma brucei
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| molecule keywords |
Minor Editosome-Associated TUTase
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| total genus |
134
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| structure length |
382
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| sequence length |
382
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Poly(a)-polymerase, middle domain | Poly(a)-polymerase, middle domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZQX A; 4QZH A; 4GXK A; 4WBY A; 4PHE A; 4PHP A; 2PFQ A; 2ZH3 A; 1TFW A; 1ZQU A; 3V7L A; 4WC2 A; 5DB7 A; 1ZQD A; 3HWT A; 1ZQO A; 3AU6 A; 2BCQ A; 4R63 A; 4F5R A; 7ICT A; 4AT9 A; 4NM2 A; 1MIW A; 2RFF A; 4O5E A; 4E7X A; 2W9M A; 5J29 A; 4UB4 A; 4M5D A; 2I9G A; 9ICN A; 7ICL A; 4LT6 A; 5D4B A; 4NLZ A; 4RQ5 A; 9ICM A; 4MFC A; 3MBY A; 1ZQC A; 4JWN A; 4P4M A; 4YD1 A; 3C66 A; 3UQ2 A; 5HRG A; 2M2U A; 3MDA A; 7ICP A; 4X4V A; 3JPR A; 3HJ4 A; 4KLT A; 4X4Q A; 4QZG A; 9ICR A; 4GXJ A; 3RJE A; 5J0Y A; 5J0W A; 4X0B A; 9ICA A; 2Q66 A; 3JPS A; 3C5F A; 8ICI A; 9ICQ A; 4QZB A; 1TVA A; 1HUO A; 5BPC A; 1HUZ A; 4KLM A; 5J0S A; 1MIV A; 2BPF A; 3PMN A; 4FHP A; 1KNY A; 3LQC B; 3K75 D; 5DB9 A; 4DO9 A; 3V7J A; 5HRD A; 4XQ7 A; 3H39 A; 4RQ2 A; 9ICC A; 3JZ0 A; 4IQV A; 1UEU A; 4X4O A; 4X4T A; 5J2J A; 3UXN A; 4WC4 A; 1NOM A; 5BOM A; 4RQ3 A; 4O5C A; 4KLS A; 8ICF A; 5HRI A; 3V72 A; 5HR9 A; 4QZ9 A; 8ICG A; 2BE3 A; 2PFN A; 9ICX A; 1R8B A; 4DOA A; 4WC0 A; 1TFY A; 1XSP A; 1ZQM A; 2PFP A; 7ICE A; 2DR7 A; 3H38 A; 3WFR E; 4RPZ A; 4M47 A; 4FH5 A; 2ZH6 A; 4I29 A; 3AQK A; 8ICQ A; 4UB3 A; 5HHH A; 4UBC A; 1ZQS A; 5J0T A; 5DED A; 4I2F A; 1FA0 A; 5TZV A; 7ICN A; 9ICL A; 4WC6 A; 8ICY A; 4MF8 A; 4RWQ A; 4NKT A; 5F2V O; 4TUR A; 3ISB A; 4RQ8 A; 3RH6 A; 4IQT A; 5CP2 A; 1MIY A; 4XUS A; 4YN4 A; 5J2I A; 4TUS A; 7ICH A; 4QZD A; 4AT7 B; 4IG8 A; 3JPP A; 5DDY A; 8ICT A; 4PHA A; 4I2J A; 3PML A; 3B0Y A; 