The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
121
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sequence length |
302
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structure length |
286
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Chain Sequence |
NKMEAKIDELINNDPVWSSQNESLISKPYNHILLNLIVQINRVMNLPKDQLAIVSQIVELLHNSSLLIDDIEDNAPLRRGQTTSHLIFGVPSTINTANYMYFRAMQLVSQLTTKEPLYHNLITIFNEELINLHRGQGLDIYWRDFLPEIIPTQEMYLNMVMNKTGGLFRLTLRLMEALSPSHSLVPFINLLGIIYQIRDDYLNLKDFQMSFAEDITEGKLSFPIVHALNFTKTKGQTEQHNEILRILLLRTSDKDIKLKLIQILEFDTNSLAYTKNFINQLVNMIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase
|
| publication title |
Inhibition of geranylgeranyl diphosphate synthase by bisphosphonates: a crystallographic and computational investigation
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Transferase/transferase inhibitor
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| total genus |
121
|
| structure length |
286
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| sequence length |
302
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.5.1.1: Dimethylallyltranstransferase. |
| pdb deposition date | 2007-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00348 | polyprenyl_synt | Polyprenyl synthetase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VF6 A; 2Z7I A; 1N24 A; 5E8K A; 5IKA A; 3BNY A; 1N23 A; 3M0G A; 5A0J A; 4JXY A; 3VJD A; 4KFA A; 4PVX F; 3PDE A; 3OYR A; 5ILI A; 2PS7 A; 3RBM A; 3SAE A; 5AYP A; 4LA6 A; 3LGK A; 3EFQ A; 3P5R A; 5JA0 F; 5C05 A; 3N3L F; 1JFG A; 4QXS F; 3G4F A; 4HD1 A; 3WJO A; 2QIS A; 2F94 F; 3TFV A; 5JV2 F; 5B0M A; 5B02 A; 3WEI A; 4DI5 A; 5H9D A; 1YYR A; 3WEJ A; 4LPH F; 1V4E A; 4LFG A; 4OMH A; 4LA5 A; 1HXC A; 2OPM A; 3WSA A; 5JUZ F; 3KRP B; 3Q1O A; 5HN8 A; 5IL3 A; 3N0F A; 1ZW5 A; 3VJC A; 3NRI A; 5IMN A; 1WKZ A; 4P0V A; 3WEG A; 3RMG A; 2O1O A; 2Z4W A; 4UMJ A; 3SDR A; 4JXN A; 1WMW A; 3S9V A; 2E95 A; 3ACY A; 1EZF A; 3BNX A; 4LXW A; 2AET A; 4FP4 A; 3WEH A; 5IK6 A; 2E8T A; 4NKF A; 4KVD A; 2Z50 A; 4H5C F; 4EA0 A; 4OGU A; 4K10 A; 3WSB A; 2P1C A; 5IN8 A; 4LTV A; 2E8W A; 4MC3 A; 3LZ9 A; 5B01 A; 3WCB A; 1WL3 A; 2DH4 A; 3V1X A; 3CKE A; 1N21 A; 5EAT A; 2E90 A; 1V4I A; 1VG4 A; 4KQ5 A; 5ILJ A; 1YHL A; 3OAC A; 4DHD A; 1PS1 A; 3TFP A; 1UBW A; 2AZL A; 3SDU A; 5ILK A; 5AHU B; 1RQI A; 3VJ9 A; 3LK5 A; 3SDT A; 3NPK A; 3PYA A; 1FPS A; 3S4J A; 3B7L A; 1V4K A; 3LDW A; 2ZEU A; 3PKO A; 1VG3 A; 5I1U A; 1YYU A; 2OA6 A; 5DZ2 A; 1UBY A; 2FOR A; 3M01 A; 4KPJ A; 4LTZ A; 2F89 F; 