2BCV A; 1BPZ A; 2IHM A; 2DR9 A; 4I2C A; 9ICJ A; 9ICI A; 4R64 A; 4K4H A; 4I2G A; 1KEJ A; 4RWP A; 3RJF A; 1ZJM A; 2DVI A; 3UXP A; 1ZQK A; 4TUQ A; 4MFF A; 1ZQV A; 1ZQB A; 5HRF A; 5J2F A; 8ICN A; 3C5G A; 4GXI A; 5CHG A; 4JWM A; 1BPE A; 4X4R A; 3AU2 A; 4UAY A; 5DBC A; 4FHW A; 2P66 A; 4KLD A; 5CJ7 A; 5IIN A; 9ICV A; 5III A; 1ZQG A; 4NKU A; 4RT3 A; 2ZH8 A; 4FO6 A; 1JQR A; 1KDH A; 4EBJ A; 4YMM A; 5CB1 A; 4FHX A; 4AT9 B; 4K4G A; 3OUY A; 4QZA A; 3C2K A; 5HRE A; 4P4P A; 1ZQP A; 1UEV A; 4AT8 A; 7ICQ A; 5IIL A; 4M0A A; 1BPB A; 4RQ1 A; 4UBB A; 2DR5 A; 4M9H A; 4Z6D A; 4PGQ A; 1RPL A; 1F5A A; 4E8F A; 2ZH1 A; 5CA7 A; 2FMP A; 4F5P A; 8ICK A; 7ICO A; 2ZH4 A; 3PNC A; 8ICP A; 3NYB A; 5IIK A; 3JYY A; 3GDX A; 1ZQT A; 4KLL A; 3WFP A; 1MQ3 A; 1VFG A; 1ZQA A; 1ZQF A; 2FMQ A; 7ICF A; 5IIJ A; 1R8A A; 4PGX A; 5HC9 A; 4X4N A; 4X4P A; 4EBK A; 8ICL A; 5J0R A; 4IQU A; 4M9L A; 3OGU A; 1ZQL A; 3WFQ E; 4NY8 A; 2M2T A; 4NLN A; 8ICV A; 9ICO A; 4UB5 A; 5EOZ A; 2O5A A; 4S3N A; 3AQN A; 5CWR A; 4KLJ A; 4WC3 A; 1YLQ A; 4UAW A; 4MF2 A; 1VJ7 A; 3ISC A; 5DB8 A; 1ZQI A; 1R89 A; 7ICJ A; 3JPO A; 1UET A; 4LZD A; 2M2V A; 3MDC A; 4I2E A; 4UB1 A; 4M9N A; 2ISP A; 1JAJ A; 1ZQW A; 4QZ8 A; 3RJJ A; 8ICE A; 4F5Q A; 5J0U A; 8ICU A; 2BPC A; 8ICB A; 3LK9 A; 3WFS C; 9ICG A; 4UD5 A; 4I2H A; 8ICO A; 7ICR A; 2VAN A; 2BCU A; 5J2H A; 7ICM A; 8ICX A; 2FMS A; 4X5V A; 1ZQQ A; 4QZI A; 2ZH5 A; 3HJ1 A; 1XSN A; 2ZH2 A; 4M04 A; 4X4U A; 1JN3 A; 2ID1 A; 4KLH A; 2BPG A; 3RH5 A; 4DOC A; 5DBA A; 7ICG A; 2ZHB A; 3H3A A; 4WBZ A; 4PH5 A; 1ZQY A; 4DOB A; 3OV7 A; 4NM1 A; 4QZC A; 2M2W A; 4R65 A; 3HIY A; 4I28 A; 4ATB A; 4LVS A; 9ICF A; 4Z6C A; 2B56 A; 5HRL A; 2ZHA A; 2ZH9 A; 8ICR A; 5CR0 A; 1XSL A; 1R8C A; 2B4V A; 3JPT A; 9ICH A; 8ICA A; 5HRK A; 4KLQ A; 5J2B A; 9ICW A; 5BOL A; 3UXO A; 4YD2 A; 9ICB A; 4I27 A; 4YCX A; 4UB2 A; 4RQ7 A; 4F5O A; 5J2C A; 4KLI A; 3L9D A; 8ICH A; 3HX0 A; 4QZE A; 4RQ4 A; 4M2Y A; 1ZQE A; 1BPD A; 4FH3 A; 4I2I A; 