3M9U A; 3N45 F; 4DEM F; 5DGS F; 4E9U A; 4KQS A; 2Z4Y A; 2ZCS A; 3V1V A; 5IVG A; 5B0I A; 3ZMC A; 2Z4X A; 4GP2 A; 3M00 A; 3ACX A; 4OKZ A; 4LUU A; 5AEL A; 4RNQ A; 3ZL6 A; 3WCH A; 3P41 A; 3LSN A; 3PH7 A; 4JVJ F; 3VJE A; 2Z78 A; 2Z4Z A; 4LFV F; 3TS7 A; 3KRC A; 2F92 F; 4P0W A; 3SDV A; 1WY0 A; 2OGD A; 3WCA A; 4DXJ A; 1WL1 A; 1KIY A; 1RTR A; 4LZ3 A; 2J1P A; 3KRF B; 5DHK A; 3LOM A; 1V4H A; 3VJ8 A; 5ILY A; 1HXA A; 1YYT A; 5B0J A; 3ZCD A; 4KUX A; 4KK2 A; 1N22 A; 5B0L A; 4XQR F; 5CG5 A; 5ERN A; 3CC9 A; 4LFE A; 5ILZ A; 3AQC B; 2Q9Y A; 3Q30 A; 2E94 A; 3N5H F; 3P8R A; 4F6V A; 5DW7 A; 2EWG A; 5IMP A; 1YYQ A; 3LVS A; 3P8L A; 4RXE A; 3LG5 A; 1YYS A; 2E8X A; 4N1Z F; 4DZW A; 3TFN A; 4NFK F; 1YQ7 A; 3OAC B; 4KVY A; 3ID0 A; 3EZ3 A; 3LJI A; 4GA3 A; 3KRO A; 3N1W F; 3AQ0 A; 2AEL A; 2Q58 A; 1YJ4 A; 4EA2 A; 4ZQ8 A; 1HM4 A; 1N1B A; 3AQB B; 3CP6 A; 3IBA A; 5IL8 A; 5DJP F; 2Z7H A; 5ILD A; 1VG7 A; 3WEF A; 3WC9 A; 4KPD A; 5B00 A; 4RXD A; 3KRF A; 3KB9 A; 4PVY F; 1JFA A; 5HN7 A; 3ICZ A; 3N5J F; 4H5D F; 3WCI A; 3WCE A; 5DGM F; 4NUA A; 5HNA A; 3ICN A; 4KVW A; 2PS4 A; 5ERO A; 3MAV A; 4XQS F; 5B03 A; 5B0K A; 5IK9 A; 2PS8 A; 4P0X A; 2OPN A; 4E9Z A; 3WE9 A; 3KRC B; 5KSX F; 4NG6 A; 2Q80 A; 5ERM A; 3DYF A; 3N1V F; 3N49 F; 2ZCR A; 3RYE A; 3KBK A; 4KQU A; 1YV5 A; 3ASX A; 5DHI A; 3LMD A; 5EAS A; 3V66 A; 4OKM A; 2ZCQ A; 3LEE A; 2PS6 A; 3NF2 A; 1WL2 A; 3NPR A; 3PYB A; 4KKM A; 5E8H A; 1HXG A; 3TC1 A; 3SDQ A; 4GP1 A; 2ONH A; 3DYH A; 4QPF A; 1YHM A; 1UBV A; 3KRO B; 5IKH A; 3ADZ A; 2E8V A; 1HM7 A; 2F9K F; 1KIZ A; 5ER8 A; 3KRA A; 4LOB A; 5DIQ F; 1HX9 A; 3W7F A; 4XQT F; 2E4O A; 5IK0 A; 4LZC A; 3RYW A; 3N46 F; 3IPI A; 2ZCO A; 2F8C F; 3M02 A; 2ZY1 A; 1UBX A; 3WJK A; 5CG6 A; 3AE0 A; 2PS5 A; 4RXA A; 4WK5 A; 1N1Z A; 3VJB A; 5JV0 F; 4NKE A; 3N3D A; 5AFX A; 3OAB A; 3WCM A; 1RQJ A; 3QKC A; 3WCF A; 3G4D A; 3EGT A; 4JZX A; 2Z4V A; 5JV1 F; 4LLT A; 4JZB A; 5EAU A; 3WCD A; 1DGP A; 3Q2Q A; 2ONG A; 2Q9Z A; 2E8U A; 3ZOU A; 5DJV F; 4LPG F; 2J1O A; 5IM1 A; 2ZEV A; 2RAH A; 4N9U A; 2E91 A; 4NFJ F; 5ILH A; 4MC0 A; 4KWD A; 4JYX A; 2AZJ A; 4LIX A; 2FTZ A; 2J5C A; 4DWG A; 5E8L A; 3LGZ B; 2AZK A; 4FJQ A; 1VG2 A; 4RYP A; 4KVI A; 5DJR F; 1WL0 A; 1VG6 A; 2Z52 A; 4H5E F; 3ZMB A; 4E1E A; 4F6X A; 5IMI A; 3WCL A; 2F8Z F; 1YHK A; 3DYG A; 3Q2Z A; 4L2X F; 4GAX A; 3P5P A; 2E93 A; 4LZ0 A; 3WEK A; 3N6K F; 4DWB A; 5DGN F; 3WCC A; 3ICK A; 3MZV A; 1DI1 A; 4LLS A; 4RXC A; 5HN9 A; 3UCA A; 3ACW A; 3KRP A; 3WCJ A; 2F7M F; 2E92 A; 3KRA B; 3LLW A; 4F62 A; 3QQV A; 2AEK A; 3VJA A; 4EA1 A; 5A0K A; 3ICM A; 5A0I A; 4Q23 A; 3N0G A; 3APZ A; 3OAB B; 2H8O A; 1V4J A; 4OMG A; 3WCG A; 2I19 A; 1N20 A; 4MC8 A; 4NFI F; 3WJN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VF6 A; 2Z7I A; 1N24 A; 5E8K A; 5IKA A; 3BNY A; 1N23 A; 3M0G A; 5A0J A; 4JXY A; 3VJD A; 4KFA A; 4PVX F; 3PDE A; 3OYR A; 5ILI A; 2PS7 A; 3RBM A; 3SAE A; 5AYP A; 4LA6 A; 3LGK A; 3EFQ A; 3P5R A; 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2Z4Y A; 2ZCS A; 3V1V A; 5IVG A; 5B0I A; 3ZMC A; 2Z4X A; 4GP2 A; 3M00 A; 3ACX A; 4OKZ A; 4LUU A; 5AEL A; 4RNQ A; 3ZL6 A; 3WCH A; 3P41 A; 3LSN A; 3PH7 A; 4JVJ F; 3VJE A; 2Z78 A; 2Z4Z A; 4LFV F; 3TS7 A; 3KRC A; 2F92 F; 4P0W A; 3SDV A; 1WY0 A; 2OGD A; 3WCA A; 4DXJ A; 1WL1 A; 1KIY A; 1RTR A; 4LZ3 A; 2J1P A; 3KRF B; 5DHK A; 3LOM A; 1V4H A; 3VJ8 A; 5ILY A; 1HXA A; 1YYT A; 5B0J A; 3ZCD A; 4KUX A; 4KK2 A; 1N22 A; 5B0L A; 4XQR F; 5CG5 A; 5ERN A; 3CC9 A; 4LFE A; 5ILZ A; 3AQC B; 2Q9Y A; 3Q30 A; 2E94 A; 3N5H F; 3P8R A; 4F6V A; 5DW7 A; 2EWG A; 5IMP A; 1YYQ A; 3LVS A; 3P8L A; 4RXE A; 3LG5 A; 1YYS A; 2E8X A; 4N1Z F; 4DZW A; 3TFN A; 4NFK F; 1YQ7 A; 3OAC B; 4KVY A; 3ID0 A; 3EZ3 A; 3LJI A; 4GA3 A; 3KRO A; 3N1W F; 3AQ0 A; 2AEL A; 2Q58 A; 1YJ4 A; 4EA2 A; 4ZQ8 A; 1HM4 A; 1N1B A; 3AQB B; 3CP6 A; 3IBA A; 5IL8 A; 5DJP F; 2Z7H A; 5ILD A; 1VG7 A; 3WEF A; 3WC9 A; 4KPD A; 5B00 A; 4RXD A; 3KRF A; 3KB9 A; 4PVY F; 1JFA A; 5HN7 A; 3ICZ A; 3N5J F; 4H5D F; 3WCI A; 3WCE A; 5DGM F; 4NUA A; 5HNA A; 3ICN A; 4KVW A; 2PS4 A; 5ERO A; 3MAV A; 4XQS F; 5B03 A; 5B0K A; 5IK9 A; 2PS8 A; 4P0X A; 2OPN A; 4E9Z A; 3WE9 A; 3KRC B; 5KSX F; 4NG6 A; 2Q80 A; 5ERM A; 3DYF A; 3N1V F; 3N49 F; 2ZCR A; 3RYE A; 3KBK A; 4KQU A; 1YV5 A; 3ASX A; 5DHI A; 3LMD A; 5EAS A; 3V66 A; 4OKM A; 2ZCQ A; 3LEE A; 2PS6 A; 3NF2 A; 1WL2 A; 3NPR A; 3PYB A; 4KKM A; 5E8H A; 1HXG A; 3TC1 A; 3SDQ A; 4GP1 A; 2ONH A; 3DYH A; 4QPF A; 1YHM A; 1UBV A; 3KRO B; 5IKH A; 3ADZ A; 2E8V A; 1HM7 A; 2F9K F; 1KIZ A; 5ER8 A; 3KRA A; 4LOB A; 5DIQ F; 1HX9 A; 3W7F A; 4XQT F; 2E4O A; 5IK0 A; 4LZC A; 3RYW A; 3N46 F; 3IPI A; 2ZCO A; 2F8C F; 3M02 A; 2ZY1 A; 1UBX A; 3WJK A; 5CG6 A; 3AE0 A; 2PS5 A; 4RXA A; 4WK5 A; 1N1Z A; 3VJB A; 5JV0 F; 4NKE A; 3N3D A; 5AFX A; 3OAB A; 3WCM A; 1RQJ A; 3QKC A; 3WCF A; 3G4D A; 3EGT A; 4JZX A; 2Z4V A; 5JV1 F; 4LLT A; 4JZB A; 5EAU A; 3WCD A; 1DGP A; 3Q2Q A; 2ONG A; 2Q9Z A; 2E8U A; 3ZOU A; 5DJV F; 4LPG F; 2J1O A; 5IM1 A; 2ZEV A; 2RAH A; 4N9U A; 2E91 A; 4NFJ F; 5ILH A; 4MC0 A; 4KWD A; 4JYX A; 2AZJ A; 4LIX A; 2FTZ A; 2J5C A; 4DWG A; 5E8L A; 3LGZ B; 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