4WC1 A; 5DBB A; 1RZT A; 3AUO A; 3OVS A; 4KLE A; 8ICS A; 3MGI A; 8ICJ A; 5J2A A; 5DKW A; 1BPY A; 4RQ6 A; 3RJH A; 4O5K A; 4X0A A; 7ICV A; 3AQL A; 3OUY B; 2PXI A; 1NO5 A; 4YMO A; 4EP7 A; 4AT8 B; 4PPX A; 4K4I A; 4WCW A; 8ICC A; 1ZQH A; 2BCS A; 4X4S A; 9ICT A; 7ICI A; 3C2L A; 2DRA A; 3JPQ A; 1MQ2 A; 5J0X A; 3UQ0 A; 4PGY A; 4M9G A; 7ICU A; 3HW8 A; 5IIO A; 3RH4 A; 4KLO A; 4M9J A; 4I2D A; 2B51 A; 5DDM A; 4TUP A; 4FHY A; 8ICW A; 2DR8 A; 3WFO A; 2ZH7 A; 3RJK A; 4IQW A; 3H37 A; 4E80 A; 4RQ0 A; 3TFR A; 5DB6 A; 4RWO A; 2PFO A; 4RT2 A; 5HRB A; 4WC5 A; 2HHP A; 4P2H A; 4XRH A; 5D49 A; 4MFA A; 3UPQ A; 1JMS A; 3TFS A; 4UD4 A; 4QZF A; 4I2A A; 1ZQJ A; 2PBE A; 9ICU A; 3JPN A; 4NXZ A; 4RPX A; 1WOT A; 3OVA A; 3C2M A; 4F5N A; 4XQ8 A; 3RJG A; 1OU5 A; 1V4A A; 2O1P A; 4O9M A; 4LZG A; 4RPY A; 3C18 A; 9ICP A; 4P4O A; 2NRK A; 4KLU A; 9ICS A; 5HHI A; 1ZQN A; 4R66 A; 3ISD A; 5J2G A; 3B0X A; 4PHD A; 4NLK A; 4KLG A; 8ICM A; 4Z6F A; 2GWS A; 4RWN A; 9ICK A; 7ICS A; 5J2K A; 5IIM A; 4AT7 A; 1PX5 A; 1BPX A; 3AQM A; 1Q79 A; 3MGH A; 4WC7 A; 2ISO A; 9ICE A; 5J0O A; 3RJI A; 1TV9 A; 4Z6E A; 3V7K A; 2DRB A; 8ICZ A; 4KLF A; 5J2E A; 5HRH A; 1Q78 A; 4XA5 A; 5J0P A; 1ZJN A; 5DEC A; 5D46 A; 4FHV A; 5J0Q A; 5J2D A; 4YMN A; 4I2B A; 1ZQZ A; 2BCR A; 1ZQR A; 4ATB B; 4UAZ A; 3OVB A; 7ICK A; 3UPS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZQX A; 4QZH A; 4GXK A; 4WBY A; 4PHE A; 4PHP A; 2PFQ A; 2ZH3 A; 1TFW A; 1ZQU A; 3V7L A; 4WC2 A; 5DB7 A; 1ZQD A; 3HWT A; 1ZQO A; 3AU6 A; 2BCQ A; 4R63 A; 4F5R A; 7ICT A; 4AT9 A; 4NM2 A; 1MIW A; 2RFF A; 4O5E A; 4E7X A; 2W9M A; 5J29 A; 4UB4 A; 4M5D A; 4JLX A; 2I9G A; 9ICN A; 7ICL A; 4LT6 A; 4LEZ A; 5D4B A; 4NLZ A; 4RQ5 A; 9ICM A; 2GA9 D; 3NKU A; 4MFC A; 3MBY A; 1ZQC A; 4JWN A; 5CFT A; 4P4M A; 4YD1 A; 3C66 A; 4N7R A; 3UQ2 A; 5HRG A; 2M2U A; 3MDA A; 7ICP A; 4X4V A; 3JPR A; 3HJ4 A; 4KLT A; 4X4Q A; 4QZG A; 9ICR A; 4O68 A; 4GXJ A; 3RJE A; 5J0Y A; 5J0W A; 4X0B A; 9ICA A; 2Q66 A; 3JPS A; 3C5F A; 4OAF A; 8ICI A; 9ICQ A; 4QZB A; 1TVA A; 1HUO A; 5BPC A; 1HUZ A; 4KLM A; 5J0S A; 1MIV A; 2BPF A; 3PMN A; 4FHP A; 1KNY A; 3LQC B; 3K75 D; 5DB9 A; 4DO9 A; 3V7J A; 3NWI A; 5CFU A; 5HRD A; 4XQ7 A; 3H39 A; 4RQ2 A; 9ICC A; 3JZ0 A; 4IQV A; 1UEU A; 4X4O A; 4X4T A; 5J2J A; 3UXN A; 4WC4 A; 1NOM A; 5BOM A; 4RQ3 A; 4O5C A; 4KLS A; 8ICF A; 5HRI A; 3V72 A; 5HR9 A; 4QZ9 A; 4O67 A; 8ICG A; 2BE3 A; 2PFN A; 9ICX A; 1R8B A; 4I0U A; 4DOA A; 4WC0 A; 1TFY A; 5JTG A; 1XSP A; 1ZQM A; 2PFP A; 7ICE A; 2DR7 A; 5CFS A; 3H38 A; 3WFR E; 4RPZ A; 4M47 A; 4FH5 A; 2ZH6 A; 4I29 A; 3AQK A; 8ICQ A; 4UB3 A; 5HHH A; 4UBC A; 1ZQS A; 5J0T A; 5DED A; 4I2F A; 1FA0 A; 5TZV A; 7ICN A; 9ICL A; 4WC6 A; 8ICY A; 4MF8 A; 5B3Q A; 4RWQ A; 4NKT A; 5F2V O; 4TUR A; 3ISB A; 4RQ8 A; 3RH6 A; 4IQT A; 4OAG A; 5CP2 A; 1MIY A; 4XUS A; 4YN4 A; 5J2I A; 4TUS A; 7ICH A; 4QZD A; 4AT7 B; 4JLZ A; 4IG8 A; 3JPP A; 5DDY A; 8ICT A; 4PHA A; 4I2J A; 3PML A; 4WOY A; 3B0Y A; 3PHZ A; 5D62 A; 2BCV A; 1BPZ A; 2IHM A; 5B3P A; 2DR9 A; 4I2C A; 4NXT A; 9ICJ A; 9ICI A; 4R64 A; 4K4H A; 4I2G A; 1KEJ A; 4RWP A; 3RJF A; 1ZJM A; 2DVI A; 3UXP A; 1ZQK A; 4EED A; 4TUQ A; 4MFF A; 1ZQV A; 1ZQB A; 5HRF A; 5J2F A; 8ICN A; 3C5G A; 4GXI A; 5CHG A; 4JWM A; 1BPE A; 4X4R A; 3AU2 A; 4UAY A; 5DBC A; 4FHW A; 3ER8 C; 2P66 A; 1GPJ A; 4K99 A; 4KLD A; 5CJ7 A; 5IIN A; 9ICV A; 5III A; 1ZQG A; 4NKU A; 4RT3 A; 2ZH8 A; 4EV6 A; 4FO6 A; 1JQR A; 1KDH A; 4EBJ A; 4YMM A; 5CB1 A; 4FHX A; 4AT9 B; 4K4G A; 3OUY A; 4QZA A; 4OAH A; 3C2K A; 5HRE A; 4P4P A; 1ZQP A; 1UEV A; 4AT8 A; 7ICQ A; 4NXW A; 5IIL A; 4M0A A; 1BPB A; 2DR5 A; 4RQ1 A; 4UBB A; 4M9H A; 4Z6D A; 4PGQ A; 1RPL A; 1F5A A; 4E8F A; 2ZH1 A; 5CA7 A; 3ER9 B; 2FMP A; 4F5P A; 8ICK A; 7ICO A; 2ZH4 A; 3PNC A; 8ICP A; 3NYB A; 5IIK A; 3JYY A; 3GDX A; 1ZQT A; 4KLL A; 3WFP A; 1MQ3 A; 1VFG A; 1ZQA A; 1ZQF A; 2FMQ A; 7ICF A; 5IIJ A; 1R8A A; 4PGX A; 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